La compétition par interférence et ses effets sur la dynamique des populations suscitent un intérêt croissant. La température a aussi un fort effet sur la physiologie et les comportements individuels ainsi que sur les dynamiques des populations. Face au changement climatique, comprendre les interactions compétition-température-dynamique des populations est un enjeu majeur en biologie des populations. Les interactions entre individus sont liées à leur taille corporelle. La structure en taille de populations de deux clones du collembole Folsomia candida a été suivie pendant 2 à 4 ans à 4 températures. L'analyse des séries temporelles de leur structure à 21°C a révélé une dépendance de la dynamique aux conditions individuelles d¿accès à la ressource, liées aux plus grands individus. Nous avons modifié la structure de populations à 21°C et observé leur retour à l'équilibre, puis observé le comportement d'accès à la ressource. Cela a démontré le rôle des grands adultes dans la régulation des populations, en interférant avec les plus petits pour l'accès aux ressources. Grâce à un modèle de populations structurées intégrant l'interférence, nous avons montré que son intensité croissante cause : l'amortissement des cycles de générations, la survie de grands individus, des cycles induits par l'interférence. Nous avons enfin comparé les normes de réactions à la température sur des individus isolés et dans des populations afin de comprendre les interactions compétition-température dans la régulation des populations. Plusieurs niveaux de complexité permettent de comprendre l'effet des changements environnementaux sur les populations. / Interference competition and its effects on population dynamics are of growing interest. Temperature also plays an important role on the physiology and individual behavior as well as on population dynamics populations. In the context of climate change, understanding the effect of interactions between individuals on population dynamics and their interactions with temperature is an important issue for population biology. Interactions between individuals are related to their body size. The size structure of several populations of two clones of Collembola Folsomia candida was monitored for 2-4 years at four temperatures from 11 ° C to 26 ° C. The time series analysis of their structure at 21 ° C revealed a dependence of the dynamics on individual access to the resource related to the presence of large individuals. We then changed some population structures at 21 ° C and observed their return to equilibrium. We observed real-time access to the resource behavior. These studies have shown the role of large adults in population control by interfering with smaller individuals for access to resources. Through a structured model incorporating interference competition, we have shown that its intensity may have different effects on the dynamics of structured populations: damping single generation cycles, allowing the survival of large individuals, and causing interference induced cycles. Finally, we compared the reaction norms to temperature on isolated individuals and populations in order to understand the competition-temperature interactions in regulating populations. Several levels of complexity allow us to understand the effect of environmental change on populations

Le français est la troisième langue enseignée au Yémen après l'arabe et l'anglais. Cette vitalité du français nécessite la création de supports didactiques, afin d'aider à son apprentissage. L'objet de la thèse est de mettre en évidence les zones du français, qui sont sources de difficultés pour les étudiants tant sur le plan de la morphologie que sur celui de la syntaxe, de les classer et de les décrire. L'étude des erreurs s'appuiera sur deux corpus de travaux écrits effectués, l'un par trente étudiants de quatrième année de licence du département de français de l'université de Dhamar, l'autre par quinze enseignants de lycée diplômés du même département. Cette étude a pour finalité d'initier une réflexion, au sein des départements de français des universités yéménites, sur les stratégies et les objectifs de l'enseignement du français en tant que langue, dans un milieu plurilingue non francophone. Elle vise également à offrir des ressources didactiques en matière d'étude de la langue aux enseignants, en tentant de mettant en évidence des priorités. / French is the third language taught in Yemen after Arabic and English. This vitality of French requires the creation of didactic supports, in order to help in its learning. The purpose of the thesis is to highlight the areas of French, which are sources of difficulty for students, in terms of morphology and syntax, to classify and to describe them. The study of errors is based on two corpus of written work, one which has been done by thirty students in the fourth year of the license of the French Department of Thamar University, the other one by fifteen high school teachers, graduated in the same department. This study aims to introduce a reflection, in the French departments of the Yemenite universities, about strategies and objectives of the teaching of French as a language, in a non-French-speaking multilingual environment. It also aims to provide didactic resources for the study of the language to the teachers, trying to highlighting the priorities.

