Submitted by Amanda Silva (amanda.osilva2@ufpe.br) on 2015-03-13T12:03:53Z No. of bitstreams: 2 TESE Isabel Renata de Sousa Arruda.pdf: 2598976 bytes, checksum: a300c308fc43e6c6f8760e026ef3ee90 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-13T12:03:53Z (GMT). No. of bitstreams: 2 TESE Isabel Renata de Sousa Arruda.pdf: 2598976 bytes, checksum: a300c308fc43e6c6f8760e026ef3ee90 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2014 / FACEPE / Xiloglucanas são polissacarídeos solúveis em água, não tóxicos, os quais podem formar soluções altamente viscosas a baixas concentrações e em associação com outros polissacarídeos formam géis que controlam a estrutura e a textura de muitos produtos comerciais. A xiloglucana presente nas sementes de Hymenaea courbaril var. courbaril, uma árvore brasileira pertencente à família Fabaceae e subfamília Caesalpiniaceae, popularmente conhecido por Jatobá, tem sido estudadas para a produção de membranas com aplicação biotecnológica. O presente trabalho teve por objetivo a extração e caracterização da xiloglucana contido nas sementes de H.courbaril, produção e caracterização de membranas deste polissacarídeo contendo a lectina concanavalina A (ConA) incorporada e avaliação do efeito no tratamento tópico utilizando as membranas frente a lesões cutâneas experimentais em camundongos. Os rendimentos de extração da xiloglucana apresentaram resultados de 71,71% ± 5 e 81,05% ± 7. A caracterização estrutural e reológica confirmou uma estrutura amorfa com picos característicos do respectivo polissacarídeo, enquanto que a composição monossacarídica realizada por GC/MS mostrou uma relação de glicose:xilose:galactose:arabinose (40:34:20:6). Os espectros de RMN confirmaram a estrutura central da xiloglucana composta por unidades de glicose parcialmente ramificadas com unidades terminais de xilose e galactose. As membranas de xiloglucana com ConA incorporada foram eficientemente produzidos, não apresentando toxicidade e mantendo-se estáveis por aproximadamente 40 dias. A interação entre lectina e polissacarídeo foi confirmada através do pico característico no FTIR. As microscopias de transmissão e fluorescencia confirmaram a boa distribuição morfológica das membranas, enquanto os perfis das propriedades mecanicas mostraram que a incorporação da lectina aumentou a resistencia do mesmo e não alterou as características de cor e permeabilidade aos gases. Uma vez caracterizado, As membranas foram aplicados em feridas cutâneas experimentais em camundongos BALB/C e a avaliação histopatológica ocorreu durante um período de 0-16 dias. As amostras foram divididas em 3 grupos: Membranas de xiloglucana-ConA (MXC), Membranas de xiloglucana (MX) e solução salina (controle negativo). MXC apresentou sinais inflamatórios como edema e hiperemia estatisticamente menos intensos quando comparados a MX e o controle negativo. A análise histopatológica confirmou a completa reepitelização do tecido tratado com a presença de fibras colágenas localizados no tecido fibroso de granulação nos dias 10, 13 e 14, respectivamente para MXC, MX e controle negativo. Devido à eficácia e ao menor tempo de cicatrização de MXC, podemos concluir que a membrana de xiloglucana com ConA incorporada pode ser utilizada em processos de reparação nas lesões cutâneas.

AGUIAR, J. C. D. Estudo Fitoquímico e Biológico de Hymenaea courbaril L. Dissertação (Mestrado em Química) - Centro de CiêncIas, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2009. / Submitted by Daniel Eduardo Alencar da Silva (dealencar.silva@gmail.com) on 2014-11-17T19:05:07Z No. of bitstreams: 1 2009_dis_jcdaguiar.pdf: 5285957 bytes, checksum: 5b208ee41bcfd70534042b94555c927e (MD5) / Approved for entry into archive by José Jairo Viana de Sousa(jairo@ufc.br) on 2016-03-18T23:48:32Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2009_dis_jcdaguiar.pdf: 5285957 bytes, checksum: 5b208ee41bcfd70534042b94555c927e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-03-18T23:48:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2009_dis_jcdaguiar.pdf: 5285957 bytes, checksum: 5b208ee41bcfd70534042b94555c927e (MD5) Previous issue date: 2009 / The phytochemical study of Hymenaea courbaril L., named “jatobá”, was executed by fruit`s bark of this vegetal, that is applied in inflammatory and intestinal diseases. Essential oil was extracted from mature fruit and 76,17% of the constituents were identified. The major constituent was -copaene. The composition of this oil was compared with the composition of the oil obtained on immature fruit, whose 93,34% of the constituents were identified. The major constituent of immature fruit was germacrene-D. Sesquiterpenes were present into both oils. The study of the fixe constituents permitted to isolate two ent-labdanic diterpenes, zanzibaric acid and isoozic acid, and the sesquiterpene caryolane-1,9-diol, that was a inedited substance in Hymenaea species. The biological study revealed that essential oils of mature fruit and immature fruit were satisfactory larvicidal agentes about Aedes aegypti and their LC50 14,85 ± 0,44 ppm and 28,44 ± 0,27 ppm, respective. A satisfactory antioxidant activity about DPPH free radicals was verified for extract in methanol whose IC50 0,04 mg/mL. The extract in ethyl acetate showed notable allelopathic effect on Lactuca sativa L., and hypocotyls growth was reduced in 44,68% (in concentration 0,4 mg/mL) and radicules growth was reduced in 31,47% (in concentration 0,8 mg/mL). / O estudo fitoquímico de Hymenaea courbaril L., conhecida popularmente como “jatobá”, foi realizado com as cascas dos frutos desta espécie, a qual tem aplicações em processos inflamatórios e em distúrbios intestinais. Das cascas dos frutos maduros, foi extraído o óleo essencial, do qual 76,17% dos constituintes foram identificados, sendo -copaeno, o majoritário. A composição deste óleo foi comparada com a do óleo essencial obtido a partir dos frutos verdes, do qual 93,34% dos constituintes foram identificados, sendo germacreno-D, o majoritário. Em ambos os óleos, foi verificada a presença somente de sesquiterpenos. O estudo dos constituites fixos possibilitou o isolamento dos diterpenos ent-labdânicos, ácido zanzibárico e ácido isoózico, e do sesquiterpeno caryolano-1,9-diol, sendo, a última substância, inédita no gênero Hymenaea. O estudo biológico revelou bons agentes larvicidas sobre Aedes aegypti, para os óleos essenciais de frutos maduros e verdes, com valores de CL50 iguais a 14,85 ± 0,44 ppm e 28,44 ± 0,27 ppm, respectivamente. Também, foi verificada uma satisfatória atividade antioxidante sobre o radical livre DPPH, com o extrato em metanol, com valor de CI50 igual a 0,04 mg/mL. O extrato em acetato de etila apresentou uma considerável atividade alelopática sobre Lactuca sativa L., com inibição do crescimento de hipocótilos em 44,68%, na concentração 0,4 mg/mL, e com inibição do crescimento de radículas em 31,47%, na concentração 0,8 mg/mL.

