L'Indonésie a été l'objet de la dispersion Austronésienne qui a débuté il y a environ 5000 ans depuis Taiwan, se propager à travers les Philippines et l'Indonésie, puis toucher l'Océanie à l'est, et à Madagascar à l'ouest. Malgré de nombreuses recherches en génétique sur la dispersion Austronésienne vers l'est, il y a très peu de données sur la dispersion vers l'ouest, laissant sans réponse de nombreuses questions, liées notamment au peuplement de Madagascar. Reposant sur l'analyse des données culturelles et biologiques, les populations d'Indonésie semblent avoir joué un rôle majeur dans la colonisation de Madagascar, le premier millénaire de notre ère. Cependant, le peu de populations Indonésiennes étudiées à ce jour n'a pas permis jusqu'à présent d'identifier la population indonésienne source. Dans ce présent travail, j'ai réalisé des études en génétique des populations de 12 populations Indonésiennes, qui à priori devraient éclairer l'histoire des migrations austronésiennes dans l'Océan Indien. Parmi elles sont inclus le Ma'anyan du sud-est de Bornéo qui sont les plus proches linguistiquement des Malgaches. En utilisant différents marqueurs génétiques, ma recherche a amélioré nos connaissances de la diversité génétique Indonésienne, et du lien génétique entre l'Indonésie et Madagascar. Résultats L'analyse des marqueurs uniparentaux (chr-Y et ADNmt) suggère que les Malgaches proviennent de plusieurs régions d'Indonésie, avec un lien privilégié avec le sud-est de Bornéo, le sud de Sulawesi et les îles de la Sonde. Etonnamment, les Ma'anyan partagent un nombre limité de lignées paternelles et maternelles avec les Malgaches, malgré leur proximité linguistique. Par ailleurs, en combinant l'analyse de fréquences des SNPs et l'analyse haplotypique à partir des données autosomales, il a été confirmé que la diversité génétique des Ma'anyan ne correspond pas à l'ancestralité asiatique des Malgaches. Cependant, en centrant l'analyse sur les populations du sud-est de Bornéo, l'origine de l'ancestralité asiatique des Malgaches est ancrée dans la population Banjar, un mélange de population Ma'anyan et Malaise, résultat des activités commerciales de l'empire Malais dans le sud-est de Bornéo, qui se sont poursuivies à travers l'océan Indien. Par ailleurs nos résultats ont aussi permis d'accroitre notre compréhension de la diversité génétique de l'Indonésie en identifiant (1) une nouvelle composante génétique austronésienne présente chez les Ma'anyan, et retrouvée à faible fréquence à travers l'Asie du Sud-Est, suggérant une plus grande complexité du modèle d'expansion austronésien dans la région et (2) le rôle joué par les nomades de la mer dans la structuration de la diversité génétique et les échanges entre populations dans l'Indonésie, soulignant l'histoire génétique complexe de populations suivant un mode de vie nomade. / Indonesia hosts a wide range of linguistic, ethnic and genetic diversity, comprising ~600 ethnic groups and 700 living languages. Indonesia has facilitated the last substantial wave of human migration was the Austronesian dispersal ~5,000 years ago, which is thought to have originated in Taiwan. Its influence spread through Philippines and Indonesia, ultimately impacting a wide geographical area, from Remote Oceania in the east and to Madagascar in the west. Despite considerable genetic research on the eastward Austronesian expansion, there is little equivalent research on the western edge, leaving major issues unresolved regarding the settlement of Madagascar. Based on cultural and biological studies, it has been suggested that Indonesian peoples played a major role in the colonization of Madagascar from around the mid-first millennium CE (Current Era). However, poor geographical coverage of Indonesian populations has prevented the Indonesian source populations from being identified. Here, I performed human population genetic studies on 12 new Indonesian populations, which were a priori expected to shed light on the westward migration of Austronesians across the Indian Ocean. This includes the Ma'anyan ethnic group from Southeast Borneo, who are the closest linguistic siblings to modern Malagasy. Using different genetic markers (Y-chromosome SNPs, mitochondrial DNA and genome-wide SNPs), my research has improved the description of Indonesian genetic diversity, and investigated the genetic links between Indonesia and Madagascar. Results Uniparental markers (Y-chromosome and mtDNA) analyses suggest that Malagasy derive from multiple regional sources in Indonesia, with a focus on southeastern Borneo, southern Sulawesi and the Lesser Sunda islands. Interestingly, the Ma'anyan share limited paternal and maternal lineages with the Malagasy, despite their linguistic connection. Furthermore, combining SNP frequency and haplotype-based analyses from autosomal genome-wide data, it was confirmed that the genetic diversity of the Ma'anyan does not match the Asian ancestry of the Malagasy. However, by focusing on Southeast Borneo populations, strong support was found for an origin of the Asian ancestry of Malagasy among the people of Banjar, an admixed population of Ma'anyan and Malay, likely resulting from trading activities by the Malay Empire in Southeast Borneo, and later continuing across the Indian Ocean arena. These results increase our understanding of genetic diversity across Indonesia by 1) identifying the unique and undiscovered Austronesian genetic component carried by the Ma'anyan, which occurs at low levels across Island Southeast Asia and suggests a more complex model for the Austronesian expansion in this region, and 2) describing the role played by sea-nomads in structuring genetic diversity and exchanges in central Indonesia, thus revealing the complex genetic history of populations living this rare nomadic lifestyle.

