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Distribuição da diversidade genética em Hypsiboas cinerascens (Anura: Hylidae) na AmazôniaSousa, Jessica Motta de 18 June 2015 (has links)
Submitted by Dominick Jesus (dominickdejesus@hotmail.com) on 2016-01-05T19:39:18Z
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Previous issue date: 2015-06-18 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Several hypotheses have been formulated to explain Amazonian biodiversity patterns,
whose biotic diversification has been seen as a result of historically complex scenarios
covering a wide range of temporal and spatial scales. Anurofauna has the potential to enhance
our understanding of the biogeographic patterns of diversification and processes of speciation,
since it serves as a model for inferring historical events. However, the challenge for those
seeking to elucidate the processes of diversification of Amazonian frogs is that large portion
of its diversity is cryptic, which result in an inaccuracy of limits and distributions of species,
which drastically alters our perception of structuring of biodiversity and obscures
biogeographic patterns. One of the components of the Amazon anurofauna is the species
Hypsiboas cinerascens, which was used as a model to investigate and contribute to the
knowledge of the patterns of genetic distribution of anurofauna in the Amazon. Given its wide
geographic distribution, some authors have indicated the existence of a species complex with
molecular data (mitochondrial gene sequences and genomic data) providing of important tools
for the delimitation of evolutionary lineages and their distributional limits, thus clarifying
current taxonomy, and for the identification of cryptic species, and thus biogeographic
patterns. Given the above, we used sequences of mitochondrial genes 16S RNA and
cytochrome b together with the new8 generation sequences (ddRAD-tags) to study the
distribution patterns of genetic diversity of H. cinerascens in the Amazon and so testing for
cryptic lineages, and inferring biogeographic patterns of the lineages found. Through genetic
distance analyses and formation of biological groups with 16S rRNA, concatenated
phylogeny of the mitochondrial 16S rRNA and Cytochrome B genes, phylogenomic analyses
of the ddRAD-tags, and estimating the time of divergence of both genomes, we identified the
possible existence of nine evolutionary lineages in H. cinerascens that originated in the
Miocene to the Pliocene: Japurá-Peru, Manaus-Juruti-Guyana, Matupiri-Purus, Santarém-Alta
Floresta, Tefé-Jutaí, Morrinho-Rondônia, Uacari, French Guiana and Negro-Trombetas. The
filogenomic analyzes confirmed the lineages found in the mtDNA, but with some
discrepancies between the topologies. Due to the robustness of the dating of gDNA, we use it
to infer the biogeographical history of the group. We suggested that the transcontinental
formation of the Amazon River in the last 10 Ma may have been the precursor event for the
diversification of the lineages, but due to the complexity of the relationships between groups
and the lack of sampling throughout the complete distribution of the H. cinerascens species
complex, possibly different historical and ecological factors events influenced their
distributions, which can not be identified accurately with our data. The Negro-Trombetas
lineage has a distinct biogeographic history of the other lineages of the complex, which may
be associated with open forest environments in the region of Guyana. In the future a
taxonomic revision of the group should be carried out to verify the existence of new species. / Diversas hipóteses foram formuladas para explicar os padrões de biodiversidade
amazônica, cuja diversificação biótica tem sido vista como um produto que envolve cenários
historicamente complexos e que abrangem uma ampla gama de escalas temporais e espaciais.
A anurofauna possui o potencial de aprimorar o entendimento dos processos biogeográficos
nos padrões de especiação e diversificação, já que serve como modelo para inferir eventos
históricos. Porém, o desafio para quem busca elucidar o processo de diversificação de anuros
amazônicos é que grande parcela de sua diversidade é críptica, que tem por consequência uma
imprecisão de limites e distribuições das espécies, o que altera drasticamente a nossa
percepção da estrutura da biodiversidade e oculta padrões biogeográficos. Um dos
componentes da anurofauna amazônica é a espécie Hypsiboas cinerascens, que foi utilizada
como modelo para investigar e contribuir com o conhecimento sobre os padrões de
distribuição genética da anurofauna na Amazônia. Considerando sua ampla distribuição
geográfica, alguns autores indicam a existência de um complexo de espécies e os dados
moleculares (sequências de genes mitocondriais e dados genômicos) são importantes
ferramentas para a delimitação de linhagens evolutivas e seus limites de distribuição, de
forma a clarificar a taxonomia vigente, bem como para a identificação de espécies crípticas, e
consequentemente a mostrar padrões biogeográficos. Conforme o exposto, utilizamos o
sequenciamento dos genes mitocondriais 16S rRNA e Citocromo b juntamente com o
sequenciamento de nova geração (ddRAD-tags), para estudar os padrões de distribuição da
diversidade genética de H. cinerascens na Amazônia e assim testar a presença de linhagens
crípticas, inferindo padrões biogeográficos sobre as linhagens encontradas. Por meio de
análises de distâncias genéticas e formação de grupos biológicos com o 16S rRNA, filogenia
concatenada dos genes mitocondriais 16S rRNA e Citocromo B, filogenômica dos ddrad-tags,
e estimação do tempo de divergência de ambos genomas, definimos a possível existência de 9
linhagens evolutivas em H.. cinerascens que se originaram do Mioceno ao Plioceno: Japurá-
Peru, Manaus-Juruti-Guiana, Matupiri-Purus, Santarém-Alta Floresta, Tefé-Jutaí, Morrinho-
Rondônia, Uacari, Guiana Francesa e Negro-Trombetas. As análises filogenômicas
confirmaram as linhagens encontradas com o mtDNA, porém com algumas discordâncias
entre as topologias. Devido a maior robustez da datação do gDNA, a utilizamos para inferir a
história biogegráfica do grupo. Sugerimos que a formação transcontinental do Rio Amazonas
nos últimos 10 Ma pode ter sido o evento precursor da diversificação de linhagens, porém
devido a complexidade das relações entre os grupos e a falta de amostragem da completa
distribuição da espécie, possivelmente diferentes eventos históricos e fatores ecológicos
influenciaram as suas distribuições, nos quais não podem ser definidos com exatidão com os
nossos dados. A linhagem Negro-Trombetas possui uma história biogeográfica distinta das
outras linhagens do complexo, que pode estar associada a ambientes florestais mais abertos na
região das Guianas. Futuramente deve ser realizada a revisão taxonômica do grupo para
verificar a existência de novas espécies.
