Submitted by Jorge Silva (jorgelmsilva@ufrrj.br) on 2016-10-04T19:57:29Z No. of bitstreams: 1 2006 - Elisangela Sousa de Araujo.pdf: 1061759 bytes, checksum: 865d0167431190cf5627ccdf21cf91fb (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-04T19:57:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2006 - Elisangela Sousa de Araujo.pdf: 1061759 bytes, checksum: 865d0167431190cf5627ccdf21cf91fb (MD5) Previous issue date: 2006-02-23 / FAPERJ / CAPES / Brazil is the country with the greatest plant genetic diversity in the world with the potential still underestimated what makes it necessary to characterize local genetic material. Genetic resources are studie in several stages and identify traits of agronomic value in hardy varieties is one of the roles of gene banks (BAG's). In rice, because it is a very important crop for the diet of the brazilian population, selecting genotypes with high yield, nutritional value and adapted to the most diverse environmental conditions is a continuous search for improvement programs. In this sense, the present study aimed to adapt methodologies for protein extraction reserve and DNA of rice seeds to be used in routine laboratory for characterization of germplasm banks. After optimization of methodologies, seeds of twenty local varieties of rice grown in the state of Maranh?o different times (Experiment I: Aug-2002 to Mar-2003 and Experiment II: Nov-2002 to Jun-2003) were analyzed for study of diversity genetic (DNA and protein) and seasonality effect on its accumulation of reserves and gross protein. The analysis of variance or protein content and protein fractions was highly significant (P <0.01) between genotypes and experiments. The mean protein fractions albumin+globulin and glutelin were higher in experiment I, whose average temperatures were 330C while the average gross protein (CP) was higher than in Experiment II in which the average temperature was 410C.Varieties analyzed, the Pingo d? ?gua (220019) and Jatob? (220012) showed the highest values for PB (11.32 and 11.13%) and glutelin (83.73 and 92.86 mg flour). The molecular characterization by RAPD was based on 37 polymorphic band sand phylogenetic analysis revealed a genetic diversity at 50% training with four groups and three separate varieties. Groups based on the varieties named Lageado and Zebu branco seems to have been the shape of the grains and reason C/L. / O Brasil ? o pa?s com a maior diversidade gen?tica vegetal do mundo com potencial ainda subestimado o que torna fundamental a caracteriza??o do material gen?tico local. Os recursos gen?ticos s?o estudados em v?rias etapas e identificar caracter?sticas de valor agron?mico em variedades r?sticas ? um dos pap?is dos bancos de germoplasma (BAG?s). Em arroz, por se tratar de uma cultura muito relevante para a dieta da popula??o brasileira, selecionar gen?tipos com alta produtividade, valor nutricional e adaptados ?s mais diversificadas condi??es ambientais ? uma busca cont?nua em programas de melhoramento. Nesse sentido, o presente trabalho teve por objetivos adaptar metodologias para extra??o de prote?na de reserva e de DNA de sementes de arroz a fim de serem empregadas na rotina de laborat?rio para caracteriza??o de bancos de germoplasma. Ap?s otimiza??o das metodologias, sementes de vinte variedades locais de arroz do Estado do Maranh?o cultivadas em ?pocas distintas (Experimento I: Ago-2002 a Mar-2003 e Experimento II: Nov-2002 Jun-2003) foram analisadas para fins de estudo de diversidade gen?tica (DNA e prote?na) e efeito da sazonalidade em seu ac?mulo de prote?na bruta e reserva. A an?lise de vari?ncia para teor de prote?na e fra??es proteicas foi altamente significativa (P<0,01) entre os gen?tipos, e os experimentos. As m?dias das fra??es proteicas albumina+globulina e glutelina foram superiores no experimento I, cujas temperaturas m?dias foram de 330C enquanto que a m?dia da prote?na bruta (PB) foi superior no Experimento II em que a m?dia de temperatura foi de 410C. Das variedades analisadas, a Pingo d??gua (220019) e Jatob? (220012) foram as que apresentaram os maiores valores para PB (11,32 e 11,13%) e glutelina (83,73 e 92,86 mg.g farinha). A caracteriza??o molecular pela RAPD foi baseada em 37 bandas polim?rficas e a an?lise filogen?tica revelou uma diversidade gen?tica em 50% com forma??o de quatro grupos e tr?s variedades isoladas. Os grupos formados pelas variedades de nome Lageado e Zebu branco parecem ter sido pela forma dos gr?os e raz?o C/L.

Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-08-30T12:00:55Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_AlteracoesGenomicasQuantitativas.pdf: 6280298 bytes, checksum: b16a105099c01920d2f9f9a43d028192 (MD5) / Approved for entry into archive by Irvana Coutinho (irvana@ufpa.br) on 2017-08-30T14:59:52Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_AlteracoesGenomicasQuantitativas.pdf: 6280298 bytes, checksum: b16a105099c01920d2f9f9a43d028192 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-30T14:59:52Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_AlteracoesGenomicasQuantitativas.pdf: 6280298 bytes, checksum: b16a105099c01920d2f9f9a43d028192 (MD5) Previous issue date: 2016-05-31 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / O câncer gástrico é o quinto tipo tumoral mais frequente e a terceira maior causa de morte por câncer no mundo. A despeito do progresso no tratamento do câncer gástrico avançado, o prognóstico do paciente permanece muito ruim, principalmente em decorrência do diagnóstico tardio. Esse paradigma implica a necessidade de pesquisar e identificar biomarcadores moleculares para o diagnóstico precoce, bem como para o monitoramento da doença, contribuindo ainda para o desenenvolvimento de novas abordagens terapêuticas. Desta forma, o presente estudo objetivou investigar alterações no número de cópias de DNA no adenocarcnoma gástrico através da técnica de Hibridização Genômica Comparativa em array (aCGH) e selecionar genes para a validação em um maior número de amostras, utilizando PCR em tempo real, no intuito de encontrar potenciais biomarcadores moleculares para esse tipo tumoral. Através dos resultados do aCGH, foram identificadas 22 alterações nunca correlacionadas com a carcinogênese gástrica, bem como diversas alterações associadas significativamente com o extravasamento da serosa e com pacientes com idade igual ou inferior a 50 anos. Levando em consideração que a maioria dos genes observados alterados nunca foram descritos como envolvidos no processo de carcinogênese gástrica, foram selecionados para validação genes cujas alterações apresentaram alguma consistência com trabalhos já publicados na literatura em outros tipos de câncer. Assim, foram investigadas por PCR em tempo real as amplificações dos genes RTEL1, B4GALT5, TRPV2 e ABCA13. Os resultados demonstraram uma frequência elevada de amplificação desses genes, porém as associações estatísticas com os dados clínicopatológicos dos genes TRPV2, com pacientes jovens, e ABCA13, com o extravasamento da serosa, observadas pelo aCGH, não foram confirmadas. Por outro lado, novas associações significativas foram observadas, tais quais a amplificação recorrente do gene RTEL1, que foi associada com idade avançada e com o tipo intestinal do adenocarcinoma gástrico; a amplificação recorrente do gene B4GALT5, que foi associada com o tipo intestinal do adenocarcinoma gástrico; a amplificação recorrente do gene TRPV2, que foi associada com metástase linfonodal; a amplificação recorrente do gene ABCA13, que foi associada com metástase linfonodal e com pacientes do gênero masculino e a co-amplificação dos genes RTEL1 e ABCA13, que foi associada com estadiamento avançado. Desta forma, o aCGH mostrou-se uma ferramenta útil para a investigação de novos genes associados com a carcinogênese. Ademais, a amplificação dos genes RTEL1, B4GALT5, TRPV2 e ABCA13 parecem ter um papel importante no desenvolvimento e na progressão do câncer gástrico, podendo ser considerados potenciais marcadores desta doença. / Gastric cancer