En mängd olika faktorer har visat sig påverka smakperceptionen. Ålder, fetma och den mikrobiellamiljön i munhålan är bara några exempel på omständigheter som kan resultera i smak-skillnader.Denna litteraturstudie syftar till att översiktligt granska de mekanismer som är involverade i munnenssmakuppfattning samt andra smakpåverkande faktorer såsom sjukdomar, kostvanor och oralametaboliter för att sedan utvärdera om samband existerar mellan dessa. Metabolismen som utförs avmikrober i saliv och tungfilm diskuteras också som potentiella variabler i smakuppfattningen, baseratpå att en adaption (smak-anpassning) i munhålan kan orsaka lägre detektionströsklar. Studienpresenterar smakförstärkarna miraculin och curculin, då dessa har en förmåga att förstärka sötasmaker genom modulering av smakreceptorerna. Alla dessa processer i munhålan är avgörande för attförstå komplexiteten i individers smakuppfattning. Den mikrobiella aktiviteten i munnen tyckspåverka smakperceptionen, därför uppmuntras ytterligare studier kring oral mikroflora och smak föratt vidare utvärdera dess korrelation. Insamlad information kan vara av relevans för biotekniskaändamål eller sensoriska tester. / Many different factors have been shown to influence taste perception. Age, obesity, olfactoryresponses, sensitivity to the chemical 6-n-propylthiouracil (PROP-sensitivity), and even the microbialcomposition of the oral cavity are just a few examples of circumstances related to taste differences.This literature review aims to briefly assess taste transduction mechanisms and other taste-affectingfactors such as disease, dietary patterns, and oral metabolites to evaluate if correlations exist. Themetabolites made by microbes present in saliva and tongue film are also being discussed as variablesin the subjectiveness of taste, suggesting that adaptation in the oral cavity is causing lower detectionthresholds for specific tastes. A section presenting flavor-enhancers exemplifies the ability ofparticular proteins to amplify sweet tastes through the modulation of sweet receptors. Excludingolfactory responses, these in-mouth processes are crucial to understanding the complexity of flavor.Microbial activity in the mouth appears to play a role in the individuality of taste. Since this is anemerging area of research, future studies will help identify and characterize the connections betweentaste and oral microbiota. Assembled information in this review could also be relevant forbiotechnical purposes or sensory tests.

On s’intéresse aux impacts des pesticides sur la microflore des plantes surtout dans le contexte des légumes contaminés par des agents pathogènes. Le but de cette étude est d'évaluer l'impact de certains pesticides sur la persistance de micro-organismes indicateurs et pathogènes. En laboratoire, la persistance d’E. coli et de Salmonella en présence de quatre pesticides (Ripcord 400EC, Copper 53W, Bioprotec CAF, Serenade MAX) a été étudiée. Les plaques de Pétrifilm et le milieu sélectif XLD sont utilisés pour énumérer les populations d’E. coli et de Salmonella. Il a été démontré que le Serenade MAX favorisait la croissance microbienne, le Bioprotec CAF et le Ripcord 400EC soutenaient la survie microbienne et le Copper 53W inhibait la croissance, à la fois d’E. coli et de Salmonella. En conditions terrain, Ripcord 400EC, Copper 53W, Bioprotec CAF ont été étudiés sur une culture de brocoli irriguée avec de l'eau expérimentalement contaminée par E. coli. Dans tous les traitements, un impact de l’irrigation a été observé sur les populations de levures et de moisissures (diminution) et les bactéries aérobies totales (augmentation). Une prévalence supérieure d’E. coli a été observée dans les parcelles traitées avec le Bioprotec CAF comparativement aux traitements au Copper 53W, ce qui est en accord avec les résultats observés lors de l'essai en laboratoire. Cependant, l'analyse statistique n'a montré aucune différence significative entre les traitements appliqués. Les effets directs des pesticides sur les micro-organismes sont confirmés dans des conditions de laboratoire mais demeurent méconnus dans les conditions expérimentales au champ. / There is a concern about the impact of pesticide on plant microflora, especially in the context of vegetables contaminated with pathogens. The aim of this study was to evaluate the impact of various pesticides on indicator and pathogenic microorganisms’ persistence. In laboratory, survival of E. coli and Salmonella in four pesticides (Ripcord 400EC, Copper 53W, Bioprotec CAF, Serenade MAX) was evaluated. Petrifilm count plates and XLD agar were used to enumerate E. coli and Salmonella counts. Results showed a direct effect of various pesticides on microorganisms: Serenade MAX promoted microbial growth; Bioprotec CAF and Ripcord 400EC supported microbial survival; and Copper 53W inhibited both E. coli and Salmonella growth. In field conditions, three pesticides (Ripcord 400EC, Copper 53W, Bioprotec CAF) were studied on broccoli irrigated with E. coli - contaminated water. Broccoli samples were analyzed to determine E. coli, mold and yeast, and total aerobic counts. Irrigation resulted in mold and yeast counts decline but aerobic bacteria populations increased slightly in all treatments. Higher E. coli prevalence in Bioprotec CAF treatments compared to Copper 53W treatments was consistent with results observed during the laboratory assay. However, statistical analysis showed no significant difference between treatments. The direct effect of pesticides on microorganisms under laboratory conditions was demonstrated but it is still unclear under experimental field conditions.

