Emerging clinical evidence implicates cellular senescence in the pathogenesis of various inflammatory conditions including inflammatory bowel diseases (IBDs), demonstrating that the intestinal stem cell crypts of patients with early Crohn’s disease exhibit markers positive for cell cycle inhibitor proteins. This phenomenon coupled with chronic systemic inflammation, a term coined “inflammaging," triggers many age-related pathologies and accelerates mortality. Our research evaluates the efficacy of interventions that target these death-resistant senescent cells to improve overall health and vitality. Particularly, we investigated the effects of Fisetin, a potent flavanoid with senolytic properties, in a dextran sodium sulfate (DSS) induced mouse model of colitis. Our findings reveal that Fisetin significantly inhibits senescence and inflammation in the colon while simultaneously enhancing the relative abundance of beneficial microbes, especially Akkermansia muciniphila, showcasing its potential for managing IBDs. Additionally, given the profound restoration of the microbiome and the central role of resident microbes in the production of metabolites essential for facilitating immunomodulation, we extended our investigations to further explore the effects of fecal microbiota transplant (FMT) from long-living Ames dwarf mice, characterized by low inflammatory status, into normal mice. Our results show notable shifts in microbial diversity, indicating that FMT may combat dysbiosis, a precursor to several conditions, including autoimmune, metabolic, and neurodegenerative diseases. Lastly, our exploration of potential anti-aging pharmacological interventions including Metformin (MF) and Trodusquemine (MSI-1436) during the postnatal window has demonstrated robust transcriptomic alterations of key biomarkers in the GH/Igf1 axis, such as Pi3k, Akt, and Mtor, suggesting delayed aging and improved liver function in young mice. These epigenetic changes underscore that early-life pharmacological interventions may forestall the onset of age-related metabolic disorders. All in all, there remains an urgent need for breakthroughs that can enhance healthspan to ensure that the rapidly growing population of older adults enjoys life in these extended years

Diabetes é uma doença metabólica caracterizada por hiperglicemia associada a prejuízos na captação e utilização de glicose, em que reduções na expressão da proteína GLUT4 (codificada pelo gene SLC2A4), bem como das enzimas Hexokinase-2 e Glycogen synthase (codificadas pelos genes HK2 e GYS1), desempenham papel importante. Recentemente, um novo elemento vem sendo relacionado à etiopatogenia e à fisiopatologia do diabetes, os microRNAs (miRNAs), que são pequenos RNAs envolvidos na regulação da expressão gênica, geralmente afetando a degradação de mRNAs. Entretanto, a participação de miRNAs envolvidos na redução da expressão de mRNAs relacionados a proteínas envolvidas na captação e utilização de glicose, sobretudo em músculo esquelético, permanece desconhecida. O objetivo desse estudo foi investigar a expressão de miRNAs potencialmente reguladores da expressão de Slc2a4/GLUT4, Hk2/HK2 e Gys1/GYS1 em músculo esquelético de ratos diabéticos. Utilizamos ratos Wistar machos que foram tornados diabéticos pela administração de estreptozotocina. Após 13 dias, 3 grupos foram formados: não-diabético (ND) e diabético tratado com placebo (DP) ou insulina (DI). O tratamento foi conduzido por 7 dias, totalizando 21 dias de diabetes. Variáveis metabólicas foram avaliadas e os músculos sóleos foram removidos para avaliar a expressão de mRNAs, miRNAs e proteínas. Uma abrangente análise in silico foi conduzida para determinar miRNAs candidatos a regularem a expressão de Slc2a4, Hk2 e Gys1. Os animais diabéticos apresentaram perda de peso, poliúria, glicosúria, hiperglicemia e aumento de frutosamina plasmática; a insulinoterapia melhorou estas variáveis. O diabetes reduziu a expressão dos mRNAs Slc2a4 (~55%), Hk2 (~47%) e Gys1 (~45%), e das proteínas GLUT4 (~77%), HK2(~52%) e GYS1 (~49%); a insulinoterapia restaurou essas variáveis. A expressão de 20 miRNAs foi avaliada neste estudo; 8 foram modulados pelo diabetes, sendo três supra-regulados, miR-1 (~28%), miR-29b (~118%) e miR-29c (~51%); e cinco infra-regulados, miR-93 (~39%), miR-199a (~30%), miR-345-3p (~23%), miR-532-3p (~26%) e miR-150 (~32%). Exceto pelo miR-1 e miR-150, a insulinoterapia reverteu as demais alterações. Além disso, miR-29b e miR-29c correlacionaram-se negativamente com GLUT4 e HK2, e positivamente com glicemia, glicosúria e frutosamina, sugerindo uma possível relação causal; enquanto que miR-199a e miR-532-3p correlacionaram-se positivamente com GLUT4 e HK2, e também com as variáveis metabólicas, sugerindo uma regulação indireta sobre os mRNAs dessas proteínas. No último caso, demonstrou-se que o miR-199a tem como alvo o NFKB1, um repressor do gene Slc2a4, o qual diminuiu no diabetes, explicando, pelo menos parcialmente, o efeito indireto sobre o GLUT4. Em suma, o diabetes aumenta a expressão de miR-29b e miR-29c, e reduz a expressão de miR-199a e miR-532-3p; o primeiro efeito, potencialmente age diretamente na tradução do mRNA Slc2a4 e Hk2, e o segundo, potencialmente age indiretamente, via NFKB, na transcrição dos genes. Como consequência, as proteínas GLUT4 e HK2 diminuem, o que reduziria a utilização de glicose pelo músculo, contribuindo para a hiperglicemia do diabetes. / Diabetes is a metabolic disease characterized by hyperglycemia associated with impaired glucose metabolism and uptake, in which reductions of GLUT4, hexokinase 2 (HK2) and glycogen synthase 1 (GYS1) proteins, encoded respectively by SLC2A4, HK2 and GYS1 genes, play an important role. Recently, a new element have been related to etiopathogeny and pathophysiology of diabetes, the microRNAs (miRNAs), which are small RNAs involved in the regulation of gene expression, usually by affecting the degradation of mRNAs. However, the participation of miRNAs diabetes-induced reduction of expression of genes related to glucose uptake and metabolism in skeletal muscle remains unknown. Thus, the objective of this study was to investigate the expression of miRNAs potentially