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Interplantio de variedades de bananeira como prática de controle de Sigatoka /

Gonçalves, Valdeir Dias. January 2006 (has links)
Resumo: O experimento foi implantado na área do projeto Crer-ser, próximo ao Câmpus da UNIMONTES em Janaúba - MG, com o objetivo de avaliar o crescimento e a produção das bananeiras Prata Anã, Caipira e Thap Maeo em diferentes sistemas de plantio, influenciados pela Sigatoka amarela no primeiro e segundo ciclo. O delineamento experimental foi o de blocos casualizados, com seis tratamentos e quatro repetições, com 25 plantas nas parcelas dos tratamentos 1, 2, 3 e 5, e com 49 plantas nas parcelas dos tratamentos 4 e 6. Entre cada parcela plantou-se três linhas com a variedade Prata Anã. Para as características vegetativas como circunferência do pseudocaule e altura de planta no primeiro ciclo, número de folhas vivas na colheita no primeiro e segundo ciclo, a variedade Thap Maeo foi superior em relação à Caipira. Nas características de produção circunferência do engaço, peso da ráquis, peso do cacho, números de pencas/cacho, número de frutos/cacho e produtividade, a Thap Maeo apresentou as maiores médias nos dois ciclos de plantio, diferenciando-se estatisticamente da Caipira. Os tratamentos com uma linha de bordadura das variedades Thap Maeo e Caipira foram superiores aos com duas linhas de bordaduras, na maioria das características produtivas avaliadas, não se diferenciando estatisticamente do interplantio. A análise da Prata Anã, dentro dos seis sistemas de plantio, não apresentou diferenças significativas para as características vegetativas avaliadas, exceto número de folhas vivas na colheita, no segundo ciclo. Nas características produtivas apresentou diferença significativa para número de pencas/cacho e número de frutos/cacho. Embora não tenham sido detectadas diferenças significativas para outros caracteres avaliados, houve uma tendência inferior para o sistema de plantio convencional da Prata Anã. Nas avaliações... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The experiment was implanted in the area of the project Crer-ser, near to the Campus of UNIMONTES in Janaúba - MG, with the purpose of evaluating growth and production of the banana 'Prata Anã', 'Caipira' and 'Thap Maeo' in different planting systems, under the influence of yellow Sigatoka in the first and second cycle. The experimental design was of randomized blocks, with six treatments and four repetitions, with 25 plants in the plots of the treatments 1, 2, 3 and 5, and with 49 plants in the plots of the treatments 4 and 6. Between each plot, three rows were planted with the variety Prata Anã. Concerning to vegetative characteristics like circumference of the pseudostem and plant height in the first cycle, number of alive leaves in the crop in the first and second cycle, the variety Thap Maeo was superior in relation to the Caipira. Concerning to the characteristics of production, circumference and weight of the stalk, weight of the bunch, numbers of hands/bunch, number of fingers/ bunch and productivity the 'Thap Maeo' presented the largest averages in the two planting cycles differentiating significantly of the Caipira. The treatments in a row of border of the varieties Thap Maeo and Caipira were superior to the one with two rows of borders in the most evaluated productive characteristics do not differentiating significantly of the variety mixture. The analysis of the 'Prata Anã' inside of the six planting systems did not present significant differences for the evaluated vegetative xi characteristics, except number of alive leaves in the crop in the second cycle, while in the productive characteristics... (Complete abstract click electronic access below) / Orientador: Carlos Ruggiero / Coorientador: Silvia Nietsche / Banca: Ronaldo Posella Zaccaro / Banca: Antonio Baldo Geraldo Martins / Mestre
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Desenvolvimento, caracterização e mapeamento de microssatélites de tetra e pentanucleotídeos em eucalyptus spp

Sansaloni, Carolina Paola 02 1900 (has links)
Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Biologia Celular, 2008. / Submitted by Kathryn Cardim Araujo (kathryn.cardim@gmail.com) on 2009-09-22T18:53:56Z No. of bitstreams: 1 Dissert_Carolina Paola Sansaloni.pdf: 1344496 bytes, checksum: a9eae5d22eaec31835f3534662d4075c (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2009-12-12T14:56:42Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissert_Carolina Paola Sansaloni.pdf: 1344496 bytes, checksum: a9eae5d22eaec31835f3534662d4075c (MD5) / Made available in DSpace on 2009-12-12T14:56:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissert_Carolina Paola Sansaloni.pdf: 1344496 bytes, checksum: a9eae5d22eaec31835f3534662d4075c (MD5) Previous issue date: 2008-02 / Marcadores microssatélites permitem o gerenciamento de variabilidade genética, proteção varietal e identificação individual em populações de melhoramento e produção de Eucalyptus. A análise de locos microssatélites em sistemas “multiplex” (i.e. vários locos analisados simultaneamente) vem sendo realizada tradicionalmente com microssatélites dinucleotídeos cujos alelos diferem em apenas dois pares de bases. Entretanto o padrão de qualidade recomendado internacionalmente para a investigação genética forense estabeleceu a utilização exclusiva de microssatélites baseados em repetições de tetra ou