Made available in DSpace on 2016-12-08T16:44:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PGPV08MA062.pdf: 338806 bytes, checksum: 86e1ddb965ca46aaedec81797e2a9898 (MD5) Previous issue date: 2008-02-07 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / This study aimed to examine the components of the phenotypic variance, estimate and evaluate the parameters of adaptability and stability phenotypic and verify the effect of coating grains, beans with polymers over time storage for the character in time for cooking beans. Currently the programmes for the improvement of beans have prioritized, in addition to the agronomic characteristics, the technological characteristics, such as the length of cooking. Thus, the character of cooking time in breeding programs, with emphasis on the recommendation of a cultivar tailored to a specific and stable environment is of great importance. The experiments were performed in the Institute of Molecular Genetics of UDESC (IMEGEM) from grains, beans obtained at season 2006/07. Were evaluated in all 13 genotypes of beans to the character of cooking time. The components of variance for the cooking time and the estimate of heritability for the character were estimated by the method reml / blup. The parameters adaptability and stability for the genotypes were estimated by linear regression method proposed by EBERHART and RUSSEL (1996) and the parameter stability was estimated by the the ecovalence model proposed by WRICKE WEBER (1986). The polymers used in coating of grains were carboxymethyl cellulose (CMC) and alginate sodium (AS) over 90 days of storage. Results showed a low genotypic contribution to the character of cooking time. Some of the genotypes were evaluated sensitive environments of the various conditions. However, most of genotypes revealed wide adaptability and high stability for the phenotypic characteristic time to cooking. The pelleting of the grains of genotype Pérola with a mixture of polymers in 50/50 proportion of carboxymethyl cellulose and alginate sodium promotes less variation in the character of cooking time over storage / Este trabalho teve por objetivo estudar os componentes da variância fenotípica, estimar e avaliar os parâmetros de adaptabilidade e estabilidade fenotípica, e verificar o efeito do recobrimento de grãos de feijão com polímeros ao longo do tempo de armazenamento para o caráter tempo de cocção em feijão. Atualmente os programas de melhoramento de feijão têm priorizado, além das características agronômicas, as características tecnológicas, como o tempo de cocção. Nesse sentido, o caráter tempo de cocção em programas de melhoramento, com ênfase na recomendação de um genótipo adaptado e estável a um determinado ambiente é de grande relevância. Os experimentos foram realizados no Instituto de Genética Molecular e Melhoramento da UDESC (IMEGEM), em parceria com a EPAGRI de Chapecó a partir de grãos de feijão obtidos na safra de 2006/07. Foram avaliados na totalidade 13 genótipos de feijão para o caráter tempo de cocção. Os componentes da variância para o tempo de cocção e a estimativa da herdabilidade para o caráter foram estimados pelo método REML/BLUP. Os parâmetros adaptabilidade e estabilidade para os genótipos foram estimados pelo método proposto por EBERHART e RUSSEL (1996) juntamente com o modelo da ecovalência proposto por WRICKE e WEBER (1986). Os polímeros utilizados no recobrimento dos grãos foram Carboximetilcelulose (CMC) e Alginato de sódio (AS) ao longo de 90 dias de armazenamento. Os resultados de modo geral evidenciaram uma baixa contribuição genotípica para o caráter tempo de cocção. Alguns dos genótipos avaliados foram sensíveis às diversas condições de ambientes encontradas. Entretanto, a maior parte dos genótipos revelou adaptabilidade ampla e alta estabilidade fenotípica para o caráter tempo de cocção. A peletização dos grãos do genótipo Pérola com a mistura dos polímeros na proporção 50/50 de Carboximetilcelulose e Alginato de sódio promove menor variação no caráter tempo de cocção ao longo do armazenamento

Orientador: Pablo Forlan Vargas / Resumo: A batata-doce (Ipomoea batatas L.) é uma hortaliça tuberosa de ampla adaptação à diferentes tipos de solo e clima, e ocupa posição de destaque entre as culturas que desempenham papéis importantes na segurança alimentar. As raízes de polpa alaranjada são ricas em carotenoides, principalmente betacaroteno, precursor de próvitamina A, podendo o consumo de batata-doce de polpa alaranjada ser utilizado no combate à deficiência de vitamina A no Brasil e em diversos lugares do mundo. Diante disso, o presente trabalho teve como objetivo avaliar a interação genótipo x ambiente e estimar a adaptabilidade e estabilidade de genótipos de batata-doce com altos teores de betacaroteno visando a identificação e seleção dos mais adaptados