Les élevages des poissons sont soumis à des épisodes de mortalité anormale. Les bactéries du genre Vibrio sont connues comme des pathogènes opportunistes et ont été associées à ces épisodes de mortalité. Pour faire face à ces problèmes d’épizooties, les pisciculteurs ont le plus souvent recours à l’utilisation des antibiotiques. Néanmoins, des abus dans son utilisation ont malheureusement conduit à l’apparition des souches résistantes et à des fréquents échecs de traitement. Actuellement, les traitements par des bactéries lactiques probiotiques permettent d’améliorer la qualité des alevins produits pour les besoins de l’aquaculture, tout en limitant le recours aux antibiotiques. Pour qu’un micro-organisme soit reconnu comme étant potentiellement probiotique, une évaluation de ce produit basée sur plusieurs critères doit être établie. Dans une première étape, nous avons sélectionné et caractérisé 55 souches de bactéries lactiques isolées en écloserie. Le premier critère de sélection a porté sur l’inhibition de souches de vibrions pathogènes in vitro. Les bactéries lactiques ayant un effet anti Vibrio ont subi des tests de formation de biofilms et des tests de caractérisations phénotypiques, enzymatiques, physiologiques et génétiques, afin de procéder à leur identification. Puis des tests de compétition avec V. aligonlyticus ont été pratiqués in vivo sur des larves d’Artemia. Ce travail nous a permis de sélectionner la souche Lactobacillus casei (X2), car elle présentait la meilleure combinaison de propriétés requises pour un probiotique. Elle possède en effet une bonne activité antagoniste, elle n’est pas hémolytique, elle présente une forte adhérence sur plaque polystyrène et elle offre la meilleure protection contre V. alginolyticus lors du test de challenge avec Artemia. Dans une deuxième étape, la souche retenue (La. casei X2) et une autre déjà commercialisée sous le nom de Bactocell (Pediococcus acidilactici) ont été testées sur des larves de bar, afin d'évaluer les effets sur la qualité des alevins, leur réponse immunitaire et la microflore associée. Nous avons vérifié que les deux probiotiques (La. Casei et P. acidilactici) diminuaient la charge en vibrions et en microflore totale chez les larves de bar. La souche P. acidilactici a également affecté les profils de la communauté bactérienne intestinale des larves de bar. Par contre, La. casei n’a pas affecté la structure de la communauté bactérienne, bien que la souche soit présente chez les larves au jour 40 à une concentration élevée. Ces deux bactéries ont pu améliorer la croissance en longueur des larves aux jours 30 et 45 et la croissance en poids au jour 20. L’étude de l’influence des deux probiotiques sur des marqueurs de la physiologie des larves a montré qu’au jour 41, P. acidilactici était plus efficace que La. casei dans la régulation du stress oxydatif. Néanmoins, P. acidilactici a engendré des effets inflammatoires chez les larves à j20, et elle a induit un retard dans le développement osseux. Bien que La. casei ait accéléré le processus d’ossification chez les larves à j20, l’étude histopathologique a révélé une forte incidence des malformations vertébrales avec les larves à j62. A l’inverse, les larves alimentées avec P. acidilactici ont présenté un taux supérieur d’ossification normale et complète. / Diseases cause major production losses in fish farms. Bacteria of the genus Vibrio are known as opportunistic pathogens, and have been associated with mass-mortality episodes. To cope with these disease outbreaks, fish farmers often resort to the use of antibiotics. However, preventive overuse has led to the emergence of resistant strains and frequent treatment failures. Probiotic lactic acid bacteria are increasingly used to improve the quality of seed production in aquaculture, while limiting antibiotic treatments. Microbial strains must fulfil several criteria to be evaluated as potential probiotics.In a first step, we selected and characterized 55 strains of lactic acid bacteria isolated from fish hatchery. The first selection