Submitted by (lucia.rodrigues@ufrpe.br) on 2017-02-20T14:08:02Z No. of bitstreams: 1 Domingos Eduardo Guimaraes Tavares de Andrade.pdf: 2752116 bytes, checksum: f1548d1f41182d089565eefd683ee4ff (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-20T14:08:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Domingos Eduardo Guimaraes Tavares de Andrade.pdf: 2752116 bytes, checksum: f1548d1f41182d089565eefd683ee4ff (MD5) Previous issue date: 1999-02-24 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Fresh tomato is very important in the Agreste Region of Pernambuco State, Brazil. However its production is impaired by the occurrence of Fusarium wilt caused by Fusarium oxysporum f.sp. lycopersyci. This study aimed to survey the disease intensity in planting areas of Camocim de São Félix county, Agreste of Pernambuco and to determine the ideal sample size for disease assessment, to analyze the disease spatial pattern in field, to characterize the variability of Fusarium oxysporum f.sp. lycopersyci populations and to select the resistance of tomato cultivars to races 1 and 2 of the pathogen. The disease survey in 50 planting areas showed high disease prevalence (72%) and average incidence of 17,15%. Using the incidence data from 36 areas as pilot-samples, the sample size for disease assessment was determined accordimg to the mean variability coefficient. The number of rows to be sampled was inversely related to disease incidence and acceptable error. To quantify the disease in future surveys, considering 10% error, each area should have 130rows and 12 plants/row sampled. The disease spatial pattern was studied in 11 planting areas in plots with 480 plants, using mapping, ordinary runs, fitting of β-binomial distribution and spatial autocorrelation analyses. Seven areas showed agregation of diseased plants and four areas presented the randomized pattern suggesting that there is not a single spatial pattern of the diasease in field.Thirty-six pathogen isolates were characterized in relation to epidemiological components, races and isoenzymatic patterns. The disease incidence separated isolates into two similarity groups but based upon the area under the disease progress curve (AUPDC) and progress rate there was three groups. Only one isolate belonged to race 1 while all the others were race 2 suggesting a small population variability regarding to races. The relative mobility of bands indicated six similarity groups for esterases and eight groups for fosfatase. There were no significant correlations among the relative mobility values for isozymes and the values for epidemiological components. In the resistance assay the disease temporal progress was analysed in 25 tomato cultivars inoculated with isolates of races 1 and 2. Race 2 isolates induced disease symptoms in all cultivars but race 1 isolates only induced symptoms in cultivars Santa clara I-5300, Jumbo AG-592, Barão Vermelho AG-591, Débora Plus AF-799, Débora and Viradouro. The cultivars Seculus and Rio Grande showedlonger incubation periods and smaller incidence values, progress rate and AUPDC, suggesting their use in programs of Fusarium wilt integrated management in Agreste of Pernambuco. / A cultura do tomateiro estaqueado apresenta expressiva importância na região Agreste do Estado de Pernambuco tendo, contudo, sua produção é limitada devido à ocorrência de murcha-de-fusário, causada por Fusarium oxysporum f.sp. lycopersici. Este estudo objetivou realizar o levantamento da intensidade da murcha-de-fusário em áreas de plantio no município de Camocim de São Félix, Agreste do Estado de Pernambuco, determinar o tamanho ideal da amostra para quantificação da doença, analisar o arranjo espacial da doença no campo, caracterizar a variabilidade de populações de F. oxysporum f.sp. lycopersici e selecionar cultivares de tomateiro resistentes às raças 1 e 2 do patógeno. No levantamento da intensidade da murcha-de-fusário em 50 áreas de plantio, foi constatada uma alta prevalência da doença (72%), com incidência média de 17,15%. Utilizando os dados de incidência de 36 áreas como amostragens-piloto o tamanho de amostras para quantificação da doença foi