Submitted by Cláudia Bueno (claudiamoura18@gmail.com) on 2015-11-11T19:43:11Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Maysa Paula da Costa - 2012.pdf: 1943875 bytes, checksum: b80f4f02efcb888e3b6b59c7d58f6bc8 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2015-11-12T09:34:11Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Maysa Paula da Costa - 2012.pdf: 1943875 bytes, checksum: b80f4f02efcb888e3b6b59c7d58f6bc8 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-11-12T09:34:11Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Maysa Paula da Costa - 2012.pdf: 1943875 bytes, checksum: b80f4f02efcb888e3b6b59c7d58f6bc8 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2012-03-08 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Secondary metabolites that have been discovered from the plant kingdom are major sources of innovative therapeutic agents for infectious diseases. Plants have been demonstrated to present important biological activities and are considered as potential clinical application when show compatibility with the human organism. Hymenaea courbaril Linnaeus var. stilbocarpa a tree known as jatoba, presents chemicals products obtained from their leaves, stem, fruit and seeds that are used in folk medicine. Antimicrobial and cytotoxic activity of this plant is little known. An initial screening was performed to evaluate the in vitro susceptibility to sap and compounds of H. courbaril against dermatophytes and Cryptococcus isolates. The sap and the compound fisetin were more active and thus they were used to determine the in vitro susceptibility against eighteen dermatophytes and twenty-six Cryptococcus isolates. The results of in vitro susceptibility assay showed antifungal activity of H. courbaril against all fungi studied. The sap of H. courbaril showed minimal inhibitory concentrations (MIC) ranging between 32-128 μg/mL for dermatophytes and 8-256 μg/mL for complex C. neoformans yeast. The compound of H. courbaril fisetin inhibited the growth of dermatophytes and of Cryptococcus in concentration of 4-128 μg/ml, and of 8 a 128 μg/ml, respectively. In vitro cytotoxicity assays of sap and compound were performed with fibroblast 3T3-A31 by using the technique of absorption of the dye neutral red. Cytotoxicity assays showed that sap and compound have an low toxicity on these cells. The sap and the compound showed IC50 values of 109 μg/mL of 158μg/mL, respectively. The results of this study are relevant and promising because they show that the “fisetin” present a good biological activity for fungi, and is a compound biocompatible with basal cells of mammals. Products with such concentrations of MIC and IC50 can be considered of great value for further pharmacological studies. / As plantas e seus metabólitos secundários são uma grande fonte de inovação de agentes terapêuticos para inúmeras enfermidades, incluindo doenças infecciosas. Plantas de uso popular apresentam atividade biológica em potencial, sendo que devem ser consideradas a importância da aplicação clínica e a compatibilidade com o organismo humano. Hymenaea courbaril Linnaeus var. stilbocarpa uma árvore conhecida como jatobá, possui produtos químicos obtidos de suas folhas, tronco, frutos e sementes que são usadas na medicina popular, no entanto atividade antifúngica e a citotoxicidade desta planta ainda é pouco conhecida. Uma triagem inicial foi realizada para avaliação da suscetibilidade in vitro com a seiva e compostos de H. courbaril sobre isolados de dermatófitos e Cryptococcus. A seiva e o composto fisetina apresentaram-se mais ativos e desta forma foram usados para determinar a suscetibilidade de dezoito isolados de dermatófitos e vinte e seis de Cryptococcus. A seiva de H. courbaril apresentou concentrações inibitórias mínima (CIMs) que variaram de 32 a 128 μg/mL para os dermatófitos e de 8 a 256 μg/mL para as leveduras do complexo C. neoformans. O composto fisetina foi capaz de inibir os dermatófitos em CIMs que variaram de 4 a 128μg/mL e as leveduras do complexo C. neoformans em CIMs que variaram de 8 a 128 μg/mL. A avaliação da citotoxicidade in vitro com fibroblastos 3T3-A31 foi realizada para a seiva e o composto fisetina usando a técnica de absorção do corante vermelho neutro. Por este método foi possível verificar que a seiva de H. courbaril apresentou um IC50 de 109 μg/mL e o composto de 158μg/mL Os resultados encontrados neste estudo são relevantes e promissores, pois mostram que esta planta apresenta uma boa atividade biológica para fungos, além de possuir um composto isolado biocompatível com celulas basais de mamíferos. Produtos com tais concentrações de CIM e IC50 podem ser considerados de grande valor para posteriores estudos farmacológicos.

