Darbo tikslas buvo nustatyti Ternerio sindromo fenotipo ryšį su nustatyta chromosomine konstitucija ir jo įtaką šeiminei homeostazei. TS paplitimas, dažnis ir ligonių amžius diagnozavimo metu iki šiol nebuvo aprašytas mūsų tirtoje populiacijoje. KMU biologijos katedros citogenetikos laboratorijoje buvo ištirti kariotipai 1271 asmeniui, kuriam galima buvo įtarti TS: naujagimiai su įgimtomis sklaidos ydomis; mergaitės su fizinio vystymosi atsilikimais; mergaitės su brendimo atsilikimu; moterys su pirmine amenorėja; moterys su antrine amenorėja; moterys, tirtos dėl persileidimų ir nevaisingumo. Kariotipo pakitimai, būdingi TS, diagnozuoti 236 asmenims (18,6 proc.). Išskirti trys pagrindiniai kariotipo pakitimų variantai ir įvertinta, ar vienoda jų įtaka fenotipui. Tirta, ar yra skirtumas šių ligonių grupių fenotipe pagal tirtuosius parametrus: nėštumo trukmę, naujagimių kūno ilgį ir svorį, mergaičių ūgį ir svorį iki 18 metų amžiaus, tėvų amžių gimstant vaikui, sibsų amžių, paciento, kuriam įtariamas TS, amžių kariotipo tyrimo metu. Ištirta ir aprašyta keletas retų chromosomų disbalanso variantų. Nustatyta, kad monosominiai ligoniai dažniau vienintelę X chromosomą paveldi iš motinos (80,5 proc.), negu iš tėvo. Pirmą kartą atliktas šeiminis daugiaveiksniškai paveldimų požymių tyrimas (elektrokardiogramos ir gliukozės toleravimo mėginys) ne tik probandams, sergantiems TS, bet ir jų pirmosios eilės giminėms. Lietuvoje bent pusė TS atvejų lieka neatpažinti, todėl, siekiant kuo... [toliau žr. visą tekstą] / The aim of this study is to evaluate the link of chromosome constitution in Turner syndrome and in disruption of familial homeostasis. The distribution and incidence of TS in population nor the age of patients at the moment of diagnosis were not described previously. Cytogenetical laboratory at the Department of biology has investigated karyotypes for 1271. The number of abnormal karyotypes found is 236 (18.6%). We divided the patients into three groups according to logical, in our opinion, changes in their karyotypes. The aim of our research was to find out, if there were significant differences in phenotypes within those groups. Such traits were chosen for the comparison: the duration of pregnancy, length and weight of newborns, height and weight of the girls under 18 years old, the age of parents at birth of propositus, the age of the siblings, and the age at which TS was diagnosed for the patient. We predicted, that in a case of complete 45,X monosomy the clinical manifestation of the syndrome should be more severe, and this group of patients would differ from other karyological groups. We have found that in 80.5% of cases X chromosome had the maternal origin and in the rest 19.5% – paternal. To investigate the multifactorially inherited traits (electrocardiograms and glucose tolerance test) in relatives of Turner syndrome patients. We suggest that for the earlier diagnosis of TS, it is reasonable to investigate all girls, whose height is less than 3rd percentile.

Δημιουργία του ιστότοπου της κυτταρολογικής Βάσης Δεδομένων Φυτών PhytoKaryon, η οποία περιέχει καρυολογικά δεδομένα των φυτών της Μεσογείου και της Ευρώπης. Υλοποιήθηκε σε περιβάλλον PHP, MySQL και Apache Server. Παρουσιάζει τα αποτελέσματα της αξιοποίησης της Βάσης Δεδομένων από την πλευρά του διαχειριστή του Ιστότοπου. / The creation of the site of the cytologic Plants' Data Base PhytoKaryon, which contains karyological data of plants of Mediterranean and Europe. It was implemented in PHP, MySQL and Apache Server environment. It presents the results of exploitation of Data Base from the side of site's administrator.

It is known that chromosomal rearrangements play an important role in speciation by limiting gene flow within and between species. Furthermore, this effect may be enhanced by involvement of sex chromosomes that are known to undergo fast evolution compared to autosomes and play a special role in speciation due to their engagement in postzygotic reproductive isolation. The work presented in this study uses various molecular-genetic and cytogenetic techniques to describe karyotype and sex chromosome evolution of two groups of Lepidoptera, namely selected representatives of the family Tortricidae and Leptidea wood white butterflies of the family Pieridae. The acquired knowledge points to unexpected evolutionary dynamics of lepidopteran karyotypes including the presence of derived neo-sex chromosome systems that originated as a result of chromosomal rearrangements. We discuss the significance of these findings for radiation and subsequent speciation of both lepidopteran groups.