determinado com base no coeficiente de variação da média. O número de linhas por área, a ser amostrado, reduziu com a elevação da incidência da doença e do erro aceitável. Considerando o nível de erro de 10%, a amostragem em cada área de 130 linhas com 12 plantas/linha é apropriada para quantificar a incidência da doença em levantamentos futuros. O arranjo espacial da doença foi investigado em 11 áreas de plantio, numa parcela de 480 plantas/área, utilizando-se as análises de mapeamento, “ordinary runs”,ajuste à distribuição beta-binomial e autocorrrelação espacial. Em sete áreas ficou evidenciada a agregação de plantas doentes, enquanto que em quatro, ficou evidente o arranjo aleatório, indicando não haver um padrão único de arranjo espacial da doença no campo. Na caracterização da variabilidade de F. oxysporum f.sp. lycopersici, 36 isolados foram avaliados em relação a componentes epidemiológicos, a raças e a padrões isoenzimáticos. Com base na incidência da doença foi possível a separação dos isolados em dois grupos de similaridade, elevando-se para três quando consideradas a área abaixo da curva de progresso da doença e a taxa de progresso. Apenas um isolado foi caracterizado como pertencente à raça 1, enquanto os demais foram pertencentes à raça 2, indicando uma pequena variabilidade na população quanto à raça. O padrão isoenzimático possibilitou a separação dos isolados em seis grupos de similaridade para esterase e oito grupos para fosfatase. Não foram constatadas correlações significativas entre os valores da mobilidade relativa para as isoenzimas e os obtidos nos componentes epidemiológicos. Na avaliação da resistência ao patógeno, foi analisado o progresso temporal da murcha-de-fusário em 25 cultivares de tomateiro inoculadas com isolados das raças 1 e 2. Todas as cultivares apresentaram plantas com sintomas da doença, quando inoculadas com os isolados da raça 2, enquanto apenas as cultivares Santa Clara I-5300, Jumbo AG-592, Barão Vermelho AG-591, Híbrido Débora Plus AF-799, H. Débora e Viradoro evidenciaram suscetibilidade ao isolado da raça 1. As cultivares H. Seculus e Rio Grande destacaram-se das demais ao propiciarem os maiores períodos de incubação e os menores valores de incidência, de taxa de progresso e de área abaixo da curva de progresso da doença, indicando o potencial para utilização em programas de manejo integrado da murcha-de-fusário no Agreste de Pernambuco.

Tesis por compendio / [ES] El pepino dulce (Solanum muricatum) y el tomate de árbol (S. betaceum) pertenecen al grupo de cultivos de la familia Solanaceae. Estos dos cultivos son originarios de América del Sur y actualmente se cultivan en varios países con climas tropicales, subtropicales y mediterráneos. Han sido infrautilizados durante mucho tiempo y han cobrado relevancia solo en los últimos años debido a su alta calidad nutricional. El pepino dulce exhibe niveles significativos de potasio, vitamina C y carotenoides y se informa que presenta propiedades antioxidantes, antidiabéticas, antiinflamatorias y antitumorales. Sus frutos se pueden consumir tanto como postre o en ensaladas. El tomate de árbol también destaca por su alto contenido en compuestos bioactivos como carotenoides, antocianinas, flavonoides y vitaminas. Varios productos como jugos, mermeladas, salsas y productos farmacéuticos son elaborados a partir de sus frutos. Debido a que estos cultivos se han introducido en nuevas regiones, donde pueden estar expuestos a estreses bióticos y abióticos que pueden amenazar su producción, y dado que el pepino dulce se ve especialmente afectado por la escasez de agua, fue necesario realizar un estudio para determinar la respuesta de siete cultivares de pepino dulce a parámetros fisiológicos y bioquímicos al estrés por sequía. Este trabajo puede ayudar a desarrollar programas de selección y mejoramiento que permitan generar nuevas variedades más tolerantes a la sequía. Por otro lado, en los países de clima mediterráneo, el pepino dulce se cultiva como cultivo protegido, aplicando las mismas técnicas agrícolas que otras solanáceas como el tomate y el pimiento. Estos sistemas agrícolas también brindan condiciones óptimas