Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Departamento de Biologia Celular, 2013. / Submitted by Alaíde Gonçalves dos Santos (alaide@unb.br) on 2013-06-24T11:20:19Z No. of bitstreams: 1 2013_CesarDanielPetroli.pdf: 6307337 bytes, checksum: 650ed813622f95d1dfc5d7a15fa7fa9f (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2013-06-24T11:51:03Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2013_CesarDanielPetroli.pdf: 6307337 bytes, checksum: 650ed813622f95d1dfc5d7a15fa7fa9f (MD5) / Made available in DSpace on 2013-06-24T11:51:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2013_CesarDanielPetroli.pdf: 6307337 bytes, checksum: 650ed813622f95d1dfc5d7a15fa7fa9f (MD5) / Diversity Arrays Technology (DArT) fornece um sistema robusto, de alto rendimento e baixo custo para a identificação de milhares de polimorfismos na sequência do DNA de indivíduos. Apesar da extensa utilização desta plataforma de genotipagem para diversas espécies de plantas, pouco se conhece sobre os atributos dos marcadores DArT do ponto de vista do conteúdo das sequências e sua distribuição em genomas de plantas. Neste trabalho foram investigadas as propriedades genômicas das 7.680 sondas do microarranjo DArT desenvolvido para Eucalyptus, por meio do seu sequenciamento e mapeamento genético e físico no genoma de referência de Eucalyptus grandis. Em seguida, o mapa genético construído foi utilizado para o mapeamento de QTLs (Quantitative Trait Loci) para sete características quantitativas de crescimento e qualidade da madeira em Eucalyptus. Finalmente, para cada QTL identificado foi realizada uma análise preliminar do número de genes anotados na sequência do genoma de Eucalyptus incluídos no intervalo genômico correspondente. Um mapa consenso com 2.274 marcadores DArT ancorado a 210 microssatélites com uma média de distância entre marcadores consecutivos na ordem de sub-centimorgan e um mapa genético framework com 1.029 marcadores ordenados com maior suporte estatístico foram construídos. Ambos exibiram uma extensa colinearidade com a sequência do genoma quando mapeados fisicamente. O número de sequências únicas observadas para as sondas DArT foi consistente com o número de sequências DArT alinhadas em uma posição única no genoma de Euaclyptus. Com uma cobertura do 97% do genoma físico, estes marcadores demonstraram uma ampla e uniforme distribuição ao longo do genoma. Apenas 1,4 Mpb dos 85,4 Mpb das sequências de scaffolds ainda não ancorados no atual genoma de Eucalyptus foi capturado por 45 marcadores DArT geneticamente mapeados mas fisicamente não alinhados nos 11 pseudo-cromossomos de Eucalyptus, fornecendo evidência sobre a qualidade e a completude da montagem atual do genoma de Eucalyptus. A maioria das 89 sondas do microarranjo DArT que não mapearam fisicamente no genoma correspondem a sequências provavelmente ausentes em E. grandis, o que sugere um caráter pangenômico do microarranjo DArT de Eucalyptus. Uma sobreposição significativa foi encontrada entre o posicionamento dos marcadores DArT e o espaço gênico, com 69% das sondas DArT mapeando dentro de modelos gênicos preditos. Uma correlação significativa foi identificada entre o número de modelos gênicos preditos e o número total de sondas DArT encontradas em todo o genoma (índice de Spearman ρ = 0,682, ρ = 3,79e-18). O mapeamento de QTLs detectou 35 QTLs para as características avaliadas, sendo que vários deles sugestivos de sintenia em nível cromossômico com QTLs detectados em estudos anteriores. Um total de 8.036 modelos gênicos preditos foi observado nos intervalos genômicos compreendidos pelos marcadores flanqueantes aos 18 QTLs mapeados no parental materno e 6.678 nos intervalos dos 17 QTLs identificados no parental paterno. Centenas desses genes poderiam ser sugeridos tentativamente como genes candidatos para as características fenotípicas avaliadas, cuja validação demandaria um esforço considerável. Em conclusão, as propriedades genômicas dos marcadores DArT levantadas neste estudo são particularmente interessantes para os investigadores que trabalham com culturas as quais já contam com microarranjos DArT mas para as quais não existe ainda um genoma de referência que permita uma caracterização detalhada. Estas propriedades são potencialmente úteis para a realização de estudos filogenéticos, de genética de populações e predição de fenótipos via seleção genômica, explorando a proximidade destes marcadores a genes. _______________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Diversity Arrays Technology (DArT) provides a robust, high throughput, costeffective method to query thousands of sequence polymorphisms in a single assay. Despite the extensive use of this genotyping platform for numerous plant species, little is known regarding the sequence attributes and genome-wide distribution of DArT markers. We investigated the genomic properties of the 7,680 DArT marker probes of a Eucalyptus array, by sequencing them, constructing a high density linkage map and carrying out detailed physical mapping analyses to the Eucalyptus grandis reference genome sequence. The genetic map was used for QTL (Quantitative trait loci) mapping for seven complex growth and wood quality traits in Eucalyptus. Finally, for each QTL we preliminarily assessed the number of annotated gene models in the Eucalyptus genome found in its corresponding genomic interval delimited by flanking markers. A consensus linkage map with 2,274 DArT markers anchored to 210 microsatellites and a framework map, with 1,029 markers ordered with high support, displayed extensive collinearity with the genome sequence. Only 1.4 Mbp of the 75 Mbp of still unplaced scaffold sequence was captured by 45 linkage mapped but physically unaligned markers to the 11 Eucalyptus pseudochromosomes, providing compelling evidence for the quality and completeness of the current Eucalyptus genome assembly. A highly significant correspondence was found between the locations of DArT markers and predicted gene models, while most of the 89 DArT probes unaligned to the genome correspond to sequences likely absent in E. grandis, consistent with