Orientador: Michel Georges Albert Vincentz / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-11T18:45:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DelBem_LuizEduardoVieira_M.pdf: 9371325 bytes, checksum: 4720605c3fed6784b51b26b99feff19c (MD5) Previous issue date: 2008 / Resumo: Introdução: Os xiloglucanos são os polímeros de açúcar mais abundantes na hemicelulose da maioria das espécies de plantas terrestres, em especial nas eudicotiledôneas. Possuem papel estrutural na parede celular vegetal, interagindo com os filamentos de celulose, e podem ser utilizados como reserva em sementes de várias espécies de eudicotiledôneas, como o Jatobá (Hymenaea courbaril), onde correspondem a quase 50% do peso seco da semente. Este polímero é formado por uma cadeia central de ß-glucano com ramificações que contêm xilose, galactose e fucose. O mecanismo de degradação deste polímero é realizado por cinco hidrolases: XTH, ß-Galactosidase, ß-Glucosidase,? a-Xilosidase e? a-Fucosidase. Estas enzimas são codificadas por genes que constituem famílias multigênicas nos genomas de plantas, e sua atividade na degradação seletiva de xiloglucano têm papel central na regulação do crescimento e morfogênese da célula vegetal. O Jatobá (Leguminosae) é uma árvore tropical, nativa do Brasil, que vem sendo utilizada como modelo vegetal para estudos de impacto ambiental por efeito estufa e estresses abióticos oriundos do aquecimento global. Foi observado que mudas de Jatobá, crescidas numa atmosfera com 720 PPM de CO2 (dobro da concentração atual), apresentam até 50% de aumento de biomassa aos 100 dias. O entendimento das respostas transcripcionais desta planta, em resposta a estes estresses, pode levar a conclusões à cerca de como as florestas tropicais responderão ao aumento inexorável na concentração de CO2, num quadro de aquecimento global. Resultados: Construímos bibliotecas de cDNA de folhas, caule, cotilédones e raízes de plântulas de 45 dias de Jatobá. Um seqüenciamento amostral dos ESTs levou à obtenção de 103 seqüências, parciais ou completas, de proteínas de Jatobá. São os primeiros dados de ESTs numa árvore tropical brasileira. Análises filogenéticas das enzimas que constituem o mecanismo de degradação de xiloglucano foram conduzidas ao longo de 13 genomas completos e 27 bancos de ESTs de espécies dos mais diversos grupos no reino Viridiplantae. Isso nos permitiu organizar a diversidade destas cinco famílias multigênicas em possíveis grupos de ortólogos (PoGOs). As XTHs foram divididas em seis grupos de genes homólogos e 19 PoGOs. As ß-Galactosidases foram divididas em dois grupos de genes homólogos e 10 PoGOs. As ß-Glucosidases foram divididas em dois grupos de genes homólogos e dois PoGOs. As? a-Xilosidase foram divididas em três PoGOs e as a-Fucosidase em dois PoGOs não relacionados evolutivamente. Conclusões e Perspectivas: As 103 seqüências peptídicas obtidas de Jatobá foram anotadas por comparação e serão disponibilizadas nos bancos de dados internacionais. A perspectiva de seqüenciar mais clones poderá levar à montagem do transcriptoma do Jatobá, algo inédito para uma árvore tropical. Concluímos, com as análises filogenéticas, que as XTHs, que formam um grupo monofilético de genes em Streptophyta, surgiram antes da conquista do ambiente terrestre. Estes genes foram progressivamente amplificados ao longo da evolução das plantas terrestres, o que sugere um ganho progressivo de complexidade, que teve seu auge nas Angiospermas. Apresentamos evidências que podem unir evolutivamente as XTHs exclusivas de plantas a enzimas transglicosiladoras de cadeias de ß -glucano em fungos, o que sugere uma origem comum do processo de transglicosilação de cadeias de ß-glucano como mecanismo de controle do crescimento e formato celular em eucariotos com parede celular. As ß-Galactosidases formam um grupo monofilético em Embryophytas com nove PoGOs, no entanto sua grande diversificação (seis PoGOs) ocorreu apenas em Angiospermas. As ß -Glucosidases formam um grupo monofilético em Embryophytas, seqüências similares em bactérias fotossintetizantes podem sugerir uma origem no ancestral dos cloroplastos. As a -Xilosidase, que são monofiléticas nas Spermatophytas, derivaram das ?a-Glucosidases que se encontram dispersas entre todos os eucariotos, é um caso de neofuncionalização. Duas linhagens distintas evolutivamente de a-Fucosidases foram encontradas, uma delas é monofilética em Embryophytas e a outra pertence a uma grande família multigênica (GDSL-motif) da qual pouco se sabe. Mostramos que o mecanismo completo (cinco hidrolases) de degradação de xiloglucano existia no ancestral comum das Spermatophytas (plantas com semente). Como perspectivas este trabalho permite a racionalização de estudos funcionais destas hidrolases o que, em longo prazo, pode contribuir com processos biotecnológicos que passem pela modificação seletiva da parede celular vegetal. / Abstract: Introduction: Xyloglucans are the main hemicelulose in most of land plants, especially in eudicots. It is a structural compound of plant cell-wall that interacts with cellulose and can be used as seed's energy storage of many species, like Jatoba (Hymenaea courbaril). Xyloglucan structure is composed of a ß-glucan backbone that it branched with xylose, galactose and fucose. Its degradation machinery is composed by five glycosil hydrolases: XTH, ß-Galactosidase, ß-Glucosidase,?a-Xylosidase and? a- Fucosidase. These enzymes are codified by multigenic families in plant's genomes and it plays a central role in key processes like growth and morphogenesis of plant cells. Jatoba (Leguminosae) is a tropical tree, native of Brazil. It's been used as a model tree in researches of plant's responses to stresses caused by global warming and high atmospheric CO2 concentration. It was observed a 50% increase in biomass of a 100 days Jatoba seedling when grown in a 720 