em busca de futura obtenção de novas cultivares. Foram realizados ensaios em quatro ambientes: no município de Vera Cruz-SP, Selvíria-MS e em dois ambientes (sistema de produção orgânico e sistema de produção consorciado) no município de Sete Barras. O delineamento experimental adotado foi em blocos casualizados com duas repetições avaliando 265 genótipos de batata-doce provenientes do International Potato Center e uma cultivar comercial ‘Beauregard’ de polpa alaranjada. Os parâmetros genéticos e componentes de variância foram obtidos pelo procedimento REML/BLUP. Foi utilizado o índice proposto por Mulamba e Mock para selecionar os melhores genótipos e estimar o ganho genético predito com a seleção. Para o estudo de estratificação ambiental, adaptabilidade e ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Sweet potato (Ipomoea batatas L.) is a tuberous vegetable that is widely adapted to different soil and climate types and occupies a prominent position among crops that play important roles in food security. Orange pulp roots are rich in carotenoids, mainly beta-carotene, precursor of pro-vitamin A, and orange-fleshed sweetpotato can be used to combat vitamin A deficiency in Brazil and around the world. Therefore, the present work aimed to evaluate the genotype x environment interaction and to estimate the adaptability and stability of sweetpotato genotypes with high beta-carotene contents, aiming at the identification and selection of the most adapted ones in search of future obtaining of new cultivars. Tests were carried out in four environments: in the municipality of Vera Cruz-SP, Selvíria-MS and in two environments (organic production system and consortium production system) in the municipality of Sete Barras. he experimental design was a randomized block design with two replications evaluating 265 genotypes from the International Potato Center and a commercial orange-fleshed 'Beauregard' cultivar. Genetic parameters and variance components were obtained by the REML/BLUP procedure. The index proposed by Mulamba and Mock was used to select the best genotypes and to estimate the predicted genetic gain with the selection. For the study of environmental stratification, adaptability and stability we used the methodologies MHPRVG and AMMI. The adopted methodologies were concord... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

In plant breeding, genomic prediction (GP) may be an efficient tool to increase the accuracy of selecting genotypes, mainly, under multi-environments trials. This approach has the advantage to increase genetic gains of complex traits and reduce costs. However, strategies are needed to increase the accuracy and reduce the bias of genomic estimated breeding values. In this context, the objectives were: i) to compare two strategies to obtain markers subsets based on marker effect regarding their impact on the prediction accuracy of genome selection; and, ii) to compare the accuracy of four GP methods including genotype × environment interaction and two kernels (GBLUP and Gaussian). We used a rice diversity panel (RICE) and two maize datasets (HEL and USP). These were evaluated for grain yield and plant height. Overall, the prediction accuracy and relative efficiency of genomic selection were increased using markers subsets, which has the potential for build fixed arrays and reduce costs with genotyping. Furthermore, using Gaussian kernel and the including G×E effect, there is an increase in the accuracy of the genomic prediction models. / No melhoramento de plantas, a predição genômica (PG) é uma eficiente ferramenta para aumentar a eficiência seletiva de genótipos, principalmente, considerando múltiplos ambientes. Esta técnica tem como vantagem incrementar o ganho genético para características complexas e reduzir os custos. Entretanto, ainda são necessárias estratégias que aumentem a acurácia e reduzam o viés dos valores genéticos genotípicos. Nesse contexto, os objetivos foram: i) comparar duas estratégias para obtenção de subconjuntos de marcadores baseado em seus efeitos em relação ao seu impacto na acurácia da seleção genômica; ii) comparar a acurácia seletiva de quatro modelos de PG incluindo o efeito de interação genótipo × ambiente (G×A) e dois kernels (GBLUP e Gaussiano). Para isso, foram usados dados de um painel de diversidade de arroz (RICE) e dois conjuntos de dados de milho (HEL e USP). Estes foram avaliados para produtividade de grãos e altura de plantas. Em geral, houve incremento da acurácia de predição e na eficiência da seleção genômica usando subconjuntos de marcadores. Estes poderiam ser utilizados para construção de arrays e, consequentemente, reduzir os custos com genotipagem. Além disso, utilizando o kernel Gaussiano e incluindo o efeito de interação G×A há aumento na acurácia dos modelos de predição genômica.