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Diversidade genética de dípteros Calliphoridae de importância forense/FIGUEIRÊDO JÚNIOR, Carlos Alberto Santiago 13 March 2015 (has links)
Submitted by Haroudo Xavier Filho (haroudo.xavierfo@ufpe.br) on 2015-05-21T18:14:52Z
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Previous issue date: 2015-03-13 / Calliphoridae é uma família de moscas de considerável importância médica e sanitária com espécies que ocorrem em lixos, fezes e carcaças, e também podem atuar como agentes de miíases. Dentro desta família destaca-se a espécie cosmopolita C. megacephala que é de grande importância forense, pois se alimentam, cruzam e fazem oviposição sobre os cadáveres. Tendo em vista a importância destes organismos, este estudo visou analisar e desenvolver marcadores genéticos que fossem úteis para identificação molecular de larvas de califorídeos e informativos para estudos de dispersão populacional de C. megacephala. Os organismos de estudo foram coletados em quatro localidades do estado de Pernambuco e uma no estado do Ceará. Os espécimes foram identificados e devidamente triados. As PCRs foram realizadas com primers amplificadores de marcadores mitocondriais e nuclear descritos na literatura e primers desenvolvidos no presente estudo a partir de análises in silico. As sequências foram confirmadas por Blastn como pertencentes às espécies correspondentes. As análises genética populacionais de C. megacephala indicaram um baixo grau de polimorfismo e consequentemente ausência de estruturação nas populações estudadas. Sugerindo que esta espécie foi introduzida no Brasil recentemente, e que não existem barreiras genéticas entre as populações. O resultado das análises in silico evidenciaram que o marcador Tag-CYTB, desenvolvido neste estudo fornece resultados mais robustos para taxonomia molecular que o utilizado pelo método barcode para família Calliphoridae.
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Estudo morfológico e molecular de Geodia gibberosa Lamarck, 1815 (Astrophorida, Geodiidae)Lopes, Ueslei 26 September 2013 (has links)
Submitted by Johnsson Rodrigo (r.johnsson@gmail.com) on 2013-09-02T12:00:59Z
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UESLEI.pdf: 2544719 bytes, checksum: 7b1f27c224c9b43ce55b5caf8f0d7c3f (MD5) / CNPq / Geodia gibberosa é uma das espécies que apresentam as maiores distribuições geográfica e batimétrica em comparação com suas congêneres. Com variações significativas na morfologia externa e no conjunto espicular, é considerada uma espécie com alto grau de polimorfismo e, muitas vezes, de difícil identificação. Tais características têm levado diversos pesquisadores a questionar os limites de sua variabilidade e a levantar hipóteses acerca da existência de espécies crípticas. Com o presente estudo, se objetivou avaliar o status taxonômico dessa espécie, aliando informações de morfologia e de biologia molecular, a qual empregou a utilização dos marcadores mitocondriais COI (subunidade I da citocromo c oxidase) e ATP6 (subunidade 6 da ATP sintase). Embora tenham sido observadas variações na morfologia das espículas e registradas categorias de megaescleras nunca vistas no holótipo, não foi possível encontrar nenhum padrão que possibilitasse a separação de G. gibberosa em espécies morfologicamente distintas. Contudo, através das ferramentas moleculares, foi determinada a existência de, pelo menos, três clados fortemente suportados, possibilitando a aceitação da hipótese de que G. gibberosa representa um complexo de espécies. Acrescido a isso, no presente trabalho, é descrita uma nova espécie de Geodia para a costa da Venezuela, com a apresentação de uma chave taxonômica para as 12 espécies nominais agora válidas que ocorrem no Caribe, e registrada a primeira ocorrência de Pachymatisma johnstonia para o oceano Atlântico ocidental. / Salvador
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Histórico de introdução do siri invasor Charybdis hellerii (A. Milne-Edwards, 1867) (Decapoda, Portunidae) na costa americana: ferramentas moleculares e morfologia comparativa / Introduction history of the invasive swimming crab Charybdis hellerii (A. Milne-Edwards, 1867) (Decapoda, Portunidae) on the American coast: molecular tools and comparative morphologyPereira, Mariana Negri 30 May 2016 (has links)
Charybdis hellerii (A. Milne-Edwards, 1867), espécie de siri nativa do Indo-Oeste Pacífico, dispersou-se para o mar Mediterrâneo com a abertura do canal de Suez. Em 1987, foi registrada pela primeira vez no Atlântico Ocidental, onde populações estabelecidas são reconhecidas dos EUA ao sul do Brasil. Acredita-se que sua introdução no continente americano teria ocorrido por meio de água de lastro de navios provenientes do mar Mediterrâneo. Por meio de análises moleculares utilizando-se três marcadores genéticos (um nuclear, H3, e dois mitocondriais, COI e 16S rDNA), de forma integrada à morfologia comparativa, realizou-se uma investigação do status taxonômico de C. hellerii e dos aspectos relacionados ao seu histórico de introdução. Para este último fim, objetivou-se: (1) o reconhecimento de regiões de origem e rotas de introdução; (2) a detecção ou não de gargalo genético e (3) de introduções múltiplas. A validade de C. hellerii como uma única entidade foi corroborada por alguns resultados: 100% de similaridade no marcador nuclear; monofilia de C. hellerii nos filogramas construídos com diversas espécies de Thalamitinae; divergência genética intraespecífica (COI - 0 a 4,2% e 16S rDNA - 0 a 0,9%) inferior à interespecífica esperada (COI - 6,2 a 21,5% e 16S rDNA - 3,9 a 15,2%) e total similaridade genética entre indivíduos com características morfológicas