regulators of the Slc2a4/GLUT4, Hk2/HK2 and Gys1/GYS1 in skeletal muscle of diabetic rats. Male Wistar rats were rendered diabetic by receiving streptozotocin. After 13 days, 3 groups were formed: non-diabetic (ND), and diabetic treated with placebo (DP) or insulin (DI) (NPH insulin, 6U/day). Treatment was conducted for 7 days, totalizing 21 days of diabetes. At the end of the experimental period, metabolic variables were evaluated and the soleus muscle was removed for evaluation of mRNA, miRNA and protein expression. A broad in silico analysis was performed to determine candidate miRNAs as potential regulators of Slc2a4, Hk2 and Gys1. Diabetic rats shown weight loss, polyuria, glycosuria, hyperglycemia and increased plasma fructosamine; insulin treatment improved these variables. Diabetes reduced Slc2a4 (~55%), Hk2 (~47%) and Gys1 (~45%) mRNAs, as well as GLUT4 (77%), HK2 (52%) and GYS1 (49%) proteins; insulin treatment restored these variables. Twenty miRNAs were assessed in this study. Eight miRNAs were modulated by diabetes in skeletal muscle; three were upregulated: miR-1 (28%), miR-29b (118%) and miR-29c (51%), whereas five were downregulated: miR-93 (39%), miR-150 (32%), miR-199a (30%), miR-345-3p (23%) and miR-532-3p (26%). Except for miR-1 and miR-150, all regulations were reverted by insulin treatment. Besides, miR-29b and miR-29c were negatively correlated with GLUT4 and HK2 proteins, and positively with glucose, glycosuria and plasma fructosamine suggesting a direct causal relationship; while miR-199a and miR-532-3p were positively correlated with GLUT4 and HK2 proteins, and also with the metabolic variables, suggesting an indirect causal relationship. In the last case, it was demonstrated that miR-199a has the Slc2a4 repressor Nfkb1 as target, which was reduced in muscle from diabetic rats, explaining, at least partially, the indirect effect upon GLUT4. In conclusion, diabetes increase the expression of miR-29b and miR-29c, and reduce the expression of miR-199a e miR-532-3p; the first effect, potentially acts directly in the translation of Slc2a4 and Hk2 mRNAs, and the second one, potentially acts indirectly, via NFKB, in the transcription of these genes. As a result, the expression of GLUT4 and HK2 decreases, which would reduce the muscle glucose uptake and metabolization, contributing to the hyperglycemia of the diabetes.

INTRODUÇÃO: Os gliomas são tumores neuroepiteliais e correspondem a aproximadamente 24,6% de todos os tumores primários cerebrais. Na última década, grande esforço tem sido feito em meio acadêmico para caracterização molecular dos gliomas na tentativa de descrever comportamento clínico, definir prognóstico e predizer resposta terapêutica. Ferramentas de bioinformática estimam que os microRNAs possam regular cerca de 60% dos genes humanos, incluindo um número significativo de oncogenes, genes supressores tumorais e genes relacionados a quimio e radioressistência. Uma problemática atual na prática clínica é a ausência de ferramentas moleculares para predizer a evolução dos gliomas classificados como baixo grau, uma vez que, durante o seguimento clínico-radiológico pós-cirúrgico, esses pacientes podem ter recidiva tumoral e confirmação histopatológica de glioma de alto grau. A transformação tumoral em glioma de alto grau implica em pior prognóstico e redução das possibilidades terapêuticas. OBJETIVOS: O objetivo deste trabalho é analisar a expressão dos microRNAs miR-124a, miR-138, miR-155, miR-1275 em amostras de tumor primário humano e sangue periférico de pacientes com diagnóstico de gliomas de baixo e alto graus (astrocitoma grau I,astrocitoma grau II, astrocitoma grau III, glioblastoma, oligodendroglioma grau II e oligodendroglioma grau III). PACIENTES E MÉTODOS: As análises da expressão dos microRNAs foram realizadas utilizando-se a técnica de PCR em tempo real. Foram analisados 65 pacientes adultos (entre 18 e 65 anos de idade) com diagnóstico histopatológico confirmado de glioma com material biológico tumoral criopreservado armazenado junto ao Banco de Tumores do Sistema Nervoso Central do HCFMRP. Foram coletadas informações contidas no prontuário médico referentes às características clínicas, epidemiológicas, de evolução clínica e radiológica e tempo para recidiva e óbito. Considerando-se um nível de significância de 5%, a associação das variáveis qualitativas categóricas e expressão de microRNAs foi realizada pelo teste de Mann-Whitney. A análise de sobrevida foi realizada pelo método não-paramétrico de Kaplan-Meier. RESULTADOS: Os microRNAs em estudo não apresentaram hiperexpressão em tecido tumoral de pacientes diagnosticados com Glioblastoma. Apenas o miR-1275 apresentou expressão aumentada em pacientes com diagnóstico de astrocitoma pilocítico e oligodendroglioma grau II. Além disso, tumores de linhagem oligodendroglial, de baixo e alto graus, demonstraram hiperexpressão do miR-1275. Em sangue periférico, observou-se significativa hipoexpressão dos miR-1275, miR-124 e miR-138 em amostra de glioblastoma. Observou-se, ainda, acentuada hipoexpressão do miR-138 em amostras de oligodendroglioma grau III. CONCLUSÃO: Os microRNAs miR-124a, miR-138, miR-155 e miR-1275 não apresentaram hiperexpressão em tecido tumoral de pacientes diagnosticados com GBM. O miR-1275 apresentou expressão aumentada em pacientes com diagnóstico de astrocitoma pilocítico e o miR-155 foi hiperexpresso apenas em amostras de oligodendroglioma grau II. Além disso, tumores de linhagem oligodendroglial, de baixo e alto graus, demonstraram hiperexpressão do miR1275 e miR-124a. Em sangue periférico, observou-se significativa hipoexpressão dos miR-1275, miR-124 e miR-138 em amostra de glioblastoma assim como acentuada hipoexpressão do miR-138 em amostras de oligodendroglioma grau III / INTRODUCTION: Gliomas are neuroepithelial tumors and correspond to approximately 24.6% of all primary brain tumors. In the last decade, great effort has been made in academic circles to characterize gliomas in an attempt to describe clinical behavior, define prognosis and predict therapeutic response. Bioinformatics tools estimate that microRNAs can regulate about 60% of human genes, including a significant number of oncogenes, tumor suppressor