Submitted by (ana.araujo@ufrpe.br) on 2017-02-17T17:43:07Z No. of bitstreams: 1 Lidinalva de Resende Gomes.pdf: 343988 bytes, checksum: 3e2f0d7c91e92a725b522d6c8236da11 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-17T17:43:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Lidinalva de Resende Gomes.pdf: 343988 bytes, checksum: 3e2f0d7c91e92a725b522d6c8236da11 (MD5) Previous issue date: 2007-02-19 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Genotypes with high yield, stability and large adaptability to different environmental conditions are the main goals in a breeding program. However, such objectives could face difficulties due to variability of genotypes and their behaviors in respect to environmental conditions. Peanut crop has a large genetic plasticity and its yield depends on environment. In Pernambuco state, Brazil, just low studies have been carried out with this crop aiming to define cultivars recommended to different regions of the state. Cultivar recommendation depends on researches carried out in several places and different years for further estimative of its yield potential and adaptability to environment studied. In this work, adaptability and stability parameters of nine upright peanut genotype were estimated carried on in three regions of Pernambuco state, aiming further cultivar recommendation. In addition, chemical analysis were carried out in canopy dry matter and shells, considering the potential of these materials as forage resource. Pod and seed yields data were utilized to adaptability and stability studies based on Eberhart & Russel (1966) methodology. These data were obtaining from assays carried on eight environments, during two years. As to chemical analyses, production of canopy and shell dry matter were evaluated andalso crude protein, minerals and fiber contents. The results of this research showed that BR1, BRS Havana, BRS 151 L7, CNPA 280 AM e L7 Beje showed high pod and seed production, with yield averages of 3.106 Kg/ha and 2.068 Kg/ha, respectively.However, taking in account all parameters studied, BRS 151 L7 showed high production, adaptability and stability to environmental conditions evaluated. BR 1,BRS Havana and L7 Beje were also adapted and stables, but just to seed yield. As to chemical aspect, BRS 151 L7, L7 Beje and BR 1 showed high forage potential. In a general way, BRS 151 L7 is the most recommended to environment studied, both in stability in pod and seed yield and also as additional resource of dry mater to forage. / A obtenção de genótipos com alta produtividade, estabilidade e ampla adaptabilidade é um dos principais objetivos no programa de melhoramento genético. Tal obtenção pode ser dificultada devido à variabilidade dos genótipos e resposta de seu desempenho frente às variações ambientais. Em Pernambuco, poucos estudos têm sido conduzidos com esta cultura que aponte para a definição de cultivares mais indicadas para as diferentes microrregiões do Estado. Para que se possa recomendar uma cultivar, faz-se necessário á condução de ensaios em vários locais e anos, para estimar seu potencial produtivo e adaptabilidade de modo generalizado ao ambiente estudado. O objetivo deste trabalho foi estimar a adaptabilidade e estabilidade em nove genótipos de amendoim de porte ereto conduzidos em três microrregiões do Estado de Pernambuco, para recomendação de cultivar. Adicionalmente, considerando o potencial da matéria seca (MS) do amendoim como recurso forrageiro, avaliou-se também a composição bromatológica da parte área e casca para uso posterior em o sistema agropastoril. O estudo adaptabilidade e estabilidade, foi realizado segundo a metodologia de Eberhart e Russel (1966), utilizando-se dados de produção de vagens e sementes obtidas durante dois anos em oito ambientes. Para o estudo bromatológico, avaliaram-se as produções de MS da parte aérea e das cascas do amendoim, teores de proteína bruta, minerais e fibra em detergente ácido (FDA) e em detergente neutro (FDN). Os genótipos BR1, BRS Havana, BRS 151 L7, CNPA 280 AM e L7 Beje destacaram-se para a produção de vagens e sementes, com média de 3.106 Kg/ha e 2.068 Kg/ha,respectivamente. Verificou-se que a cultivar BRS 151 L7 mostrou também com ampla adaptação e estável nos ambientes estudados. Os genótipos BR 1, BRS Havana e L7 Beje também apresentaram ampla adaptabilidade e alta estabilidade, apenas, para produtividade de sementes. No aspecto bromatológico, observou-se que os genótipos com maior potencial forrageiro são BRS 151 L7, L7 Beje e BR 1. De todos os genótipos avaliados neste estudo, conclui-se que a cultivar BRS 151 L7 é a mais recomendada para o cultivo nos ambientes testados, tanto em nível de estabilidade fenotípica para produção de vagens e sementes como fonte adicional de matéria seca para fins forrageiro.