pentanucleotídeos. A maior diferença de tamanho entre os alelos e a minimização de artefatos de amplificação permitem uma interpretação significativamente mais robusta de genótipos em comparação a dinucleotídeos e conseqüentemente uma fácil e confiável comparação de perfis genotípicos entre laboratórios. O objetivo deste trabalho foi, portanto, o desenvolvimento, caracterização e mapeamento genético de uma nova categoria de microssatélites para espécies de Eucalyptus, baseados em repetições de tetra e pentanucleotídeos. Um banco de dados de 18.510 mil seqüências genômicas derivadas de clones de cromossomos artificiais de bactérias (BAC) de E. grandis totalizando 9,6 mega pares de bases foram mineradas para repetições de tetra e pentanucleotídeos e pares de iniciadores desenhados automaticamente para flanquear repetições totalizando dez ou mais pb. Dos 304 e 196 pares de iniciadores desenhados para a amplificação de locos tetra e pentanucleotídeos perfeitos, respectivamente, foram selecionados 80 locos de tetra e 30 de pentanucleotídeos para estudos detalhados. Após uma triagem em eletroforese de alta resolução foram selecionados 22 locos tetra e 10 pentanucleotídeos os quais foram geneticamente mapeados e caracterizados para número de alelos, heterozigosidade esperada (He) e observada (Ho), probabilidade de identidade (PI), probabilidade de exclusão de paternidade (PE) e conteúdo de informação polimórfica (PIC) em amostras populacionais de seis procedências das três principais espécies plantadas de Eucalyptus no mundo (E. grandis, E. globulus e E. urophylla). Os locos tetra e pentanucleotídeos selecionados revelaram um conteúdo informativo inferior àquele de dinucleotídeos, embora adequado para discriminar indivíduos e determinar parentesco com elevada precisão. Ao avaliar a capacidade efetiva de discriminação individual em um grupo de 46 clones elite plantados comercialmente 5 locos tetra ou pentanucleotídeos foram suficientes para identificar unicamente todos os clones. A herança mendeliana de todos os 32 locos selecionados foi confirmada. Destes, 23 locos apresentaram uma configuração de segregação que permitiu o seu mapeamento genético em 8 dos 11 grupos de ligação com base em mapas de referência de duas famílias de E. grandis x E. urophylla. Dois sistemas multiplex, cada um com 7 locos selecionados foram testados com sucesso disponibilizando assim os primeiros sistemas de análise genética de alta precisão para espécies de Eucalyptus, passíveis de adoção em escala internacional para a análise genética de clones e populações. _______________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Microsatellite markers allow the management of genetic variation, varietal protection and individual identification in breeding and production populations of Eucalyptus. The analysis of microsatellite markers in multiplexed systems has been traditionally accomplished using dinucleotide repeat based loci whose alleles differ by only two base pairs. However the golden standard recommended for individual identification in forensic genetics requires the exclusive use of microsatellites based on equal or higher than tetranucleotide repeats. The larger difference in allele size and the reduction in amplification stuttering artifacts allows a significantly more robust genotype calling and thus an easier and more reliable comparison of multilocus genotypes across laboratories. The objective of this work was, therefore, the development, characterization and mapping of a novel category of microsatellites for Eucalyptus species, based on tetra and pentanucleotide repeats. A database of 18,510 sequences derived from Bacterial Artificial Chromosomes (BAC) clones of E. grandis totalling 9.6 mega basepairs of high quality sequence was mined for tetra and pentanucleotide repeats and primers designed automatically to flank repeats equal or larger than 10 bp. Out of the 304 and 196 primer pairs designed for perfect tetra and pentanucleotide repeats respectively, 80 tetranucleotide and 30 pentanucleotide based loci were selected for detailed studies Following a screening step for polymorphism in high resolution PAGE, 22 tetra and 10 pentanucleotide repeat based loci were selected and genetically mapped and characterized for numbers of alleles, observed and expected heterozigosity, probability of identity (PI), probability of paternity exclusion (PE) and polymorphism information content in population samples of six provenances of the three most widely planted species of the genus (E. grandis, E. globulus e E. urophylla). The tetra and pentanucleotide repeat loci showed a lower information content when compared to dinucleotide repeat markers however fully adequate to discriminate individuals and determine parentage with confidence. When assessing the actual discrimination power on a gruoup of 46 commercially planted Eucalyptus clones, five tetra or pentanucleotide markers were sufficient to uniquely identify all the clones. The mendelian inheritance of all 32 selected loci was confirmed. Twenty three displayed a segregation configuration that allowed genetically mapping them on 8 of the 11 linkage groups using two reference maps of E. grandis x E. urophylla. Two multiplex systems, with 7 loci each were successfully tested introducing the first high precision systems of genetic analysis for species of Eucalyptus, likely to be internationally adopted for the genetic analysis of clones and populations.