the pan-genomic feature of this multi-Eucalyptus species DArT array. DArT markers preferentially target the gene space and display a largely homogeneous distribution across the genome, thereby providing superb coverage for mapping and genome-wide applications in breeding and diversity studies. QTL mapping detected 35 QTLs, several of them syntenic to QTLs in previous studies. A total of 8,036 annotated gene models were found within the genomic interval comprised by the 18 QTLs detected in the maternal parent and 6,678 in the 17 QTLs identified in the paternal parent. Hundreds of such predicted genes could be tentatively suggested as candidates involved in trait variation, whose testing and validation would require a gigantic effort. In conclusion, the comprehensive linkage-to-physical mapping analyses reported herein, provide novel data regarding the genomic attributes of DArT markers in plant genomes in general and for Eucalyptus in particular. These results should be valuable to other species for which DArT arrays are available but not yet reference genomes. Based on the genomic characterization of the DArT probe sequences reported, phylogenies, population genetic surveys and phenotype prediction by genomic selection can now be further explored according to the gene proximity or gene content of particular markers sets.

Tese (doutorado)-Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, Programa de Pós-Graduação em Agronomia, 2013. / Submitted by Alaíde Gonçalves dos Santos (alaide@unb.br) on 2013-07-03T10:38:20Z No. of bitstreams: 1 2013_AndreaRachelRamosCruzSousa.pdf: 2391353 bytes, checksum: f365e3ff1bb9b770b9d24960c68272a9 (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2013-07-03T11:48:16Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2013_AndreaRachelRamosCruzSousa.pdf: 2391353 bytes, checksum: f365e3ff1bb9b770b9d24960c68272a9 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-07-03T11:48:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2013_AndreaRachelRamosCruzSousa.pdf: 2391353 bytes, checksum: f365e3ff1bb9b770b9d24960c68272a9 (MD5) / O feijão-caupi (Vigna unguiculata L. Walp.) é conhecido nas regiões Norte e Nordeste do Brasil como feijão-de-corda, feijão-verde, feijão macassar ou feijão-de-praia. É uma planta muito importante na alimentação humana por ser fonte natural de proteínas, calorias, vitaminas e minerais. Dentre as doenças que mais causam perdas para a cultura destacam-se as viroses, e dentre elas o mosaico severo (Cowpea severe mosaic virus- CPSMV) que pode levar a perdas de até 100% da produção nas áreas afetadas, e a virose causada pelo Cowpea aphid-borne mosaic virus (CABMV), que tem importância devido à sua ampla ocorrência. O presente trabalho teve como objetivo a obtenção de plantas de feijão-caupi geneticamente modificadas (GM) resistentes ao CPSMV e ao CABMV, por meio da estratégia RNA interferente. Nesse trabalho foram obtidas 15 linhagens GM, sendo testadas 14 delas para avaliar a resistência aos vírus. Algumas linhagens apresentaram alta resistência para as condições de inoculação severa sem alteração na produção de vagens e sementes viáveis, enquanto que para as plantas controle a inoculação severa resultou na morte de todas as plantas. As linhagens GM também apresentaram tolerância ao herbicida imazapyr na concentração de 200 g.ha-1, o que foi considerado um resultado promissor, tendo em vista que a cultura do feijão-caupi atualmente encontra-se em expansão no cenário agrícola nacional. Nos testes de Southern blot, northern blot e dot blot foi confirmada a integração dos transgenes no genoma das linhagens, assim como a presença dos pequenos RNA interferentes, o que tem relação direta com a alta tolerância apresentada para os vírus. A análise da progênie realizada pelo teste qui-quadrado não demonstrou padrão de segregação Mendeliana na geração F1. Isso pode ser explicado devido à ocorrência de quimerismos nos transformantes primários (F0). Os resultados obtidos sugerem a possibilidade de utilização das melhores linhagens GM em experimentos em nível de campo visando selecionar genotipos promissores que possam fazer parte de programas de melhoramento da cultura. _______________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Cowpea (Vigna unguiculata L. Walp.), known as feijão-de-corda, feijão-verde, or feijão macassar and feijão-de-praia in the North and Northeastern regions of Brazil, is an important crop for human nutrition. Besides serving as a natural source of protein and energy, it is rich in vitamins and minerals. Although it is a widespread crop which can be grown in areas of extreme climatic and environmental conditions, it is confronted with certain problems like pests and diseases among others. Among diseases that devastate the crop are those caused by Cowpea severe mosaic virus (CPSMV) and Cowpea aphid-borne mosaic virus (CABMV), which together may cause 100% losses in production. This work sought to develop a strategy using RNA interference to generate genetically modified (GM) cowpea plants which are resistant to CSMV and CABMV. Fifteen (15) GM lines were obtained, of which 14 were tested for resistance against the viruses. While some of the lines showed high degree of resistance without any alteration in seed pod development and seed germination, control plants died soon after inoculation with the viruses. The GM lines were also tolerant to the herbicide imazapyr at a concentration of up to 200 g/ha, showing potential in the production system of cowpea given the continuous nationwide expansion of the crop. Southern blot analysis confirmed the integration of the transgenes inserted in the genome of the lines. We also detected small interfering RNAs (siRNAs) responsible for gene silencing of the viruses and thus conferring resistance to the plant. Progeny analysis using chi-square test did not show Mendelian segregation in F1 generation. This may be attributable to the possible existence of chimeras in the primary transformants (F0). These results may be applied in field experiments using superior lines developed here for breeding programs involving the crop.