Informações sobre o uso do espaço são importantes para o entendimento de processos ecológicos que envolvem uma espécie e a determinação de seu estado de conservação. Tais informações são escassas para o gênero Mazama, o mais diverso entre os cervídeos neotropicais, sendo que desenvolver metodologias para obtenção de dados ecológicos do gênero torna-se fundamental para qualquer ação de manejo envolvendo o grupo. O estudo do DNA fecal surge como uma ferramenta importante para viabilizar a coleta sistemática de informações sobre o gênero. Assim, o presente trabalho visou a estimar a área de vida e a seleção de hábitat do veado-catingueiro, comparando duas metodologias, com intuito de avaliar a aplicação do DNA fecal como alternativa para se estudar a espécie. O trabalho contou com 6 animais que tiveram suas localizações obtidas a cada 13 horas por colares GPS, no período de um ano. Nesse mesmo período e na mesma área, foram coletadas mensalmente amostras fecais, gerando um total de 830 amostras, cujo DNA foi extraído para identificação genética. A espécie das amostras foi determinada com o uso de um marcador mitocondrial (cit-b), e a identificação individual, com um painel de 11 microssatélites. Os valores de área de vida pelo método do MPC 95% variaram de 33 ha a 97 ha, e pelo método Kernel com 95% das localizações, variaram de 17 ha a 77 ha. Observou-se que as áreas de vida são alocadas nos diferentes habitats da região conforme o disponível (p = 0,072), porém são utilizadas internamente de forma selecionada (p=0,001). Neste nível, a espécie apresentou preferência pelos hábitats de cerrado e campo cerrado e evitou o campo (p < 0,005). Foram identificadas 670 amostras de veado-catingueiro e 15 genótipos únicos. A análise espacial das fezes também sugeriu uso desproporcional dos hábitats em relação à sua disponibilidade, sendo que a comparação direta entre os dois métodos revelou iguais distribuições no nível de espécie (p=0,178). As amostras individualizadas sugeriram um padrão de alta sobreposição de área de uso por diferentes indivíduos, mas avanços são necessários para melhor elucidar a questão. Perante os resultados observados, entende-se que há muito em se avançar na análise molecular das fezes que, realizada em larga escala, pode fornecer respostas importantes anteriormente inviáveis para espécies florestais. / Space use information is a key element to understand the ecological processes regarding a species and its conservation status. Such information is scarce for the genus Mazama, the most diverse group among Neotropical deer. The development of methods to obtain ecological data is fundamental to management actions concerning the group. The study of fecal DNA emerges as an important tool to enable systematic information collection about Mazama genus. Therefore, the present study aimed to estimate the home range and habitat selection of brown brocket deer comparing two methodologies in order to assess the application of fecal DNA as an alternative to study this species. Six animals were monitored with GPS collars and their location data was collected every 13 hours within one year time. Fecal samples were collected monthly in the same period and in the same area, generating a total of 830 samples whose DNA was extracted for genetic identification. The species identification was determined by a mitochondrial marker (cit-b) and individuals were identified applying a panel of 11 microsatellites. Home range was 33-97 h by MPC 95% and 17-77 h by Kernel 95%. Home rages are allocated in different habitats as available in the region (p = 0.072), but its use is internally selected (p = 0.001). At this level, the species showed preference for \"cerrado\" and \"campo cerrado\" habitats and avoidance to open field areas (p < 0.005). Genetics analysis identified 670 brown brocket deer samples and 15 unique genotypes. Feces spatial analysis suggested disproportionate use of habitats in relation to their availability in the field and the direct comparison between the two methods revealed equal distributions at the species level (p = 0.178). The genotyped samples suggested an overlapping home range pattern for different individuals, but advances are needed to further elucidate the issue. There is need for improvements in feces molecular analysis and, if held on large scale, it can provide important and previously unviable answers for forest species.