genes, and chemo and radioresistance genes. A current problem in clinical practice is the absence of molecular tools to predict the evolution of gliomas classified as low grade, since during postoperative radiological follow-up these patients may have tumor recurrence with histopathological confirmation of high glioma degree. Tumor transformation in high-grade glioma has a worsening of prognosis and reduction of therapeutic possibilities OBJECTIVES: The objective of this project is to analyze the expression of miR124a, miR-138, miR-155, miR-1275 in human primary and peripheral blood samples from patients diagnosed with low and high grade gliomas (astrocytoma grade I, astrocytoma grade II, astrocytoma grade III, glioblastoma, oligodendroglioma grade II and oligodendroglioma grade III). PATIENTS AND METHODS: MicroRNA expression analyzes were performed using the real-time PCR technique. Sixty-five adult patients (18-65 years of age) with confirmed histopathological diagnosis of glioma with cryopreserved tumor biological material stored at the Bank of Tumors of the Central Nervous System of HCFMRP were analyzed. Information collected in the medical records regarding clinical, epidemiological, clinical and radiological characteristics and time for recurrence and death were collected. Considering a level of significance of 5%, the association of categorical qualitative variables and microRNA expression were performed by the Mann-Whitney test. Survival analysis was performed using the Kaplan-Meier non-parametric method. RESULTS: The microRNAs under study did not present hyperexpression in tumor tissue of patients diagnosed with glioblastoma. Only miR-1275 showed increased expression in patients diagnosed with pilocytic astrocytoma and grade II oligodendroglioma. In addition, tumors of low and high grade oligodendroglial lineage demonstrated overexpression of miR-1275. In peripheral blood, significant hypoexpression of miR-1275, miR-124 and miR-138 were observed in a glioblastoma sample. There was also a marked hypoexpression of miR-138 in samples of grade III oligodendroglioma. CONCLUSION: The microRNAs miR-124a, miR-138, miR155 and miR-1275 did not show hyperexpression in tumor tissue of patients diagnosed with GBM. MiR-1275 showed increased expression in patients diagnosed with pilocytic astrocytoma and miR-155 was hyperexpressed only in samples of grade II oligodendroglioma. In addition, tumors of oligodendroglial lineage, of low and high grades, demonstrated hyperexpression of miR-1275 and miR-124a. In peripheral blood, significant hypoexpression of miR-1275, miR-124 and miR-138 were observed in the GBM sample as well as marked hypoexpression of miR-138 in samples of grade III oligodendroglioma

Alta prevalência, farmacorresistência e bom prognóstico cirúrgico são algumas das características clínicas que tornam a epilepsia do lobo temporal mesial com esclerose hipocampal (ELTM-EH) uma das mais importantes formas de epilepsia. Ela é o modelo da epilepsia cirurgicamente curável. Infelizmente, cerca de 10% dos pacientes evoluem com resultado cirúrgico insatisfatório. A ELTM-EH está associada a alterações amplas do perfil de expressão dos microRNAs (miRNAs) do hipocampo. Recentemente, constatou-se a existência de miRNAs estáveis no sangue periférico e em outros fluidos corporais, comprovadamente aplicáveis como biomarcadores, cuja abrangência vai do diagnóstico à resposta terapêutica. Tendo isso em vista, a pesquisa partiu do seguinte questionamento: é possível a identificação, no sangue periférico, de assinaturas moleculares por miRNAs que predigam o resultado do tratamento cirúrgico da ELTM-EH? Por meio de técnicas de biologia molecular, avaliaram-se amostras de sangue e hipocampo de pacientes submetidos à lobectomia temporal anterior em consequência de ELTMEH farmacorresistente. As amostras eram representativas de indivíduos com resultado cirúrgico favorável (Engel IA) e desfavorável (Engel III e IV). Com a técnica de microarray obteve-se o perfil de expressão de miRNAs das amostras triadas e chegou-se a um conjunto de seis miRNAs candidatos a biomarcadores de prognóstico cirúrgico: miR-92b-3p; miR-1238-3p; miR-1181; miR-636; miR- 1229-3p e miR-486-5p. Em seguida, com a técnica de PCR em tempo real, quantificou-se a expressão destes seis miRNAs e, a partir da otimização de um ponto de corte na escala de expressão, cada miRNA circulante foi apreciado como preditor de resultado cirúrgico. Assim, constatou-se hiperexpressão sanguínea dos seis miRNAs, sem distinção estatística entre os grupos Engel IA e Engel III-IV, hiperexpressão hipocampal do miR-486-5p no grupo Engel IA e hipoexpressão hipocampal do miR-636 nos grupos Engel IA e Engel III-IV. Na análise dos miRNAs circulantes como preditores de sucesso cirúrgico, o miR- 1238-3p exibiu uma sensibilidade de 40,00%, especificidade de 92,86% e acurácia de 65,52%. O conjunto miR-1238/miR1181 mostrou sensibilidade de 46,67%, especificidade de 85,71% e acurácia de 65,52%. O único miRNA circulante sondado como preditor de insucesso cirúrgico, o miR-636, revelou sensibilidade de 21,43%, especificidade de 93,33% e acurácia de 58,62% / A high prevalence, drug resistance and good surgical prognosis are some of the clinical characteristics that cause mesial temporal lobe epilepsy with hippocampal sclerosis (MTLE-HS) to be one of the most important forms of epilepsy. This condition is the model of surgically curable epilepsy, although unfortunately about 10% of the patients exhibit an unsatisfactory surgical outcome. MTLE-HS is associated with extensive changes in the expression profile of hippocampal microRNAs (miRNAs). It has been recently observed that stable miRNAs exist in peripheral blood and in other body fluids which have been proved to be applicable as biomarkers from diagnosis to therapeutic response. On this basis, the present investigation was based on the following question: is it possible to identify molecular signatures by peripheral blood miRNAS that predict the outcome of surgical treatment of MTLE-HS? Molecular biology techniques were used to evaluate blood and hippocampal samples of patients submitted to anterior temporal lobectomy as a consequence of drug-resistant