Made available in DSpace on 2014-07-29T16:23:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Natalia_Torres_.pdf: 1724419 bytes, checksum: 79787de18f11d3cfcea9e5275d3f7129 (MD5) Previous issue date: 2010-11-19 / Recently, Species Distribution Modelling (SDM) has been widely used as base for several types of analyses, including evaluations of climate changing impact on species distribution and conservation strategies settlement. This methodology enables the prediction of potential geographic distribution based on species ecological requirements, extrapolating data from known occurrences to unknown areas. There is a wide variety of methods which presents different capabilities to synthesize the significant relationships between species data and the environmental variables used as preditors. These variations are consequences of a series of factors that influence model s performance, such as species characteristics, the kind and quantity of data available, and the scale of the analyses. In this study we adopted the jaguar as a model to evaluate eleven SDM. It was evaluated the spatial autocorrelation effects between presence records on model s performance, and the relationship between environmental suitability obtained through these methods and jaguar population density. The obtained results were used as a basis for the evaluation of jaguar conservation topics, including analyses of how global climate changing and land use predictions will affect its distribution and evaluation of protected areas system in maintaining suitable areas for species occurrence in the future. It was demonstrated that depending on the model applied, the species data amount can be more influential than the spatial autocorrelation between presence points, and that the expected positive relationship between model-based suitability estimate and jaguar density was found only for four SDM, but always with a low coefficient of determination showing a weak data fitness. The analyses also showed that suitability values inside protected areas are greater than expected by null model, and this difference tend to increase with the global climate change scenario evaluated, demonstrating that it is not expected that environmental suitable areas for jaguars will shift out from the existing protected areas. Considering future predictions, the main conclusion is that some regions which must go through an environmental suitability increase for jaguar occurrence in the future will be converted from natural vegetation to agricultural land, indicating that the opportunities for jaguar s effective conservation actions are daily becoming more restricted, in such a way that the calling for a proactive conservation approach is urgent. / Recentemente, a Modelagem de Distribuição de Espécies (SDM) tem sido amplamente utilizada como base para diversos tipos de análises, incluindo avaliações do impacto de mudanças climáticas na distribuição das espécies e estabelecimento de estratégias de conservação. Essa metodologia possibilita a predição da distribuição geográfica potencial com base nos requerimentos ecológicos dos organismos, extrapolando para áreas desconhecidas a partir de pontos conhecidos. Existe uma grande variedade de métodos que diferem quanto à sua habilidade de sintetizar relações significativas entre a ocorrência das espécies e as variáveis ambientais preditivas adotadas. Essas diferenças se devem a uma série de fatores que influenciam o desempenho desses modelos, como por exemplo, as características da espécie, o tipo e quantidade de dados disponíveis e a escala das análises. Neste trabalho, adotamos a onça-pintada como espécie modelo para a avaliação de onze métodos de SDM. Foram analisados os efeitos da autocorrelação espacial entre pontos de presença na performance dos modelos, e avaliada a relação entre estimativas de adequabilidade climática obtidas por esses métodos e dados de densidade populacional de onça-pintada. Os resultados obtidos serviram como base para a avaliação de aspectos da conservação da espécie, incluindo análises de como mudanças climáticas globais e do uso do solo afetarão a sua distribuição e avaliação da eficiência do sistema de áreas protegidas em manter áreas adequadas para a ocorrência da espécie no futuro. Foi demonstrado que dependendo do método, a quantidade de dados da espécie pode influenciar mais os resultados do que a própria autocorrelação espacial entre os pontos de presença, e que a relação positiva esperada entre a adequabilidade climática e densidade populacional foi encontrada para apenas quatro dos métodos, mas sempre com fraco ajuste dos dados. De acordo com as análises, as áreas protegidas apresentam maior adequabilidade do que o esperado se elas fossem aleatoriamente selecionadas, e a eficiência dessas não será comprometida no futuro em relação à manutenção dessa adequabilidade. Em termos de predições futuras, a principal conclusão é que algumas das regiões que devem passar por um incremento da adequabilidade climática para a onça-pintada no futuro serão convertidas de ambientes naturais para agricultura ou pastagem, demonstrando que as oportunidades para ações efetivas de conservação da onça-pintada estão a cada dia se tornando mais restritas, sendo urgente a necessidade de estratégias pró-ativas de conservação da espécie.