Submitted by HUGO RODRIGO MACEDO null (hugoengenheiro@yahoo.com.br) on 2017-03-23T11:56:53Z No. of bitstreams: 1 Tese_Hugo_Rodrigo_Macedo.pdf: 1533180 bytes, checksum: c08580b9237331d21eaf671529ef714e (MD5) / Approved for entry into archive by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com) on 2017-03-23T14:50:36Z (GMT) No. of bitstreams: 1 macedo_hr_dr_ilha.pdf: 1533180 bytes, checksum: c08580b9237331d21eaf671529ef714e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-23T14:50:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 macedo_hr_dr_ilha.pdf: 1533180 bytes, checksum: c08580b9237331d21eaf671529ef714e (MD5) Previous issue date: 2017-03-09 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O Cerrado é caracterizado como uma vegetação de savana e representa cerca dos 22% do território nacional ou 2 milhões de km2 e sua área original intacta está em torno de 35%. Assim, a formação de uma coleção de germoplasma com espécies arbóreas que ocorrem nesse bioma é importante para sua conservação. Entretanto, para obter sucesso na conservação é necessário métodos criteriosos para avaliar e selecionar árvores geneticamente superiores minimizando os efeitos negativos da interação genótipo x ambiente. O objetivo deste estudo foi estimar a interação genótipo x ambiente em quatro testes de progênies de polinização aberta visando a conservação em uma coleção de germoplasma na região da baixada Cuiabana no Município de Rosário Oeste-MT, com as espécies: Anadenanthera colubrina var. colubrina, Cedrella fissilis, Cordia trichotoma, Dipteryx alata. O delineamento experimental utilizado foi do tipo Sistemático “Nelder Linear” com 17, 19, 16 e 28 tratamentos (progênies) respectivamente, três repetições e uma planta por parcela em oito espaçamentos. Os caracteres avaliados aos 12 meses de idade foram: altura de plantas (m), diâmetro a 30 cm do solo (cm), diâmetro médio da copa (m) e os parâmetros genéticos foram obtidos pelo procedimento REML/BLUP. Foi detectado variação genética entre as progênies nas espécies estudadas e a interação genótipo x ambiente foi significativa apenas para a espécie Dipteryx alata. O melhor desempenho das progênies para altura de plantas foi observado no espaçamento 5. As progênies de Anadenanthera colubrina var. colubrina com base no caráter altura se desenvolveram melhor no espaçamento 2. Para a espécie Cedrella fissilis a maior média de crescimento para a variável altura foi no espaçamento 4. O espaçamento 6 para a espécie Cordia trichotoma, foi o que proporcionou o maior desempenho para o caráter altura de plantas. / The Cerrado is characterized as savanna vegetation in the international classification and is located predominantly in the central highlands of Brazil, represents about 22% of the Brazilian territory or 2 million km2 and its intact original area is around 35%. Thus, the formation of a germplasm collection with arboreal species that occur in this biome is important for its conservation. However, to be successful in conservation, careful methods are needed to evaluate and select genetically superior trees, minimizing the negative effects of the genotype x environment interaction. The objective of this study was to estimate the genotype x environment interaction in four open pollinated progenies tests for conservation in a collection of germplasm in the Cuiabana lowland region in the Municipality of Rosário Oeste-MT, with the species: Anadenanthera colubrina var. colubrina, Cedrella fissilis, Cordia trichotoma and Dipteryx alata. The experimental design was Nelder Linear with 17, 19, 16 and 28 treatments (progenies) respectively, three replications and one plant per plot in eight spacings. The characters evaluated at 12 months of age were: plant height (m), diameter at 30 cm soil (cm), crown diameter (m) and genetic parameters were obtained by REML / BLUP procedure. Genetic variation was detected among the progenies in the species studied and the interaction genotype x environment was significant only for the species Dipteryx alata. The best performance of the progenies for plant height was observed in the 5 spacing. The progenies of Anadenanthera colubrina var. colubrina based on the height character were better developed in spacing 2. For the species Cedrella fissilis the highest growth average for the height variable was in spacing 4. The spacing 6 for the Cordia trichotoma species was the one that provided the highest performance for the Character height of plants.