para el desarrollo de enfermedades como Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici (FOL), Verticillium dahliae (VE), virus del mosaico del pepino (PepMV) y virus del mosaico del tomate (ToMV), que potencialmente podrían causar grandes daños a los cultivos de pepino dulce. Por tal motivo, se realizó un estudio para evaluar la respuesta de una colección de pepino dulce y sus parientes silvestres contra estas cuatro enfermedades, y encontrar fuentes de resistencia/tolerancia a estos patógenos. Aunque el tomate de árbol es un cultivo frutal importante debido a su valor nutricional y efectos beneficiosos para la salud, actualmente no hay información genómica y transcriptómica disponible públicamente. Por lo tanto, fue fundamental secuenciar el transcriptoma de dos cultivares de tomate de árbol con frutos morados (A21) y frutos anaranjados (A23). Estos dos cultivares han sido ampliamente utilizados y cultivados comercialmente en países de la región andina como Ecuador y Colombia. La obtención del primer transcriptoma de tomate de árbol ha permitido realizar un estudio comparativo entre el tomate de árbol y sus especies cercanas, tomate y patata, identificar genes implicados en la ruta de biosíntesis de carotenoides y desarrollar marcadores de polimorfismo de nucleótido único (SNP). En general, esta Tesis Doctoral aporta información relevante sobre la respuesta del pepino a diversos estreses ambientales, que puede ser utilizada para el desarrollo de nuevas variedades de pepino resistentes a múltiples estreses. Mientras que en tomate de árbol, el desarrollo de herramientas genómicas acelerará los programas de mejoramiento. / [CA] El cogombre dolç (Solanum muricatum) i tomata d'arbre (S. betaceum) pertanyen al grup de cultius de la família Solanaceae. Aquests dos cultius són originaris d'Amèrica del Sud i actualment es cultiven en diversos països amb climes tropicals, subtropicals i mediterranis. Han sigut infrautilitzats durant molt de temps i han cobrat rellevància només en els últims anys a causa de la seua alta qualitat nutricional. El cogombre dolç exhibeix nivells significatius de potassi, vitamina C i carotenoides i s'informa que presenta propietats antioxidants, antidiabètiques, antiinflamatòries i antitumorals. Els seus fruits es poden consumir tant com postres o en ensalades. La tomaca d'arbre també destaca pel seu alt contingut en compostos bioactivos com carotenoides, antocianinas, flavonoides i vitamines. Dels seus fruits s'elaboren diversos productes com a sucs, melmelades, salses i productes farmacèutics. Pel fet que aquests cultius s'han introduït en noves regions on poden estar exposats a estressos biòtics i abiòtics que poden amenaçar la seua producció, atés que el cogombre es veu especialment afectat per l'escassetat d'aigua, va ser necessari realitzar un estudi per a determinar la resposta de set cultivars de cogombre dolç a paràmetres fisiològics i bioquímicos a l'estrés per sequera. Aquest treball pot ajudar a desenvolupar programes de selecció i millorament que permeten generar noves varietats més tolerants a la sequera. D'altra banda, als països de clima mediterrani, el cogombre dolç es cultiva com a cultiu protegit, aplicant les mateixes tècniques agrícoles que unes altres solanáceas com la tomaca i el pimentó. Aquests sistemes agrícoles també brinden condicions òptimes per al desenvolupament de malalties com Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici (FOL), Verticillium dahliae (VE), virus del mosaic del cogombre (PepMV) i virus del mosaic de la tomaca (ToMV), que potencialment podrien causar grans danys als cultius de cogombre dolç. Per tal motiu, es va realitzar un estudi per a avaluar la resposta d'una col·lecció de cogombre dolç i els seus parents silvestres contra aquestes quatre malalties, i trobar fonts de resistència/tolerància a aquests patògens. Encara que la tomaca d'arbre és un cultiu fruiter important a causa del seu valor nutricional i efectes beneficiosos per a la salut, actualment no hi ha informació genòmica i transcriptómica disponible públicament. Per tant, va ser fonamental seqüenciar el transcriptoma de dues cultivars de tomaca d'arbre amb