Submitted by Hiolanda Rêgo (hiolandarego@gmail.com) on 2017-03-03T14:25:21Z No. of bitstreams: 1 Tese_Med_ Kiyoshi Ferreira Fukutani.pdf: 4159106 bytes, checksum: ca6c9303a7e5ece45bdabcb3ca7d843b (MD5) / Approved for entry into archive by Delba Rosa (delba@ufba.br) on 2017-06-07T13:28:17Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese_Med_ Kiyoshi Ferreira Fukutani.pdf: 4159106 bytes, checksum: ca6c9303a7e5ece45bdabcb3ca7d843b (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-07T13:28:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese_Med_ Kiyoshi Ferreira Fukutani.pdf: 4159106 bytes, checksum: ca6c9303a7e5ece45bdabcb3ca7d843b (MD5) / CNPq;FAPESB;CAPES; / Introdução: Infecções respiratórias agudas (IRA) apresentam uma elevada morbidade e representam um problema de saúde pública. Objetivos: Detectar , via a presença de RNA, os agentes virais e bacterianos presentes em aspirado nasofaríngeo (ANF) de crianças com idades entre 6-23 meses, portadoras de IRA e detectar o perfil de resposta imune associados. Metodologia: ANF foram submetidos à extração de RNA e esse foi utilizado em ensaios de nCounter empregando sondas desenhadas para a detecção viral e bacteriana e empregando sondas padrão para a detecção da resposta imune. Resultados: na coorte de 60 ANFs obtidos de crianças com IRA, detectamos transcritos de Parainfluenza (1-3), Vírus Sincicial Respiratório (A e B) (21%), Metapneumovirus humanos (5%), Bocavírus, Coronavírus e Vírus Influenza A (3%), Rinovírus (2%), Staphylococcus aureus (77%), Haemophilusinfluenzae (69%), Streptococcuspneumoniae (26%), Moraxellacatarrhalis (8%), Mycoplasmapneumoniae (3%) e Chlamydophilapneumoniae (2%). Dentre os 60 pacientes, 28 apresentaram infecção bacteriana única, 22 pacientes apresentaram a presença de bactérias e vírus, e cinco pacientes apresentaram infecção viral apenas. Em cinco pacientes, a detecção dos transcritos ficou abaixo do ponto de corte e esses foram considerados negativos. Também observamos uma modulação diferencial de genes imunes em ANFs; o número de genes modulados foi reduzido por redução de dimensões. Encontramos 30 genes diferencialmente expressos. Para avaliar as associações entre todas as variáveis, utilizamos a rede Bayesiana e observamos uma associação entre marcadores da resposta imune com carga microbiana. Conclusão: O nCounter é uma técnica sensível para identificar o transcriptoma de ANF, tendo como alvo tanto a resposta imune quanto os patógenos. A análise integrada dos dados revelou um subconjunto de genes relacionados à resposta que interagem diretamente com a carga microbiana e com os sintomas clínicos.

