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Influence du procédé de congélation sur les levures et les propriétés techno-fonctionnelles des pâtes sucrées (type Kougelhopf)Meziani, Smail 15 November 2011 (has links) (PDF)
Les pâtes surgelées sont relativement stables et peuvent être fabriquées à l'échelle industrielle, distribuées et cuites à la demande au moment de la vente ou de la consommation (point chaud). La congélation des pâtes sucrées induit une baisse de volume et une augmentation du temps de fermentation, ces conséquences sont dues à deux facteurs : la baisse de la production de CO2 (viabilité des levures) et la faible capacité de rétention de gaz du réseau gluténique. La perte de la qualité des pâtes congelées est accélérée durant le stockage. Cette thèse porte sur l'étude de l'effet de la congélation et de la conservation sur les levures et les propriétés techno-fonctionnelles des pâtes sucrées type Kougelhopf. Ce travail vise à l'étude de l'impact de la vitesse de congélation sur les propriétés microbiologiques, rhéologiques, structurales et sensorielles de ces pâtes. Elles ont été congelées à différentes températures (-20 °C, -30 °C, -40 °C et une immersion dans l'azote liquide) puis conservées à -40 °C pendant 9 semaines. Les principaux résultats de cette étude ont permis de mettre en évidence le rôle de la vitesse de congélation et de la durée de conservation sur les propriétés intrinsèques des pâtes sucrées surgelées. Il en découle que l'activité fermentaire et l'intégrité du réseau du gluten sont tributaire de la vitesse de congélation. En effet, cette dernière contrôle la taille et la localisation des cristaux de glace d'où la recherche d'un compromis entre une vitesse de congélation ni trop rapide pour diminuer la viabilité des levures ni trop lente pour former de gros cristaux pouvant perforer le réseau de gluten de la pâte. Ce travail a démontré que le surdosage de levure reste valable uniquement pour les pâtes sucrées surgelées destinées à être conservées au-delà de 4 semaines. Ce surdosage améliore ainsi la qualité globale du Kougelhopf en compensant la perte de l'activité des levures pendant la congélation et le stockage.
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Ecosystème fromager : de l'étude du métabolisme du soufre chez Kluyveromyces lactis et Yarrowia lipolytica à l'interaction entre Kluyveromyces lactis et Brevibacterium aurantiacumHebert, Agnès 20 September 2010 (has links) (PDF)
Le métabolisme du soufre, qui occupe une place centrale au sein de la cellule, est aussi important lors de la fabrication des fromages à pâte molle à croûte lavée. L'écosystème fromager assimile les acides aminés soufrés et peut ainsi produire des composés soufrés volatils (CSVs) indispensables à la flaveur de ces produits. Nous avons étudié le métabolisme du soufre chez deux micro-organismes d'affinage, les levures hémiascomycètes Kluyveromyces lactis et Yarrowia lipolytica. L'analyse in silico du phylum des hémiascomycètes nous a donné pour la première fois une vision évolutive de ce métabolisme. Nous avons relevé des différences fondamentales au niveau de la synthèse de la cystéine mais aussi au niveau des enzymes impliquées dans la production de CSVs. Cette analyse constitue une base solide pour l'étude du métabolisme du soufre. Nous avons combiné plusieurs approches exploratoires (transcriptome, métabolome, dosage des CSVs) afin d'avoir une vision globale de ce métabolisme chez K. lactis et Y.lipolytica. Les différences observées se situent notamment au niveau des voies de synthèse de la cystéine et de la taurine. La production de CSVs semble liée à la surexpression de transaminases spécifiques à chaque espèce combinée à l'accumulation de méthionine intracellulaire. L'affinage du fromage dépendant de tout un écosystème, nous avons également étudié l'interaction entre deux micro-organismes d'affinage, K. lactis et Brevibacterium aurantiacum via une approche transcriptomique, en comparant l'expression d'une co-culture à celle des cultures pures. Nous avons observé de profondes modifications métaboliques touchant notamment le métabolisme du carbone et celui de la biotine.