distintas. Estruturação genética e morfométrica foi detectada nas localidades nativas (+ mar Mediterrâneo), evidenciando dois grupos: Índico oeste + mar Mediterrâneo e Índico leste + Pacífico. A AMOVA para COI mostrou que 38,739% da diversidade encontrada está entre esses dois grupos (ct = 0,38, p = 0,00). A diferenciação genética entre o Índico e o Pacifico é recorrentemente associada a baixas do nível no mar na conexão entre estes oceanos no Pleistoceno. Essa estruturação nas áreas de origem foi fundamental para a detecção de introduções múltiplas na costa americana. A maior parte dos indivíduos da América se agrupou com o Índico oeste + mar Mediterrâneo, suportando o mar Mediterrâneo como a principal origem das populações americanas. No entanto, o agrupamento de espécimes do sul do Brasil com o grupo Índico leste + Pacífico também revelou introduções provenientes dessa região. Um grupo geneticamente distinto detectado na costa americana e geneticamente mais próximo do Índico leste + Pacífico sugere introdução proveniente de uma localidade não amostrada nas áreas de origem. Para ambos os marcadores mitocondriais, os valores de diversidade haplotípica nas áreas exóticas foram comparáveis aos das de origem e a diversidade nucleotídica foi predominantemente superior nas primeiras em relação às segundas. Estes resultados estão possivelmente relacionados à ocorrência de introduções múltiplas de áreas geneticamente distintas. Dos haplótipos de COI detectados no agrupamento Índico oeste + mar Mediterrâneo, apenas dois não foram encontrados nas populações americanas, sugerindo a não ocorrência de um gargalo genético expressivo. Para a introdução proveniente do Índico oeste + Pacífico, gargalo genético significativo possivelmente ocorreu, uma vez que dos 22 haplótipos encontrados nos 40 espécimes do agrupamento Índico leste + Pacífico, apenas três foram encontrados em quatro dos 87 indivíduos amostrados na América. Por fim, análises moleculares e morfológicas demonstraram que Charybdis variegata, espécies congênere recentemente registrada como uma nova espécie exótica na América, consiste na realidade em mais um exemplar de C. hellerii. / Charybdis hellerii (A. Milne-Edwards, 1867), an invasive swimming crab species native to the Indo-West Pacific, dispersed to the Mediterranean Sea via Suez Canal. In 1987, it was first reported to the western Atlantic, where self-maintaining populations are currently found from the USA to southern Brazil. It is suggested that animals were transported to America in their larval stages through ballast water from ships probably loaded at Mediterranean ports. An integrative approach of morphological and molecular analyses using three molecular markers (one nuclear, H3 and two mitochondrial, COI and 16S rDNA) was performed in order to check the taxonomic status of C. hellerii and investigate its introduction history. For the latter purpose, this study aimed: (1) to track potential sources, routes of introduction, (2) assess the occurrence or not of multiple introductions and (3) of genetic bottlenecks. C. hellerii was confirmed as a single entity according to the following results: 100% of similarity for the nuclear marker; monophyly of C. hellerii clade in the phylograms including several species of the subfamily Thalamitinae; intraspecific genetic diversity (COI - 0 to 4.2% and 16S rDNA - 0 to 0.9%) inferior to interspecific value expected for the studied loci (COI - 6.2 to 21.5% and 16S rDNA - 3.9 a 15.2%) and total genetic similarity of individuals with different morphological traits. Genetic and morphometric structure was detected in C. hellerii native range (and the Mediterranean Sea), showing two groups: Western Indian Ocean + Mediterranean Sea and Eastern Indian + Pacific Oceans. The AMOVA results for COI revealed that 38.739% of variation was between both groups (ct = 0.38, p = 0.00). This genetic break between the Pacific and Indian Oceans is constantly associated with sea level fluctuations in the connection between both Oceans during the Pleistocene glaciation events. This genetic structure allowed the detection of independent introduction events along the American coast. As most animals from this exotic range were clustered with the Western Indian Ocean + Mediterranean Sea group, the Mediterranean populations were supported as the main source of the American ones. However, the cluster of animals from the southern Brazil with the Eastern Indian + Pacific Oceans group indicated that introductions from these native regions might also have occurred. A third group found solely in the American range and genetically related to Eastern Indian + Pacific also suggested introductions from an unsampled locality of native range. The haplotype diversities of American localities were comparable to those of source ones, whereas the nucleotide diversities were predominantly higher in the non-native localities. These diversity indexes results might be related to the occurrence of multiple introductions from genetic distinct areas. Among all haplotypes of the Indian Ocean + Mediterranean Sea cluster, only two were not found in America, what suggests no expressive bottleneck in the introduction from this source. However, a genetic bottleneck might explain the low number of equal haplotypes between the Eastern Indian + Pacific Ocean cluster and the Atlantic range. Only three haplotypes were detected in four specimens out of 87 collected in American localities in comparison to 22 found in the native group. In addition, the molecular and morphological analyses confirmed that a congeneric species, Charybdis variegata, recently recorded on the American coast, is actually another C. hellerii specimen.