Submitted by Heitor Rapela Medeiros (heitor.rapela@ufpe.br) on 2015-03-06T13:45:50Z No. of bitstreams: 2 TESE MARIA JOSE COUTO OLIVEIRA.pdf: 3444115 bytes, checksum: 23f3f8857155eb1b13b9abe031e11e3b (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-06T13:45:50Z (GMT). No. of bitstreams: 2 TESE MARIA JOSE COUTO OLIVEIRA.pdf: 3444115 bytes, checksum: 23f3f8857155eb1b13b9abe031e11e3b (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2012-02-29 / Durante a pandemia (2009-2010) com o vírus influenza A(H1N1)pdm09 foi recomendado o tratamento com o oseltamivir ou zanamivir. Com o aumento da detecção de vírus de Influenza A (H1N1) sazonal resistente ao oseltamivir houve a preocupação de que o mesmo ocorresse com o novo vírus pandêmico. Nesta pandemia, muitos pacientes com suspeita de infecção pelo vírus A(H1N1)pdm09 tiveram o teste negativo para influenza A, ficando sem uma definição do agente etiológico. Testes moleculares podem detectar a presença de mutações relacionadas à resistência ao oseltamivir, à virulência e antigenicidade do vírus, assim como podem definir o diagnóstico etiológico por vírus respiratórios. Para esclarecer essas questões dois estudos foram realizados. O primeiro foi a “Caracterização genética dos vírus influenza A (H1N1)pdm09 detectados no Estado de Pernambuco, Brasil, no período de maio de 2009 a maio de 2010”, com o objetivo de verificar a resistência desse vírus ao oseltamivir e também avaliar a diversidade genética dos vírus circulantes. Foram analisadas 118 amostras do vírus A(H1N1)pdm09 através de pirosequenciamento, precedida da transcrição reversa e reação em cadeia da polimerase em tempo real (rRT-PCR) para amplificação do H1N1pdm-N1 fragmento C e posterior detecção da mutação H274Y, utilizando o equipamento PyroMark Q-96 ID no modo SNP (single nucleotide polymorphism). Foram sequenciados os genes da hemaglutinina de 31 amostras, pela técnica de Sanger, de acordo com o Protocolo do CDC para Influenza. Foi utilizado o kit “Big Dye® terminator Cycle Sequencing” (Applied Biosystem) e o produto submetido ao método de precipitação X-terminator. A mutação H274Y não foi observada, indicativo de que os vírus sequenciados eram sensíveis ao oseltamivir. As 31 amostras sequenciadas mostraram-se intimamente relacionadas com a cepa de referência A/California/7/2009(H1N1), entretanto, foram detectados 14 tipos de mutações, porém sem implicação no aumento da virulência. O segundo estudo realizado: ”Aspectos epidemiológicos e virológicos da infecção por Influenza A(H1N1)pdm09 e frequência de outros vírus respiratórios no Estado de Pernambuco, Brasil: 2009 – 2010” teve como objetivo analisar a pandemia de influenza no estado e identificar os vírus respiratórios responsáveis pelo quadro clínico que levou à hipótese diagnóstica da influenza pandêmica. Foram analisados espécimes de 705 casos para detecção do vírus da influenza A, utilizando-se a PCR em tempo real, sistema TaqMan, de acordo com o Centers for Disease Control and Prevention / Atlanta, das quais, 26,3% (186/705) foram positivas para o vírus A(H1N1)pdm09 e 2,3% (16/705) positivas para influenza A sazonal. Para detecção de outros vírus respiratórios foram analisadas 146 amostras negativas para o vírus A (H1N1)pdm09 por RT-PCR multiplex, com o kit “FTD Respiratory21 PLUS”. Entre as amostras negativas para o vírus A(H1N1)pdm09, 36,5% (53/146) foram positivas para outros vírus respiratórios, com três casos de infecção viral múltipla. Foram detectados: rhinovírus (41%), coronavírus 43 (14,3%), metapneumovírus humano (14,3%), bocavírus (7,1%), vírus respiratório sincicial (5,3%), influenza B (3,6%), parainfluenza 2 (3,6%), parainfluenza 3 (3,6%), adenovírus (1,8%), coronavírus HKU (1,8%), enterovírus (1,8%) e parainfluenza 1 (1,8%). Estes resultados mostram a circulação, além da Influenza A(H1N1)pdm09, de outros vírus respiratórios no estado em 2009-2010; evidenciam a necessidade da análise laboratorial dos casos suspeitos de influenza e a importância do monitoramento laboratorial das infecções respiratórias, uma vez que o diagnóstico etiológico baseado apenas em critérios clínicos nem sempre é acurado.

Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2015-04-23T14:59:21Z No. of bitstreams: 2 Tese - Lusmaia Damaceno Camargo Costa - 2014.pdf: 1127224 bytes, checksum: 0d8abb81e39218ff98c2ffb7471822f8 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2015-04-23T15:01:32Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Tese - Lusmaia Damaceno Camargo Costa - 2014.pdf: 1127224 bytes, checksum: 0d8abb81e39218ff98c2ffb7471822f8 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-04-23T15:01:32Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese - Lusmaia Damaceno Camargo Costa - 2014.pdf: 1127224 bytes, checksum: 0d8abb81e39218ff98c2ffb7471822f8 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2014-04-25 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Goiás - FAPEG / Objective: to describe the prevalence of respiratory viruses in children with asthma during exacerbation and compare with those non-exacerbated and nonasthmatic children during acute respiratory infection. Methods: In this cross-sectional study nasopharyngeal aspirate/swab from children (4-14 years) was collected between August-2012 and August-2013 in a city (Goiânia) in Center-Brazil. There were 92 with exacerbated asthma (EA), 72 non-asthmatic with acute respiratory infection (ARI) in emergency room, and 61 non exacerbated asthmatic (NEA) treated in specialized clinics. The samples were tested to indirect immunofluorescence using the Respiratory Panel I (Chemicon. MA, USA) and RT-PCR kit rhinovirus. The study was approved by the ethics committee of the HC / UFG and statistical analysis performed with the SPSS v.20 software (SPSS Inc., Chicago, IL). The chi-square test was used to compare categorical variables and Kruskal-Wallis test to compare medians, pvalue< 0.05 was considered significant. Results: the sample consisted of 225 children, mostly male (59.5%) with median age of seven years. The viral prevalence was 91.1% and rhinovirus was the most commonly detected (67.6%), with no significant difference in incidence among all groups. Other viruses were identified: influenza A (13.2%), adenovirus (7.5%), influenza B (3.5%), respiratory syncytial virus (2.8%), parainfluenza 2 (2.8%) and parainfluenza 1 (2.5%). Adenovirus were more frequent in ARI (p=0.25). The EA group compared to the NEA group had cough at night (p<0.01), symptoms on exertion (p<0.01), medical visits (p<0.01) and hospitalizations for asthma (p<0.01) in the last 12 months and less use of medication (8.6%) for asthma control (p<0.01). Conclusions: the prevalence of viral detection was high (90.1%) in all patients (EA, NEA and ARI) and rhinovirus was the most prevalent agent, without differences between groups while adenovirus was more common in nonasthmatic children. Children with exacerbated asthma had parameters of uncontrolled disease in the last 12 months. Asthmatic children with nonexacerbated disease had no exacerbation although most of them had viruses in their nasopharynx, probable because of the regular use of inhaled corticosteroids. / Objetivo: descrever a prevalência de vírus respiratórios em crianças asmáticas durante exacerbação e comparar com grupo de crianças asmáticas não exacerbadas e crianças não asmáticas durante episódio de infecção respiratória aguda. Métodos: Em um estudo transversal foram realizadas coletas de aspirado/swabnasofaríngeo de crianças com idade entre 4 e 14 anos no período de agosto/2012 a agosto/2013, na cidade de Goiânia. Foram estudados 92 asmáticas exacerbadas (AE) e 72 crianças não asmáticas com sintomas de infecção respiratória aguda (IRA), atendidas em unidades de emergência em Goiânia-GO. No mesmo período, foram coletadas amostras de 61 crianças asmáticas não exacerbadas (ANE) atendidas em ambulatório especializado. As amostras foram submetidas à reação de imunofluorescência indireta utilizando o kit RespiratoryPanel I (Chemicon. MA, USA) para os vírus influenza A e B, parainfluenza 1 a 3, adenovírus e vírus sincicial respiratório e o RT-PCR para o rinovírus. O trabalho foi aprovado pelo comitê de ética do HC/UFG. A análise