A tirbo Oryzomyini é a mais especiosa dentre os sigmodontíneos e os estudos citogenéticos nesses roedores refletem tal diversidade exibindo uma gama excepcional de variabilidade cromossômica. O número diploide varia de 2n = 16 até 2n = 88, além disso, algumas espécies apresentam polimorfismos de cromossomos autossômicos e sexuais, assim como a presença de supernumerários. De modo a compreender melhor a variabilidade cromossômica do grupo, o presente trabalho tem como objetivo: fazer uma revisão citogenética da tribo; descrever sete novos cariótipos (Euryoryzomys sp. 2N = 58/FN = 92, Neacomys sp. 1 2N = 48/FN = 54, Neacomys sp. 2 2N = 54/FN = 62, Oecomys sp. 1 2N = 54/FN = 84, Oecomys sp. 2 2N = 64/FN = 92, Oecomys sp. 3 2N = 84/FN = 110 e Scolomys sp. 2N = 62/FN = 80); realizar um estudo de pintura cromossômica utilizando sondas cromossomo-específicas de todo o complemento cromossômico de Holochilus sciureus e alguns autossomos de Oligoryzomys moojeni em quinze espécies de Oryzomyini (Cerradomys vivoi 2n = 50, Euryoryzomys sp. 2N = 58, Holochilus sciureus 2n = 56+2Bs, Hylaeamys megacephalus 2n = 54, Neacomys spinosus 2n = 64, Neacomys sp. 1 2n = 48, Neacomys sp.2 2n = 54, Nectomys rattus 2n = 52+1B, Nectomys squamipes 2n = 56+2Bs, Oecomys sp. 1 2n = 54, Oecomys sp. 2 2n = 64, Oligoryzomys moogeni 2n = 70, Pseudoryzomys simplex 2n = 56, Scolomys sp. 2N = 62 e Sooretamys angouya 2n = 58+2Bs); e por fim fazer uma análise filogenética da tribo baseada em dados de pintura cromossômica. Os resultados mostraram uma intensa reorganização genômica envolvendo inversões pericêntricas e/ou reposicionamento centromérico, inversões paracêntricas, rearranjos Robertsonianos, fusões e/ou fissões em tandem e translocações envolvidas na diversidade e evolução cromossômica de Oryzomyini. A utilização de duas abordagens diferentes na análise filogenética mostrou qual é mais confiável e apresenta resultados similares aqueles resultantes das análises morfológicas e moleculares. Além disso, os cromossomos sexuais dessas espécies apresentaram regiões homólogas compartilhadas entre todas as espécies analisadas com amplificação espécie-específica de heterocromatina / Oryzomyini is the most specious tribe of Sigmodontinae subfamily and cytogenetic studies of these rodents reflect such diversity displaying an exceptional range of karyotype variability. Diploid number vary from 2n = 16 to 2n = 88, in addition, some species present autosomal and sex chromosomes polymorphisms, besides the presence of B chromosomes. In order to understand the actual karyotype variability of Oryzomyini we present: a cytogenetic review of the tribe in order to rescue all chromosomal data available for the group; the description of seven new karyotypes (Euryoryzomys sp. 2N = 58/FN = 92, Neacomys sp. 1 2N = 48/FN = 54, Neacomys sp. 2 2N = 54/FN = 62, Oecomys sp. 1 2N = 54/FN = 84, Oecomys sp. 2 2N = 64/FN = 92, Oecomys sp. 3 2N = 84/FN = 110, and Scolomys sp. 2N = 62/FN = 80); a genome-wide comparative study using whole chromosome probes of the entirely chromosome set of Holochilus sciureus and some autosomes of Oligoryzomys moojeni in metaphases of fifteen Oryzomyini species (Cerradomys vivoi 2n = 50, Euryoryzomys sp. 2N = 58, Holochilus sciureus 2n = 56+2Bs, Hylaeamys megacephalus 2n = 54, Neacomys spinosus 2n = 64, Neacomys sp. 1 2n = 48, Neacomys sp.2 2n = 54, Nectomys rattus 2n = 52+1B, Nectomys squamipes 2n = 56+2Bs, Oecomys sp. 1 2n = 54, Oecomys sp. 2 2n = 64, Oligoryzomys moogeni 2n = 70, Pseudoryzomys simplex 2n = 56, Scolomys sp. 2N = 62, and Sooretamys angouya 2n = 58+2Bs) and; a phylogenetic analysis of Oryzomyini using chromosome painting data. The results showed an extensive chromosomal rearrangement, such as pericentric inversions or centromeric shift, paracentric inversions, Robertsonian rearrangements, tandem fusions/fissions, and translocations involved in the karyotype diversity and evolution of Oryzomyini. The use of two different approaches to perform a phylogenetic analysis based on chromosome painting data revealed which one is more trustworthy and present results more similar with molecular and morphological analysis. In addiction, the sex chromosomes of these species present homologous regions between all analysed species with amplification of species-specific heterochromatin