Made available in DSpace on 2016-08-29T15:37:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_6852_DISSERTAÇÃO_ONAIR.pdf: 2813596 bytes, checksum: a1783d22aad7c18e5e31c70cf4d92fdc (MD5) Previous issue date: 2013-09-09 / Este estudo teve o objetivo de avaliar a eficiência de diferentes métodos na prognose da estrutura diamétrica em plantios clonais de eucalipto. Foram utilizadas 47 parcelas de ajuste e 30 parcelas para validação. Foram testados 3 diferentes modelos para estimar a altura dominante (Richards, Logístico e de Schumacher), sendo que o modelo de Richards obteve o melhor desempenho. A partir deste modelo foi utilizado o método da curva guia e as parcelas foram classificadas em 3 diferentes classes de sítio (21,5m; 26,5m; 31,5m). O primeiro método matricial testado foi o de Buongiorno e Michie adaptado. Para tanto as matrizes de transição foram obtidas e utilizadas nos diferentes sítios. De maneira geral, o padrão de transição das árvores nas diferentes classes de diâmetro foi semelhante entre os dois sítios mais produtivos. Percebeu-se uma expressiva estagnação do crescimento nos indivíduos de maior diâmetro no sítio mais produtivo. Tal fato pode representar o momento de se intervir na floresta, tanto no intervalo de 36-48 meses quanto de 60- 72 meses. O segundo método matricial testado foi o de Peterson adaptado. Para tanto foram testados diferentes modelos polinomiais para estimativa das probabilidades de transição. Neste caso, o modelo escolhido foi o quadrático. Diferentes variáveis do povoamento foram inseridas no modelo original, no entanto apenas a idade e o número de árvores por hectare apresentaram influencias significativas. A partir das matrizes estimadas por estas equações, foram projetadas as distribuições diamétricas. Os parâmetros da função Weibull obtidos nas parcelas de ajuste foram utilizados para estimar o número de árvores por classe diamétrica em cada uma das 30 parcelas de validação da base de dados. Em todas estas parcelas o número de árvores por hectare (N/ha) estimado e observado não diferiram significativamente pelo teste de Kolmogorov-Smirnov. Com relação às projeções das distribuições diamétricas os resultados deste teste demonstraram a inexistência de diferenças significativas entre as projeções observadas e estimadas para os três métodos testados. Entretanto, a análise do p-valor mostra que maiores proporções de valores observados são estatisticamente iguais aos observados para o método de Buongiorno e Michie adaptado e função Weibull, em detrimento do método de Peterson Adaptado. A estimativa da mortalidade, não é eficiente nos métodos matriciais. Neste caso sugere-se a utilização paralela ao método matricial de um modelo que estime a mortalidade De uma maneira geral, os métodos de Buongiorno e Michie adaptado e função Weibull obtiveram resultados semelhantes e foram melhores que o método de Peterson Adaptado. / This case was aimed to evaluate the efficiency of different methods on the prognosis diameter structure in clonal eucalyptus. Was used 47 plots of fit and 30 plots for validation. Was tested three different models to estimate dominant height (Richards, Logistic and Schumacher), and the Richards model had the best performance. From this model we used the method of the guide curve and the plots were classified into three different site classes (21.5 m, 26.5 m, 31.5 m). The first method was to test matrix Buongiorno and Michie adapted. For both transition matrices were obtained and used in different sites. In general, the transition pattern of trees in different diameter classes was similar between the two sites more productive. It was noticed a significant growth stagnation in individuals larger diameter in the most productive. This may represent the time to intervene in the forest, both in the range of 36-48 months as of 60-72 months. The second method was tested matrix adapted to Peterson. Therefore, we tested different polynomial models for the estimation of transition probabilities. In this case, the model chosen was quadratic. Different stand variables were included in the original model, however only age and number of trees per hectare showed significant influences. From matrices estimated by these equations were designed the diameter distributions. The parameters of the Weibull function obtained in the portions of the adjustment were used to estimate the number of trees per diameter class in each of 30 plots validation database. In all these plots the number of trees per hectare (N / ha) Estimated and observed did not differ significantly by the Kolmogorov-Smirnov test. With respect to projected diameter distributions of the test results demonstrated no significant differences between the observed and estimated projections for the three tested methods. However, analysis of p-value shows that higher ratios of observed values are statistically equal to that observed for the method of Buongiorno and Michie adapted and Weibull function, instead of the method of Peterson adapted. The estimation of mortality, is not efficient in matrix methods. In this case it is suggested to use parallel to a model matrix method to estimate the mortality. Generally, the method of Buongiorno and Michie adapted and Weibull function and obtained similar results were better than the method of Peterson adapted.