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Étude de Brevibacterium aurantiacum, une bactérie d'affinage de fromage : de son métabolisme du soufre à son interaction avec Kluyveromyces lactisForquin, Marie-Pierre 06 July 2010 (has links) (PDF)
L'objectif de ce travail était d'étudier une bactérie d'affinage de cet écosystème, Brevibacterium aurantiacum (BA). La mise en place d'outils moléculaires pour l'étude de la biodiversité du genre Brevibacterium. L'approche par MLST avec 9 gènes de ménage est un nouvel outil prometteur pour l'identification des Brevibacteriaceae, nous avons identifié une nouvelle espèce appartenant aux souches d'intérêt technologique, B. antiquum. L'approche par puce ADN a permis d'étudier la biodiversité au sein de l'espèce de BA, les résultats montrent que 13% et 15% du génome de la souche séquencée sont absents et/ou divergents dans les souches BL2 et ATCC 9175. Nous avons ensuite réalisé une reconstruction du métabolisme du soufre chez BA ATCC 9175 et étudié sa régulation en fonction de différentes sources de soufre en utilisant des approches omics. Les résultats montrent une répression des voies d'assimilation du sulfate et de la biosynthèse de la cystéine en présence de cystine et une répression des voies de biosynthèse de la méthionine via l'homocystéine et la voie de transulfuration par la méthionine. Enfin, lors d'un ajout de méthionine dans le milieu, nous observons une induction coordonnée des gènes codant pour la méthionine gamma-lyase et un transporteur de la méthionine suggérant la présence d'un régulateur spécifique pour cette voie. Enfin, nous avons étudié le comportement de BA en présence ou en absence d'une levure d'affinage de fromage Kluyveromyces lactis (KL) par des approches biochimiques et transcriptomiques. Chez BA, on observe une modification du métabolisme carboné et de l'azote, de la voie de biosynthèse des pigments.
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Ecosystème fromager : de l'étude du métabolisme du soufre chez Kluyveromyces lactis et Yarrowia lipolytica à l'interaction entre Kluyveromyces lactis et Brevibacterium aurantiacumHébert, Agnès 20 September 2010 (has links) (PDF)
Le métabolisme du soufre, qui occupe une place centrale au sein de la cellule, est aussi important lors de la fabrication des fromages à pâte molle à croûte lavée. L'écosystème fromager assimile les acides aminés soufrés et peut ainsi produire des composés soufrés volatils (CSVs) indispensables à la flaveur de ces produits. Nous avons étudié le métabolisme du soufre chez deux micro-organismes d'affinage, les levures hémiascomycètes Kluyveromyces lactis et Yarrowia lipolytica. L'analyse in silico du phylum des hémiascomycètes nous a donné pour la première fois une vision évolutive de ce métabolisme. Nous avons relevé des différences fondamentales au niveau de la synthèse de la cystéine mais aussi au niveau des enzymes impliquées dans la production de CSVs. Cette analyse constitue une base solide pour l'étude du métabolisme du soufre. Nous avons combiné plusieurs approches exploratoires (transcriptome, métabolome, dosage des CSVs) afin d'avoir une vision globale de ce métabolisme chez K. lactis et Y.lipolytica. Les différences observées se situent notamment au niveau des voies de synthèse de la cystéine et de la taurine. La production de CSVs semble liée à la surexpression de transaminases spécifiques à chaque espèce combinée à l'accumulation de méthionine intracellulaire. L'affinage du fromage dépendant de tout un écosystème, nous avons également étudié l'interaction entre deux micro-organismes d'affinage, K. lactis et Brevibacterium aurantiacum via une approche transcriptomique, en comparant l'expression d'une co-culture à celle des cultures pures. Nous avons observé de profondes modifications métaboliques touchant notamment le métabolisme du carbone et celui de la biotine.
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Etude fonctionnelle dun oncogène humain impliqué dans le Sarcome dEwing, oncTre210, homologue à deux gènes levuriens, MSB3 et MSB4Dechamps, Christophe 23 April 2009 (has links)
Dechamps Christophe (2008). Etude fonctionnelle dun oncogène humain impliqué dans le Sarcome dEwing, oncTre210, homologue à deux gènes levuriens, MSB3 et MSB4 (thèse de doctorat). Gembloux, Faculté Universitaire des Sciences Agronomiques, 173 p., 12 tabl., 40 fig.
