Submitted by Mario BC (mario@bc.ufrpe.br) on 2016-10-06T13:48:19Z No. of bitstreams: 1 Horace Jose Jimenez.pdf: 933105 bytes, checksum: 4bc877d0af3811afbb356c01ecc9b7ba (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-06T13:48:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Horace Jose Jimenez.pdf: 933105 bytes, checksum: 4bc877d0af3811afbb356c01ecc9b7ba (MD5) Previous issue date: 2014-01-31 / The Mangabeira ( Hancornia speciosa Gomes) is a native fruit tree from Brazil, occurring in greater abundance in coastal and coastal plains of the Northeast region . Its fruits are widely consumed in natura or processed as juices, ice creams and jellies. Currently the genetic diversity of the species is largely threatened due to reduction of its original area of occurrence, deforestation , land speculation and planting crops such as sugar cane, coconut and pastures. Thus, the species is one of the most endangered fruit plants in the brazilian northeast . The objective of this study was to evaluate the genetic diversity of 38 H. speciosa genotypes from three populations of Pernambuco State through ISSR molecular markers . Leaves were collected in regions of Tamandaré Itamaracá , Nazaré and Paiva. We performed population structure analysis, Principal Coordinate Analysis, and a UPGMA dendrogram with all genotypes. Number of polymorphic loci number of monomorphic loci, Nei's genetic diversity, total heterozygosity , mean heterozygosity within groups , mean coefficient of differentiation between groups and number of migrants per generation were also calculated . Six ISSR primers were selected and produced a total 93 loci, 10 monomorphic and 83 polymorphic . The average number of polymorphic bands per primer was 11.5 , where UBC primer # 851 was the most polymorphic , with 14 bands . By cross checking between the UPGMA clustering , PCoA and structure of population, Hancornia 56 , 57 and Hancornia Hancornia 58 subjects showed a close relationship between them . The results showed a high level of genetic diversity within species ( He = 0.30 ), and found that most of the genetic variability found within a population . The gene flow was 1.18 , confirming information that tropical tree species have shown values of Nm greater than 1. Hancornia speciosa populations studied showed high levels of genetic diversity , most of which lies within populations . / A mangabeira (Hancornia speciosa Gomes), é uma fruteira nativa do Brasil, ocorrendo em maior abundância nos tabuleiros costeiros e baixadas litorâneas do Nordeste. Seus frutos são amplamente consumidos in natura ou processados como sucos, sorvetes e geleias. A mangabeira, atualmente, vem apresentando seu germoplasma bastante ameaçado, devido a redução da sua área original de ocorrência, pelo desmatamento, especulação imobiliária e plantio de cultivos como cana-de-açúcar, coqueiros e pastagens. Assim sendo, a referida espécie é uma das fruteiras mais ameaçadas de extinção no Nordeste. O objetivo do presente trabalho foi avaliar a diversidade genética de 38 indivíduos de mangabeiras de três populações do Estado de Pernambuco por meio da técnica de marcadores moleculares ISSR. Foram coletadas folhas nas regiões de Tamandaré, Carneiro, Ilha de Itamaracá, Nazaré e Reserva do Paiva Com os dados foram realizados análises de coordenadas principais, estrutura de populações e gerado um dendrograma relacionando todas as populações através do método UPGMA. Também foram calculados locos polimórficos, locos monomorficos, diversidade genética de Nei, parâmetros de heterozigosidade total, a heterozigosidade média dentro de grupos, coeficiente médio de diferenciação entre os grupos e número de migrantes por geração. Foram selecionados 6 primers ISSR e produzidos um total 93 locos, sendo 10 monomorficos e 83 polimórficos. A média de bandas polimórficas por primer foi de 11,5, onde o primer UBC#851 foi o mais polimórfico, apresentando 14 bandas. Ao cruzar as informações entre o agrupamento UPGMA, ACoP e a estrutura de população, os indivíduos Hancornia 56, Hancornia 57 e Hancornia 58 evidenciaram uma estreita relação entre eles. Os resultados mostraram um alto nível de diversidade genética dentro da espécie (He = 0,30), sendo verificado que a maior parte da variabilidade genética se encontra dentro das populações. O fluxo gênico estimado foi de 1,18, ratificando a informação de que as espécies arbóreas tropicais têm apresentado valores de Nm superiores a 1. As populações de Hancornia speciosa estudadas apresentaram altos níveis de diversidade genética, a maioria dos quais se encontra dentro das populações.