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, 2007. / Submitted by Diogo Trindade Fóis (diogo_fois@hotmail.com) on 2009-12-08T10:15:20Z No. of bitstreams: 1 2007_CarlaAzevedodosSantosViana.pdf: 2238479 bytes, checksum: 931d45ef6b404b6e81a45f7cd985e450 (MD5) / Approved for entry into archive by Joanita Pereira(joanita) on 2009-12-08T15:41:29Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2007_CarlaAzevedodosSantosViana.pdf: 2238479 bytes, checksum: 931d45ef6b404b6e81a45f7cd985e450 (MD5) / Made available in DSpace on 2009-12-08T15:41:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2007_CarlaAzevedodosSantosViana.pdf: 2238479 bytes, checksum: 931d45ef6b404b6e81a45f7cd985e450 (MD5) Previous issue date: 2007 / A virose do endurecimento do fruto (Cowpea aphid-borne mosaic virus) e a bacteriose, causada por Xanthomonas axonopodis pv. passiflorae são consideradas algumas das principais doenças que atingem a cultura do maracujá-azedo (Passiflora edulis f. flavicarpa Deg.). O objetivo desse trabalho foi avaliar e selecionar materiais genéticos com resistência a essas doenças. O trabalho consistiu de quatro experimentos conduzidos em casa-de-vegetação na Estação Biológica da Universidade de Brasília (UnB), sendo dois para avaliar a resistência à virose, com o emprego de apenas um método de inoculação e dois para avaliar a resistência à bacteriose, com o emprego de dois métodos de inoculação distintos. Nos quatro ensaios, foi utilizado o delineamento de blocos casualizados, com 4 repetições e 12 plantas por parcela, em esquema de parcela subdividida. No primeiro ensaio para resistência à virose, foram avaliados 36 genótipos em seis épocas. No segundo ensaio, foram avaliados 18 genótipos em dez épocas. No primeiro ensaio para resistência à bacteriose, foram avaliados 18 genótipos em quatro épocas, com o emprego do método de inoculação da agulha. No segundo ensaio, foram avaliados 42 genótipos em três épocas, com o emprego do método de inoculação da tesoura. Foi avaliada a severidade utilizando-se escalas de notas, com variação de 1 a 4, para a virose e de 0 a 4 para a bacteriose. Foram verificadas variabilidade genética intra e intervarietal para a resistência ao vírus e à bactéria. Diante disso, foram selecionadas plantas resistentes entre e dentro das variedades. No primeiro experimento para avaliar a resistência à bacteriose, quatro genótipos foram selecionados por apresentarem, ao final das três avaliações, mais de 30% de plantas medianamente resistentes, sendo eles: Maracujá Moranga, RC-0-3, Vermelhinho e PES-7. No segundo experimento, três genótipos foram selecionados por apresentarem, ao final das quatro avaliações, mais de 20% de plantas medianamente resistentes, sendo eles: MAR20#12, RC-0-3 e MAR20#39. No primeiro experimento para avaliar a resistência à virose, seis genótipos foram selecionados, visto que apresentaram, ao final das seis avaliações, mais de 80% de plantas medianamente resistentes, sendo eles: MAR20#25, MAR20#06, Amarelo Arredondado, MAR20#07, Maguary FB-100 e MAR20#34. No segundo experimento, cinco genótipos foram selecionados, visto que apresentaram, ao final das dez avaliações, mais de 50% de plantas medianamente resistentes, sendo eles: MAR20#12, MSCA, Vermelhinho, Yellow Master FB-200 e Maracujá Moranga. Entre os dois métodos de inoculação da bactéria empregados, observou-se que o método da agulha foi o mais adequado, por ser menos drástico. Visto que todo o programa de melhoramento genético visa obtenção de genótipos com resistência múltipla a fitopatógenos, observou-se na presente pesquisa que apenas o genótipo MSCA foi considerado resistente tanto à virose quanto à bacteriose. ________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The virose of the hardening of the fruit (Cowpea aphid-borne mosaic virus) and bacteriose, caused by Xanthomonas axonopodis pv. passiflorae is considered some of the main illnesses that reach the culture of the passionfruit one (Passiflora edulis f. flavicarpa Deg.). The objective of this work was to evaluate and to select material genetic resistant to these illnesses. The work consisted of four experiments lead in a greenhouse at the Biological Station of the University of Brasilia, being two to evaluate the resistance to virose and two to evaluate the resistance to bacteriose. In the four assays, in a randomized block experiment was used, with 4 repetitions and 12 plants for parcel, in project of subdivided parcel. In the first assay to evaluate the resistance to virose, 36 genotypes had been evaluated, at six times of evaluation. In as the assay, 18 genotypes had been evaluated, at ten times of evaluation. In the first assay for the evaluation of bacteriose, 18 genotypes had been evaluated, at four times of evaluation. In as the assay, 42 genotypes had been evaluated, at three times of evaluation. For the evaluation of the severity analysis note scales had been used, with variation of 1 the 4, in the case of virose and of 0 the 4, in the case of bacteriose. In reason of the existence of genetic variability intra and intervarietal in terms of resistance to the virus and the bacterium, searched to select resistant plants in each genotype, that is, election enters inside and of the genotypes. The genotypes had presented variability with regard to the resistance, being that in the first experiment to evaluate the resistance to bacteriose, four genotypes had been selected by presenting, to the end of the three evaluations, more than 30% of medium resistant plants, being they: Maracujá Moranga, RC-0-3, Vermelhinho and PES-7. In as the experiment, three genotypes had been selected by presenting, to the end of the four evaluations, more than 20% of medium resistant plants, being they: MAR20#12, RC-0-3 and MAR20#39. In the first experiment to evaluate the resistance to virose, six genotypes had been selected by presenting, to the end of the six evaluations, more than 80% of medium resistant plants, being they: MAR20#25, MAR20#06, Amarelo Arredondado, MAR20#07, Maguary FB-100 and MAR20#34. In as the experiment, five genotypes had been selected by presenting, to the end of the ten evaluations, more than 50% of medium resistant plants, being they: MAR20#12, MSCA, Vermelhinho, Yellow Master FB-200 and Maracujá Moranga. It enters the two methods of used inoculation of the bacterium, was observed that the method of the needle was adjusted, for being less drastic. Since all the program of genetic improvement aims at attainment of genotypes with multiple resistance the phytopathogens, it was observed in the present research that only genotype MSCA was considered resistant in such a way to virose how much to bacteriose.