Résumé : Le produit de l'oncogène humain oncTre210 est apparenté, par sa structure primaire, aux protéines Ypt/Rab GAP (GTPase Activating Proteins spécifiques des Ypt/Rab GTPases). En effet, sa région N-terminale, qui est fortement homologue aux deux GAP de Saccharomyces cerevisiae Msb3p et Msb4p, renferme le domaine catalytique TBC, hautement conservé, des Ypt/Rab GAP. Les protéines Msb3p et Msb4p de Saccharomyces cerevisiae font partie de la famille des GTPase activating protein (GAP) spécifique aux Ypt/Rab GTPase. Elles sont primordiales au trafic vésiculaire et sont impliquées dans la régulation de l'exocytose et dans l'organisation du cytosquelette d'actine. Mais, leurs rôles biologiques exacts nont jamais été déterminés. La délétion simultanée des 2 gènes MSB3 et MSB4 dans la levure S. cerevisiae induit une inhibition de croissance de la levure sur un milieu de culture contenant du DMSO et/ou de la caféine, perturbe lorganisation du cytosquelette dactine, produit une anomalie de bourgeonnement dans la levure diploïde et affecte la ségrégation des noyaux. Pour trouver des composants qui interagissent génétiquement avec les produits des gènes MSB3 et MSB4, nous avons criblé une banque génomique pour des suppresseurs homologues extragéniques multicopies restaurant la croissance du double mutant levurien msb3 msb4 en présence de DMSO et/ou de caféine. Sept gènes ont ainsi été identifiés après une série de vérifications. Ces 7 suppresseurs peuvent être classés pour la fonction biologique de leurs produits en plusieurs classes : transport vésiculaire, cycle cellulaire, chaperon moléculaire, protéasome et ARN ribosomial. Ces résultats nous permettent d'identifier les voies physiologiques où les deux protéines Msb3p et Msb4p seraient impliquées. Le produit de l'oncogène oncTre210 est impliqué dans différents cancers humains dont le sarcome d'Ewing. Pour létude des partenaires interagissant avec lune ou lautre des deux parties de la protéine de fusion oncTre210p, nous avons utilisé le système double-hybride en levure en utilisant différentes banques d'expression. Un grand nombre de partenaires protéiques a été isolé comme interagissant avec l'oncoprotéine. Deux protéines impliquées dans l'organisation et la structure du cytosquelette ont été choisies parmi les partenaires de l'oncoprotéine pour être étudiées. L'interaction de ces deux protéines avec la partie GAP de oncTre210p a été confirmée par les techniques de GST pulldown, de co-immunoprécipitation et de co-localisation. Ces protéines identifiées comme interagissant avec la partie GAP sont la chaîne légère régulatrice de la myosine II (Myl2) et LOC91256, protéine contenant des motifs ankyrine. A partir de ces observations un nouveau rôle de l'oncoprotéine oncTre210p a été suggéré. L'ensemble de nos résultats ainsi que des données expérimentales acquises par d'autres équipes internationales nous a permis de proposer un modèle d'action pour l'oncoprotéine oncTre210p.
Dechamps Christophe (2008). Functional study of an oncogene implicated in Ewing's sarcoma, oncTre210, a human homologue of two yeast genes, MSB3 and MSB4 (Thesis in French). Gembloux, Belgium, Gembloux Agricultural University, 173 p., 12 tabl., 40 fig.