Submitted by Kamila Costa (kamilavasconceloscosta@gmail.com) on 2015-06-26T18:50:41Z No. of bitstreams: 1 Dissertação-Ana R Q Mélo.pdf: 762799 bytes, checksum: c0057deb15a04035e51d66223ad7c2fb (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-07-08T18:34:30Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação-Ana R Q Mélo.pdf: 762799 bytes, checksum: c0057deb15a04035e51d66223ad7c2fb (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-07-08T18:36:36Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação-Ana R Q Mélo.pdf: 762799 bytes, checksum: c0057deb15a04035e51d66223ad7c2fb (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-07-08T18:39:08Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação-Ana R Q Mélo.pdf: 762799 bytes, checksum: c0057deb15a04035e51d66223ad7c2fb (MD5) / Made available in DSpace on 2015-07-08T18:39:08Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação-Ana R Q Mélo.pdf: 762799 bytes, checksum: c0057deb15a04035e51d66223ad7c2fb (MD5) Previous issue date: 2015-02-26 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Trema micrantha (L.) Blume is a native forest species of Brazil, a pioneer and rapid growth. The species has a wide range of benefits, from use as raw material to soil conservation and recovery of normal forest conditions. The wood is used for light buildings and as firewood. There has been fragmentation of populations of tree species in the Amazon due to deforestation for agriculture or by extraction. This study aimed to develop specific microsatellite primers for Trema micrantha species and characterize the genetic diversity of a natural population of this species. Thus, we developed microsatellite loci isolated from a genomic library enriched with these markers, which were used to characterize a population with T. micrantha of individuals, coming from Manaus, Amazonas. Were randomly identified in the study area, 30 trees to represent the population. The study provided information on the genetic diversity of the population based on estimates of allelic and genotypic frequencies, was estimating the magnitude and distribution of genetic variability within the sampling area. From the developed genomic library was obtained and sequenced a total of 120 colonies. From the colonies were identified 41 designed and selected microsatellite, which is 34.17% enrichment. Among these, 11 microsatellites showed amplification products to 60° C, 6 (54.5%) monomorphic for the group of subjects studied. The expected heterozygosity values (He) ranged from 0.171 to 0.717, with an average of 0.438. The observed heterozygosity (Ho) ranged from 0.133 to 0.308, with an average of 0.196. The Tmi04, Tmi28 and Tmi36 markers shown to be moderately informative. Microsatellite markers synthesized in this work can be used for polymorphism analysis of individuals of T. micrantha other genetic studies. The genotypes analyzed showed an excess of homozygosity in most loci, suggesting strong inbreeding in the population studied. / Trema micrantha (L.) Blume é uma espécie florestal nativa do Brasil, pioneira e de crescimento rápido. A espécie apresenta ampla gama de benefícios, desde uso como matéria prima até a conservação do solo e da recuperação de condições normais da floresta. A madeira é usada para edificações leves e como lenha. Tem-se verificado fragmentação de populações das espécies arbóreas na Amazônia devido ao desmatamento para agricultura ou pelo extrativismo. Este trabalho teve como objetivo desenvolver iniciadores microssatélites específicos para a espécie Trema micrantha e caracterizar a diversidade genética de uma população natural dessa espécie. Para tanto, foram desenvolvidos locos de microssatélites isolados a partir de uma biblioteca genômica enriquecida com esses marcadores, os quais foram usados para caracterizar uma população com indivíduos de T. micrantha, oriundos de Manaus, Amazonas. Foram identificados aleatoriamente na área de estudo, 30 árvores para representar a população. O estudo gerou informações sobre a diversidade genética da população com base nas estimativas das frequências alélicas e genotípicas, foi estimando a magnitude e a distribuição da variabilidade genética dentro da área de amostragem. A partir da biblioteca genômica desenvolvida foram obtidas e sequenciadas um total de 120 colônias. A partir das colônias foram identificados, desenhados e selecionados 41 microssatélites, o que representa 34,17% de enriquecimento. Dentre estes, 11 microssatélites apresentaram produtos de amplificação à 60 oC, sendo 6 (54,5%) monomórficos para o grupo de indivíduos estudados. Os valores de heterozigosidade esperada (He) variaram de 0,171 a 0,717, com média de 0,438. A heterozigosidade observada (Ho) variou de 0,133 a 0,308, com média de 0,196. Os marcadores Tmi04, Tmi28 e Tmi36 demonstraram ser moderadamente informativos. Os marcadores microssatélites sintetizados nesse trabalho poderão ser utilizados para a análise de polimorfismo de indivíduos de T. micrantha em outros estudos genéticos. Os genótipos analisados apresentaram um excesso de homozigose na maioria dos locos estudados, sugerindo forte endogamia na população analisada.