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Ancestralidade e demografia genética de uma amostra da população humana do Rio Grande do Sul / Ancestrality and genetic demography of a sample of the human population of Rio Grande do SulLeici Maria Machado Reichert 19 February 2013 (has links)
Submitted by Francine Silva (francine.silva@unipampa.edu.br) on 2019-03-27T13:53:55Z
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Previous issue date: 2013-02-19 / Os marcadores mitocondriais (mtDNA) e cromossomo Y têm sido utilizados para avaliar o grau de miscigenação. No caso da América Latina, três estoques principais originaram a população atual: europeus, ameríndios e africanos. No Rio Grande do Sul além de portugueses e espanhóis, foi marcante a imigração de outros europeus, especialmente alemães e italianos. O presente trabalho busca avaliar a contribuição europeia, ameríndia e africana, para a formação da população gaúcha. Para isso foram utilizados os dois sistemas uniparentais e sobrenomes dos indivíduos. Foram analisados 190 voluntários, nascidos nas sete mesorregiões que compõem o Rio Grande do Sul, dos quais se coletou uma amostra de sangue. Observou-se uma elevada frequência de contribuição europeia (87% no cromossomo Y e 76% no mtDNA), condizente com a vinda de casais de imigrantes portugueses, alemães e italianos. Os dados de sobrenomes demonstram também serem estes os sobrenomes mais encontrados na população gaúcha. / Mitochondrial markers (mtDNA) and Y chromosome have been used to assess degree of miscigenation. In case of Latin America, main three stocks generated current population: Europeans, Amerindians and Africans. In Rio Grande do Sul as well as Portuguese and Spanish, was significant immigration from other European, especially Germans and Italians. This study aims to evaluate the European, Amerindian and African contribution to formation of gaucho population. For this we used the two uniparental systems and surnames of individuals. Has been analysed 190 volunteers, borned in the seven mesoregions has compound Rio Grande do Sul, those colected a blood sample. It was observed that a high frequency of European contribution (87% on the Y chromosome and 76% in mtDNA), consistent with the couple’s coming of Portuguese immigrants, Germans and Italians. Surnames’ data demonstrate also these surnames are most commonly found in gaucho population.
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Diversidade e estrutura genética de populações urbanas de abelhas Centridini (Hymenoptera: Apidae) visitantes florais de Tecoma stans (L) Kunth (Bignoniaceae) / Diversity and genetic structure of urban populations Centridini bees (Hymenoptera: Apidae) floral visitors of Tecoma stans (L) Kunth (Bignoniaceae)Oliveira, Diego Moure 09 October 2013 (has links)
Em abelhas, como nos demais himenópteros, a haplodiploidia e o mecanismo de determinação do sexo restringem o tamanho efetivo da população. Ademais, a nidificação próxima ao sítio natal pelas fêmeas das espécies solitárias restringe o fluxo gênico materno e causa alta viscosidade populacional. Centris é um gênero de abelhas solitárias da tribo Centridini, encontradas em distintos locais, como matas contínuas ou fragmentos florestais, bem como em ambientes urbanos; as espécies C. analis e C. tarsata se destacam no gênero pela abundância com que são encontradas nestas localidades. São abelhas poliléticas ou generalistas na coleta de pólen e nidificam em cavidades pré-existentes. Em razão de seu porte médio, presume-se que não apresentem alta capacidade de dispersão. Fêmeas de algumas espécies do gênero apresentam comportamento filopátrico. Estes dados nos levam a supor que espécies com traços biológicos similares tenham suas populações naturalmente estruturadas (subdivididas). Para testar esta hipótese, foram analisadas algumas regiões do genoma mitocondrial (DNAmt) de abelhas Centridini residentes em áreas urbanas. As duas subunidades da citocromo c oxidase (COI e COII), bem como o RNA transportador de leucina (RNAtLeu), apresentaram baixo nível de variação intra-específica, e a dificuldade em amplificar estas regiões para uma das espécies impediu a utilização destas regiões para análises populacionais. Desta forma, foram selecionadas duas regiões gênicas com taxas de variação intra-específicas distintas, o gene citocromo b (cytb) e a subunidade maior do DNA ribossômico (16S). Por ser uma molécula de herança materna, a análise destas regiões gênicas nos permitiu obter informações a respeito de colonização e o número de linhagens maternas. Os resultados deste trabalho sugerem que as populações de Centris tarsata e Centris trigonoides apresentam baixa e moderada estruturação, respectivamente. Para C. analis, a espécie mais bem amostrada, o excesso de picos duplos apresentados nos eletroferogramas dificultou a interpretação dos resultados. Foi possível ainda verificar diferenças na distribuição haplotípica de machos e fêmeas de C. tarsata, sugerindo a ocorrência de uma dispersão enviesada para machos, caracterizando uma dispersão sexo-assimétrica. / In bees, as in other hymenopterans, the haplodiploidy and mechanism of sex determination constrain the effective population size. Moreover, the nesting close to home site by the females of solitary species restricts maternal gene flow and causes high population viscosity. Centris is a genus of solitary bees of the tribe Centridini found in different locations, such as continuous forests or forest fragments, as well as in urban environments; the species C. analis and C. tarsata stand out in the genre for the abundance that are found in these locations. They are polyletics bees, or generalists in collecting pollen, and nest in cavities pre-existing. In reason of its medium size, it is presumed that do not present high dispersal capacity. How some species of the genus are phylopatric, we presume that other also presenting similar behavior. These data lead us to suppose that species with similar traits have their populations naturally structured (subdivided). To test this hypothesis, we analyzed urban populations of four species of Centris for some regions of mitochondrial genome (mtDNA). The two subunits of cytochrome c oxidase (COI and COII) and the tRNA leucine (tRNALeu) showed a low level of intraspecific variation, and the difficulty to amplify those regions for one species prevented the use of these regions to population analysis. Thus, we selected two gene regions with distinct rates of intra-specific variation, the gene cytochrome b (cytb) and the large subunit ribosomal DNA (16S). As a molecule maternally inherited, the analysis of the mitochondrial genes enabled us to obtain informations about colonization through the number of maternal lineages. Our results suggest that Centris tarsata and Centris trigonoides populations exhibit low and moderate genetic structuring, respectively. In C. analis, the species most well sampled, the excess of double peaks showed in the electropherograms difficults the interpretation of results. Also, for the species C. tarsata was possible to verify differences between males and females, suggesting the occurrence of a male skewed dispersion and an asymmetrical dispersion.