is the fifth most frequent type of cancer and the third cause of cancer mortality worldwide. Despite progression in treatment of advanced gastric cancer, the prognosis of patients remains poor, in part due to the low rate of diagnosis during its early stages. This paradigm implies the necessity to search and identify molecular biomarkers for early gastric cancer diagnosis, as well as for disease monitoring, thus contributing to the development of new therapeutic approaches. Therefore, this study aimed at investigating copy number variations in gastric adenocarcnoma through array Comparative Genomic Hybridization (aCGH) technique and selecting genes for validation in a larger sample size by using real-time PCR, in order to find potential molecular biomarkers for this tumor type. The aCGH results demonstrated 22 gene alterations never described before as correlated with gastric carinogenesis, as well as several alterations significantly associated with serosal extravasation and patients aged less than or equal 50 years. Given that most of the genes had never been described in gastric cancer, we selected for validation four gene alterations that showed some consistency with studies published in the literature for other types of cancer. Thus, we investigated by real-time PCR the amplifications of RTEL1, B4GALT5, TRPV2 and ABCA13 genes. The results showed a high frequency of amplification of these genes, but the statistical associations with clinicopathological data of TRPV2 gene with younger patients and ABCA13, with serosal extravasation, observed by aCGH, were not confirmed. Moreover, new significant associations were demonstrated, including RTEL1 recurrent amplification associated with advanced age and intestinal type of gastric adenocarcinoma; B4GALT5 recurrent amplification associated with intestinal type of gastric adenocarcinoma; TRPV2 recurrent amplification associated with lymph node metastasis; ABCA13 recurrent amplification associated with lymph node metastasis and male patients and co-amplification of RTEL1 and ABCA13 associated with advanced staging. Therefore, the aCGH proved to be a useful tool for the investigating new genes associated with carcinogenesis. Additionally, recurrent amplification of RTEL1, B4GALT5, TRPV2 and ABCA13 seem to have an important role in the development and progression of gastric cancer and can be considered as potential biomarkers for this disease.

Submitted by Jorge Silva (jorgelmsilva@ufrrj.br) on 2017-08-22T19:16:20Z No. of bitstreams: 1 2014 - Aur?lio Ludovico de Almeida Martinez.pdf: 2604129 bytes, checksum: d6ebe0ec048ae2a4b877b584b5f65e6f (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-22T19:16:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014 - Aur?lio Ludovico de Almeida Martinez.pdf: 2604129 bytes, checksum: d6ebe0ec048ae2a4b877b584b5f65e6f (MD5) Previous issue date: 2014-07-28 / CAPES / Originating from Americas, with Brazil as an important center of diversity, Capsicum occupies an important position among greenery. This study aimed to 1) to assess the genetic similarity and presence of duplicates; 2) to evaluate the resistance to anthracnose disease 3) screening viruses resistance in Capsicum baccatum accessions from Instituto Federal Goiano - Campus Ceres genebank. The genetic similarity was determined by molecular characterization at Embrapa Recursos Gen?ticos e Biotecnologia through RAPD and ISSR markers and morphological descriptors defined for Capsicum spp. According to the molecular and morphological characterization it was confirm the genetic diversity among C. baccatum accessions and the lack of duplicates. The anthracnose resistance was evaluated at 50 and 120 days after the dispersion of pepper powder prepared from infected peppers, considering incidence (presence or absence of lesions in fruits) and disease severity (surface damage percentage to the surface total of fruit) through images processing of diseased fruits. The essay was carried out under field conditions, using augmented randomized complete block design with fifteen plants per plot and three commercial varieties as control. Significant difference was observed especially in disease severity between treatments in both periods observed. The viruses incidence was evaluated in two field experiments in the periods between June-December 2012 and January-June 2013. DAS-ELISA test was performed with absorbance reading at 405 nm on a plate reader, all symptomatic and four asymptomatic plants in all plots was sampled, at 180 days after transplanting in the first experiment, and 160 days after transplanting in second one. The Viruses evaluated were tobamovirus Pepper mild motle virus (PMMoV), the cucumovirus Cucumber mosaic virus (CMV), the tospovirus Groundnut ring spot virus (GRSV), Tomato spot wilt virus (TSWV) and Tomato chlorotic spot virus (TCSV) and potyvirus Potato virus Y (PVY) and Pepper yellow mosaic virus (PepYMV). The percentage of incidence in the first and second period evaluated, were 30% e 7% PMMoV, 6% e 27% CMV, 8% e 12% PVY, 25% e 22% PepYMV, 10% e 2% GRSV, 11% e 0% TCSV, 0% e 11% TSWV. Virus were not detected several accessions studied and are potential sources of virus resistance that should be confirmed on resistance testing under controlled conditions. / Origin?rias das Am?ricas e tendo o Brasil como importante centro de diversidade, as pimentas do g?nero Capsicum ocupam posi??o de destaque entre as hortali?as. O presente trabalho teve como objetivos: 1) verificar a similaridade gen?tica e a presen?a de duplicatas; 2) avaliar a resist?ncia ? Colletotrichum spp.; e 3) avaliar a incid?ncia de viroses em acessos de Capsicum baccatum da cole??o de germoplasma do Instituto Federal Goiano - Campus Ceres. A similaridade gen?tica foi determinada pela caracteriza??o molecular realizada na Embrapa Recursos Gen?ticos e Biotecnologia, por meio de marcadores ISSR e RAPD e descritores morfol?gicos definidos para Capsicum spp. De acordo com a caracteriza??o molecular e morfol?gica p?de-se verificar diversidade gen?tica entre os acessos C. baccatum e a inexist?ncia de duplicatas na cole??o. A resist?ncia ? antracnose foi avaliada aos 50 e 120 dias ap?s a dispers?o de p? de pimenta preparado a partir de frutos infectados, considerando incid?ncia (presen?a e aus?ncia de les?es no fruto) e severidade de doen?a (percentual de superf?cie de les?o em rela??o ? superf?cie total do fruto), a partir do processamento de imagens dos frutos doentes. A avalia??o foi realizada em condi??es de campo, utilizando desenho experimental em blocos completos casualizados aumentados com quinze plantas por parcela e tr?s variedades comerciais como testemunhas. Foi observada diferen?a significativa entre os tratamentos, especialmente na severidade da doen?a, nos dois per?odos observados. A incid?ncia de viroses foi avaliada em dois experimentos conduzidos em campo, nos per?odos entre junho a dezembro 2012 e janeiro a junho de 2013. Foi realizado teste DAS-Elisa, com leitura de absorb?ncia a 405 nm em leitora de placas, em amostras das plantas sintom?ticas e quatro plantas assintom?ticas em todas as parcelas. Os v?rus avaliados foram o tobamovirus Pepper mild motle virus (PMMoV), o cucumovirus Cucumber mosaic virus (CMV), os tospovirus Groundnut ring spot virus (GRSV), Tomato spot wilt virus (TSWV) e Tomato chlorotic spot virus (TCSV) e os potyvirus Potato virus Y (PVY) e Pepper yelow mosaic virus (PepYMV). No per?odo de junho a dezembro de 2012, os v?rus detectados e respectivo percentual de incid?ncia foram PMMoV 30%, CMV 6%, PVY 8%, PepYMV 25%, GRSV 10%, TCSV 11%, TSWV 0%. J? no per?odo de janeiro a junho de 2013, o percentual de incid?ncia dos respectivos v?rus foram: PMMoV 7%, CMV 27%, PVY 12%, PepYMV 22%, GRSV 2%, TCSV 0% e TSWV 11%. Para todos os v?rus estudados, houveram acessos nos quais n?o foi detectada a presen?a do v?rus, com destaque para IFET 64 (n?o detectado PMMoV, CMV, PepYMV e PVY), IFET 273, (n?o detectados PMMoV, PVY, TSWV, TCSV e GRSV, IFET 19 (n?o detectado CMV, PVY, TSWV, TCSV e GRSV).