Made available in DSpace on 2016-06-02T19:26:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 KORTZ_Alessandra_2012.pdf: 9274749 bytes, checksum: d0ff255829e7affe4ffbd746dcdef364 (MD5) Previous issue date: 2012-05-15 / Financiadora de Estudos e Projetos / Durante o Pleistoceno, os neotrópicos passaram por fases de flutuações climáticas, e muitos estudos sugerem que havia condições mais frias e mais secas do que as atuais em algumas regiões, e que houve expansão e/ou retração na distribuição das formações vegetais. Entretanto, a maior parte do debate sobre as mudanças na vegetação durante o Quaternário teve foco nas florestas úmidas e pouca atenção tem sido dada ao papel das mudanças climáticas no Pleistoceno na diversificação de espécies da América do Sul tropical, com enfoque nas áreas secas. As florestas tropicais sazonalmente secas (SDTFs, na sigla em inglês) apresentam um alto nível de endemismo e permanecem pobremente caracterizadas em termos biogeográficos, sendo um dos ecossistemas mais ameaçados. Os dados de ocorrência atual de espécies do gênero Aspidosperma (Apocynaceae), que possuem espécies representativas do dossel em formações de SDTFs, foram utilizados para a produção de modelos de distribuição potencial, em cenários climáticos atual e do último máximo glacial (LGM) para verificar a existência de áreas potenciais historicamente estáveis. Os modelos de distribuição gerados indicaram padrões de distribuição peculiares para as espécies, relacionados a condições climáticas e ambientais específicas em formações de SDTFs, o que aponta que essas formações devem ser tratadas como heterogêneas. De maneira geral, as áreas potenciais foram maiores e mais contínuas, relacionando diferentes populações das espécies para os cenários climáticos do pleistoceno quando comparadas às atuais. As espécies foram confirmadas como representativas de formações de SDTFs, em dois padrões gerais: um mais associado à caatinga e ao carrasco no nordeste do Brasil e outro localizado preferencialmente na porção sudeste, em formações de floresta estacional semidecidual. As áreas historicamente estáveis mostraram particularidades para cada espécie que, analisadas em conjunto, apresentaram notável semelhança com essas áreas estáveis de SDTFs apontadas recentemente na literatura, ainda que tenha sido utilizada uma metodologia diferente. Essas áreas também foram de modo geral coincidentes com localidades onde há registros de condições semiáridas no LGM.

Submitted by Cláudia Bueno (claudiamoura18@gmail.com) on 2016-05-19T19:46:17Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - André Felipe Alves de Andrade - 2016.pdf: 2007118 bytes, checksum: 69341ce5bc6c459857d1feff5d92366e (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-05-20T13:54:17Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - André Felipe Alves de Andrade - 2016.pdf: 2007118 bytes, checksum: 69341ce5bc6c459857d1feff5d92366e (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-05-20T13:54:17Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - André Felipe Alves de Andrade - 2016.pdf: 2007118 bytes, checksum: 69341ce5bc6c459857d1feff5d92366e (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2016-02-26 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Coral reefs are of extreme importance to both nature and society, due to being responsible for several services and harbouring hundreds of species. Despite such critical importance, reef corals current suffered heavy losses since the Anthropocene, with 20% of world´s corals damaged beyond recovery due to human pressure and coastal development. This scenario is even worse, since corals are especially vulnerable to climate change and the entire ecosystem could go extinct by 2050. In this study we focus on comparing the already established impacts from human development and the yet happen losses from climate change on Brazilian corals, a unique fauna that still have gaps in knowledge. We created environmental suitability models for 24 species and quantified individual losses from both climate change and human activities. From the individual results we derived an overall pattern, in which we found out that future losses from climate alteration are equivalent to current losses from human activities. We then used the spatial distribution of those activities and key areas for conservation, determined with software Zonation, to select six areas in the Brazilian exclusive economic zone where proactive and reactive conservation strategies should be implanted, given its importance to biodiversity and concentrated anthropogenic impacts. Overall suitability losses were of approximately 30% for both sources and 60% of the areas will continue to be suitable in the future. Therefore, Brazilian corals will experience heavy losses from climate, especially the loss of highly suitable areas, which are compared to effects from human economic activities. Coral situation is likely to be even worse, if we were to consider bleaching, ocean acidification and diseases, events expected to increase with the rising temperature. / Ecological Niche Modelling (ENM) is widely used for conservation