The aim of this work was to analyse sugarcane RB (Republic of Brazil) clones as part of the series 93 of PMGCA-CECA/UFAL, to identify the best clones and evaluate the representativity of the areas where the essays were performed and so to subsidiary the recommendations of clones of the referred series which are in releasing process for commercial cultivation. The study was based on three competition essays using 23 sugarcane RB clones of the 93 series, and three varieties patterns (RB72454, RB83102 and SP79-1011). The essays were installed in 1998 in the following sugarcane mills: Caeté (UCA), in the city of São Miguel dos Campos-AL; Coruripe (UCO), in the city of Coruripe-AL; and Santo Antônio (USA), in the city of São Luis do Quitunde-AL. The selected environment were constituted of the combination of the number of cuts and places forming nine environments. The experimental design used was randomized block with four repetitions, being each formed by 104 replications (26 genotypes x 4 repetitions) each one of them composed of five furrows of 6 m in length, spaced as pattern used by the sugarcane mills. The evaluated caracters were PC (Pol of the cane), TCH (tons of cane for hectare) in three successive cuting (plant cane, first ratoon, and second ratoon). The initial statistic procedures were constituted of analysis of variance for each environment, followed by an analysis of evaluation of the significance of the interaction genotype x environment and the possibility to put together the environments where the genotypes did met show difference of performance. It was also estimated the parameters of stability and adaptability, according to methodology proposed by Eberhart and Russel (1966). Based on the obtained results, it was concluded that the best sugarcane RB clones of the 93 series were: RB931011, RB931530, RB931565, RB931566 and RB931611; and among the best clones, RB931011 and RB931566 had good environment adaptability, and those clones with ample adaptability were RB931530, RB931565 and RB931611. The best clones shown low stability in relation to their results. / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Este trabalho teve como objetivo a análise da série 93 de clones RB de cana-de-açúcar, do PMGCA-CECA/UFAL, com o intuito de identificar os melhores clones, e avaliar a representatividade dos locais onde foram realizados os ensaios, subsidiando as recomendações de cultivos de clones dessa série que estão em processo de liberação para o cultivo comercial. O estudo foi desenvolvido com base nos resultados de três ensaios de competição de 23 clones RB (República do Brasil) de cana-de-açúcar da série 93, e três variedades padrões (RB72454, RB83102 e SP79-1011), instalados no ano de 1998, nas usinas: Caeté (UCA), no município de São Miguel dos Campos-AL; Coruripe (UCO), em Coruripe-AL; e Santo Antônio (USA), em São Luis do Quitunde-AL. Os ambientes avaliados foram constituídos da combinação do número de cortes e locais, constituindo-se de nove ambientes. O delineamento utilizado foi em blocos ao acaso com quatro repetições, sendo cada experimento constituído de 104 parcelas (26 genótipos x 4 repetições), cada uma delas composta de cinco sulcos de seis metros de comprimento, espaçados conforme padrão adotado na usina. Os caracteres avaliados foram PC (Pol da cana), TCH (toneladas de cana por hectare) e TPH (toneladas de pol por hectare), em três cortes sucessivos (cana-planta, cana-soca e cana-ressoca). Os procedimentos estatísticos iniciais constituíram-se de análise da variância para cada ambiente, seguida de uma análise conjunta entre os ambientes, para avaliar a significância da interação genótipo x ambiente e a possibilidade de se agruparem os ambientes onde os genótipos não apresentem diferenças de comportamento (estratificação de ambientes). Em seguida, utilizando-se os dados médios da análise conjunta, foram estimados os parâmetros de estabilidade e adaptabilidade, segundo a metodologia proposta por Eberhart & Russell (1966). Com base nos resultados obtidos, pode-se concluir que os melhores clones da série 93 de cana-de-açúcar RB foram: RB931011, RB931530, RB931565, RB931566 e RB931611; dentre os melhores clones dessa série, aqueles com adaptabilidade para ambientes favoráveis são: RB931011 e RB931566; e aqueles com adaptabilidade ampla ou geral, são: RB931530, RB931565 e RB931611; os melhores clones dessa série apresentaram baixa estabilidade de seus resultados; a estratificação de ambientes evidencia as diferenças existentes entre estes, destacando a representatividade dos locais de experimentação utilizados pelo PMGCACECA/ UFAL.