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Filogeografia de Partamona helleri Friese, 1900 (Hymenoptera: Apidae: Meliponini)Cardoso, Tecavita Ananda Rodrigues 06 July 2016 (has links)
Submitted by Alison Vanceto (alison-vanceto@hotmail.com) on 2017-02-06T12:54:43Z
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Previous issue date: 2016-07-06 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Meliponini is a tribe of bees popularly known as stingless bees that occurs in tropical and
subtropical areas of the world, being more diversified in Neotropical and Indo-Malaya
regions. Currently, 29 genus and 244 species are present in Brazil. Only a few phylogeographic studies were realized with species of this tribe. The genus Partamona Schwarz, 1939 clusters 33 species with exclusive occurrence in the Neotropical region. The species Partamona helleri presents wide distribution throughout Atlantic forest and part of the Cerrado from the State of Minas Gerais, reason of the choice of this species as our model organism. This study aimed to elucidate the phylogeographic pattern of P. helleri populations throughout its distribution area. For this purpose, samples of 347 nests from 67 localities situated from Northern Bahia to Santa Catarina were collected. Three mitochondrial genes fragments (COI, CytB and 12S) were analysed, which resulted in 339 concatenated sequences. The phylogenetic reconstruction by Bayesian Inference (IB) showed several lineages in a little resolved polytomy, what hampered the definition of the phylogenetic
relationships among haplotypes. The haplotype network illustrated the relationship between
73 haplotypes identified, being 64 of them exclusive of localities. The AMOVA showed that
91.7% of the genetic variation is due to interpopulacional differences, indicating high
structuring among populations. A low significant correlation between genetic and geographic
distances was observed (r = 0,2487; P < 0,0010). The Bayesian population analysis implemented by BAPS showed that five groups were more suited to explain that genetic structuring. Such result was partly compliant with established lineages in the topology obtained by IB and with the results observed in the haplotype network. The results showed that the northern populations of P. helleri distribution are quite differentiated among themselves and also from the others populations observed along the central and southern regions. However, it was not possible to access how the genetic variation of the northern populations is organized, and there may be a division in two or more phylogroups. For other
populations, the existence of three possible phylogroups was verified, two in the central
region and a third occupying the central and southern regions. The results obtained for the
demographic history of these phylogroups were not conclusive, however, it is likely that the
phylogroup occupying the central and southern regions is in an expansion process. It was also
verified that the level of variation observed by phylogroup decreases towards north/south,
which allowed to raise a hypothesis about the origin and dispersion of this species. / Meliponini é uma tribo de abelhas conhecidas popularmente como abelhas sem ferrão que
possuem distribuição em áreas tropicais e subtropicais do globo, sendo mais diversificada nas regiões neotropicais e Indo-Malaia. No Brasil, estão descritos atualmente 29 gêneros e 244
espécies. Até o presente momento, poucos foram os estudos filogeográficos realizados com
espécies da tribo. O gênero Partamona Schwarz, 1939 agrupa 33 espécies com ocorrência
exclusiva na região Neotropical. A espécie Partamona helleri apresenta ampla distribuição ao longo de toda a Mata Atlântica e ainda em parte do Cerrado no estado de Minas Gerais, razão de sua escolha como organismo modelo. Este estudo teve por objetivo elucidar o padrão
filogeográfico das populações da espécie ao longo de sua área de distribuição. Para tal, foram
coletadas amostras de 347 ninhos em 67 localidades situadas desde o norte da Bahia até Santa Catarina. Foram analisados três fragmentos gênicos mitocondriais - COI, CytB e 12S - e as análises foram realizadas utilizando 339 sequências dos três genes concatenados. A
reconstrução filogenética por Inferência Bayesiana (IB) apresentou várias linhagens em uma politomia pouco resolvida, o que comprometeu a verificação das relações filogenéticas entre os haplótipos. A rede haplotípica ilustrou as relações entre os 73 haplótipos identificados, sendo 64 deles exclusivos de localidade. A AMOVA mostrou que 91,7% da variação genética é resultado de diferenças interpopulacionais, indicando alta estruturação entre as populações. Foi verificada uma correlação baixa, porém significativa, entre distâncias genéticas e geográficas (r = 0,2487; P < 0,0010). A análise de estrutura populacional pelo método bayesiano implementada no software BAPS mostrou que a probabilidade posterior mais adequada para explicar a estruturação genética foi de cinco agrupamentos. Tal resultado foi, em parte, concordante com as linhagens estabelecidas na topologia obtida por IB e com os resultados observados na rede haplotípica. Os resultados mostraram que as populações ao norte da distribuição são bastante diferenciadas entre si e também das demais populações observadas ao longo da parte central e sul. No entanto, não foi possível acessar como a variação genética dessas populações está organizada, podendo haver a divisão das mesmas em dois ou mais filogrupos. Quanto às demais populações, a existência de três possíveis filogrupos foi verificada, dois na região central e um terceiro ocupando as regiões Central e Sul. Os resultados obtidos para a história demográfica dos filogrupos não foram conclusivos, porém, é provável que o filogrupo que ocupa as regiões central e sul esteja em processo de expansão populacional. Foi ainda verificado que o nível de variação observada por filogrupo diminui no sentido norte/sul, o que permitiu que uma hipótese sobre origem e dispersão da espécie fosse proposta.