Submitted by Mario BC (mario@bc.ufrpe.br) on 2016-09-20T11:57:07Z No. of bitstreams: 1 Lamonier Chaves Ramos.pdf: 550825 bytes, checksum: b8839328e2d38c2e95c580ba9f82fa5a (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-20T11:57:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Lamonier Chaves Ramos.pdf: 550825 bytes, checksum: b8839328e2d38c2e95c580ba9f82fa5a (MD5) Previous issue date: 2014-08-14 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The genus Agave L. is extensively cultivated in many countries for present utilities in various sectors of the economy. The species Agave sisalana Perrine and the hybrid 11648 are the most important economically genotypes for Brazil, which is the largest producer and exporter of the extracted fiber from its leaves, known as “sisal”. Studies of their karyotypes have been limited so far the conventional staining techniques, which have been presented as insufficient, which have proven insufficient due to the small size and similarity of their chromosomes, so there is a need for more detailed analysis. This study aimed to analyze the karyotypes of the species Agave sisalana and hybrid 11648, by means of conventional staining techniques, the double staining CMA / DAPI and fluorescent in situ hybridization (FISH), in order to provide information that might be useful in breeding programs. The research was conducted at the Laboratório de Citogenética Vegetal, on the Universidade Federal Rural de Pernambuco (Botany Departament, UFRPE). The data of the conventional staining revealed that the hybrid 11648 is a diploid with 2n = 60, with a bimodal karyotype composed by five large chromosomes pairs and 25 small pairs. On the other hand, the species A. sisalana presented a pentaploid karyotype with 5n = 147 chromosomes, of which 25 were large and 122 were small. The pattern of CMA + band observed revealed that there is presence of constitutive heterochromatin rich in CG and that probably it remains conserved in both genotypes, with four bands observed in the hybrid and eight in the A. sisalana. In the hybrid sisal, FISH revealed two sites of 5S rDNA in a small chromosomes pair and two sites of 45S rDNA in a large chromosomes pair. In the species A. sisalana, 45S rDNA probes revealed five NOR, two of which are fully distended, forming secondary constrictions and the other three remain condensed and inactive throughout the cell cycle. This study provides new insights on the sisal karyotype, which can be useful for purposes of characterization and conservation of hits on germplasm banks as well as for use in breeding programs. / O gênero Agave L. representa uma cultura extensivamente cultivada em vários países por apresentar utilidades em diversos setores da economia. A espécie Agave sisalana Perrine e o híbrido 11648 são os genótipos de maior importância econômica para o Brasil, que é o maior produtor e exportador da fibra extraída de suas folhas, conhecida como sisal. Os estudos de seus cariótipos têm sido limitados, até então, as técnicas de coloração convencional, que têm se mostrado insuficientes devido ao pequeno tamanho e similaridade dos seus cromossomos, havendo assim a necessidade de análises mais detalhadas. O presente trabalho objetivou analisar os cariótipos da espécie Agave sisalana e do híbrido 11648, por meio das técnicas de coloração convencional, da dupla coloração CMA/DAPI e da hibridização in situ fluorescente (FISH), com a finalidade de fornecer informações que possam ser úteis em programas de melhoramento. A pesquisa foi conduzida no Laboratório de Citogenética Vegetal, da Universidade Federal Rural de Pernambuco (Departamento de Botânica, UFRPE). Os dados da coloração convencional revelaram que o híbrido 11648 é um diplóide com 2n = 60, com um cariótipo bimodal, composto de cinco pares cromossômicos grandes e 25 pares pequenos. Já a espécie A. sisalana apresentou um cariótipo pentaplóide com 5n = 147 cromossomos, dos quais 25 foram grandes e 122 foram pequenos. O padrão de banda CMA+ observado revelou que há presença de heterocromatina constitutiva rica em CG e que, provavelmente, esta se mantém conservada em ambos os genótipos, sendo observadas quatro bandas no híbrido e oito na A. sisalana. No sisal híbrido, a FISH revelou dois sítios de DNAr 5S em um par de cromossomos pequenos e dois sítios de DNAr 45S em um par de cromossomos grandes. Na espécie A. sisalana, as sondas de DNAr 45S revelaram cinco RONs, sendo que duas delas são completamente distendidas, formando constrições secundárias, e as outras três se mantêm condensadas e inativas ao longo do ciclo celular. O presente estudo traz novas contribuições sobre o cariótipo de sisal que podem ser úteis para fins de caracterização e conservação de acessos em bancos de germoplasma bem como para uso em programas de melhoramento genético.

Submitted by Inês Marinho (bele_ballet@hotmail.com) on 2016-06-17T15:32:29Z No. of bitstreams: 1 Dissertação - Sabrina Emanuela de Melo Araújo.pdf: 1064742 bytes, checksum: bea4234c7d69e414fb2af0d8af97b7cf (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-06-23T19:33:34Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Sabrina Emanuela de Melo Araújo.pdf: 1064742 bytes, checksum: bea4234c7d69e414fb2af0d8af97b7cf (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-06-23T19:43:01Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Sabrina Emanuela de Melo Araújo.pdf: 1064742 bytes, checksum: bea4234c7d69e414fb2af0d8af97b7cf (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-23T19:43:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação - Sabrina Emanuela de Melo