Submitted by Erika Demachki (erikademachki@gmail.com) on 2014-10-23T18:57:05Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Cláudia Oliveira Rosa - 2008.pdf: 710544 bytes, checksum: 49fa3ba3b62686526a998eebdf98b385 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Jaqueline Silva (jtas29@gmail.com) on 2014-10-23T20:30:34Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Cláudia Oliveira Rosa - 2008.pdf: 710544 bytes, checksum: 49fa3ba3b62686526a998eebdf98b385 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-10-23T20:30:34Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Cláudia Oliveira Rosa - 2008.pdf: 710544 bytes, checksum: 49fa3ba3b62686526a998eebdf98b385 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2008-08-20 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The sugarcane crop, due the constant increase of ethanol demand in the internal market, has been cultivated in Brazil in almost all its extension. With the expansion and creation of new areas as well there has been occupation of not suitable environments for its development. Today, there are twenty one sugar and ethanol producing units an implantation perspective of new units in medium and long run. The objective of the sugarcane improvement programs is to increase agricultural productivity and industrial characteristics of varieties, that should be better adapted to different locations, soil types, cultivation techniques, besides presenting higher resistance to insects and diseases. In plants improvement, considerations regarding genotypes interaction with environments are essential to the process efficiency. For the achievement of the present study, about interaction of different environments and genotypes, a set of final experimental evaluations of clones and varieties, wich were carried out in several locations in Goiás State, Brazil, were considered. The objective was evaluate the influence of genotypes by environments interaction (GxE) based on the stalk yield in tons per hectare, POL percentage and fiber. These are considered characters of agronomic, economic and industrial importance. Based on the results, it is not possible to recommend local key, for the planting of experimental area with sugarcane in the State of Goiás. In fact, it is recommended the increase of the number of experimental fields, to demonstrate with better precision about the genotypes in the State. As many about to the character productivity (TCH), recording about to POL % and fiber %, the outcomes of environment have been responsible for most variation expressed by mean squares, followed by the effects of genotypes and by the effects from the interaction GxE, which showed high significance. The analysis AMMI, by the models selected (AMMI 1 about fiber %, & AMMI 3 about TCH & POL%) has enabled to explain 58.31% from SQGxA for the variable productivity (TCH); 55.10% for the variable of pol (POL%) and 22.81% about the percentage of fiber. The genotypes RB965658 & RB965602 presented the highest productivity (TCH) and fiber and POL percentages as well. / A cultura da cana-de-açúcar, devido ao constante aumento da demanda por etanol no mercado interno, vem sendo cultivada em quase todo o país, e, com a ampliação e incorporação de áreas de cultivo, há a ocupação de ambientes não tão propícios ao seu desenvolvimento. Nos programas de melhoramento de cana-de-açúcar, procura-se indicar novas variedades para cada região produtora. O objetivo destes programas é a melhoria da produtividade agrícola e das características industriais das variedades, as quais devem ser mais bem adaptadas aos diferentes locais, tipos de solos e técnicas de cultivo, além de apresentar maior resistência a pragas e doenças. Atualmente, existem instaladas, em Goiás, 21 unidades produtoras de açúcar e/ou de álcool, com uma perspectiva de implantação de novas unidades em médio e longo prazo. Nesse sentido, o melhoramento varietal, com ênfase na interação de genótipos com ambientes (GxA), é essencial para a eficiência e sustentabilidade do processo produtivo da cultura. O presente trabalho teve como objetivo o estudo desta interação em cana-de-açúcar, considerando-se um conjunto de ensaios finais de avaliação de clones experimentais e variedades, implantados em cinco usinas/destilarias instaladas no Estado de Goiás. Implantaram-se os experimentos seguindo delineamento básico de blocos completos casualizados. Foram avaliadas a influência da interação GxA sobre produtividade de colmos, em toneladas por hectare, e as porcentagens de POL e de fibra, por serem considerados caracteres de grande importância agronômica e industrial. O método estatístico para avaliar a interação GxA foi a análise AMMI (modelo de efeitos principais aditivos e de interação multiplicativa). A interação de genótipos com ambientes foi altamente significativa para as três características, revelando adaptabilidades específicas dos genótipos e, consequentemente, dificultando a recomendação geral de um determinado genótipo para todo Estado de Goiás. Tanto para o caráter produtividade (TCH) quanto para POL% e fibra%, os efeitos de ambientes foram responsáveis pela maior parte da variação expressa nos quadrados médios, seguidos dos efeitos de genótipos e, por último, pelos efeitos da interação GxA. A análise AMMI, pelo modelo selecionado (AMMI1, para fibra%, e AMMI3, para TCH e POL%), permitiu explicar 58,31% da SQGxA para a variável produtividade (TCH), 55,10% para a variável porcentagem de pol (POL%) e 22,81% para porcentagem de fibra. Os genótipos RB965658 e RB965602 foram os melhores em produtividade (t/ha) e em porcentagem de fibra e POL.