Dans la plupart des organismes, les crossovers se formant au cours de la méiose sont interférérents : deux crossovers sont rarement à proximité. Nous avons étudié ce phénomène en détail dans la plante modèle Arabidopsis thaliana en utilisant une grande population de rétro-croisements, en méiose mâle et en méiose femelle. Nous avons utilisé le modèle Gamma à deux voies, superposant à la voie interférente une proportion p de crossovers d'une deuxième voie non interférente. La méiose femelle montre une interférence plus élevée et une proportion p plus faible que la méiose mâle. Par ailleurs nos comparaisons intra-chromosomiques concluent qu'il existe des variations d'interférence entre le bras gauche et le bras droit d'une part et entre la partie centrale et les régions distales d'autre part. Nous avons ensuite développé des tests statistiques qui ont révélé des hétérogénéités dans la proportion p le long des chromosomes. De telles variations ont ensuite été trouvées dans un jeu de données de tomate où notre analyse statistique nous a permis de montrer pour la première fois sur un organisme «sauvage» que la deuxième voie était très peu interférente et qu'en fait les deux voies avaient un peu de « cross-talk ». Vu que la limitation la plus sévère des modèles utilisés jusqu'à présent est l'hypothèse de constance du paramètre p, nous avons développé un modèle généralisé où les deux voies peuvent avoir des paysages de recombinaison différents. Ce modèle nommé PSL-GS a été implémenté en logiciel et testé sur des données simulées et sur trois jeux de données de plantes. L'utilisation du critère BIC suggère que tout comme chez la tomate, les paysages de recombinaison d'Arabidopsis et du maïs sont différents entre les 2 voies. / For most organisms, crossovers forming during meiosis exhibit crossover interference – nearby crossovers are rare. This phenomenon was studied in great detail in Arabidopsis thaliana using a large backcross population for male and female meiosis. We used the gamma two-pathway model by superposing proportion (1- p) of interfering crossovers with p of non-interfering crossovers. It was observed that female meiosis shows higher interference but lower proportion of non-interfering crossovers than male meiosis. Further intra-chromosomal interference comparisons conclude that there are variations between (a) left and right arms, and (b) the central versus distal regions of a chromosome. Then statistical tests revealed heterogeneities in the non-interfering crossover proportion along chromosomes. Thereafter various statistical tools developed to examine a very novel wild-type tomato data annotating crossover positions from both pathways provided evidence for ‘cross-talk’ between the two pathways of crossover formation as opposed to being independent. Finally a model named Pathway-Specific Landscapes Gamma-Sprinkling (PSL-GS) incorporating chromosomal non-uniformity in the individual pathways has been proposed to extend present state-of-the-art interference modeling which consider both pathways to be uniform along chromosomes.