Araújo.pdf: 1064742 bytes, checksum: bea4234c7d69e414fb2af0d8af97b7cf (MD5) Previous issue date: 2016-02-17 / FAPEAM - Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas / Among the Chiropteran, the Phyllostomidae family is the most diverse clade of the Neotropics and in Amazon are found about 80 species. From a chromosomal point of view, Phyllostomidae stands out for presenting many karyotype variation, with diploid numbers ranging from 2n = 14 in Vampyressa melissa (Stenodermatinae) to 2n = 46 in Macrotus waterhousii (Macrotinae). There are several genetic mechanisms or processes that can result in numeric/structural chromosomal abnormalities and often repetitive DNA sequences are involved in this process. In order to understand the variety and karyotype evolution of this family, classical and molecular cytogenetic analyzes were performed on mitotic chromosomes of four species belonging to four subfamilies of distinct phylogenetic clades: Artibeus obscurus, Carollia perspicillata, Desmodus rotundus and Phylostomus elongatus. Artibeus obscurus presented NF = 56 and 2 N = 30/31, with 22m + 6st + XX / XY1Y2; C. perspicillata NF = 36 and 2N = 20/21, with 14m-sm + 4st + XX / XY1Y2; D. rotundus NF = 52 and 2 N = 28, and 26m-sm + XX / XY; P. elongatus NF = 60 and 2 N = 32, and 28m-sm + 2a + XX / XY. The distribution pattern of constitutive heterochromatin revealed a signal in the pericentromeric region in all chromosomes of the four analyzed species and intraspecific variations were observed when compared the results of this work with the one in existing literature. Regarding the signal of ribosomal DNA sites 18S and nucleolus organizer regions active in A. obscurus were shown in the terminal region of the pairs 5, 6 and 7; C. perspicillata in pericentromeric region of the X chromosome; D. rotundus in the centromeric region of pair 8 and in P. elongatus in the centromeric/terminal region of the pair 15. Conspicuous telomeric signals were observed in D. rotundus and P. elongatus, while in A. obscurus and C. perspicillata the terminals signals are blurred. Interstitial telomeric sites were absent in P. elongatus and present in other species, which may indicate mergers. The LINE-1 retroelement presented scattered signals, however in some chromosomes they are identical to the patterns of dark bands evident in the band G and is also accumulated on chromosome X. If compared the phylogenetic position of the studied species, it is noted that the most derived taxons accumulate high karyotype variation as repetitive elements. / Dentre os Chiropteros, a família Phyllostomidae constitui o clado mais diversificado do neotrópico e na Amazônia são encontradas cerca de 80 espécies. Do ponto de vista cromossômico, Phyllostomidae destaca-se por apresentar grande variação cariotípica, com números diplóides que vão de 2n=14 em Vampyressa melissa (Stenodermatinae) a 2n=46 em Macrotus waterhousii (Macrotinae). São vários os processos ou mecanismos genéticos que podem resultar em alterações cromossômicas numéricas/estruturais e muitas vezes sequências repetitivas de DNA estão envolvidas neste processo. Visando compreender a variedade e a evolução cariotípica desta família, foram realizadas análises citogenéticas clássicas e moleculares em cromossomos mitóticos de quatro espécies, pertencentes a quatro subfamílias de clados filogenéticos distintos: Artibeus obscurus, Carollia perspicillata, Desmodus rotundus e Phylostomus elongatus. Artibeus obscurus apresentou NF=56 e 2N=30/31, sendo 22m+6st+XX/XY1Y2; C. perspicillata NF=36 e 2N=20/21, sendo 14m-sm+4st+XX/XY1Y2; D. rotundus NF=52 e 2N=28, sendo 26m-sm+XX/XY; P. elongatus NF=60 e 2N=32, sendo 28m-sm+2a+XX/XY. O padrão de distribuição da heterocromatina constitutiva revelou marcação na região pericentromérica em todos os cromossomos das quatro espécies analisadas e variações intraespecíficas foram observadas quando comparados os resultados deste trabalho com o existente na literatura. Em relação à marcação de sítios de DNA ribossomal 18S e regiões organizadoras de nucléolo ativas, em A. obscurus foram evidenciados na região terminal dos pares 5, 6 e 7; em C. perspicillata na região pericentromérica do cromossomo X; em D. rotundus na região centromérica do par 8 e em P. elongatus na região centromérica/terminal do par 15. Marcações teloméricas conspícuas foram visualizadas em D. rotundus e P. elongatus, enquanto que em A. obscurus e C. perspicillata as marcações terminais são tênues. Sítios teloméricos intersticiais foram ausentes em P. elongatus e presente nas demais espécies, podendo ser indicativo de fusões. O retroelemento LINE-1 revelou marcação dispersas, porém em alguns cromossomos são coincidentes com os padrões de bandas escuras evidenciados na banda G, sendo também acumulados no cromossomo X. Se comparada a posição filogenética as espécies estudadas, nota-se que os táxons mais derivados, acumulam maior variação cariotípica, assim como os elementos repetitivos.