criterion focused on the in-vitro inhibition of pathogenic Vibrio strains. Lactic acid bacteria with antagonistic properties were tested for biofilm formation. The strains were characterised with the phenotypes, based on enzymatic and physiological tests, and identified by genotyping. In-vivo challenges with Vibrio aligonlyticus were then performed on Artemia. Lactobacillus casei X2 was thus selected, due to the best combination of the attributes that are required for probiotics. The strain showed antagonistic activity, adhered strongly to polystyrene plate, and secured Artemia with the best protection against V. alginolyticus. In a second step, La. casei X2 and a commercial strain of probiotics (Bactocell, Pediococcus acidilactici) were tested on European sea bass larvae, with a view to assess the effects on alevin quality, immune response and associated microbiota. Both of the lactic acid bacteria, La. casei and P. acidilactici, decreased the bacterial load and Vibrio in sea bass larvae. P. acidilactici changed significantly the profile of the bacterial community associated with fish larvae, compared to the control group. La. casei did not affect the structure of the bacterial community, although the strain was detected at high concentration in the larvae at 40 day post hatch (dph). Both probiotic treatments increased fish larval growth in body mass at 20 dph, and in length at 30 and 45 dph. Two physiological markers for gene expression suggested that P. acidilactici was more efficient than La. casei for the regulation of oxidative stress in sea bass at 41 dph. P. acidilactici induced some delay in bone development, and inflammatory signs were observed in the larvae at 20 dph. Though La. casei accelerated the early ossification process in the larvae by 20 dph, the histopathological study revealed a high incidence of vertebral malformations at 62 dph. In contrast, the treatment with P. acidilactici produced the highest proportion of fish with normal and complete ossification.

Pendant longtemps, les microorganismes présents dans l’atmosphère n’ont été considérés qu’en tant que particules inertes subissant les conditions hostiles de cet environnement. Cependant, de récentes études mettant en évidence la présence de microorganismes métaboliquement actifs dans la phase aqueuse des nuages incitent à s’interroger sur le rôle que ces organismes pourraient avoir sur les processus physiques et chimiques des nuages. En effet, la formation de gouttelettes de nuage ou de cristaux de glace à des températures supérieures à -36°C nécessite la présence de particules dites « noyaux de condensation » ou « noyaux glaçogènes », dont les bactéries pourraient être des représentantes. De plus, plusieurs travaux ont révélé une importance potentielle des microorganismes dans la transformation de la matière organique dans les nuages. L’objectif de ces travaux de thèse a donc été d’étudier les interactions réciproques entre les microorganismes et les conditions physico-chimiques des nuages. Dans un premier temps, les composantes physico-chimiques et microbiologiques ont été caractérisées au moyen de prélèvements nuageux au sommet du puy de Dôme (1465 m, France) et des études statistiques ont permis de mettre en avant des corrélations entre les différents paramètres physico-chimiques et/ou biologiques. Puis, cinq souches microbiennes appartenant à des genres microbiens cultivables majeurs dans les nuages ont été soumises à quatre stress rencontrés dans les nuages : la lumière solaire, la présence de peroxyde d’hydrogène, les variations de chocs osmotiques intervenant lors de la formation et de la dissipation des gouttelettes d’eau et les cycles de gel et de dégel. Il a ainsi été mis en évidence que la lumière solaire et le peroxyde d’hydrogène dans des conditions nuageuses n’ont que peu ou pas d’impact sur la viabilité des cellules. A l’inverse, les chocs osmotiques et le gel-dégel peuvent être hautement délétères selon les souches considérées. La troisième partie de ce travail s’est focalisé à mettre en évidence la présence de