MTLE-HS. The samples were representative of patients with a favorable (Engel IA) and unfavorable (Engel III and IV) surgical outcome. The microarray technique was used to obtain the expression profile of miRNAs in the samples, with a set of six miRNAs being reached as candidate biomarkers for surgical prognosis: miR-92b-3p, miR-1238- 3p, miR-1181, miR-636, miR-1229-3p, and miR-486-5p. Next, real-time PCR was used to quantitate the expression of these six miRNAs and, based on the optimization of a cut-off point on the expression scale, each circulating miRNA was evaluated as surgical outcome predictor. We observed blood hyperexpression of the six miRNAs with no significant difference between the Engel IA and Engel IIIIV groups, hippocampal hyperexpression of miR-486-5p in the Engel IA group, and hippocampal hypoexpression of miR-636 in the Engel IA and Engel III-IV groups. Analysis of circulating miRNAs as predictors of surgical success revealed that miR-1238-3p exhibited 40.00% sensitivity, 92.86% specificity and 65.52% accuracy. The miR-1238/miR1181 set showed 46.67% sensitivity, 85.71% specificity and 65.52% accuracy. The only circulating miRNA evaluated as a predictor of surgical failure, miR-636, showed 21.43% sensitiviy, 93.33% specificity, and 58.62% accuracy

A Neoplasia Mieloproliferativa Crônica (NMPC)- Politemia Vera é uma desordem clonal caracterizada pelo acúmulo de eritrócitos, leucócitos, plaquetas e progenitores normais na ausência de um estímulo definido. Apesar dos avanços no diagnóstico de PV e da descrição de mecanismos envolvidos no estabelecimento da doença sua patogênese permanece desconhecida entretanto, alterações no mecanismo regulador da apoptose parecem estar envolvidos em sua fisiopatologia. A compreensão acerca do funcionamento da maquinaria apoptótica e sua possível regulação por microRNAs em pacientes com Policitemia Vera parece revelar novos alvos para estudo e consequentemente transformar-se em novas terapias para a doença. Neste contexto os objetivos deste trabalho foram avaliar em leucócitos de sangue periférico e células CD34+ de medula óssea dos pacientes de PV: (1) a quantificação da expressão de microRNAs cujos alvos são RNAs associados a regulação da apoptose; (2) Correlação dos níveis de expressão dos miRNAs com os de RNAm das moléculas pró e antiapoptóticas da família Bcl-2 e dos receptores de morte; (3) Correlação dos níveis de expressão dos miRNAs com os seguintes dados clínico-laboratoriais dos pacientes: concentração de hemoglobina, hematócrito e percentagem da mutação JAK2. Os pacientes com Policitemia Vera apresentam aumento de expressão dos microRNAs 29c, 16, 21, 26a, 130b e let-7d e diminuição de miR15a e 34c em leucócitos de sangue periférico; Aumento de expressão dos miRs 29c, 16 e 21; diminuição na expressão de miR 130b e let-7d em células CD34+ ; alteração na expressão de genes pró e anti-apoptóticos em leucócitos de sangue periférico com aumento de a1, mcl-1 e diminuição de bcl-2, ciap-2, bax e fas-L,alteração na expressão de genes pró e anti-apoptóticos em células CD34+ com aumento de expressão de fas, bid, mcl-1, bcl-xl e c-flip; diminuição na expressão de bik. Observamos diminuição na expressão protéica de BCL-2 em pacientes quando comparado aos indivíduos controle.Notamos também a correlação entre a alteração na expressão de microRNAs e seus respectivos genes alvo e destes com parâmetros hematológicos analisados. Os linfócitos dos pacientes de PV apresentam maior resistência a apoptose do que os indivíduos controles quando induzidos por: Actinomicina, etoposídeo, citarabina e cicloheximida. Concluindo, os dados obtidos sugerem a participação dos microRNAs na regulação da maquinaria apoptótica e a participação desta desregulação na fisiopatologia da PV. Estes resultados contribuem para o melhor entendimento da fisiopatologia da PV e serão úteis futuramente para o desenho de novos alvos terapêuticos e descrição de marcadores de prognóstico. / Polycythaemia vera (PV) is a clonal disorder characterized by an accumulation of normal red and white cells, platelets, and their progenitors in absence of a definable stimulus. Despite the advances in PV diagnosis and the description of the mechanisms involved in disease establishment its pathogenesis remains unclear. The apoptosis deregulation might have a role in PV physiopathology. Fully understanding the basic apoptotic pathway and its potential regulation by microRNA in PV patients cells might unveil targets for manipulation, which may be translated into novel therapies for disease.The aims of this study were to avaluate in leukocytes and CD34+ cells: (1) The microRNA expression whose RNA target are associated with apoptosis regulation (2) Correlation between microRNA expression and the mRNA levels of anti and pro-apoptotic family Bcl-2 expression and death receptors; (3) Correlation between microRNA expression and the clinical data of patients: hemoglobin concentration, hematocrit and JAK2 percentage. Patientes with Polycythemia Vera shows increased expression of microRNAs 29c, 16, 21, 26a, 130b and let-7d and 34c and 15a decrease in peripheral leukocytes; incresead expression of miRs 29c, 16 and 21, decrease in miR130b and let-7d expression in CD34+ cells; deregulation in pro and anti-apoptotic gene expression in peripheral leukocytes with increase in a1, mcl-1 and decrease in bcl-2, ciap-2, bax and fas-L, deregulation in pro and anti-apoptotic gene expression in CD34+ cells with increased expression of fas, bid, mcl-1, bcl-xl and c-flip and decreased expression of bik. Decreased in proteic expression of BCL-2 in peripheral leukocytes of patients when compared to controls. Correlation between de deregulated expression of microRNA and their genes target and those with hematological parameters. Lymphocytes from PV patients shows higher resistance to apoptosis than controls when induced by: Actinomicin, etoposide, cytarabine and cycloheximide. In conclusion the data suggest the involvement of microRNA in apoptosis regulation and the involvement of apoptosis machinery in the PV pathophysiology. These results will contribute for a better understanding of PV pathophysiology and will be useful for the discover of future therapies.