Summary : The oncTre210 oncogene product is structurally related to the Ypt/Rab GTPase-Activating Proteins (Ypt/Rab GAPs). Particularly, the N-terminal region of the oncoprotein shares with the yeast proteins Msb3p and Msb4p the highly conserved TBC domain, forming the catalytically active domain of Ypt/Rab GAPs. The Msb3p and Msb4p proteins of Saccharomyces cerevisiae are members of the Ypt/Rab-specific GTPase activating protein (GAP) family. They are important to vesicular trafficking and involved in the regulation of exocytosis and in the organization of the actin cytoskeleton, but their exact biological roles have yet to be determined. The msb3 msb4 yeast double mutation causes growth inhibition in the presence of DMSO and/or caffeine, affects the organization of the actin cytoskeleton, produces a random budding pattern in diploid cells, and affects segregation of the nucleus. To find cell components that interact genetically with the products of the MSB3 and MSB4 genes, we screened a genomic library for multicopy suppressor genes restoring normal growth of the double mutant in the presence of DMSO and caffeine. Six genes were identified, and the extent to which each gene corrects specific growth defects of the msb3 msb4 mutant is described. The encoded suppressors were classified on the basis of functional features into five groups: vesicular transport, cell division, molecular chaperon, proteasome and ribosomal RNA. These results allow us to identify the physiologic ways where the Msb3p and Msb4p proteins are implicated. The product of the oncTre210 oncogene is involved in various human cancers, including Ewings sarcoma. In order to identify proteins interacting with the two parts of this protein, we performed yeast two-hybrid screening of various libraries. A large number of proteins was identified to be partners of the oncogene product. Two components of the cytoskeleton were chosen to be studied, whose interaction with the GAP region was confirmed by GST-pulldown, co-immunoprecipitation, and colocalisation experiments. The proteins found to interact with the GAP region are the light regulatory chain of myosin II (Myl2) and LOC91256, a protein containing ankyrin repeats. From these observations a new role for the oncTre210p oncoprotein in cytokinesis was suggested. Our results and data from other international teams allow us to propose a model for the action of the oncTre210 oncogene product.
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Rôle des gènes RIM et VPS dans la signalisation du pH, la virulence<br />et la résistance aux antifongiques chez la levure<br />Candida albicansGigou-Cornet, Murielle 21 December 2006 (has links) (PDF)
Résumé<br />Candida albicans est le premier pathogène fongique de l'homme. Cette levure, habituellement<br />commensale, peut être à l'origine d'infections profondes mettant en jeu le pronostic<br />vital. L'incidence des candidoses profondes ne cesse d'augmenter parallèlement à<br />l'augmentation du nombre de patients à risque. La virulence de C. albicans s'explique par sa<br />capacité à coloniser puis envahir de nombreux tissus de l'organisme qui constituent autant de<br />microenvironnements différents. Les réponses adaptatives de la cellule aux modifications environnementales<br />sont déterminantes pour sa survie et conditionnent sa virulence. La voie<br />d'endocytose assure la dégradation ou le recyclage des protéines membranaires et joue un rôle<br />important dans la régulation des récepteurs. Elle est également impliquée dans l'activation de<br />la voie de signalisation du pH : la voie Rim.<br />Au début de ce travail, nous avons montré que la voie d'endocytose jouait un rôle majeur<br />dans la réponse au pH, la morphogenèse et la virulence de C. albicans, de façon à la fois<br />dépendante et indépendante de la voie Rim. Nous avons montré que les délétions de deux<br />gènes de la voie d'endocytose, VPS28 et VPS32, produisent non seulement les mêmes effets<br />que les délétions des gènes de la voie Rim, mais les aggravent.<br />Nous avons également mis en évidence le rôle de la voie Rim et des protéines Vps<br />dans la structure de la paroi et la résistance aux antifongiques azolés et aux échinocandines.<br />Là encore, la voie d'endocytose semble impliquée par son action spécifique dans la voie Rim<br />mais aussi par d'autres mécanismes indépendants de la voie Rim.<br />Enfin, nous avons caractérisé les mutants rim9 et rim21 et montré que les protéines<br />Rim9p et Rim21p sont toutes les deux indispensables à l'activation de la voie Rim chez C. albicans.<br />Ce résultat confirme que le mode d'activation de la voie Rim chez C. albicans est<br />proche de celui décrit chez S. cerevisiae et diffère sensiblement de celui d'Aspergillus nidulans<br />ou de Yarrowia lipolytica.<br />Nous avons montré que l'inhibition de la voie d'endocytose induit chez C. albicans<br />une réduction majeure de la virulence associée à une augmentation de la sensibilité aux antifongiques<br />azolés et aux échinocandines. En permettant la potentialisation de l'efficacité des<br />molécules existantes cette voie pourrait constituer une cible intéressante pour le développement<br />de nouveaux traitements antifongiques.