As técnicas de marcadores moleculares têm sido aplicadas em estudos populacionais das espécies bovinas, verificação de genealogia e teste de paternidade. Dentre os marcadores moleculares, os microssatélites (MS) são amplamente utilizados, porém, alguns problemas técnicos têm motivado o desenvolvimento de alternativas, como os marcadores do tipo polimorfismo de nucleotídeos único (SNP). Assim, surgiu a necessidade de identificar haplótipos SNP que estão em concordância com cada alelo MS e então os genótipos MS poderiam ser convertidos em genótipos SNP e vice-versa, por meio da imputação do genótipo. O objetivo deste trabalho foi aplicar um método para imputar alelos MS a partir de haplótipos SNP, para verificação de paternidade, utilizando animais da raça Nelore e também identificar um menor conjunto de SNP, com qualidade suficiente para otimizar e diminuir o custo da genotipagem. Foram realizadas genotipagens em SNP e MS para 99 trios de animais da raça Nelore provenientes da EMBRAPA Pecuária Sudeste e foi verificada a existência de alelos nulos pelo programa MICRO-CHECKER. Foram selecionados SNP que estivessem próximos de cada marcador MS e o programa BEAGLE foi usado para identificar a fase de ligação dos genótipos. Posteriormente, foi realizada a técnica de imputação dos MS a partir de haplótipos SNP e foi verificada a paternidade pelo programa CERVUS. A precisão da imputação dos alelos MS foi verificada através do cálculo da concordância entre os alelos MS imputados e relatados. O marcador SPS115 foi removido da análise por evidências de alelos nulos, devido ao excesso de homozigotos observados. O marcador mais informativo foi o TGLA122, cujo conteúdo de informação polimórfica (PIC) foi 0,8. Foram encontrados desvios do equilíbrio de HW (P<0,05) para os locos ETH225 e TGLA57. Um maior conjunto de SNP foi necessário para imputação de alelos MS para o marcador BM1824. As taxas de verificação de parentesco foram de 97,1% para os alelos MS genotipados e 96,3% para os MS imputados. Somente 4% dos 99 filhos não tiveram a paternidade atribuída, quando a simulação foi feita apenas para o pai conhecido e 1% quando pai e mãe eram conhecidos. Esta técnica obteve precisão maior que 96% para a imputação de dados MS e permitiu imputar dados genotípicos multialélicos a partir de bi-alélicos. Os resultados terão um impacto imediato para os pesquisadores e associações de criadores que visam a transição do MS para SNP baseada em verificação de parentesco. / Molecular markers techniques have been applied in bovine population studies, genealogy verification and paternity test. Among the molecular markers, microsatellites (MS) are widely used, however, some technical problems have motivated alternatives development, as markers type single nucleotide polymorphism (SNP). Thus, the need to identify SNP haplotypes which are in agreement with each MS allele and then MS genotypes could be converted into SNP genotypes and vice versa, through genotype imputation. The objective of this study was to apply a method to impute MS alleles from SNP haplotypes to verify paternity, using Nellore and also identify a smaller set of SNP, with enough quality to optimize and reduce genotype cost. SNP genotyping was performed at and for 99 MS trios Nellore from EMBRAPA Cattle Southeast and was checked for null alleles by MICROCHECKER. SNP were selected that were near each MS marker and the program BEAGLE was used to identify genotypes phase. Subsequently, were applied the MS imputation technique from SNP haplotype and paternity was verified by CERVUS. The accuracy of MS alleles imputation was verified by calculating the correlation between MS alleles imputed and reported. The SPS115 marker was removed from the analysis for null alleles evidence due to homozygote excess observed. The most informative marker was TGLA122 with 0.8 PIC. Deviations from equilibrium HW (P<0.05) were found for the loci ETH225 and TGLA57. A larger set of SNP was necessary to impute MS alleles for the marker BM1824. The verification rates of paternity were 97.1% for genotyped MS alleles and 96.3% for MS imputed. Using imputed MS alleles and when only the sire was considered only 4% of the 99 offspring were not assigned paternity and 1% when both parents were known. The technique achieved greater than 96% accuracy for MS imputation data. This research allow to impute multi-allelic genotypes from bi-allelic data. Our results will have an immediate impact for researchers and livestock associations aiming the transition from MS- to SNP-based parentage verification.

O objetivo do presente projeto foi caracterizar a diversidade genética de 63 acessos de urucum (Bixa orellana), mantidos no Banco de Germoplasma do Instituto Agronômico (IAC), a partir da utilização de marcadores microssatélites. Para tanto foram desenvolvidos locos microssatélites para a espécie por meio de uma biblioteca genômica enriquecida. A partir da biblioteca genômica desenvolvida foram obtidas e sequenciadas um total de 84 colônias. Deste total, foram encontrados microssatélites em 57 colônias, o que representa 67,9% de enriquecimento. Foram identificados 70 microssatélites, sendo que destes, foram desenhados e selecionados um total de 31 iniciadores. Dentre estes, 25 iniciadores apresentaram produtos de amplificação, sendo 15 (60%) monomórficos para o grupo de indivíduos estudados. A caracterização dos acessos presentes no germoplasma de urucum, com os 10 iniciadores