PPM of CO2 atmosphere (two times bigger than today's atmospheric concentration). Understand the transcriptional responses to these stresses can lead to conclusions about how tropical forests will respond to high concentrations of CO2 and global warming. Results: We made cDNA libraries of leaves, stem, cotyledons and roots of 45 days seedlings of Jatoba. A preliminary sequencing of these libraries reveled 103 predict protein sequences (most partial sequences). Phylogenetic analyses of xyloglucan hydrolytic enzymes were conducted using 13 completed genomes and 27 ESTs assemblies, from a wild range of taxonomic groups in the Viridiplantae kingdom. It allowed us to divide XTH's diversity of genes into six homology groups and 19 possible groups of orthologues (PoGOs). ß-Galactosidases were divided into two groups of homologues and 10 PoGOs. ß -Glucosidases were divided into two groups of homologues and two PoGOs. a-Xylosidase were divided into three PoGOs and a-Fucosidase into two PoGOs evolutionarily unrelated. Conclusions and Perspectives: The 103 protein sequences of Jatoba were annotated by comparison to known proteins and will be deposited in international sequences assemblies. As a perspective, the sequencing of Jatoba ESTs will lead to the assembly of its transcriptome, something never done before in a tropical tree. We concluded that XTHs are monophyletic group o genes in Streptophyta, what means they emerged before lands conquest by plants. These genes were progressively amplified in land plants evolution, especially in Angiosperms, what suggests a progressive gain in complexity. We showed evidences of a possible evolutionary relation between plant's XTHs and fungus hydrolases/transglycosylases enzymes. It suggests a eukaryotic ancestral mechanism to control cell expansion and shape based in ß -glucan transglycosylation and its interaction to cellulose (in plants) or chitin (in fungus). The ß -Galactosidases are a monophyletic group in Embryophytas that were divided into nine PoGOs, six PoGOs only appeared in Angiosperms. The ß -Glucosidases belongs to a monophyletic group in Embryophytas that has sequence similarity to bacterial proteins, especially ones from photosynthetic bacteria species. The a-Xylosidases are a PoGO in Spermatophyta that probably emerged from a-Glucosidases presents in all eukaryotes. It's probably a neofunctionalization process. Two evolutionary distinct lineages of a-Fucosidases where found, one monophyletic in Embryophytas and another that belongs to the poorly understood multigenic family "GDSL-motif proteins". We showed that the complete machinery (all the five hydrolases) of Xyloglucan degradation already exists in Spermatophytas common ancestor. As a perspective, we expect to rationalize the functional characterization works among these multigenic families and to contribute in biotechnology processes that pass through cell-wall modification and selective control. / Mestrado / Genetica Vegetal e Melhoramento / Mestre em Genética e Biologia Molecular

Conselho Nacional de Desenvolvimento CientÃfico e TecnolÃgico / O estudo fitoquÃmico de Hymenaea courbaril L., conhecida popularmente como âjatobÃâ, foi realizado com as cascas dos frutos desta espÃcie, a qual tem aplicaÃÃes em processos inflamatÃrios e em distÃrbios intestinais. Das cascas dos frutos maduros, foi extraÃdo o Ãleo essencial, do qual 76,17% dos constituintes foram identificados, sendo -copaeno, o majoritÃrio. A composiÃÃo deste Ãleo foi comparada com a do Ãleo essencial obtido a partir dos frutos verdes, do qual 93,34% dos constituintes foram identificados, sendo germacreno-D, o majoritÃrio. Em ambos os Ãleos, foi verificada a presenÃa somente de sesquiterpenos. O estudo dos constituites fixos possibilitou o isolamento dos diterpenos ent-labdÃnicos, Ãcido zanzibÃrico e Ãcido isoÃzico, e do sesquiterpeno caryolano-1,9-diol, sendo, a Ãltima substÃncia, inÃdita no gÃnero Hymenaea. O estudo biolÃgico revelou bons agentes larvicidas sobre Aedes aegypti, para os Ãleos essenciais de frutos maduros e verdes, com valores de CL50 iguais a 14,85 Â 0,44 ppm e 28,44 Â 0,27 ppm, respectivamente. TambÃm, foi verificada uma satisfatÃria atividade antioxidante sobre o radical livre DPPH, com o extrato em metanol, com valor de CI50 igual a 0,04 mg/mL. O extrato em acetato de etila apresentou uma considerÃvel atividade alelopÃtica sobre Lactuca sativa L., com inibiÃÃo do crescimento de hipocÃtilos em 44,68%, na concentraÃÃo 0,4 mg/mL, e com inibiÃÃo do crescimento de radÃculas em 31,47%, na concentraÃÃo 0,8 mg/mL. / The phytochemical study of Hymenaea courbaril L., named âjatobÃâ, was executed by fruit`s bark of this vegetal, that is applied in inflammatory and intestinal diseases. Essential oil was extracted from mature fruit and 76,17% of the constituents were identified. The major constituent was -copaene. The composition of this oil was compared with the composition of the oil obtained on immature fruit, whose 93,34% of the constituents were identified. The major constituent of immature fruit was germacrene-D. Sesquiterpenes were present into both oils. The study of the fixe constituents permitted to isolate two ent-labdanic diterpenes, zanzibaric acid and isoozic acid, and the sesquiterpene caryolane-1,9-diol, that was a inedited substance in Hymenaea species. The biological study revealed that essential oils of mature fruit and immature fruit were satisfactory larvicidal agentes about Aedes aegypti and their LC50 14,85 Â 0,44 ppm and 28,44 Â 0,27 ppm, respective. A satisfactory antioxidant activity about DPPH free radicals was verified for extract in methanol whose IC50 0,04 mg/mL. The extract in ethyl acetate showed notable allelopathic effect on Lactuca sativa L., and hypocotyls growth was reduced in 44,68% (in concentration 0,4 mg/mL) and radicules growth was reduced in 31,47% (in concentration 0,8 mg/mL).

