L'obésité est une maladie multifactorielle dont la génétique semble être un acteur prédominant dans le développement de cette maladie. Malgré de nombreuses études qui sont à la recherche des polymorphismes responsables de cette maladie, très peu d'études ont vérifié si les profils d'adipokines des différents dépôts adipeux étaient affectés par le bagage génétique. Cette étude a émis comme hypothèse que le bagage génétique était un acteur important dans le processus d'inflammation causé par l'obésité. Deux souches de souris femelles ont été étudiées soient la C57BL/6 et la SJL. La souris SJL est une souris résistante à la nourriture riche en lipides i.e. qu'elle ne développe pas de surpoids relié à sa consommation contrairement à la C57BL/6. Conséquemment, le profil d'adipokines de la souris SJL ne devrait pas être affecté par ce régime. Les souris C57BL/6 et SJL ont été nourries pendant 12 semaines avec un régime riche en lipides. Les marqueurs d'inflammation suivant: le TNF-α, l'IL-6, la leptine, l'adiponectine, l'IL-10 et le TGF-β1 ont été dosés par ELISA. La nourriture HTL n'a pas entraîné de surpoids chez aucune des deux souches. Cependant, le profil d'adipokines de la souris C57BL/6 est affecté par la nourriture riche en lipides. Dans le tissu MES, la quantité de TNF-α, IL-6, leptine, adiponectine et IL-10 est significativement plus élevée comparativement aux quantités retrouvées chez les souris témoins. Cette donnée suggère qu'une nourriture riche en lipides est capable d'induire des changements dans le métabolisme du tissu adipeux. Bref, le métabolisme du tissu adipeux serait régulé par d'autres facteurs que l'obésité. Chez SJL, les niveaux d'adipokines ne sont pas affectés par la nourriture riche en lipides comparativement aux souris témoin excepté pour l'adiponectine. Il ya une diminution de l'adiponectine dans le tissu ING et MES. Les réponses différentes à une nourriture riche en lipides pourraient s'expliquer par les niveaux d'adiponectine. L'adiponectine est une hormone anti-inflammatoire et sa quantité est 100X plus élevée chez la souris SJL que chez C57BL/6. Chez la souris SJL, la quantité élevée d'adiponectine pourrait jouer un rôle protecteur contre l'inflammation. En conclusion, cette étude suggère que le bagage génétique a une influence sur le profil d'adipokine. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Adipokine, Pro-inflammatoire, Anti-inflammatoire, Tissu adipeux, Inguinal, Mésentérique, Paramétrial, TNF-α, IL-6, Leptine, IL-10, Adiponectine, TGF-β, C57BL-6 et SJL.

Chez les plantes céréalières d'hiver, le temps de floraison est retardé jusqu'à ce que les conditions favorables de croissance arrivent. Ce retard est modulé par les basses températures via le processus de vernalisation. Ce processus est régulé par au moins deux gènes clés, VRN1 et VRN2. Ces gènes sont caractérisés chez le blé diploïde (Triticum monococcum), un blé non cultivé. Le gène VRN1 est aussi caractérisé chez le blé hexaploïde (Triticum aestivum) et il est nommé TaVRT-1(Triticum aestivum Vegetative to Reproductive Phase 1). Un troisième gène nommé TaVRT-2 est identifié chez le blé hexaploïde. L'expression de ce gène durant le processus de la vernalisation est associée à la floraison. Cependant, les interactions entre ces trois gènes clés et leur rôle respectif durant le processus de vernalisation sont peu connus. Pour mieux comprendre leurs relations, nous avons cloné les trois copies de VRN2 (TaVRN2) qui correspondent aux trois génomes A, B et D et déterminé leur patron d'expression durant la vernalisation chez le cultivar de blé d'hiver (cv Norstar) et celui de printemps (cv Manitou). Les résultats montrent que l'expression de TaVRN2 est constitutive chez Manitou alors que son expression est négativement régulée durant le processus de vernalisation chez Norstar. Son expression est aussi régulée par la photopériode. Certains stress abiotiques comme le choc thermique, la déshydratation, le stress salin, les blessures et l'hormone ABA répriment son expression. L'analyse du promoteur révèle la présence d'éléments cis impliqués dans la régulation de ces stress abiotiques. Les