polimórficos permitiu identificar 38 alelos polimórficos, variando de 2 a 6 alelos por loco, obtendo-se uma média de 3,8 alelos por loco. Os valores de heterozigosidade esperada (He) variaram de 0,464 a 0,765, com média de 0,572. Por outro lado, a heterosigozidade observada (Ho) variou de 0 a 0,744, com média de 0,362. A partir dos índices de fixação de Wright foi possível inferir a taxa aparente de cruzamento, que neste caso foi de 0,39. Os valores de PIC observados neste estudo variaram de 0,359 a 0,725, com média de 0,497. Os marcadores BorB4, BorG3, BorC12, BorG4, BorA2 e BorF5_2 demonstraram ser moderadamente informativos enquanto os iniciadores BorB10, BorB12, BorF1 e BorE7 foram considerados marcadores altamente informativos. A análise de agrupamento para os genótipos avaliados apresentou estruturação em dois grandes grupos, um com acessos da região Norte e outro com os acessos da região Sudeste. Os valores das distâncias de Rogers modificada estimados a partir dos marcadores SSR, variaram de 0 a 0,968, podendo ser identificadas apenas duas duplicatas. O coeficiente de correlação de Pearson (r) entre as distancias genéticas e geográficas obtido com o teste de Mantel foi baixo (r = 0,367), embora significativo (P<0,01). A partir da análise bayesiana realizada pelo software Structure, o conjunto de acessos foi dividido em dois grupos, que coincidiram com os grupos obtidos na análise de agrupamento, demonstrando a consistência dos dados obtidos. Foi possível identificar que o grupo de acessos do Grupo 2 (região Norte) apresenta índices de diversidade superiores ao Grupo 1 (região Sudeste). Os valores médios obtidos de FST (0,183) e GST\' (0,194) indicam a existência de estruturação na amostra total e corrobora os resultados obtidos pela análise de agrupamento, e também com os dados obtidos pela análise de estruturação com o software Structure. Os valores médios de FIT (0,483) e HT\' (0.632) demonstraram a elevada diversidade genética no conjunto de acessos estudado. O fato de que os valores de FIS e GIS sejam maiores do que os valores de FST e GST para praticamente todos os locos, indicam a existência de maior diversidade dentro de cada grupo de acessos do que entre os grupos. A manutenção do banco ativo de germoplasma de urucum possibilita a preservação do patrimônio genético e pode fornecer matéria prima para as atividades de melhoramento e fomento da cadeia produtiva da cultura. / The aim of this project was to characterize the genetic diversity of 63 accessions of annatto (Bixa orellana), maintained at the Germplasm Bank of the Agronomic Institute (IAC), using microsatellite markers. For that purpose, microsatellite loci have been developed for this species through an enriched DNA genomic library. From the genomic library developed a total of 84 colonies were obtained and sequenced. Microsatellites were found in 57 colonies, representing 67.9% of enrichment. Seventy microsatellites were identified and, from those, a total of 31 primers were selected. Among these, 25 primers showed amplification products and 15 (60%) were monomorphic for the group of accessions studied. The germplasm accessions characterization with the 10 polymorphic primers showed 38 polymorphic alleles, ranging from 2 to 6 alleles per locus, yielding an average of 3.8 alleles per locus. Values of expected heterozygosity (He) ranged from 0.464 to 0.765, averaging 0.572. Moreover, the observed heterozygosity (Ho) ranged from 0 to 0.744, averaging 0.362. From the Wright\'s fixation index, it was possible to infer the apparent outcrossing rate, which in this case was 0.39. The PIC values observed in this study ranged from 0.359 to 0.725, averaging 0.497. The markers BorB4, BorG3, BorC12, BorG4, and BorA2 BorF5_2 were shown to be moderately informative, and the primers BorB10, BorB12, BorF1 BorE7 were considered highly informative markers. The cluster analysis for the genotypes showed structuring into two major groups, one with the accessions from the North and another with the accessions from the Southeast. The values of the modified Rogers distances estimated from the SSR markers ranged from 0 to 0.968, and only two duplicates were identified. The Pearson correlation coefficient (r) between genetic and geographic distances obtained with the Mantel test was low (r = 0.367), although significant (P <0.01). From the Bayesian analysis performed by the software Structure, the accessions were divided into two groups, which coincided with the groups obtained from the cluster analysis, demonstrating the consistency of the results obtained. It was possible to identify that the accessions in Group 2 (Northern region) present diversity indexes higher than Group 1 (Southeast). The average values of FST (0.183) and GST\' (0.194) indicate the existence of genetic structure in the total sample and confirms the results obtained in the cluster analysis, and also with the data obtained in the structure analysis using the software Structure. The average values of FIT (0.483) and HT\' (0.632) demonstrated the high genetic diversity among the accessions studied. The fact that the FIS and GIS values are higher than the values of FST and GST for almost all loci indicates that diversity is higher within each group than between groups of accessions. Maintaining the annatto germplasm bank enables the preservation of genetic resources and can provide material for breeding activities and improvements in the crop production chain.