In plant breeding, genomic prediction (GP) may be an efficient tool to increase the accuracy of selecting genotypes, mainly, under multi-environments trials. This approach has the advantage to increase genetic gains of complex traits and reduce costs. However, strategies are needed to increase the accuracy and reduce the bias of genomic estimated breeding values. In this context, the objectives were: i) to compare two strategies to obtain markers subsets based on marker effect regarding their impact on the prediction accuracy of genome selection; and, ii) to compare the accuracy of four GP methods including genotype × environment interaction and two kernels (GBLUP and Gaussian). We used a rice diversity panel (RICE) and two maize datasets (HEL and USP). These were evaluated for grain yield and plant height. Overall, the prediction accuracy and relative efficiency of genomic selection were increased using markers subsets, which has the potential for build fixed arrays and reduce costs with genotyping. Furthermore, using Gaussian kernel and the including G×E effect, there is an increase in the accuracy of the genomic prediction models. / No melhoramento de plantas, a predição genômica (PG) é uma eficiente ferramenta para aumentar a eficiência seletiva de genótipos, principalmente, considerando múltiplos ambientes. Esta técnica tem como vantagem incrementar o ganho genético para características complexas e reduzir os custos. Entretanto, ainda são necessárias estratégias que aumentem a acurácia e reduzam o viés dos valores genéticos genotípicos. Nesse contexto, os objetivos foram: i) comparar duas estratégias para obtenção de subconjuntos de marcadores baseado em seus efeitos em relação ao seu impacto na acurácia da seleção genômica; ii) comparar a acurácia seletiva de quatro modelos de PG incluindo o efeito de interação genótipo × ambiente (G×A) e dois kernels (GBLUP e Gaussiano). Para isso, foram usados dados de um painel de diversidade de arroz (RICE) e dois conjuntos de dados de milho (HEL e USP). Estes foram avaliados para produtividade de grãos e altura de plantas. Em geral, houve incremento da acurácia de predição e na eficiência da seleção genômica usando subconjuntos de marcadores. Estes poderiam ser utilizados para construção de arrays e, consequentemente, reduzir os custos com genotipagem. Além disso, utilizando o kernel Gaussiano e incluindo o efeito de interação G×A há aumento na acurácia dos modelos de predição genômica.

The use of molecular markers allows an increase in efficiency of the selection as well as better understanding of genetic resources in breeding programs. However, with the increase in the number of markers, it is necessary to process it before it can be ready to use. Also, to explore Genotype x Environment (GE) in the context of genomic prediction some covariance matrices needs to be set up before the prediction step. Thus, aiming to facilitate the introduction of genomic practices in the breeding program pipelines, we developed two R-packages. The former is called snpReady, which is set to prepare data sets to perform genomic studies. This package offers three functions to reach this objective, from organizing and apply the quality control, build the genomic relationship matrix and a summary of a population genetics. Furthermore, we present a new imputation method for missing markers. The latter is the BGGE package that was built to generate kernels for some GE genomic models and perform predictions. It consists of two functions (getK and BGGE). The former is helpful to create kernels for the GE genomic models, and the latter performs genomic predictions with some features for GE kernels that decreases the computational time. The features covered in the two packages presents a fast and straightforward option to help the introduction and usage of genome analysis in the breeding program pipeline. / O uso de marcadores moleculares permite um aumento na eficiência da seleção, bem como uma melhor compreensão dos recursos genéticos em programas de melhoramento. No entanto, com o aumento do número de marcadores, é necessário o processamento deste antes de deixa-lo disponível para uso. Além disso, para explorar a interação genótipo x ambiente (GA) no contexto da predição genômica, algumas matrizes de covariância precisam ser obtidas antes da etapa de predição. Assim, com o objetivo de facilitar a introdução de práticas genômicas nos programa de melhoramento, dois pacotes em R foram desenvolvidos. O primeiro, snpReady, foi criado para preparar conjuntos de dados para realizar estudos genômicos. Este pacote oferece três funções para atingir esse objetivo, organizando e aplicando o controle de qualidade, construindo a matriz de parentesco genômico e com estimativas de parâmetros genéticos populacionais. Além disso, apresentamos um novo método de imputação para marcas perdidas. O segundo pacote é o BGGE, criado para gerar kernels para alguns modelos genômicos de interação GA e realizar predições genômicas. Consiste em duas funções (getK e BGGE). A primeira é utilizada para criar kernels para os modelos GA, e a última realiza predições genômicas, com alguns recursos especifico para os kernels GA que diminuem o tempo computacional. Os recursos abordados nos dois pacotes apresentam uma opção rápida e direta para ajudar a introdução e uso de análises genômicas nas diversas etapas do programa de melhoramento.

