Esta dissertação apresenta os resultados de um mapeamento geológico efetuado na quadrícula de Campinas, área de afloramentos do Subgrupo Itararé. Foram efetuados três modalidades de mapeamento, ou seja o mapeamento litoestratigráfico, o mapeamento estrutural, e por fim o mapeamento faciológico ao qual foi dado maior ênfase, visto que ele permite a reconstrução paleogeográfica quando se utiliza os conceitos de sistemas deposicionais. Foi possível a individualização de sete unidades litoestratigráficas informais, denominadas: Unidade I (Arenitos em Granodecrescências Ascendente), Unidade II (Lamitos), Unidade III (Lamitos e Diamictitos), Unidade IV (Arenitos), Unidade V (Diamictitos e Arenitos), Unidade VI (Arenitos com Marcas Onduladas), Unidade VII (Diamictitos Vermelhos). O mapeamento estrutural permitiu a interpretação de estruturas de caráter local e sub-regional sob a forma de hosts e grabens que afetam os contatos da unidade, altos e baixos de caráter ainda não definidos, que ocorrem vários locais da área de trabalho, e sistemas lineares de falhas e falhas isoladas, entre os quais o Sistema Linear de Cosmópolis, e os Sistemas de Santa Cruz da Boa Vista e o de Salto Grande. O mapeamento faciológico permitiu a individualização de um grande número de fácies litológicas, agrupadas em fácies de arenitos, fácies de conglomerados, fácies de diamictitos, fácies de lamitos e fácies de calcáreos. Apesar dessas fácies ocorrerem em diversas posições estratigráficas e em diferentes unidades litoestratigráficas, o seu agrupamento em associações permitiu a interpretação de seis sistemas deposicionais cuja evolução originou o trato deposicional hoje preservado sob o nome de Subgrupo Itararé. Foram identificados dois sistemas glaciais: o Sistema Subglacial - proglacial de Campinas e o Sistema Supraglacial de Base Umida de Monte Mor, o Sistema de Leques Subaquosos da Rodovia dos Bandeirantes, o Sistema de Plataforma de Hortolândia, o Sistema Deltaico da Rodovia do Açúcar, o Sistema de Leques Aluviais de Casa Branca e o Sistema Costeiro de Tupi. / This paper shows the geologic mapping in the Itarare Subgroup that outscrops in the Campinas region. Three kinds of mapping were made: litoestratigraphic mapping structural mapping, and faciologic mapping, ains at the paleogeographic reconstrution based in the depositional models concept. Seven unity were identified: Unity I (Fining upward Sandstone), Unity II (Mudstone), Unity III (Mudstone and Diamictites), Unity IV (Sandstone), Unity V (Diamictites and Sandstones), Unity VI (Wave Rippled Sandstone) and Unity VII (Red Diamictites). The structural mapping attesting local and sub-regional horst, and grabens that affected the unty contacts, structural highs and lows in many places in this area, and linear and isolated fault system (e.g. the Cosmópolis Linear System, the Santa Cruz da Boa Vista and Santo Grande Systems. The faciologic mapping has defined many lithologic facies jointed in sandstone facies, conglomerate facies, diamictite facies, mudstone facies and limestone facies. In spite of the stratigraphic position of these facies, its association hes permited the interpretation, of six depositional systems whose development settled out the depositional tract named Itarare Subgroup. It were identified the Campinas Subglacial-Proglacial System, the Monte Mor Wet Based Supraglacial System, the Rodovia dos Bandeirantes Sub-aquous Fan System, the Hortolândia Shelf System, the Rodovia do Açucar Deltaic System, the Casa Branca Aluvial Fan System and the Tupi Coastal System.