purposes, predicting species invasion, evolutionary aspects and a whole array of applications. However, for most cases, evaluating the efficiency of those models poses as problematic, as commonly used methods (i.e. random methods) do not assure the required independence between data used to create the model and data used to evaluate the model. We developed a new transferabilitybased framework that ensures the much-needed independence between subsets. We created an alternate approach that geographically splits occurrence datasets, while intrinsically controls issues related to previous transferability approaches, such as overfitting, extrapolation and sampling bias. We used 26 Atlantic coral species to perform three different geographical divisions quantifying the effect of different splits on model predictive efficiency. We demonstrate that transferability should be used as an effective method to evaluate ENMs. Geographical split of the area in deciles proved as a reliable evaluation method, assuring independence between datasets and being less prone to common transferability issues. Our odds-and-evens framework provides improvements to the ongoing debate of ENMs evaluating by its transferability. This new method corrects the issue of artificiality causing sampling bias and overfitting, common in previous methodologies, while also is less prone to extrapolation issues, a common problem in transferability approaches. Moreover, the framework appears as a feasible and useful alternative to the problematic and commonly used random partition of datasets evaluation.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Knowing the distributional patterns and the mechanisms that lead to the actual levels of diversity and richness is a challenge given the ecosystems threats. Understanding how the threats coming from the human actions can affect this diversity is the key to protect ecosystems and species. This study toward (i) investigate the richness distribution patterns of the genus Aegla in four freshwater ecoregions in South America, as well as (ii) the mechanisms that lead to that distribution, and (iii) the human influences in these freshwater ecosystems. The study area comprised four freshwater ecoregions: Upper Uruguay, Low Uruguay, Laguna dos Patos, and Tramandaí-Mampituba. Through data from five scientific collections, UFRGS, UFSM, FZB-RS, PUC-RS, and URI-Erechim, we compiled 30 species of Aegla. We associated the species distribution in four ecoregions to the distributional patterns, conservation status, environmental and spatial variables, rugosity, and land cover. The protected area network not effectively protects the aquatic ecosystems. The species richness is associated to average values of rugosity. Finally, the species occurrence areas exhibit land cover categories of agriculture and urban areas. We consider the levels of endemism inside the protected area network are key factor to conservation of aquatic ecosystems. Historic process linked to the river network formation, in a spatial context, is an important approach to understand the distributional pattern of some freshwater groups. These patterns are associated to spatial questions, following the increasing of agriculture and urban lands, are committing the diversity in freshwater environments. / Conhecer os padrões de distribuição e os mecanismos que levam aos níveis de diversidade e riqueza atuais são desafios dado à ameaça dos ecossistemas. Entendermos como as ameaças oriundas das ações do homem podem impactar essa diversidade é a chave para conservarmos ecossistemas e espécies. Esse estudo teve como objetivo (i) investigar os padrões de distribuição da riqueza do gênero Aegla em quatro ecorregiões de água doce da América do Sul, bem como, (ii) quais os mecanismos que levaram a tal distribuição, e por fim, (iii) a influência das ações do homem nos ecossistemas de água doce. A área de estudo compreendeu quatro ecorregiões de água doce: Alto Uruguai, Baixo Uruguai, Laguna dos Patos e Tramandaí-Mampituba. Através de registros de cinco coleções científicas, UFRGS, UFSM, FZB-RS, PUC-RS e URI-Erechim, obtivemos dados de 30 espécies do gênero Aegla. Padrões de distribuição, status de conservação, variáveis ambientais e espaciais, rugosidade e cobertura do solo foram analisadas e associadas à distribuição das espécies nas ecorregiões. Ficou claro que a rede de unidades de conservação não protege efetivamente os ecossistemas aquáticos. Por sua vez, a riqueza de espécies está associada a valores médios de rugosidade do relevo. E, finalmente, as áreas de ocorrência das espécies apresentaram cobertura do solo com áreas agrícolas e urbanas. Considerarmos os níveis de endemismos dos grupos nas redes de unidades de conservação é um fator chave para proteção efetiva dos ecossistemas aquáticos. Processos históricos ligados à formação das redes de rios, no contexto espacial, é a chave para entendermos padrões de distribuição de alguns grupos de água doce. Esses padrões de distribuição associados às questões espaciais, ligados ao crescente aumento das áreas de agricultura e urbana, estão comprometendo a diversidade de ambientes dulcícolas.