Rearranjos cromossômicos envolvendo a presença de cromossomos marcadores extranumerário são achados citogenéticos freqüentes em pacientes que apresentam deficiência mental, alterações de crescimento, dismorfias e/ou malformações. A presença desse material é responsável por trissomia ou tetrassomia parcial de determinadas regiões cromossômicas, causando quadros clínicos distintos e inespecíficos. A variabilidade fenotípica está relacionada principalmente com os diferentes graus de mosaicismo, os genes presentes na região adicional, o cromossomo de origem, entre outros fatores. Sendo assim, a caracterização desse material cromossômico é de importância fundamental para a determinação do prognóstico e do aconselhamento genético dos pacientes e suas famílias. O presente estudo teve como objetivo a análise de cromossomos marcadores extranumerários por meio de técnicas de citogenética convencional e molecular. Foram selecionados onze pacientes que são acompanhados pelo o Serviço de Genética Médica do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto USP, todos com diagnóstico citogenético convencional por bandeamentos GTG de cromossomo marcador extranumerário. Para determinação da origem e caracterização dos cromossomos marcadores foram aplicadas as técnicas de Cariótipo Espectral (SKY) e de Hibridação in situ Fluorescente (FISH). Em dez pacientes foi possível determinar a origem e composição dos marcadores. Dois pacientes apresentam cromossomos marcadores identificados como duplicações invertidas do cromossomo 15, com cariótipos definidos, respectivamente, como 47,XY,+idic(15)(pterq15::q15pter) e 47,XX,+idic(15)(pterq21::q21p11.2), um paciente possui cromossomo marcador derivativo do cromossomo 15, com cariótipo 47,XX,+der(15)(pterq21) e dois pacientes, sendo uma menina e seu pai, possuem cromossomos marcadores derivativos do cromossomo 15 com cariótipos, respectivamente, 48,XX,+2der(15)(pterq12) e 48,XY,+2der(15)(pterq12). Dois pacientes possuem cromossomos marcadores derivativos do cromossomo 9, com cariótipos definidos, respectivamente, como 47,XX,+der(9)(pterq21) e 47,XX,+der(9)(pterq32) e um paciente apresenta cromossomo derivativo do cromossomo 4 [47,XX,+der(4)(p16q21)[9]/48,XX,+der(4)(p16q21),+mar[91]]. Um paciente possui um cromossomo marcador translocado derivativo do cromossomo 22 [47,XY,+der(22)t(11;22)(q25:q11.2)] e outro paciente, um cromossomo translocado derivativo do cromossomo 15 [47,XY,+der(15)t(15;16)(q13;q13)], ambos herdados de mães portadoras de translocações aparente balanceadas. Em um caso, não foi possível a caracterização dos cromossomos marcadores por meio das técnicas aplicadas. Há uma grande variação fenotípica associada à presença de cromossomos marcadores e muitas vezes o prognóstico e o aconselhamento genético são difíceis de determinar. As técnicas de citogenética molecular são ferramentas importantes para a caracterização dos cromossomos marcadores, tanto durante o pré-natal, como para uma família que já possui um membro afetado, auxiliando no mapeamento gênico de cada região envolvida para futura correlação cariótipo-genótipo-fenótipo. / Chromosomal rearrangements involving supernumerary marker chromosomes are frequently found in patients with mental retardation, growth defects and malformations. The genetic materials presented in trisomy/tetrasomy are responsible by distinct and unspecific clinical symptoms. The phenotypic variation is related mainly to different mosaicismo degrees, genetic content and chromosomal origin. Thus, the characterization of marker chromosomes is important to determine the prognosis and genetic counseling to the patients and their families. The aim of this study was to analyze supernumerary marker chromosomes using conventional and molecular cytogenetic techniques. Eleven patients were included in this study, all assisted in Medical Genetic Division of Clinical Hospital of School of Medicine of Ribeirao Preto USP. They all presented supernumerary marker chromosomes detected by GTG band. The origin and composition were determined using Spectral Karyotype (SKY) and Fluorescence in situ Hybridization (FISH) techniques. To ten patients, the origin and composition were determined. Two patients presented inverted duplications of chromosome 15, and their karyotype were defined as 47,XY,+idic(15)(pterq15::q15pter) and 47,XX,+idic(15)(pterq21::q21p11.2), one patient had a derivative chromosome 15, with karyotype 47,XX,+der(15)(pterq21), and two patients, a girl and her father, had two derivatives chromosomes 15, with karyotypes 48,XX,+2der(15)(pterq12) e 48,XY,+2der(15)(pterq12), respectively. Two patients presented derivative chromosomes 9 and their karyotype were defined as 47,XX,+der(9)(pterq21) and 47,XX,+der(9)(pterq32), and one patient had a derivative chromosome 4, with karyotype 47,XX,+der(4)(p16q21)[9]/48,XX,+der(4)(p16q21),+mar[91]. One patient had a translocated marker chromosome, derivative 22, [47,XY,+der(22)t(11;22)(q25:q11.2)] and another patient had a translocated marker chromosome, derivative 15 [47,XY,+der(15)t(15;16)(q13;q13)]. In one case, was not possible to define the origin and composition of the marker chromosome using SKY and FISH techniques. A large phenotypic variation is associated with supernumerary marker chromosomes and many times, the prognosis and genetic counseling is difficult to determine. The molecular cytogenetic techniques are important tools to its characterization, during prenatal diagnosis or to a family with an affected person, helping the genetic mapping of each region to a future correlation karyotype-genotype-phenotype.