La production de mots intéresse un vaste réseau cérébral principalement localisé dans l'hémisphère gauche, synthétisé dans une revue de littérature traitant des études de production de mots en enregistrements intracérébraux. Nous nous sommes principalement focalisés sur l'implication du réseau cérébral lors de l'accès lexical en utilisant deux protocoles de dénomination d'images manipulant l'interférence sémantique, connue pour moduler les liens entre les étapes sémantiques et lexicales. Nous avons comparé la dynamique spatiotemporelle de ces protocoles utilisés de façon interchangeable dans la littérature, mais qui diffèrent dans l'implication de paramètres méthodologiques pouvant faire intervenir des mécanismes mnésiques tels que la familiarisation et la répétition. Notre hypothèse étant que ces paramètres étant si divergents, le réseau neuronal sous-jacent devrait au moins être modulé selon le protocole étudié. Notre étude EEG révèle deux patterns d'activité électrophysiologique distincts entre les protocoles attribuables à l'effet de familiarisation. Nous avons étudié l'implication de la structure hippocampique dans la production de mot via des enregistrements intracérébraux. Les analyses en temps-fréquence et en champs locaux montrent que l'hippocampe est impliqué dans l'apprentissage progressif des liens sémantico-lexicaux, mais aussi dans leur maintien en mémoire durant une courte période et dans leur récupération. Ce travail de thèse a permis de révéler que la dynamique spatiotemporelle de la dénomination d'images est modulée par différents facteurs, ce qui va à l'encontre de l'implication d'un réseau partagé par ces deux protocoles de dénomination d'images. / Words production involves a vast brain network mainly localized in the left hemisphere, summarized in a review of literature based on studies of word production in intracranial recordings.We focused principally on the involvement of the cerebral network during lexical access by using two picture naming protocols manipulating the semantic interference effect, known to modulate the links between semantic and lexical processes. We compare the spatiotemporal dynamics of these protocols interchangeably used in the literature, but which differ in the involvement of methodological parameters that may involve mnemonic mechanisms such as familiarity and repetition. Our hypothesis was that these parameters are so divergent that the underlying neural network should at least be modulated by the protocol investigated. Our EEG study reveals two distinct patterns of electrophysiological activity between the protocols due to the familiarization effect. We studied the involvement of the hippocampal structure in the production of word through intracranial recordings. The time-frequency and the local field analyses show that the hippocampus is involved in the progressive learning links between semantic and lexicon, but also in keeping them in memory for a short period and in their recovery. This work revealed that the spatiotemporal dynamics of picture naming is modulated by various factors, which goes against the involvement of a common network shared by these two picture naming protocols.

Les éléments transposables (ET) sont des parasites génomiques présents dans tous les génomes, dont une partie présente une structure similaire à celle de certains virus. Dans les cellules ovariennes d'insecte, l'abondance des transcrits d’ET est contrôlée par ARN interférence (ARNi), et plus particulièrement par la voie piARN (Piwi-interacting RNA). Une autre voie d'ARNi, la voie siARN (Small interfering RNA), constitue l'une des principales réponses immunitaires des insectes contre les infections virales, et est aussi dédiée au contrôle somatique des ET. Ces deux voies d'ARNi sont dirigées par des effecteurs moléculaires distincts et décrites comme indépendantes. Cependant, des similitudes structurales et de mécanisme de contrôle entre les ET et les virus suggèrent la possibilité d’une interaction. Nous avons utilisé la drosophile comme modèle et infecté l'organisme avec le virus Sindbis (SINV), un arbovirus (Arthropod-Borne virus), ou le virus Sigma (SV), un virus spécifique de drosophile. À l'aide d'un séquençage à haut débit, nous avons caractérisé les répertoires d'ARN et de petits ARN interférents produits par les drosophiles infectées, à partir des tissus de carcasses ou d'ovaires. Globalement, nos résultats démontrent un impact de l'infection virale sur les quantités de transcrits d’ET via la modulation des répertoires piARN et siARN, et représentent la première démonstration des effets d’infections virales sur l’activité des ET. Plus précisément, l’infection par SINV favorise une diminution