Made available in DSpace on 2015-04-13T12:17:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Lucyanna Moura Coelho.pdf: 2600977 bytes, checksum: c3fa95709cf87a2f64ab8f2ec5822112 (MD5) Previous issue date: 2013-09-02 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The Brazil nuts (Bertholletia excelsa H.B.K.) is a symbol tree of the Amazon, which provides a great social, ecological and economic development for the region. In the first four months of 2012, total exports of Brazil nuts reached 4,940 tons, generating revenues of US$ 6.5 million, a figure 65.6% higher than in the same period of 2011. Despite high values of production and export of Brazil Nuts, and the extreme importance it has in the economy, studies show that excessive collection in forests jeopardizes the future of the species. It is through the genetic diversity that species are maintained over time, allowing the evolutionary adaptation of the species as a result of environmental changes. The objective of this work was to study the genetic diversity among and within populations of Brazil nuts by AFLP markers. One hundred and fifty subjects were evaluated, two populations from Aruanã Farm, one from Parintins and two from Manaus. The DNA of these individuals was extracted by CTAB method, based on the protocol of Doyle and Doyle (1987), with some adaptations and quantified. In analyzes, we used four primer combinations (E + ATC / M + CCA + E AGC / M + CAT, E + AGC / M + CCA E + ACA / M + CAC) that generated 306 polymorphic bands (93.3%). Genetic differentiation within and among populations was tested by analysis of molecular variance (AMOVA), using the Genes software (Cruz, 2006a). The genetic distances of Jaccard were used in a cluster analysis of UPGMA type (Unweighted Pair-Group Method by Arithmetic Averages), using the Genes program, and bootstrap test was conducted with 5,000 permutations. Results indicated that the presence of genetic divergence is greater within populations (51.88%) than among populations (48.11%). The Fst value was equal to 0.48. Two groups were formed in interpopulational grouping: the first consisted of individuals from Aruanã Carolina, Aruanã Brastor and Manaus IFAM (planted), and the second presented individuals from Parintins and Manaus Airport (natural). AFLP markers were efficient in the characterization of natural populations and cultured Brazil nuts. / A castanheira-do-Brasil (Bertholletia excelsa H.B.K.) é uma das árvores-símbolo da Amazônia, apresentando um grande valor social, ecológico e econômico para a região. Nos quatro primeiros meses de 2012, o volume total das exportações de castanha-do-Brasil atingiu 4.940 toneladas, gerando uma receita de U$S 6,5 milhões, valor 65,6% superior ao observado no mesmo período de 2011. A coleta excessiva em castanhais nas florestas tem se intensificado e compromete o futuro da espécie. A diversidade genética dentro de uma espécie facilita a adaptação evolutiva em decorrência das mudanças ambientais e precisa ser preservada para que sua perpetuação ocorra. O objetivo deste trabalho foi estudar a diversidade e genética entre e dentro de populações de castanheira-do-Brasil por meio de marcadores moleculares AFLP. Foram avaliadas cinco populações no Estado do Amazonas com 30 indivíduos cada, duas populações da Fazenda Aruanã (Aruanã Carolina e Aruanã Brastor), uma de Parintins e duas de Manaus (Manaus IFAM e Manaus Aeroporto). A extração de DNA foi realizada pelo método CTAB, baseado no protocolo de Doyle e Doyle (1987), com adaptações. Foram utilizados quatro combinações de oligonucleotídeos (E+ATC/M+CCA; E+AGC/M+CAT; E+AGC/M+CCA; E+ACA/M+CAC) na genotipagem dos 150 indivíduos e obtidas 306 bandas polimórficas (93,3%). A diferenciação genética dentro e entre populações foi testada pela análise de variância molecular (AMOVA) utilizando o programa Genes. As distâncias genéticas de Jaccard foram utilizadas em uma análise de agrupamento do tipo UPGMA (Unweighted Pair-Group Method by Arithimetic Averages) e o teste de bootstrap foi realizado com 5.000 reamostragens. Os resultados indicaram que a presença de divergência genética é maior dentro de populações (51.88%) do que entre populações (48.11%). O valor de Fst foi igual a 0,48. Dois grupos foram formados no agrupamento interpopulacional: o primeiro constituiu-se de populações oriundas de plantios, Aruanã Carolina, Aruanã Brastor e Manaus IFAM e o segundo de populações naturais, Parintins e Manaus Aeroporto. Os marcadores AFLP foram eficientes na caracterização de populações naturais e cultivadas de castanheira-do-Brasil.