A translocação recíproca é o rearranjo equilibrado mais comum em humanos. Frequentemente, indivíduos com rearranjos equilibrados não apresentam manifestações clínicas, entretanto, na meiose, o pareamento entre cromossomos translocados forma uma figura quadrivalente em forma de cruz que torna a disjunção cromossômica incerta e dependendo do rearranjo, o individuo pode vir a ser infértil, apresentar um risco aumentado de abortamento espontâneo e/ou da prole apresentar alterações fenotípicas. Neste projeto, investigamos duas famílias de pacientes inférteis, portadores de translocações cromossômicas. O objetivo foi caracterizar as alterações citogenéticas e citogenômicas relacionadas à infertilidade masculina em pacientes portadores de rearranjos aparentemente equilibrados, associando técnicas de citogenética clássica (bandeamento GTG), citogenética molecular (FISH) e citogenômica (array-CGH). Foram estudados sete indivíduos da família 1, sendo diagnosticados três portadores da translocação (X;22), sendo um deles azoospérmico. Nesta família foram ainda detectados dois casos de mosaicismo para síndrome de Turner. A família 2 foi composta por dois irmãos oligozoospérmicos, portadores de translocação (8;13). Com a aplicação da técnica de FISH, definimos o cariótipo final dos portadores dos rearranjos como 46,XX ou 46,XY,t(X;22)(p22.3;q11.2) para a família 1 e 46,XY,t(8;13)(q13;q14)para a família 2. A técnica de array-CGH (plataforma 2x400K, Agilent) detectou alterações no número de cópias de alguns genes candidatos relacionados ao fenótipo de infertilidade, sendo a sequência 132 de piRNAs, os genes DDX11, Jagged 2 e ADAM18 na família 1 e os genes candidatos ADAM18 e POTE nos pacientes da família 2. / Reciprocal translocations are the most common balanced rearrangement in humans. Often individuals with balanced rearrangements show no clinical findings. However, in meiosis, the pairing between translocated chromosomes forms a quadrivalent cross-shaped figure which has the effect of making chromosome disjunction uncertain and, depending on the rearrangement, and on the segregation of the unbalanced chromosomes, the individual can be infertile, can present with an increased risk of spontaneous abortions or can have an offspring with abnormal phenotype. We have studied two families of infertile patients, who were carriers of chromosomal translocations. The objective was to characterize the cytogenetic and cytogenomic alterations related to male infertility in patients with apparently balanced rearrangements using classical cytogenetic techniques (GTG banding), molecular cytogenetics (FISH) and cytogenomics (array-CGH). Seven subjects of the family 1 were studied, including three carriers of translocation (X;22), one azoospermic. Two cases of mosaicism for Turner syndrome were detected in this family. The second family consisted of two oligozoospermic brothers with translocation (8;13). FISH was used to characterize the karyotypes as 46, XX or 46,XY, t(X;22)(p22.3;q11.2) for the members of the family 1 and 46,XY,t(8;13)(q13;q14) for family 2. Array-CGH was also performed using the Agilent platform 2x400K, to detect associated copy number variations of some of the candidate genes that could be related to infertility. In the family 1 the candidate genes were 132 piRNAs sequences and DDX11,Jagged 2 and ADAM18 genes. The candidate genes for the family 2 were ADAM18 and POT.

O gênero Crotalaria possui aproximadamente 600 espécies descritas, localizadas principalmente nas regiões tropicais e subtropicais. Estas espécies estão classificadas em oito seções e nove subseções botânicas definidas principalmente com base em caracteres florais. Estas seções botânicas podem ser subdivididas em dois grupos principais: um de espécies com flores especializadas e outro de espécies sem especialização das flores. Estudos citogenéticos anteriores mostraram que as características cromossômicas são conservadas dentro de uma mesma seção ou subseção botânica e foi proposto que as espécies com especialização das flores teriam uma organização cromossômica diferente das espécies sem especialização das flores. Dentro deste contexto, foram descritos os cariótipos e a organização do genoma de três espécies e duas sinonímias, da seção Hedriocarpae, subseção Macrostachyae, com a utilização de coloração convencional dos cromossomos pelo método de Feulgen, de coloração com fluorocromos específicos às regiões cromossômicas ricas em GC ou AT e mapeamento físico por hibridação molecular in situ fluorescente (FISH) dos locos de DNA ribossômicos 45S e 5S. A obtenção de marcadores cromossômicos característicos para esta subseção e a construção de mapas citogenéticos possibilitaram a identificação de uma inversão pericêntrica, de eventos de transposição e da diferenciação na natureza das seqüências de DNA da heterocromatina pericentromérica, previamente descrita em espécies com flores especializadas como ricas em GC. Estes resultados revelaram alguns dos eventos citogenéticos ocorridos durante a diversificação do gênero, sendo que a subseção Macrostachyae é caracterizada por uma inversão no cromossomo 1 que pode ter uma origem antiga no gênero e que espécies sem especialização das flores, de fato possuem uma organização cromossômica distinta das espécies com flores especializadas, principalmente quanto à natureza das seqüências de DNA da heterocromatina pericentromérica. / Approximately 600 species of the Genus Crotalaria have been described, the majority is located in tropical and subtropical regions. These species are classified into eight botanical sections and nine subsections according to floral characteristics. The botanical sections can be divided into two major groups: one with species presenting flower specialization and the other without flower specialization. Previous cytogenetic studies showed that chromosomal features are conserved within the same botanical section or subsection, and it has been suggested that species with flower specialization have a different chromosomal organization from those species without flower specialization. In this context, the karyotypes and genome organization of five species (being three synonymy from the Hedriocarpae section, Macrostachyae subsection) were described by conventional chromosome staining using Feulgen, specific fluorochrome staining to GC or AT chromosomal rich regions and physical mapping by fluorescent in situ molecular hybridization of 45S and 5S ribosomal genes. The mapping of specific chromosome markers and construction of cytogenetic maps of this section have allowed us to identify a pericentric inversion, transposition events and a differentiation in the nature of DNA sequences of the pericentromeric heterochromatin, previously described as GC-rich in species with flower specialization. The results reveal diverse cytogenetic events that occurred during the genus diversification: the Macrostachyae subsection showed a pericentric inversion in the chromosome pair 1 (presumably of ancient origin) while species without flower specialization are characterized by a distinct chromosomal organization, mainly concerning the nature of DNA sequences of pericentromeric heterochromatin.