fruits morats (A21) i fruits ataronjats (A23). Aquestes dues cultivars han sigut àmpliament utilitzats i cultivats comercialment en països de la regió andina com l'Equador i Colòmbia. L'obtenció del primer transcriptoma de tomaca d'arbre ha permés realitzar un estudi comparatiu entre la tomaca d'arbre i les seues espècies pròximes, tomaca i creïlla, identificar gens implicats en la ruta de biosíntesi de carotenoides i desenvolupar marcadors de polimorfisme de nucleòtid únic (SNP). En general, aquesta Tesi Doctoral aporta informació rellevant sobre la resposta del cogombre a diversos estressos ambientals, que pot ser utilitzada per al desenvolupament de noves varietats de cogombre resistents a múltiples estressos. Mentre que en tomaca d'arbre, el desenvolupament d'eines genòmiques accelerarà els programes de millorament. / [EN] Pepino (Solanum muricatum) and tree tomato (S. betaceum) belong to the group of crops of the Solanaceae family. These two crops are native to South America and currently are grown in various countries with tropical, subtropical and Mediterranean climates. They have been underutilized for a long time and have become relevant only in recent years due to their high nutritional quality. Pepino exhibit significant levels of potassium, vitamin C and carotenoids and it is reported to present antioxidant, antidiabetic, anti-inflammatory and antitumor properties. Its fruits can be consumed both as a dessert or in salads. Tree tomato also highlights high content of bioactive compounds such as carotenoids, anthocyanins, flavonoids and vitamins. Severals products such as juices, jams, sauces and pharmaceutical products are made from its fruits. Due to these crops have been introduced into new regions, where they may be exposed to biotic and abiotic stresses that can threaten their production, and since pepino is specially affected by water scarcity, a study was needed to determine the response of seven pepino cultivars to physiological and biochemical parameters to drought stress. This work can help develop selection and improvement programs that allow the generation of new varieties that are more tolerant to drought. On the other hand, in countries with a Mediterranean climate, pepino is grown as a protected crop, applying the same agricultural techniques as other solanaceous plants such as tomato and pepper. These agricultural systems also provide optimal conditions for the development of diseases such as Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici (FOL), Verticillium dahliae (VE), pepino mosaic virus (PepMV) and tomato mosaic virus (ToMV), which could potentially cause great damage to pepino crops. For this reason, a study was performed to evaluate the response of a collection of pepino and their wild relatives against these four diseases, and find sources of resistance/tolerance to those pathogens. Although tree tomato is an important fruit crop due to its nutritional value and beneficial health effects, there is currently no publicly available genomic and transcriptomic information. Therefore, it was essential to sequence the transcriptome of two tree tomato cultivars with purple fruits (A21) and orange fruits (A23). These two cultivars have been widely used and cultivated commercially in countries of the Andean region such as Ecuador and Colombia. Obtaining the first tree tomato transcriptome has made it possible to perform a comparative study between tree tomato and its close species, tomato and potato, identify genes involved in the carotenoid biosynthesis pathway, and develop single nucleotide polymorphism (SNP) markers. In general, this Doctoral Thesis provides relevant information on the response of pepino to various environmental stresses, which can be used for the development of new varieties of pepino resistant to multiple stresses. While in tree tomato, the development of genomic tools will accelerating up breeding programs. / Pacheco Toabanda, JE. (2022). Development of Biotechnological Tools for the Genetic Improvement of Pepino (Solanum Muricatum) and Tree Tomato (S.betaceum) [Tesis doctoral]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/189205 / Compendio