souches bactériennes glaçogènes dans l’eau de nuage. Sept souches ont ainsi ont été identifiées et décrites, et l’une d’entre elles a été choisie comme modèle pour étudier le comportement de bactéries (survie et activité glaçogène) dans une chambre de simulaion de nuage (AIDA, Allemagne). En parallèle, l’activité glaçogène biologique de l’eau de nuage a été mesurée à partir de prélèvements au puy de Dôme et l’activité glaçogène bactérienne a été estimée. L’ensemble de ces travaux met en avant une sous-estimation jusqu’alors des proportions de bactéries glaçogènes dans les modèles numériques simulant les processus microphysiques d’initiation de la glace et des précipitations dans les nuages. Ces données vont désormais pouvoir être considérées dans de tels modèles. Enfin, afin d’estimer l’étendue de l’importance des microorganismes dans la chimie atmosphérique, il est nécessaire d’avoir recours à des modèles numériques. La dernière étude de cette thèse s’est consacrée à déterminer des constantes cinétiques de biodégradation de trois composés organiques majeurs des nuages par trois souches bactériennes isolées de cet environnement qui pourront servir à paramétrer des modèles numériques. Une première approche simple a permis de confirmer les résultats précédents de l’équipe en mettant en avant une contribution non négligeable des microorganismes dans leur dégradation. / Airborne microorganisms have long been considered as inert, passive particles dealing with hostile conditions. Recent studies highlighting metabolic activity in cloud water raised questions about the role these organisms may play on physical and chemical processes in clouds. Indeed, cloud droplets and ice crystals formation at temperature warmer than -36°C need the presence of particles called “cloud condensation nuclei” or “ice nuclei”. Bacteria could be one of them. In addition, several works revealed a potential importance of microorganisms in organic matter transformation in clouds. The objective of this thesis was to study the reciprocal interactions between microorganisms and physico-chemical conditions in clouds. First, cloud physico-chemical and microbiological compositions were described by cloud sampling at the puy de Dôme station (1465 m, France) and statistical analyses were performed to highlight correlations between physico-chemical and/or biological parameters. Secondly, five microbial strains belonging to genera frequently isolated from cloud water were subjected to four atmospheric stresses: sunlight, hydrogen peroxide, osmotic shocks occurring when water droplets condensate or evaporate and freeze-thaw cycles. Thus, it was pointed that sunlight and hydrogen peroxide at cloud concentration have no or little impact on cell viability. On the opposite, osmotic shocks and freeze-thaw can be highly deleterious depending on the considered strain. The third part of this thesis focused on the detection of ice nucleating bacterial strains in cloud water. Seven strains were thus identified and described, and one of them was selected as a model to study its behavior (survival and ice nucleation activity, INA) in a cloud simulation chamber (AIDA, Germany). In parallel, biological ice nucleation activity was measured directly on cloud samples and bacterial INA was estimated. All these experiments highlighted underestimations of ice nucleation active bacteria in models simulating microphysical processes in clouds. This new dataset may be used as new parameterization in this kind of models. Finally, in order to estimate the bacterial contribution in cloud chemistry, numerical means are needed. Therefore, the last study of this thesis focused on the determination of biological kinetic constants that may be implemented in atmospheric chemistry models. The biodegradation of three major organic compounds encountered in cloud water by three bacterial strains isolated from clouds was measured. A first approach confirmed precedent team results highlighting a considerable contribution of microorganisms on the transformation of these compounds.