Orientadores: Shirlei Maria Recco Pimentel, Ana Cristina Prado Veiga Menocello / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-12T03:22:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Duarte_ThiagoCellin_M.pdf: 1944479 bytes, checksum: 814f8a0a8bd0078b0f432679c3115819 (MD5) Previous issue date: 2008 / Resumo: O gênero Pseudopaludicola, atualmente pertencente à família Leiuperidae, é formado por 12 espécies amplamente distribuídas pela América do Sul, com nove delas relatadas para o Brasil. Com base em dados morfológicos, as espécies do gênero foram alocadas em dois grupos: "pusilla" e "falcipes". Mudanças taxonômicas freqüentes foram relatadas para o gênero e análises recentes com base em dados moleculares mostraram que as relações intergenéricas de Pseudopaludicola também permanecem pouco esclarecidas. Devido à grande semelhança morfológica dos exemplares de Pseudopaludicola, há suspeita de confusões na identificação das espécies para algumas localidades e da existência de espécies novas. De modo geral, existem poucas informações citogenéticas para o gênero que, em sua maioria, se restringem à determinação do número de cromossomos e análise do cariótipo por método de coloração convencional. Considerando que a análise citogenética mais detalhada constitui uma ferramenta importante que pode contribuir para a diferenciação de espécies de Pseudopaludicola e para o entendimento da sistemática do gênero, no presente trabalho foram estudadas as espécies Pseudopaludicola mineira, P. canga e P. saltica, provenientes de suas localidades-tipo (Serra do Cipó, MG; Serra dos Carajás, PA; e Chapada dos Guimarães, MT, respectivamente), P. saltica de Uberlândia, MG, Pseudopaludicola aff. saltica de Rio Claro (SP), Pseudopaludicola aff. falcipes de Icém (SP), e outras três amostras de Pseudopaludicola sp. (1, 2 e 3) provenientes, respectivamente, de Andaraí (BA), Barreirinhas (MA) e Uberlândia (MG). As metáfases foram obtidas de suspensões de células de epitélio intestinal e de testículo, e coradas com Giemsa ou submetidas às técnicas impregnação por prata (Ag-NOR) para detecção de região organizadora de nucléolo (NOR) e de bandamento C, para a localização de heterocromatina. As espécies estudadas dividem-se em dois grupos quanto ao número de cromossomos, 2n=18 e 2n=22. As espécies P. mineira, Pseudopaludicola sp.1, P. saltica e Pseudopaludicola aff. saltica apresentam 2n=22 cromossomos. Pseudopaludicola mineira diferiu de Pseudopaludicola sp.1 pela morfologia dos pares 7, 8 e 11, posição da NOR no par 8 e pela distribuição de blocos heterocromáticos. As duas populações de P. saltica e a população de Pseudopaludicola aff. saltica apresentaram cromossomos com a mesma morfologia, exceto o par 8 que em P. saltica caracteriza cromossomos sexuais do tipo XX/XY, sendo o X telocêntrico e o Y submetacêntrico, ambos portadores da NOR, enquanto em Psedopaludicola aff. saltica o par 8 é telocêntrico, heteromórfico em tamanho, e apresenta marcação da NOR e banda heterocromática apenas no cromossomo maior do par. Os cariótipos de P. canga, Pseudopaludicola sp.2, Pseudopaludicola sp.3 e Pseudopaludicola aff. falcipes apresentaram cariótipos idênticos com 2n=18 cromossomos. Esses cariótipos diferem, no entanto, quanto à localização da NOR pericentromérica no braço curto do par 3 em P. canga e Pseudopaludicola sp.2 e telomérica no braço longo do par 9 em Pseudopaludicola sp.3 e Pseudopaludicola aff. falcipes. O padrão de bandamento C destas espécies mostrou-se bastante similar diferindo apenas pela presença de uma banda no braço longo do par 2 em P. canga e Pseudopaludicola sp.2 e ausente em Pseudopaludicola sp.3 e Pseudopaludicola aff. falcipes. Os dados citogenéticos permitiram diferenciar Pseudopaludicola sp.1 das demais espécies de 22 cromossomos já cariotipadas, sugerindo que possa se tratar de uma nova espécie. O sistema de determinação do sexo do tipo XX?/XY? detectado em P. saltica não foi relatado anteriormente para o gênero Pseudopaludicola, sendo esse o primeiro caso. A hipótese de fissão seguida de perda do braço menor em um dos homólogos de um par de cromossomos submetacêntricos é sugerida para explicar a origem do cromossomo X. O heteromorfismo do par 8 observado em Pseudopaludicola aff. saltica, pode ter ocorrido por mecanismo de crossing-over desigual. As espécies Pseudopaludicola canga e Pseudopaludicola sp.2 não puderam ser citogeneticamente diferenciadas, no entanto, não descartamos a possibilidade de serem táxons distintos. A grande similaridade dos cariótipos 2n=18 sugere que Pseudopaludicola sp.2, Pseudopaludicola sp.3 e Pseudopaludicola aff. falcipes possam também pertencer ao mesmo grupo em que se encontra P. canga, atualmente grupo "pusilla". Os dados sugerem ainda que Pseudopaludicola aff. falcipes (2n=18) seja proximamente relacionada à P. canga (2n=18) e não a P. falcipes (2n=22), apesar das semelhanças morfológicas entre seus exemplares. Os resultados obtidos no presente estudo reforçam a necessidade de uma extensa revisão taxonômica no gênero Pseudopaludicola. / Abstract: The genus