études sur la spécificité et localisation tissulaire par hybridation in situ montrent que le gène s'accumule dans les jeunes feuilles et au niveau des cellules du méristème. La séquence codante de la copie B du gène TaVRN2 a été clonée dans un vecteur pTrcHisB contenant une queue histidine et exprimée dans la bactérie Escherichia coli. La protéine recombinante est vérifiée par immuno-buvardage de type western en utilisant un anticorps Anti-His et l'identité de la protéine a été confirmée par séquençage au spectomètre de masse. Les études d'interactions protéiques en utilisant le système de double hybride chez la levure, révèlent que la protéine TaVRN2 interagit avec les protéines TaVRT-1 et TaVRT-2. Des expériences de transrépression du promoteur de TaVRT-1 fusionné avec GFP agissant comme gène rapporteur au niveau des feuilles de tabac et en utilisant la protéine TaVRN2 comme un effecteur ont été menées. Les résultats indiquent que TaVRN2 seul ne réprime pas l'activité du promoteur Tavrt-1. Cependant le complexe TaVRT-2 et TaVRN2 réprime l'activité du promoteur. La surexpression de TaVRN2 chez Arabidopsis thaliana montre un retard de floraison chez les plantes transgéniques de plus de dix jours,ce qui suggère queTaVRN2 peut agir comme répresseur de la floraison chez les dicotylédones.

L'architecture orientée services (SOA) est une évolution architecturale des systèmes d'informations qui formalise le concept d'échange et de partage inter-application. L'approche SOA utilise un annuaire de services (UDDI) qui joue un rôle de médiateur entre le fournisseur et le consommateur de services. Le fournisseur ou le producteur de services enregistre la description de son service et, par la suite, le consommateur va interroger l'annuaire afin de trouver un service approprié à ses besoins à partir des descriptions publiées. Une mise en oeuvre possible de cette architecture consiste à utiliser le Web comme support pour la communication entre services. Une telle architecture entraîne donc que les services soient exposés sur le web, qu'on appelle services Web. L'avantage de cette approche est, d'une part, de créer un bassin de clientèle pour les fournisseurs et, d'autre part, de mettre en place une base de services importante à l'attention des consommateurs. Un problème qui apparaît à la mise en oeuvre de cette architecture basée sur les services Web est que le processus de découverte devient assez complexe, et ce en raison de la multitude de services offerts sur Internet, de l'absence d'un standard de représentation des requêtes des consommateurs et en l'absence d'un moteur de recherche efficace. Notre travail consiste à développer une application basée sur les techniques des algorithmes génétiques pour la découverte et la composition de services Web. Le consommateur exprime le service Web désiré par un fichier de description WSDL. Le système interroge un espace de recherche sous la forme de collection de services Web et donne comme résultat une liste de services possibles (population). Le critère de sélection d'un service est sa valeur de similarité avec le service cible. Les éléments de la population résultat sont des services qui existent dans l'espace de recherche (découverte d'un service approprié) ou qui ont été créés par le biais de la composition de services existants. Notre choix d'une approche utilisant les algorithmes génétiques s'est fait parce que les opérations utilisées par un algorithrne génétique -croisement, mutation, sélection -semblaient avoir une grande correspondance avec la composition de services Web. Les quelques tests que nous avons effectués pour évaluer notre approche semblent justifier notre choix de ces techniques. Toutefois, les résultats pourraient être améliorés par l'introduction de notions sémantiques et le temps de réponse pourrait être amélioré par l'utilisation de parallélisme dans nos algorithmes génétiques. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Services Web, Composition de services, Architecture orientée services (SOA), Web Services Description Language (WSDL), Simple Object Access Protocol (SOAP), Algorithmes génétiques.