Made available in DSpace on 2014-07-29T16:21:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao Nayara P R de Sousa.pdf: 966173 bytes, checksum: 6479d4ecf0e29c925ca2a8e6c8b59c9d (MD5) Previous issue date: 2011-03-27 / The climate can be considered an extremely important factor in vegetation distribution and its characteristics in a global context. Climate changes affect the global distribution of vegetation in the distant past and probably will affect in the future. Spatial distribution models of species (SDMs), also known as niche models are one of the best current tools for predicting climate-induced changes on the distribution of species. In general, studies of the consequences of climate changes on the distribution of biomes include only the geographic distribution of the biome or the species are analyzed individually. The availability of climatic and ecological data on a large scale, in addition to more efficient procedures for obtaining data from geographic information systems, optimization programs and greater computing power favor the process of modeling the potential distribution, and broaden the effectiveness of results available by the SDMS. The main objective of this study is to evaluate whether there is a shift in the hierarchical structure of future distributions of biome, phytoeeological regions and plants species of the biome under the effect of climate changes. Consequently, we evaluate some effects of climate changes on the pattern of species richness and pattern of future distributions of the biome, phytoeeological regions and species. This study shows that there is a hierarchical structure in the response of vegetation distribution faces climate changes predictions for the year 2080 in the Brazilian Cerrado. In general, in the three scales studied their distributions are moving toward to southeast of Brazil, thus this region is replaced by a diversity gain while the rest of the local Cerrado suffers from the impoverishment of their diversity. This study also shows that in the near future, the Cerrado species will show habitat loss, due to both the loss of fragments and area reduction of these. / O clima pode ser considerado um fator extremamente importante na distribuição da vegetação e suas características em um contexto global. Mudanças climáticas afetaram a distribuição global da vegetação em um passado distante e, provavelmente, afetarão no futuro. Os modelos de distribuição geográfica potencial de espécies (spatial distribution model SDM), conhecidos também como modelos de nicho, são uma das melhores ferramentas atuais para predizer mudanças induzidas pelo clima sobre a distribuição das espécies. Em geral, estudos sobre as consequências das mudanças climáticas na redistribuição dos biomas englobam apenas a distribuição geográfica do bioma ou analisam as espécies individualmente. A disponibilidade de dados climáticos e ecológicos em larga escala, além dos procedimentos mais eficientes de obtenção de dados a partir de sistemas de informação geográfica, programas de otimização e maior poder computacional favorecem o processo de modelagem de distribuição potencial, além de ampliarem a eficiência dos resultados disponíveis pelos SDMs. O objetivo principal deste trabalho é avaliar se existe uma estrutura hierárquica no deslocamento das distribuições futuras do bioma Cerrado, das regiões fitoecológicas e das espécies de plantas do bioma, sob o efeito de mudanças climáticas. Consequentemente, pode-se evidenciar alguns efeitos dessas alterações climáticas sob o padrão de riqueza das espécies e o padrão das distribuições geográficas futuras do bioma, das regiões fitoecológicas e das espécies. Este estudo demonstrou que não existe uma estrutura hierárquica na resposta da distribuição vegetacional frente às previsões de mudanças climáticas para o ano de 2080 no Cerrado brasileiro. Em geral, nas três escalas estudadas as respectivas distribuições deslocam-se para o sudeste do Brasil, de modo que essa região passa a ter um ganho de diversidade local enquanto o restante do Cerrado será afetado com o empobrecimento de sua diversidade. Este estudo aponta ainda, que num futuro próximo, as espécies do Cerrado serão afetadas com a perda de habitat, decorrente tanto da perda de fragmentos como da redução de área destes.

Estamos vivenciando o que pode ser considerado como o sexto evento de extinção global da Biodiversidade. Os anfíbios são os vertebrados mais ameaçados do mundo e ainda o número de espécies ameaçadas pode estar subestimado, pois 22% estão classificadas na categoria Dados Insuficientes (DD). O Brasil possui alta riqueza de anfíbios, porém inúmeras lacunas de conhecimento dificultam a elaboração de listas completas e prejudica a avalição do estado de conservação e o planejamento da conservação dos anfíbios brasileiros. Assim, visando contribuir efetivamente no direcionamento das ações de conservação dos anfíbios brasileiros avaliamos a influência da atitude de especialistas na classificação das espécies, e também identificamos e adaptamos ferramentas para melhor explorar os dados de distribuição disponíveis sobre as espécies DD. Foi proposto um framework de modelagem adaptativa para lidar com a escassez de dados de distribuição destas espécies e incluir a capacidade de dispersão nos modelos de distribuição de espécies. Além disso, para preencher lacunas de conhecimento dos aspectos biológicos e ecológicos das espécies de anfíbios da Mata Atlântica considerados como DD foi realizado busca na literatura e em coleções científicas, bem como a indicação de áreas prioritárias para obter informações adicionais sobre essas espécies. Identificamos que a linha de atuação dos avaliadores influencia na determinação da categoria DD, aumentando ou reduzindo a probabilidade de classificar uma espécie nesta categoria. Com isso, ressalta-se a necessidade de compor equipes multidisciplinares para avaliar o estado de conservação das espécies. O framework aqui proposto tem o potencial de inovar o processo de modelagem com poucos dados disponíveis a partir da inclusão de um dos aspectos mais difíceis de mensurar, a capacidade de dispersão da espécie. O conjunto de informações sobre as espécies DD da Mata Atlântica aumentou consideravelmente com o levantamento de dados e os modelos de distribuição de espécies, e ainda foi possível obter áreas prioritárias para aumentar o conhecimento empírico em mais de 180 municípios. Dentre as categorias de unidades de conservação mais frequentes como áreas prioritárias, destacam-se as Reservas Particulares do Patrimônio Natural nas regiões nordeste e sul, e as Áreas de Preservação permanente na região sudeste. Os resultados deste estudo contribuem efetivamente para o processo de avaliação do estado de conservação dos anfíbios brasileiros, especialmente das espécies DD da Mata Atlântica, de modo que possa ser utilizado no planejamento sistemático da conservação deste grupo. As abordagens utilizadas neste estudo podem servir de modelos