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Trafic intracellulaire de l’ARN de la télomérase chez Saccharomyces cerevisiæ : relation entre biogénèse de la télomérase et homéostasie des télomèresGallardo, Franck 02 1900 (has links)
Le contrôle de la longueur des télomères est une étape critique régissant le potentiel
réplicatif des cellules eucaryotes. A cause du problème de fin de réplication, les
chromosomes raccourcissent à chaque cycle de division. Ce raccourcissement se produit
dans des séquences particulières appelées télomères. La longueur des télomères est en
relation directe avec les capacités prolifératives des cellules et est responsable de la limite
de division de Hayflick. Cependant, dans certains types cellulaires et dans plus de 90% des
cancers, la longueur des télomères va être maintenue par une enzyme spécialisée appelée
télomérase. Encore aujourd’hui, comprendre la biogénèse de la télomérase et savoir
comment elle est régulée reste un élément clé dans la lutte contre le cancer. Depuis la
découverte de cette enzyme en 1985, de nombreux facteurs impliqués dans sa maturation
ont été identifiés. Cependant, comment ces facteurs sont intégrés dans le temps et dans
l’espace, afin de produire une forme active de la télomérase, est une question restée sans
réponse. Dans ce projet, nous avons utilisé la levure Saccharomyces cerevisiæ comme
modèle d’étude des voies de biogénèse et de trafic intracellulaire de l’ARN de la
télomérase, en condition endogène.
La première étape de mon travail fut d’identifier les facteurs requis pour
l’assemblage et la localisation de la télomérase aux télomères en utilisant des techniques
d’Hybridation In Situ en Fluorescence (FISH). Nous avons pu montrer que la composante
ARN de la télomérase fait la navette entre le noyau et le cytoplasme, en condition
endogène, dans les cellules sauvages. Nos travaux suggèrent que ce trafic sert de contrôle
qualité puisqu’un défaut d’assemblage de la télomérase conduit à son accumulation
cytoplasmique et prévient donc sa localisation aux télomères. De plus, nous avons identifié
les voies d’import/export nucléaire de cet ARN.
Dans une deuxième approche, nous avons réussi à développer une méthode de
détection des particules télomérasiques in vivo en utilisant le système MS2-GFP. Notre
iv
étude montre que contrairement à ce qui a été précédemment décrit, la télomérase n’est pas
associée de façon stable aux télomères au cours du cycle cellulaire. En fin de phase S, au
moment de la réplication des télomères, la télomérase se regroupe en 1 à 3 foci dont
certains colocalisent avec les foci télomériques, suggérant que nous visualisons la
télomérase active aux télomères in vivo. La délétion des gènes impliqués dans l’activation
et le recrutement de la télomérase aux télomères entraine une forte baisse dans
l’accumulation des foci d’ARN au sein de la population cellulaire. Nos résultats montrent
donc pour la première fois la localisation endogène de l’ARN TLC1 in situ et in vivo et
propose une vue intégrée de la biogenèse et du recrutement de la télomérase aux télomères. / Telomere length control is a critical step that governs the replicative potential of
eukaryotic cells. Due to the end replication problem, chromosomes shorten at each round of
division. This attrition occurs in specialized sequences at the extremity of chromosomes
called telomeres. Telomere size is in direct relationship with proliferative potential and
responsible for Hayflick’s division limit. However, in different cell type and in cancers, an
end-specialized enzyme called telomerase maintains telomere length. Reactivation of
telomerase in somatic cells triggers a pre-tumoral phenotype and more than 90% of cancers
highly express this enzyme. Still today, understanding how telomerase is synthesized and
reactivated can be a key step for the understanding of cancer arising and progression. Since
the discovery of this enzyme in 1985, several factors involved in the regulation of this
enzyme have been discovered. However, the spatio-temporal regulation of telomerase
biogenesis and regulation has not been determined. We used the yeast S.cerevisiæ to study
the biogenesis and recruitment of telomerase to telomeres.
The first step in my work was to determine the factors required for the biogenesis
and recruitment of telomerase to telomeres using fluorescence in situ hybridization. We
have shown that the telomerase RNA component shuttles between the nucleus and the
cytoplasm in wild type endogenous conditions. We have shown that this intracellular
trafficking is used as a quality control mechanism that prevents the nuclear localization of
miss assembled telomerase complexes. Moreover, we have identified the import/export
pathways of the telomerase RNA.