Le Benzo(a)pyrène (B(a)P) est un hydrocarbure polycyclique aromatique (HAP). Il provient de la combustion incomplète de matériaux organiques, de la circulation automobile, du chauffage domestique, du tabagisme et de l'alimentation. Il est métabolisé principalement dans le foie. Il existe pour le B(a)P trois voies métaboliques : la monoxygenation, la voie des peroxydases et la voie des quinones. Une fois le B(a)P biotransformé, ses métabolites sont conjugués principalement au glutathion, au PAPS (3'-phosphoadenosine-5'-phosphosulfate) et l'UDPGA (acide uridine 5'-diphosphoglucuronique). On connaît le pouvoir cancérogène et génotoxique du B(a)P, cependant, certains médicaments pourraient interférer dans une ou plusieurs voies métaboliques utilisées par ce dernier, voire même dans le processus de réparation de l'ADN lors de la formation d'adduits ADN-BPDE (BPDE : benzo(a)pyrène diol époxyde) chez l'humain. Les connaissances actuelles concernant le potentiel d'interactions des médicaments sur le pouvoir cancérogène du B(a)P restent minimes. Très peu d'information existe sur les interactions métaboliques entre le B(a)P et médicaments pouvant affecter le taux de formation des adduits à l'ADN. Les objectifs de cette étude consistent à mettre au point une méthode analytique spécifique pour mesurer le taux de formation d'adduits ADN-B(a)P et à l'appliquer pour identifier des médicaments susceptibles d'interférer dans ce processus. Pour cela, on incube des lignées cancéreuses d'hépatocytes humains (HepG2) pendant 6 h en présence de 30 µM de 7-10 14C B(a)P (doublement marqué en C7 et en C10) seul ou en présence du médicament à tester (la concentration du médicament = 10 x la concentration maximale plasmatique thérapeutique). La gamme de médicaments sélectionnée a un large spectre de consommation dans le monde. Cette gamme est composée de : l'acétaminophène, l'ibuprofène, l'acide acétylsalicylique, l'acide méfénamique, le naproxène, l'acide valproïque, le carbamazépine, le gliclazide et la théophylline. La mesure du taux de formation d'adduits à l'ADN s'est faite par détection radiométrique sur de l'ADN isolée. On a aussi comparé les taux d'adduits formés dans les échantillons témoins (exposé seulement au B(a)P) à ceux formés en présence de médicaments. A l'aide de la méthodologie développée, nous avons observé que pour certains passages de culture cellulaires (HepG2), l'ibuprofène augmente substantiellement le taux de formation d'adduit à l'ADN du B(a)P (jusqu'à 2.3 fois), alors que le naproxène et l'acide méfénamique ont plutôt un effet protecteur (jusqu'à 0.5 fois pour le naproxène et 0.7 fois pour le l'acide méfénamique). Ces résultats suggèrent que la consommation chronique de certains anti-inflammatoires non stéroïdiens pourrait augmenter (ibuprofène) ou diminuer (naproxène et acide méfénamique) le risque carcinogène. Ceci est la première étude qui se consacre à déterminer les interactions du B(a)P avec neuf médicaments. Des études plus poussées sur la cinétique de réparation de l'ADN et sur la caractérisation des différentes interactions aboutiraient à une meilleure évaluation du risque toxicologique du B(a)P. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Bezopyrene, interactions, adduits, AINS.

