Le travail présenté dans cette thèse consiste en la création et l'étude des propriétés d'un nouveau modèle computationnel de l'horloge circadienne végétale et de certains processus physiologiques qui en dépendent.L'horloge circadienne est un rythme endogène d'une période d'environ 24 heures que possèdent la plupart des êtres vivants. Il est généré au niveau moléculaire par des boucles de rétroaction transcriptionnelles, traductionnelles et/ou post-traductionnelles. L'horloge permet aux organismes de s'a- dapter à leur environnement. L'horloge des plantes se distingue par un nombre important de composants (gènes et protéines) dont la majorité sont régulés par la lumière.Dans un premier temps, un nouveau modèle computationnel qui combine une structure complexe et hautement interconnectée avec un nombre réduit d'équations et de paramètres est construit. Ce modèle reproduit correctement les profils d'expression des gènes de l'horloge du type sauvage ainsi que les altérations provoquées par une perte de fonction de chacun de ces gènes. Plusieurs extensions modélisant des processus physiologiques dépendant de l'horloge, à savoir la croissance de l'hypocotyle et la régulation de la floraison, sont également testées.Ensuite, la réponse particulièrement complexe de l'horloge végétale à la lumière est explorée en détail afin de déterminer l'utilité de multiples récepteurs lumineux. Pour ce faire, l'entraînement de l'oscillateur par des cycles jour-nuit de durée différente de 24 heures est mesuré et les différents comportements observés (entraînement périodique, quasipériodicité, chaos) sont caractérisés. Les simulations suggèrent que les multiples senseurs lumineux permettent d'allier une grande flexibilité et une résistance aux effets des fluctuations rapides de luminosité, améliorant ainsi l'adaptation des plantes à l'environnement.Enfin, plusieurs hypothèses permettant de rendre compte des différences observées entre l'horloge des racines et celle des feuilles sont explorées, et différents mécanismes de synchronisation entre ces deux oscillateurs sont testés. / The circadian clock is an endogenous timekeeper with a period of around 24 hours, found in most living beings, which helps organisms adapt to their environment by anticipating daily and seasonal variations. It originates at the molecular level, from transcriptional-translational feedback loops between a small number of genes.In this thesis, a computational model of the plant circadian oscillator is built based on current knowledge of the underlying genetic network. This network is highly complex and interconnected, but the new model needs only a small number of equations and parameters to accurately predict the expression profiles of the main clock genes in various light conditions, as well as the defects associated with a loss of function in those genes. Clock-regulated processes such as hypocotyl growth and flowering are also reproduced with good accuracy. One of the particularities of the plant clock is a large number of light-sensitive components. A study of the role of those multiple light sensors on the entrainment properties of the clock is presented. It uses the newly built model to subject the clock to a very large range of conditions and generate theoretical light-insensitive mutants. The combination of an intricate oscillator and a multiplicity of light sensors makes the plant clock highly flexible, able to adapt to a wide range of conditions but resistant to the disrupting effects of random fluctuations.Preliminary steps towards a more realistic depiction of the plant clock as multiple interacting oscillators are taken. These include modeling a heterogeneous population by changing parameter values, modifying the model to account for known differences between the clocks of the roots and shoots, and testing possible synchronizing mechanisms between those two organs. / Doctorat en Sciences / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Dans le contexte automobile actuel, le standard pour les calculateurs enfouis est AUTOSAR. L'un des inconvénients majeurs de cette architecture est son manque de flexibilité. Cependant, les mises à jour et la personnalisation des systèmes embarqués sont de plus en plus, non seulement plébiscités, mais également nécessaires. En effet, la complexité grandissante des systèmes exige à présent de déployer des moyens supplémentaires pour permettre leur maintenance et leur évolution de manière plus aisée. Ainsi, partant de ces constats, ce travail étudie les possibilités de faire des mises à jour dans le contexte d'AUTOSAR. Les modifications nécessaires se retrouvent non seulement dans l'architecture, mais également au sein du processus de développement et des considérations temps-réel. Tous ces aspects sont donc regardés en détails pour permettre les mises à jour partielles dans le cadre du standard AUTOSAR. Cette thèse décrit donc le processus de développement logiciel AUTOSAR et propose certaines améliorations mises en place au cours de ce travail. Un certain nombre de concepts sont également définis, afin d'aménager des espaces d'adaptation logiciels. Ces espaces sont ensuite utilisés pour intégrer des mises à jour partielles dans le calculateur