Les maladies du bois de la vigne (MDBs) et plus particulièrement l’esca, sont devenues en l’espace de deux décennies l’objet de préoccupations majeures puisqu’elles mettent en danger la pérennité de nombreux vignobles partout dans le monde. En Tunisie, ces maladies sont peu connues mais elles semblent être en pleine expansion et, en France, environ 13% du vignoble est improductif à cause des dépérissements qu’elles provoquent. Pour lutter contre les MDBs, les filières viticoles françaises et tunisiennes sont actuellement dans une impasse technique car elles ne disposent d’aucune méthode de lutte chimique « curative ». Dans ce contexte, l’objectif de cette thèse est de (i) déterminer quels agents pathogènes sont responsables des dégradations du bois de la vigne en Tunisie ? Les symptômes correspondent-ils à ceux de l’esca ? Existe-t-il une spécificité des agents pathogènes chez les ceps tunisiens ? Aussi (ii) afin de lutter contre ces maladies du bois (MDBs), de potentiels agents de biocontrôle bactériens ont été recherchés dans les parties ligneuses de ceps sélectionnés dans des vignobles tunisiens. Ils ont été caractérisés et des essais de protection in planta ont été réalisés. [...] Ces champignons ont été identifiés au niveau morphologique et moléculaire. Leur pathogénicité a été confirmée après inoculation sur jeunes plants de vigne. Des travaux originaux basés sur la co-inoculation de plants de vigne par ces 3 pathogènes ont montré qu’ils pouvaient rentrer en compétition entre eux au sein du végétal. Par ailleurs, sur le même thème, 2 autres pathogènes des MDBs, i.e. Phomopsis viticola et Diploidia seriata, ont été isolés dans une autre étude à partir de ceps prélevés dans la même région en Tunisie. Dans une deuxième étape, la microflore bactérienne colonisant les tissus ligneux de vignes prélevées dans le nord de la Tunisie a été étudiée afin de rechercher des agents de lutte biologique potentiels. La technique d’empreinte moléculaire Single-Strand Conformation Polymorphism (SSCP) a d’abord montré que les communautés bactériennes étaient différentes en fonction des tissus qu’elles colonisaient, i.e. le bois nécrosé ou sain. Soixante-neuf souches bactériennes ont été isolées par méthode pasteurienne, et les 19 souches les plus abondantes ont fait la suite de l’étude. L’identification moléculaire de ces souches par séquençage de l’ARNr 16S et du gène rpoB a montré l’existence de 4 genres colonisant les ceps de vignes : Bacillus, Curtobacterium, Pantoea et Pseudomonas. Ces bactéries ont été également caractérisées au niveau biochimique, métabolique et génétique. Des tests de sélection in vitro contre les trois pathogènes fongiques ont été effectués, suite auxquels, une souche B6 de B. subtilis a été sélectionnée pour des essais de protection in planta en serre. Par la suite, une étude combinant deux bactéries antagonistes isolées de bois de vigne tunisien, i.e. B. subtilis B6, et français, i.e. Pantoea agglomerans S5, a été réalisée pour lutter contre 2 agents pathogènes, Phaeomoniella chlamydospora (isolé des vignobles français) et N. parvum (isolé des vignobles tunisiens), impliqués dans les MDBs. Deux cépages, un fréquent en Tunisie, le Muscat d’Italie, et l’autre en France, le Cabernet Sauvignon, ont été utilisés. En effet, suivant l’agent pathogène et le cépage utilisés, les résultats de protection obtenus étaient différents. Les meilleurs résultats de protection ont été obtenus en combinant les bactéries et en les appliquant sur Muscat d’Italie contre les 2 champignons pathogènes. La spécificité et l’efficacité de la protection biologique a ici été démontrée. / Grapevine trunk diseases (GTDs) such as esca are of major concern for viticulture worldwide. In Tunisia, knowledge about the symptoms of this disease and the microflora associated with, is still incomplete despite their ability to cause considerable damage to vineyards. In France, around 13% of whole vineyard is unproductive because of GTDs, and no effective treatment currently exists. In that context, the objectives of the present PhD study were: (i) to characterize the fungal microflora inhabiting the wood tissues of Tunisian esca-foliar symptomatic vines in order to identify the pathogens responsible for wood decay. (ii) To investigate the bacterial microflora colonizing the wood tissues of Tunisian grapevines cv. Muscat d’Italie in order to find a suitable Biological Control Agent (BCA) that can be applied to vineyards. First, in order to better characterize the microflora colonizing the wood tissues of vine, samples were collected from 10 vineyards in the north of Tunisia. Fungal isolates were obtained from trunk of grapevines showing decline, small and distorted leaves and chloroses. To identify the isolated fungal species, sequencing of the Internal Transcribed Spacer region of the rDNA was performed (ITS1 and ITS4 primers). Three pathogens, i.e. Lasidiodiplodia pseudotheobromae, Neofusicoccum parvum and Schizophyllum commune, described in the literature as involved in GTDs were isolated for the first time in Tunisia. Their pathogenicity was confirmed in planta. Moreover, the