estatística foi realizada com o auxílio do software SPSS v.20 (SPSS Inc.; Chicago, IL) e o STATA v 12.0 (StataCorp, CollegeStation, TX, EUA). O teste qui-quadrado foi utilizado para comparar variáveis categóricas e aquelas com p<0,10 foram submetidas à análise de regressão logística. O teste de Kruskal-Wallis foi utilizado para comparar as medianas de idade. Para todos os testes, o valor de p<0,05 foi considerando significativo. Resultados: a amostra final foi constituída por 225 crianças, a maioria do sexo masculino (59,5%) e a mediana de idade foide sete anos. A prevalência de detecção viral foi 91,1% e o rinovírus foi o mais frequente (67,6%), sem diferença significativa entre os três grupos. Outros vírus identificados foram: influenza A (13,2%), adenovírus (7,5%), influenza B (3,5%), sincicial respiratório (2,8%), parainfluenza2 (2,8%) e parainfluenza 1 (2,5%). O adenovírus foi mais frequente no grupo com IRA (p=0,25). O grupo AE quando comparado ao grupo ANE apresentou mais tosse noturna (p<0,01), sintomas aos esforços (p<0,01), consultas (p<0,01) e internações por asma (p<0,01) nos últimos 12 meses e menor uso de medicamento (8,6%) para controle da asma (p<0,01). Após análise de regressão, os parâmetros consulta prévia (≥3) no último ano (p= 0,42) e ausência de uso de corticosteróide inalatório (p<0,01) permaneceram significativamente associados à exacerbação. Conclusões: prevalência de identificação viral foi elevada (91,1%) de forma homogênea entre os pacientes (AE, ANE e IRA) e o rinovírus foi o agente mais prevalente, em todos os grupos. O adenovírus esteve mais presente nas crianças não asmáticas com sintomas de infecção respiratória (IRA). As crianças exacerbadas apresentavam parâmetros de não controle da doença e menor uso de corticosteroide inalatório, enquanto as não exacerbadas, apesar de apresentarem o vírus na secreção nasofaríngea, não apresentaram exacerbação, possivelmente pelo uso regular de corticosteroide inalatório.

O Vírus Sincicial respiratório (HRSV) é um patógeno de grande importância para crianças. É o maior causador de infecções respiratórias agudas e também um dos principais causadores de internações e mortes de crianças menores de 5 anos. Cepas de HRSV com mutações no sítio de ligação do Palivizumab vêm apresentando resistência ao medicamento. Pouco se sabe sobre a prevalência destas mutações em amostras clínicas, apesar de sua potencial importância na patogênese viral. Além disso, existem poucos dados sobre a evolução molecular da proteína F do HRSV, sobretudo no Brasil. O presente estudo tem como objetivo caracterizar fenotipicamente através de ensaios de microneutralização in vitro, cepas oriundas de crianças não tratadas com Palivizumab circulantes em 2013 apresentando mutações na proteína F, mais especificamente relacionadas a potencial resistência nos epítopos de ligação do Palivizumab. Como resultado deste trabalho todas as amostras testadas foram neutralizadas pelo Palivizumab, concluindo-se que as mutações encontradas não conferem resistência ao monoclonal. / Respiratory Syncytial Virus (HRSV) is a pathogen of great importance for children. It is the major cause of acute respiratory infections and also one of the main causes of hospitalizations and deaths of children under 5 years. Strains of HRSV with mutations in the binding site of Palivizumab have been showing resistance to the drug. Little is known about the prevalence of these mutations in clinical samples, despite their potential importance in viral pathology. In addition, there is little data on the molecular evolution of HRSV F protein, especially in Brazil. The present study aims to characterize phenotypically by in vitro microneutralization assays, strains from children not treated with Palivizumab circulating in 2013 showing mutations in F protein, more specifically related to potential resistance in the binding epitopes of Palivizumab. As result of this study all samples tested were neutralized by Palivizumab, concluding that the mutations found did not confer resistance to the monoclonal.