globale des quantités de transcrits d’ET alors que l’infection par SV réactive de nombreux ET. Nos données suggèrent que la modulation résulte de substrats d'ARN partagés et de trans-régulateurs communs des voies de l'ARNi. Ces résultats ouvrent un nouvel axe de recherche en génomique, suggérant que les épidémies virales ou les infections chroniques peuvent avoir un impact sur l'activité des ET, et donc sur le taux de diversification génétique ultérieure / Transposable elements (TEs) are genomic parasites that are found in all genomes, a part of which display structure similarity to some viruses. In insect ovarian cells, TE transcript abundance is controlled by RNA interference (RNAi) machinery and more particularly by the piRNA pathway (Piwi-interacting RNA). Another RNAi pathway, named siRNA pathway (Small interfering RNA), is one of the key insect immune responses against viral infections and is also dedicated to TE somatic control. These two interfering RNA pathways are led by distinct molecular effectors and described as independent. However, similarities in structure and control mechanisms across TEs and viruses suggest that an interplay may exist. We used Drosophila as a model, and infected the organism with Sindbis virus (SINV), an arbovirus (Arthropod-Borne virus), or Sigma virus (SV), a Drosophila-specific virus. Using high-throughput sequencing, we characterized the RNA and small-RNA repertoires produced by Drosophila flies from carcass or ovary tissues. Overall, our results demonstrate an impact of viral infection on TE transcript amounts via modulation of the piRNA and siRNA repertoires and represent the first demonstration of the effects of viral infection on TE activity. More precisely, SINV infection promotes a global decrease of TE transcript levels while SV infection reactivates many TEs. Our data suggest that the modulation results from shared RNA substrates and common trans-regulators of the small RNA pathways. These results open new avenue of research in genomics, suggesting that viral epidemics or chronic infections can impact TE activity and thus the rate of subsequent genetic diversification

Le développement des systèmes houlomoteurs ainsi que la gestion du littoral reposent sur une bonne compréhension des mécanismes liés aux interactions houle-structure. Dans cette thèse, nous nous intéressons à l'étude d'un champ de structures flexibles soumises à des ondes de surface, en vue de développer un système qui puisse à la fois atténuer les vagues et absorber l'énergie qui leur est associée de manière efficace. Les résultats présentés se basent autour d'expériences réalisées dans des installations de petite échelle, dans lesquelles la disposition spatiale des objets flexibles est le principal paramètre étudié. Dans un premier temps, nous caractérisons notre champ modèle afin d'évaluer l'influence de divers paramètres (configuration, flexibilité, fréquences des vagues) sur la distribution de l'énergie dans le système. Sur la base de ces résultats, nous développons ensuite un modèle d'interférences permettant de décrire les observations globales du système à partir de paramètres locaux connus, associés à une portion unitaire du champ. Ce modèle nous sert ensuite d'outil pour l'exploration d'une multitude de configurations spatiales, afin de déterminer le choix optimal vis-à-vis de l'atténuation et de l'absorption des vagues incidentes. Enfin, une campagne de mesures supplémentaire est utilisée afin d'expliquer les résultats obtenus avec le modèle et d'identifier les principes sous-jacents à cette optimisation / Understanding the mechanisms involved in wave-structure interactions is of high interest for the development of efficient wave energy harvesters as well as for coastal management. In this thesis, we study the interactions of surface waves with a model array of slender flexible structures, in view of developing an efficient system for both attenuating and harvesting wave energy. The presented results are based around experimental investigations, by means of small scale facilities, in which the spatial arrangement of the flexible objects is the key parameter of study. The model array is first characterised by evaluating the role played by various parameters (configuration, flexibility, wave frequency) on the energy distribution in our system. Following these first observations, an interference model is then developed in order to describe the observed global effects of the array on both the wave field and the blade dynamics, based on known local parameters of a unit item of the array. This model then serves as a tool for exploring many possible array configurations, in order to determine the optimal choice regarding both the attenuation and the absorption of the imposed waves. A final experimental study is presented, in which the key results from the interference model are evaluated and the underlying principles of array optimisation are identified