para outras espécies ou grupos taxonômicos, reduzindo lacunas e incertezas no processo de avaliação do estado de conservação de espécies. / We are experiencing what could be considered as the sixth global biodiversity extinction event. Amphibians are the most threatened vertebrates in the world, and still the number of endangered species might be underestimated because 22% are classified in the category data deficient (DD). Brazil has a high richness of amphibians, but several knowledge gaps make it difficult to compile complete lists and impair the evaluation of the conservation status and the conservation planning of Brazilian amphibians. Thus, in order to contribute effectively in directing conservation actions for Brazilian anphibians we evaluated the influence of experts attitude on species classification, and also identified and adapted tools to better explore the available data on DD species. It was proposed an adaptive modeling framework to deal with the scarcity of these species distribution data and include dispersion capacity in species distribution modeling. In addition, to fill knowledge gaps of biological and ecological aspects of amphibian species of the Atlantic forest considered as DD literature search and in scientific collections were conducted, as well as the indication of priority areas for gathering additional information about these species. We identified that the line of action of the evaluators influences the determination of the DD category, increasing or reducing the probability of classifying a species in this category. Thereby, it`s emphasized the need to compose multidisciplinary teams to assess species conservation status. The framework proposed here has the potential to innovate the modeling process through the inclusion of one of the most difficult aspects to be measured, the species dispersion capacity. The set of information about DD species of the Atlantic forest has increased considerably with the survey and the species distribution models, and it was still possible to obtain priority areas to increase the empirical knowledge in more than 180 municipalities. Among the categories of protected areas most frequent as priority areas, Private Reserves stands out in the Northeast and South regions and Areas of Permanent Preservation the Southeast. Results of this study contribute effectively to the process conservation status assessment of amphibians, especially DD species from the Atlantic forest, so that it could be used in conservation systematic planning of this group. The approaches used in this study could serve as models for other species or taxonomic groups, reducing gaps and uncertainties in the process of evaluation of species conservation status.

A cana-de-açúcar é atualmente a cultura de maior importância agrícola do Estado de São Paulo e tem papel de destaque entre as principais culturas do Brasil. Dentro de um contexto de maior produtividade unida a sustentabilidade, o papel da comunidade microbiana presente nos solos pode ter fundamental importância, auxiliando no melhor desenvolvimento da planta, suprindo a mesma com nutrientes ou diminuindo a ocorrência de doenças e pragas. Contudo, pouco se sabe sobre a comunidade microbiana existente nos solos cultivados com cana-de-açúcar, sendo que um conhecimento da distribuição espacial desta comunidade pode auxiliar para uma melhor compreensão dos processos aos quais estes microrganismos estão envolvidos. Dessa forma, este trabalho teve como objetivo estudar, em um enfoque biogeográfico, a diversidade de bactérias e arquéias existente em solos de cana-de-açúcar do Estado de São Paulo, focando nos grupos de arquéias e bactérias. Uma análise de 285 amostras de solos, obtidas em 10 regiões produtoras distintas, foi realizada utilizando técnicas independentes de cultivo como: quantificação da abundância total por meio da aplicação de PCR em tempo real (qPCR), análises da estrutura da comunidade por polimorfismo de comprimento de fragmentos de restrição terminal (T-RFLP), e determinação da sua afiliação filogenética por sequenciamento em larga escala de genes ribossomais. Os resultados obtidos demonstraram que o principal modulador destas comunidades foram as características física e química do solo (pH, granulometria, matéria orgânica). Além disso, a comunidade de arquéias demonstrou ser influenciada por práticas de manejo (colheita mecanizada e adição de vinhaça e torta de filtro). Adicionalmente, foi observada uma relação inesperada da estruturação destas comunidades com a distribuição geográfica das amostras analisadas. Os resultados demonstram a complexidade da comunidade de bactérias e arquéias ao longo de um gradiente espacial, sugerindo que estudos posteriores devem considerar uma amostragem mais ampla em distintas regiões. Este trabalho é embasador de estudos futuros que visem desenvolver práticas agrícolas baseadas na exploração da funcionalidade dos microbiomas dos solos. / Sugarcane is currently the most important culture of the State of São Paulo and has a prominent role among the crops in Brazil. Into the context of a better productivity with greater sustainability, the role of the microbial community present in the soil could have huge importance, aiding a better plant development, supplying it with nutrients or reducing the occurrence of diseases and pests. However, little is known about the microbial community existing in soils cultivated with sugarcane, where a knowledge of the spatial distribution of this community could be helpful to a better understanding of the processes that these organisms are involved. This project aimed to study in a biogeographic approach, the bacteria and archaea diversity in soils of sugarcane in the São Paulo State, focusing on the groups of archaea and bacteria. Analyses of a total of 285 soil samples, obtained in 10 producing distinct regions was performed using independent cultivation techniques such as quantification of total abundance by applying quantitative PCR (qPCR), analysis of the community structure by terminal restriction of length polymorphism (T-RFLP) and determination of its phylogenetic affiliation by high-throughput sequencing of 16S ribosomal genes. The results showed that the main drivers of these communities were the physical and chemical characteristics of the soil (pH, granulometry and organic matter). In addition, the results have shown that archaea community was influenced by management practices (mechanical harvest, vinasse and filter cake adding). Additionally, an unexpected relationship between the structures of these communities with the geographic distribution of the samples was observed. The results demonstrate the complexity of the community of bacteria and archaea along a spatial gradient, suggesting that future studies should consider a broader sampling of the distinct regions. This work supports upcoming studies that aim at developing agricultural practices exploring the soil microbiomes functionality.