Intervenções conservacionistas baseadas em receitas generalistas e uniformes têm eficácia comprometida por serem incapazes de incorporar as particularidades de cada ecossistema e as diferentes características regionais da atividade humana. Este trabalho teve como objetivo desenvolver uma metodologia que incorporasse a avaliação espacial do fluxo gênico contemporâneo de plantas ao planejamento territorial de paisagens fragmentadas. Adotou-se o Jatobá (Hymenaea courbaril), espécie zoocórica, como espécie guarda-chuva. Localizada no Pontal do Paranapanema, a área amostral utilizada possui 49km2, que abrigam sete sub-populações de Jatobá e 1,32 km2 de remanescentes florestais divididos em 4 fragmentos. Executamos o censo de árvores adultas e amostragem regular de indivíduos juvenis. Amostrou-se 359 indivíduos, dos quais 75 foram considerados como adultos, todos foram georreferenciados por GPS e genotipados por SSR. Analisando-se três locos de DNA genômico e um de c-DNA, foram realizados 21.225 testes de maternidade, nos quais 62 plantas jovens tiveram suas mães identificadas. A distribuição das distâncias de dispersão de sementes verificada indica que o isolamento para recolonização entre sub-populações ocorre em distâncias superiores a 1600m. Foram localizados 13 fragmentos que permaneceriam em condição de isolamento, mesmo após a recuperação de todas as APPs. Recomenda-se a inclusão do aumento de conectividade destas manchas, bem como do reflorestamento de todas as APPs, na lista de prioridades do planejamento da conservação da biodiversidade desta região. / Conservationist interventions, based on general and uniform protocols, lose effectiveness by being incapable to incorporate the particularities of each ecosystem and the different regional patterns of the human activity. This research meant to develop a method that incorporates the spatial evaluation of the contemporary gene flow of plants to the territorial planning of fragmented landscape. We adopted Hymenaea courbaril as an umbrella species. Located in the Pontal of the Paranapanema (São Paulo State, Brazil), the study area has 49km2, that shelters seven subpopulations of Hymenaea courbaril with 1,32km2 are covered by forest that is separated in four patches. We censused adult trees and also regular seedlings and juveniles were regularly sampled. A total of 359 individuals were identified and georreferencered by GPS and genotyped by SSR. Analyzing 3 loci of genomic DNA and one of c-DNA, we applied a maternity test. 62 young plants had them mothers identified. The distribution of distances of seed dispersal indicates that the isolation for recolonization between subpopulations occurs in distances greater than 1600m, indicating that the connectivity in the studied landscape is very low for Hymenaea courbaril. 13 habitat patches were located in isolation condition, even after the recuperation of all the law-protected riparian-corridor areas. These results emphasized the increase of connectivity of these spots, as well as the restoration in the protected riparian areas, as some of the top priorities in the planning of the biological conservation of this region.

Intervenções conservacionistas baseadas em receitas generalistas e uniformes têm eficácia comprometida por serem incapazes de incorporar as particularidades de cada ecossistema e as diferentes características regionais da atividade humana. Este trabalho teve como objetivo desenvolver uma metodologia que incorporasse a avaliação espacial do fluxo gênico contemporâneo de plantas ao planejamento territorial de paisagens fragmentadas. Adotou-se o Jatobá (Hymenaea courbaril), espécie zoocórica, como espécie guarda-chuva. Localizada no Pontal do Paranapanema, a área amostral utilizada possui 49km2, que abrigam sete sub-populações de Jatobá e 1,32 km2 de remanescentes florestais divididos em 4 fragmentos. Executamos o censo de árvores adultas e amostragem regular de indivíduos juvenis. Amostrou-se 359 indivíduos, dos quais 75 foram considerados como adultos, todos foram georreferenciados por GPS e genotipados por SSR. Analisando-se três locos de DNA genômico e um de c-DNA, foram realizados 21.225 testes de maternidade, nos quais 62 plantas jovens tiveram suas mães identificadas. A distribuição das distâncias de dispersão de sementes verificada indica que o isolamento para recolonização entre sub-populações ocorre em distâncias superiores a 1600m. Foram localizados 13 fragmentos que permaneceriam em condição de isolamento, mesmo após a recuperação de todas as APPs. Recomenda-se a inclusão do aumento de conectividade destas manchas, bem como do reflorestamento de todas as APPs, na lista de prioridades do planejamento da conservação da biodiversidade desta região. / Conservationist interventions, based on general and uniform protocols, lose effectiveness by being incapable to incorporate the particularities of each ecosystem and the different regional patterns of the human activity. This research meant to develop a method that incorporates the spatial evaluation of the contemporary gene flow of plants to the territorial planning of fragmented landscape. We adopted Hymenaea courbaril as an umbrella species. Located in the Pontal of the Paranapanema (São Paulo State, Brazil), the study area has 49km2, that shelters seven subpopulations of Hymenaea courbaril with 1,32km2 are covered by forest that is separated in four patches. We censused adult trees and also regular seedlings and juveniles were regularly sampled. A total of 359 individuals were identified and georreferencered by GPS and genotyped by SSR. Analyzing 3 loci of genomic DNA and one of c-DNA, we applied a maternity test. 62 young plants had them mothers identified. The distribution of distances of seed dispersal indicates that the isolation for recolonization between subpopulations occurs in distances greater than 1600m, indicating that the connectivity in the studied landscape is very low for Hymenaea courbaril. 13 habitat patches were located in isolation condition, even after the recuperation of all the law-protected riparian-corridor areas. These results emphasized the increase of connectivity of these spots, as well as the restoration in the protected riparian areas, as some of the top priorities in the planning of the biological conservation of this region.