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Caracterização da interação de Pythium spp. com plântulas de Solanum Iycopersicum / Characterization of the interaction of Pythium spp. with Solanum lycopersicum seedlings

Silva, Monica de Medeiros January 2008 (has links)
Nos últimos anos, o aumento na produção de plantas em sistemas de cultivo hidropônico ou em substratos comerciais, além da proibição do uso de brometo de metila, resultou em uma maior incidência de doenças radiculares causadas por patógenos de solo como Pythium spp.. A caracterização dos mecanismos de patogênese de espécies do gênero Pythium que causam danos às culturas poderia promover maiores possibilidades de controle. O objetivo do presente estudo foi caracterizar a resposta de tomate (Solanum lycopersicum) à infecção de isolados de diferentes espécies do gênero Pythium. A incidência da doença em plântulas, causada pela inoculação com cinco isolados do gênero Pythium, foi avaliada quanto à ocorrência de mortalidade, enquanto a severidade foi avaliada quanto a alterações no comprimento da parte aérea e das raízes. O efeito da temperatura e da concentração do inóculo na severidade da doença também foi avaliado. A fim de caracterizar a ação de alguns compostos químicos na ocorrência da doença, foi avaliada a aplicação de ácido abscísico, ácido salicílico (AS), etefon (ET), aminoetoxivinilglicina e um surfactante sintético. Por fim, a técnica de quantificação relativa por PCR em tempo real foi utilizada para avaliar o acúmulo de mRNA de genes de defesa em resposta à inoculação. Na caracterização biológica, verificou-se que todos os isolados foram patogênicos a tomate, apresentando variações na severidade da doença causada. A severidade da doença provocada por P. inflatum é baixa, quando comparada com os outros isolados. Já P. ultimum causa sintomas inicialmente pouco severos, mas que evoluem rapidamente. A adição de ET, AS e do surfactante reduziu significativamente a severidade da doença. Na caracterização molecular, observou-se que um maior acúmulo de mRNAs dos genes LOXD, PR-1A1 e PR-5 depende da interação em questão. A diversidade observada nos resultados reflete a complexidade das respostas de S. lycopersicum induzidas pelos patógenos. A análise funcional in vivo desses e de outros genes poderá contribuir para utilização dos mesmos na obtenção de resistência contra Pythium spp.. / In recent years, the increase in plant production in hydroponic culture systems or in commercial soil media, in addition to the ban on the use of methyl bromide, resulted in a higher incidence of root diseases caused by soil pathogens like Pythium spp.. The characterization of the pathogenesis mechanisms of species of the genus Pythium that cause damage to crops could promote greater opportunities for control. The objective of this study was to characterize the response of tomato (Solanum lycopersicum) to the infection with isolates of different species of the genus Pythium. The disease incidence in seedlings caused by inoculation with five isolates from the genus Pythium was evaluated according to the occurrence of death, while the severity was assessed by changes in the length of shoots and roots. The effect of temperature and inoculum concentration in disease severity was also assessed. In order to characterize the action of some chemical compounds in the disease occurrence the application of abscisic acid, salicylic acid (SA), ethephon (ET), aminoethoxyvinilglycine and a synthetic surfactant was evaluated. Finally, the technique of relative quantification by realtime PCR was used to assess the accumulation of mRNA from defense genes in response to the inoculation. In the biological characterization, it was found that all isolates were pathogenic to S. lycopersicum, although they have induced variable disease severity. The disease severity caused by P. inflatum is low when compared with the other isolates. On the other hand, P. ultimum initially causes less severe symptoms which progress very rapidly. The addition of ET, AS, and the surfactant, significantly reduced the severity of the disease. In the molecular characterization, it was observed that the accumulation of mRNAs of genes LOXD, PR-1A1, and PR-5 depends on the species of Pythium in the interaction. The diversity observed in the results reflects the complexity of the responses of S. lycopersicum induced by pathogens. In vivo functional analysis of these and other genes could contribute to the use of them in obtaining resistance against Pythium spp..
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Variabilidade, herdabilidade e regiões genômicas associadas à expressão da resistência parcial à ferrugem da folha em aveia (Avena sativa L.) avaliada em parcelas

Tisian, Luis Marcelo January 2005 (has links)
As condições ambientais do subtrópico brasileiro favorecem o desenvolvimento da ferrugem da folha da aveia de maneira que a severidade torna-se alta e extremamente danosa. O desenvolvimento de variedades com resistência parcial (RP), tem sido sugerido como uma estratégia para tornar a efetividade da resistência à ferrugem da folha mais durável. Este trabalho teve por objetivos determinar a variabilidade, quantificar a herdabilidade e identificar as regiões genômicas (QTLs) associadas à expressão da RP, em linhagens do cruzamento UFRGS 7 x UFRGS910906, avaliadas na média de parcelas. Oitenta e três linhagens F6:7 e F6:8 e os genitores UFRGS 7 (suscetibilidade) e UFRGS 910906 (parcialmente resistente) foram avaliados, em 2002 e 2003, quanto à severidade da ferrugem da folha da aveia no decorrer do ciclo da cultura, em parcelas experimentais. A partir desses dados, foi calculada a área sob a curva do progresso da doença (ASCPD), a severidade máxima (SM) e o tempo em dias para atingir 12,5% da SM (T12,5). O rendimento de grãos (REND) e o peso de hectolitro (PH) das linhagens com RP foram comparados nos tratamentos com e sem fungicida. Uma análise por intervalo simples foi utilizada para identificar em mapa molecular F6, anteriormente desenvolvido, QTLs associados à ASCPD, SM e T12,5. A população de UFRGS 7 X UFRGS 910906 apresentou variabilidade para os parâmetros da RP, com as linhas 211, 238, 241, 243 e 245 apresentando os menores valores de ASCPD, SM e T12,5, nos dois anos. As estimativas de herdabilidade de ASCPD (0,87), SM (0,86), T12,5 (0,76), REND (0,99) e PH (0,64) foram altas. Seis QTLs foram identificados para as características ASCPD, SM e T12,5, avaliadas com base em parcelas experimentais, nos dois anos de estudo. Os resultados permitem concluir que a avaliação em parcelas da RP à ferrugem da folha de UFRGS 910906 é efetiva na distinção de genótipos resistentes. O nível de RP conferido por UFRGS 910906 não fornece proteção suficiente para manter o rendimento e qualidade de grãos, na presença de alta severidade da moléstia. A RP de UFRGS 910906 apresenta um QTL identificado pelo marcador AFLP PaaMtt340 com consistência de expressão em diferentes ambientes, capaz de ser detectado na avaliação de parcelas experimentais e com potencial para ser explorado através do uso de seleção assistida por marcadores moleculares em programas de melhoramento de aveia.