The amount of intramuscular fat can influence the sensory characteristics and nutritional value of beef, thus the selection of animals with adequate fat content for consumer becomes important. Intramuscular fat is a complex trait that is difficult to measure and there is growing knowledge about the genes and pathways that control the biological processes involved in fat deposition in muscle. MicroRNAs (miRNAs) are well conserved class of non-coding small RNAs that modulate gene expression of a range of functions in animal development and physiology. This study aimed to identify differentially expressed (DE) miRNAs, regulatory candidate genes and co-expression networks using mRNAs and miRNAs expression data from the Longissimus dorsi muscle of 30 Nelore steers with extreme genomic estimated breeding values (GEBV) for intramuscular fat (IMF) content. The differential expression analysis between the miRNA data from animals with extreme GEBV values for IMF identified six DE miRNAs. Functional annotation of target genes for these microRNAs indicates that PPARs signaling pathway is involved with IMF deposition. Regulatory candidate genes such as SDHAF4, FBXO17, ALDOA and PKM were identified by partial correlation with information theory (PCIT), phenotypic impact factor (PIF) and regulatory impact factor (RIF) approaches from integrated miRNAs-mRNAs expression data. Two DE miRNAs, bta-miR-143 and bta-miR-146b, upregulated in Low IMF group, were also correlated with regulatory candidate genes, which were functionally enriched for GO terms for fatty acids oxidation. Co-expression networks identified several modules related to immune system, protein metabolism, energy metabolism and glucose catabolism by weighted correlation network analysis (WGCNA), which showed possible interaction and regulation between mRNAs and miRNAs. This study contributes to our understanding of regulatory mechanisms of gene signaling networks involved in fat deposition process. Glucose metabolism and inflammation process were the main pathways found in integrative mRNAs-miRNAs analysis and showed to influence intramuscular fat content in beef cattle. / A quantidade de gordura intramuscular pode influenciar as características sensoriais e o valor nutricional da carne bovina, assim, a seleção de animais com conteúdo de gordura adequado para o consumidor torna-se importante. A gordura intramuscular é uma característica complexa, de difícil medição e há um conhecimento crescente sobre os genes e vias que controlam os processos biológicos envolvidos na deposição de gordura no músculo. MicroRNAs (miRNAs) são uma classe bem conservados de pequenos RNAs não-codificantes, que modulam a expressão gênica de uma gama de funções no desenvolvimento e fisiologia animal. Este estudo objetivou identificar miRNAs diferencialmente expressos (DE), genes reguladores candidatos e redes de co-expressão usando dados de expressão de mRNAs e miRNAs do músculo Longissimus dorsi de 30 novilhos Nelore com valores genéticos genômicos estimados (GEBV) extremos para conteúdo de gordura intramuscular (IMF). A análise de expressão diferencial entre os dados de miRNA de animais com valores extremos de GEBV para o IMF identificou seis miRNAs DE. A anotação funcional de genes alvos destes microRNAs indica que a via de sinalização de PPAR está envolvida com a deposição de IMF. Os genes reguladores candidatos, tais como SDHAF4, FBXO17, ALDOA e PKM foram identificados pelas abordagens de correlação parcial com teoria da informação (PCIT), fator de impacto fenotípico (PIF) e fator de impacto regulatório (RIF) a partir de dados integrados de expressão de mRNAs-miRNAs. Dois miRNAs, bta-miR-143 e bta-miR-146b, com alta expressão no grupo de baixo conteúdo de IMF, também foram correlacionados com genes reguladores candidatos, os quais foram funcionalmente enriquecidos para termos GO relacionados a oxidação de ácidos graxos. As redes de co-expressão identificaram vários módulos relacionados ao sistema imunológico, ao metabolismo das proteínas, ao metabolismo energético e ao catabolismo da glicose através da análise ponderada da rede de correlação (WGCNA), que mostrou possível interação e regulação entre mRNAs e miRNAs. Este estudo contribui com a compreensão dos possíveis mecanismos reguladores das redes de sinalização genética envolvidas no processo de deposição de gordura. O metabolismo da glicose e o processo de inflamação foram as principais vias encontrados na análise integrada de mRNA-miRNA e mostraram estar associadas ao conteúdo de gordura intramuscular em bovinos de corte.

Introdução: Os imunossupressores das classes inibidores da calcineurina (tacrolimo) e da rapamicina (sirolimo) requerem controle terapêutico por apresentarem grande variabilidade farmacocinética que tem sido atribuída a fatores genéticos, entre outros. Poucos estudos avaliaram a expressão de genes alvo de imunossupressores e sua relação com a resposta terapêutica. Objetivo: Estudar a relação entre o perfil de expressão de genes alvos de tacrolimo e sirolimo e de microRNAs reguladores e a resposta à imunossupressores utilizados na profilaxia de rejeição ao transplante renal. Métodos: Participaram deste estudo 37 indivíduos submetidos ao transplante renal, no Hospital do Rim e Hipertensão da UNIFESP, de ambos os sexos, com idade acima de 18 anos e de qualquer etnia. Os pacientes foram tratados com esquema imunossupressor contendo tacrolimo, micofenolato de sódio e prednisona até o 3º mês quando foram randomizados para manter a terapia inicial (grupo TAC) ou para a conversão para sirolimo (grupo SRL). Os pacientes com disfunção renal ou suspeita de rejeição, no 3º mês, seguiram o tratamento inicial e foram avaliados em separado (grupo TACex). Os parâmetros de função renal e concentração sanguínea dos fármacos foram utilizados para monitoramento da terapia. A expressão de mRNA de MTOR, PPP3CA, PPP3CB, FKBP1A, FKBP1B e FKBP5, em leucócitos do sangue periférico, foi analisada por PCR em tempo real; e a expressão de miR-99a, miR-100, miR-145, miR-30a, miR-10b e miR-103a foi avaliada por PCR Array. Resultados: No primeiro mês de tratamento, a expressão diferencial de mRNA de MTOR, PPP3CA e FKBP1B diminuiu em relação ao pré-transplante (pre-Tx) (p<0,05). Esse efeito se manteve, no 3º mês, para MTOR e PPP3CA (p<0,05). A expressão diferencial de PPP3CB, FKBP1A e FKBP5 não foi alterada pelos tratamentos (p>0,05). No 6º mês, os grupos TAC, TACex e SRL apresentaram perfil de expressão diferencial de mRNA similar à do pre-Tx (p>0,05). No 3º mês, foram encontradas correlações positivas