Submitted by Cássia Santos (cassia.bcufg@gmail.com) on 2014-11-11T12:06:48Z No. of bitstreams: 2 Tese Geiziane Tessarolo - 2014.pdf: 5275889 bytes, checksum: fb092b496eb6eae85e89c28d423c44d9 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Jaqueline Silva (jtas29@gmail.com) on 2014-11-17T15:10:55Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Tese Geiziane Tessarolo - 2014.pdf: 5275889 bytes, checksum: fb092b496eb6eae85e89c28d423c44d9 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-11-17T15:10:55Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese Geiziane Tessarolo - 2014.pdf: 5275889 bytes, checksum: fb092b496eb6eae85e89c28d423c44d9 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2014-04-29 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Aim Species Distribution Models (SDM) can be used to predict the location of unknown populations from known species occurrences. It follows that how the data used to calibrate the models are collected can have a great impact on prediction success. We evaluated the influence of different survey designs and their interaction with the modelling technique on SDM performance. Location Iberian Peninsula Methods We examine how data recorded using seven alternative survey designs (random, systematic, environmentally stratified by class and environmentally stratified using p-median, biased due to accessibility, biased by human density aggregation and biased towards protected areas) could affect SDM predictions generated with nine modelling techniques (BIOCLIM, Gower distance, Mahalanobis distance, Euclidean distance, GLM, MaxEnt, ENFA and Random Forest). We also study how sample size, species’ characteristics and modelling technique affected SDM predictive ability, using six evaluation metrics. Results Survey design has a small effect on prediction success. Characteristics of species’ ranges rank highest among the factors affecting SDM results: the species with lower relative occurrence area (ROA) are predicted better. Model predictions are also improved when sample size is large. Main conclusions The species modelled – particularly the extent of its distribution – are the largest source of influence over SDM results. The environmental coverage of the surveys is more important than the spatial structure of the calibration data. Therefore, climatic biases in the data should be identified to avoid erroneous conclusions about the geographic patterns of species distributions. / Aim Species Distribution Models (SDM) can be used to predict the location of unknown populations from known species occurrences. It follows that how the data used to calibrate the models are collected can have a great impact on prediction success. We evaluated the influence of different survey designs and their interaction with the modelling technique on SDM performance. Location Iberian Peninsula Methods We examine how data recorded using seven alternative survey designs (random, systematic, environmentally stratified by class and environmentally stratified using p-median, biased due to accessibility, biased by human density aggregation and biased towards protected areas) could affect SDM predictions generated with nine modelling techniques (BIOCLIM, Gower distance, Mahalanobis distance, Euclidean distance, GLM, MaxEnt, ENFA and Random Forest). We also study how sample size, species’ characteristics and modelling technique affected SDM predictive ability, using six evaluation metrics. Results Survey design has a small effect on prediction success. Characteristics of species’ ranges rank highest among the factors affecting SDM results: the species with lower relative occurrence area (ROA) are predicted better. Model predictions are also improved when sample size is large. Main conclusions The species modelled – particularly the extent of its distribution – are the largest source of influence over SDM results. The environmental coverage of the surveys is more important than the spatial structure of the calibration data. Therefore, climatic biases in the data should be identified to avoid erroneous conclusions about the geographic patterns of species distributions.