O gene DMRT3 tem sido descrito como o principal gene a atuar na determinação da marcha em diversas raças equinas. O alelo A do SNP 23:g.22999655C&gt;A do DMRT3 foi apontado como responsável por essa característica. Na raça brasileira Mangalarga Marchador, a qual apresenta dois padrões de marcha com características bem definidas, os genótipos AA e CA vem sendo associados à marcha picada e o genótipo CC à marcha batida. O objetivo geral do presente prospectar regiões genômicas associadas às marchas batida e picada em equinos Mangalarga Marchador. Foram utilizados 1.230 dados fenotípicos sobre o tipo de andamento (marcha batida N = 1.006; marcha picada N = 227) e, considerando a totalidade da genealogia conhecida para cada animal, 3172 animais no pedigree. Primeiramente foram testadas estratégias de modelagem para esta característica a fim de determinar os efeitos a serem considerados no modelo, bem como a melhor forma de inclusão (efeito fixo ou aleatório). Posteriormente, foi estudada a relação entre as frequências alélicas e genotípicas do gene DMRT3 com os padrões de parentesco e endogamia de acordo com cada tipo de marcha. Um estudo de associação genômica ampla em passo único (considerando informações de animais genotipados e não-genotipados simultaneamente) foi conduzido para verificar regiões genômicas, polimorfismos de nucleotídeo único e genes relacionados com a determinação do tipo de marcha em cavalos Mangalarga Marchador. Vinte e dois polimorfismos de nucleotídeo único localizados nos cromossomos 4(N = 5), 6 (2), 16 (1), 23 (11), 26 (1) e 29 (2), foram responsáveis por 42,43% da variância genética aditiva. Foram associados ao tipo de marcha 69 genes, mas cerca de 39 não estavam anotados em equinos. Foi conduzido um blast a fim de recuperar a função mais provável destes genes. Foram encontradas oito vias metabólicas associadas ao tipo de marcha. Os principais genes envolvidos estavam relacionados à percepção de estímulos externos, metabolismo energético-oxidativo, sistema imune e aprendizado e ritmo da locomoção. Não foi possível identificar a(s) variante(s) causal(ais) do tipo de marcha, contudo este estudo foi o primeiro e verificar que a possível determinação genética do tipo de marcha em cavalos Mangalarga Marchador passa por diferenças em níveis metabólicos que garantem a adaptação dos animais ao tipo de andamento. / The DMRT3 gene has been described as the main gene to act in gait determination in several equine breeds. The allele A of the SNP 23:g.22999655C&gt;A of DMRT3 gene was identified as responsible for this trait. In the Brazilian Mangalarga Marchador breed, which presents two gait patterns with characteristics well defined, the AA and CA genotypes have been associated with marcha picada gait and CC genotype with marcha batida gait. The general aim of this study was to prospect genomic regions associated with marcha batida and marcha picada gaits in Mangalarga Marchador equines. 1,230 phenotypic data were used on the type of gait (marcha batida N = 1.006; marcha picada N = 227) and, considering the totality of known genealogy for each animal, 3,172 animals in the pedigree. Firstly, modelling strategies were tested for this trait in order to determine the effects to be considered in the model, as well as the best form of inclusion (fixed or random effect). Based on the best modelling strategy to be used, the relationship between the allelic and genotypic frequencies of the DMRT3 gene with kinship and inbreeding patterns was studied according to each type of gait. A single-step wide genomic association study (considering information from both genotyped and non-genotyped animals simultaneously) was conducted to verify genomic regions, single nucleotide polymorphisms and genes related to determination of gait type in Mangalarga Marchador horses. Twenty two single nucleotide polymorphisms located on chromosomes 4 (N = 5), 6 (2), 16 (1), 23 (11), 26 (1) and 29 (2) were responsible for 42.43% of the additive genetic variance. 69 genes were associated with gait type, but about 39 were not annotated in horses. A blast was conducted in order to recover the most likely function of these genes. Eight metabolic pathways were found associated with gait type and the main genes involved were related to the perception of external stimuli, energy-oxidative metabolism, immune system and learning and rhythm of locomotion. It was not possible to identify the causal variant(s) of the type of gait; however, this study was the first and to verify that the possible genetic determination of gait type in Mangalarga Marchador horses goes through differences in the metabolic levels that guarantee the adaptation of the animals to the type of gait.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:40:08Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1132396 bytes, checksum: 0b291e326e4243ffd6914eba9be519bb (MD5) Previous issue date: 2007-08-03 / Fundação de Amparo a Pesquisa do Estado de Minas Gerais / The Bank of Germplasm of Vegetables (BGH) of the Federal University of Viçosa, it maintains about 870 accesses of the gender Lycopersicon, many of them still no characterized. That culture is attacked by countless curses, where the flywhite (Bemisia tabaci) one of the most important is considered. Starting from 1994, it happened the introduction of a new biotype of B. tabaci in Brazil (biotype B), responsible for the spread of new begomovírus species in tomato. One of those new species, Tomato yellow spot virus (ToYSV), it causes severe symptoms and with high precocity in the tomato. Inside of this context, our work had as objectives: (1) to evaluate 96 tomato accesses (Lycopersicon esculentum Mill.) as the resistance to the gemivirus Tomato yellow spot virus and (2) to characterize the genetic variability starting from molecular data. The resistance to ToYSV was evaluated through a selection being inoculated the accesses through agroinoculação and he saw biobalística, using the isolated of ToYSV Bi2. As a result of that selection it was selected the