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Étude des réponses écophysiologiques et fonctionnelles de populations de l'organisme clé Gammarus pulex (crustacea, Amphipoda) dans un contexte de changement climatique, au sein de la vallée du Rhône / Study of ecophysiological and functional responses of populations of the keyspecies Gammarus pulex (Crustacea, Amphipoda) along the Rhône River Valley, in the context of climate change

Foucreau, Natacha 09 December 2013 (has links)
L’étude des conséquences du réchauffement climatique sur les écosystèmes aquatiques est devenue un enjeu majeur pour la recherche. Nous avons mesuré l’impact de la température des eaux douces et du changement de végétation riparienne associé au climat sur six populations de Gammarus pulex (Amphipode) vivant au nord ou au sud de la vallée du Rhône (France). Ce crustacé, largement répandu dans les eaux douces européennes, est considéré comme une espèce clé pour le fonctionnement des écosystèmes aquatiques, car, en dégradant la litière de feuilles provenant de la ripisylve, il favorise son utilisation par d’autres invertébrés. Nos résultats sur l’effet de la température sur les réserves énergétiques, la consommation d’oxygène et la survie, suggèrent que la fenêtre thermique optimale est décalée de 2-3°C entre les gammares du nord et ceux du sud. L’investissement reproducteur varie saisonnièrement, avec des stratégies différentes selon l’origine des femelles. La provenance des feuilles (méditerranéenne/continentale) influence moins leur conditionnement et la vitesse de décomposition que leur dureté initiale. Une hausse de température accélère le conditionnement et la digestion des feuilles mais influence peu leur dégradation. Nos résultats montrent que des adaptations en bordure d’aire de distribution peuvent modifier la réponse des organismes aquatiques face aux changements climatiques. De plus, un changement de la nature des litières lié au réchauffement pourrait modifier la disponibilitédes ressources trophiques au cours des saisons et ainsi le fonctionnement des écosystèmes. / The study of global warming consequences on aquatic ecosystems has become amajor issue in current scientific research. We measured the impact of water temperature and the climate-related change in riparian vegetation on six populations of Gammarus pulex (Amphipoda) living in the North and in the South of the Rhône River valley (France). This crustacean, widely distributed in European freshwaters, is considered as a key species for the freshwater ecosystems functioning as it degrades the leaf litter from the riparian area, thus favouring its subsequent use by other invertebrates. Our results of temperature effect onenergy stores, oxygen consumption, and survival suggest that the optimal thermal window shifts from 2-3°C between northern and southern gammarids. Females’ investment into reproduction changes through seasons, with different strategies according to their geographical origins. Concerning the functional point of view, the leaf litter origin(Mediterranean/continental) less influences the conditioning of leaves and the decomposition rate than their initial toughness. An increase in water temperature accelerates the conditioning and the enzymatic digestion of leaves (in gammarids guts) but slightly influences their degradation by this crustacean. Our results show that adaptations at the limit of the species geographical distribution area can change the response to climate change in aquatic organisms. Moreover, a change in the type of the leaf litter could modify the availability of trophic resource through seasons and hence the ecosystem functioning.