Made available in DSpace on 2016-08-10T10:38:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 FERNANDA FRAGA ROSA.pdf: 781807 bytes, checksum: c1ba382ad100630630a5f0f78ae880f8 (MD5) Previous issue date: 2011-08-12 / Tabebuia aurea is a tree widely distributed in the Cerrado and that is subject to the deleterious effects of fragmentation of this biome. In this work, were studied 237 samples from 12 populations of Tabebuia aurea based on the variation of 11 microsatellite loci, in order to analyze the genetic diversity and structure and test the causes of differentiation of populations. Tabebuia aurea has high genetic diversity in all populations with 379 alleles found an average of 34.4 alleles per locus, the population had an overall average of 11.89 alleles revealing a high information content associated with microsatellite markers. The average values of expected heterozygosity (He) and observed (Ho) found for the loci were 0.894 and 0.692 respectively. The inbreeding coefficient within populations ranged from 0.075 to 0.337 at the EGM in PAN, all figures are significant, P <0.00038 with a confidence interval of 95%, indicating that the allele frequencies are not following the expected proportions for balance Hardy- Weinberg equilibrium, namely, what is occurring mating between related individuals. The population of the Ecological Station of Águas Emendadas (AGE), in permanent preservation area, showed the greatest genetic diversity. The other populations in areas of permanent preservation, Emas National Park (ENP) and the APA Rio Pandeiros (PAN), did not show greater genetic diversity than other areas in the agricultural matrix fragments. However, the inbreeding coefficient was higher in areas most affected by human disturbances when compared to the conservation area. The differentiation between populations is low, but significant (&#952; = 0.061, P = 0.0005), (F = 0.264, P = 0.0005) (f = 0.216, P = 0.0005). &#920; values were lower than those of values RST, indicating that the alleles are more likely to be identical by descent by state. The pattern of genetic isolation by distance was tested by correlating the genetic distance matrix with the matrix of geographical distance and was inefficient for the discrepancy found between populations. The non-random mating tooth and between populations, the distribution pattern of T. aurea in groups and pollination at short distance, probably are the factors responsible for genetic structure in T. aurea. / Tabebuia aurea é uma espécie arbórea de ampla distribuição no Cerrado que está sujeita aos efeitos deletérios da fragmentação deste bioma. Neste trabalho, foram estudadas 237 amostras de 12 populações de Tabebuia aurea com base na variação de 11 locos microssatélites, com o objetivo de analisar a diversidade e estrutura genética e testar as causas da diferenciação das populações. Tabebuia aurea possui alta diversidade genética em todas as populações com 379 alelos encontrados, uma média de 34,4 alelos por loco, as populações apresentaram uma média geral de 11,89 alelos revelando um elevado conteúdo informativo associado aos marcadores microssatélites. Os valores médios de heterozigosidade esperada (He) e observada (Ho) encontrados para os locos foram de 0,894 e 0,692 respectivamente. O coeficiente de endogamia dentro das populações variou de 0,075 em AGE a 0,337 em PAN, todos os valores são significativos, P < 0,00038 com intervalo de confiança de 95%, indicando que as frequências alélicas não estão seguindo as proporções esperadas para o equilíbrio de Hardy-Weinberg, ou seja, que está ocorrendo o acasalamento entre indivíduos aparentados. A população da Estação Ecológica de Águas Emendadas (AGE), em área de preservação permanente, apresentou a maior diversidade genética. As outras populações em áreas de preservação permanente, Parque Nacional das Emas (PNE) e APA do Rio Pandeiros (PAN), não apresentaram maior diversidade genética que as demais áreas em fragmentos de matriz agrícola. Entretanto, o coeficiente de endogamia foi maior nas áreas mais afetadas por distúrbios antrópicos quando comparado à área de conservação. A diferenciação entre populações é baixa, porém significativa ( q = 0,061; P = 0,0005), (F = 0,264, P = 0,0005) (f = 0,216; P = 0,0005). Os valores de q foram inferiores aos valore de RST, indicando que os alelos são mais propensos a serem idênticos por estado que por descendência. O modelo de isolamento genético por distância foi testado, correlacionando a matriz de distância genética com a matriz de distância geográfica e se mostrou ineficiente para a divergência encontrada entre as populações. Os acasalamentos não aleatórios dentro e entre as populações, o padrão de distribuição de T. aurea em grupos e a polinização a curta distância, provavelmente são os fatores responsáveis pela estrutura genética em T. aurea.