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:20Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-03-05Bitstream added on 2014-06-13T19:55:51Z : No. of bitstreams: 1 bonfim_cm_me_sjrp.pdf: 483201 bytes, checksum: ee7e5d0928d4f0c7dcb6b57d4216ed16 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / As infecções do trato respiratório estão associadas com mortalidade significativa no mundo inteiro e afetam principalmente crianças menores de cinco anos de idade. A maioria das infecções respiratórias é causada por agentes virais como: Vírus Sincicial Respiratório (RSV), Influenzavírus tipo A e B (FLUA e FLUB), Parainfluenza tipo 1, 2 and 3 (PIV-1, PIV-2 e PIV-3), Rhinovirus (HRV) e Metapneumovirus Humano (hMPV). O conhecimento da epidemiologia e prevalência desses vírus é importante para que metodologias terapêuticas possam ser aplicadas apropriadamente e saber como esses vírus estão circulando. O objetivo deste trabalho foi investigar a incidência de 8 tipos de vírus respiratórios em 279 amostras de aspirado nasofaríngeo obtidas de Julho/2004 a Setembro de 2005 de 120 crianças (73 do sexo masculino e 47 do sexo feminino) com idade entre 0 a 6 anos com sintomas de infecção respiratória aguda. A análise foi realizada pela técnica de RT-PCR e seqüenciamento direto. Nossos resultados mostraram que 27,2% (76/279) das amostras foram positivas para pelo um dos vírus respiratórios, sendo 84,2% (64/76) de Picornavírus, 76,3% (58/76) de Rhinovírus e 7,9% de Enterovírus (6/76), 7,9% (6/76) de RSV, 1,3% (1/76) de hMPV, 2,6% (2/76) de FLUA, 2,6% (2/76) de PIV-1 e 1,3% (1/76) de PIV-2. As infecções repetidas acometeram 29% (22/76) das crianças com infecção respiratória. A maioria das re-infecções, 82% (18/22), foram pelo gênero Rhinovírus. Os sintomas mais freqüentes foram coriza diagnosticada em 89,5% dos casos (68/76) seguido de tosse em 67,1% (51/76). Os Rhinovírus foram detectados em todo o período de estudo, com picos de infecção nos meses de inverno e outono, porém não houve associação significativa entre a presença viral e a sazonalidade. Neste estudo houve prevalência de infecção e re-infecção por Rhinovírus. Portanto, este estudo... / Respiratory tract infections are associated with significant mortality worldwide and affect mostly children under five years of age. Most respiratory infections are caused by viral agents such as: Respiratory Syncytial Virus (RSV), the viruses of Influenza type A and B (FLUA and FLUB), Parainfluenza type 1, 2 and 3 (PIV-1, PIV-2 and PIV-3), Rhinovirus (HRV) and Human Metapneumovirus (hMPV). Knowledge of the epidemiology and prevalence of these viruses is important for therapeutic methods can be applied as appropriate and to know how these viruses are circulating. The aim of this work was to investigate the incidence of 8 types of respiratory viruses in 279 samples of nasopharyngeal aspirated obtained from July/2004 to September/2005 of 120 children (73 male and 47 female) with age between 0 to 6 years with symptoms of acute respiratory infection. The analysis was performed by RT-PCR and direct sequencing. Our results showed that 27,2% (76/279) of samples were positive at least for a type of the respiratory viruses, with 84,2% (64/76) of Picornaviruses, with 76,3% (58/76) of Rhinovírus e 7,9% of Enterovírus (6/76), 7,9% (6/76) of RSV, 1,3% (1/76) of hMPV, 2,6% (2/76) of FLUA, 2,6% (2/76) of PIV-1 and 1,3% (1/76) of PIV-2. The recurrent infections affect 29% (22/76) of children with respiratory infection. Most re-infections, 82% (18/22), were by Rhinovírus genus. The most frequent symptoms were runny nose diagnosed in 89.5% (68/76) followed by cough in 67.1% (51/76). Rhinovírus were detected throughout the study period, with peaks of infection during the winter and autumn, but there was no significant association between viral presence and seasonality. In this study there was prevalence of infection and re-infection by Rhinovírus. Therefore, this study provided better understanding of the circulation of respiratory viruses in a population of day care in the region... (Complete abstract click electronic access below)