embarqué. Le processus de développement est également modifié pour intégrer ces concepts ainsi que les mécanismes nécessaires à la mise à jour. Les aspects temps-réel concernant la mise à jour partielle dans les systèmes embarqués automobiles sont également traités ici. Un modèle de tâches approprié est mis en place dans le cadre d'AUTOSAR. De plus l'analyse de sensibilité est utilisée spécifiquement pour déterminer la flexibilité disponible dans un système donné. Les aspects d'implémentation sont également détaillés. En particulier, la création de mises à jour dans un contexte donné, la gestion des différentes versions possibles pour une application, l'utilisation et l'écriture dans la mémoire embarquée et enfin, les moyens nécessaires à la prise en compte des aspects de sûreté de fonctionnement. Pour terminer, tous les concepts développés dans ce travail sont appliqués à une preuve de concept reposant sur une application embarquée fournie par Renault. L'approche proposée est donc appliquée de manière pratique. / Currently the standard for embedded ECUs (Electronic Control Unit) in the automotive industry is AUTOSAR. One of the drawbacks of this architecture lies in its lack of flexibility. However, updates and customization of embedded systems are increasingly demanded and necessary. Indeed, systems are more and more complex and therefore require new methods and means to ease maintenance. Thus, from these observations, we study the possibilities for updates and resulting modifications (both on an architectural level and within the development process, and from a real-time point of view) in order to integrate within the AUTOSAR standard partial updates. This PhD thesis describes the software development process in an AUTOSAR context with a number of improvement we designed in this work. We also define concepts that allow to introduce placeholders for further updates within the embedded ECU. The development process has to be subsequently modified for integrating spaces for the updates along with the necessary mechanisms. Real-time problematic regarding partial updates in automotive systems is also considered here. In particular, we deal with sensitivity analysis that helps determine flexibility within the system. A number of implementation aspects are also detailed. In particular, the creation of the updates, versions management, use of embedded memory and dependability. All these concepts are finally applied on a proof of concept using an embedded application from Renault. We present here in details how the proposed approach can be used in practice.

Francis Poulenc has made a significant contribution to twentieth century repertoire for voice and piano. Many of his songs are published in collections under a single title. These collections are often referred to as cycles, but they do not always fall into the definition of a song cycle in the traditional sense. The goal of this paper is to disclose a cyclic nature on a structural level in the music of Banalités, using Tel jour telle nuit as a model for critical examination of both works. The introduction to the thesis addresses both the problem of defining a song cycle, and the implications such a definition has on categorizing the works Banalités and Tel jour telle nuit. Chapter One explores influences of composers, teachers and artistic movements on Poulenc's early life and outlines his significant compositional periods. In addition, this chapter cites specific works indicative of a maturation process in Poulenc's approach to vocal settings. Chapter Two investigates the poetic texts of Banalités and Tel jour telle nuit. Guillaume Apollinaire and Paul Eluard were integral figures in the developments of Surrealism and its formation as an artistic movement. The chapter analyses the linkage between the poems within each work, offering interpretive solutions. Chapter Three, which constitutes the main body of the paper, provides a detailed analysis of the general architecture and shape of each cycle in terms of formal structure, harmonic and melodic language, and text-music relationships. The analysis reveals that both cycles are highly integrated and unified through various devices, such as literal restatement of materials, intervallic relationships and stylistic resemblances at the levels of texture, tempo and tonal structure. Moreover, metric aspects of both poetry and music are shown to also contribute to that integration. In light of this investigation, unifying devices of both a covert and overt nature testify to the cyclic nature of Banalités and Tel jour telle nuit, yet point to the different type of cycle each work outlines. This conclusion helps the performers to convey the unity of the song cycles, thus doing justice to the sense in which Poulenc conceived the works. / Arts, Faculty of / Music, School of / Graduate