Le cilié Paramecium tetraurelia est un modèle intéressant pour l'étude de la diversité et de l'évolution des voies d'ARN interférence (ARNi) chez les eucaryotes. L'une des voies d'ARNi végétatives peut être induite en nourrissant les paramécies de bactéries produisant un ARN double-brin (ARNdb) homologue à un gène donné, dont l'expression est inactivée de manière post-transcriptionnelle par la production de siARN de 23 nt. Un crible de mutagénèse a permis d'obtenir des mutants mendéliens déficients pour l'ARNi, dont les génomes ont été séquencés afin d'identifier sans a priori des gènes impliqués dans cette voie. 6 gènes ont été identifiés: un Dicer, deux ARN polymérases ARN-dépendantes (RDR1 et 2), une nucléotidyl-transférase (CID1) et deux gènes codant de nouvelles protéines (PDS1 et 2). Pour étudier leur rôle dans la biosynthèse ou l'action des siARN, ces derniers ont été séquencés à partir de cellules sauvages ou mutantes, nourries d'un ARNdb homologue à un gène non essentiel. L'analyse bio-informatique a montré que des siARN dits 'primaires' sont produits à partir de l'ARNdb bactérien, tandis que des siARN dits 'secondaires' sont produits à partir de la totalité de l'ARNm endogène ciblé, et sont majoritairement de polarité anti-sens. Alors que la production des siARN primaires dépend de tous les gènes étudiés, les résultats n'impliquent que RDR2 dans celle des siARN secondaires. Enfin, j'ai montré que certains clusters de siARN endogènes dépendent de RDR1 et de CID1, tandis que d'autres dépendent de RDR2. La paramécie produit également des siARN antisens aux ARN ribosomaux bactériens, suggérant de nouvelles hypothèses quant à la fonction naturelle de cette voie. / The ciliate Paramecium tetraurelia is an interesting model to study the diversity and evolution of RNA interference (RNAi) pathways. One of the vegetative RNAi pathways is induced by feeding cells with bacteria producing double-stranded RNA (dsRNA) homologous to a given gene, which is then post-transcriptionally silenced through the production of 23-nt siRNAs. A forward genetic screen allowed us to obtain Mendelian mutants deficient in dsRNA-induced RNAi, and mutated genes were identified by whole-genome resequencing. 6 genes were identified: one Dicer, two RNA-dependent RNA polymerases (RDR1 et 2), one nucleotidyl-transferase (CID1) and two genes encoding novel poteins (PDS1 and 2). To study their roles in siRNA biosynthesis or action, we sequenced small RNAs from wild-type or mutants cells fed with a dsRNA homologous to a non-essential endogenous gene. Bioinformatic analyses showed that 'primary' siRNAs are produced from the bacterial dsRNA trigger, while 'secondary' siRNAs, predominantly of antisense polarity, are produced from the whole length of the targeted endogenous mRNA. While primary siRNA production requires all of the genes studied, the results only implicate RDR2 in the production of secondary siRNAs. Finally, I showed that some clusters of endogenous siRNAs depend on RDR1 and CID1, whereas others depend on RDR2. Paramecium was also shown to produce siRNAs that are antisense to bacterial ribosomal RNAs, suggesting new hypotheses about the possible natural functions of this pathway.

L’étude des relations interculturelles entre l’Afrique noire et le Brésil dans le cadre de la traite négrière transatlantique, nous a amené à nous intéresser à la singulière odyssée des Retornados Aguda du Bénin. Ce sont des esclaves émancipés revenus majoritairement de Bahia au lendemain de la révolte Malè (1835), dans les aires culturelles et géographiques de leurs ancêtres, celles de la Côte des Esclaves. Face au défi de réintégration dans une société qui les avait exclus au moins un siècle plutôt, ces "hommes nouveaux" ont développé d’ingénieux mécanismes de résistance et d’affirmation de soi, pour construire une aristocratie aux prestiges remarquables aux côtés des négriers portugais, brésiliens, anglais, français, hollandais, et danois installés sur cette côte de l’Afrique pour le commerce des esclaves. C’est à ce titre, et comme des éducateurs sociaux qu’ils ont éminemment contribué à la transformation socio-culturelle, économique et politique des aires d’accueil allant jusqu’à une profonde modification des us et coutumes locaux. Dans cette même logique, ils ont formé la première élite intellectuelle au service de la colonisation française qu’ils ont combattue par la suite jusqu’à la l’indépendance du Dahomey. Cette étude met en lumière