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Diversidade e estrutura genética de populações urbanas de abelhas Centridini (Hymenoptera: Apidae) visitantes florais de Tecoma stans (L) Kunth (Bignoniaceae) / Diversity and genetic structure of urban populations Centridini bees (Hymenoptera: Apidae) floral visitors of Tecoma stans (L) Kunth (Bignoniaceae)Diego Moure Oliveira 09 October 2013 (has links)
Em abelhas, como nos demais himenópteros, a haplodiploidia e o mecanismo de determinação do sexo restringem o tamanho efetivo da população. Ademais, a nidificação próxima ao sítio natal pelas fêmeas das espécies solitárias restringe o fluxo gênico materno e causa alta viscosidade populacional. Centris é um gênero de abelhas solitárias da tribo Centridini, encontradas em distintos locais, como matas contínuas ou fragmentos florestais, bem como em ambientes urbanos; as espécies C. analis e C. tarsata se destacam no gênero pela abundância com que são encontradas nestas localidades. São abelhas poliléticas ou generalistas na coleta de pólen e nidificam em cavidades pré-existentes. Em razão de seu porte médio, presume-se que não apresentem alta capacidade de dispersão. Fêmeas de algumas espécies do gênero apresentam comportamento filopátrico. Estes dados nos levam a supor que espécies com traços biológicos similares tenham suas populações naturalmente estruturadas (subdivididas). Para testar esta hipótese, foram analisadas algumas regiões do genoma mitocondrial (DNAmt) de abelhas Centridini residentes em áreas urbanas. As duas subunidades da citocromo c oxidase (COI e COII), bem como o RNA transportador de leucina (RNAtLeu), apresentaram baixo nível de variação intra-específica, e a dificuldade em amplificar estas regiões para uma das espécies impediu a utilização destas regiões para análises populacionais. Desta forma, foram selecionadas duas regiões gênicas com taxas de variação intra-específicas distintas, o gene citocromo b (cytb) e a subunidade maior do DNA ribossômico (16S). Por ser uma molécula de herança materna, a análise destas regiões gênicas nos permitiu obter informações a respeito de colonização e o número de linhagens maternas. Os resultados deste trabalho sugerem que as populações de Centris tarsata e Centris trigonoides apresentam baixa e moderada estruturação, respectivamente. Para C. analis, a espécie mais bem amostrada, o excesso de picos duplos apresentados nos eletroferogramas dificultou a interpretação dos resultados. Foi possível ainda verificar diferenças na distribuição haplotípica de machos e fêmeas de C. tarsata, sugerindo a ocorrência de uma dispersão enviesada para machos, caracterizando uma dispersão sexo-assimétrica. / In bees, as in other hymenopterans, the haplodiploidy and mechanism of sex determination constrain the effective population size. Moreover, the nesting close to home site by the females of solitary species restricts maternal gene flow and causes high population viscosity. Centris is a genus of solitary bees of the tribe Centridini found in different locations, such as continuous forests or forest fragments, as well as in urban environments; the species C. analis and C. tarsata stand out in the genre for the abundance that are found in these locations. They are polyletics bees, or generalists in collecting pollen, and nest in cavities pre-existing. In reason of its medium size, it is presumed that do not present high dispersal capacity. How some species of the genus are phylopatric, we presume that other also presenting similar behavior. These data lead us to suppose that species with similar traits have their populations naturally structured (subdivided). To test this hypothesis, we analyzed urban populations of four species of Centris for some regions of mitochondrial genome (mtDNA). The two subunits of cytochrome c oxidase (COI and COII) and the tRNA leucine (tRNALeu) showed a low level of intraspecific variation, and the difficulty to amplify those regions for one species prevented the use of these regions to population analysis. Thus, we selected two gene regions with distinct rates of intra-specific variation, the gene cytochrome b (cytb) and the large subunit ribosomal DNA (16S). As a molecule maternally inherited, the analysis of the mitochondrial genes enabled us to obtain informations about colonization through the number of maternal lineages. Our results suggest that Centris tarsata and Centris trigonoides populations exhibit low and moderate genetic structuring, respectively. In C. analis, the species most well sampled, the excess of double peaks showed in the electropherograms difficults the interpretation of results. Also, for the species C. tarsata was possible to verify differences between males and females, suggesting the occurrence of a male skewed dispersion and an asymmetrical dispersion.