La projection est une des techniques utilisées pour permettre de réduire les besoins en terme de taille mémoire nécessaire aux moteurs de requêtes XML (in-memory). L'idée sous-jacente à cette technique est simple : étant donnée une requête Q à évaluer sur un document XML D, au lieu de procéder sur D, la requête est évaluée sur un document D', plus petit que D, construit lors du chargement de ce dernier en mémoire, par élagage des parties de D inutiles pour Q. Le document D', est une projection du document initial D. Il est souvent de taille drastiquement inférieure à celle de D.Alors que cette technique de projection a été étudiée et développée assez largement pour l'interrogation de document XML, à notre connaissance, ce type de technique n'a pas été explorée ni appliquée aux mises à jour de documents XML.L'objet de cette thèse a donc été de proposer une technique d'optimisation de mises à jour de documents au format XML exploitant le typage des documents.La contribution a porté sur la spécification de l'algorithme Merge, c'est-à-dire la fusion des modifications avec le document initial, ainsi que sur le développement d'un prototype sur lequel des tests ont été effectués. / XML projection is one of the main adopted optimization techniques for reducing memory consumption in XQuery in-memory engines. The main idea behind this technique is quite simple: given a query Q over an XML document D, instead of evaluating Q on D, the query Q is evaluated on a smaller document D' obtained from D by pruning out, at loading-time, parts of D that are unrelevant for Q. The actual queried document D' is a projection of the original one, and is often much smaller than D due to the fact that queries tend to be quite selective in general.While projection techniques have been extensively investigated for XML querying, we are not aware of applications to XML updating.This Thesis investigates application of a projection based optimization mechanism for XQuery Update Facility expressions in the presence of a schema. The current work includes study of the method and a formal development of Merge algorithm as well as experiments testifying its effectiveness.

Cette étude longitudinale sur 6 semaines a pour objectif d’évaluer la contribution de l’activité occupationnelle sur l’amélioration en psychothérapie en considérant les traits de personnalité du Big Five auprès d’une clientèle souffrant de troubles de la personnalité (TP) suivie dans un programme d’hôpital de jour. L’échantillon d’intérêt se compose de 211 participants souffrant d’un TP et référés dans un programme d’hôpital de jour à la suite d’un épisode de crise ayant nécessité une consultation à l’urgence. Malgré les constats de la littérature, les résultats de cette recherche ne permettent pas d’observer de différence statistiquement significative sur l’amélioration en psychothérapie entre les participants avec une activité occupationnelle comparativement à ceux sans activité occupationnelle. De plus, aucun des cinq traits de la personnalité du modèle des Big Five n’est associé à l’amélioration thérapeutique. Par ailleurs, des effets d’interaction sont observés entre le statut occupationnel et les traits de personnalité pour prédire l’amélioration durant le suivi. D’abord, les participants sans activité occupationnelle qui rapportent un degré élevé d’Ouverture à l’expérience s’améliorent davantage en ce qui a trait à leurs difficultés interpersonnelles en cours du suivi. De plus, un degré élevé de Conscience chez les participants sans activité occupationnelle est associé à une moins bonne amélioration quant à leurs symptômes de détresse en cours de suivi alors qu’il est associé à une plus forte amélioration des symptômes chez les participants avec une activité occupationnelle. Les études futures devraient répliquer le protocole employé dans le présent mémoire auprès d’un échantillon plus large, en documentant les motifs de consultation ainsi que les raisons de l’abandon thérapeutique. / The objective of this 6 weeks longitudinal study is to assess the contribution of occupational activity on improvement in psychotherapy, considering the Big Five personality traits of the Big Five in a clientele suffering from personality disorders (PD) followed in a day hospital treatment program. The sample of interest consists of participants with PD and referred to a day hospital program following a crisis episode requiring an emergency visit. Despite the findings in the literature, the results of this research do not demonstrate a statistically significant difference in the improvement in psychotherapy between participants with an occupational activity compared to those without occupational activity. In addition, none of the Big Five model's five personality traits were associated to therapeutic improvement. However, interaction effects were observed between occupational status and personality traits to predict improvement during treatment. First, participants without occupational activity who report a high degree of Openness to the experience improved more in terms of their interpersonal difficulties during follow-up. In addition, a high degree of Consciousness in participants without occupational activity is associated with less improvement in their distress symptoms during the follow-up, while it is associated with a greater improvement in symptoms in participants with an occupational activity. Future studies should replicate the protocol used in this master's thesis with a larger sample, documenting the reasons for consultation as well as the reasons for discontinuing treatment.

