Orientador: Marcelo Agenor Pavan / Banca: Rumy Goto / Banca: Chukichi Kurozawa / Banca: Romulo Fujito Kobori / Banca: Aniello Antonio Cutolo Filho / Resumo: O Pepper yellow mosaic virus (PepYMV) é o mais importante Potyvirus infectando plantas do gênero Capsicum no Brasil. Desordens fisiológicas comprometem folhas e frutos, tornando-os impróprios para a comercialização. Perdas podem chegar a 100% caso a infecção ocorra no início do cultivo. A resistência genética é a principal forma de controle desta virose. Em 2009 um novo isolado denominado PepYMV-Lins foi detectado quebrando a resistência genética das cultivares comerciais. Este trabalho visou buscar fontes de resistência a este novo isolado, estudar a herança da resistência, incorporar em linhas elites e criar novos híbridos de pimentões resistentes e com boa performance agronômica. Dentre os acessos do banco de germoplasma da empresa Sakata, foram encontradas seis pimentas e dois pimentões que portavam resistência conjunta aos isolados PepYMV e PepYMV-Lins. Estes dois últimos foram escolhidos para continuar os trabalhos de introdução de resistência. O estudo de herança apontou que a resistência genética nos dois acessos de pimentões é monogênica e recessiva. Eles foram cruzados com as linhagens elites de pimentões da empresa com o objetivo de criar híbridos comerciais do tipo cônico. Para acelerar o trabalho de melhoramento foi utilizada a técnica de criação e estabilização de linhagens via duplo haploide. As novas linhagens geradas por esta metodologia foram cruzadas para geração de híbridos. Os novos híbridos mostraram-se resistentes aos isolados PepYMV e PepYMV-Lins. Fora... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The Pepper yellow Mosaic virus (PepYMV) is the most important Potyvirus infecting plants of Capsicum genus in Brazil. Physiological disorders compromise leaves and fruits, making them unfit for commercialization. Losses can reach 100% if the infection occurs at the beginning of the crop. Genetic resistance is the main way to control this virus. In 2009 a new isolate called PepYMV-Lins was detected breaking the genetic resistance of the commercial varieties. This work aimed to look for sources of resistance to this new isolate, to study the inheritance of resistance, to incorporate in elite inbred lines and to create new hybrids of resistant peppers with good agronomic performance. Among the accessions of the germplasm bank of the company Sakata were six hot peppers and two sweet peppers that carried resistance to PepYMV and PepYMV-Lins isolates. The latter two were chosen to continue the work of introducing resistance. The genetic inheritance study indicated that the genetic resistance in the two accessions of sweet peppers is monogenic and recessive. They were crossed with the company's elite inbred lines with the aim of creating commercial varieties of the conic type. To accelerate the breeding work, the technique of creation and stabilization of double-haploid lines was used. The new inbred lines generated by this methodology were crossed for generation of hybrids. The newly created hybrids were resistant to PepYMV and PepYMV-Lins isolates. They were also evaluated under f... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Resumo: O presente trabalho teve o objetivo de selecionar genótipos segregantes de soja em três gerações iniciais (F3, F4 e F5) através da estimativa de parâmetros genéticos e fenotípicos como herdabilidade, ganhos com a seleção e correlações. Além disso, utilizou-se o cálculo de índices de seleção de Mulamba & Mock e Pesek & Backer para o auxílio na seleção das melhores famílias. As populações de soja foram avaliadas em três safras consecutivas, 2002/03, 2003/04 e 2004/05 sendo o ensaio conduzido no esquema de famílias com testemunhas intercalares. Na geração F4, a população Embrapa 48 X IAC 17 apresentou maiores valores de herdabilidade e se apresentou como a mais promissora em relação ao caráter produtividade de grãos. Na mesma geração, também concluiu-se que a seleção entre famílias é mais promissora comparando-se com a seleção dentro de famílias. Em relação à correlação fenotípica, constatou-se que a mesma pode auxiliar no processo indireto de seleção. Na geração F5, a melhor população foi à derivada do cruzamento Embrapa 48 X Conquista, tendo em vista os maiores ganhos com a seleção obtidos. Também se concluiu que o uso dos índices de seleção apresenta grande utilidade no processo seletivo, já que proporcionam maiores ganhos totais, distribuídos entre todos os caracteres avaliados, com destaque para o índice de Mulamba & Mock, que apresentou-se mais adequado para as condições