accesses that manifested the largest resistance pattern and again inoculated. The accesses that showed as resistant they were selected again and inoculated the same conditions low, being planted 20 plants by accesses. It was evaluated her witnesses from the virus in a visual way to the 10, 20 and 30 days after inoculation. The visual evaluation was confirmed through PCR and hybridization. The accesses were fenotipados tends as base the percentage of infected plants confirmed by PCR and hybridization, of the total of inoculated plants. The molecular variability was characterized using molecular markers ISSR. The accesses were sowed in vegetation house and leaves of three plants by access were collected for extraction in bulk of DNA. Ten molecular markers anchored ISSR were used. The bands analyzed for each employed primer allowed the construction of the head office of binary data. The head office was used in I calculate it of the dissimilar using the complement of the coefficient of similarity of Jaccard. The head office was used in the accomplishment of the groupings by the method of optimization of Tocher and hierarchical UPGMA. Of the 96 accesses inoculated through agroinoculação, 31 accesses were selected classified as highly resistant (AR), being inoculated through biobalistica and selected among of them 4 accesses. The 4 selected accesses were inoculated again and as result he stood out the access BGH-224 that was classified as AR with only 10% of infected plants, and suitable as promising access for obtaining of you cultivate with resistance to ToYSV. The markers ISSR generated, together, 53 bands polymorphic of a total of 144 amplified. The primer 840 generated the largest number of bands polimórficas, with 18% (13 bands) of the 144 bands obtained by the 10 used primers. The size of the amplified fragments varied from 250 to 2000 pb. By the evaluation of the dendrogram obtained by the grouping method UPGMA and the grouping for the method Tocher, it was possible to differentiate the accesses. The access BGH- 980 was classified separately, being the most divergent of the tested accesses. They were classified in groups of 2 accesses the equal of accesses BGH- 674 and BGH-991, BGH-616 and BGH-970, that constitute duplicated accesses. The markers ISSR were useful in the characterization of the variability of the accesses of Lycopersicon esculentum, amplifying relatively high number of locos for primer, being enough to discriminate the appraised accesses. / O Banco de Germoplasma de Hortaliças (BGH) da Universidade Federal de Viçosa, mantém cerca de 870 acessos do gênero Lycopersicon, muitos deles ainda não caracterizados. Essa cultura é atacada por inúmeras pragas, onde a mosca-branca (Bemisia tabaci) é considerada uma das mais importantes. A partir de 1994, ocorreu a introdução de um novo biótipo de B. tabaci no Brasil (biótipo B), responsável pela disseminação de novas espécies de begomovírus em tomateiro. Uma dessas novas espécies, o Tomato yellow spot virus (ToYSV), causa sintomas severos e com alta precocidade no tomateiro. Dentro deste contexto, nosso trabalho teve como objetivos: (1) avaliar 96 acessos de tomateiro (Lycopersicon esculentum Mill.) quanto a resistência ao gemivirus Tomato yellow spot virus (ToYSV) e (2) caracterizar a variabilidade genética a partir de dados moleculares. A resistência ao ToYSV foi avaliada através de uma triagem, sendo inoculados os acessos via agroinoculação e via biobalística, empregando o isolado de ToYSV Bi2. Como resultado dessa triagem foi selecionado os acessos que manifestaram o maior padrão de resistência e foram novamente inoculados. Os acessos que se manifestaram como resistentes foram selecionados novamente e inoculados baixo as mesmas condições, sendo plantadas 20 plantas por acessos. Foi avaliada a presencia do vírus de modo visual aos 10, 20 e 30 dias após inoculação. Foi confirmada a avaliação visual via PCR e hibridização. Os acessos foram fenotipados tendo como base a porcentagem de plantas infectadas confirmadas por PCR e hibridização, do total de plantas inoculadas. A variabilidade molecular foi caracterizada empregando marcadores moleculares ISSR. Os acessos foram semeados em casa de vegetação e folhas de três plantas por acesso foram coletadas para extração em bulk do DNA. Dez marcadores moleculares ISSR ancorados foram empregados. As bandas analisadas para cada primer empregado permitiu a construção da matriz de dados binários. A matriz foi empregada no calculo da dissimilaridade utilizando o complemento do coeficiente de similaridade de Jaccard. A matriz foi empregada na realização dos agrupamentos pelo método de otimização de Tocher e hierárquico UPGMA. Dos 96 acessos inoculados via agroinoculação, foram seleccionados 31 acessos classificados como Altamente Resistente (AR), sendo inoculados via biobalística e selecionados dentre deles 4 acessos. Os 4 acessos selecionados foram inoculados novamente e como resultado destacou-se o acesso BGH-224 que foi classificado como AR, com apenas 10% de plantas infectadas, e indicado como acesso promissor para obtenção de cultivares com resistência ao ToYSV. Os marcadores ISSR geraram, em conjunto, 53 bandas polimórficas de um total de 144 amplificadas. O primer 840 gerou o maior número de bandas polimórficas, com 18 % (13 bandas) das 144 bandas obtidas pelos 10 primers empregados. O tamanho dos fragmentos amplificados variou de 250 a 2000 pb. Mediante a avaliação do dendrograma obtido pelo método de agrupamento UPGMA e o agrupamento pelo método Tocher, foi possível diferenciar os acessos. O acesso BGH-980 foi classificado isoladamente, sendo o mais divergente dos acessos testados. Foram classificados em grupos de 2 acessos os pares de acessos BGH-674 e BGH-991, BGH-616 e BGH-970, ainda que semelhantes não constituem acessos duplicados. Os marcadores ISSR foram úteis na caracterização da variabilidade dos acessos de Lycopersicon esculentum, amplificando número relativamente elevado de locos por primer, sendo suficiente para discriminar os acessos valiados.