In a second step, we developed an in vivo localization system to follow the
telomerase RNA dynamics. We used the MS2-GFP system to track this RNA in vivo. Our
study shows that, contrary to what was previously described, telomerase is not stably
associated to telomeres during the cell cycle but freely diffuses in the nucleus of G1 cells.
In late S phase, at the moment of telomere replication, telomerase clusters in 1 to 3 big foci
vi
that colocalizes with telomeres clusters in vivo, suggesting the visualization of active
telomerase particles replicating telomeres. Disruption of gene coding for telomerase
activators triggers a great reduction of telomerase RNA clusters in a cell population.
Altogether, our results shows for the first time the localization of the endogenous form of
the telomerase RNA and propose an integrated view of telomerase biogenesis and
recruitment to telomeres.
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Phosphorylation du CTD de l'ARN polymérase II et impact de l'histone H2A.Z sur le positionnement des nucléosomes chez S. cerevisiaeBergeron, Maxime 10 1900 (has links)
La phosphorylation du domaine C-terminal de l’ARN polymérase II permet à ce complexe
protéique d’exécuter la transcription des gènes, en plus de coupler à la transcription des
événements moléculaires comme la maturation des ARNm. Mes résultats montrent que
même si cette phosphorylation suit un patron similaire à l’ensemble des gènes, il existe des
exceptions pouvant être dues à des mécanismes alternatifs de phosphorylation du CTD. Le
présent ouvrage s’intéresse également au rôle qu’occupe la variante d’histone H2A.Z dans
l’organisation de la chromatine. Des études précédentes on montré que le positionnement
de certains nucléosomes le long de l’ADN serait influencé par H2A.Z et aurait une
influence sur la capacité de transcrire les gènes. Par une approche génomique utilisant les
puces à ADN, j’ai cartographié l’impact de la délétion de H2A.Z sur la structure des
nucléosomes. Enfin, des résultats intéressants sur la dynamique d’incorporation de H2A.Z à
la chromatine ont été obtenus. / RNA Polymerase II is the molecular complex responsible for the transcription of class II
genes. Proper transcription and associated events such as mRNA processing are thought to
require the phosphorylation of its C-terminal domain. Here I show that this phosphorylation
follows a similar pattern for most of the genes, althought some exceptions exist. These
exceptions could be explained by alternative phosphorylation mechanisms. Also, this work
provides data on how the variant histone H2A.Z influences chromatin structure. Previous
studies have shown a role for H2A.Z in the positioning of some nucleosomes along the
DNA, which would impact the ability to transcribe genes. Here I used a microarray
technology to profile nucleosome positions in a genome-wide manner. My data provide
further evidence that H2A.Z influences nucleosome positioning. Interesting results
regarding the dynamics of H2A.Z incorporation into chromatin are also shown.