Orientador: José Carlos Pansonato Alves / Banca: Orlando Moreira Filho / Banca: Patrícia Elda Sobrinho / Resumo: O mapeamento cromossômico de sítios de DNA repetitivo vem sendo realizado em vários estudos citogenéticos em peixes e tem permitido uma melhor caracterização da biodiversidade e evolução genômica da ictiofauna Neotropical. Dentre as diversas espécies de peixes distribuídas nesta importante área geográfica, podemos destacar o gênero Moenkhausia, um dos mais especiosos grupos de peixes da família Characidae. Do ponto de vista citogenético, este gênero demonstra variação do número diploide de 48 a 50 cromossomos, bem como a presença de microcromossomos B descritos para diferentes espécies/populações. No entanto, estudos citogenéticos de espécies de Moenkhausia coletadas em riachos de cabeceira da bacia Amazônica e bacia do Alto rio Paraguai ainda são incipientes, bem como os estudos relativos à distribuição de DNAs repetitivos nos genomas de diferentes espécies de Moenkhausia. Neste sentido, o presente trabalho teve como objetivo a caracterização cariotípica de Moenkhausia cosmops, M. cf. forestii, M. cf. nigromarginata, M. oligolepis e Moenkhausia sp. coletadas em diferentes rios e riachos de cabeceira da bacia Amazônica e bacia do Alto rio Paraguai. Todas as espécies foram analisadas através de técnicas citogenéticas clássicas (coloração com Giemsa, localização das RONs pela impregnação por Nitrato de Prata e bandamento C) e molecular (hibridação in situ fluorescente com sondas de DNAr 5S e 18S, histona H1, snDNA U2 e sequências teloméricas (TTAGGG)n). Todas as espécies/populações analisadas apresentaram 2n=50 cromossomos, porém com fórmulas cariotípicas distintas entre elas. O bandamento C revelou um padrão de bandas heterocromáticas similar entre essas espécies, exceto em M. cf. nigromarginata. A impregnação por Nitrato de Prata evidenciou Ag-RONs simples em todas as espécies analisadas. A FISH utilizando o DNAr 18S como sonda confirmou os resultados obtidos com o Nitrato de Prata e... / Abstract: The cytogenetic mapping of repetitive DNA has been applied in several studies in fish, which allowed a better characterization about the biodiversity and genomic evolution of Neotropical ichthyofauna. Among the several fish species living in this area, the genus Moenkhausia, one of the specious groups inside Characidae, is remarkable. From a cytogenetic point of view, this genus show variations in diploid numbers of 48 to 50 chromosomes, as well as the occurrence of B chromosomes in different species/populations. However, cytogenetic studies in Moenkhausia collected at different rivers from the Amazon and Upper Paraguay River basins are scarce, as well as studies investigating the chromosomal distribution of repetitive DNAs in different species. In this sense, the present study aimed to characterize the karyotypes of Moenkhausia cosmops, M. cf. forestii, M. cf. nigromarginata, M. oligolepis and Moenkhausia sp. collected at different sites in the Amazon and Upper Paraguay River basins. All species were analyzed using classical (conventional staining with Giemsa, localization of NORs by impregnation with Silver nitrate and C-banding) and molecular (fluorescent in situ hybridization with 5S and 18S rDNA, H1 histone, U2 snDNA and telomeric sequences (TTAGGG)n probes). All the herein analyzed species showed 2n=50 chromosomes, with different karyotype formulas. C-banding evidenced similar patterns of heterochromatin distribution in all species, except in M. cf. nigromarginata. Silver nitrate staining evidenced simple Ag-NORs in all species and FISH with 18S rDNA probes confirmed these results e revealed additional sites in M. oligolepis. The 5S rDNA was interstitially located in multiple sites in all species. Notably, both ribosomal sites were found in synteny in one population of M. oligolepis. The H1 histone sites were co-located in a single pair with 18S rDNA and the U2 snDNA was located at multiple sites in all species. Additionally, the ... / Mestre

O glyphosate é o principal herbicida utilizado no manejo de plantas daninhas na agricultura, aplicado em alguns sistemas de forma repetitiva ao longo de cada ano. Esta prática selecionou biótipos resistentes de espécies de plantas daninhas, sendo o capim-amargoso (Digitaria insularis) selecionado no Brasil. Portanto, se tornam necessários estudos para entender, manejar e reduzir a infestação do capim-amargoso resistente ao glyphosate. Dessa forma, esta pesquisa foi desenvolvida com os objetivos de: (i) mapear áreas do Brasil com possíveis infestações de capim-amargoso resistente ao glyphosate; (ii) avaliar alternativas químicas de seu manejo; (iii) elucidar os mecanismos de resistência ao glyphosate e; (iv) avaliar a herança genética dos genes que conferem resistência ao glyphosate. Para o desenvolvimento dos experimentos foram coletadas sementes de biótipos potencialmente resistentes de diversas regiões do Brasil onde ocorreram falhas de controle de D. insularis após a aplicação de glyphosate. Na primeira etapa da pesquisa foram realizados experimentos para determinação de uma dose discriminatória de triagementre as populações resistentes e suscetíveis ao glyphosate, através de curvas de dose-resposta, para identificar