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Analyse des interactions génotype x environnement x conduite culturale de peuplement bi-spécifique de cultures associées de blé dur et de légumineuses à graines, à des fins de choix variétal et d’optimisation de leurs itinéraires techniques / Analysis of genotype-environment -crop management interactions of durum wheat-grain legume intercrops for optimizing cultivar choice and cropping system design

Kammoun, Bochra 18 December 2014 (has links)
Accroître la biodiversité dans les agroécosystèmes est une stratégie écologique qui permettrait de rendre les productions plus durables. Une des pistes prometteuses est la culture en association de deux espèces sur une même parcelle et pendant une durée significative de leur cycle de développement. Ces cultures associées et notamment les mélanges céréalelégumineuse présentent de nombreux avantages, en particulier dans les systèmes à faible disponibilité en azote, en termes de production, de qualité et de bénéfices environnementaux. Ces performances sont étroitement liées à l’expression des complémentarités de niche et la réduction des effets de compétition entre les composantes de l’association. Les interactions interspécifiques dépendent fortement des caractéristiques phénotypiques (physiologie, morphologie, phénologie) des espèces et variétés associées. L’objectif de notre travail était d’étudier l’effet de la variabilité génotypique de espèces sur les performances des cultures associées de blé dur-légumineuse à graine et d’analyser le comportement des cultivars vis-à-vis des interactions inter et intra-spécifiques. Pour cela, nous avons mis en place deux expérimentations de 2011 à 2013 afin de tester plusieurs combinaisons de variétés présentant des traits phénotypiques différents. Chaque variété a été semée en culture pure en densité normale et en demi-densité (afin d’étudier les interactions intra-spécifiques) et en association de type substitutive (les deux espèces sont semées en demi densité et en mélange sur le rang) afin d’étudier les interactions interspécifiques. Nos résultats ont confirmé que le comportement d’un génotype est variable entre culture pure et association et que la performance d’une espèce en association dépendrait de sa performance en culture pure mais aussi de sa compétitivité. Ce pouvoir compétitif est sensible aux traits phénotypiques de chaque espèce et à la variation des conditions pédoclimatiques. Une analyse de la dynamique des interactions interspécifiques montre qu’à partir de la période de floraison des légumineuses, les compétitions deviendraient plus intenses et pourraient influencer les rendements en grains. In fine, ce travail nous a permis d’identifier des traits marqueurs de la performance des légumineuses en association qui serviront à concevoir des idéotypes adaptés aux couverts plurispécifiques afin d’optimiser les services rendus par ces systèmes cultivés. / Increasing biodiversity in agroecosystems may contribute to a sustainable productions. Intercropping, the growth of two or more species in the same space at the same time, is considered as a practical application of ecological principles based on biodiversity. Grain legume-cereal intercropping reveals many potential advantages in productivity, stability of outputs and ecological sustainability particularly in low N-input systems. These advantages occur when intercrop components have a complementary ecological niches and competitive interaction are reduced. Interspecific interactions are greatly influenced by phenotypic traits (physiological, morphological and phenological) among cultivars and species. The aim of our study is to study the effect of genotypic variability of species on the performance of durum wheat-grain legume intercrops and to analyze the response of cultivars toward inter and intraspecific interactions. An experimental trial was carried out during two years (2011 to 2013) to test different cultivar combinations. Each cultivar and specie was cultivated as sole crop, half density sole crop and intercrop in a replacement design to evaluate inter- and intra-specific interactions. Our results confirmed that genotype behavior is different between sole crop and intercropping. The intercrop performance is dependent on its performance on sole crop and on its competitiveness. Phenotypic traits and pedoclimatic conditions influence the competitive ability of intercrops. Besides, a dynamic analysis of interspecific interactions shows that from the legumes flowering period, competitions would be the most intense and would impact the grain yield. Finally, this study has allowed to identify some indicators of the performance of grain legumes on intercropping that would help to concept ideotypes adapted to multispecies systems in order to optimize their advantages.
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Assesment of sorghum response to nitrogen availability / Evaluation de la réponse de différents génotypes de sorgho à la disponibilité de l’azote

Awada, Fatima 23 September 2016 (has links)