Submitted by (edna.saturno@ufrpe.br) on 2017-02-16T14:30:22Z No. of bitstreams: 1 Marilia Espindola de Souza.pdf: 397654 bytes, checksum: b4105af9769e13d8c7922e93537b6014 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-16T14:30:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Marilia Espindola de Souza.pdf: 397654 bytes, checksum: b4105af9769e13d8c7922e93537b6014 (MD5) Previous issue date: 2007-06-04 / Tilapia native to Africa, are cultured worldwide. In the past 50 years, populations of Tilapia rendalli have been introduced in Brazil, afterwards Oreochromis niloticus and O. hornorum populations, originated from Ivory Coast, were also imported. In the last ten years, an O. niloticus strain named “Chitralada”, developed in Thailand, completely spread all over the country. One of the populations of O. niloticus named Nilotica that remained from the first imports is being cultured at the Aquaculture Station of Paulo Afonso, representing an unique genetic model. The objective of this study was to investigate the genetic variability and differentiation of two tilapia populations of O. niloticus and O. niloticus “Chitralada” reared in Paulo Afonso Station in order to verify the genetic potentiality of using niloticus population in the construction of a highly inbred strain for further QTL approach or in exploring hybrid vigor. Forty four individuals of each population were genotyped for three microsatellite markers and a total of 22 alleles were found. The mean heterozygosity detected was 0,471 for “Chitralada” population and 0 for the O. niloticus population. The coefficient of genetic differentiation (FST) was 0,627 and the mean inbreeding coefficient(FIS) was 0,309 for Chitralada population and was 1 for O. niloticus population. The absence of heterozygosity in the population of O. niloticus suggests that this population can be used in the development of a highly homozygous strain as well as in obtaining heterosis in crosses with “Chitralada” population. / As tilápias, originárias do continente africano, são cultivadas em todo o mundo. As populações cultivadas no Brasil são derivadas de importações da Tilapia rendalli ,realizadas nos últimos 50 anos, posteriormente da Oreochromis niloticus e da O.hornorum, vinda da Costa do Marfim. Nos últimos 10 anos, a linhagem da O. niloticus chamada de “chitralada”, oriunda da Tailândia, disseminou-se amplamente no país. Uma das raras populações de O. niloticus, remanescente das primeiras importações, é ainda cultivada na Estação de Piscicultura de Paulo Afonso – EPPA, representando um modelo único de isolamento genético. O presente trabalho objetivou avaliar a variabilidade e diferenciação genética de duas populações de tilápia, Oreochromis niloticus e Oreochromis niloticus “chitralada”, ambas cultivadas na Estação de Piscicultura de Paulo Afonso – EPPA, a fim de verificar a potencialidade genética para sua utilização emabordagens voltadas a análise de QTLs, bem como para a exploração de vigor híbrido. Foram genotipados 44 indivíduos de cada população para três marcadores de microssatélite e um total de 22 alelos foram encontrados. A heterozigosidade media observada foi de 0,471 para a população de chitralada, e de 0 para a população denilótica. O coeficiente de diferenciação genética (FST) obtido foi de 0,627, e o valor médio do coeficiente de endocruzamento (FIS) encontrado foi de 0,309 para a população de chitralada, e de 1 para a população de nilótica. A inexistência de heterozigotos na população de O. niloticus sugere que esta população pode ser utilizada na construção de uma linhagem altamente homozigota, como também pode ser explorada para heterose com cruzamentos com a linhagem chitralada.

Informações sobre o uso do espaço são importantes para o entendimento de processos ecológicos que envolvem uma espécie e a determinação de seu estado de conservação. Tais informações são escassas para o gênero Mazama, o mais diverso entre os cervídeos neotropicais, sendo que desenvolver metodologias para obtenção de dados ecológicos do gênero torna-se fundamental para qualquer ação de manejo envolvendo o grupo. O estudo do DNA fecal surge como uma ferramenta importante para viabilizar a coleta sistemática de informações sobre o gênero. Assim, o presente trabalho visou a estimar a área de vida e a seleção de hábitat do veado-catingueiro, comparando duas metodologias, com intuito de avaliar a aplicação do DNA fecal como alternativa para se estudar a espécie. O trabalho contou com 6 animais que tiveram suas localizações obtidas a cada 13 horas por colares GPS, no período de um ano. Nesse mesmo período e na mesma área, foram coletadas mensalmente amostras fecais, gerando um total de 830 amostras, cujo DNA foi extraído para identificação genética. A espécie das amostras foi determinada com o uso de um marcador mitocondrial (cit-b), e a identificação individual, com um painel de 11 microssatélites. Os valores de área de vida pelo método do MPC 95% variaram de 33 ha a 97 ha, e pelo método Kernel com 95% das localizações, variaram de 17 ha a 77 ha. Observou-se que as áreas de vida são alocadas nos diferentes habitats da região conforme o disponível (p = 0,072), porém são utilizadas internamente de forma selecionada (p=0,001). Neste nível, a espécie apresentou preferência pelos hábitats de cerrado e campo cerrado e evitou o campo (p < 0,005). Foram identificadas 670 amostras de veado-catingueiro e 15 genótipos únicos. A análise espacial das fezes também sugeriu uso desproporcional dos hábitats em relação à sua disponibilidade, sendo que a comparação direta entre os dois métodos revelou iguais distribuições no nível de espécie (p=0,178). As amostras individualizadas sugeriram um padrão de alta sobreposição de área de uso por diferentes indivíduos, mas avanços são necessários para melhor elucidar a questão. Perante os resultados observados, entende-se que há muito em se avançar na análise molecular das fezes que, realizada em larga escala, pode fornecer respostas importantes anteriormente inviáveis para espécies florestais. / Space use information is a key element to understand the ecological processes regarding a species and its conservation status. Such information is scarce for the genus Mazama, the most diverse group among Neotropical deer. The development of methods to obtain ecological data is fundamental to management actions concerning the group. The study of fecal DNA emerges as an important tool to enable systematic information collection about Mazama genus. Therefore, the present study aimed to estimate the home range and habitat selection of brown brocket deer comparing two methodologies in order to assess the application of fecal DNA as an alternative to study this species. Six animals were monitored with GPS collars and their location data was collected every 13 hours within one year time. Fecal samples were collected monthly in the same period and in the same area, generating a total of 830 samples whose DNA was extracted for genetic identification. The species identification was determined by a mitochondrial marker (cit-b) and individuals were identified applying a panel of 11 microsatellites. Home range was 33-97 h by MPC 95% and 17-77 h by Kernel 95%. Home rages are allocated in different habitats as available in the region (p = 0.072), but its use is internally selected (p = 0.001). At this level, the species showed preference for \"cerrado\" and \"campo cerrado\" habitats and avoidance to open field areas (p < 0.005). Genetics analysis identified 670 brown brocket deer samples and 15 unique genotypes. Feces spatial analysis suggested disproportionate use of habitats in relation to their availability in the field and the direct comparison between the two methods revealed equal distributions at the species level (p = 0.178). The genotyped samples suggested an overlapping home range pattern for different individuals, but advances are needed to further elucidate the issue. There is need for improvements in feces molecular analysis and, if held on large scale, it can provide important and previously unviable answers for forest species.