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Caractérisation de la sous-unité bêta du translocon chez la levure Schizosaccharomyces pombeLeroux, Alexandre 12 1900 (has links)
La sécrétion des protéines est un processus essentiel à la vie. Chez les eucaryotes, les protéines sécrétées transitent dans le réticulum endoplasmique par le pore de translocation. Le translocon est composé de trois sous-unités fondamentales nommées Sec61α, β et γ chez les mammifères, ou Sec61p, Sbh1p et Sss1p chez les levures. Tandis que le rôle des sous-unités α et γ est bien connu, celui de la sous-unité β demeure énigmatique. Plusieurs phénotypes distincts sont associés à cette protéine dans différents organismes, mais le haut niveau de conservation de séquence suggère plutôt une fonction universelle conservée. Récemment, Feng et al. (2007) ont montré que le domaine transmembranaire (TMD) de Sbh1p était suffisant pour complémenter plusieurs phénotypes associés à la délétion du gène chez Saccharomyces cerevisiae, suggérant un rôle important de cette région. L’objectif de mon projet de recherche consiste à étudier la fonction biologique de la sous-unité β du translocon et de son TMD chez Schizosaccharomyces pombe. Dans cette levure, j’ai découvert que le gène sbh1+ n’était pas essentiel à la viabilité à 30oC, mais qu’il était requis pour la croissance à basse température. La délétion de sbh1+ entraîne une sensibilité aux stress de la paroi cellulaire et une diminution de la sécrétion des protéines à 23oC. La surexpression de Sbh1p diminue elle aussi la sécrétion des protéines et altère la morphologie cellulaire. Ces phénotypes sont distincts de ceux observés chez S. cerevisiae, où la délétion des deux paralogues de Sec61β entraîne une sensibilité à haute température plutôt qu’à basse température. Malgré cela, les homologues de Sec61β de S. pombe et de S. cerevisiae sont tout deux capables de complémenter la thermosensibilité respective de chaque levure. La complémentation est possible même avec l’homologue humain de Sec61β, indiquant la conservation d’une fonction de Sec61β de la levure à l’homme. Remarquablement, le TMD de Sec61β de S. pombe, de S. cerevisiae et de l’humain sont suffisants pour complémenter la délétion génomique autant chez la levure à fission que chez la levure à bourgeons. Globalement, ces observations indiquent que le TMD de Sec61β exerce une fonction cellulaire conservée à travers les espèces. / Protein secretion is an essential biological process. In eukaryotes, secreted proteins transit into the endoplasmic reticulum through the translocon pore. The core of the translocation channel is composed of three subunits called Sec61α, β and γ in mammals, or Sec61p, Sbh1p and Sss1p in yeasts. While the role of the α and γ subunit is well understood, the function of the β subunit remains ill-defined. Although numerous species-specific phenotypes have been reported for this protein, the striking sequence conservation among species argue in favour of a universal role. Recently, Feng et al. (2007) reported the surprising finding that the transmembrane domain (TMD) of Sbh1p was sufficient to complement different functions of the entire protein in Saccharomyces cerevisiae, suggesting an important role for this region. The aim of my project was to explore the biological function of the translocon β subunit and its TMD in Schizosaccharomyces pombe. In this yeast, we found that the sbh1+ gene is unessential for viability at 30oC, but is required for growth at low temperature. Knockout of sbh1+ results in sensitivity to cell-wall stress and reduced protein secretion at 23oC. Overexpression of Sbh1p also diminishes protein secretion and results in an elongated cell shape. These phenotypes contrast with those observed S. cerevisiae, as deletion of both Sec61β paralogs in this yeast results in heat sensitivity instead of cold sensitivity. Nevertheless, Sec61β homologs from both S. pombe and S. cerevisiae complement the respective temperature sensitivity of either yeast. This functional complementation can also be accomplished by the human homolog of the translocon β subunit, indicating that a fundamental function of Sec61β is conserved from yeast to human. Remarkably, the TMD of Sec61β homologs from S. pombe, S. cerevisiae and human are sufficient to complement the gene knockout in both fission and budding yeasts. Together, these observations indicate that the TMD of Sec61β exerts a cellular function that is conserved across species.
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Le vieillissement chronologique de Schizosaccharomyces pombe : Implication des voies de détection du glucoseRoux, Antoine E. 04 1900 (has links)
La première augmentation de la longévité en laboratoire fût observée à la suite d’une intervention nutritionnelle consistant en une réduction de l’apport alimentaire chez le rat. Plus tard, ce phénomène a été reproduit dans de très nombreuses espèces et référé en tant que restriction calorique. Le développement des techniques de biologie moléculaire moderne a permis de montrer dans des organismes modèles simples que cette flexibilité du processus de vieillissement était régulée par des facteurs génétiques. De fait, plusieurs mécanismes cellulaires ont alors pu être identifiés comme responsables de ce contrôle du vieillissement. Ces voies de régulation ont révélées être conservées entre les espèces, depuis les levures jusqu’aux organismes multicellulaires tels que le nématode, la mouche ou la souris, suggérant l’existence d’un programme universel de vieillissement dans le vivant.