Made available in DSpace on 2015-04-13T12:17:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Magna Aragao Magalhaes.pdf: 1371588 bytes, checksum: 4836de8a968e092dbf235d5be3ea0cd6 (MD5) Previous issue date: 2013-09-02 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The yellow mombin (Spondias mombin L.) is a fruit which belongs to the family Anacardiaceae and it has a wide geographical distribution. It presents economic and social importance and it is widely used by the industry for making juices, popsicles, ice cream, jams and liqueurs. This study aimed to characterize the genetic diversity within and among populations of S. mombin. The analysis was performed with molecular markers AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) in three populations located in the city of Manaus, Amazonas State: Federal University of Amazonas (UFAM), Vila Buriti (VLB) and the Executive Committee of the Cocoa crop Plan (CEPLAC). 10 combinations of oligonucleotides were tested, and four selected for this analysis: E + AAC / M + CAT, E + AGT / M + CTC, E + AAC / M + CTC, E + AGT / M + CAT. The oligonucleotides revealed 283 polymorphic loci, ranging from 97.2% to 63% among populations. The Fst (genetic differentiation between populations) figured was 0.52, showing a high level of genetic differentiation among the populations. The result of Analysis of Molecular Variance attributed 52.8% and 47.1% of the variation among and within populations, respectively. The dendrogram based on AFLP markers revealed the formation of two groups, the natural, UFAM and VLB, and CEPLAC group, which is a population enriched with planting. The AFLP markers are efficient to detect genetic diversity in S. mombin and differentiate populations of different constitutions. Most of the genetic variability occurs between populations. / O taperebazeiro (Spondias mombin L.) é uma fruteira pertencente à família Anacardiaceae e tem uma distribuição geográfica ampla. Apresenta importância econômica e social e é bastante utilizado pela indústria para confecção de sucos, picolés, sorvetes, geleias e licores. Este estudo teve como objetivo principal caracterizar a diversidade genética entre e dentro de populações de S. mombin L. A análise foi realizada por meio de marcadores moleculares AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) em três populações localizadas na cidade de Manaus, Estado do Amazonas: Universidade Federal do Amazonas (UFAM), Vila Buriti (VLB) e Comissão Executiva do Plano da Lavoura Cacaueira (CEPLAC). Foram testadas 10 combinações de oligonucleotídios, e selecionadas quatro para essa análise: E+AAC/M+CAT, E+AGT/M+CTC, E+AAC/M+CTC, E+AGT/M+CAT. Os oligonucleotídios revelaram 283 locos polimórficos, variando de 63% a 97,2% entre as populações. O Fst (diferenciação genética entre as populações) calculado foi de 0,52, revelando um alto nível de diferenciação genética entre as populações. O resultado da Análise Molecular de Variância atribuiu 52,8% e 47,1% da variação entre e dentro das populações, respectivamente. O dendrograma construído com base nos marcadores AFLP revelou a formação de dois grupos, o das populações naturais, UFAM e VLB, e o grupo da CEPLAC, que é de uma população enriquecida com plantio. Os marcadores moleculares AFLP são eficientes para detectar diversidade genética em S. mombin e diferenciar populações de constituições distintas. A maior parte da variabilidade genética ocorre entre as populações.