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Seleção de genótipos e análise da tolerância do milho (Zea mays L.) ao encharcamento do solo / Genotypes selection and maize (Zea mays L.) tolerance analysis to waterlogging

Bispo, Noryam Bervian January 2011 (has links)
Os solos de várzea ou hidromórficos têm como principal característica a drenagem natural defi lente. No Rio Grande do Sul, este tipo de solo representa 20% da ár a, sendo cultivado principalmente em um sistema de arroz e pecuária de corte. O milho pode ser uma alternativa para rotação de culturas em áreas de várzea, entretanto é indispensável o desenvolvimento de genótipos tolerantes ao encharcamento do solo. Este trabalho teve por objetivo avaliar a variabilidade enética da tolerância ao encharcamento do solo em milho, bem como avalia a complexidade de fatores envolvidos na tolerância ao encharcamento. Uma série de experimentos foi realizada em casa de vegetação para testar a reação de 105 genótipos de milho sob estresse e foram feitas análises de tecido da parte aérea das plantas para avaliar os diferentes fatores en olvidos. Os resultados indicaram a presença de variabilidade genética para a tolerância ao estresse. Em torno de 4% dos genótipos testados de onstraram tolerância, apresentando-se mais verdes e mais vigorosos em rel ção aos demais no decorrer de cada experimento. A temperatura foi um f tor decisivo na avaliação da tolerância, sendo que temperaturas mais altas aumentaram os efeitos nocivos ocasionados pelo encharcamento. O alagamento do solo determinou uma elevação drástica na concentração de ferre e uma redução nos elementos nitrogênio, fósforo, potássio e boro no tccido das plantas. As plantas sensíveis apresentaram teores de sódio signifi ativamente maiores no tecido em comparação com as plantas tolerantes. Co o conclusão, é possível selecionar genótipos de milho adaptados às condiço:s de encharcamento do solo, entretanto a análise deste estresse é complexa • evido à interação com diversos fatores do ambiente, especialmente a temperatura. / Lowland or hydromorphic soils present naturally poor drainage. In Rio Grande do Sul this type of soil represents 20% of the total cultivated area. R is cultivated under a rice and livestock succession system. Maize may be an alternative to crop rotation in these areas, however it is essential to develop waterlogging tolerant genotypes. This study aimed to evaluate the genetic variability for waterlogging tolerance in maize, and to assess the complexity of factors involved in waterlogging tolerance. Several experiments were conducted in greenhouse to test the reaction of 105 maize genotypes. Tissue analysis was additionally performed to evaluate different factors involved. Results indicated genetic variability for stress tolerance. About 4% genotypes showed tolerance, presenting greener leaves and more vigorous during each experiment. Temperature was a decisive factor for tolerance evaluation, where higher temperatures increased stress by fiooding. Waterlogging caused an elevation in iron tissue concentration. At the same time nitrogen, phosphorus, potassium, and boron concentration were decreased. Sensitive plants showed significantly higher levels of sodium on the tissues when compared to tolerant plants. As a conclusion, it is possible to select maize genotypes adapted to waterlogging conditions, however stress analysis is complex due to interaction with several environmental factors, especially temperature.
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Superexpressão do gene codificante do peptídeo AtPep1 em A.Thaliana visando a obtenção de resistência à isolados de diferentes espécies do gênero Pythium / Overexpression of the gene that codes for the peptide atpep1 in A. Thaliana in order to obtain resistance to isolates of different species of the genus pythium

Trivilin, Ana Paula January 2008 (has links)
As plantas estão expostas a uma gama de patógenos que utilizam diversas estratégias para infectar seus hospedeiros. Em resposta, as plantas expressam diferentes mecanismos de defesa, onde ocorre o reconhecimento de moléculas conservadas do patógeno por receptores específicos das plantas, desencadeando as respostas de defesa. A descoberta de sinais endógenos e exógenos que regulam a expressão de genes de defesa em Arabidopsis thaliana tem auxiliado a compreensão dos mecanismos de defesa. O desenvolvimento de uma estratégia de superexpressão para avaliação do papel do peptídeo endógeno AtPep1 na resistência a isolados de diferentes espécies do gênero Pythium é importante para a compreensão do mecanismo de defesa e a futura utilização do mesmo em cultivares resistentes ao patógeno. Nesse sentido, foram realizados experimentos que consistiram da inoculação de A. thaliana com isolados das espécies de P. graminicola, P. inflatum, P. deliense e P. ultimum. As plantas foram avaliadas quanto à presença de sintomas da doença. Paralelamente, o gene codificante do peptídeo AtPep1, PROPEP1, foi isolado de A. thaliana, ligado nos vetores binários pGSA1427 ou pEGAD, e transformados em Agrobacterium tumefaciens. Células de A. tumefaciens contendo os plasmídeos com e sem PROPEP1 foram usadas para transformação floral de A. thaliana. As plantas transformadas foram selecionadas pela presença do gene que confere tolerância ao herbicida glufosinato de amônio e, no caso da planta transformada com o vetor pEGAD, também pela presença da GFP (proteína verde fluorescente). A presença dos genes inseridos foi confirmada por PCR seguido de seqüenciamento. As plantas transformadas foram avaliadas quanto ao acúmulo de mRNA de PROPEP1 e a resistência aos isolados do gênero Pythium. Os resultados indicam que plantas tipo selvagem de A. thaliana são suscetíveis aos isolados das diferentes espécies do gênero Pythium. As plantas pEGAD-AtPep apresentaram um aumento na expressão relativa de PROPEP1 de até 4.000 vezes a encontrada nas plantas controle. Este alto acúmulo de PROPEP1 nas plantas pEGAD-AtPep e pGSAAtPep revelou ser importante na resistência ao isolado de P. deliense. As evidências suportam o papel do peptídeo