Sept accessions représentant la diversité génétique du Sorgho (Sorghum bicolor) ont été cultivées dans une condition de carence (N⁻) et une condition non-limitante (N⁺) en nitrate. Les paramètres de croissance (taille de la plante et le nombre de feuilles), les paramètres physiologiques (teneur en nitrate, teneur en protéines, concentrations totales en carbone et azote) et l'activité de la glutamine synthétase (GS) ont été mesurés dans les feuilles et les racines des plantes de sorgho à trois stades précoces de développement végétatif (2, 4 et 6 semaines après germination). Les résultats montrent que : i) les valeurs obtenues pour l’ensemble des paramètres sont généralement plus faibles en situation de carence en nitrate ; ii) la taille des plantes et le nombre de feuilles sont plus grands sous un régime non-limitant ; iii) tous les paramètres étudiés sauf la teneur en Carbone, étaient sensibles à la disponibilité en azote. Cependant, les différents génotypes étudiés affichent de grandes variations dans leurs réponses aux deux conditions de cultures. On observe une variation de la taille des plantes entre les génotypes au cours du développement végétatif précoce, mais pas pour le nombre de feuilles. De même, on observe une grande variation dans les réponses physiologiques entre les différents génotypes. Des corrélations fortes et significatives ont été détectées entre la taille des plantes et la teneur en nitrate. Cependant ces corrélations varient selon les conditions de cultures et les génotypes étudiés. En outre, la teneur en nitrate et l'activité GS mesurés aux stades précoces de croissance, semblent être de bons marqueurs pour discriminer entre les différents génotypes pour leur aptitude à absorber ou assimiler les nitrates dans les deux conditions de cultures. L’expression dans les feuilles et racines de deux génotypes de sorgho, de deux copies d’un gène candidat pour l’efficacité d’utilisation d’azote, SbNRT1.1 codant pour un transporteur de nitrate, varie en fonction de la disponibilité en nitrate, de l’organe et de l’âge de la plante. Notre étude constitue une première contribution à l’analyse de l’efficacité d’utilisation d’azote chez le sorgho par une approche physiologique et une approche génétique. Les résultats obtenus ouvrent des perspectives pour de futures études fondamentales mais aussi des recherches finalisées qui conduiront à l’identification de génotypes valorisant mieux l’azote. / Seven accessions of Sorghum bicolor were grown with low (N⁻) and optimal (N⁺) nitrate supply. Growth parameters (plant height and leaf numbers), physiological parameters (nitrate, protein, total N and total C contents) and the activity of glutamine synthetase (GS) were studied in leaves and roots of sorghum plants at three time points of early vegetative growth (2, 4 and, 6 weeks post emergence). Plant height and leaf number were higher with nitrate supply. Except for carbon, all studied parameters were sensitive to N availability and values were typically lower when nitrate supply was low. However, different genotypes displayed considerable variation in their response to N regimes. Variation among genotypes during early vegetative development was observed for plant height, but not for leaf number. Likewise, physiological parameters varied among accessions. A significant and strong correlation, N- and accession-dependent, was detected between plant height and nitrate content. Moreover, nitrate content and GS activity at early growth stages appeared to be good markers to discriminate between nitrate uptake and assimilation capacities of different accessions under both N conditions. In some sorghum accessions, protein and total N content were indicative of high nitrate reduction and assimilation even under N limitation. Chlorophyll content was also sensitive to N availability. Furthermore, expression studies of SbNRT1.1gene copies in leaves and roots of two accessions reflected variability in expression dependent on nitrogen condition, plant organ, plant age, and gene of interest. This study is helpful to characterize different aspects of the N metabolism in sorghum and may aid in the identification of sorghum genotypes with enhanced nitrogen use efficiency, a trait that is of key interest in one of the most important crop plants in arid and semi-arid regions.
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Étude multi-traits du cannibalisme intra-cohorte chez les premiers stades de vie du sandre (Sander lucioperca) / Multi-traits study of intra-cohorte cannibalism in early life stages of pikeperch (Sander lucioperca)

Colchen, Tatiana 29 November 2017 (has links)