a resistência ao Glyphosate, sendo que estes dados foram utilizados para mapear a ocorrência de biótipos resistentes em algumas regiões do país. Na segunda etapa foi conduzido um experimento em casa-de-vegetação visando encontrar herbicidas alternativos ao Glyphosate para controle do capim-amargoso, utilizando herbicidas recomendados para as culturas do milho e algodão, tanto em condições de aplicação de pré como em pós-emergência da planta daninha. Na terceira etapa foram realizados ensaios para determinar a existência de absorção e translocação diferencial do glyphosate em biótipos suscetíveis e resistentes, juntamente com a análise molecular para comparar a região 106 do gene que codifica a EPSPs nestes biótipos. Por fim um estudo de polinização cruzada foi conduzido para avaliar se genes de resistência ao glyphosate são transferidos para a geração seguinte após inflorescências de biótipos suscetíveis serem acondicionadas com as de biótipos resistentes, submetendo a geração seguinte a experimentos de curva de dose-resposta com o glyphosate. Através do modelo de curva dose-resposta do programa estatístico R, determinou-se a dose de 960 g e.a ha-1, como a dose utilizada para triagem dos biótipos oriundos de diferentes regiões do Brasil. Com isto foram gerados mapas indicando a presença ou ausência de resistência ao herbicida, sendo que as região oeste do Paraná e sul do Mato Grosso do Sul apresentam maior número de localidades com a presença de biótipos resistentes. As alternativas de controle viáveis como pós-emergentes no estádio de um a dois perfilhos, foram os herbicidas Nicosulfuron, Imazapic + Imazapyr, Atrazine, Haloxifop-methyl e Tepraloxydim. Na pré-emergência do capim-amargoso os herbicidas Atrazine, Isoxaflutole, S-metolachlor, Clomazone, Diuron e Flumioxazin se apresentaram como eficazes para o controle desta espécie. Os resultados do experimento de absorção, translocação e comparação da região 106 não mostraram diferenças entre os biótipos resistente e suscetível. O experimento sobre cruzamento entre biótipos resistente e suscetível determinou a espécie D. insularis como autógama e sem transferência de genes que causam a resistência ao glyphosate. / Glyphosate was the main herbicide used in agriculture for weed management, applied repetitively in some cropping systems throughout the year. This practice selected resistant weed biotypes to this herbicide. In Brazil, the glyphosate resistant sourgrass (Digitaria insularis) has gained prominence in recent years due to its high capacity to spread across the country agriculture regions. Therefore, a study to understand, manage and reduce the glyphosate resistant sourgrass infestation becomes necessary. Thus, this research was developed with the objectives of: (i) mapping areas of Brazil with putative glyphosate resistant sourgrass infestations; (ii) evaluate alternative herbicides to manage resistant biotypes; (iii) elucidate the resistance mechanisms; (iv) Assess the genetic inheritance of the genes which confers resistance to glyphosate. For the development of the experiments putative resistant biotypes seeds were collected from different regions of Brazil where D. insularis survived after glyphosate application. In the first stage of this research, experiments were conducted to determine a screening dose to be used to identify glyphosate resistance in samples from the survey, through dose-response curves methodology. In the second stage an experiment was conducted in greenhouse conditions in order to test for alternative herbicides which control glyphosate resistant sourgrass, using recommended herbicides for the corn and cotton crops, both pre and post-emergents. In the third step, an experiment was conducted to assess the uptake and translocation of glyphosate in susceptible and resistant biotypes, with post molecular analysis to compare the region 106 of the EPSPS gene from both biotypes. Finally a cross-pollination study was conducted to assess whether glyphosate resistance genes are transferred to the next generation after inflorescences susceptible biotypes were packed with resistant biotypes, subjecting the next generation to dose-response curve experiments. Using the statistical software R for the dose-response analysis, the screening dose was determined as 960 g.a.e.ha-1. Using this dose in the survey experiment, maps were generated indicating the presence or absence of glyphosate resistance, in which shows the western regions of Paraná and south part of Mato Grosso do Sul states, having more locations with the presence of resistant biotypes. The viable alternatives postemergent herbicides to control D. insularis at 1 to 2 tillers stage were nicosulfuron, imazapic + imazapyr, atrazine, haloxyfop-methyl and tepraloxydim. In pre-emergence condition the herbicides atrazine, isoxaflutole, S-metolachlor, clomazone, diuron and flumioxazin showed effective control of this species. The results of the uptake, translocation and proline 106 mutation experiments showed no difference between the resistant and susceptible biotypes. The experiment on cross-polination between resistant and susceptible biotypes, determined D. insularis as a self-polinated species and no glyphosate resistance genes were transferred.