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Histórico de introdução do siri invasor Charybdis hellerii (A. Milne-Edwards, 1867) (Decapoda, Portunidae) na costa americana: ferramentas moleculares e morfologia comparativa / Introduction history of the invasive swimming crab Charybdis hellerii (A. Milne-Edwards, 1867) (Decapoda, Portunidae) on the American coast: molecular tools and comparative morphologyMariana Negri Pereira 30 May 2016 (has links)
Charybdis hellerii (A. Milne-Edwards, 1867), espécie de siri nativa do Indo-Oeste Pacífico, dispersou-se para o mar Mediterrâneo com a abertura do canal de Suez. Em 1987, foi registrada pela primeira vez no Atlântico Ocidental, onde populações estabelecidas são reconhecidas dos EUA ao sul do Brasil. Acredita-se que sua introdução no continente americano teria ocorrido por meio de água de lastro de navios provenientes do mar Mediterrâneo. Por meio de análises moleculares utilizando-se três marcadores genéticos (um nuclear, H3, e dois mitocondriais, COI e 16S rDNA), de forma integrada à morfologia comparativa, realizou-se uma investigação do status taxonômico de C. hellerii e dos aspectos relacionados ao seu histórico de introdução. Para este último fim, objetivou-se: (1) o reconhecimento de regiões de origem e rotas de introdução; (2) a detecção ou não de gargalo genético e (3) de introduções múltiplas. A validade de C. hellerii como uma única entidade foi corroborada por alguns resultados: 100% de similaridade no marcador nuclear; monofilia de C. hellerii nos filogramas construídos com diversas espécies de Thalamitinae; divergência genética intraespecífica (COI - 0 a 4,2% e 16S rDNA - 0 a 0,9%) inferior à interespecífica esperada (COI - 6,2 a 21,5% e 16S rDNA - 3,9 a 15,2%) e total similaridade genética entre indivíduos com características morfológicas distintas. Estruturação genética e morfométrica foi detectada nas localidades nativas (+ mar Mediterrâneo), evidenciando dois grupos: Índico oeste + mar Mediterrâneo e Índico leste + Pacífico. A AMOVA para COI mostrou que 38,739% da diversidade encontrada está entre esses dois grupos (ct = 0,38, p = 0,00). A diferenciação genética entre o Índico e o Pacifico é recorrentemente associada a baixas do nível no mar na conexão entre estes oceanos no Pleistoceno. Essa estruturação nas áreas de origem foi fundamental para a detecção de introduções múltiplas na costa americana. A maior parte dos indivíduos da América se agrupou com o Índico oeste + mar Mediterrâneo, suportando o mar Mediterrâneo como a principal origem das populações americanas. No entanto, o agrupamento de espécimes do sul do Brasil com o grupo Índico leste + Pacífico também revelou introduções provenientes dessa região. Um grupo geneticamente distinto detectado na costa americana e geneticamente mais próximo do Índico leste + Pacífico sugere introdução proveniente de uma localidade não amostrada nas áreas de origem. Para ambos os marcadores mitocondriais, os valores de diversidade haplotípica nas áreas exóticas foram comparáveis aos das de origem e a diversidade nucleotídica foi predominantemente superior nas primeiras em relação às segundas. Estes resultados estão possivelmente relacionados à ocorrência de introduções múltiplas de áreas geneticamente distintas. Dos haplótipos de COI detectados no agrupamento Índico oeste + mar Mediterrâneo, apenas dois não foram encontrados nas populações americanas, sugerindo a não ocorrência de um gargalo genético expressivo. Para a introdução proveniente do Índico oeste + Pacífico, gargalo genético significativo possivelmente ocorreu, uma vez que dos 22 haplótipos encontrados nos 40 espécimes do agrupamento Índico leste + Pacífico, apenas três foram encontrados em quatro dos 87 indivíduos amostrados na América. Por fim, análises moleculares e morfológicas demonstraram que Charybdis variegata, espécies congênere recentemente registrada como uma nova espécie exótica na América, consiste na realidade em mais um exemplar de C. hellerii. / Charybdis hellerii (A. Milne-Edwards, 1867), an invasive swimming crab species native to the Indo-West Pacific, dispersed to the Mediterranean Sea via Suez Canal. In 1987, it was first reported to the western Atlantic, where self-maintaining populations are currently found from the USA to southern Brazil. It is suggested that animals were transported to America in their larval stages through ballast water from ships probably loaded at Mediterranean ports. An integrative approach of morphological and molecular analyses using three molecular markers (one nuclear, H3 and two mitochondrial, COI and 16S rDNA) was performed in order to check the taxonomic status of C. hellerii and investigate its introduction history. For the latter purpose, this study aimed: (1) to track potential sources, routes of introduction, (2) assess the occurrence or not of multiple introductions and (3) of genetic bottlenecks. C. hellerii was confirmed as a single entity according to the following results: 100% of similarity for the nuclear marker; monophyly of C. hellerii clade in the phylograms including several species of the subfamily Thalamitinae; intraspecific genetic diversity (COI - 0 to 4.2% and 16S rDNA - 0 to 0.9%) inferior to interspecific value expected for the studied loci (COI - 6.2 to 21.5% and 16S rDNA - 3.9 a 15.2%) and total genetic similarity of individuals with different morphological traits. Genetic and morphometric structure was detected in C. hellerii native range (and the Mediterranean Sea), showing two groups: Western Indian Ocean + Mediterranean Sea and Eastern Indian + Pacific Oceans. The AMOVA results for COI revealed that 38.739% of variation was between both groups (ct = 0.38, p = 0.00). This genetic break between the Pacific and Indian Oceans is constantly associated with sea level fluctuations in the connection between both Oceans during the Pleistocene glaciation events. This genetic structure allowed the detection of independent introduction events along the American coast. As most animals from this exotic range were clustered with the Western Indian Ocean + Mediterranean Sea group, the Mediterranean populations were supported as the main source of the American ones. However, the cluster of animals from the southern Brazil with the Eastern Indian + Pacific Oceans group indicated that introductions from these native regions might also have occurred. A third group found solely in the American range and genetically related to Eastern Indian + Pacific also suggested introductions from an unsampled locality of native range. The haplotype diversities of American localities were comparable to those of source ones, whereas the nucleotide diversities were predominantly higher in the non-native localities. These diversity indexes results might be related to the occurrence of multiple introductions from genetic distinct areas. Among all haplotypes of the Indian Ocean + Mediterranean Sea cluster, only two were not found in America, what suggests no expressive bottleneck in the introduction from this source. However, a genetic bottleneck might explain the low number of equal haplotypes between the Eastern Indian + Pacific Ocean cluster and the Atlantic range. Only three haplotypes were detected in four specimens out of 87 collected in American localities in comparison to 22 found in the native group. In addition, the molecular and morphological analyses confirmed that a congeneric species, Charybdis variegata, recently recorded on the American coast, is actually another C. hellerii specimen.