Tableau d’honneur de la Faculté des études supérieures et postdoctorales, 2016-2017. / En 1919, la France sort d’une guerre au cours de laquelle elle a subi des pertes humaines jusque-là inimaginables. L’État est alors amené à inventer de nouveaux outils pour faire face au deuil et au traumatisme. C’est l’un d’entre eux, le 11 Novembre, que cette thèse a interrogé dans sa dimension parisienne de 1919 à 2012. Les archives administratives, les comptes rendus des débats parlementaire et la presse quotidienne ont d’abord permis de se pencher sur l’invention d’une commémoration qui, si elle prend forme au cours d’un débat politique intense, se caractérise surtout par la mise en scène d’éléments intégrés dans le patrimoine matériel et immatériel de la Nation lors de la sortie de guerre autour desquels les organisateurs déploient un rituel de circonstance : la minute de silence. Filmée de sa création à 2012, la commémoration du 11 Novembre a aussi été étudiée, pour chaque époque, à travers le prisme des images animées. Mots clefs : commémoration, politiques publiques du passé, 11 Novembre, rituels, actualités cinématographiques, télévision / In 1919, France is emerging from a war in which she suffered a number of casualties previously unimaginable. The State is then brought to invent new tools to deal with the trauma of war and grief that affects society. Among them, the commemoration of the Armistice of November 11, 1918 has crossed the century and persists as a major event despite the disappearance of the last veterans of the Great War. This thesis focuses on the national ceremony on November 11, held annually since 1922 in Paris. It aims first to look at the genesis of a commemoration, which was established after an intense political debate. The commemoration was organized around specific old and new rituals : the flags of the regiments disbanded and the unknown Soldier, or the minute of silence). This elements that became permanent emphasized the mournig dimension of the commemoration. Filmed from 1923 to 2012, the commemoration of November 11 has also been studied through the prism of the images broadcasted in the medias. Keywords: commemoration, publics policies of the past, Novembre 11th, rituals, newreels, television

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Durant cette dernière décennie, la diffusion du format XML pour représenter les données générées par et échangées sur le Web a été accompagnée par la mise en œuvre de nombreux moteurs d’évaluation de requêtes et de mises à jour XQuery. Parmi ces moteurs, les systèmes « mémoire centrale » (Main-memory Systems) jouent un rôle très important dans de nombreuses applications. La gestion et l’intégration de ces systèmes dans des environnements de programmation sont très faciles. Cependant, ces systèmes ont des problèmes de passage à l’échelle puisqu’ils requièrent le chargement complet des documents en mémoire centrale avant traitement.Cette thèse présente une technique de partitionnement des documents XML qui permet aux moteurs « mémoire principale » d’évaluer des expressions XQuery (requêtes et mises à jour) pour des documents de très grandes tailles. Cette méthode de partitionnement s’applique à une classe de requêtes et mises à jour pertinentes et fréquentes, dites requêtes et mises à jour itératives.Cette thèse propose une technique d'analyse statique pour reconnaître les expressions « itératives ». Cette analyse statique est basée sur l’extraction de chemins à partir de l'expression XQuery, sans utilisation d'information supplémentaire sur le schéma. Des algorithmes sont spécifiés, utilisant les chemins extraits par l’étape précédente, pour partitionner les documents en entrée en plusieurs parties, de sorte que la requête ou la mise à jour peut être évaluée sur chaque partie séparément afin de calculer le résultat final par simple concaténation des résultats obtenus pour chaque partie. Ces algorithmes sont mis en œuvre en « streaming » et leur efficacité est validée expérimentalement.En plus, cette méthode de partitionnement est caractérisée également par le fait qu'elle peut être facilement implémentée en utilisant le paradigme MapReduce, permettant ainsi d'évaluer une requête ou une mise à jour en parallèle sur les données partitionnées. / With the widespread diffusion of XML as a format for representing data generated and exchanged over the Web, main query and update engines have been designed and implemented in the last decade. A kind of engines that are playing a crucial role in many applications are « main-memory » systems, which distinguish for the fact that they are easy to manage and to integrate in a programming environment. On the other hand, main-memory systems have scalability issues, as they load the entire document in main-memory before processing. This Thesis presents an XML partitioning technique that allows main-memory engines to process a class of XQuery expressions (queries and updates), that we dub « iterative », on arbitrarily large input documents. We provide a static analysis technique to recognize these expressions. The static analysis is based on paths extracted from the expression and does not need additional schema information. We provide algorithms using path information for partitioning the input documents, so that the query or update can be separately evaluated on each part in order to compute the final result. These algorithms admit a streaming implementation, whose effectiveness is experimentally validated. Besides enabling scalability, our approach is also characterized by the fact that it is easily implementable into a MapReduce framework, thus enabling parallel query/update evaluation on the partitioned data.