do presente experimento, com progressos superiores em várias situações. / Abstract: The present work had the objective to select soybean segregate genotypes in three initial generations (F3, F4 and F5) through the estimate of gene tic and phenotypic parameters as heritability, selection gains and correlations. Moreover, the calculation of Mulamba & Mock and Pesek & Backer index selection was used to select the best families. The soybean populations had been evaluated in three consecutive seasons, 2002/03, 2003/04 and 2004/05, being conducted on the scheme of families inserted between of the checks. In F4 generation, the population Embrapa 48 X IAC 17 presented greater values of heritability and presented as the most promising in relation to the yield. In the same generation, it was concluded that the selection between families is more promising comparing itself with the selection inside of families. In relation to the phenotypic correlation, it was evidenced that the same one can assist in the indirect process of selection. In the F5 generation, the best population was derivate of the crossing Embrapa 48 X Conquista, in view of the biggest selection gains. Also it can be concluded that the use of the selection index presents great utility in the selective process, already provide to greater total gains , distributed between all the evaluated characters, with prominence for the Mulamba & Mock index, that presented more adequate for the conditions of the present experiment, with superior progress in some situations. / Orientador: Maria Aparecida Pessôa da Cruz Centurion / Coorientador: Antonio Orlando Di Mauro / Banca: Neylson Eustáquio Arantes / Banca: Eduardo Antonio Gavioli / Banca: Dilermando Perecin / Banca: João Carlos de Oliveira / Doutor

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:32:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 3841900 bytes, checksum: 0cacdbb43213a6d667c6941e828f2c74 (MD5) Previous issue date: 2012-02-17 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A basic issue in animal genetic improvement is if the selection of animals practiced in a given environment results in genetic progress in other environment. The presence of genotype environment interaction (GEI) is characterized by different response of genotypes to environmental variations, which can cause change in the classification of the genotypes in different environments. Among the ways to evaluate the GEI, models of reaction norms (MRN) have been distinguished themselves worldwide today. The GEI is a linear covariance function that lets you assign to each animal, two random regression coefficients (intercept and slope) that predict the genetic value depending on the environment. Thus, each animal has a genetic value for each environment. This study aims to verify the presence of GEI for weaning weight in Nelore Mocho created in different regions of Brazilian northeast, using the model of reaction norms. It was adjusted two models of norms of reaction to the data, MRN in two steps and MRN in one step. The first uses a model without considering the genotype environment interaction to obtain estimates of the environment effects and then uses them as a known covariate in a random regression model. The second, under the Bayesian approach estimates all parameters jointly. The analyzes were conducted using software SAS, R, AMC and Intergen. Based on two of the three criteria used for choosing the model the was the MRN in one step. Through this model it was possible to verify the presence of genotype environment interaction and to estimate the genetic value of animals for weaning weight in each producing region in the Northeast. Thus, it is possible to recommend the most appropriate sires for each environment studied, taking advantage of the GEI effects. / Uma questão básica no melhoramento genético animal é se a seleção dos animais praticada em um determinado ambiente resulta em progresso genético em outro tipo de ambiente. A presença de interação genótipos ambientes (IGA) é caracterizada pela resposta diferenciada dos genótipos às variações ambientais, o que pode ocasionar alteração na classificação dos genótipos nos diferentes ambientes. Dentre as formas de se avaliar a IGA, os modelos de norma de reação (MNR) têm se destacado, atualmente, em todo o mundo. O MNR linear é uma função de covariância que permite atribuir a cada animal, dois coeficientes de regressão aleatórios (intercepto e inclinação) que predizem o valor genético em função do ambiente. Assim, cada animal terá um valor genético predito para cada ambiente. Este estudo tem o objetivo de verificar a presença de IGA para peso