L'environnement de départ de ce projet était le site Web SmartShopping, un portail permettant de naviguer à travers les différents spéciaux quotidiens des magasins d'alimentation de l'île de Montréal, puis de les ajouter à un panier, et enfin d'observer le trajet nécessaire afin de visiter les différents magasins d'où proviennent ces spéciaux. Le but du projet était d'implémenter l'affichage d'un trajet optimal de type Voyageur de Commerce Généralisé entre les différentes franchises des enseignes à visiter, sur une carte GoogleMapsTM, puis incorporer cette fonctionnalité au site Web SmartShopping. L'algorithme précédemment en place choisissait, pour établir un trajet, les magasins qui se trouvaient les plus proches du point de départ, soit l'adresse du client, pour chaque enseigne à visiter. Ce travail consistait donc à comparer les algorithmes de pointe du moment afin d'implémenter le meilleur d'entre eux en termes de rapidité et d'optimalité, pour un échantillon de petite taille. Après analyse et comparaison, un algorithme de type génétique créé par Tasgetiren et al. [TSPL07] a été implémenté en langage C++, en relation avec une page Web codée en PHP, et avec transmission des paramètres par fichiers texte. Par rapport à l'ancien algorithme, les résultats de ce travail montrent une nette amélioration des trajets proposés, et ceci dans l'ensemble des cas testés, avec une moyenne de baisse des distances de 12%, pour les cas de 2 à 5 magasins. Le site Web avec sa nouvelle fonctionnalité peut être consulté à l'adresse URL suivante : http://www.trex.uqam.ca/~smartshopping. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : algorithme, algorithme de voyageur de commerce généralisé, trajet optimal, site web

Dans ce mémoire, nous présentons une nouvelle méthode de cartographie génétique fine ayant comme particularité de pouvoir être utilisée dans le cadre de modèles génétiques complexes. Nous présentons tout d'abord quelques concepts de génétique et de statistique génétique, avec une emphase particulière sur le processus de coalescence qui est à la base de notre travail. Par la suite, trois méthodes de cartographie génétique déjà existantes sont présentées ; notre nouvelle méthode contient des éléments de chacune d'entre elles. Nous décrivons ensuite la nouvelle méthode proposée dans ce mémoire. Finalement, nous testons notre nouvelle approche à l'aide de simulations; nous comparons par la suite les résultats obtenus avec notre méthode à ceux obtenus par des tests d'association classiques, et par deux des trois méthodes présentées au début du mémoire. Les résultats nous laissent croire que notre méthode est performante autant dans des cas de modèles génétiques simples que complexes, contrairement à la plupart des méthodes existantes. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : cartographie génétique, processus de coalescence, arbre de recombinaison ancestral, arbre partiel, distribution proposée, fonction de pénétrance.

Depuis longtemps, les pays s'intéressent aux conditions de santé des immigrants au moment d'autoriser leur entrée au pays pour y demeurer. C'est pourquoi les examens médicaux des demandeurs d'immigration font partie des démarches à suivre pour leur admission. Dans ce mémoire, nous proposons une analyse des implications de la santé dans le champ de l'immigration, en focalisant l'attention sur les situations particulières du Canada et de la France. Nous avons examiné les cadres juridiques des deux pays, ainsi que le contexte européen. Nous avons pris en considération trois approches mettant l'accent sur la santé et la sécurité publiques, des considérations économiques et des considérations d'ordre humanitaire. Nous avons observé que la portée des contrôles médicaux à effectuer varie selon l'orientation adoptée. Dans l'approche économique, l'examen de la condition médicale des requérants est plus exhaustive, et l'information de nature prédictive présente de l'intérêt. Bien que les objectifs des examens médicaux de l'immigration soient eux-mêmes légitimes, le caractère sensible des renseignements de santé, y compris génétiques, dont l'utilisation peut être vue comme une source possible de discrimination ou d'intervention injustifiée dans la vie privée des individus, requiert la plus grande prudence et le respect des principes largement reconnus relatifs au consentement et à la confidentialité. L'exigence d'un lien raisonnable et proportionné entre l'information demandée et les buts de la politique d'immigration doit également être respectée afin d'arriver à un juste équilibre entre la sauvegarde des intérêts considérés légitimes et les droits des personnes et leur dignité. / For a long time countries have been interested in the health conditions of immigrants in order to authorize their entry and to remain there. This is why the medical examination of immigration applicants is done as part of the admission requirements. In this thesis, we propose an analysis of the health implications in the immigration field by focusing on the particular situations of Canada and France. We examine the legal framework of the two countries, as weIl as the European context. We identify three approaches concentrated in the public health and safety, the economic considerations and the humanitarian reasons. We observe that the range of medical controls to be carried out varies according to the adopted approach. From the economic perspective, the examination of the medical condition of the applicants is more exhaustive, and the predictive information captures sorne attention. Although the objectives of the medical examination in the immigration field are themselves legitimate, the sensitive nature of the health information, including genetic information, can be seen as a possible source of discrimination or unjustified intervention in private life. This imposes the greatest prudence and respect of the well-known principles of consent and confidentiality. The requirement of a reasonable and proportioned link between the required information and the goals of the immigration policies must also be respected, in order to achieve the right balance between the legitimate interests of countries and the rights of the people. / "Mémoire présenté à la Faculté des études supérieures en vue de l'obtention du grade de maître en droit LL.M."