les permanences et les mutations successives des vestiges de l’héritage socio-culturel, linguistique, politique et religieux des Aguda qui se poursuivent et se ressentent dans la société béninoise contemporaine. Les racines de ces apports afrobrésiliens sont si profondément enfouies dans les usages des Béninois contemporains au point que certains ont du mal à imaginer que des pratiques de leur quotidien qu’ils se sont appropriées et remodelées à leur goût au fil de générations, sont venues de l’autre côté de l’Atlantique. / In the quest of a study of the intercultural relations between sub-Saharan Africa and Brazil, we come to investigate on the particular odyssey of the Retornees Aguda in Benin. They are formers are slavers coming back home mainly from Bahia, following the Malè revolt (1835), in their former cultural and geographic area where their ancestors have been caught and sold as slaves, the Slave Coast. Meeting the challenge of their reintegration in a community where their ancestors were expelled, those “new people” used some resourceful resistant mechanisms, and a powerful self-assertion to build a distinguish aristocratic class together with the Portuguese, the Brazilian, the English, the French, the Danish and the Dutch slavers settled on that coast many years ago.It is on the crest of that high position in the society that they greatly took part in the socio-economic and cultural changes in those welcoming areas up to deep transfer in local habits and customs. In so doing, they have been the first intellectual elite serving the French colonial administration that they later opposed till the independence of the Dahomey colony. This survey brings into light the continuities as well as the remarkable changes on the remnants of the Aguda’s sociocultural, linguistic, politic and religious legacy which are deeply rooted in Beninese’s everyday life that some of them hardly guess that some daily usages come from the other side of the Atlantic Ocean.

L'interférence par l'ARN (ARNi) désigne la dégradation spécifique de séquence des ARN induite par des ARN double brin. Dans les cellules de mammifères, l'ARNi peut être induite par des petits ARN interférants (siARN). L'ARNi est effectuée par le complexe RISC (RNA induced silencing complex) contenant, entre autre, la séquence d'ARN guide, qui permet la reconnaissance de la cible et la nucléase Ago2, responsable de son clivage.<br />Ces travaux ont porté sur l'analyse cinétique de la dégradation des ARNm induite par les siARN dans des cellules de mammifères. Nous avons mesuré les vitesses de dégradation des ARNm de β-globine et de lymphotoxine-α sous interférence et montré, d'une part, que les différences d'efficacité des siARN sont liées à des différences de vitesses de dégradation et, d'autre part, que ces vitesses s'accélèrent entre 16h et 24h après la transfection pour deux siARN inhibant 80 à 90% des messagers. Nous avons aussi observé qu'un même siARN induit des inhibitions différentes pour les deux messagers de la lymphotoxine-α, ce qui nous a amené à proposer l'existence d'une interaction entre la traduction et l'interférence par l'ARN. <br />Nous avons analysé l'impact de l'interférence sur le métabolisme nucléaire des ARNm. Nous avons ainsi démontré que les siARN induisent la dégradation des ARN nucléaires avec une efficacité qui dépend d'une compétition cinétique entre l'interférence et les réactions de maturation et d'export qui affectent le transcrit ciblé. De plus, nous avons observé que la dégradation d'un ARN messager pouvait s'accompagner d'une accumulation de ses précurseurs, probablement par une augmentation de synthèse. Ainsi, l'interférence permet-elle de mettre en évidence de nouvelles régulations du métabolisme nucléaire des ARN.

Cette thèse propose une mesure absolue de la polarisabilité de l'atome de lithium par interférométrie atomique. Le résultat obtenu améliore la connaissance de cette grandeur d'un facteur trois par rapport aux mesures antérieures déjà existantes. Après une étude détaillée de la source d'atomes de lithium, ce travail s'intéresse au réglage de l'interféromètre atomique de Mach – Zehnder, qui fonctionne par diffraction élastique de l'onde atomique par trois ondes stationnaires laser, quasi résonantes avec la première transition de résonance du lithium. La qualité des signaux d'interférence observés (jusqu'à 84,5 % de visibilité) est mise à profit pour effectuer des mesures de phase d'une grande précision. Outre l'effet Zeeman, ce travail étudie l'effet d'un champ électrique appliqué sur un seul des deux chemins atomiques, distants de seulement 90 micromètres, pour mesurer la polarisabilité électrique du lithium par effet Lo Surdo – Stark.