Submitted by Cleber Casali (clebercasali@ufv.br) on 2017-06-01T18:56:32Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 3178138 bytes, checksum: 36dc59dea6244885fb4b6dc4cae0f6fa (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-01T18:56:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 3178138 bytes, checksum: 36dc59dea6244885fb4b6dc4cae0f6fa (MD5) Previous issue date: 2004-11-03 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Três populações de retrocruzamento 1 (RC 1 ) e uma população F 2 foram obtidas a partir do cruzamento “Mundo Novo IAC 464-18 x Híbrido de Timor UFV 440-22”, sendo elas: população 1, RC 1 - [(“Mundo Novo IAC 464-18 x Híbrido de Timor UFV 440-22”) x (“Mundo Novo IAC 464-18”)], com 28 plantas; população 2, RC 1 - [(“Mundo Novo IAC 464-18”) x (“Mundo Novo IAC 464-18 x Híbrido de Timor UFV 440-22”)], com 40 plantas; população 3, RC 1 - [(“Mundo Novo IAC 464-18 x Híbrido de Timor UFV 440-22”) x (“Híbrido de Timor UFV 440-22”)], com 86 plantas; e população 4, F 2 - com 47 plantas, obtida a partir da autofecundação controlada de uma planta F 1 (H 464-2). Inicialmente foram estimados os coeficientes de repetibilidade e seus respectivos coeficientes de determinação, por meio dos métodos dos componentes principais e análise estrutural, a partir das matrizes de covariância e correlação. As características agronômicas avaliadas foram: altura da planta (ALTP), diâmetro da copa (DICP), vigor vegetativo (VIVG), posição da ramificação principal (PRAP), número de ramos laterais (NRAL), número de nós no ramo principal (NNRP), número de nós nos ramos laterais (NNRL), altura do primeiro ramo (ALPR) e diâmetro do caule (DIAC). As avaliações fenotípicas foram realizadas em cinco sucessivas épocas de avaliação (novembro de 2002 a novembro de 2003), com intervalo de três meses entre avaliações, exceto para o DIAC que foram quatro, sendo estas iniciadas a partir da segunda época de avaliação das demais características. As populações 1 e 2 (RC 1 s) e 4 (F 2 ) foram avaliadas, a partir de 17 meses e a população 3, RC 1 a partir de 50 meses. As altas estimativas de repetibilidade das nove características (épocas 1 a 5) nas quatro populações segregantes de café arábica, além da existência de correlações significativas a 1% de probabilidade, apontam tais características como bons indicadores da acurácia na identificação dos locos controladores das características quantitativas (QTLs) para a seleção precoce. Neste sentido, marcadores do tipo RAPD foram utilizados para construção de dois mapas de ligação, utilizando-se LOD escore mínimo (logaritmo na base 10 da razão entre a probabilibildade de que os marcadores estejam ligados e a probabilidade de que eles não estejam ligados) de 3,0 e r (freqüência máxima de recombinação entre o QTL e o marcador) de 0,40. Para a população 3, RC 1 um dos objetivos foi aumentar o número de marcas no mapa de ligação do cafeeiro, construído pelo programa de melhoramento do cafeeiro da Universidade Federal de Viçosa (UFV)/Empresa de Pesquisa Agropecuária de Minas Gerais (EPAMIG). Tais mapas foram construídos, visando caracterizar e identificar os possíveis QTLs candidatos associados a essas características. Cinqüenta marcadores RAPD foram acrescentados ao mapa parcial da população 3, RC 1 . Um total de 137 marcadores RAPD foram obtidos, dos quais 124 (90,51%) apresentaram segregação 1:1 (P < 0,01), 13 (9,49%) segregação (2:1). Para a construção do mapa, foram utilizados os 124 marcadores, que segregaram 1:1, sendo que 26 não mostraram-se ligados aos grupos formados. Noventa e oito marcadores RAPD resultaram em 10 grupos de ligação (GLs) cobrindo 789,55 cM. Os quatro primeiros grupos obtidos tiveram boa densidade de marcadores. O maior intervalo entre dois marcadores adjacentes foi 33,42 cM, sendo que 88,64% dos intervalos não excederam 20 cM. Na população segregante 4, F 2 , 97 marcadores RAPD foram utilizados para construção do mapa, sendo que 35 não mostraram-se ligados aos grupos formados. Sessenta e dois marcadores RAPD resultaram em 13 GLs cobrindo 339,71 cM. O maior intervalo entre dois marcadores adjacentes foi 20,58 cM, sendo que 97,96% dos intervalos não excederam 20 cM. As metodologias de marca simples, mapeamento por intervalo simples e mapeamento por intervalo composto foram empregadas, para detectar e mapear regiões genômicas associadas às nove características agronômicas mencionadas anteriormente. A metodologia de marca simples além de indicar marcadores consistentes, que explicam as variações das características ALTP, DICP, VIVG, PRAP, NRAL, NNRL e ALPR (população 3, RC 1 ) e ALTP, DICP, PRAP, NRAL, NNRP, NNRL e ALPR (população 4, F 2 ) (épocas 1 a 5), apontaram dois e três marcadores, respectivamente, associados a mais de uma característica nessas populações. Tais marcadores são: a) OPZ09 associado ao VIVG e a ALPR; e OPAK08b associado ao NNRL e a ALPR (população 3, RC 1 ); e b) OPAL12 associado a PRAP e a ALPR; OPAX20 associado ao NRAL e ao NNRP; e OPAR02 associado ao NNRL e a ALPR (população 4, F 2 ). As metodologias de marca simples e mapeamento por intervalo composto detectaram e identificaram um QTL associado a PRAP e um outro ligado a ALPR. Tais QTLs foram consistentes (épocas 1 a 5), e estão presentes nos GLs 5 e 9 do mapa parcial de ligação da população 3, RC 1 , respectivamente, para a PRAP e a ALPR. Estes QTLs explicam de 12,25% a 16,48% e de 8,27 a 8,44% da variação fenotípica da característica PRAP, associada aos locos OPV17 e OPS10a, além da ALPR associada ao loco OPAK08b. Para a população 4, F 2 , um QTL consistente (épocas 1 a 5), associado a ALPR foi detectado e identificado por meio das metodologias de marca simples, mapeamento por intervalo simples e mapeamento por intervalo composto. Tal QTL está presente no GL 4 do mapa parcial de ligação da população 4 (F 2 ). Este QTL explica entre 29,14% a 29,41% (épocas 1 e 2) e entre 30,32 a 30,45% (épocas 3 a 5) da variação fenotípica da característica ALPR associada aos locos OPAE05 e OPG14. O número reduzido de QTLs detectados no presente estudo é devido à baixa saturação do mapa, número reduzido das progênies e a utilização de um só tipo de marcador (dominante). O número de grupos de ligação, obtidos para as duas populações segregantes mapeadas, é inferior ao correspondente número haplóide de cromossomos (22). Sendo assim, o genoma de Coffea arabica L. foi parcialmente explorado e muitas regiões ainda não foram identificadas. / Three populations of a backcross 1 (RC 1 ) and one population F 2 were obtained from the cross between “Mundo Novo IAC 464-18” and “Híbrido de Timor UFV 440-22”. The populations obtained were: population 1, RC 1 - [(“Mundo Novo IAC 464-18 x Híbrido de Timor UFV 440- 22”) x (“Mundo Novo IAC 464-18”)] with 28 plants; population 2, RC 1 - [(“Mundo Novo IAC 464-18”) x (“Mundo Novo IAC 464-18 x Híbrido de Timor UFV 440-22”)] with 40 plants; population 3, RC 1 - [(“Mundo Novo IAC 464-18 x Híbrido de Timor UFV 440-22”) x (“Híbrido de Timor UFV 440-22”)] with 86 plants; and population 4, F 2 - with 47 plants obtained from a controlled selffecundation of a plant F 1 (H 464-2). Initially, the repeatability coefficients and their respective determination coefficients were estimated by using the methods of main components and structural analysis from the matrix of covariance and correlation. The following agronomic characteristics were evaluated: height plant, canopy diameter, vegetative vigor, position of the primary ramification, number of lateral branches, number of nodes on the main branch, number of nodes on the lateral branches, height of the first branch and stem diameter. The phenotypic evaluations were done at five seasons (November 2002 to November 2003) with three months period between them except for the stem diameter which was evaluated in four seasons initiated at the second times of the other characteristics. The populations 1 and 2 (RC 1 s) and 4 (F 2 ) were evaluated from the 17 th month and the population 3, RC 1 from the 50 th month. The high stimates of repeatability coefficients of the nine characteristics (seasons 1 to 5) on the four segregant populations of arabic coffee, besides having correlations significant at 1% of probability, show that the characteristics studied were good indicators of the accuracy on the identification of quantitative trait loci (QTLs) to reach early selection. At the same trend, markers as RAPD were used to construct two maps of ligation using minimum value 3.0 for LOD score (log 10 obtained from the ratio between the probability that the markers were ligated and the probability of that they were not) and r (maximum frequency of recombination between the QTL and the marker) of 0.40. For the population 3, RC 1 , one of the goals was to increase the number of markers on the ligation map of coffee constructed in the coffee breeding program of the “Universidade Federal de Viçosa (UFV)/Empresa de Pesquisa Agropecuária de Minas Gerais (EPAMIG)”. These maps were constructed with the goal to characterize and identify possible QTLs candidates associated with these characteristics. Fifty RAPD markers were added to the parcial map of population 3, RC 1 . A total of 137 RAPD markers were obtained with 124 (90.51%) of them showing segregation 1:1 (P < 0,01) and 13 (9.49%) with segregation 2:1. In order to construct the map, 124 markers that segregated 1:1, with 26 of them not showing ligation with the formed groups, were used. Ninety-eight RAPD markers resulted on 10 groups of ligation (LGs) covering 789.55 cM. The four first groups obtained showed a good density of markers. The longest space between the two adjacent markers was 33.42 cM with 88.64% of the intervals not exceding 20 cM. On the segregant population 4(F 2 ), 97 RAPD markers were used to construct the map with only 35 of them not showing ligation with the formed groups. A total of 62 RAPD markers resulted in 13 LGs that covered 339.71 cM. The longest interval between two adjacent markers was 20.58 cM with 97.96% of the intervals not exceding 20 cM. The methodologies of simple markers, simple interval mapping and composite interval mapping were used to detect and to map genomic the regions associated with the nine agronomic characteristics cited above. The methodology of simple markers, besides to indicate consistent markers that explain the variation on the characteristics height plant, canopy diameter, vegetative vigor, position of the primary ramification, number of lateral branches, number of nodes on the lateral branches and height of the first branch (population 3, RC 1 ) and height plant, canopy diameter, xiiiposition of the primary ramification, number of lateral branches, number of nodes on the main branch, number of nodes on the lateral branches and height of the first branch (population 4, F 2 ; seasons 1 to 5) indicated two and three markers, respectively, associated with more than one characteristics these populations. These markers were: OPZ09 associated with vegetative vigor and height of the first branch; and OPAK08b associated with number of nós on the lateral branches and height of the first branch (population 3, RC 1 ); and b) OPAL12 associated with the position of the primary ramification and height of the first branch; OPAX20 associated with number of lateral branches and number of nodes on the main branch; and OPAR02 associated with number of nodes on the lateral branches and height of the first branch (population 4, F 2 ). The methodologies of simple markers and the composite interval mapping detected and identified one QTL associated with the position of the primary ramification and another one ligated with the height of the first branch. These QTLs were consistent (seasons 1 to 5) and were present on LGs 5 and 9 of the parcial map of ligation for population 3, RC 1 , respectively, to position of the primary ramification and height of the first branch. This explain 12.25% to 16.48% and from 8.27% to 8.44% of the phenotypic variation of the characteristic position of primary ramification associated with the loci OPV17 and OPS10a besides the height of the first branch associated to the locus OPAK08b. Regarding population 4 (F 2 ), one consistent QTL (seasons 1 to 5) associated with the height of the first branch was detected and identified by the methodologies of simple markers, simple interval mapping and composite interval mapping. This QTL is present on LG 4 of the parcial map of ligation from population 4 (F 2 ). This explain from 29.14% to 29.41% (seasons 1 and 2) and from 30.32% to 30.45% (seasons 3 to 5) of the phenotypic variation of the characteristic height of the first branch associated to loci OPAE05 and OPG14. The reduced number of QTLs detected on this study was due to the low saturation of the map, reduced number of progenies and the use of a single kind of marker (dominant). The number of groups of ligation obtained to the two segregant populations maped is lower than the correspondent number of cromossome haploid (22). Therefore, the genome of Coffea arabica L. was parcially explored and many regions were not identified.