Les travaux de cette thèse sont les fruits de collaboration depuis 2008 entre l’ICL et le Centre Ingénierie et Santé (CIS) de l'Ecole des Mines de Saint Etienne. CIS et ICL sont tous deux membres de l'Institut Fédératif de Recherche en Science, Ingénierie et Santé (IFRESIS) et participent tous deux aux travaux du Cancéropôle Lyon Auvergne Rhône-Alpes (CLARA) dont Franck Chauvin animait l'axe IV sur Epidémiologie, SHS, Information du Patient et Organisation des Soins. Cette thèse a été initiée avec la volonté de développer une recherche originale sur l'optimisation de la production de soins en cancérologie.Nous nous intéressons à différentes problématiques de la gestion de soins des patients dans un hôpital de jour en cancérologie. Nous visons à équilibrer au mieux les besoins journaliers en lits tout en prenant en compte l'adhérence aux protocoles de soins, les contraintes des oncologues et les aléas des flux de patients. Pour un hôpital de jour en oncologie, nous avons identifié et étudié les décisions suivantes : I. Le planning médical une fois par an afin de déterminer les périodes de travail des oncologues dans une semaine. Nous avons proposé une formulation originale sous forme d'un modèle de programmation linéaire en nombres mixtes (MIP) et une approche en 3-étapes. II. L’affectation des nouveaux patients qui détermine le jour de la chimiothérapie pour chaque patient entrant. Nous avons présenté trois stratégies de planification et nous avons décrit un algorithme de simulation pour évaluer ces stratégies de planification. Les stratégies de planification proposées exploitent les informations contenues dans les protocoles de soins des patients et utilisent l’optimisation Monte Carlo III. La planification des rendez-vous. Nous avons présenté deux méthodes pour la résolution de ce problème : une approche basée sur la relaxation Lagrangienne et une heuristique basée sur une optimisation par recherche localeIV. La planification des jours fériés : permet de remédier au problème des semaines comportant des jours fériés. Nous avons développé un modèle en programmation linéaire en nombres mixtes permettant de répartir rapidement la charge du jour férié sur les jours en amont et en aval sans trop dégradé l’efficacité du traitement, ni surcharger le travail de l’HDJ. / This research is performed in close collaboration with the cancer center ICL. The « Institut de Cancérologie de la Loire » (Loire Cancer Institute), a.k.a. ICL, is a French public comprehensive cancer center providing oncology.This thesis addresses the problem of determining the work schedule, called medical planning, of oncologists for chemotherapy of oncology patients at ambulatory care units. A mixed integer programming (MIP) model is proposed for medical planning in order to best balance bed capacity requirements under capacity constraints of key resources such as beds and oncologists. The most salient feature of the MIP model is the explicit modeling of specific features of chemotherapy such as treatment protocols. The medical planning problem is proved to be NP-complete. A three-stage approach is proposed for determining good medical planning in reasonable computational time.