coinoculation of these 3 fungi in planta, showed that they displayed a competitive inhibition effect on each other. In another study, two others pathogens involved in GTDs, i.e. Phomopsis viticola and Diploidia seriata were also isolated from the same region. This PhD also aimed at identifying the bacterial microflora inhabiting the wood tissues of escafoliar symptomatic vines, i.e. necrotic and non-necrotic wood, using microbiological and molecular approaches. Complex bacterial communities, as shown by Single-Strand Conformation Polymorphism (SSCP) analyses, colonize both types of wood tissues. After isolation, the 19 most abundant cultivable strains were sequenced (16S rRNA and rpoB genes) and identified as belonging to four genera: Bacillus, Pantoea, Pseudomonas and Curtobacterium. They were then screened for their in vitro antagonistic traits against the three pathogenic fungi L. pseudotheobromae, N. parvum and S. commune. Based on the results obtained, two bacterial strains were selected: B. subtilis (strain B6) and Pantoea agglomerans (strain S5), respectively isolated from Tunisian and French grapevines. They were then tested in planta on young vines of cv Muscat d’Italie and Cabernet Sauvignon against two fungal pathogens involved in GTDs, i.e. N. parvum (isolated from Tunisian wood) and Phaeomoniella chlamydospora (isolated from French vines). Young vines of both cultivars were inoculated by B. subtilis B6, P. agglomerans S5 or the combination of B6+S5, singly or in combination with N. parvum and P. chlamydospora. In terms of plant protection, the most efficient condition to reduce in planta necrosis caused by the fungal pathogens in the two cultivars was the combination of the two bacteria. However, bacterial treatments were significantly more efficient to reduce necrosis caused by N. parvum or P. chlamydospora in Muscat d’Italie than in Cabernet Sauvignon.

<p>Antibiotic treatment causes an ecological disturbance on the human microflora. Four commensal bacteria: E. coli, enterococci, a-streptococci and coagulase-negative staphylococci, from patients with extensive, high antibiotic usage were investigated with regard to resistance pattern and mutation frequency. Among 193 investigated strains it was found that high antibiotic usage selected for resistant bacteria and enriched for bacteria with a small but significantly increased mutation frequency. </p><p>The relative biological fitness cost of resistance in <i>Staphylococcus epidermidis</i> was assessed in a human in vivo model where the indigenous flora was present. In vitro data of the bacterial growth rate correlated well to in vivo fitness assayed in the competition experiments on skin. </p><p>An in vitro kinetic model was shown to be a useful tool to establish the pharmacokinetic and pharmacodynamic (PK/PD) indices for efficacy of antibiotics. It was confirmed that the time, when the concentration exceeds the minimal inhibitory concentration (MIC), correlates with efficacy for b-lactam antibiotics. To achieve maximal killing for penicillin-resistant pneumococci, with an MIC of 2 mg/L, the peak concentration was also of importance. </p><p>Suboptimal dosing regimen facilitates selection of resistance. Penicillin-resistant pneumococci were easily selected in a mixed population with penicillin-sensitive, -intermediate and -resistant pneumococci in an in vitro kinetic model. The selection of the resistant strain was prevented when the benzylpenicillin concentration exceeded the MIC for approximately 50% of 24 h.</p>

Antibiotic treatment causes an ecological disturbance on the human microflora. Four commensal bacteria: E. coli, enterococci, a-streptococci and coagulase-negative staphylococci, from patients with extensive, high antibiotic usage were investigated with regard to resistance pattern and mutation frequency. Among 193 investigated strains it was found that high antibiotic usage selected for resistant bacteria and enriched for bacteria with a small but significantly increased mutation frequency. The relative biological fitness cost of resistance in Staphylococcus epidermidis was assessed in a human in vivo model where the indigenous flora was present. In vitro data of the bacterial growth rate correlated well to in vivo fitness assayed in the competition experiments on skin. An in vitro kinetic model was shown to be a useful tool to establish the pharmacokinetic and pharmacodynamic (PK/PD) indices for efficacy of antibiotics. It was confirmed that the time, when the concentration exceeds the minimal inhibitory concentration (MIC), correlates with efficacy for b-lactam antibiotics. To achieve maximal killing for penicillin-resistant pneumococci, with an MIC of 2 mg/L, the peak concentration was also of importance. Suboptimal dosing regimen facilitates selection of resistance. Penicillin-resistant pneumococci were easily selected in a mixed population with penicillin-sensitive, -intermediate and -resistant pneumococci in an in vitro kinetic model. The selection of the resistant strain was prevented when the benzylpenicillin concentration exceeded the MIC for approximately 50% of 24 h.