Submitted by Francine Silva (francine.silva@unipampa.edu.br) on 2016-06-23T14:11:43Z No. of bitstreams: 1 Dissertação Daiane Valente.pdf: 1062508 bytes, checksum: c859e0c99def78cdd42b20b323c13691 (MD5) / Approved for entry into archive by Vanessa Dias (vanessa.dias@unipampa.edu.br) on 2016-06-25T21:25:13Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação Daiane Valente.pdf: 1062508 bytes, checksum: c859e0c99def78cdd42b20b323c13691 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-25T21:25:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação Daiane Valente.pdf: 1062508 bytes, checksum: c859e0c99def78cdd42b20b323c13691 (MD5) Previous issue date: 2016 / Poa annua L. é a única espécie invasora de plantas com flores que obteve sucesso reprodutivo na Antártica, constituindo uma ameaça para as espécies nativas desse ecossistema. A hipótese da origem e colonização dessa gramínea nesse ambiente extremo é a de que as plantas pioneiras teriam vindo da Polônia, porém não é descartada a possibilidade de mútiplos eventos de introdução e diferentes fontes de distribuição. A disponibilidade de dados de sequências expressas (EST) tem facilitado o desenvolvimento de marcadores microssatélites (SSR) que podem ser utilizados como ferramentas para estudos populacionais em diferentes níveis, fluxo gênico, níveis de parentesco e informações sobre padrões filogeográficos. O objetivo desse trabalho foi desenvolver marcadores microssatélites a partir de sequências de regiões expressas da família Poaceae, testar o potencial de transferência em P. annua e utilizar esses marcadores para análise filogeográfica de P. annua, a fim de esclarecer a origem e colonização dessa espécie na Antártica. A prospecção de marcadores microssatélites foi desenvolvida com ferramentas de bioinformática, através de análises in sílico SSR em banco de dados EST para família Poaceae, disponíveis no Genbank (NCBI). Foram utilizados os programas CAP3 e SSRLocator para prospecção dos marcadores microssatélites. Uma pesquisa de Termos Gene Ontology (GO) foi realizada no banco de dados de sequências ESTs para avaliar associações entre locus SSR e processos biológicos, componentes celulares e função molecular de genes conhecidos, utilizando os programas Blast2GO e Revigo. O teste de transferência dos primers e análise molecular de P. annua foram conduzidos através da Reação em Cadeia da Polimerase (PCR). Foram prospectadas uma lista de 568 pares de primers, destes foram sintetizados 28 marcadores microssatélites para a transferência em P. annua. 68% dos marcadores EST-SSR tiveram potencial de transferência para esta espécie. A análise sugere que as amostras da Antártica são diferentes das amostras do Chile, Brasil, Irlanda e Argentina. Além disso, foram encontrados 613 transcritos divididos em 302 famílias gênicas. Com esta análise, foi possível desenvolver ferramentas moleculares para a análise genética com P. annua e outras espécies de gramíneas, mapear os motivos mais frequentes e funções dos genes em cada locus SSR, e sugerir que os diásporos de P. annua encontrados na Antártica podem ter vindos de fontes distintas das populações da America do Sul. / Poa annua L. is the only invasive species of flowering plants that reached reproductive success in Antarctica, posing a threat to native species of this ecosystem.The hypothesis of the origin and colonization of grass in this extreme environment is the pioneer plants would have come from Poland, but it is not ruled out event of multiple introduction and different sources of distribution. Recent increase in the availability of expressed sequence data (EST) has facilitated the development of microsatellite markers (SSR) can be used as tools for population studies at different levels, gene flow, relationship of levels and patterns phylogeographical information. The objective of this study was to develop microsatellite markers from expressed sequence regions of the Poaceae family, test the potential transfer in P. annua and use these markers for phylogeographic analysis of P. annua in order to clarify the origin and colonization of this species in Antarctica. The prospect of microsatellite markers was developed with bioinformatics tools, through an analysis in silico SSR in EST database to Poaceae family, available in Genbank (NCBI). Were used the CAP3 and SSRLocator programs for prospecting of microsatellite markers. A Search terms Gene Ontology (GO) were performed in ESTs sequences database to evaluate associations between SSR locus and biological processes, cellular components and molecular function of known genes, using the Blast2GO and Revigo programs. The transfer test of primers and molecular analysis of P. annua was conducted by Polymerase Chain Reaction (PCR). Were prospected a list of 568 primer pairs, these were synthesized 28 microsatellite markers for the transfer in P. annua. 68% of EST-SSR markers have potential transfer for this species. The analysis suggests that the samples from Antarctica are different from samples from Chile, Brazil, Argentina and Ireland. In addition, they found 613 transcripts divided into 302 genic families. With this analysis, it was possible to develop molecular tools for genetic analysis with P. annua and other grass species, mapping the most frequent motifs and functions of genes in each SSR locus, and suggest that the introduction of P. annua found in Antarctica may have come from sources other than South American populations.