entre a expressão relativa de PPP3CB e creatinina sérica (r=0,49, p=0,04), e entre a expressão de FKBP1A e ureia (r=0,49, p=0,04), HDL colesterol (r= 0,53; p=0,02) e triglicérides (r=0,68, p=0,003) no soro. O perfil de expressão relativa de mRNA não se correlacionou com a concentração sanguínea de tacrolimo (p>0,05). Houve redução na expressão diferencial de miR-99a, no 3º mês, comparado com o pre-Tx (p<0,05) e a dos outros miRNAs não foi alterada. Não foi observada correlação entre o perfil de expressão relativo de miRNAs e mRNAs alvo, no 3º mês (p>0,05). Conclusão: A expressão diferencial de mRNA de MTOR, PPP3CA e FKBP1B e de miR-99a que tem como alvo o mRNA de MTOR, em leucócitos do sangue periférico, é modulada pelo tratamento imunossupressor a base de tacrolimo. A expressão diferencial de genes da via da calcineurina e do mTOR é sugestiva de sua potencial aplicação no monitoramento da terapia a base de tacrolimo. / Background: Immunosuppressive classes like calcineurin inhibitors (tacrolimus) and rapamycin (sirolimus) require therapeutic control because they have great pharmacokinetic variability that has been attributed to genetic factors, among others. Few studies have evaluated the expression of immunosuppressive target genes and their relation to therapeutic response. Objective: To study the relationship between the gene expression profile of tacrolimus and sirolimus targets and regulatory microRNAs with the response to immunosuppressive agents used in the prophylaxis of renal transplant rejection. Methods: This study included 37 patients undergoing kidney transplantation at the Hospital do Rim e Hipertensao/UNIFESP, age over 18 year old, both gender and any ethnicity. Patients were treated with an immunosuppressive regimen containing tacrolimus, mycophenolate sodium and prednisone during 3 months, when they were randomized to maintain the initial therapy (TAC group) or to convert to sirolimus (SRL group). Patients with renal dysfunction or signals of rejection in the 3rd month followed the initial treatment and were evaluated separately (TACex group). Parameters of renal function and blood concentration of immunosuppressive drugs were used to monitor therapy. The mRNA expression of MTOR, PPP3CA, PPP3CB, FKBP1A, FKBP1B and FKBP5 in peripheral blood leukocytes was analyzed by real-time PCR; and the expression of miR-99a, miR-100, miR-145, miR-30a, miR-10b and miR-103a was evaluated by PCR array. Results: In the first month of treatment, the differential mRNA expression of MTOR, PPP3CA and FKBP1B decreased relative to pre-transplant (pre-Tx) (p <0.05). This effect was maintained up to 3 month to MTOR and PPP3CA (p <0.05). The differential expression of PPP3CB, FKBP1A and FKBP5 was not affected by treatments (p> 0.05). On the 6th month, the TAC groups, TACex and SRL showed differential expression profile of mRNA similar to the pre-Tx (p> 0.05). On the 3rd month, positive correlations were found between the relative expression PPP3CB and serum creatinine (r =0.49, p =0.04) and between the expression of FKBP1A and urea (r=0.49, p=0.04), HDL cholesterol (r=0.53; p=0.02) and triglycerides (r = 0.68, p = 0.003) in serum. The relative mRNA expression profile was not correlated with tacrolimus blood concentrations (p> 0.05). There was a reduction in the differential expression of miR-99a, on the 3rd month, compared to the pre-Tx (p <0.05) and the other miRNAs has not changed. There was no correlation between the expression profile of miRNAs and mRNAs on target, on the 3rd month (p> 0.05). Conclusions: The differential expression of mRNA of MTOR, PPP3CA and FKBP1B and miR-99a which targets MTOR mRNA in peripheral blood leukocytes, is modulated by the immunosuppressant tacrolimus treatment base. The differential expression of genes of the calcineurin and mTOR is suggestive of their potential application in monitoring therapy tacrolimus base.

As convulsões febris complexas durante a infância representam um fator de risco relevante para o desenvolvimento da epilepsia. Apesar desse fato, as alterações moleculares induzidas por essas crises febris, que tornam o cérebro susceptível ao processo de epileptogênese, ainda são pouco conhecidas. Nesse contexto, a utilização de modelos animais de crises febris induzidas por hipertermia (HS) permite o estudo das alterações moleculares a partir de uma análise temporal desse processo. Assim, neste trabalho foram investigadas as alterações temporais nos perfis de microRNAs e de expressão gênica em explantes da região CA3 hipocampal de ratos Wistar obtidas em quatro intervalos de tempo após o insulto hipertérmico no décimo primeiro dia pós-natal (P11). Os intervalos temporais foram selecionados para avaliar as fases aguda (P12), latente (P30 e P60) e crônica (P120). A análise transcriptômica consistiu na construção de redes de co-expressão gênica, permitindo a identificação de módulos de genes e sua relação com os grupos experimentais e intervalos de tempo selecionados. Os genes também foram caracterizados hierarquicamente, identificando-se genes que conferem robustez às redes de co-expressão gênica (hubs). Além disso, foram avaliados o perfil de expressão diferencial de microRNAs e feita a análise integrada da expressão de microRNAs e expressão gênica dos hubs. Os resultados deste trabalho mostraram que: i) o insulto hipertérmico leva a alterações importantes no desenvolvimento e funcionamento cerebral ii) essas alterações estão associadas a uma assinatura temporal, presumivelmente da epileptogênese à readaptação do cérebro frente ao insulto precipitante inicial; iii) isso envolve um mecanismo de regulação das redes de co-expressão gênica por microRNAs. Esses resultados sugerem que as alterações transcricionais desencadeadas pelo insulto febril podem levar à reprogramação neuronal e ao remodelamento da cromatina, tornando o cérebro susceptível ao processo epiléptico crônico. Como nas epilepsias humanas por insulto febril, o modelo em rato reflete um processo que vai da epileptogênese à cronificação na fase adulta. Como muitos dos casos de epilepsia por insulto febril são refratários a drogas anticonvulsivantes, o entendimento temporal dos mecanismos moleculares envolvidos nesse tipo de epilepsia é relevante para se identificar alvos terapêuticos e desenvolver drogas anti-epileptogênicas / Complex febrile seizures during childhood represent a relevant risk factor for the development of epilepsy. Despite this fact, the molecular alterations induced by febrile seizures that make the brain susceptible to the process of epileptogenesis are still