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, 2007. / Submitted by Érika Rayanne Carvalho (carvalho.erika@ymail.com) on 2009-12-15T22:36:36Z No. of bitstreams: 1 2007_JansenRodrigoPereiraSantos.pdf: 722246 bytes, checksum: 11231a0698512f78cd12fb4667de6687 (MD5) / Approved for entry into archive by Daniel Ribeiro(daniel@bce.unb.br) on 2009-12-15T23:18:52Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2007_JansenRodrigoPereiraSantos.pdf: 722246 bytes, checksum: 11231a0698512f78cd12fb4667de6687 (MD5) / Made available in DSpace on 2009-12-15T23:18:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2007_JansenRodrigoPereiraSantos.pdf: 722246 bytes, checksum: 11231a0698512f78cd12fb4667de6687 (MD5) Previous issue date: 2007-03-16 / A bananeira é uma ótima hospedeira de vários nematóides importantes, sendo os principais, Radopholus similis e Helicotylenchus multicinctus. Um método eficiente, de baixo custo para o produtor e que tem mostrado grande potencial para o controle de fitonematóides é a resistência genética. Uma etapa importante do melhoramento genético é a avaliação da variabilidade genética da planta hospedeira. Neste trabalho objetivou-se avaliar e caracterizar 26 genótipos de bananeira com relação à resistência ao nematóide cavernícola, Radopholus similis e, caracterizar sete genótipos contrastantes para os fenótipos de resistência e suscetibilidade a R. similis utilizando marcadores moleculares RAPD. As plantas (uma por vaso) foram inoculadas, em de casa de vegetação, com uma suspensão contendo 100 juvenis, machos e fêmeas do nematóide. O delineamento experimental foi inteiramente casualizado com quatro repetições e os genótipos foram avaliados 120 dias após a inoculação. Foram avaliados número de nematóides por grama de raiz, em todo o sistema radicular, no solo e o número total de nematóides. Além destes, o fator de reprodução (FR = população final/população inicial) e seu índice de redução foram calculados para determinação da reação dos genótipos a R. similis. De acordo com essa variável, observou-se que os genótipos Borneo, Grande Naine e 1304-06 se comportaram como suscetíveis e os genótipos 4249-05, 0337-02, 0323-03 e 4279-06, como resistentes a R. similis. Amostras de DNA genômico de cada um destes materiais foram extraídas e amplificadas via PCR utilizando 36 primers decâmeros para a obtenção de marcadores RAPD. Um total de 521 marcadores foram obtidos e convertidos em uma matriz de dados binários, a partir da qual foram estimadas distâncias genéticas entre os genótipos. Análises de agrupamento e dispersão gráfica dos genótipos foram realizadas. Dos 521 marcadores obtidos, 420 (81%) foram polimórficos e 140 (27%) mostraram-se promissores para trabalhos de mapeamento genético da resistência a R. similis, uma vez que estiveram presentes em acessos avaliados como resistentes e ausentes em todos os suscetíveis. As distâncias genéticas entre os genótipos variaram entre 0,106 e 0,455. A maior distância genética (0,455) foi observada entre a cultivar Borneo e o genótipo 4279-06 que se apresentaram como genótipos altamente suscetível e resistente, respectivamente. Os acessos mais contrastantes para a resistência (Borneo e 4249-05) apresentaram uma distância de 0,374 e um total de 114 bandas polimórficas e úteis para o mapeamento genético. Os ¿primers¿ OPE-15, OPH-17 e OPG-09 foram os que apresentaram maior número de bandas promissoras para mapeamento (12, 8 e 8, respectivamente), destacando-se dentre os demais. ________________________________________________________________________________ Abstract / Banana is a suitable host to various important nematodes. Radopholus similis and Helicotylenchus multicinctus are considered the most destructive ones to banana root system. Genetic resistance is a potentially efficient and low cost method of nematode control on bananas. For a breeding program, an important step is the evaluation of genetic variability of the host. This work had as objectives: to evaluate and to characterize 26 banana genotypes in relation to resistance and susceptibility to the burrowing nematode Radopholus similis, and to characterize seven banana contrasting genotypes for the phenotypes of resistance and susceptibility to R. similis with molecular markers of RAPD. Plant materials were obtained from a working collection of bananas maintained by Embrapa Mandioca e Fruticultura Tropical. The plants (one per pot) were inoculated with a nematode suspension containing 100 juveniles, males and females. The experiment followed a completely randomized design with four replicates. The genotypes were evaluated 120 days after inoculation. Nematodes per gram of root, numbers of nematodes per root system, numbers of soil nematodes and total number o nematodes were also evaluated. Moreover, the reproduction factor (FR = final population / initial population) and its reduction index were calculated to determine the reaction of the genotypes to R. similis. According to this variable, the genotypes Borneo, Grand Naine and 1304-06 behaved as susceptible and the genotypes 4249-05, 0337-02, 0323-03 and 4279-06, as resistant to R. similis. Genomic DNA was extracted form each of these genotypes, and tested with 36 decameric primers to obtain RAPD markers. A total of 521 markers were converted into a binary data matrix, from which the genetic distances between genotypes were estimated, and further evaluated by cluster and graphic dispersion analyses. Among 521 resultant markers, 420 (81%) were polymorphic, and 140 (27%) were considered promising markers to be used in studies for genetic mapping of resistance to R. similis in banana genotypes, for they were present on the genotypes evaluated as resistant and absent in all the susceptible ones. The genetic distances between genotypes were in the range of 0.106 to 0.455. The largest genetic distance was observed between cv. Borneo and ‘4279-06’, respectively, a xii highly susceptible and a resistant genotype to R. similis. The highest contrast, as resistance is concerned, occurred between ‘Borneo’ and ‘4249-05’, comprising a genetic distance of 0.374 and a total of 114 polymorphic bands with potential for genetic mapping of the resistance. The primers OPE-15, OPH-17 and OPG-09 were the ones allowing more promising bands for genetic mapping of resistance to the nematode (12.8 and 8, respectively).