Submitted by Nathália Faria da Silva (nathaliafsilva.ufv@gmail.com) on 2017-10-10T18:16:30Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 13406581 bytes, checksum: 15d4117957a92e914ab43a5c6615e1ba (MD5) / Made available in DSpace on 2017-10-10T18:16:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 13406581 bytes, checksum: 15d4117957a92e914ab43a5c6615e1ba (MD5) Previous issue date: 2000-03-02 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A mancha-angular, causada pelo fungo Phaeoisariopsis griseola (Saco) Ferraris, é atualmente uma das principais doenças do feijoeiro no Brasil. O patógeno apresenta alta variabilidade, e o desenvolvimento de novas variedades depende da identificação de novas fontes de resistência. Trabalhos recentes têm demonstrado a alta diversidade genética desse patógeno e a sua co-evolução com os grupos Andino e Mesoamericano de feijoeiro. Trabalhos acerca da herança da resistência a P. griseola têm evidenciado uma herança monogênica dominante em alguns casos e recessiva em outros. Os objetivos dessa série de estudos foram investigar a diversidade genética de P. griseola, determinar a herança da resistência e identificar marcadores RAPD e SCAR ligados ao gene de resistência à mancha-angular no cruzamento entre Rudá e Cornell 49-242. Para avaliar a diversidade genética de isolados de P. griseola coletados no Estado de Minas Gerais e em diversos estados brasileiros. foi utilizada uma série diferenciadora composta de 12 variedades de feijão e marcadores RAPD. Os estudos acerca da diversidade genética confirmaram a 17 raças fisiológicas. O patótipo 63.31 foi a raça que agrupou o maior numero de isolados, estando distribuída em quatro das cinco regiões amostradas. Apenas um isolado apresentou reação de compatibilidade com todos os genótipos da série diferenciadora e foi classificado como do patótipo 63.63, o que indicou a necessidade de inclusão de novos genótipos na série diferenciadora. Por meio do uso do primer OPAA 11 e dos dados do fenótipo de virulência, determinou-se a presença do acervo Mesoamericano no Estado de Minas Gerais. Foram estudados 39 isolados provenientes de diversos estados brasileiros, tendo sido identificados 20 patótipos. Além da determinação da diversidade genética, foram testadas nove potenciais fontes de resistência. 0 cultivar México 54 evidenciou-se como o mais resistente, apresentando reação de incompatibilidade a 20 das 25 raças testadas. Os cultivares AND 277, MAR 2, Cornell 49-242, Bat 332 e G 5686 também se destacaram como boas fontes de resisténcia. O cultivar Rudá foi suscetível à maioria dos isolados testados. Os resultados do estudo de herança indicaram a presença de um gene dominante controlando a resistência à mancha-angular no cultivar Cornell 49-242. Foram mapeados dois marcadores RAPD (OPNOZ 890 e OPEO4 650) ligados em fase de acoplamento a 3,2 e 12,5 CM do gene de resistência. 0 fragmento NOOZ 890 foi transformado em um marcador do tipo SCAR. Foi proposta a designação Phg-2 para o gene de resistência presente no cultivar Cornell 49-242. As análises efetuadas na série diferenciadora indicaram que alguns genótipos não são bons diferenciadores da mancha-angular. Fatores experimentais podem estar contribuindo para uma classificação incorreta dos patótipos de P. griseola. / Angular leaf spot, caused by fungus Phaeoisariopsis griseola (Saco) Ferraris, is one of the most important bean disease in Brazil. The pathogen has demonstrated to be highly variable and breeding programs dependent on the identification of new resistance genes to develop resitant cultivars. Recent studies demonstrated a high genetic diversity of this pathogen and its co- evolution with the Andean and Mesoamerican common bean groups. Several works has demonstrated that resistance to this pathogen has been attributed to one gene, sometimes dominant or recessive. The objective of this study were to determinate the inheritance of the resistance and to identify RAPD and SCARs markers linked to angular leaf spot resistance gene in the cross between Cornell 49 -2424 and Ruda, and to assay the genetic diversity P. griseola isolates from the state of Minas Gerais and from others Brazilian states. A differential series composed of 12 bean varieties and RAPD markers were used. Out of 49 isolates tested in Minas Gerais state, 17 races were identified. Race 63.31 grouped the greatest number of isolates. being distributed in four of the five studied regions. The virulence phenotypes showed a high virulence of the isolates. One isolate presented a reaction of compatibility with all genotypes of the differential series and was classified as being from race 63.63, wich suggest the introduction of the new genotypes in the series. The use of OPAA 11 primer and differential series, suggest the group mesoamerican in Minas Gerais state presence. The genetic diversity of 39 P. griseo/a isolates from the seven brasilian states were studied. The results confirmed a variability of the pathogen in Brazil: in 30 isolates tested, 20 phisiological races were obtained. In this study, not only the determination of the races was carrie out, but also nine potential resistance sources were tested. The results confirmed a variability of the pathogen in Mlnas Gerais state and in Brazil. The Mexico 54 cultivar was the most resistant, pressenting incompatibility reaction to 20 of the 25 races tested. AND 277, MAR-2, Cornell 49-242, BAT 332 and (55686 cultivars were good resistance sources. The cultivar Rudá, type, was susceptible to most of the isolates. In the inheritance study, the results indicated that a single gene dominant controls resistance in Cornell 49-242. Two RAPD markers were mapped OPNo2 ago and OPEO4 650 in coupling phase at 3.2 and 12.5 CM from the resistance gene. The No02 890 fragment was transformed into a SCAR marker and we proposed the designation Phg-2 for the angular leaf spot resistance gene in cultivar Cornell 49-242. The use of RAPD markers and the characterization of the pathotypes of P. griseola indicate the necessity of the substitution of some genotypes and the standardization of the protocols and methodologies related to the characterization of the genetic variability of P. griseola.

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2016-04-22T11:01:49Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 3258723 bytes, checksum: 86a5f49b070b6d78e456fa633e53bd18 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-22T11:01:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 3258723 bytes, checksum: 86a5f49b070b6d78e456fa633e53bd18 (MD5) Previous issue date: 2015-12-17 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais / Aplicações recentes da predição genômica na área vegetal têm incentivado o seu uso em melhoramento de plantas. O desenvolvimento de ferramentas genômicas para acelerar o melhoramento de cana-de-açúcar está atrasado em comparação com outras grandes culturas, portanto, estudos empíricos devem ser realizados para avaliar a utilidade desta abordagem para o melhoramento desta importante cultura. Os objetivos desse trabalho foram: i) avaliar a acurácia da predição de quatro caracteres quantitativos de cana-de- açúcar usando informação de marcadores SNPs e ii) comparar acurácias entre predições usando pedigree e informação genômica. Valores genéticos foram preditos em uma população de melhoramento da fase T2 de 514 indivíduos genotipados com 37.024 marcadores SNP. Cinco modelos preditivos foram avaliados: Genomic BLUP (GBLUP), Bayesian LASSO (BL), Bayes A (BA), Bayes B (BB) e Bayesian Ridge Regression (BRR). As acurácias dos métodos foram avaliadas através da correlação entre valores genéticos preditos e observados por meio de validação cruzada. Os métodos apresentaram valores de acurácia muito semelhantes. No entanto, houve diferenças marcantes nas acurácias obtidas entre características. A maior acurácia foi obtida para fibra pelo método BRR (0,57) e a menor foi obtida para toneladas de pol por hectare pelo método Bayes B (0,07). Na comparação da predição utilizando pedigree e informação genômica exibiu valores mais elevados de correlação, bem como desvio padrão inferior, exceto para toneladas de cana por hectare e toneladas de pol por hectare. A informação genômica explicou maior proporção da variância genética em comparação com o pedigree. Acurácias satisfatórias foram obtidos utilizando informação genômica, especialmente para percentual de pol em cana e porcentagem de fibra em bagaço. Assim, sua utilização pode ser um abordagem eficaz para a melhoria das características agronômicas desejáveis em uma cultura poliplóide complexa. / The development of genomic tools for speed up sugarcane breeding has been delayed compared to other major crops, therefore, empirical studies must be conducted to evaluate the usefulness of this approach on this important crop. The objectives