La levure s’est avéré à plusieurs reprises être un modèle puissant et fiable pour la découverte de gènes impliqués dans ce phénomène. Mon étude a consisté au développement d’un nouveau modèle unicellulaire d’étude du vieillissement à travers l’espèce Schizosaccharomyces pombe appelée aussi levure à fission. La première étape de mon travail a montré que les voies de détection des nutriments gouvernées par la sérine/thréonine protéine kinase A (Pka1) et la sérine/thréonine kinase Sck2 contrôlent le vieillissement chronologique de ces cellules comme il était connu dans la levure Saccharomyces cerevisiae. Ceci permit de valider l’utilisation de la levure à fission pour l’étude du vieillissement. Ensuite, nous avons analysé plus en détail l’effet pro-vieillissement du glucose en étudiant le rôle de sa détection par le récepteur membranaire Git3 couplé à la protéine G (Gpa2) en amont de la kinase Pka1. La perte du signal du glucose par la délétion de Git3 imite partiellement l’effet d’augmentation de longévité obtenu par baisse de la concentration en glucose dans le milieu. De plus, l’effet néfaste du signal du glucose est maintenu en absence de tout métabolisme du glucose suite à la mutation des hexokinases, premières enzymes de la glycolyse. L’ensemble de ces résultats suggèrent que la signalisation du glucose est prédominante sur son métabolisme pour son effet pro-vieillissement. D’autre part, à la fois la suppression de cette signalisation et la baisse de niveau de glucose disponible allongent la durée de vie en corrélation avec une augmentation de la résistance au stress, une hausse d’activité mitochondriale et une baisse de production de radicaux libres. Finalement, le criblage d’une banque de surexpression d’ADNc a permis d’identifier plusieurs gènes candidats responsables de ces effets en aval de la voie de signalisation Git3/PKA.
La recherche sur les mécanismes moléculaires du vieillissement propose une nouvelle approche, un nouvel angle de vue, pour la compréhension des fonctions cellulaires et promet d’apporter de précieuses clefs pour mieux comprendre certaines maladies. En effet, le vieillissement est la première cause d’apparition de nombreuses affections comme les cancers, les maladies cardiovasculaires et métaboliques ou les maladies neurodégénératives tels que les syndromes d’Alzheimer et de Parkinson. / The first increase in life span due to man’s intervention was obtained with rats subjected to a diet reduced in calorie intake. Later, this phenomenon was repeated with many other species and referred as diet restriction or calorie restriction. The development of modern Molecular Biology approaches and the use of simple model organisms demonstrated that the rate of aging was regulated by genetic traits. Indeed, several cellular mechanisms were identified as responsible for the control of aging. These regulatory pathways appear to be conserved throughout species, from yeast to multicellular organisms like nematode, fly and mice, thus suggesting the existence of a universal program of aging.
Yeast proved several times to be a powerful and reliable model for discovering genes involved in the regulation of aging. My study consisted in developing Schizosaccharomyces pombe (also called fission yeast) as a new unicellular model to study aging. The first step of my work was to show that pathways of nutrient detection through kinases involving Pka1 and Sck2 control chronological aging in S. pombe, as it was previously demonstrated in Saccharomyces cerevisiae. This first work validated the use of fission yeast for the study of aging. Subsequently, we analysed in more detail the pro-aging effect of glucose focusing on the role of its signalling through the G-protein Gpa2-coupled membrane receptor Git3, which acts upstream of Pka1. The loss of the glucose signal due to deletion of Git3 mimics partially the effect of increasing longevity by reducing glucose in the medium. Moreover, detrimental effects of glucose signal are maintained in absence of sugar metabolism following loss of hexokinases, the first enzymes of glycolysis. Together, these results suggest that the pro-aging effects of glucose signalling are predominant over those due to metabolism of this sugar. Moreover, both obliteration of this signalling pathway and decrease of glucose availability extend life span, and correlate with an increase in stress resistance, in mitochondrial activity and a lower production of free radicals. Finally, screening a cDNA-overexpression library allowed us to identify several genes candidates responsible for the effects on longevity downstream of Git3/Pka1.
Research in the molecular mechanisms of aging propose holds the promise to bring precious clues as to this mysterious processes affecting all living creatures, and paves the way to unravel the underlying causes of many human diseases. Indeed, aging is the first cause of numerous late-onset pathologies including cancers, cardiovascular diseases or neurodegenerative diseases like Alzheimer and Parkinson syndromes.
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