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, 2007. / Submitted by mariana castro (nanacastro0107@hotmail.com) on 2009-12-16T16:22:04Z No. of bitstreams: 1 2007_LarissaDirceudeOliveira.PDF: 426773 bytes, checksum: c8ad856fda16f90c882bc4a96b4d9930 (MD5) / Approved for entry into archive by Daniel Ribeiro(daniel@bce.unb.br) on 2009-12-16T21:47:53Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2007_LarissaDirceudeOliveira.PDF: 426773 bytes, checksum: c8ad856fda16f90c882bc4a96b4d9930 (MD5) / Made available in DSpace on 2009-12-16T21:47:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2007_LarissaDirceudeOliveira.PDF: 426773 bytes, checksum: c8ad856fda16f90c882bc4a96b4d9930 (MD5) Previous issue date: 2007-02-17 / O objetivo geral deste trabalho foi avaliar os fatores genéticos e não-genéticos que influenciaram nas características de produção e reprodução. Estimaram-se a herdabilidade direta e materna, variações diretas e de ambiente comum das características: peso ao nascer (PN); peso à desmama corrigido para 205 dias (P205); idade ao primeiro parto (IPP); intervalo entre partos (IEP) e fertilidade real (FR) e também correlações genéticas entre as características de interesse. Foram analisados os dados de um rebanho bovino puro da raça Nelore no município de Padre Bernardo situado no estado de Goiás, o qual de 1400 fêmeas e 1300 machos. Os programas SAS e MTDFREML foram utilizados para análise dos fatores ambientais e genéticos que afetaram as características de interesse. Os efeitos fixos sexo do animal/bezerro, mês de nascimento/parto e ano de nascimento/parto foram significativos (p<0,001) para as características PN, P205 e FR. Já o número do parto da vaca foi significativo (p<0,001) apenas para P205 e FR. Para as características IPP e IEP foram significativos os efeitos do ano de nascimento/parto, sendo que para IEP o número do parto da vaca também foi significativo. As médias para PN, P205, IPP, IEP e FR foram 29,56 Kg, 115,73 Kg, 1340,6 dias, 539,47 dias e 88,41 Kg de bezerro desmamado por ano, respectivamente era composto. A herdabilidade direta e materna para PN e P205 foram 0,28 e 0,73; 0,13 e 0,02, respectivamente. As características IPP, IEP e FR não apresentaram herdabilidade materna, sendo 0,29, 0,10 e 0,16 as herdabilidades diretas respectivamente. Foi encontrado o efeito do ambiente permanente somente nas características PN (0,73) e P205 (0,02). As correlações genéticas PN x P205, IPP x IEP, IEP x FR e FR x P205 foram 0,42, 0,54, 0,33 e 0,64, respectivamente. As regressões de DEPs nos anos mostraram que a seleção para P205 melhorou as outras características como IEP e FR. _______________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The objective of this study was evaluate genetic and non-genetic factors which influence production and reproduction traits in a Nelore herd in Goiás state. Direct and maternal heritabilites and direct and common environmental effects were evaluated for birth weight (PN), weaning weight corrected for 205 days (P205), age at first calving (IPP), calving interval (IEP) and real fertility (FR), as well as genetic correlations between traits of interest. Data came from a Nelore herd in Padre Bernardo, Goiás State which has 1400 females and 1300 males. The SAS and MTDFREML programs were used to analyse the data. The fixed effects of animal/calf and month and year of birth/calving were significant (p<0,001) for PN, P205 and FR. The parturition number was only significant (p<0,001) for P205 and FR. For IPP and IEP year of birth/calving was significant, as was number for parturition for IEP. The means for PN, P205, IPP, IEP and FR were 29.56 Kg, 115.73 Kg, 1340.6 days, 539.47 days and 88.41 Kg calf weaned per year, respectively. The heritability (direct and maternal) for PN and P205 were 0.28 and 0.73; 0.13 and 0.02 respectively. IPP, IEP and FR did not show maternal heritability, with direct heritabilities 0.29, 0.10 and 0.16 respectively. Permanent environment effects were found for PN (0.73) and P205 (0.02). Genetic correlations between PN x P205, IPP x IEP, IEP x FR and FR x P205 were 0.42, 0.54, 0.33 and 0.64, respectively. Regressions of DEPs on year showed that selection for P205 improved the other traits.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, 2009. / Submitted by Larissa Ferreira dos Angelos (ferreirangelos@gmail.com) on 2010-03-05T17:48:19Z No. of bitstreams: 1 2009_AnaClaudiadeMeloValeriano.pdf: 348938 bytes, checksum: 1dacb40fa7251b2be3b866121a3a4eab (MD5) / Approved for entry into archive by Lucila Saraiva(lucilasaraiva1@gmail.com) on 2010-03-09T01:46:45Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2009_AnaClaudiadeMeloValeriano.pdf: 348938 bytes, checksum: 1dacb40fa7251b2be3b866121a3a4eab (MD5) / Made available in DSpace on 2010-03-09T01:46:45Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2009_AnaClaudiadeMeloValeriano.pdf: 348938 bytes, checksum: 1dacb40fa7251b2be3b866121a3a4eab (MD5) Previous issue date: 2009-05-25 / Estudos baseados em genes candidatos buscam identificar polimorfismos e a prospecção de genes candidatos que estão envolvidos no processo de ovulação são ferramentas de importantes quando se pretende incrementar a eficiência reprodutiva de rebanhos e melhorar as respostas das biotécnicas de multiplicação animal. Sendo assim, o