Le silicium poreux est un matériau qui est actuellement utilisé dans de nombreux domaines, tels que la biologie ou la microélectronique, grâce à ses propriétés remarquables. De nombreuses applications sont étudiées au sein du laboratoire GREMAN, telles que la fabrication de vias électrique ou de capacités 3D. Le matériau étudié au sein de cette thèse est du mésoporeux, qui est utilisé comme substrats dans les applications RF. La caractérisation non destructive de ce matériau est encore limitée, soit selon l’épaisseur de la couche poreuse, soit selon la taille des pores. Cela limite ainsi l’industrialisation des procédés de fabrication de silicium poreux. Une technique ultrasonore de caractérisation est proposée dans cette thèse afin de permettre un suivi de la gravure in situ et en temps réel. Ainsi les variations de gravure peuvent être contrôlées. / Porous silicon is a material that is currently used in many fields such as biology and microelectronics, thanks to its remarkable properties. Non-destructive characterization of this kind of material is still limited, mostly due to thickness of porous layer and pore size. The aim of this work is the development of an ultrasonic characterization method to allow monitoring of in situ etching in real time. First, the study of electrochemical etching and tanks where it is made to have the estimated microgeometric parameters of the porous layer. Through knowledge of the pore size and orientation, the mechanical constants md the values of permeability and tortuosity are estimated. Second, propagation of the ultrasonic waves within the material bi-porous Si-Si layer is examined. Modelling of the porous i layer is performed through the Biot model to estimate the longitudinal speed to calculate the theoretical spectrum transmission through the etched wafer. A measurement using an insertion-substitution method allows a determination of transmission spectrum. The parameters of the porous layer (thickness and porosity ) are determined by an inverse problem resolution, based on a genetic algorithm. A comparison with destructive measurements shows the interest of the ultrasonic measurement.

Understanding the dynamical bases of the interaction between the plant mineral nutrition and the circadian clock could contribute to improve crop yield and resistance to adverse conditions, such as mineral element deficiencies. Magnesium is an essential element that catalyzes more than six hundred enzymatic reactions and occupies the center of the chlorophyll structure in plants. Physiological targets of magnesium deficiency are generally better described in aerial than in belowground organs. In this thesis, we first characterized the root morphology of the model species Arabidopsis thaliana (Columbia-0) in response to magnesium supply during in vitro culture. The length of primary root and the number and length of lateral roots decreased during magnesium depletion. A local magnesium-rich source does not enhance the root foraging capacity, unlike some other major nutrients. Auxin and abscisic acid emerged as two hormones shaping root morphology in response to magnesium deficiency. Second, we investigated the natural variation of the root morphology response to magnesium supply in Arabidopsis. Thirty-six accessions were screened in vitro. Compared to the reference Columbia-0, some accessions had higher number and length of lateral roots at low magnesium supply. Root or shoot magnesium concentrations did not implicitly correlate with the root morphological traits. However, shoot calcium and root phosphorus concentrations correlated positively with the lateral root number and length, while root iron negatively with the length of primary root. Third, we focused on the interaction between the plant magnesium nutrition and the circadian clock circuit. We tested for a possible involvement of PHYTOCHROME INTERACTING FACTOR 3-LIKE 1 (PIL1) - a clock-associated gene that is down-regulated during magnesium depletion - in morphological and physiological responses, and for a circadian connection of PIL1 in the context of magnesium deficiency. The phenotypes of loss-of-function and overexpression lines did not reveal a major role of PIL1 in the magnesium deficiency symptom manifestation but rather in the plant mineral profile. The expression of PIL1 was apparently not under any circadian control. However, PIL1 seemed to regulate the expressions of some core clock genes (CCA1, LHY and PRR9), which were also targets during magnesium deficiency. In conclusion, PIL1 has a