On s’intéresse aux impacts des pesticides sur la microflore des plantes surtout dans le contexte des légumes contaminés par des agents pathogènes. Le but de cette étude est d'évaluer l'impact de certains pesticides sur la persistance de micro-organismes indicateurs et pathogènes. En laboratoire, la persistance d’E. coli et de Salmonella en présence de quatre pesticides (Ripcord 400EC, Copper 53W, Bioprotec CAF, Serenade MAX) a été étudiée. Les plaques de Pétrifilm et le milieu sélectif XLD sont utilisés pour énumérer les populations d’E. coli et de Salmonella. Il a été démontré que le Serenade MAX favorisait la croissance microbienne, le Bioprotec CAF et le Ripcord 400EC soutenaient la survie microbienne et le Copper 53W inhibait la croissance, à la fois d’E. coli et de Salmonella. En conditions terrain, Ripcord 400EC, Copper 53W, Bioprotec CAF ont été étudiés sur une culture de brocoli irriguée avec de l'eau expérimentalement contaminée par E. coli. Dans tous les traitements, un impact de l’irrigation a été observé sur les populations de levures et de moisissures (diminution) et les bactéries aérobies totales (augmentation). Une prévalence supérieure d’E. coli a été observée dans les parcelles traitées avec le Bioprotec CAF comparativement aux traitements au Copper 53W, ce qui est en accord avec les résultats observés lors de l'essai en laboratoire. Cependant, l'analyse statistique n'a montré aucune différence significative entre les traitements appliqués. Les effets directs des pesticides sur les micro-organismes sont confirmés dans des conditions de laboratoire mais demeurent méconnus dans les conditions expérimentales au champ. / There is a concern about the impact of pesticide on plant microflora, especially in the context of vegetables contaminated with pathogens. The aim of this study was to evaluate the impact of various pesticides on indicator and pathogenic microorganisms’ persistence. In laboratory, survival of E. coli and Salmonella in four pesticides (Ripcord 400EC, Copper 53W, Bioprotec CAF, Serenade MAX) was evaluated. Petrifilm count plates and XLD agar were used to enumerate E. coli and Salmonella counts. Results showed a direct effect of various pesticides on microorganisms: Serenade MAX promoted microbial growth; Bioprotec CAF and Ripcord 400EC supported microbial survival; and Copper 53W inhibited both E. coli and Salmonella growth. In field conditions, three pesticides (Ripcord 400EC, Copper 53W, Bioprotec CAF) were studied on broccoli irrigated with E. coli - contaminated water. Broccoli samples were analyzed to determine E. coli, mold and yeast, and total aerobic counts. Irrigation resulted in mold and yeast counts decline but aerobic bacteria populations increased slightly in all treatments. Higher E. coli prevalence in Bioprotec CAF treatments compared to Copper 53W treatments was consistent with results observed during the laboratory assay. However, statistical analysis showed no significant difference between treatments. The direct effect of pesticides on microorganisms under laboratory conditions was demonstrated but it is still unclear under experimental field conditions.