à desmama em bovinos da raça Nelore Mocho criados em diferentes regiões produtoras no Nordeste do Brasil, utilizando o modelo de normas de reação. Ajustou-se dois modelos de normas de reação aos dados, MNR em dois passos e o MNR em um passo. O primeiro utiliza um modelo sem considerar a interação genótipos ambientes para obter estimativas dos efeitos de ambiente e em seguida as utiliza como uma covariável conhecida em um modelo de regressão aleatória e o segundo, sob o enfoque Bayesiano, estima todos os parâmetros simultaneamente. As análises foram realizadas por meio dos softwares SAS, R, AMC e Intergen. Com base em dois dos três critérios utilizados para escolha do modelo, o que melhor se ajustou aos dados foi o MNR em um passo. Por meio deste modelo foi possível verificar a presença de interação genótipos ambientes e estimar o valor genético dos animais para cada região produtora do Nordeste, para a característica peso à desmama. Assim, é possível recomendar os reprodutores mais apropriados para cada ambiente estudado, capitalizando os efeitos da IGA.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:32:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 562430 bytes, checksum: 182da810cb5c6524a339ad2ea7c37142 (MD5) Previous issue date: 2014-02-17 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / In plant breeding, when the objective is to select or recommend genotypes to be planted, the study of the interaction between genotype and environment plays a important role. However, this kind of study does not provide detailed information on the behavior of each cultivar due to environmental variations. Thus become necessary to perform analyzes of stability and adaptability for identification and recommendation superior materials in different environments. Although the literature presents several methods for performing analysis of adaptability and stability, none of them take account of the presence of non-normal phenotype, in other words, phenotypic values asymmetric distributions or heavy tails. Thus, if there is the presence of such phenotypic values, the methods can be influenced and the recommendation may be mistaken, that is, the use of such methods cause inadequate estimates that do not reflect the true relationship between the variation environmental and phenotypic response. An interesting solution for treating this problem in a unified way, that is, the presence of outliers or asymmetry is to use the quantile regression (QR). Such methodology, besides the usual regression methods, using the conditional mean to explain the functional relationship between environmental variation and phenotypic response, makes use of conditional quantile functions. This way the QR possible to choose the quantile which best represents the functional relationship of interest in order to naturally cover the lack of normality cited above. Thus, this paper aims to present the methodology of quantile regression, through a detailed discussion of its theorical foundations, demonstrating it by concrete applications, its use in analysis of adaptability and stability, thus providing a easily and accessible material for readers interested in that subject, contributing researchers and those interested in this area. To the technic evaluation symmetric distributions phenotypic values, symmetric with outliers, right asymmetric, right asymmetric with outliers, left asymmetric and left asymmetric with outliers were simulated. Furthermore, we used data from an experiment on dry matter yield of 92 genotypes of alfalfa (Medicago sativa) evaluated in 20 environments. It is suggested that, for symmetrical phenotypic values should be determined if it has outlier, if it has a QR ( τ = 0,50 ) should be used, if not, should be used either Eberhart and Russell methodology (1966) or QR ( τ = 0,50 ). Since the phenotype is asymmetric, with or without the presence of outlier, it uses QR ( τ = 0,25 ) to right asymmetry and QR ( τ = 0,75) to the left asymmetry. According to the results the QR method was efficient for classifying alfalfa genotypes. / No melhoramento genético de plantas, quando o objetivo é selecionar ou recomendar genótipos para o plantio, o estudo da interação entre genótipo x ambiente é de extrema importância. Entretanto, tal estudo não fornece informações pormenorizadas sobre o comportamento de cada cultivar diante das variações ambientais. Assim, tornam-se necessárias as análises de adaptabilidade e de estabilidade para a identificação e recomendação de materiais superiores em diferentes ambientes. Embora a literatura apresente diversos métodos, para realização da análise de adaptabilidade e