Este trabalho teve como objetivo fazer um inventário das feições erosivas lineares da alta bacia do ribeirão Araquá, municípios de São Pedro e Charqueada/SP, com base em técnicas cartográficas e aerofotogramétricas analógicas e digitais. O levantamento foi realizado em 2 escalas de abordagem diferentes: 1:50.000 (semi-detalhe) e 1:15.000 (detalhe). Na escala de semi-detalhe, produziu-se uma carta hipsométrica, uma carta clinográfica e um mapa morfológico, onde foram representadas as feições erosivas. Esses produtos, aliados com as informações sobre solos, litologia e o uso da terra, deram origem ao mapa morfopedológico da sub-bacia. Com base nesse mapa, foi definida a sub-bacia do Córrego do Querosene para o estudo em escala de detalhe. Na sub-bacia do Córrego do Querosene foram produzidas as cartas hipsométrica e clinográfica e os mapas de morfologia do relevo, solos, uso da terra e formas erosivas lineares. O levantamento do uso da terra e das formas erosivas lineares foi realizado com base em fotografias de 4 períodos diferentes, 1962 (1:25.000), 1978 (1:35.000), 1995 (1:25.000) e 2006 (1:30.000). Esse diagnóstico possibilitou realizar correlações das formas erosivas com as características do meio físico, o que deu origem a um mapa de suscetibilidade à erosão, além de ter permitido uma avaliação da evolução temporal das feições. Os resultados mostraram que a área atingida por sulcos diminuiu 38,18% no período de 1962 a 2009. Em contrapartida, as afetadas por linhas de pisoteio subiram 137%. No mesmo período, o número de ravinas aumentou em 87,5%, e as voçorocas cerca de 300%. Os dados mostraram também que as ravinas e voçorocas se instalaram preferencialmente em setores côncavos das vertentes, com declividades acima de 10%, principalmente, e em áreas como solos muito arenosos, profundos, homogêneos, permeáveis e cobertos por pastagens ou vegetação ciliar. As técnicas de interpretação e restituição aerofotogramétricas digitais se mostraram muito superiores às analógicas, embora o processo digital tenha se mostrado mais moroso que o analógico. As técnicas digitais permitiram a correção de grande parte das distorções geométricas das fotos, facilitando, dessa forma, as medidas das ravinas e voçorocas. / This study aimed to make an inventory of the forms of linear erosion in the high basin of the river Araquá, municipality of San Pedro and Charqueada / SP, based on cartographic and aerophotogrametric techniques in analog and digital environment. The survey was conducted in 2 different scales of approach: 1:50.000 (semi-detailed) and 1:15.000 (detailed). In the semi-detailed scale, it was produced a hypsometric chart, a slope chart and a morphological map, where the forms of linear erosion were represented. These products, with the informations about soils, lithology and land use, led to the morphopedologic map. Based on this map, was choose the sub-basin of the Querosene stream for the study on detailed scale. In the sub-basin of the Querosene stream were produced hypsometric and slope charts, morphologic, soils, land use and linear erosion maps. The survey of land use and linear erosion was based on photographs of 4 different periods, 1962 (1:25.000), 1978 (1:35.000), 1995 (1:25.000) and 2006 (1:30.000). This diagnosis made possible to create a susceptibility erosion chart and to correlate forms of linear erosion with the characteristics of the physical environment as well as assessments of the temporal evolution of the erosion. The results showed that the area affected by furrows decreased 38,18% from 1962 until 2009. In contrast, the areas with grazing tracks made by cows increased 137%. In the same period, the number of ravines increased 87,5% and gullies about 300%. The data also showed that the ravines and gullies are preferably in hollow forms, >10% slopes, mainly in areas of very sandy, deep, homogeneous and permeable soils, which are covered by grassland or ciliary vegetation. The techniques of digital aerophotogrametric interpretation and restitution showed far superior to analog, but the digital process is slowest than the analog. The digital techniques allowed the correction of most of the geometric distortions of the photos, facilitating, thus, the measures of ravines and gullies.