objetivo deste estudo foi sequenciar e detectar polimorfismos em parte do “exon” 10 do gene do receptor do hormônio folículo estimulante (FSHR); genotipar doadoras de embriões para um SNP nos genes receptor de estrógeno (ER) e FSHR; analisar se esses genes podem ser usados como marcadores moleculares para a resposta superovulatória em bovinos. _______________________________________________________________________________ ABSTRACT / Candidate gene based studies intend to identify polymorphisms and to prospect candidate genes evolved in ovulation process are important tools to increase the cattle reproduction efficiency and to improve animal biotechnology response. Thus, the aim of this study was to sequence and to detect polymorphisms present in exon 10 from follicle stimulation hormone receptor (FSHR) gene; to genotype estrogen receptor gene (ER1) and FSHR SNPs in embryo donors; and to verify the possibility to use these genes as molecular markers to assess the bovine ovullatory response.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, 2009. / Submitted by Allan Wanick Motta (allan_wanick@hotmail.com) on 2010-04-07T12:50:05Z No. of bitstreams: 1 2009_RafaelBruggerdaBouza.pdf: 1859470 bytes, checksum: f5b4c7a45e9ae092d93c5328f5aad6c2 (MD5) / Approved for entry into archive by Daniel Ribeiro(daniel@bce.unb.br) on 2010-05-05T19:36:06Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2009_RafaelBruggerdaBouza.pdf: 1859470 bytes, checksum: f5b4c7a45e9ae092d93c5328f5aad6c2 (MD5) / Made available in DSpace on 2010-05-05T19:36:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2009_RafaelBruggerdaBouza.pdf: 1859470 bytes, checksum: f5b4c7a45e9ae092d93c5328f5aad6c2 (MD5) Previous issue date: 2009-04 / O objetivo deste trabalho foi avaliar e selecionar materiais genéticos de maracujá-azedo resistentes a antracnose (Colletotrichum gloeosporioides), septoriose (Septoria passiflorae), cladosporiose (Cladosporium herbarum) e bacteriose (Xanthomonas axonopodis pv. passiflorae). Foram quatro experimentos, sendo dois conduzidos em condições de campo e dois em casa de vegetação. Em condições de campo, foi utilizado o delineamento em blocos casualizados com quatro repetições, em arranjo de parcela subdividida em 14 tratamentos e 8 plantas por parcela. Foram avaliadas, em quatro diferentes épocas (dezembro, janeiro, fevereiro e março), as progênies: MAR 20#36, MAR 20#09, MAR 20#03, MAR 20#23, MAR 20#46, GA2, AR 02, AR 01, FB 200, AP1, RC3, PCF-2, EC-RAM e FP 01. Foram escolhidos, ao acaso, 10 frutos por parcela durante a colheita das 14 progênies, levando em conta a incidência e a severidade das doenças. Todas as progênies foram consideradas moderadamente susceptíveis para as doenças analisadas. Não houve diferença significativa entre as progênies para severidade da antracnose. Para septoriose, RC3 apresentou a maior severidade, com 2,94% de lesões nos frutos. Para cladosporiose, as progênies MAR 20#03, RC 3, MAR 20#36 e AR02 diferiram significativamente das demais progênies, onde esses valores variaram de 1,73 a 1,89% na severidade. Na avaliação da severidade para bacteriose, as progênies AR02, A09 e MAR 20#36 diferiram das demais, onde os maiores valores variaram de 1,52 a 1,69%. Em casa de vegetação, utilizou-se o delineamento de blocos casualizados, com quatro repetições e 24 plantas por parcela, em esquema de parcela subdividida, com seis épocas de avaliação na parcela, totalizando 96 tratamentos. Para a inoculação de C. gloeosporioides e X. axonopodis pv. passiflorae foram utilizadas 24 progênies. Para a antracnose, a progênie Gigante Amarelo foi classificada como moderadamente resistente, enquanto as demais progênies foram classificadas com altamente susceptíveis. Todas as progênies foram consideradas moderadamente resistentes à bacteriose em casa de vegetação. _________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The purpose of this study was the analysis and selection of passionfruit progenies which are resistant to anthracnosis (Colletotrichum gloeosporioides), septoriosis (Septoria passiflorae), scab (Cladosporium herbarum) and bacteriosis (Xanthomonas axonopodis pv. passiflorae). Four experiments were done in the field, and two in the greenhouse. Randomized blocks with four repetitions, 14 treatments and eight plants per plot were managed in the field. The progenies MAR 20#36, MAR 20#09, MAR 20#03, MAR 20#23, MAR 20#46, GA2, AR 02, AR 01, FB 200, AP1, RC3, PCF-2, EC-RAM and FP 01 were evaluated in four different periods (December, January, February and March). Ten fruits per plot were randomly chosen during the harvest of the 14 genotypes, and the incidence and the severity of the diseases were considered. All progenies were partially susceptible to the diseases. There was no significant difference of anthracnosis severity among the progenies. RC3 showed the highest severity of septoriosis (2.94%). MAR 20#03, RC 3, MAR 20#36 and AR02 had different severities of scab compared to the other progenies (1.73% to 1.89%). In the bacteriosis analysis, AR02, A09 and MAR 20#36 showed the highest values (1.52% to 1.69%). In the greenhouse, four repetitions of randomized blocks were managed with 24 plants per plot, six periods of evaluation, totalizing 96 treatments. For the inoculum of C. gloeosporioides and X. axonopodis pv. passiflorae, 24 progenies were used. The progeny Gigante Amarelo was partially resistant to anthracnosis while the others were highly susceptible. All progenies were considered partially resistant to bacteriosis in the greenhouse.