estabilidade, nenhum leva em consideração a presença de fenótipos não normais, ou seja, distribuições de valores fenótipos assimétricos ou com caudas pesadas. Desta forma, caso haja a presença desse tipo de valores fenotípicos, os métodos podem sofrer a influência de modo que a recomendação pode ser errônea, ou seja, o uso de tais métodos ocasionam estimativas inadequadas, que não refletem a verdadeira relação existente entre a variação ambiental e a resposta fenotípica. Uma solução interessante para tratar este problema de maneira unificada, isto é, a presença de pontos discrepantes ou assimetria, é a utilização de regressão quantílica (RQ). Tal metodologia, diferentemente dos métodos de regressão usuais, que utilizam a média condicional para explicar a relação funcional entre a variação ambiental e a resposta fenotípica, faz uso de funções quantílicas condicionais. Desta forma, a RQ possibilita escolher o quantil que melhor representa a relação funcional de interesse com o intuito de contemplar naturalmente a mencionada falta de normalidade. Desta forma, o presente trabalho tem como objetivo apresentar a metodologia de regressão quantílica, através de uma discussão detalhada de seus fundamentos teóricos, evidenciando, com aplicações concretas, seu uso em análise de adaptabilidade e estabilidade, fornecendo assim um material de fácil acesso para leitores interessados no assunto, contribuindo com pesquisadores e interessados nesta área. Para avaliação da técnica foram simulados valores fenotípicos, com distribuições simétrica, simétrica com outliers, assimétrica à direita, assimétrica à direita com outliers, assimétrica à esquerda e assimétrica à esquerda com outliers. Além disso, foram utilizados dados provenientes de um experimento sobre produção de matéria seca de 92 genótipos de alfafa (Medicago sativa) avaliados em 20 ambientes. Sugere-se que, para valores fenotípicos simétricos deve-se averiguar se este possui outlier, se sim é utilizada ou a regressão não paramétrica ou a RQ (τ = 0,50) , se não, se utiliza ou a metodologia de Eberhart e Russell (1966) ou a RQ (τ = 0,50) . Já se o fenótipo for assimétrico, com ou sem a presença de outlier, utiliza-se RQ (τ = 0,25) para assimetria a direita e RQ (τ = 0,75) para assimetria à esquerda. De acordo com os resultados encontrados a RQ foi eficiente para classificação de genótipos de alfafa.

Orientador: Maurício Dutra Zanotto / Banca: Sérgio Gonçalves Dutra / Banca: Marcelo de Almeida Silva / Banca: Tiago Zoz / Banca: Leo Zimback / Resumo: O cártamo (Carthamus tinctorius L.) membro da família Asteraceae, atualmente é cultivado principalmente como planta oleaginosa. Pode ser utilizado como cultura de inverno em locais de temperaturas amenas e como cultura de primavera em locais de temperaturas mais baixas, apresenta boa adaptação em ambientes de clima mais seco. Atributos que podem torná-lo uma cultura de importante expressão no cerrado brasileiro, local o qual possui um longo período seco com temperaturas elevadas durante o inverno, dificultando o cultivo de outras espécies. Destaca-se como uma cultura estratégica, apresenta boa tolerância a estresse por déficit hídrico em especial no final de ciclo, além de características adequadas para mecanização facilitando o uso dos mesmos equipamentos utilizados nos demais cultivos como soja e milho. O objetivo deste trabalho é realizar um estudo genético para gerar informações aos programas de melhoramento genético. Foram avaliadas 10 combinações em dialelo completo sem recíprocos, em F1 e F2. Na geração F1 foram avaliadas as características de número de capítulos por planta, número de ramos por planta e produção de grãos por planta. Na geração F2 repetiram-se as avaliações realizadas em F1 acrescentando altura de planta, número de grãos por planta, número de grãos por capítulo e percentagem de óleo nos grãos. Após foi determinado a capacidade geral e específica de combinação e análise de correlação simples. As principais conclusões são: Os melhores cruzamento para pr... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Safflower (Carthamus tinctorius L.), a member of the Asteraceae family, it is currently cultivated mainly as an oilseed plant. It can be used as a winter crop in mild temperatures and as a spring crop in lower temperature. It is well adapted in drier climates. Attributes that can make it a crop of important expression in the Brazilian "Cerrado Area", a place that has a long dry period with high temperatures, making difficult the cultivation of other species. In this scenario the safflower is configured as a strategic crop that presents good stress tolerance due to water deficit, especially at the end of the season, besides characteristics suitable for mechanization, using the same equipment already used in other crops as corn and soybeans. The objective of this study is to perform a genetic study to provide information to breeding programs. We evaluated 10 combinations in complete diallel without reciprocal, in F1 and F2. In the F1 generation were evaluated: number of head per plant, number of branches per plant and seed production per plant. In the F2 generation the evaluations performed in F1 were repeated, and added plant height, number of seeds per plant, number of seeds per chapter and percentage of oil in the seeds. After general and specific combining ability were determined, also a simple correlation analysis was performed. The main conclusions are: The best crossing to seed production were PI537697/PI653152 e PI572450/PI653152 and to oil content were PI572450/PI572470 e PI572470/PI653152 ... / Doutor

Patógenos necrotróficos matam as células por meio de suas agressivas moléculas toxicas e enzimas líticas não específicas. Jasmonato (JA) é um importante hormônio produzido, para entre outras funções, regular positivamente genes envolvidos na defesa a necrotróficos. Um passo importante nesta rota é a produção do ácido linolênico, um ácido graxo de (18:3) que é dessaturado de (18:2) pelas enzimas FAD3, FAD7 e FAD8. Uma ferramenta muito utilizada hoje é o silenciamento gênico induzido por vírus (VIGS) que se utiliza de um mecanismo natural de defesa das plantas a vírus, para a descoberta da função gênica. O objetivo deste trabalho foi avaliar a interação entre A. thaliana e isolados do gênero Pythium sp., com os genes FAD3, FAD7 e FAD8 silenciados. Para alcançar tal objetivo um fragmento de 325 pb do gene FAD7 de A. thaliana foi isolado e clonado no vetor viral TRV2b. As plantas foram agro-infiltradas com o vetor TRV1 e TRV2b-GFP (controle) ou TRV2b-FAD7 (silenciada), após foi realizada a inoculação dos isolados de Pythium sp. e atribuídas notas de severidade, referente ao fenótipo e medido o comprimento das raízes. A agro-infiltração do vetor viral TRV2b-FAD7 ocasionou uma redução significativa na quantidade de mRNA dos genes FAD3 e FAD7, não interferindo na quantidade de mRNA do FAD8. Esta redução na expressão interferiu negativamente na resistência de A. thaliana a P. deliense, causando sintomas mais severos na parte aérea, sintomas que estão correlacionados significativamente com o comprimento de raiz. O silenciamento destes genes ocasionou a redução na expressão da defensina PDF1.2, induzida na infecção por patógenos necrotróficos. A resistência a P. deliense foi restituída pela adição de metil-jasmonato, pois a aplicação exógena deste, ocasionou a indução de PDF1.2, evidenciando a importância da produção de JA na indução desta defensina e na resistência a P. deliense. / Necrotrophic pathogens kill plant cells through its aggressive and nonspecific lytic enzymes and toxic molecules. Jasmonate (JA) is an important hormone that positively regulates genes involved in necrotrophic defense, among other functions. An important step in this pathway is the production of linolenic acid, a fatty acid (18:3) that is desaturated to (18:2) by FAD3, FAD7, and FAD8 enzymes. Virus induced gene silencing (VIGS) is a widely used tool today, which takes advantage of a natural defense mechanism of plants against viruses, for the discovery of gene function. The aim of this study was to evaluate the interaction between A. thaliana and isolates of the genus Pythium sp., after gene silencing of FAD3, FAD7, and FAD8. For this purpose, a 325 bp fragment of FAD7 from A. thaliana was isolated and cloned into a viral vector TRV2b. Plants were agro-infiltrated with the vector and TRV1 TRV2b-GFP (control) or TRV2b-FAD7 (silenced). Then, plants were inoculated with Pythium sp. isolates and disease severity was evaluated, based on phenotype and measures of root length. Agroinfiltration of TRV2b-FAD7 caused a significant reduction in the amount of mRNA from FAD3 and FAD7 but did not interfere in the amount of mRNA from FAD8. This down regulation had a negative influence on the resistance of A. thaliana to P. deliense, causing more severe symptoms in the shoot, symptoms that are significantly correlated with root length. Gene silencing led to a reduction in the expression of PDF1.2 defensin, which is induced in infections caused by necrotrophic pathogens. Resistance to P. deliense was restored by adding exogenous methyl jasmonate, which induced PDF1.2 expression. These results indicate the importance of JA in the induction of this defensin leading to resistance against P. deliense in A. thaliana.