Au travers d’une monographie des sites archéologiques d’Acoua, village de parler kibushi kimaore situé au nord-ouest de Grande Terre, cette recherche propose d’étudier la période des XIIe-XVIe siècles à Mayotte. Cette période est caractérisée par d’importants changements culturels, religieux et politiques conduisant à l’instauration progressive d’une société stratifiée et islamisée. Il sera notamment question, au travers des thématiques explorées par notre étude archéologique (pratiques funéraires, évolutions de la culture matérielle, intégration dans les réseaux marchands de l’océan Indien), de déterminer les filiations et processus culturels qui ont contribué à façonner la société ancienne de Mayotte, île dont le peuplement complexe, caractéristique des cultures dites « de franges », selon l’expression popularisée dans cette partie du monde par Paul Ottino, est située à la rencontre de grandes aires culturelles : monde africain bantou, monde malgache et monde arabo-persan, hissant cette île de l’archipel comorien au rang de véritable interface culturelle, commerciale et migratoire entre l’Afrique et Madagascar, « plaque tournante et microcosme de l’océan Indien » pour reprendre l’expression de Claude Allibert. / Through this monograph of Acoua’s archaeological sites - a Kibushi kimaore speaking village located in the northwest of Grande Terre - this research proposes to study the XIIth-XVIth centuries period, in Mayotte. This period is characterized by important cultural, religious and political changes leading to the gradual establishment of a stratified and Islamized society. It will be question here, through the themes explored by our archaeological study (funerary practices, evolutions of material culture, integration in the Indian Ocean trading networks), to determine the cultural affiliations and processes that have contributed to shaping Mayotte’s ancient society, an island whose complex settlement, characteristic of cultures known as "fringes" - according to the expression popularized in this part of the world by Ottino - is located at the meeting of meany great cultural areas: African Bantou world, Malagasy world and Arab-Persian world, hoisting this island of the Comorian archipelago to the rank of true cultural, commercial and migratory interface between Africa and Madagascar : a "hub and microcosm of the Indian Ocean", to use the expression of Claude Allibert.

L’enseignement du malgache, langue maternelle et officielle à Madagascar, se trouve dans une position complexe car il ne permet pas aux enfants issus des classes primaires d’avoir les compétences escomptées en apprentissage de langues. Depuis l’avènement de la première république en 1958, les différents programmes scolaires qui se sont succédé n’affichent clairement ni des dispositions linguistiques face aux différentes variétés du malgache, ni des recommandations méthodologiques répondant aux besoins de l’apprentissage dans le contexte plurilingue où évoluent les élèves malgaches. Le système éducatif actuel devrait donc être revu pour être conforme à l’optique de la didactique intégrée et de l’intercompréhension. Cette thèse s’inscrit dans cette optique. Elle est le fruit des enquêtes et des observations des formations des enseignants ainsi que des pratiques de classes dans plusieurs établissements de Madagascar, menées en 2010-2012. Elle soulève les enjeux politique, pédagogique et didactique de l’élaboration du programme scolaire, qui devrait être le principal outil des différents acteurs pédagogiques. / Teaching Malagasy, which is the native and official language in Madagascar, is in a complex position because it does not enable children who completed primary classes to have the skills expected in learning languages. Since the advent of the first republic in 1958, the various school curricula which have followed one another do not show clearly either linguistic capacities in front of the different varieties of the Malagasy, or methodological recommendations meeting the needs of learning in the multilingual context where the Malagasy pupils are developing. The current education system should therefore be reconsidered so as to be in accordance with the perspective of integrated didactics and mutual understanding. This thesis is part of this perspective. It is the fruit of inquiries and observations based on the training sessions provided to teachers as well as on the classroom practices in several schools of Madagascar, which were conducted in 2010-2012. It raises the political, educational and didactic issues in developing school curricula, which should be the main tool of the various educational actors.

Cette thèse s'inscrit dans le cadre de la thématique du Laboratoire de Pharmacognosie de l'UFR Pharmacie, au sein de l'Université de Bourgogne. Elle vise essentiellement la recherche de molécules d'origine végétale principalement des saponines biologiquement actives issues de la biodiversité tropicale. Dans ce contexte l'étude de plantes malgaches, Polycarpaea corymbosa Lamk. (CARYOPHYLLACEAE), Pittosporum verticillatum Bojer subsp. verticillatum (PITTOSPORACEAE), Solanum incanum L. et S. heteracanthum Dunal. (SOLANACEAE) a conduit à l'isolement de quinze glycosides naturels par les techniques de chromatographie solide-liquide, de chromatographie liquide à moyenne pression, de flash chromatographie, et de chromatographie liquide sous vide. Les structures ont été élucidées principalement par les techniques spectroscopiques de RMN-1D et -2D, et de spectrométrie de masse. Il s'agit de neuf saponines triterpéniques de type oléanane, parmi lesquelles sept sont des nouveaux composés naturels, ainsi que cinq saponines stéroïdiques de type spirostane et furostane, dont une nouvelle, et un glycoalcaloïde stéroïdique connu. Treize molécules isolées ont été testées en vue d'évaluer leurs activités cytotoxiques sur six lignées cellulaires cancéreuses humaine et animale. Nos résultats montrent que quatre d'entre elles possèdent une cytotoxicité significative sur les lignées HT-29, HCT 116, SW480, DU145, EMT6, et H9c2.

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