AtPep1 como um elicitor endógeno que é gerado em resposta aos patógenos e suas PAMPs. / Plants are exposed to a range of pathogens that use several strategies to infect their host. In response, the plants express different mechanisms of defense, in which the recognition of conserved pathogen molecules by plant specific receptors triggers the defence responses. The discovery of exogenous and endogenous signals that regulate the expression of defense genes in Arabidopsis thaliana has helped the understanding of the mechanisms of defense. The development of a strategy of overexpression for evaluating the role of endogenous peptide AtPep1 in resistance to isolates of different species of the genus Pythium is important for understanding the mechanism of defense and its future use in resistant cultivars to the pathogen. Therefore, experiments that were performed consisted in the inoculation of A. thaliana with isolates of the of P. graminicola, P.inflatum, P. deliense, and P. ultimum species. The plants were evaluated for the presence of disease symptoms. In addition to that, the gene coding the peptide AtPep1, PROPEP1 was isolated from A. thaliana, ligated in the binary vectors pGSA1427 or pEGAD, and transformed in Agrobacterium tumefaciens. Cells of A. tumefaciens containing the plasmids with or without PROPEP1 were used to floral transformation of A. thaliana. The transformed plants were selected for the presence of the gene that confers tolerance to the herbicide ammonium glufosinate and, in the case of plants transformed with the vector pEGAD, they were also selected for the presence of GFP (green fluorescent protein). The presence of the inserted gene was confirmed by PCR followed by sequencing. The transformed plants were evaluated on the accumulation of mRNA from PROPEP1 and resistance to isolates of the genus Pythium. The results indicate that A. thaliana wild type plants are susceptible to isolates from various species of the genus Pythium. The pEGAD-AtPep plants showed an increase in the expression of PROPEP1 of up to 4.000 times more than that was found in control plants. Such high accumulation of PROPEP1 in pEGAD-AtPep and pGSA-AtPep plants was shown to be important in resistance to the isolate of P. deliense. The evidences support the role of the peptide AtPep1 as an endogenous elicitor that is generated in response to pathogens and their PAMPs.
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Potencial genético de progênies de feijão-caupi para a obtenção de genótipos de porte ereto e ciclo precoce / Potential genetic of progeny cowpea for obtaining genotypes upright porte and early cycle

Matos, Renata Fernandes January 2016 (has links)
MATOS, Renata Fernandes. Potencial genético de progênies de feijão-caupi para a obtenção de genótipos de porte ereto e ciclo precoce. 2016. 76 f. Dissertação (Mestrado em Fitotecnia)- Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2016. / Submitted by Weslayne Nunes de Sales (weslaynesales@ufc.br) on 2016-08-25T12:47:24Z No. of bitstreams: 1 2016_dis_rfmatos.pdf: 1286396 bytes, checksum: bb87aee9780ff53de239e6753fcfb552 (MD5) / Approved for entry into archive by Jairo Viana (jairo@ufc.br) on 2016-08-25T17:29:27Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_dis_rfmatos.pdf: 1286396 bytes, checksum: bb87aee9780ff53de239e6753fcfb552 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-25T17:29:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_dis_rfmatos.pdf: 1286396 bytes, checksum: bb87aee9780ff53de239e6753fcfb552 (MD5) Previous issue date: 2016 / In addition to high yield, the cowpea breeding programs have been based on the development of cultivars that erect associate and early cycle. This is because in addition to minimizing the risk of losses because the plants spend less time in the field, makes it easy to harvest, either manually or mechanically. For this purpose, are generally employed methods involving hybridization to give segregating populations, these, in turn, are driven by several generations of inbreeding. This process is costly and time consuming, and early identification of populations with potential for extraction lines, can greatly reduce the costs of a breeding program. For this, the methodology m + a, which estimates the concentration of favorable alleles in two consecutive generations, is a good indicator. Subsequently, it should identify the best genotypes within those potential people to compose the final testing lines, conditioning to obtain cultivars that meet the objectives of breeding programs. Thus, the aim of the first study (Chapter 1): (i) estimate the genotypic values (BLUPs) to agronomic important traits, and (ii) to investigate the potential use of the methodology m + a for the early selection of lines. In the second study (Chapter 2), aimed to verify the existence of genetic variability in the population and identify promising lines to compose the final rehearsals. To estimate the genetic potential of populations for early extraction lines were evaluated generations F3:4 and F3:5 ten progenies. These were evaluated in a randomized block design with three replications. To identify the best individuals to compose EFL, we used seeds from 119 genotypes originated ten progenies F3:4, and two witnesses, Sempre Verde and BRS Tumucumaque. It was used for this design in a 11 x 11 square lattice with two replications. The trials of the two studies were conducted in Marco-CE council and evaluated characters: number of days to flowering (NDF); number of days to maturity (NDM); plant height (ALT); pod length (CPV); number of seeds per pod (NGV); weight of 100 grains (M100G), and total mass (MTOT). We identified high heritability values in terms of average and accuracy for most of the characters, as well as low coefficients of variation, except for MTOT character. Positive and negative genotypic values of the progenies showed the potential to increase the expression of those characters related to productivity and reduce the expression of those associated with size and precocity. The estimate m + a more expressive for ALT was presented by the