O objetivo deste trabalhofoi avaliarcaracterísticas moleculares e morfológicasde 79 acessos pertencentes à coleção básica de trevo-branco obtida do Departamento de Agricultura dos Estados Unidos(USDA), a fim de caracterizar a variabilidade genética existente.

Orientador: Edson Luiz Lopes Baldin / Banca: Andre Luiz Lourenção / Banca: José Paulo Gonçalves Franco da Silva / Resumo: A couve-de-folhas, Brassica oleracea (L.) var. acephala, de grande importância nutricional para a alimentação humana, sofre limitação de seu cultivo pelo ataque de insetos-praga como a mosca-branca, Bemisia tabaci biótipo B (Genn.) (Hemiptera: Aleyrodidae), que ocasiona danos diretos e indiretos às plantas, podendo comprometer a produtividade no campo. O controle químico é o método mais utilizado para o manejo deste inseto, porém, características como elevado potencial reprodutivo, capacidade de adaptação a condições adversas e grande número de hospedeiros fazem com que o método químico não atinja a eficiência desejada. Em razão disto, métodos alternativos como o uso de plantas resistentes é considerado uma estratégia com reconhecida eficiência no manejo integrado de pragas (MIP). Neste trabalho, 32 genótipos de couve-de-folhas foram avaliados sob o ataque de B. tabaci biótipo B, visando caracterizar possíveis tipos de resistência (antixenose e antibiose) contra este inseto. Numa primeira etapa, foram realizados ensaios de antixenose (com e sem chance de escolha) a fim de avaliar a colonização e a oviposição nos diferentes materiais. Nesse mesmo estudo a coloração das folhas foi também determinada, visando estabelecer correlações. Posteriormente, foi realizado ensaio de desempenho biológico, com 13 genótipos mais promissores (primeira etapa) a fim de caracterizar a ocorrência de antibiose. Com base nos resultados obtidos, os genótipos HS-20, OE e VA foram os menos atrativos a... / Abstract: Collard green, Brassica oleracea (L.) var. acephala, which is of great nutritional importance for human consumption, is endangered by the attack of insect pests such as the whitefly, Bemisia tabaci biotype B (Genn.) (Hemiptera: Aleyrodidae), which causes direct and indirect damages to plants, and may compromise productivity in the field. The chemical control is the most used method for the management of this insect, however, characteristics such as high reproductive potential, adaptability to adverse conditions and large number of hosts cause the chemical method does not achieve the desired efficiency. Because of this, alternative methods such as the use of resistant plants is considered a strategy with recognized efficiency in integrated pest management (IPM). In this work, 32 genotypes of leaf collard green were evaluated under the attack of B. tabaci biotype B, aiming to characterize possible types of resistance (antioxenose and antibiosis) against this insect. In a first step, antixenosis tests were performed (with and without a choice) in order to evaluate the colonization and oviposition in the different materials. In this same study, the leaf color was also determined, aiming to establish correlations. Subsequently, a biological performance test was performed, with 13 more promising genotypes (first stage) in order to characterize the occurrence of antibiosis. Based on the results obtained, genotypes HS-20, OE and VA were the least attractive to adults of the whitefly, indicating expression of antixenosis to this insect. The VE and J genotypes were the least oviposited both in the free choice and the absence of choice assays... / Mestre

Submitted by Samuel Wallace Boer dos Santos (samuel_wallace_eu@hotmail.com) on 2018-10-05T12:41:08Z No. of bitstreams: 1 Dissertação (compacted).pdf: 1033432 bytes, checksum: 72856099afe05132396d596489c6971b (MD5) / Approved for entry into archive by Neli Silvia Pereira null (nelisps@fcav.unesp.br) on 2018-10-08T17:47:46Z (GMT) No. of bitstreams: 1 santos_swb_me_jabo.pdf: 1033432 bytes, checksum: 72856099afe05132396d596489c6971b (MD5) / Made available in DSpace on 2018-10-08T17:47:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 santos_swb_me_jabo.pdf: 1033432 bytes, checksum: 72856099afe05132396d596489c6971b (MD5) Previous issue date: 2018-07-31 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Características de eficiência alimentar estão diretamente associadas com a lucratividade e sustentabilidade da bovinocultura de corte. Conversão