Orientadores: Marcos Silveira Buckeridge, Michel Georges Albert Vincentz / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-11T04:13:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Brandao_AlineDias_D.pdf: 19907287 bytes, checksum: dc16cfd53b17ed55d8ab52957dcdadae (MD5) Previous issue date: 2008 / Resumo: Os jatobás (espécies pertencentes ao gênero Hymenaea, família Leguminosae) apresentam grande plasticidade fisiológica. Diferentes espécies e variedades de jatobás se adaptaram a praticamente todos os biomas tropicais brasileiros, incluindo a Floresta Amazônica, e o complexo de ecossistemas que é formado pela Mata Atlântica, Cerrado e Caatinga. Espécies do gênero possuem como principal reserva de carbono do embrião o xiloglucano, um polissacarídeo similar à celulose, mas solúvel em água devido a ramificações com xilose e galactose. Após a germinação, o xiloglucano dos cotilédones é completamente degradado, produzindo monossacarídeos livres que são rapidamente metabolizados à sacarose. A produção das enzimas de hidrólise do xiloglucano nos cotilédones é controlada pela auxina proveniente da parte aérea da planta, porém, não se sabe exatamente como esse mecanismo é controlado. O objetivo deste trabalho foi isolar cDNAs (DNA complementar) parciais dos genes da bgalactosidase - BGAL e xiloglucano endotransglicosilase ou endo-b-1,4-glucanase ¿ XET, relacionados com a degradação do xiloglucano e duas enzimas envolvidas no metabolismo da sacarose, a invertase neutra/alcalina - IN/IA e a sacarose sintase ¿ SUS, para tentar avaliar possíveis formas de controle da expressão gênica envolvidas nos mecanismos do catabolismo do xiloglucano em cotilédones de plântulas de Hymenaea courbaril. Primeiramente, foram desenhados primers com base em seqüências de espécies da família Leguminosae existentes em banco de dados para os respectivos genes. A partir daí foi possível clonar seqüências parciais de todos os genes. Utilizando a técnica de RT-PCR semi-quantitativa (semi-quantitative reverse transcription-polimerase chain reaction) foram realizadas análises da expressão nos cotilédones, folhas, hipocótilos e raízes no 45º dia após a embebição (quando ocorre a taxa máxima de mobilização do xiloglucano) a cada 6 horas em um período de 24 horas. As plântulas foram analisadas sob as seguintes condições: I) plântulas crescidas em condições naturais; II) excisão da parte aérea; III) aplicação do inibidor do transporte polar de auxina (NPA ¿ ácido naftil ftalâmico); IV) crescimento em luz contínua e V) crescimento em escuro contínuo. Observou-se que existem, basicamente, três formas de controle em resposta a auxina. Nos cotilédones, os genes responsáveis pela degradação do xiloglucano BGAL1 e XTH1, possivelmente são regulados em resposta a auxina endógena e a variação de luz, enquanto que os genes responsáveis pelo metabolismo da sacarose, AlkIN1 e SUS1 possivelmente são regulados pela disponibilidade de carbono. Nas folhas, hipocótilos e raízes o padrão de expressão variou de acordo com a disponibilidade de carbono proveniente da degradação do xiloglucano de reserva nos cotilédones. Os resultados apresentados relatam a primeira descrição do isolamento dos cDNAs, permitiram a caracterização do padrão de expressão de genes chave, envolvidos no estabelecimento de uma espécie arbórea nativa do Brasil e em conjuto com os dados de atividade enzimática possibilitaram observar que a mobilização de reserva no jatobá ocorre a nível transcricional. Através do seqüênciamento, também foi possível observar que a invertase neutra clonada da raiz do jatobá apresentou resíduos de aminoácidos que a caracterizam como invertase alcalina (AlkIN1). Diante do padrão de expressão observado para a ß-galactosidase, XTH, invertase alcalina e sacarose sintase no presente trabalho, é possível sugerir um modelo para o controle da degradação e mobilização do xiloglucano de reserva nos cotilédones sob influência da auxina endógena e da variação de luz, durante o desenvolvimento inicial nas plântulas de Hymenaea courbaril / Abstract: The jatobas (species belonging to the genus Hymenaea, family Leguminosae) display large physiological plasticity and as a consequence they have great adaptive capacity to several habitats. Different species and varieties of jatobas have adapted practically to all Brazilian tropical biomes, including the Amazon Forest and the complex of ecosystems that is formed by the Atlantic Forest, the Savannah and the Caatinga. Species of this genus contain xyloglucan as the main storage of carbon in their seeds. Xyloglucan is a polysaccharide similar to cellulose, but water soluble due to the branching with xylose and galactose. After germination, xyloglucan is completely degraded, producing free monosaccharides that are quickly metabolized to sucrose. The production of xyloglucan hydrolytic enzymes in the cotyledons is known to be controlled by auxin that comes from the shoot. However, it is not known how the mecanism is controlled. The aim of the present work was isolate partial cDNAs of the genes b-galactosidase (BGAL) and xyloglucan endo-transglycosylase or endo-b-1,4-glucanase (XET) xyloglucan degradation genes and two other genes related to sucrose metabolism (neutral/alkaline invertase - NI/AI and sucrose synthase - SUS) in order to try to evaluate possible forms of control of gene expression involved in the catabolism of xyloglucan in cotyledons of Hymenaea courbaril . Primers were designed on the basis of extant sequences obtained from databases for all genes. We guided the search by sequences obtained from species of the Leguminosae. We cloned partial sequences of genes coding BGAL, XTH, NI and SUS. Semi-quantitative RT-PCR (semi-quantitative reverse transcription-polimerase chain reaction) was used to analyze expression at the 45th day after imbibition (when the rate of mobilization is maximal) in cotyledons, leaves, hypocotyls and roots every 6 hours during 24 hours. The experimental treatments were 1) seedlings grown under natural conditions; II) seedlings with top shoot excised; III) seedlings treated with auxin transport inhibitor (NPA ¿ naphtyl phtalamic acid); IV) seedilings grown in continous light and V) seedilings grown in darkness. We observed that there are three mechanisms of response to auxin. In cotyledons the genes related to xyloglucan degradation, BGAL1 and XTH1, showed responses by auxin and light in the plant. The genes related to sucrose metabolism, AlkIN1 and SUS1, have shown responses to carbon