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, 2006. / Submitted by Jaqueline Ferreira de Souza (jaquefs.braz@gmail.com) on 2010-05-12T14:17:40Z No. of bitstreams: 1 2006_hermes jannuzzi.pdf: 1816078 bytes, checksum: 8cb3011f45c1297beeae1c9c33c942ac (MD5) / Approved for entry into archive by Lucila Saraiva(lucilasaraiva1@gmail.com) on 2010-05-13T02:26:19Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2006_hermes jannuzzi.pdf: 1816078 bytes, checksum: 8cb3011f45c1297beeae1c9c33c942ac (MD5) / Made available in DSpace on 2010-05-13T02:26:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2006_hermes jannuzzi.pdf: 1816078 bytes, checksum: 8cb3011f45c1297beeae1c9c33c942ac (MD5) Previous issue date: 2006-08-04 / Com o objetivo de identificar o perfil aromático de dezesseis acessos de Lippia alba da coleção da Universidade de Brasília e avaliar o potencial de rendimento desses genótipos, foi conduzido um experimento de campo em latossolo vermelho, sob irrigação por gotejamento, na região do cerrado do Distrito Federal. Foram avaliados os seguintes parâmetros: época de florescimento; habito de crescimento; área foliar; comprimento da haste; massa fresca na colheita (folhas e hastes); massa da folha seca em estufa 38 C.48h-1; teor de óleo e perfil aromático do óleo. O óleo foi obtido pelo método de extração Clevenger, seguido de cromatografia gasosa. O delineamento experimental utilizado foi de blocos ao acaso, com três repetições, contendo três plantas úteis por parcela. Foram identificados cinco quimiotipos: limoneno-citral, mirceno-citral, mirceno-neral, citral e linalol. Os genótipos apresentam teores máximos de linalol de 89,80 % (L.16); mirceno de 47,57 % (L.37); limoneno de 35,00 % (L.27), geranial de 31,52 % (L.17); neral de 44,98 % (L.27); e citral de 56,75% (L.17). Os genótipos com maiores áreas foliares e maiores comprimentos de hastes tenderam a apresentar maiores teores de óleo, maior concentração de linalol e menor teor de geranial e neral. A concentração de óleo foi inversamente proporcional a produção de massa foliar. __________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The main objective of this work was to describe the aromatic profile of 16 genotypes of Lippia alba from the germplasm collection of the Universidade de Brasília and to analyze its potential of production. A field assay was installed in the rural area of Distrito Federal. The following parameters were analyzed: flowering period, growing habit, foliar area, length of the main branch, fresh and dry weight of the biomass (leaves and branches), essential oil content oil constituents profile. The essencil oil was extracted Clevenger. Essential oil constituents were analysed by gas chometogrephy and GC/MS. The experimental design was randomized blocks with 3 plants by plot. Five chemical types were reorted: limonene-citral; myrcene-citral, myrcene-neral, citral and linalool. The genotypes presented high levels of Linalool, L.16 (89,80%); Myrcene, L.37 (47,57%); Limonene, L.27 (35%); Geranial, L.17 (31,52%); Neral, L.27 (44,98%) and Citral L.17 (56,75%). The genotypes with higher foliar leaf area and leaf length of the main branch seen to be correlated with the best yield of E. O., the higher level of Linalool and lower levels of Geranial an Neral. The yield of E. O. was inversely proportional to the foliar area.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Biologia Celular, Programa de Pós-Graduação em Biologia Molecular, 2011. / Submitted by Gabriela Ribeiro (gaby_ribeiro87@hotmail.com) on 2011-09-22T14:36:54Z No. of bitstreams: 1 2011_PatriciaBasilioMedeiros.pdf: 1972250 bytes, checksum: 2c6a4f860e50de260168b211ef063a49 (MD5) / Approved for entry into archive by Repositorio Gerência(repositorio@bce.unb.br) on 2011-09-27T12:38:39Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2011_PatriciaBasilioMedeiros.pdf: 1972250 bytes, checksum: 2c6a4f860e50de260168b211ef063a49 (MD5) / Made available in DSpace on 2011-09-27T12:38:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2011_PatriciaBasilioMedeiros.pdf: 1972250 bytes, checksum: 2c6a4f860e50de260168b211ef063a49 (MD5) / O hormônio folículo estimulante (FSH) pertence à família das gonadotrofinas. Esse hormônio glicoprotéico é um heterodímero formado pela associação não-covalente de duas subunidades, α e β. As duas subunidades possuem ligações dissulfeto internas e sítios para N-glicosilação. A formação do dímero, com a estruturação quaternária da proteína, é essencial para ligação ao receptor e para a atividade biológica de FSH. O FSH é responsável por uma série de processos reprodutivos, como estimulação de funções testiculares e ovarianas, regulação da gametogênese e síntese de estrógeno. O FSH possui aplicações na veterinária, sendo utilizado em processos de transferência de embriões, sincronização de ciclo estral e superovulação de vacas. O rebanho bovino brasileiro é o maior rebanho comercial do mundo, sendo que o Brasil é o maior exportador mundial de carne bovina. Uma das estratégias utilizadas para aumentar a produtividade do gado brasileiro é a tecnologia de transferência de embriões, utilizando FSH. O FSH para uso veterinário é purificado a partir de extratos hipofisários de porcos. Esse método apresenta desvantagens como produtividade, purificação e questões sanitárias. A tecnologia do DNA recombinante poderia superar essas limitações. O sistema de expressão em Pichia pastoris é vantajoso devido à sua manipulação genética fácil e rápida e ao baixo custo e fácil escalonamento da produção. O objetivo deste trabalho foi expressar FSH bovino recombinante (bFSH) em Pichia pastoris. Três construções gênicas foram arquitetadas: 1) fusão βα(bFSH-fus); 2) fusão βα separada por um peptídeo conector (bFSH-L); fusão βα separada pelo peptídeo CTP de gonadotrofina coriônica equína (bFSH-CTP). Os genes foram clonados no vetor de expressão pPIC9 e utilizados para transformação de Pichia pastoris, linhagem GS115. Clones positivos foram selecionados e utilizados para a indução da expressão em frasco. A expressão das proteínas de fusão em frasco foi eficiente, mas o nível de produção foi baixo. A expressão das proteínas em fermentador está sendo otimizada juntamente com a indústria Ouro Fino. _________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Follicle-stimulating hormone (FSH) belongs to the family of gonadotropins. This glycoprotein hormone is a heterodimer of non-covalently associated α and β subunits. There are five intra-chain disulfide bridges in the α-subunit and six in the β, each containing two N-linked oligosaccharides. The association of the two subunits and the structural conformation of the whole molecule are essential for receptor binding