progeny obtained from the crossing of the EC-796 and MNC03-737E-5-10. And for NDF and NDM the progeny obtained from the crossing of the EC-796 and EC-954. The estimate the m + a was viable for identification of populations with potential for extraction lines in cowpea culture. In the second study, the genotypes 5, 7, 14, 15, 25, 27, 31, 42, 47, 57, 85 and 113 were those which showed greatest genetic potential for composing EFL. / Além de elevadas produtividades, os programas de melhoramento do feijão-caupi têm se baseado no desenvolvimento de cultivares que associem porte ereto e ciclo precoce. Isto porque além de minimizar os riscos de perdas, pelo fato das plantas passarem menos tempo em campo, facilita o processo de colheita, tanto manualmente como mecanicamente. Para tanto, geralmente são empregados métodos que envolvem hibridação para originar populações segregantes, estas, por sua vez, são conduzidas por várias gerações de endogamia. Esse processo é custoso e moroso e, identificar precocemente populações com potencial para extração de linhagens, pode reduzir consideravelmente os custos de um programa de melhoramento. Para isso, a metodologia m + a, que estima a concentração de alelos favoráveis em duas gerações consecutivas, é um bom indicador. A posteriori, cabe identificar os melhores genótipos dentro daquelas potenciais populações para compor os ensaios finais de linhagens, condicionando a obtenção de cultivares que atendam aos objetivos dos programas de melhoramento. Assim, objetivou-se no primeiro estudo (capítulo 1): (i) estimar os valores genotípicos (BLUPs) para caracteres de interesse agronômico, e (ii) verificar o potencial do uso da metodologia m + a para a seleção precoce de linhagens. No segundo estudo (capítulo 2), objetivou-se verificar a existência de variabilidade genética na população e identificar linhagens promissoras para compor os ensaios finais. Para estimação do potencial genético das populações para extração precoce de linhagens foram avaliadas as gerações F3:4 e F3:5 de dez progênies. Estas foram avaliadas no delineamento em blocos casualizados com três repetições. Para identificação dos melhores indivíduos para compor EFL, utilizaram-se sementes provenientes de 119 genótipos oriundos de dez progênies F3:4, e de duas testemunhas, Sempre Verde e BRS Tumucumaque. Utilizou-se para isso delineamento em látice quadrado 11 x 11 com duas repetições. Os ensaios dos dois estudos foram conduzidos no município de Marco-CE e avaliados os caracteres: número de dias para floração (NDF); número de dias para maturação (NDM); altura de planta (ALT); comprimento de vagem (CPV); número de grãos por vagem (NGV); massa de 100 grãos (M100G), e massa total (MTOT). Foram identificados elevados valores de herdabilidade a nível de média e acurácia para a maioria dos caracteres, assim como baixos coeficientes de variação, com exceção para o caráter MTOT. Valores genotípicos positivos e negativos evidenciaram o potencial das progênies para aumentar a expressão daqueles caracteres relacionados a produtividade e reduzir a expressão daqueles associados a porte e precocidade. A estimativa m + a mais expressiva para ALT foi apresentada pela progênie obtida do cruzamento entre CE-796 e MNC03-737E-5-10. E para NDF e NDM pela progênie obtida do cruzamento entre CE-796 e CE-954. A estimativa m + a foi viável para a identificação de populações com potencial para extração de linhagens na cultura do feijão-caupi. No segundo estudo, os genótipos 5, 7, 14, 15, 25, 27, 31, 42, 47, 57, 85 e 113 foram aqueles que demonstraram maior potencial genético para compor EFL.
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Regressão quantílica aplicada ao estudo de seleção genômica para características assimétricas de suínos / Quantile regression applied to genomic selection for asymmetric traits in pigs

Santos, Patricia Mendes dos 26 February 2016 (has links)
Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-07-29T10:26:42Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 886084 bytes, checksum: 700517bd341297c23be0bbb3a9d8637b (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-29T10:26:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 886084 bytes, checksum: 700517bd341297c23be0bbb3a9d8637b (MD5) Previous issue date: 2016-02-26 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Em programas de melhoramento, seja para predição do mérito genético individual ou para identificar regiões genômicas responsáveis por fenótipos de interesse econômico, o uso de informações dos marcadores SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) tem se tornado uma importante ferramenta e para tanto, diferentes métodos estatísticos têm sido empregados. Dentre os métodos comumente utilizados, destaca-se o método Lasso bayesiano (BLASSO) que, como as demais metodologias apresentadas na literatura, estima apenas o efeito dos marcadores em termos do valor médio da característica de interesse. Porém, em algumas situações, os fenótipos avaliados não possuem distribuição simétrica e, portanto, uma modelagem considerando a estimação dos efeitos de marcadores em diferentes níveis da variável de interesse pode ser mais adequada. Uma metodologia alternativa e ainda pouco explorada na seleção genômica, é a Regressão Quantílica Regularizada, a qual incorpora naturalmente o estudo de diferentes níveis da distribuição dos valores fenotípicos, bem como a seleção de variáveis e a regularização do processo de estimação. Diante do exposto, este trabalho propõe a utilização da Regressão Quantílica Regularizada, visando predizer os valores genéticos de suínos para as características de rendimento de carcaça (RCARC), espessura de bacon (EBACON) e espessura de toucinho imediatamente após a última costela na linha dorso-lombar (ETUC) em diferentes níveis da distribuição dessas variáveis. Os resultados obtidos por esta metodologia, em termos de acurácia, da classificação dos animais para seleção e efeitos de marcadores, foram comparados com aqueles advindos do método BLASSO. Para tanto, foram utilizados dados de uma população F 2, referente a 345 suínos, obtidos