Pseudopaludicola, of the family Leiuperidae, comprises 12 frog species and is widely distributed in South America. In Brazil, nine species have been described within this genus. As based on morphological data, the Pseudopaludicola species were classified in two groups named "pusilla" and "falcipes". Although this genus has undergone several taxonomic changes, recent molecular analyses revealed still unclear intergeneric relationships. The high morphological similarities among diverse species of Pseudopaludicola, associated to their sympatry in several localities, suggest taxonomic misidentification which had been based only in morphological characteristics. Besides, recent studies seem to indicate the existence of cryptic Pseudopaludicola species in several Brazilian localities. Cytogenetics of Pseudopaludicola has been scarce and restricted to the determination of chromosome number and morphology. Further cytogenetic analysis can contribute to differentiate the Pseudopaludicola species and, therefore, improve the sistematics of this genus. The objective of this work was to analyze the karyotypes of several Brazilian Pseudopaludicola species aiming at providing their characterization and further understanding of their systematic relationships. The analyzed species were the P. mineira, P. canga and P. saltica, from their type-localities (Serra do Cipó, MG; Serra dos Carajás, PA, and Chapada dos Guimarães, MT, respectively), P. saltica from Uberlândia, MG, Pseudopaludicola aff. saltica from Rio Claro (SP), Pseudopaludicola aff. falcipes from Icém (SP), and specimens of Pseudopaludicola sp. 1, 2 and 3, respectively from Andaraí (BA), Barreirinhas (MA) and Uberlândia (MG). Metaphases were obtained from intestinal epithelium and testicular cell suspensions, and stained with Giemsa or submitted to silver staining, in order to detect the nucleolus organizing regions (Ag-NOR), and to C-banding technique for heterochromatin localization. As based on chromosome number, there were two groups of karyotypes, with 2n=22 and 2n=18. The species P. mineira, Pseudopaludicola sp.1, P. saltica and Pseudopaludicola aff. saltica had a diploid number of 2n=22. Pseudopaludicola mineira and Pseudopaludicola sp.1 differed in the morphology of pairs 7, 8 and 11, in the NOR location in the pair 8 and in the heterochromatin distribution. The P. saltica and Pseudopaludicola aff. saltica populations showed very similar chromosomal morphology and identical heterochromatin pattern, except for the pair 8. In P. saltica, the pair 8 was characterized as sex chromosomes XX?/XY?, being the X classified as telocentric and Y submetacentric, whereas in Psedopaludicola aff. saltica, in both male and female specimens, the homologues of pair 8 are telocentrics, heteromorphic in size with the heterochromatin block present only in the longer homologue. The pair 8 is the NOR-bearing chromosome in both P. saltica and Psedopaludicola aff. saltica. High similarity was observed among the karyotypes of P. canga, Pseudopaludicola sp.2, Pseudopaludicola sp.3 and Pseudopaludicola aff. falcipes, all of them with 2n=18 chromosomes. However, these karyotypes differed in the NOR location, which was on pair 3 in P. canga and Pseudopaludicola sp.2, and on pair 9 in Pseudopaludicola sp.3 and Pseudopaludicola aff. falcipes. These species had similar heterochromatic blocks, except for one C-band on the long arm of pair 2 in P. canga and Pseudopaludicola sp.2, which was not observed in Pseudopaludicola sp.3 e Pseudopaludicola aff. falcipes). The cytogenetic data clearly distinguished Pseudopaludicola sp.1 from the other known species of this genus with 22 chromosomes, and suggested that this could be a not yet described species. The identification of sex chromosomes XX?/XY? in P. saltica, is the first case of sex chromosomes reported in the genus Pseudopaludicola. A mechanism of fission followed by loss of the short arm in one of homologues of a submetacentric pair could explain the origin of the X chromosome in P. saltica. The size heteromorphism in the homologues of the pair 8 of Pseudopaludicola aff. saltica, with the NOR site and heterochromatin present only in one of the homologues, could be explained by unequal crossing-over. The species Pseudopaludicola canga and Pseudopaludicola sp.2 could not be cytogenetically distinguished, suggesting that they belong to the same taxon. Since all the analyzed karyotypes of 2n=18 were very similar, we may suggest that Pseudopaludicola sp.2, Pseudopaludicola sp.3 e Pseudopaludicola aff. falcipes should be included in the same group of P. canga, which is currently allocated in the "pusilla" group. In addition, the results indicated that Pseudopaludicola aff. falcipes (2n=18) is more closely related to P. canga (2n=18) than to P. falcipes (2n=22), although the specimens are morphologically very similar and their identification is not unequivocal. Ultimately, the data presented herein reinforce the necessity of a taxonomic revision of the genus Pseudopaludicola. / Mestrado / Biologia Celular / Mestre em Biologia Celular e Estrutural