Wu, Feng. / Thesis (M.Phil.)--Chinese University of Hong Kong, 2010. / Includes bibliographical references (leaves 38-44). / Abstracts in English and Chinese. / Title Page --- p.i / Thesis Committee --- p.ii / Acknowledgment --- p.iv / Table of Contents --- p.v / List of Figures --- p.vii / List of Abbreviations and Symbols --- p.xi / Abstract (English version) --- p.xii / Abstract (Chinese version) --- p.xiii / Chapter 1 --- Introduction --- p.1 / Chapter 1.1 --- Significance of DNA CCTG repeats --- p.1 / Chapter 1.2 --- Objectives of this work --- p.2 / Chapter 1.3 --- DNA structure --- p.3 / Chapter 2 --- Materials and Methods --- p.5 / Chapter 2.1 --- Sample design --- p.5 / Chapter 2.2 --- Sample preparation --- p.5 / Chapter 2.3 --- NMR spectroscopy --- p.6 / Chapter 2.4 --- Resonance assignment --- p.7 / Chapter 3 --- NMR Structural Studies of (CCTG)3 --- p.9 / Chapter 3.1 --- Overview --- p.9 / Chapter 3.2 --- NMR resonance assignments --- p.9 / Chapter 3.3 --- Formation of two-residue CT-loop in the middle repeat of (CCTG)3 --- p.12 / Chapter 3.4 --- C-bulge and T.T mispair in (CCTG)3 hairpin stem region --- p.13 / Chapter 3.5 --- Summary --- p.15 / Chapter 4 --- NMR Structural Studies of (CCTG)4 --- p.16 / Chapter 4.1 --- Overview --- p.16 / Chapter 4.2 --- Conformational exchange in (CCTG)4 --- p.16 / Chapter 4.3 --- Formation of two-residue CT-loops in different repeats of (CCTG)4 --- p.17 / Chapter 4.4 --- Mutational studies of (CCTG)4 --- p.19 / Chapter 4.4.1 --- Mutational studies on the 1st repeat of (CCTG)4: (CCTG)4-C2T --- p.19 / Chapter 4.4.2 --- Mutational studies on the 2nd repeat of (CCTG)4：(CCTG)4-C6T --- p.21 / Chapter 4.4.3 --- Mutational studies on the 3rd repeat of (CCTG)4：(CCTG)4-C 10T --- p.26 / Chapter 4.4.4 --- Mutational studies on the 4th repeat of (CCTG)4: (CCTG)4-C14T --- p.28 / Chapter 4.5 --- Summary --- p.33 / Chapter 5 --- Conclusions and Future Works --- p.35 / References --- p.38

As variantes genéticas LEP G-2548A, LEP 3\'HVR, D1S200 (LEPR),D18S858 (MC4R) e D2S1788 (POMC)foram avaliadas em 100 indivíduos obesos (GE) e 110 não-obesos (GC) brancos. A genotipagem desses indivíduos foi realizada por PCR e RFLP. As freqüências dos alelos LEP -2548G e LEP 3\'HVR-Classe I no grupo GE foram maiores que no GC P<0,05). O haplótipo LEP G/I foi mais freqüente no grupo GE (P=0,018) e nos indivíduos com obesidade central (P=0,047). As freqüências dos alelos 41/42 da D18S858 e do alelo 17 da D1S200 foram maiores (P<0,05) no grupo GE. Os indivíduos com alelos LEP 3\'HVR-Classe I, 41/42 da D18S858 e 17 da D1S200 apresentaram valores mais altos de índice de massa corporal (IMC) e circunferência abdominal (P<0,05). Em conclusão, as variantes LEP G-2548A, LEP 3\'HVR, D18S858 e D1S200 estão associadas com a obesidade e com variações nos valores de IMC e circunferência abdominal em indivíduos brasileiros brancos. / The genetic variants LEP G-2548A, LEP 3\'HVR, D1S200 (LEPR), D18S858 (MC4R) D2S1788 (POMC) were studied in groups of 100 obese (GE) and 110 non-obese (GC) white individuals. Genotyping were carried out by PCR and RFLP techniques. Alleles frequencies from LEP -2548G and Class I alleles from LEP 3\'HVR were higher in GE group, when compared to GC group (P<0,05). The LEP G/I haplotype was more frequent in GE group (P=0,018) and in individuals with central obesity (P=0,047). Alleles 41/42 from D18S858 and allele 17 from D1S200 were more frequent (P<0,05) in GE group. Individuals carrying LEP 3\'HVR-Class I, alleles 41/42 from D18S858 and allele 17 from have shown elevated body mass index (BMI) and waist circumference values (P<0,05). In conclusion, the LEP G-2548A, LEP 3\' HVR, D1S200, and D18S858 genetic variants were found to be associated to obesity and variations in BMI and waist circumference in Brazilian white individuals.