pelo cruzamento das raças Piau x Comercial. As funções quantílicas foram ajustadas para (r = 0,05 a r = 0,95 ), e para fins de comparação das metodologias, considerou-se nos ajustes via RQR além dos valores do parâmetro de encolhimento (λ) estimado a partir do método BLASSO, um grid de valores considerando valores variando de 0 até o valor fornecido pelo BLASSO, com intervalo de 0,5. Os modelos de regressão quantílica se apresentaram como uma alternativa interessante quando o interesse é predizer os valores genômicos dos animais, uma vez que os mesmos apresentaram valores de acurácia maiores ou iguais àqueles obtidos pelo BLASSO. Além disso, os resultados dos métodos para as variáveis ETUC e EBACON foram semelhantes e para RCARC foram diferentes no que se refere à classificação dos animais. Quanto ao padrão dos efeitos de marcadores, os resultados encontrados pelos métodos para as variáveis foram diferentes. / In breeding programs, used to predict the individual genetic merit or to identify genomic regions responsible for phenotypes of economic interest, the use of information from SNP markers (Single Nucleotide Polymorphisms) has become an important tool and due to it, different statistical methods have been employed. Among the methods commonly used for this purpose, the most used is the Bayesian Lasso method called BLASSO that, like other methods presented in the literature, only estimates the markers effect related to the average value of the characteristic of interest. However, in some situations, the evaluated phenotypes don’t have symmetrical distribution and thus a modeling considering estimation of the effect on markers in different levels of variable of interest may be more suitable. An alternative methodology and still not much explored in genomic selection, is the regularized quantile regression, which naturally includes the study of different levels of the phenotypic values distribution as well as the selection of variables and the regularization of the estimation process. Given the situation above, this paper proposes the use of regularized quantile regression, aiming to predict the genetic values of pigs for characteristics carcass yield (CY), bacon depth (BD) and midline backfat thickness immediately after the last rib dorsolumbar (LRBF) at different levels of the distribution of these variables. Moreover, the results obtained by this method, in terms of accuracy of classification and selection of animals for significance markers are compared with those arising from the usual method, (BLASSO). To obtain this result, we used data from an F 2 population of 345 pigs, obtained by crossing the Piau x Commercial race. The quantile functions were adjusted for (r = 0.05 to r = 0.95) and for comparison of methodologies, considered in RQR via adjustments in addition to the values of the shrinkage parameter (λ) estimated from the BLASSO method, a grid values are values ranging from 0 to the value provided by BLASSO with an interval of 0,5. The quantile regression models were presented as an interesting alternative when interest is to predict the genomic values of the animals, since they had higher accuracy than or equal to those obtained by BLASSO. Moreover, the results of the methods for LRBF and BD variables were similar and were CY different as regards the classification of the animals. Regarding the pattern of markers effects, the results found by the methods for the variables were different.
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Caracterização da interação de Pythium spp. com plântulas de Solanum Iycopersicum / Characterization of the interaction of Pythium spp. with Solanum lycopersicum seedlings

Silva, Monica de Medeiros January 2008 (has links)
Nos últimos anos, o aumento na produção de plantas em sistemas de cultivo hidropônico ou em substratos comerciais, além da proibição do uso de brometo de metila, resultou em uma maior incidência de doenças radiculares causadas por patógenos de solo como Pythium spp.. A caracterização dos mecanismos de patogênese de espécies do gênero Pythium que causam danos às culturas poderia promover maiores possibilidades de controle. O objetivo do presente estudo foi caracterizar a resposta de tomate (Solanum lycopersicum) à infecção de isolados de diferentes espécies do gênero Pythium. A incidência da doença em plântulas, causada pela inoculação com cinco isolados do gênero Pythium, foi avaliada quanto à ocorrência de mortalidade, enquanto a severidade foi avaliada quanto a alterações no comprimento da parte aérea e das raízes. O efeito da temperatura e da concentração do inóculo na severidade da doença também foi avaliado. A fim de caracterizar a ação de alguns compostos químicos na ocorrência da doença, foi avaliada a aplicação de ácido abscísico, ácido salicílico (AS), etefon (ET), aminoetoxivinilglicina e um surfactante sintético. Por fim, a técnica de quantificação relativa por PCR em tempo real foi utilizada para avaliar o acúmulo de mRNA de genes de defesa em resposta à inoculação. Na caracterização biológica, verificou-se que todos os isolados foram patogênicos a tomate, apresentando variações na severidade da doença causada. A severidade da doença provocada por P. inflatum é baixa, quando comparada com os outros isolados. Já P. ultimum causa sintomas inicialmente pouco severos, mas que evoluem rapidamente. A adição de ET, AS e do surfactante reduziu significativamente a severidade da doença. Na caracterização molecular, observou-se que um maior acúmulo de mRNAs dos genes LOXD, PR-1A1 e PR-5 depende da interação em questão. A diversidade observada nos resultados reflete a complexidade das respostas de S. lycopersicum induzidas pelos patógenos. A análise funcional in vivo desses e de outros genes poderá contribuir para utilização dos mesmos na obtenção de resistência contra Pythium spp.. / In recent years, the increase in plant production in hydroponic culture systems or in commercial soil media, in addition to the ban on the use of methyl bromide, resulted in a higher incidence of root diseases caused by soil pathogens like Pythium spp.. The characterization