Le cannibalisme intra-cohorte est l’acte de tuer et consommer tout ou partie d’un individu conspécifique du même âge. Longtemps considéré comme un artefact d’élevage, le cannibalisme est maintenant admis comme un phénomène naturel pouvant être soumis à des mécanismes de sélection. Chez les Téléostéens, il est majoritairement référencé au niveau des premiers stades de vie. En condition d’élevage, plusieurs facteurs biotiques et abiotiques ont été testés sans réussir à totalement l’éliminer chez de nombreuses espèces. Dans ce contexte, cette thèse a pour objectifs de mieux comprendre la mise en place et le maintien du cannibalisme, chez le sandre, en se focalisant sur le lien entre cannibalisme, personnalité et mise en place de l’ichtyophagie. Cette thèse a été divisée en trois parties : (i) description du cannibalisme chez les premiers stades de vie du sandre et étude de l’influence de certains facteurs d’élevage, (ii) détermination des traits de personnalité chez les juvéniles, et mise en évidence de l’apparition du comportement piscivore chez les larves, (iii) recherche des liens entre cannibalisme, personnalité et mise en place de l’ichtyophagie. Cette thèse a montré que les facteurs d’élevage testés n’ont pas d’influence sur le cannibalisme. Elle a permis de démontrer l’existence de syndromes comportementaux dès les premiers stades de vie, que l’ichtyophagie ne se mettait pas en place au même âge chez tous les individus et que celle-ci était liée à la personnalité. Nos résultats montrent, également, que le cannibalisme chez les premiers stades de vie du sandre serait lié à la mise en place d’une ichtyophagie précoce et non à une personnalité particulière. On peut en déduire que le cannibalisme ne repose pas, au cours du développement, sur les mêmes caractéristiques individuelles que l’ichtyophagie / Intra-cohort cannibalism is the act of killing and consuming the whole, or major part, of a conspecific individual of the same age. Most often considered as an artefact of captive conditions, it is now assumed that cannibalism is a natural phenomenon, which could be submitted to selection. In Teleosts, it is mostly found in early life stages. In rearing conditions, several biotic and abiotic factors have been already tested, yet without successfully stop it in several species. In this context, the aim of this thesis is to better understand the onset and the stability of cannibalism, in pikeperch, by focusing on the link between cannibalism, personality and the onset of ichtyophagy. This study comprised three main parts aiming at: (i) describing the cannibalism in early life stages and studying the impact of rearing factors, (ii) determining personality traits in juveniles and describing the onset of ichtyophagy in larvae, (iii) searching the link between cannibalism, personality and onset of ichtyophagy. This thesis showed that rearing factors have no impact on cannibalism. Furthermore, we found behavioural syndromes in early life stages and that the onset of ichtyophagy did not occur at the same time for all individuals. Our results highlight that cannibalism seems to be linked to the onset of ichtyophagy rather than individual personality. In conclusion, cannibalism is not due, throughout the development, to the same individual characteristics than ichtyophagy
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Contributions des isolements pré-zygotiques et post-zygotiques dans la dynamique de l'introgression intra-spécifique chez la truite commune (Salmo trutta, L.) / Contribution of pre-zygotic and post-zygotic isolations in the dynamic of intra-specific introgression in brown trout (Salmo trutta, L.)

Gil, Jordi 07 July 2015 (has links)
Le réseau hydrographique français présente deux lignées de truite commune (Salmo trutta, L.) génétiquement et phénotypiquement distinctes : les lignées Atlantique (ATL) et Méditerranéenne (MED) qui occupent les bassins versant du même nom. Les repeuplements intensifs pratiqués de manière systématique depuis un siècle avec des souches domestiques ATL ont entrainé dans la zone méditerranéenne une introgression plus ou moins importante des populations naturelles. La persistance de populations peu introgressées amène les gestionnaires à prendre en compte dans leur démarche de conservation ces populations autochtones. La gestion de cette problématique d'hybridation passe par une meilleure connaissance de la dynamique de biodiversité intra-spécifique et donc des mécanismes évolutifs qui régulent les flux de gènes entre les lignées MED et ATL.Cette thèse s'appuie sur un travail collaboratif entre scientifiques et gestionnaires et comporte plusieurs objectifs. Sur le plan théorique nous avons testé deux barrières reproductives pré-zygotiques potentielles liées au comportement reproducteur (compétition intra-sexuelle mâle et préférence inter-sexuelle femelle) ainsi qu'une possible barrière post-zygotique correspondant à un différentiel de survie embryo-larvaire lié à la température. Un large jeu de données a également été analysé pour mettre en évidence un potentiel différentiel de survie entre lignée à l'âge adulte. Enfin, ces résultats ont été inclus dans un modèle démo-génétique (modèle Mediterranea, plate-forme CAPSIS-4). Cet outil informatique d'aide à la décision adapté aux besoins des gestionnaires permettra à terme l'évaluation des stratégies de gestion et de conservation.Les résultats montrent une préférence intersexuelle hétérogame qui tendrait à accélérer le mélange des deux lignées. L'étude de la survie embryo-larvaire montre un avantage sélectif pour les descendants de femelles MED, particulièrement dans des conditions de températures basses. Enfin, l'analyse de la distribution de l'âge chez les adultes montrent un avantage aux individus MED ce qui pourrait traduire une adaptation locale pour cette lignée au sein du territoire