flux. In leaves, hypocotyls and roots the gene pattern change according carbon source comes from product of storage xyloglucan degradation in cotyledons. Our results revealed the first description of cDNA isolation and allow characterize pattern of genes involved native Brazilian tree species establishment. Our results and enzymatic data obtained by other researchers suggest a transcriptional control of storage mobilization in jatoba. From the sequencing data, it was also possible to observe that neutral invertase (NI) gene cloned from roots of jatoba contains aminoacid residues that characterise the NI as an alkaline invertase (AlkIN1) instead. Based in degradation and mobilization of xyloglucan storage in cotyledons we propose an expression control model for ß-galactosidase, XTH, alkaline invertase and sucrose synthase in all analyzed tissues during early development in seedilings of Hymenaea courbaril by endogenous auxin influence and light alternance / Doutorado / Biologia Celular / Doutor em Biologia Celular e Estrutural

Submitted by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-11-29T14:06:39Z No. of bitstreams: 1 Dissertação - Juliana T. Silva.pdf: 2897988 bytes, checksum: 9353ab0101b719974f0d25fe933d83c2 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-11-29T14:06:56Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Juliana T. Silva.pdf: 2897988 bytes, checksum: 9353ab0101b719974f0d25fe933d83c2 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-11-29T14:07:18Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Juliana T. Silva.pdf: 2897988 bytes, checksum: 9353ab0101b719974f0d25fe933d83c2 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-11-29T14:07:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação - Juliana T. Silva.pdf: 2897988 bytes, checksum: 9353ab0101b719974f0d25fe933d83c2 (MD5) Previous issue date: 2016-06-27 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / This study aimed to adjust mathematical models to estimate the commercial volume with bark and dry biomass, and assess the quality of wood jatobá (Hymenaea courbaril L.) from plantations Embrapa Western Amazon, at different ages. For volumetric analysis was performed 100% inventory and cubage of 10 trees with 17 years and 12 to 24, 10 being adjusted models for estimating the volume. For quantification of biomass was used for each planting trees 10, and the adjustment of the equation 9 were tested models. The quality of the wood was evaluated through the application of physical tests (humidity, basic density and dimensional stability) and mechanical (parallel compression, bending and Janka hardness), governed by the ABNT 7190 (1997) and ASTM D 143-94 (2000), in specimens taken from five trees each planting. The statistics used for comparisons took into account average, confidence interval, variance, standard deviation and coefficient of variation. For verification of statistical difference between the properties t test was applied with p <0.05. The equation obtained best fit to estimate the volume was V = -0.362 + 0.028 .d + 0.00769 . h, and an estimated air dry biomass, ln (MS) = -2.209 + 1.859. In (d) + 0.753. ln (h). The adjusted determination coefficients showed values greater than 89% and equal error estimation standards to 0.061 and 0.172 respectively. The average increase of the trade volume estimated was considered low, 11.79 m³/ha/year and 11.13 m³/ha/year for trees of 17 and 24 years respectively. The estimate of biomass found was 207.71 Mg/ha for planting with 17 years and 280.71 Mg/ha for planting with 24 years. Regarding the quality of the wood, it not had evidence that age influenced the tested properties. However the results demonstrate the potential to replace some traditional species of the market, with approximate physical characteristics of jatobá from native forests, and mechanical resistance often superior to other commercial woods. Thus, except for use in heavy construction (structural), wood jatobá up to 24 years can be used for making various products which are not subjected to high compressive stresses parallel to the fibers. / Este estudo teve por objetivo ajustar modelos matemáticos para estimar o volume comercial com casca e a biomassa aérea seca, e avaliar a qualidade da madeira de jatobá (Hymenaea courbaril L.) proveniente de plantios da Embrapa Amazônia Ocidental, em idades diferentes. Para as análises volumétricas, foi realizado inventário 100% e cubagem de 10 árvores com 17 anos e 12 com 24 anos, sendo ajustados 10 modelos para a estimativa do volume. Para a quantificação da biomassa utilizou-se 10 árvores de cada plantio, e para o ajuste das equações foram testados 9 modelos. A qualidade da madeira foi avaliada por meio da aplicação de ensaios físicos (umidade, densidade básica e estabilidade dimensional), e mecânicos (compressão paralela, flexão estática e dureza Janka), regidos pelas normas ABNT 7190 (1997) e ASTM D 143-94 (2000), em corpos de prova retirados de 5 árvores de cada plantio. A estatística utilizada para as comparações levou em consideração médias, intervalo de confiança, variância, desvio padrão e coeficiente de variação. Para verificação de diferença estatística entre as propriedades o Teste t foi aplicado com p<0,05. A equação que obteve melhor ajuste para estimar o volume foi V = -0,362 + 0,028 .d + 0,00769 . h, e para a estimativa da biomassa seca aérea, ln(MS) = -2,209 + 1,859 . ln(d) + 0,753 . ln(h). Os coeficientes de determinação ajustado apresentaram valores superiores a 89% e erros padrões de estimativa iguais a 0,061 e 0,172 respectivamente. O incremento médio do volume comercial estimado foi considerado baixo, 11,79 m³/ha/ano e 11,13 m³/ha/ano para as árvores de 17 e 24 anos respectivamente. A estimativa de biomassa encontrada foi de 207,71 Mg/ha para o plantio com 17 anos e 280,71 Mg/ha para o plantio com 24 anos. Em relação à qualidade da madeira, não se teve evidências que a idade influenciou as propriedades testadas. No entanto os resultados demonstram potencial para substituir algumas espécies tradicionais do mercado, apresentando características físicas aproximadas as dos jatobás provenientes de florestas nativas, e resistência mecânica muitas vezes superior à outras madeiras comerciais. Deste modo, com exceção à utilização na construção civil pesada (estrutural), a madeira de jatobá de até 24 anos, pode ser utilizada para a confecção de diversos produtos que não sejam submetidos à elevados esforços de compressão paralela às fibras.