alimentar, consumo alimentar residual, consumo de matéria seca, eficiência alimentar e ganho em peso, são características importantes para a seleção de animais mais eficientes dentro de um sistema de produção, porém, com exceção do ganho em peso, as demais não vêm sendo consideradas como critérios de seleção devido à dificuldade de obtenção de fenótipos para as mesmas. Com o avanço nas tecnologias de genotipagem e sequenciamento, foram desenvolvidos chips de alta densidade de marcadores do tipo SNP (Single Nucleotide Polymorphism) espalhados pelo genoma. Estas informações moleculares vêm sendo utilizadas em estudos de associação genômica ampla (GWAS) e de seleção genômica (SG). Basicamente, o GWAS permite a identificação de variações genéticas de maior efeito sobre a expressão fenotípica de características de interesse, enquanto a SG visa a predição do valor genômico direto dos candidatos à seleção utilizando apenas a informação molecular, o que tem revolucionado o melhoramento genético por proporcionar a diminuição do intervalo de geração e o aumento da acurácia de predição dos valores genéticos dos animais. Assim sendo, os objetivos do presente trabalho foram: 1) encontrar regiões cromossômicas de maior efeito sobre características de eficiência alimentar em animais Nelore provenientes de dois programas de melhoramento (Instituto de Zootecnia - IZ e Nelore Qualitas), visando encontrar possíveis diferenças/semelhanças entre as populações; 2) avaliar a existência de genes candidatos comum às populações; e 3) avaliar a possibilidade e os benefícios de combinar estas duas populações Nelore em estudos de seleção genômica. Foram utilizadas informações fenotípicas e genotípicas de 1.137 animais do IZ e 817 animais do Qualitas. Os animais foram genotipados com painel de alta densidade (Illumina BovineHD chip) ou tiveram seus genótipos imputados para HD através do software FImpute. Após o controle de qualidade dos genótipos, permaneceram para análise 408.161 SNPs para o IZ e 428.621 SNPs para o Qualitas. O GWAS foi realizado para cada população individualmente, considerando a metodologia GBLUP. Modelos unicaracterísticos foram empregados nas análises, incluindo, além dos efeitos aleatórios de animal e resíduo, os efeitos sistemáticos de grupos de contemporâneos (GC), os quais foram definidos como: sexo, ano de nascimento e instalação (IZ) e ano do teste e baia (Qualitas). Para o IZ também foram incluídos, para todas as características, os efeitos fixos de mês de nascimento, e, como covariáveis, idade do animal (linear), idade da mãe (linear e quadrática) e os dois primeiros componentes principais (obtidos a partir da matriz G). O efeito quadrático da idade do animal foi incluído no modelo apenas para o consumo de matéria seca e ganho médio diário. Para o Qualitas, foi considerado, para todas as características, o efeito linear da idade do animal como covariável. No GWAS, foram encontradas algumas regiões cromossômicas de maior efeito para cada característica nas duas populações, porém, não foram encontradas regiões em comum. No estudo de seleção genômica (SG), foram utilizados dez diferentes abordagens e esquemas envolvendo as duas populações para comparar a acurácia de predição. Em geral, a combinação das populações pode gerar benefícios para a seleção genômica, porém, tais benefícios dependem da característica e do esquema de validação. / Feed efficiency traits are directly associated with the profitability and sustainability of beef cattle. Feed conversion rate, residual feed intake, dry matter intake, feed efficiency and average daily gain are important traits for the selection of more efficiency animals within a production system, but, except for weight gain, the others have not been considered as selection criteria due to the difficulty of obtaining phenotypes. With the advance in genotyping and sequencing technologies, high density chips of SNP (Single Nucleotide Polymorphism) have been developed. This molecular information has been used in genome-wide association (GWAS) and genomic selection (GS) studies. Basically, GWAS allows the identification of genetic variations with major effects on the phenotypic expression of traits of interest, while SG aims at the prediction of direct genomic value for the selection candidates using only their molecular information, which has revolutionized the animal breeding by providing a decrease in generation interval