O presente estudo teve por objetivo estudar os efeitos da interação genótipo x ambiente sobre as características peso à desmama, peso ao sobreano e ganho de peso da desmama ao sobreano em bovinos da raça Nelore. Foram analisados 58.032 registros de peso à desmama ajustados para 205 dias (PD), 46.032 registros de peso ao sobreano ajustados para 550 dias (PS) e 45.844 registros de ganho de peso da desmama ao sobreano ajustados para 345 dias (GP), originários de três rebanhos distintos. Os dados foram submetidos a dois métodos de análises: no primeiro, processaram-se análises unicaracterísticas para os rebanhos individuais e para o conjunto formado pelos três rebanhos, e análises tri-características para os dados de cada rebanho, em que as mesmas características foram consideradas como variáveis distintas. Foi utilizado o programa GIBBS2F90, sob abordagem bayesiana. As estimativas dadas pelas médias dos coeficientes de herdabilidade para PD, PS e GP variaram de 0,09 a 0,24, 0,24 a 0,44 e 0,09 a 0,31, respectivamente. Nesta mesma ordem, as correlações genéticas das mesmas características nos diferentes ambientes variaram de 0,88 a 0,93, 0,85 a 0,98 e 0,75 a 0,97. As correlações entre as DEPs dos touros nos ambientes variaram de 0,97 a 0,99, 0,69 a 0,95 e 0,77 a 0,98 para PD, PS e GP, respectivamente. No segundo método, utilizou-se um modelo de regressão aleatória para descrever alterações nos valores genéticos dos animais em função do gradiente ambiental, formado pelos grupos contemporâneos. As análises foram feitas pelo programa INTERGEN, também sob enfoque bayesiano. As estimativas dos coeficientes de herdabilidade para PD, PS e GP variaram de 0,06 a 0,44, 0,19 a 0,63 e 0,20 a 0,40, respectivamente. As correlações genéticas entre intercepto e inclinação das normas de reação foram de 0,75, para PD, 0,76 para PS e 0,34 para GP. As correlações entre os valores genéticos dos touros nos ambientes variaram de -0,38 a 0,99, 0,79 a 1,00 e 0,68 a 0,99 para PD, PS e GP, respectivamente. Os resultados de ambos os métodos apontaram efeito da interação genótipo x ambiente sobre as características nos rebanhos incluídos neste estudo, especialmente sobre a classificação dos touros. / The objective of the present study was to evaluate the genotype by environment interaction effect on weaning weight, post-weaning weight and post-weaning weight gain in Nellore cattle. It were analyzed 58,032 records of weaning weight adjusted for 205 days (PD), 46,032 records of post-weaning weight adjusted for 550 days (PS) and 45,844 records of post-weaning weight gain adjusted for 345 days (GP), originated from three distinct herds. Those data were analyzed applying two different methods: in the first proceeding, the data set of the three herds separately and the data set composed by all herds in one was submitted to single-trait analysis, while a three-trait analysis considered the same trait as a distinct variables in different herds. The variance components were estimated by GIBBS2F90, under bayesian inference. The estimates given by the means of heritability coefficients for PD, PS and GP ranged from 0.09 to 0.24, 0.24 to 0.44 and 0.09 to 0.31, respectively. In the same sequence, the genetic correlation among the same traits in different environments varied from 0.88 to 0.93, 0.85 to 0.98 and 0.75 to 0.97. The correlation between sire\'s EPDs in the environments ranged from 0.97 to 0.99, 0.69 a 0.95 and 0.77 to 0.98 for PD, PS and GP, respectively. In the second method, a random regression model was performed in order to describe changes in breeding values as a function of the gradient environment, arranged by contemporary groups. The analyses were performed by INTERGEN, also under bayesian inference. The estimates of heritability coefficients for PD, PS and GP ranged 0.06 to 0.44, 0.19 to 0.63 and 0.20 to 0.40, respectively. The genetic correlation between level and slope of reaction norms were 0.75 for PD, 0.76 for PS and 0.34 for GP. The correlation between sire\'s breeding values in the environments ranged from - 0.38 to 0.99, 0.79 to 1.00 and 0.68 to 0.99 for PD, PS and GP, respectively. The results of both methods shown effect of genotype by environment interaction over the traits in herds included in this study, especially over the ranking of sires.