The application of non-thermal processes pulsed electric fields (PEF) and cross-flow micro-filtration (CFMF) continuous to be studied with the purpose of controlling microorganisms in milk. Trends suggesting increased adoption include the study of Food Safety Objectives as a safety criterion, the promotion of sustainable processing, and the implementation of hurdle strategies. While the advance of gentle processing is counteracted by the risk of enhanced resistance due to microbial stress response, several techniques can be applied to quantitatively assess its impact. The objective of this project was to evaluate the effectiveness of microbial inactivation by PEF and CFMF at various steps of milk processing including shelf-life, its comparison with high temperature short time (HTST) pasteurization, and the quantitative assessment of the cross protection resistance to PEF of Escherichia coli O157:H7. Some differences in mesophilics inactivation were observed in milks (fat contents between 1.1% and 3.1%). Increasing the PEF inlet temperature decreased the treatment time by three or two-fold. The combination of CFMF/PEF yielded similar microbial reductions as CFMF/HTST. Higher inactivation of the coliforms was achieved in homogenized cream (12% fat) compared to non-homogenized. The linear relation between electrical conductivity and nutrient content (fat and solids content) was established. In a parallel study the PEF/CFMF sequence resulted in higher inactivation of mesophilics compared to CFMF/PEF and HTST. The shelf life was acceptable for CFMF/PEF and HTST after 7 days, while enterics and psychrotrophs grew more after PEF/CFMF, thermodurics did after HTST. The growth and stress of Escherichia coli O157:H7 in lactose containing broths was monitored by absorbance and fluorescence expression of stress reporters. Growth was explained using a secondary model, and stress response using mechanistic and probabilistic models. PEF inactivation was evaluated following the Weibull distribution after the cells reached stationary phase or maximum fluorescence expression. Similar resistances were observed within the cells grown in lactose broth at 10, 25 or 40°C, as within stressed cells (starved or cold shocked). Cells grown at 45 °C were more resistant compared to the cells grown in acid, high salt concentration while the ones grown at cold temperatures were the weakest. / Dairy Farmers of Ontario, Natural Sciences and Engineering Research Council.

Individual and environmental risk factors in hand eczema have been investigated in a prospective cohort study of 2452 newly employed hospital workers with a follow-up time of 20 months. Current hand eczema was analyzed in 142 wet hospital workers from this cohort with respect to the etiologic importance of irritants, allergens and contact urticants. The density of the microflora and the effect on the microflora of topical treatment with a potent corticosteroid were studied in 20 patients with hand eczema. ’Wet’ hospital work was found to increase the odds of developing hand eczema only twice compared to 'dry' office work. Nursing children under four years old and the lack of a dish-washing machine significantly increased the risk of contracting hand eczema. Unfavourable combinations of these domestic factors increased the risk as much as wet work. A history of atopic dermatitis approximately tripled the odds both in wet as well as in dry work. Histories of earlier hand eczema (HHE), metal dermatitis (HMD) and of atopy were analyzed as risk factors for hand eczema in 1857 women in wet work. HHE increased the odds by a factor of 12.9 and created a subdivision of the population into high risk individuals and normal risk individuals. HHE was found in half of the subjects with atopic dermatitis, in one quarter of the subjects with atopic mucosal symptoms and in one fifth of the non-atopics. A HMD increased the odds by a factor of 1.8. This increase was seen as a high risk level in subjects with HHE and as a normal risk level in subjects with no HHE. A history of atopic disease as a complement to information about HHE and HMD increased the odds by another 1.3 times. The predicted probability of developing hand eczema ranged from 91 % in subjects with a combination of HHE, HMD and atopy to 24% in subjects with none of these risk factors. Subjects with AD were found to suffer a more severe form of hand eczema with significantly higher figures for medical consultation, sick- leave, termination due to hand eczema, early debut, permanent symtoms and vesicular lesions. Amongst the patients investigated for current hand eczema high risk individuals were overrepresented. It was claimed in 92.3% of the cases that trivial irritant factors had elicited the current episodes of hand eczema. In 35% of the cases the exposure to the irritant took place largely at home. Although contact sensitivity and contact urticaria were fairly common, they mostly seemed to be of minor importance in the etiology of the current hand eczema. Staphylococcus aureus colonized eczematous lesions of the hands in 18/20 patients. The density exceeded 105 colony forming units/cm2 in 15/20 patients. Only three of these patients showed signs of clinical infection. Successful topical treatment with a potent corticosteroid significantly reduced the colonization of S. aureus. / <p>Härtill 4 uppsatser</p> / digitalisering@umu