Nos países desenvolvidos a agricultura de precisão vem ganhando espaço como uma alternativa de otimização da produção agrícola. No Brasil está apenas iniciando e a participação da pesquisa neste momento é fundamental para a tomada de decisão a respeito do seu emprego e técnicas a serem utilizadas para tornar esta tecnologia viável e rentável para as condições do nosso país. Este trabalho visou avaliar o potencial do emprego de fotografias aéreas coloridas 35 mm para diagnósticos de lavouras na determinação de variabilidade espacial para tratamentos localizados. Foi realizado em duas áreas piloto de agricultura de precisão, monitoradas intensivamente. As áreas são: área 1 - fazenda Lagoa Velha, Campos Novos Paulista, SP - talhão de 22 ha; área 2 - área de produção do Campus da USP, Pirassununga, SP - talhão de 17,1 ha. Dentre os vários dados obtidos nas áreas, como produtividade de milho e soja, propriedades físicas e químicas do solo, pragas, doenças e plantas invasoras, foram obtidas também fotografias aéreas coloridas no formato 35 mm. As fotografias receberam orientação por bandeiras georreferenciadas em solo com GPS, para a correção geométrica da imagem e, após selecionadas, foram digitalizadas por meio de scanner. As imagens assim tratadas e os mapas de produtividade foram trabalhados com os softwares"SSToolbox","Idrisi"e"Excel", onde foram analisadas as correlações entre o valor digital das imagens e a produtividade. As correlações para todas as áreas e todos os períodos analisados apresentaram valores baixos, havendo baixa correspondência entre os valores digitais das imagens e as produtividades das culturas / not available

O objetivo dedste trabalho é investigar o projeto de banco de dados aplicado a Sistemas de Informações Geográficas (SIG), mais especificamente, do mapeamento de esquemas conceituais, orientado a objetos, para esquemas lógicos implementados por softwares de SIG comerciais. A transformação dos esquemas conceituais para os lógicos é realizado através da idedntificação de um conjunto de regras genéricas de mapeamento de qualquer esquema concecitual de banco de dados geográficos, baseados em um framework conceitual, para os esquemas lógicos proprietários dos diversos SIG existentes. A concretização desta tarefa de transformação é possível mediante a proposta de um ambiente de suporte. Esse ambiente fornece uma estrutura específica, constituída por uma linguagem formal, definida pelo padrão SAIF (Saptial Archive and Interchange Format), pela ferramenta FME (feature Manipulation Engine) e pela ferramenta CASE Rational Rose v.2000e. O conjunto de regras genéricas elaborado neste trabalho, é composto por dois subconjuntos. O primeiro define regras de correspondência, determinando uma relação entre os conceitos da realidade percebidos pelo Framework conceitual e a linguagem formal apresentada pelo padrão SAIF. O segundo subconjunto define regras de transformação, onde busca-se mapear os conceitos do paradigma da orientação a objetos par aos conceitos relacionais utilizazdos pela maioria dos softwares de SIG, disponíveis no mercado. Com a finalidade de validar a aplicabilidadee deste conjunto de regras de mapeamento e do ambiente de suporte proposto, este trabalho inclui também a implementação de um protótipo, o qual executa a automatização da trasnformação dos esquemas conceituais para os esquemas lógicos de banco de dados geográfico.