of the pathogenesis mechanisms of species of the genus Pythium that cause damage to crops could promote greater opportunities for control. The objective of this study was to characterize the response of tomato (Solanum lycopersicum) to the infection with isolates of different species of the genus Pythium. The disease incidence in seedlings caused by inoculation with five isolates from the genus Pythium was evaluated according to the occurrence of death, while the severity was assessed by changes in the length of shoots and roots. The effect of temperature and inoculum concentration in disease severity was also assessed. In order to characterize the action of some chemical compounds in the disease occurrence the application of abscisic acid, salicylic acid (SA), ethephon (ET), aminoethoxyvinilglycine and a synthetic surfactant was evaluated. Finally, the technique of relative quantification by realtime PCR was used to assess the accumulation of mRNA from defense genes in response to the inoculation. In the biological characterization, it was found that all isolates were pathogenic to S. lycopersicum, although they have induced variable disease severity. The disease severity caused by P. inflatum is low when compared with the other isolates. On the other hand, P. ultimum initially causes less severe symptoms which progress very rapidly. The addition of ET, AS, and the surfactant, significantly reduced the severity of the disease. In the molecular characterization, it was observed that the accumulation of mRNAs of genes LOXD, PR-1A1, and PR-5 depends on the species of Pythium in the interaction. The diversity observed in the results reflects the complexity of the responses of S. lycopersicum induced by pathogens. In vivo functional analysis of these and other genes could contribute to the use of them in obtaining resistance against Pythium spp..
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Parâmetros genéticos para peso e altura de ostras do pacífico (crassostrea gigas)

Vieira, Khauê Silva January 2013 (has links)
Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias, Programa de Pós-graduação em Aquicultura, Florianópolis, 2013 / Made available in DSpace on 2013-12-05T23:32:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 318763.pdf: 200948 bytes, checksum: a54b32d909e20ac567f8a62a57e22e5e (MD5) Previous issue date: 2013 / Foram estimados parâmetros genéticos para ostras Crassostrea gigas, com o objetivo de contribuir para o entendimento a respeito destes parâmetros, possibilitando um futuro programa de melhoramento genético baseado na seleção familiar. A característica avaliada foi o crescimento das ostras em diferentes fases de cultivo. As ostras foram reproduzidas e cultivadas no Laboratório de Moluscos Marinhos da UFSC. Vinte quatro famílias de meio-irmãos foram avaliadas em duas biometrias através do peso e altura dos animais. No teste de desempenho em campo, que teve duração de seis meses, cada família foi dividida em três diferentes lanternas, formando o que chamamos de efeito de ambiente permanente (EP). Utilizou-se o programa REMLF90 para obtenção dos componentes de variância. Foram geradas correlações de Spearman entre os valores genéticos (VG) dos indivíduos nas duas biometrias e correlação de Pearson e Spearman entre os VG médios das famílias para as duas biometrias. O peso médio final foi de 43 g e altura de 7 cm. A herdabilidade (h2) para peso manteve-se estável nas duas biometrias apresentando valores de 0,39 e 0,40. Contudo, este parâmetro variou quanto à altura, sendo que na primeira biometria estimou a h2 de 0,83 e na segunda de 0,19. As correlações genéticas entre peso e altura foram de 0,93 em ambas as biometrias. Na biometria 1, a correlação de Spearman entre os indivíduos foi de 0,94, na biometria 2 esse valor foi 0,97. O valor de h2 para altura na biometria 1 ficou acima do esperado e pode ser explicado pelos baixos valores de efeito de ambiente permanente apresentados na biometria 1, que aumentam na biometria 2, demonstrando que foi possível ajustar para este efeito de ambiente melhorando a estimativa da variância genética aditiva. Esta metodologia permitiu a obtenção dos parâmetros genéticos com êxito, contudo, um maior número de repetições, com famílias com réplicas desde as etapas iniciais de cultivo poderia melhorar a acurácia dos valores. <br> / Abstract: It was estimate the genetic parameters for oyster Crassostrea gigas, inorder to contribute to the understanding of these parameters enabling afuture breeding program based on family selection. The trait evaluatedwas the growth of cultch less oysters produced at the Marine Molluscshatchery for six months period. Twenty-four half-sib families wereevaluated in two samplings using shell height and weight under fieldperformance. These families were divided into three replicates, formingan environmental permanent effect (EP). Variance components wereobtained using the program REMLF90. Spearman correlations weregenerated between individuals in both samplings and Pearson andSpearman correlation for average Breeding Values (BV) of the families.The final average for weight was 43 g and shell height of 7 cm. Theheritability (h2) for weight remained stable in both measurements withvalues of 0.39 and 0.40. However, this parameter is variable for height,being found in the first sampling h2 0.83 and 0.19 in the second.Genetic correlations were 0.93 in both measurements. In sampling 1, theSpearman correlation between individuals obtained was 0.94; inSampling 2 this value was 0.97. The value of the h2 height for Sampling1 was well above the expected and may be explained by the low valuesof (EP) shown in Sampling 1, which increases sampling 2.Demonstrating that this effect could be removed from the environmentfor better estimate of the genetic variance additive. This methodologyallowed us to obtain genetic parameters successfully, however, a greaternumber of repetitions, with families having replicates since the initialsteps of culture densities could help in the accuracy of the values.

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