Background: Over the relatively short period of its evolutionary history, Boechera (Brassicaceae) has undergone rapid radiation that has produced 70+ morphologically distinct, sexual diploids. However, reproductive isolation has moved more slowly than morphological divergence in this group and the diploids appear to hybridize frequently where they coexist. Boechera duchesnensis appears to be the result of hybridization between its putative parents Boechera thompsonii and Boechera formosa. Objectives: The objectives of this study are to (i) analyze and document genetic diversity patterns in the population structure, - including allelic and heterozygosity frequencies - of B. thompsonii and B. formosa in concert with their geographic distribution to determine clustering relationships within these populations, (ii) confirm and expand the morphological characteristics of B. thompsonii and B. formosa, as initially proposed in the literature, including pollen and trichome structure using Scanning Electron Microscopy (SEM) to confirm ploidy level and to determine whether both putative parent species share morphological characteristics with their apomictic diploid offspring, and (iii) use genetic and morphologic evidence to show that B. thompsoii and B. formosa are, in fact, the parents of B. duchesnensis by comparing the genetic diversity patterns, population structure, and morphological characteristics of B. duchesnensis, to those of its proposed putative parents (B. thompsonii and B. formosa) and to confirm that B. duchesnensis shares characteristics of Boechera. Methods: Microsatellite data from 14 loci previously identified in Boechera were used to reexamine the current classifications and taxonomic foundations of three Boechera spp. GenAlEx 6.501 (Peakall and Smouse, 2006, 2012) was used to analyze genetic population structures of two divergent sexual diploids in the genus Boechera: B. thompsonii and B. formosa and to later compare those with the population structure of B. duchesnensis. Geographicaldata were plotted using ArcGIS 10.1 (Esri, 2012) to map heterozygosity distribution. Cluster analysis was run with STRUCTURE 2.3.3 (Pritchard et al., 2000; Falush et al., 2003, 2007) and distribution of allelic diversity and heterozygosity was subsequently compared within each taxon and correlated with geographic distribution characteristics. Resultant data were then compared with B. duchesnensis data to document genetic diversity patterns, population structure, and morphological characteristics. Key Results: Analysis of genetic diversity patterns, allelic distribution of the populations, and heterozygosity of B. thompsonii and B. formosa across their geographic range identified four genetically distinct clusters within B. thompsonii, and one genetically distinct cluster in B. formosa. Allelic frequencies in all four discrete population clusters of B. thompsonii and in one discrete population cluster of B. formosa were close to values found in species on the decline. Reproductive isolation, genetic variability, and allelic frequencies were determined, specimen elevations reported, and morphological characteristics reported in the literature were confirmed and expanded. A codominant genetic analysis performed for 14 different loci for B. duchesnensis against those of its parents showed that B. duchesnensis inherits alleles from both putative parents and confirms B. thompsonii and B. formosa as the parents of B. duchesnensis. Observed levels of heterozygosity of B. thompsonii and B. formosa were lower than expected levels and lower than those of other outcrossing diploids. The mean overall observed heterozygosities for each cluster were determined and documented by geographic location. A substantially higher level of observed heterozygosity in B. duchesnensis (Ho = 0.908) consistent with genetic fixation of a heterozygote and apomixis, supports hybridization as a speciation mechanism and apomixis as a mode of reproduction accounting for genotypic and phenotypic diversity. Morphological characteristics, especially those of pollen and trichomes were confirmed, expanded, and documented with SEM imagery. Discussion: This study provides an analysis of the genetic diversity patterns inherent in the population structure, allelic frequencies, allelic variation among individuals of the rare sexual diploids B. thompsonii, B. formosa, and the apomictic diploid B. duchesnensis in correlation with their geographic distribution. There is an implication of a reproductive barrier, within populations of the same species, that contributes to genetic isolation between clusters. I analyze the tendency of reduced heterozygosity to lead to genetic fixation, reproductive isolation, and how the heightened heterozygosity supports the classification of B. duchesnensis as an apomict. Assessing potential populations that might exist based on similar characteristics could possibly provide inferences about where future research might find similar examples of this hybridization. Reproductive isolation is hypothesized to limit gene flow between identified clusters of B. thompsonii and B. formosa exacerbating low observed heterozygosity levels and low allelic frequency levels. Population studies and cluster analysis have implications for offering future conservation strategies for both taxa.