Com o objetivo de avaliar o desenvolvimento e qualidade de mudas de três espécies nativas do Cerrado, em função de lâminas de irrigação e tamanhos de recipiente, três experimentos foram conduzidos em casa de vegetação, em Piracicaba, São Paulo. As espécies utilizadas foram o jatobazeiro (Hymenaea courbaril L.), a pitangueira (Eugenia uniflora L.) e o baruzeiro (Dipteryx alata Vog.), nos Experimentos I, II e III, respectivamente. Os experimentos foram instalados no delineamento em blocos ao acaso, com três repetições, em parcelas subdivididas, no esquema 2 x 5. Nas parcelas, utilizaram-se dois tamanhos de recipientes, e nas subparcelas, cinco lâminas de irrigação (20%, 40%, 60%, 80% e 100% da evapotranspiração potencial - ETp, obtida por pesagem das mudas). Cada subparcela foi constituída por oito mudas, espaçadas em 22,5 cm entre si. Os recipientes, no Experimento I, foram vasos de 3,1 L e citrovasos de 4,0 L, enquanto nos Experimentos II e III, foram utilizados vasos (2,3 L) e sacos de polietileno (2,0 L). O substrato foi constituído de uma mistura de 50% substrato comercial e 50% areia fina (v/v). Para cada 100 L da mistura, foram adicionados 15 L de vermiculita. Utilizou-se o sistema de irrigação por gotejamento, com emissores autocompensantes de 2,0 e 4,0 L h-1, em diferentes combinações para atender as lâminas. As irrigações foram realizadas diariamente. Durante o período experimental, foram registrados em datalogger, a temperatura, a umidade relativa e a radiação solar global, e em tanque Classe A, a evaporação. Aos 80, 120, 160 e 200 dias após a semeadura (DAS), foram avaliados a altura, o diâmetro de caule e o número de folhas. Aos 120, 160 e 200 DAS, foram mensurados a área foliar, o comprimento do sistema radicular, as massas de matéria seca de raízes, caule, folhas e de muda, a relação das massas de matéria seca de raízes e parte aérea (MSR/MSPA) e a qualidade das mudas (Índice de Qualidade de Dickson - IQD). O coeficiente de cultivo (Kc) foi determinado em cinco fases de desenvolvimento. Lâminas de irrigação de 90,1% a 100% da ETp proporcionaram maior desenvolvimento vegetativo e IQD das mudas de H. courbaril L., até 200 dias de idade. Com relação aos recipientes, maior desenvolvimento de mudas de jatobazeiro, pitangueira e baruzeiro foi observado no citrovaso, no vaso (2,3 L) e no saco plástico, respectivamente. Mudas de pitangueira e de baruzeiro apresentaram maior desenvolvimento e IQD, na lâmina de irrigação de 100% (ausência de deficit hídrico). Maior ac úmulo de matéria seca pelo jatobazeiro e baruzeiro, foi observado de 120 a 160 DAS, e pela pitangueira, de 160 a 200 DAS. Mudas de pitangueira submetidas a deficit hídrico mais intenso, se mostraram resistentes à seca, em razão da maior relação MSR/MSPA. Nos primeiros 200 dias após semeadura, o Kc das espécies, obtido pela metodologia de Penman-Monteith apresentou os seguintes valores: 0,54 a 1,01 (H. courbaril L), 0,35 a 0,67 (E. uniflora L.) e 0,52 a 0,85 (D. alata Vog), sendo maior na fase de 160 a 200 DAS. / Aiming to evaluate the development and seedlings quality of three native plants species of the Savannah, in function of irrigation levels and container sizes, three experiments were carried in greenhouse, in Piracicaba, São Paulo. The species used were jatoba plant (Hymenaea courbaril L.), Surinam cherry (Eugenia uniflora L.) and \"baru\" plant (Dipteryx alata Vog.) in the Experiments I, II and III, respectively. The experiments were installed in randomized blocks design, with three replications, in split-plot, in the scheme 2 x 5. Two sizes of containers were used in the plots, and five irrigation levels (20%, 40%, 60%, 80% and 100% of the potential evapotranspiration - ETp, obtained by weighting of seedlings) were used in the subplots. Each subplots was constituted by eight seedlings, at the spacing 22.5 cm between themselves. The containers in the Experiment I, were pots 3.1 L and stiff plastic tube of 4.0 L, while in the Experiments II and III, pots (2.3 L) and container of polyethylene (2.0 L) were used. The substrate was constituted of 50% commercial substrate and 50% fine sand (v/v) mixture. Fifteen liters of vermiculite were added per each 100 L of that mixture. The drip irrigation system was used, with self compensating emitters at flow of 2.0 and 4.0 L h-1, in different combinations to satisfy the irrigation levels. The irrigations were accomplished daily. During the experimental period, the temperature, relative humidity and global solar radiation were recorded in data logger, and the evaporation was mensured in class A pan. The seedling height, the stem diameter and leaves number were appraised at the 80, 120, 160 and 200 days after sowing (DAS), while the leaf area, the root system length, the dry matter mass of roots, stem, leaves and seedling, the ratio between roots dry matter mass and aerial part (MSR/MSPA) and seedlings quality (Dickson Quality Index - IQD) were measured at 120, 160 and 200 DAS. The crop coefficient (Kc) was determined in five stages of the species development. Irrigation levels between 90.1% and 100% of ETp provided larger vegetative development and IQD of H courbaril L. seedlings, up to 200 days of age. Regarding the containers, larger development of the H. courbaril L., E. uniflora L. and D. alata Vog. seedlings was obtained in the stiff plastic tube, the pot (2.3 L) and the polyethylene container, respectively. E. uniflora L. and D. alata Vog. seedlings presented larger development and IQD, under the irrigation level 100% (absence of water deficit). Larger dry matter mass production of the H. courbaril L. and D. alata Vog. seedlings was observed between 120 and 160 DAS, and of the E. uniflora L., in the stage from 160 to 200 DAS. E. uniflora L. seedlings under to more intense water deficit, they presented resistance to the drought, in reason of the largest ratio MSR/MSPA. Seedlings of up to 200 days after sowing, the Kc presented the following values, by methodology of Penman-Monteith: 0.54-1.01 (H. courbaril L), 0.35-0.67 (E. uniflora L.) and 0.52-0.85 (D. alata Vog.), being larger in the stage from 160 to 200 DAS.