of our study were: i) to assess the accuracy of prediction of four quantitative traits using genomic information of SNP markers in a commercial sugarcane breeding population; ii) to compare the accuracy between predictions using pedigree and genomic information. Genetic values were predicted in a second phase trial population of 514 individuals genotyped with 37,024 SNP markers. Five statistical predictive models were evaluated: Genomic BLUP (GBLUP), Bayesian LASSO (BL), Bayes A (BA), Bayes B (BB) and Bayesian Ridge Regression (BRR). Accuracies of the methods were assessed through the correlation between observed and predicted genetic values in a lO-fold cross validation. The methods exhibited very similar accuracy values regarding the trait. Nevertheless, there were marked differences among traits. The highest accuracy was obtained for FB by the BRR method (0.57) and the lowest was obtained for TPH by Bayes B method (0.07). Two models (pedigree - P and pedigree + genomic - P+G) were fitted and used to predict the traits in order to compare the prediction accuracy using pedigree and genomic information. Overall, P+G exhibited higher correlation values, as well as lower standard deviation, except for the traits TSH and TPH. Genomic information explained higher proportion of the genetic variance in comparison to the pedigree. Satisfactory accuracies were obtained by using genomic information, especially for pol percentage in sugarcane and fiber percentage in bagasse. Thus, the use of genomic information could be more efficient per unit of time for improvement of desirable agronomic traits in a complex polyploid crop.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Essa dissertação apresenta um estudo sobre o acúmulo de matéria orgânica nos sedimentos do complexo estuarino lagunar Mundaú Manguaba (CELMM) utilizando lipídios (ácidos graxos, esteróis e alcoóis lineares) como marcadores moleculares , com o objetivo de avaliar as fontes (naturais e antrópicas) e a variação espacial e temporal na composição da matéria orgânica sedimentar, assim como a influência dos processos diagenéticos sobre a qualidade e a preservação da mesma. O CELMM é caracterizado por um alto potencial de reciclagem e retenção de materiais e está sujeito a diversas atividades antropogênicas, incluindo a urbanização e as práticas de monocultura de cana-de-açúcar, além de sofrer um processo acelerado de degradação ambiental. Através de análise estatística multivariada foi possível discenir as fontes dos lipídios e, a partir disto, identificar as contribuições de matéria orgânica planctônica (fitoplâncton e zooplâcton), terrígena e bacteriana para os diferentes compartimentos do CELMM. Foi possível identificar um incremento no acúmulo de matéria orgânica de origem autóctona nas lagoas nos últimos anos. Este efeito foi mais significativo em Mundaú, reflexo do maior nível de alteração antrópica nessa lagoa. O nível de contaminação fecal avaliado através de esteróis fecais pode ser considerado de médio a baixo, quando comparados com outros locais que também apresentam influência antrópica significativa. A transformação diagenética da matéria orgânica, avaliada através das razões estanol/esterol, mostrou que a atividade bacteriana no CELMM é significativa ainda na coluna dágua ou na interface água-sedimento, mas que após o soterramento a matéria orgânica fica preservada. / This thesis presents a study on the accumulation of organic matter in the sediments of the complex estuarine lagoon Mundaú Manguaba (CELMM) using lipids (fatty acids, sterols and linear alcohols) as molecular markers to evaluate the sources (natural and anthropogenic) and spatial and temporal variation in the composition of sedimentary organic matter, as well as the influence of diagenetic processes on the quality and preservation of it. The CELMM is characterized by a high potential for recycling and storage of materials and is subject to various anthropogenic activities, including urbanization and practice of monoculture of cane sugar, in addition to suffering an accelerated process of environmental degradation. By multivariate analysis was possible to discern sources of lipids, and from this, identify the contributions of organic matter - plankton (phytoplankton and zooplankton), terrigenous and bacterial - for different sectors CELMM. It was possible to identify an increase in the accumulation of organic matter of autochthonous origin in the lagoons in recent years. This effect was more significant in Mundaú, reflecting the higher level of anthropogenic disturbance at the pool. The level of fecal contamination - assessed through fecal sterols - may be considered medium to low compared with other sites that also have significant human influence. The diagenetic transformation of organic matter as measured by the reasons stanol / sterol, showed that bacterial activity in CELMM is significant even in the water column or sediment-water interface, but that after the burial of organic matter is preserved.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:08Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-07-13Bitstream added on 2014-06-13T19:54:04Z : No. of bitstreams: 1 flavio_jjp_me_jabo.pdf: 7798295 bytes, checksum: a6d1d337887684e0a4299a7e243d1fe8 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / O presente trabalho objetivou avaliar diferentes árvores matrizes de Guazuma ulmifolia Lam. a partir de caracteres biométricos de frutos e sementes, parâmetros da qualidade fisiológica de sementes e por marcadores moleculares AFLP. Foram amostradas 41 árvores matrizes no município de Jaboticabal, SP. Para a análise biométrica avaliou-se a massa fresca de frutos e sementes, o comprimento e o diâmetro dos frutos. O teste de germinação foi conduzido a 30 ºC, sobre duas folhas de papel mata-borrão e fotoperíodo de 8 h. O teste de envelhecimento acelerado foi conduzido a 45 ºC por 96 h e o teste de condutividade elétrica foi conduzido a 25 ºC por 24 h. O delineamento estatístico foi o de blocos casualizados, com quatro repetições por tratamento, e as médias comparadas pelo teste de Scott-Knott (P 0,05). Para a análise molecular, realizou-se o bandeamento produzido por cada “primer”, conferindo o parâmetro “1” para a presença e “0” para a ausência de banda. A divergência genética foi determinada pelos métodos de Tocher e UPGMA para os dados de sementes e frutos e pelo método UPGMA para os dados moleculares. Há grande variação entre os caracteres avaliados; os testes de germinação e envelhecimento acelerado evidenciam a variabilidade na qualidade das sementes; o teste de condutividade elétrica não é eficiente para discriminar as árvores matrizes; a análise molecular foi eficiente para a discriminação das árvores matrizes; não há relação entre os agrupamentos das árvores matrizes pelos diferentes métodos, sendo, a combinação dos mesmos, útil na maximização do potencial genético do germoplasma avaliado; recomenda-se coletar sementes de maior número possível de árvores matrizes para garantir a representatividade da variabilidade genética da espécie / This study aimed to evaluate different Guazuma ulmifolia Lam. mother trees as to fruits and seeds biometric characters, seeds physiological quality indices and aflp molecular markers, in 41 mother trees sampled of Jaboticabal, state of São Paulo, Brazil. For biometric characterization, the fresh weight fruits and seeds, length and diameter of fruits were determined. The germination test was carried out two sheets of blotting paper, under temperature of 30 °C and a photoperiod of 8 hours. The accelerated aging test was conducted under temperature of 45 °C for 96 hours, and the electrical conductivity test was conducted under temperature of 25 °C for 24 hours. The statistical analysis was randomized block design with four replications per treatment, and means were compared by Scott-Knott test (P < 0,05). For molecular analysis, were carried banding produced by primers, giving indice “1” for presence and “0” for band absence. The genetic divergence among mother trees was measured by Tocher and UPGMA methods for seeds and fruits traits, and UPGMA method for molecular analysis. There is great variation among traits evaluated; the germination and accelerated aging tests show evidence variability in physiological quality seeds from different mother trees; the electrical conductivity test is not useful for distinguishing the mother trees regarding the physiological quality seeds; the molecular analysis was efficient to cluster different mother trees; there is no relation between mother trees grouping by different methods, and, the combination between methods information, will be useful in the genetic potential maximization of evaluated germplasm; recommended to collect seeds largest possible number of mother trees to ensure representation of genetic variability