and increases in the prediction accuracies of breeding values. Thus, the objectives of the present study were to: 1) identify chromosomal regions with major effects on feed efficiency traits in animals from two Nellore breeding programs (Instituto de Zootecnia and Nellore Qualitas), in order to find possible differences/similarities between the populations; 2) evaluate the existence of candidate genes in common to populations; and 3) evaluate the possibility and benefits of combining these two Nellore populations in genomic selection studies. Phenotypic and genotypic information of 1,137 animals from IZ and 817 from Qualitas were used. The animals were genotyped with high density panel (Illumina BovineHD chip) or had their genotypes imputed to HD through the FImpute software. After quality control, remained for analysis 408,161 SNPs for IZ and 428.611 SNPs for Qualitas. The GWAS was performed for each population individually, considering the GBLUP methodology. Single-trait models were implemented in the analyzes, including, in addition to the random effects of animal and residual, the systematic effects of contemporary groups (CG), which were defined as: sex, year of birth and pen for the IZ, and year of test and pen for the Qualitas. For IZ, there were also considered, for all traits, the fixed effects of month of birth and, as covariable, age of animal (linear effect), age of dam (linear and quadratic effects) and the first two principal components (calculated based on the G matrix). For ADG and DMI, the quadratic effect of age of animal, as covariable, was added to the model. For Qualitas, it was also included in the model, for all traits, the linear effect of the animal age as covariable. In GWAS, some chromosomal regions of greater effect were found for each trait in both populations. However, no common regions were found. In GS, ten different approach and schemes involving the two Nellore populations were used to compare the accuracy of genomic prediction. In general, genomic predictions combining both populations are feasible, but, the benefits will depend on the trait and validation scheme. / CNPq: 132884/2016-0 / FAPESP: 2016/24228-9 / FAPESP: 2017/13411-0

A Mancha Foliar de Phaeosphaeria é considerada uma das mais importantes moléstias do milho no Brasil. Atualmente, existem dúvidas quanto ao agente causal e o melhoramento genético tem dificuldade de desenvolver cultivares resistentes estáveis. Neste estudo os objetivos foram identificar os fungos causadores da moléstia, estudar a herança da resistência, sob infestação natural e artificial, e identificar marcadores moleculares ligados à resistência à moléstia. Quatro fungos foram associados às lesões de Phaeosphaeria. Phyllosticta sp., Phoma sorghina e Sporormiella sp. foram patogênicos e Phoma sp. não foi testado. Os fungos P. sorghina e Phoma sp. foram, respectivamente, o predominante e o menos freqüente na lesão para todos os quatro ambientes coletados. Phyllosticta sp. e Sporormiella sp. foram os de mais baixa freqüência e restritos a locais. Estudos sob infestação natural, com três cruzamentos, em um único ambiente e com três tipos de avaliação de severidade evidenciaram a presença de variabilidade genética para a resistência e proporcionaram estimativas de herdabilidade intermediárias (0,48-0,69). No estudo de médias de gerações o modelo aditivo-dominante explicou as bases genéticas da resistência, sendo a ação gênica de dominância a mais importante. A inoculação artificial de um cruzamento com Phyllosticta sp. e P. sorghina, confirmaram a presença de dominância. Nos estudos moleculares, a fenotipagem foi realizada sob infestação natural e para um único ambiente e a genotipagem com marcadores microssatélites. A percentagem de polimorfismo obtida foi de 36%, sendo que seis QTLs foram identificados. Estes resultados indicam que vários fungos estão envolvidos na produção dos sintomas da moléstia conhecida por Mancha Foliar de Phaeosphaeria e a composição de fungos na lesão pode variar conforme o ambiente. A estimativa de herdabilidade indica a possibilidade de êxito com a seleção em gerações segregantes, principalmente porque os efeitos gênicos preponderantes para a resistência envolvem aditividade e dominância. A análise de QTL permitiu explicar grande parte da variância fenotípica (80%) e genotípica (58%); entretanto, outros ambientes devem ser testados para a sua efetiva confirmação.