and biological activity. FSH is responsible for several reproductive processes such as stimulation of testicular and ovarian functions, regulation of gametogenesis and steroid hormone synthesis. In veterinary medicine, FSH has been used for genetic improvement of cattle, in processes such as embryo transfer, superovulation and estrous cycle synchronization. The Brazilian livestock is very expressive making this country a great meat exporter. One of the strategies used to increase the productivity of Brazilian cattle is the embryo transfer technology. FSH for veterinary use is purified from pig pituitary extracts. This method presents obstacles associated with productivity, purification, and sanitary issues. Recombinant DNA technology can overcome these difficulties by heterologous expression in microbial hosts. The yeast Pichia pastoris expression system shows many advantages as easy genetic manipulation, simple and cheap growth media, and easy scale-up. This work aimed at the production of recombinant bovine FSH (bFSH) in Pichia pastoris. Three constructs were made: 1) direct βα fusion (bFSH-fus); 2) βα fusion separated by a synthetic linker (bFSH-L); 3) βα fusion separated by the CTP sequence from equine chorionic gonadotropin (bFSH-CTP). The fusion genes were cloned into pPIC9 expression vector and used for Pichia pastoris (GS115 strain) transformation. Expression of the heterologous proteins was efficiently done in shake-flask cultures, but the protein levels were low. Expression in fermenter cultures has been done together with Ouro Fino industry for the achievement of higher protein expression levels.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, 2011. / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2011-10-07T14:47:24Z No. of bitstreams: 1 2011_DeniseFerreiraCaldeira.pdf: 838817 bytes, checksum: 8324f7a9f376b731e330a1af342b8f6e (MD5) / Approved for entry into archive by Camila Mendes(camila@bce.unb.br) on 2011-10-16T17:25:21Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2011_DeniseFerreiraCaldeira.pdf: 838817 bytes, checksum: 8324f7a9f376b731e330a1af342b8f6e (MD5) / Made available in DSpace on 2011-10-16T17:25:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2011_DeniseFerreiraCaldeira.pdf: 838817 bytes, checksum: 8324f7a9f376b731e330a1af342b8f6e (MD5) / A utilização de nanopartículas magnéticas no sêmen permite o incremento de técnicas de reprodução assistida para a realização transgênese e seleção espermática. Para tanto, é importante conhecer o comportamento da celular espermática em contato com as nanopartículas magnéticas para que possam ser utilizadas em larga escala nas diferentes biotécnicas da reprodução. A resposta espermática após contato com fluído magnético contendo nanopartículas de maghemita recoberta com DMSA foi avaliada com o intuito de determinar a toxicidade do nanomaterial. Sêmen bovino descongelado, após passagem pelo gradiente de Percoll, foi incubado a 37,5 ºC em meio SP-TALP+ (BSA 1,5%)adicionado de fluido magnético (FM) com concentrações finais de 0,06, 0,03 e 0,015 mg de Fe/mL. O grupo controle, sem adição de FM, foi incubado apenas com meio SP-TALP+. Durante a incubação avaliou-se a cinética espermática através do sistema CASA a cada 15 minutos durante duas horas, bem como na terceira e quarta horas de incubação. No início da incubação (zero hora), na segunda e na quarta horas também foram avaliadas a integridade da membrana plasmática e a reação acrossomal por meio da associação de corantes fluorescentes (iodeto de propídio e FITC-PNA). Ao final do período de incubação, o sêmen remanescente de cada tratamento foi fixado para análise em microscópio eletrônico de transmissão (MET). Observou-se que para os parâmetros do CASA, integridade da membrana e reação acrossomal não houve influencia da nanopartícula na resposta do sêmen ao longo do período de incubação, independente da concentração utilizada. Na análise da MET não foram observados danos ultraestruturaisàs células espermáticas após contato com o FM. Também não foi observado internalização das nanopartículas em nenhum grupo tratado com FM. Desta forma, o FM contendo nanopartículas de maghemita recobertas com DMSA pode ser utilizado em contato direto com o sêmen para o incremento das técnicas de reprodução assistida, uma vez que não há alteração na função e estrutura espermática nas condições testadas. ______________________________________________________________________________ ABSTRACT / The use of magnetic nanoparticles in semen allows the improvement of assisted reproduction techniques to achieve transgenesis and sperm selection. Therefore, it is important to know the sperm cell behavior after exposure to magnetic nanoparticles, to achieve their use in different biotechnologies of reproduction in large scale. The sperm response after exposure to magnetic fluid containing maghemite nanoparticles coated with DMSA was evaluated in order to determine the toxicity of the nanomaterial. After passage through the Percoll gradient, frozenthawed bull semen was incubated at 37.5 °C in SP-TALP+ medium (1.5% BSA) added to the magnetic fluid (MF) with final concentrations of 0.06, 0.03 and 0.015 mg Fe/mL. The control group, without MF, was just incubated with SP-TALP+ medium. During incubation the sperm kinetic pattern was assessed using CASA system, the assessments were performed every 15 minutes during two hours, as well as in the third and fourth hours of incubation. At the beginning of the incubation (hour zero), as well as in the second and fourth hours the sperm plasma membrane integrity and acrosome reaction were evaluated through the combination of fluorescent dyes (propidium iodide and FITC-PNA).In the ETM analysis, sperm cells ultrastructural damage were not observed after exposure to the MF. The uptake of nanoparticles by the spermatozoa was also not observed in any group treated with MF. Thus, the MF containing maghemite nanoparticles coated with DMSA can be used in semen in order to improve the assisted reproduction techniques, since there is no change in sperm function and structure under the conditions tested.