Plantas de batata (Solanum tuberosum L.) com sintomas de murcha bacteriana (MB) foram coletadas em 25 lavouras de 10 municípios de quatro regiões produtoras do Rio Grande do Sul (RS), de setembro a dezembro de 1999. Quatrocentos e noventa isolados de Ralstonia solanacearum foram obtidos e 96 e 4% identificados como biovares 1 e 2, respectivamente. A análise dos resultados da PCR-ERIC e BOX de 13 estirpes da biovar 1 e 72 da biovar 2 demonstrou baixa variabilidade genética. Através de RAPD foi possível associar local de origem do isolado com perfil eletroforético. Em outro experimento avaliou-se o comportamento de 14 cultivares e clones de batata cultivados nos períodos das safras de primavera de 1999 e 2000, em uma área naturalmente infestada com a biovar 2, em Caxias do Sul, RS. O número de plantas com sintomas foi registrado semanalmente. Os tubérculos produzidos por plantas assintomáticas foram coletados e submetidos a testes para detectar a presença de R. solanacearum. A área sob a curva de progresso da doença foi utilizada para comparar a resistência dos genótipos de batata à MB e o modelo logístico foi o que melhor se ajustou. A cultivar cruza 148 e o clone MB 03 mostraram-se como os mais resistentes, apresentando, no entanto, tubérculos com infecções latentes. As implicações da incidência de R. solanacearum em lavouras de batata e de sua variabilidade genética, assim como da resistência dos genótipos acompanhada de infecções latentes, no manejo integrado da MB no RS foram discutidas.

Tese de mestrado integrado. Engenharia Civil (Especialização em Construções). Faculdade de Engenharia. Universidade do Porto. 2009

Tese de mestrado integrado. Engenharia Electrotécnica e de Computadores. Faculdade de Engenharia. Universidade do Porto. 2012

O Vírus Zika é um arbovírus pertencente à família Flaviviridae e ao gênero Flavivirus, é constituído por RNA de cadeia simples senso positivo e foi primeiramente descrito em 1947 na floresta de Ziika, em Uganda. Este estudo, visa mapear os epitopos do Vírus Zika (ZIKV), experimento que nos permite avaliar e compreender a resposta imune do hospedeiro contra o vírus por meio da detecção de regiões imunodominantes nas proteínas virais. O processo de identificação dos epitopos de ZIKV foi realizado pela técnica de spot synthesis, que se baseia em arranjos de peptídeos relacionados às proteínas do ZIKV. Amostras de soro de pacientes residentes em áreas endêmicas de arboviroses, mães e bebês que apresentaram sintomatologia típica foram selecionadas e triadas pelo método de ELISA e PCR real time. Sequências de referência do vírus foram submetidas a análises in sílico, para a determinação das áreas de interação na superfície da proteína e suas características antigênicas, para efeito de comparação com a resposta observada pelas amostras. Os experimentos evidenciaram um alta antigenicidade nas proteínas estruturais do vírus, e em nas não-estruturais 1,3 e 5. / The Zika virus is an arbovirus belonging to the genus Flavivirus of the Flaviridae family. It consists of single-stranded positive-sense RNA and was first described in 1947 in the Ziika Forest in Uganda. This study aims to map the Zika virus (ZIKV) epitopes, in an experimental design that allows us to evaluate and understand the immune response of the host against the virus by detecting immunodominant regions in the viral proteins. The process of identification of the ZIKV epitopes was performed by the spot synthesis technique, which is based on peptide arrangements related to the ZIKV proteins. Serum samples from patients living in arboviruses endemic areas, mothers and infants presenting typical symptoms were selected and screened by ELISA and real time PCR. Reference sequences of the virus were submitted to in silico analyzes to determine the interaction areas on the surface of the protein and its antigenic characteristics, for comparison with the response observed by using serum samples. The experiments demonstrated a high antigenicity in the structural proteins of the virus, and in the non-structural proteins 1, 3 and 5.