haut-savoyard. Les simulations préliminaires effectuées avec le modèle Mediterranea intègrent ces résultats et mettent en évidence le rôle de la structure du réseau hydrographique dans la variabilité spatiale de l'introgression. Ces résultats concordent avec les patrons d'introgression observés in situ et apportent de nouvelles connaissances pouvant se révéler utiles dans la gestion future de la biodiversité intra-spécifique de la truite commune. / The natural distribution area of brown trout (Salmo trutta, L.) in the French hydrographic landscape reveals the existence of two genetically and phenotypically distinct lineages: the Atlantic lineage (ATL) and the Mediterranean lineage (MED) that are initially respectively present in the Atlantic and Mediterranean drainage basins. Intensive and systematic stocking practices carried out over a century with ATL domestic strains have resulted, in the Mediterranean area, in heterogeneous patterns of introgression of native MED populations. The persistence of some low introgressed MED populations led managers to focus on these native populations in their conservation plans. To efficiently account for these introgression processes, a better understanding of intraspecific biodiversity dynamics is required, with a specific focus on how evolutionary mechanisms may regulate gene flow between MED and ATL lineages.The present manuscript is based on a collaborative work between scientists and managers in Haute-Savoie, France, and investigates several potential mechanisms for introgression. We explored two potential pre-zygotic reproductive barriers related to reproductive behavior (male intra-sexual competition and female inter-sexual preference) and also a possible post-zygotic barrier corresponding to a differential of embryo-larval survival linked to temperature. A large dataset was also analyzed to identify a potential differential survival between lineages at adult stage. Finally, these results were included into a demogenetic model (Mediterranea Model, CAPSIS-4 platform). This computer based aid for decision making will ultimately allow evaluating various management strategies.The results show a heterogamous intersexual female preference which should promote the genetic admixture between the two lineages. However, the study of embryo-larval survival shows a selective advantage for the offspring of MED females, especially in low temperature conditions. Finally, the analysis of the distribution of age in adults suggests a potential higher survival for MED individuals, which could indicate a local adaptation for this lineage in the territory of Haute-Savoie. The preliminary simulations performed with the Mediterranea model incorporate these results and highlight the role of hydrogeographic network structure in the spatial variability of introgression. Both results and simulations are consistent with the introgression patterns observed in situ and provide new knowledge that can be applied to the management of intraspecific biodiversity of brown trout.
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Modèles Mathématiques pour la compétition et la coexistence des espèces microbiennes dans un chémostat

Fekih-Salem, Radouane 27 September 2013 (has links) (PDF)
Cette thèse porte sur l'analyse mathématique des modèles de compétition de plusieurs espèces microbiennes sur une seule ressource dans un chémostat. L'objectif est de modéliser et démontrer la coexistence des espèces par divers mécanismes pour mieux rendre compte de la biodiversité que l'on trouve dans la nature, ainsi que dans les bioréacteurs. Nous nous somme intéressés principalement à trois mécanismes de coexistence : 1. La compétition inter-spécifique entre les populations de micro-organismes et intra-spécifiques entre les individus de la même espèce. 2. La floculation où l'espèce la plus compétitive inhibe sa propre croissance par la formation des flocs pour pouvoir coexister avec les autres espèces. En fait, ces bactéries en flocs consomment moins du substrat que les bactéries isolées puisqu'elles ont un moins bon accès au substrat, étant donné que cet accès au substrat est proportionnel à la surface extérieur du floc. 3. La densité-dépendance dont le modèle peut être construit à partir du modèle de floculation, en supposant que la dynamique de floculation est plus rapide que la croissance des espèces. Dans ce modèle densité-dépendant le taux de croissance dépend non seulement de la densité du substrat, mais aussi, de la densité de la biomasse, et le taux de prélèvement de la biomasse n'est pas constant mais dépend aussi de la densité de la biomasse. Enfin, nous avons étudié un modèle de digestion anaérobie à trois étapes avec dégradation enzymatique du substrat (matière organique), dont une partie peut être sous forme particulaire. L'analyse mathématique montre que le modèle peut présenter la quadri-stabilité avec lessivage d'aucune, d'une ou de deux espèces selon la condition initiale. L'étude mathématique du comportement qualitatif de différents modèles du chémostat, nous a permis de mieux comprendre la compétition et la coexistence des espèces microbiennes.

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