link with the circadian rhythm machinery but it does not emerge as a pivotal regulator of magnesium stress responses. / Doctorat en Sciences / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Les réseaux génétiques, constitués de gènes qui interagissent entre eux par l'intermédiaire de protéines régulatrices modulant leurs activités, sont des systèmes non linéaires qui présentent une variété de comportements dynamiques tels que la multistabilité ou les oscillations. Le développement des approches systémiques en biologie a permis l'identification de modules génétiques dont le comportement est quantitativement modélisable de sorte que leur fonction et leur structure puissent être étudiées et comprises. Notre expérience des systèmes non linéaires, ainsi que de la modélisation de systèmes expérimentaux, nous a conduit à l'étude de réseaux minimaux ayant la capacité d'osciller.Tout d'abord, nous avons revisité la dynamique d'un gène réprimé par sa propre protéine dans le cas où le taux de transcription ne s'adapte pas instantanément à la concentration en protéine mais est une variable dynamique. En effet, de nouvelles techniques de détection in vivo de l'ARN ont mis en évidence les salves de transcription d'un gène dans une cellule vivante. Nous avons obtenu un critère analytique pour l'apparition des oscillations entretenues et avons trouvé qu'elles nécessitent des mécanismes de dégradation moins non linéaires que pour une régulation infiniment rapide. Les prédictions obtenues par une approche déterministe ont été confirmées par des simulations stochastiques.Nous avons ensuite étudié un modèle mathématique minimal d'oscillateur circadien qui ajuste de façon surprenante les profils d'expression de deux gènes centraux de l'horloge de l'algue verte microscopique Ostreococcus tauri, TOC1 et CCA1. Outre cet accord entre théorie et expérience, nous avons constaté que le meilleur ajustement des données d'expression enregistrées en alternance jour/nuit est obtenu lorsqu'aucun paramètre du modèle ne dépend de l'intensité lumineuse, comme si l'oscillateur n'était pas sensible au cycle jour/nuit. Nous avons montré que ce phénomène contre-intuitif est en fait compatible avec un couplage à la lumière restreint à une fenêtre temporelle courte et judicieusement placée dans la journée. Cela confère à cette horloge circadienne une grande robustesse, de telle sorte que l'oscillateur est à la fois sensible à un éventuel déphasage nécessitant une remise à l'heure, et insensible aux fluctuations de l'intensité de la lumière du jour. / Networks of genes interacting via regulatory proteins modulating their activities are highly nonlinear systems wich display a variety of dynamical behaviour, such multistability or oscillations. The development of systemic approaches in biology has put emphasis on identifying genetic modules whose behavior can be modeled quantitatively so that their function and structure can be studied and understood. Our experience in nonlinear systems and modeling of experimental systems has led us to study minimal oscillating networks. First, we have revisited the dynamics of a gene repressed by its own protein in the case where the transcription rate does not adapt instantaneously to protein concentration but is a dynamical variable. Indeed, burst-like gene transcription has been monitored with new in vivo technique for tracking single-RNA molecule. We have derived analytical criteria for the appearance of sustained oscillations and found that they require degradation mechanisms much less nonlinear than for infinitely fast regulation. Deterministic predictions are confirmed by stochastic simulations of this minimal genetic oscillator. Secondly, we have studied a minimal mathematical model of a circadian oscillator, wich is in surprisingly good agreement with expression profiles of two central clock genes TOC1 and CCA1 of the microscopic green alga Ostreococcus tauri. We not only found that this two-gene transcriptional loop model can reproduce almost perfectly transcript and protein profiles but observed that excellent adjustment of data recorded under light/dark alternation is obtained when no model parameter depends on light intensity. Furthermore, we have shown that this paradoxical behaviour is in fact compatible with a coupling to light that is confined to short temporal windows and judiciously scheduled during the day. This circadian clock is robust in that the oscillator is both sensitive to phase shifts when resetting is required and insensitive to daylight fluctuations.