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Estudo da diversidade genética em Cingulata através de marcadores mitocondriais e microssatélites: o caso de uma população de Tolypeutes tricintus (Linnaeus, 1758) do Cerrado. / Genetic diversity of Cingulata assessed by mitochondrial and microsatellite markers: the case of a Tolypeutes tricinctus (Linnaeus, 1758) population from CerradoMoraes, Helena Tadiello de 20 March 2015 (has links)
Tolypeutes tricinctus, o tatu-bola, é um mamífero neotropical pertencente ao grupo dos Xenarthra. É uma espécie endêmica ao Brasil que só ocorre nos biomas de Caatinga e Cerrado e encontra-se ameaçada de extinção. O único estudo genético que foi realizado sobre a espécie estimou a diversidade no gene mitocondrial Citocromo Oxidase I (COI). Apenas um haplótipo foi observado em 30 indivíduos da única população de tatus-bola até então amostrada. Devido a esse resultado e à falta de estudos genéticos e filogenéticos este trabalho foi proposto a fim de investigar melhor a diversidade genética dessa população, distribuída no Cerrado do estado da Bahia na área da Fazenda Jatobá. Para tanto, foram utilizados marcadores microssatélites selecionados por sequenciamento de nova geração e a região controle do DNA mitocondrial (D-loop). Foi feito também um esforço de amostragem a fim de analisar exemplares de T. tricinctus provenientes de outras populações e da espécie congenérica Tolypeutes matacus. Além disso, testou-se o poder do gene COI na diferenciação entre oito espécies da ordem Cingulata através da técnica do DNA barcoding. Foram selecionados e testados 60 loci microssatélites, sendo 23 amplifcados com sucesso entre os indivíduos da Fazenda Jatobá. Destes, apenas dois se mostraram polimórficos com dois e três alelos respectivamente. Nas amostras provenientes de museu ou de outras localidades não foi possível amplificar nenhum dos marcadores. Já na amostra de T. matacus, cinco marcadores foram amplificados com sucesso, sendo que em um marcador foi encontrado um alelo diferente do observado na população da Fazenda Jatobá. Esse resultado foi inesperado e impossibilitou a estimativa dos parâmetros populacionais relativos ao efetivo populacional e grau de endocruzamento. A possibilidade de erros ou limitações da técnica utilizada foi descartada sendo provável que a baixa eficiência na seleção de loci polimórficos seja reflexo da baixa diversidade da população estudada. Baixos índices de diversidade genética foram também observados em segmentos de 386pb do D-loop (h = 0.4032±0,0909 e π = 0.002084±0.001737), sendo que em 23 indivíduos da fazenda Jatobá somente dois haplótipos foram observados. Um terceiro haplótipo foi observado em uma amostra proveniente do estado do Ceará que também foi incluída na estimativa dos índices de diversidade para a espécie (h = 0.4529±0.0948 e π = 0.002125±0.001757). No estudo com barconding, o gene COI mostrou-se eficiente na diferenciação entre a maioria das espécies. A estimativa da filogenia não mostrou suporte significativo nas relações dentro das subfamílias. Considerando as evidências sobre a baixa diversidade na população de T. tricinctus da Fazenda Jatobá e as ameaças à sobrevivência da espécie, é possível que a mesma situação seja observada em outras populações. Sendo assim os resultados aqui apresentados demonstram a necessidade de uma maior amostragem nas demais localidades de distribuição de T. tricinctus, para confirmação da atual situação da espécie. A fim de contribuir para conservação da espécie, a preservação das populações remanescentes de tatu-bola, evitando o declínio das mesmas, deve ser prioridade em planos de conservação. A manutenção da variação genética do tatu-bola é de especial interesse, em especial da população da Fazenda Jatobá, a qual se já não for um exemplo de extinção local poderá sofrer os efeitos negativos da depressão por endocruzamento e consequente impacto em sua viabilidade e sobrevivência. / Tolypeutes tricinctus, the three-banded armadillo, is a Neotropical mammal that belongs to Xenarthra group. This species is endangered and endemic to Brazil occurring only in Caatinga and Cerrado biomes. The previous genetic study available analyzed the genetic diversity on Cytochrome Oxidase I (COI) gene and found only one haplotype among 30 individuals of a single population, the only one sampled so far. Considering this result and the lack of genetic and phylogenetic studies, the present work was proposed to better understand the genetic diversity of this population, from the Cerrado biome of the Bahia state, the Fazenda Jatobá population. We used microsatellite markers selected by next generation sequencing and the mitochondrial DNA control region (D-loop). A field research and contact with other researchers were made to obtain samples of the T. matacus and T. tricinctus samples from different localities. In addition, we also tested the power of COI gene to differentiate eight species of Cingulata order and to estimate the phylogeny using the DNA barcoding approach. Sixty microsatellite loci were selected and tested and 23 showed positive amplification results among individuals from Jatobá Farm population. Only two were polymorphic with two and three alleles respectively. Museum samples and individuals from other localities did not present positive results after amplification tests. The obtained result was unexpected and prevents any further population parameters estimates such as effective population size and inbreeding. Any chance of limitation or error was refuted and the low number of polymorphic loci probably express the low genetic diversity of the population. Low levels of genetic diversity were also observed in 386bp of D-loop (h = 0.4032±0.0909 e π = 0.002084±0.001737). Only two haplotypes were observed among 23 individuals from the Jatobá population. A third haplotype was observed when in a sample from Ceará (h = 0.4529±0.0948 e π = 0.002125±0.001757). In the DNA barconding study the COI gene was effective to differentiate most of armadillo species. The phylogeny did not show high support for the nodes representing subfamily level. Considering the evidences of low genetic diversity for the T. tricinctus Jatobá population and the menaces to species\' survival it possible that a similar scenario be present in other populations. Therefore, the obtained results indicate that a larger sampling along different localities of the species\' distribution is needed in order to understand the genetic diversity of T. tricinctus. Preserving the extant three-banded armadillo populations avoiding decline in size should be a priority in future conservation actions. Preserving the genetic diversity of the tree-banded armadillo is essential, especially for Jatobá population. This population may be an example of local extinction, or at least suffer from the negative effects of inbreeding depression and resulting impacts on its viability and survival.
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