poorly understood. In this context, the animal models of febrile seizures induced by hyperthermia (HS) allow the study of the molecular alterations from a temporal perspective. Thus, we investigated the temporal alterations in the profiles of gene expression and microRNAs in explants of the hippocampal CA3 region of Wistar rats, here obtained at four-time intervals after the hyperthermal insult on the eleventh postnatal day (P11). Time intervals were selected to evaluate the acute (P12), latent (P30 and P60) and chronic (P120) phases. Transcriptomic analysis consisted of constructing gene co-expression networks, allowing the identification of gene modules related to selected time intervals. Genes were also characterized hierarchically identifying those that control the robustness of gene co-expression networks (hubs). In addition, the differential expression profile of microRNA and the integrated analysis of microRNA expression and hub\'s gene expression were evaluated. The results of this work showed that: i) hyperthermic insults lead to important changes in cerebral development and functioning related to febrile seizures; ii) each time interval shows a transcriptomic signature, probably reflecting the process from epileptogenesis to brain readaptation after the initial precipitating insult; iii) this process involves a mechanism of regulation of gene co-expression networks by microRNAs. These results suggest that transcriptional changes triggered by febrile insults may lead to neuronal reprogramming and chromatin remodeling, making the brain susceptible to the chronic epileptic process. Human epilepsy triggered by febrile insults in childhood is related to resistance to antiepileptic drugs and no anti-epileptogenic drug was developed so far. Therefore, a better understanding of the temporal mechanisms involved in the development of chronic epilepsy is mandatory in order to discover new therapeutic targets and, eventually, anti-epileptogenic drugs

INTRODUÇÃO: A maioria dos pacientes com CECP é diagnosticada em estágios avançados da doença, apresentando taxas de sobrevida insatisfatórias. Em carcinomas localmente avançados e irressecáveis, o tratamento padrão na rotina do ICESP é a QRT a base de cisplatina. Entretanto, cerca de dois terços desses pacientes apresentam recidiva local, à distância ou óbito em cinco anos. Entender os mecanismos de resistência a QRT e descobrir marcadores que possam indicar resposta ao tratamento continuam sendo um desafio. Os microRNAs possuem papel chave nos mecanismos de resistência a QRT, sendo possível quantificá-los em saliva. Neste estudo avaliamos a expressão de microRNAs na saliva de pacientes com CEC de cavidade oral e orofaringe e se esses microRNAs estão contidos dentro de microvesículas. MÉTODOS: Por meio de revisão da literatura e análises in sílico, selecionamos 8 microRNAs para serem avaliados: miR-15a-5p, 21-5p, 23a-3p, 125b-5p, 142-3p, 200b-3p, 296-5p e 503-5p. A expressão dos microRNAs foi determinada por PCR quantitativo na saliva livre de células de 70 pacientes portadores de CEC de cavidade oral e orofaringe localmente avançado e irressecável, em diferentes estágios da progressão da doença: antes de iniciar tratamento (G1), com falha do tratamento (G2) e livre da doença há 2 anos (G3) e em 28 voluntários sadios (G0). Microvesículas foram isolados por ultracentrifugação ou exoQuick, analisados por Microscopia Eletrônica de Transmissão (MET), Nanosight e para determinação da expressão do miR-21-5p. RESULTADOS: Os miRs-296-5p e 503-5p foram indetectáveis na maioria das amostras testadas. Quando comparamos os grupos em diferentes situações clínicas, encontramos diferença significativa na expressão do miR-21-5p (p=0.005), miR-23a-3p (p=0,026), miR-125-5p (p=0,013), miR-142-3p (p=0,033) e miR-200b-3p (p=0,031). Observou-se aumento na expressão dos miRs 21-5p (p=0,001), 23a-3p (p=0,004), 125b-5p (p=0,026) e 142-3p (p=0,005) na saliva dos pacientes em G1 em relação ao voluntários sadios (G0). O grupo G3 também apresentou maior expressão do mir-21-5p (p=0,018), 125b-5p (p=0,002) e 200b-3p (p=0,014) comparado ao G0, assim como o grupo G2 teve maior expressão do mir-15a-5p (p=0,023) e 23a-3p (p=0,017) comparado ao grupo G0. O grupo G2 apresentou menor expressão do miR-200b-3p (p= 0,019) e maior expressão do miR-15a-5p (p=0,057) em relação ao grupo G3. Além disso, os pacientes tabagistas e/ou etilistas apresentaram maior expressão relativa do miR-21-5p (p=0,001 e p=0,046, respectivamente) e os etilistas também tiveram maior expressão do miR-200b-3p (p=0,013). Com relação à resposta inicial do paciente ao tratamento avaliada pelo médico bem como, com a resposta a longo prazo (recidiva, status global e prognóstico), a expressão dos miR-15a-5p, miR-125b-5p, miR-23a-3p e miR-142-3p apresentaram associação com sobrevida livre de progressão e sobrevida global, porém não atingiram significância estatística. Microvesículas foram detectadas na saliva tanto na MET como na contagem no nanosight. A expressão do miR-21-5p foi predominantemente detectada dentro de microveículas em relação ao sobrenadante livre de vesículas. CONCLUSÕES: Alguns dos microRNAs analisados foram diferencialmente expressos entre os diferentes grupos estudados, a expressão do miR-21 foi associada ao tabagismo e etilismo e a do miR-200b com etilismo e a expressão de alguns microRNAs podem estar associadas à resposta ao tratamento e ao prognóstico dos pacientes / BACKGROUND: Most patients with HNSCC are diagnosed in advanced stages of the disease, with unsatisfactory survival rates. In locally advanced and unresectable carcinoma, the standard treatment in ICESP is cisplatin based QRT. However, about two-thirds of these patients have local recurrence, distance or death within five years. Understanding the QRT resistance mechanisms and discovery of markers that may indicate benefit of treatment is a great challenge. MicroRNAs have key role in the mechanisms of QRT resistance and are detectable in saliva. In the present study we analyzed the expression of microRNAs in the saliva from oral cavity/oropharynx squamous cell carcinoma (OSCC) patients and whether these microRNAs are contained within exosomes. METHODS: Through a review of studies in the literature and by in silico analysis, we choose 8 microRNAs to be evaluated: miR-15a-5p, 21-5p, 23a-3p, 125b-5p, 142-3p, 200b-3p, 296-5p and 503-5p. The expression of microRNAs was determined by quantitative PCR in the cell-free saliva from 70 locally advanced and unresectable OSCC patients at different stages of disease progression: treatment naive (G1), after treatment failure (G2) and disease free for at least 2 years (G3) and 28 healthy volunteers (G0). Exosomes were isolated by ultracentrifugation or exoQuick, analyzed by transmission electron microscopy (MET), Nanosight quantification and by determination of the miR-21-5p expression. RESULTS: The miRs-296-5p and 503-5p were undetectable in almost all saliva samples. Significant differences was observed in the expression of miR-21-5p (p=0.005), miR-23a-3p (p=0.026), miR-125-5p (p=0.013) miR-142-3p (p=0.033) and miR-200b-3p (p=0.031) among the groups analyzed. The expression of miRs 21-5p (p=0.001), 23a-3p (p=0.004), 125b-5p (p=0.026) and 142-3p (p=0.005) were high in saliva of G1 patients as compared to heath volunteers (G0). The G3 group also showed higher expression of mir-21-5p (p=0.018), 125b-5p (p=0.002) and 200b-3p (p=0.014) and G2 presented higher expression of miR-15a-5p (p=0.023) and 23a-3p (p=0.017) as both compared to the G0. The group G2 presented lower expression of the miR-200b-3p (p=0.019) and higher expression of the miR-15a-5p (p=0.057) as compared to the G3 group. In addition, saliva from the smokers and/or drinkers patients showed high relative expression of the miR-21-5p (p=0.001 e p=0.046; respectively) compared to former drinker/smokers and drinkers also showed high expression of the miR-200b-3p (p=0.013). In relation to the initial response to treatment assessed by the physician, as well the long-term response (relapse, global status and prognosis), the expression of the miR-15a-5p, miR-125b-5p, miR-23a-3p e miR-142-3p showed association with progression-free survival and overall survival, however did not reach statistical significance. Microvesicles were detected in saliva by both MET as the count in nanosight. The expression of the miR-21-5p was predominantly detected in microvesicles in relation to the supernatant. CONCLUSIONS: Some of the microRNAs analyzed were differentially expressed between the different groups, the expression of the miR-21 was associated with smoking and drinking habits and of the miR-200b with drinking habits and the expression of some microRNAs may be associated with the treatment response and prognosis of the patients

A doença de Chagas é uma doença crônica causada pela infecção pelo protozoário Trypanosoma cruzi (T.cruzi). A sua principal consequência clínica é o desenvolvimento da cardiomiopatia chagásica crônica (CCC), que acomete 30% dos pacientes. Não foi determinado um indicador de evolução para a CCC ou permanência na forma indeterminada assintomática da doença de Chagas. Diversos trabalhos têm mostrado alterações no perfil de expressão gênica e proteômica ocorridas na fase aguda e crônica da doença de Chagas experimental e humana. Tais alterações advêm da regulação estabelecida em diversos estágios da expressão gênica e podem ser fatores relevantes no prognóstico da doença. Neste contexto, os microRNAs (miRs), podem exercer uma importante função reguladora. Sua ação se dá pela associação a um RNA mensageiro (RNAm) alvo, inibindo sua tradução ou degradando este transcrito. Assim, a hipótese deste trabalho é a de que a infecção aguda por T. cruzi modula a expressão de miRs no miocárdio de camundongos. Foi avaliado por qRT-PCR o perfil de expressão de miRs 15, 30 e 45 dias após a infecção. O perfil de expressão de miRs resultante foi suficiente para segregar os grupos de acordo com o tempo da infecção. O número de miRs diferencialmente expressos aumentou com a progressão da infecção. Além disso, seis miRs tiveram sua expressão correlacionada à piora na parasitemia e intervalo QTc dos animais: miR-142-3p miR-142-5p, miR-145, miR-146b, miR-149 e miR-21. Análises de correlação realizadas com todos os miRs avaliados ressaltaram este mesmo grupo de miRs entre os mais significativamente correlacionados, além de outros 73 correlacionados com a parasitemia, 67 com o intervalo QTc e 16 com ambos os parâmetros simultaneamente. Nas análises in silico, TNF-alfa e ciclina-D1 foram moléculas nodais recorrentes nas redes criadas com alvos dos miRs diferencialmente expressos em todos os tempos avaliados. Na única rede criada com os miRs correlacionados às alterações na parasitemia e intervalo QTc, TNF-alfa, TGF-beta, Rac1 e Src foram as moléculas nodais. Este trabalho apresenta de maneira inédita o envolvimento dos miRs durante a infecção aguda por T. cruzi, proporcionando novas perspectivas em relação a potenciais ferramentas terapêuticas e prognósticas / Chagas disease is a chronic illness caused by infection with the protozoan Trypanosoma cruzi (T. cruzi). Its main clinical outcome is the development of chronic Chagas cardiomyopathy (CCC), which affects 30% of the patients. The factors that define the progression to CCC or maintenance in the asymptomatic indeterminate form of the disease are still poorly understood. Several studies have presented changes occurred in the gene and proteomic expression profiles in both acute and chronic phases of experimental and human Chagas disease. Such changes result from regulation established at different stages of gene expression and may be relevant for the disease prognosis. In this context, microRNAs (miRs) may play an important regulatory function. miRs act by association to a target messenger RNA (mRNA), inhibiting translation or degrading the transcript. Thus, our hypothesis is that acute infection by T. cruzi modulates the expression of microRNAs in the myocardium of mice. The miR expression profile was evaluated by qRT-PCR 15, 30 or 45 days after the infection. This profile was sufficient to segregate the samples according to the time of infection. The number of differentially expressed miRs was higher as the infection progressed. Moreover, six miRs had their expression correlated with worsening of parasitaemia and QTc interval: miR-142-3p miR-142- 5p, miR-145, miR-146b, miR-149 and miR-21. Secondary unbiased correlation analyses showed this cluster of miRs among the most significant and other 73 miRs correlated with parasitaemia, 67 with QTc and 16 with both parameters simultaneously. In silico target prediction analyses showed TNF-alfa and cyclin-D1 as recurrent nodal molecules of the networks created with miRs targets from all time points. The network generated with miRs correlated to changes in parasitaemia and QTc interval showed TNF-alfa, TGF-beta, Rac1 and Src as nodal molecules. This work points out for the first time the involvement of miRs in the acute infection by T. cruzi, providing new insights about potential diagnostic and prognostic tools