Submitted by JÚLIO HEBER SILVA (julioheber@yahoo.com.br) on 2017-05-22T20:00:54Z No. of bitstreams: 2 Tese - Daniel de Paiva Silva - 2014.pdf: 10957994 bytes, checksum: 6f0100ece2bde63eead33101bf358768 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Rejected by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com), reason: Sei que já enviou o comprovante, mas não conta a ata e o TECA não está onde deveria. on 2017-05-25T11:39:37Z (GMT) / Submitted by JÚLIO HEBER SILVA (julioheber@yahoo.com.br) on 2017-05-25T18:42:10Z No. of bitstreams: 2 Tese - Daniel de Paiva Silva - 2014.pdf: 10957994 bytes, checksum: 6f0100ece2bde63eead33101bf358768 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-05-26T14:45:48Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Tese - Daniel de Paiva Silva - 2014.pdf: 10957994 bytes, checksum: 6f0100ece2bde63eead33101bf358768 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-26T14:45:48Z (GMT). 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Nonetheless, usually this data is biased and needs to be adequately filtered before being used. Insect and arthropod species are under sampled, what impedes them to be properly considered under Conservation Biogeography frameworks. In such scenario, even insect groups with relatively known biology and ecology are neglected in practical conservation actions. Despite that, with the advent of new computational tools allied with good theories and good distributional data of insect species, it is possible to contemplate those biological groups in concrete and efficient conservation actions. Therefore, in the first part of this thesis, considering bees from the Megachile genus (Chapter 1) and from the Meliponini tribe (Chapter 2), we evaluated potential biases affecting those data, but also evaluate potential areas for new field surveys. The Wallacean shortfalls are commonly used to justify the implementation of new field surveys. Therefore, in the second part of this thesis, we used the new occurrences of the bee species [Aglae caerulea (Apidae: Eulgossini) – Chapter 3; and the exotic species, Lithurgus huberi (Apidae: Lithurgini) – Chapter 4] allied with distribution modelling to predict these species potential distributions and indicate areas for future new samplings. On the third and last part of the thesis, we considered a regional spatial scale and habitat loss and fragmentation questions to address their effects on the bee biodiversity from the Cerrado biome found within the Goiás state. In Chapter 5, we evaluated the effects of anthropic areas amount and their isolation on two orchid-bee species from the Cerrado (Eulaema nigrita and Eufriesea auriceps), which apparently are not affected by the increase of anthropic areas in this biome. Later, in the last chapter (Chapter 6), we evaluated the response of all bee community we sampled in Cerrado areas within state of Goiás, as well as the sub groups of eusocial and solitary species, to the landscape structure of our sampling areas, considering different local spatial scales. / O mundo vive rápidas e intensas mudanças ambientais intimamente relacionadas às atividades humanas e que, direta ou indiretamente, estão relacionadas à atual crise de biodiversidade. Assim, a existência de dados biológicos, ecológicos e distribucionais de qualidade é de extrema importância dar suporte a tomada de ações práticas de conservação. Entretanto, os déficits Linneanos (falta de dados taxonômicos) e Wallaceanos (falta de dados distribucionais) são importantes problemas que impedem a efetiva tomada de decisões conservacionistas. Neste contexto, dados provenientes de museus e coleções, após cuidadosa filtragem, são excelentes para apoiarem tais ações. Em geral, esta informação é enviesada e necessita de cuidado adequado antes de ser utilizada. Espécies de artrópodes e insetos são sub amostrados, impedindo sua utilização em propostas práticas de conservação utilizadas na Biogeografia da Conservação. Neste cenário, mesmo grupos cuja ecologia e biologia são bem conhecidas, acabam não sendo utilizados. Apesar disso, o advento de novas ferramentas computacionais aliados a boas teorias e bons dados de distribuição das espécies de insetos, é possível a contemplação do uso de vários grupos entomológicos em ações concretas de conservação. Assim, na primeira parte da presente tese, considerando abelhas do gênero Megachile (Capítulo 1) e da tribo Meliponini (Capítulo 2), nós analisamos os eventuais vícios de amostragem existentes nos dados de ocorrência das espécies destes gêneros, descrevendo o estado atual do conhecimento da distribuição destas abelhas e áreas para potenciais amostragens futuras. Os déficits Wallaceanos são frequentemente utilizados como justificativa para a realização de novos inventários biológicos. Deste modo, na segunda parte desta tese, nós utilizamos novas ocorrências de duas espécies de abelhas (Agale caerulea (Apidae: Euglossini) – Capítulo 3; e a espécie invasora Lithurgus huberi (Apidae: Lithurgini) – Capítulo 4) com abordagens de modelagens de distribuição potencial para predizer suas distribuições e indicar locais ideias para novas coletas. Na terceira e última parte desta tese, considerando-se uma escala espacial mais regional, nós consideramos questões de perda de habitats e fragmentação sobre a biodiversidade de abelhas do Cerrado goiano. No capítulo 5, nós avaliamos os efeitos da quantidade de habitat e isolamento sobre duas espécies de abelhas das orquídeas do Cerrado (Elaema nigrita e Eufriesea auriceps), que, aparentemente não são afetadas pelo aumento de áreas antrópicas no bioma. Por fim, no último capítulo (Capítulo 6), nós avaliamos a resposta de toda a comunidade de abelhas coletadas em áreas de Cerrado de Goiás, bem como a resposta das espécies de grupos de abelhas solitárias e eusociais, à estrutura da paisagem dos nossos pontos de coletas, em diferentes escalas espaciais locais.