Made available in DSpace on 2015-04-13T12:17:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao- Liene Rocha Picanco Gomes.pdf: 3666319 bytes, checksum: bf6507167f5648d00336ce3bd2560c85 (MD5) Previous issue date: 2009-06-05 / FAPEAM - Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas / Buriti (Mauritia flexuosa L. f.) is a palm from the Arecaceae family with a large geographic distribution all around the Amazon region and restrict to South America. It represents economic importance, having almost every part used. It is used as food and medicaments. The aim of this work was to characterize the genetic diversity of buriti s natural populatation through molecular mark AFLP. It were analyzed four population located beyond Gasoduto Coari-Manaus. For its analysis four combinations of primers were used (E-AAC/M-CAC, E-AAC/M-CGC, E-ACA/m-CGC e E-ATC/M-CCA). The primers reveled 339 focus with polymorphism, going from 81,1% to 91.1% among the population. The Fst calculated was 0.23 and the Variety Molecular Analysis s result (AMOVA) was 77,18% of varieties in populations. The reveled dendogram base on AFLP mark showed the formation of two groups, resulting that Bom Jesus and Lauro Sodré population are the most genetically alike. The result gained showed that the genetic distance are not related to the geographic distance. / O buriti (Mauriti flexuosa L. f.) é uma palmeira da família Arecaceae com ampla distribuição geográfica por toda a região Amazônica e restrita a América do Sul. Apresenta importância econômica, tendo praticamente todas as suas partes aproveitadas. Seu uso vai desde a alimentação até o uso medicinal. O objetivo deste trabalho foi caracterizar a diversidade genética de populações naturais de buriti por meio de marcadores moleculares AFLP. Foram analisadas quatro populações localizadas ao longo do Gasoduto Coari-Manaus. Para esta analise foram usadas quatro combinações de primers (EAAC/M-CAC, E-AAC/M-CGC, E-ACA/M-CGC e E-ATC/M-CCA). Os primers revelaram 339 locos com polimorfismo variando de 81,1% a 91.1% entre as populações. O Fst calculado foi de 0.23, e o resultado da Análise Molecular de Variância (AMOVA) atribuiu 77,18% da variação dentro das populações. O dendrograma construído com base nos marcadores AFLP revelou a formação de dois grupos, mostrando que as populações de Bom Jesus e Lauro Sodré são as mais semelhantes geneticamente. Os resultados obtidos mostraram que as distâncias genéticas não estão correlacionadas com a distância geográfica.

Submitted by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2018-10-17T18:25:19Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação_Claudia_Afras_de_Queiroz.pdf: 3789291 bytes, checksum: 3d6004b5dd565bd0f743185deff3c4d5 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2018-10-17T18:25:30Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação_Claudia_Afras_de_Queiroz.pdf: 3789291 bytes, checksum: 3d6004b5dd565bd0f743185deff3c4d5 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-10-17T18:25:30Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação_Claudia_Afras_de_Queiroz.pdf: 3789291 bytes, checksum: 3d6004b5dd565bd0f743185deff3c4d5 (MD5) Previous issue date: 2016-03-04 / FAPEAM - Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas / Guarana plant (Paullinia cupana var. sorbilis (Mart.) Ducke) is an Amazonian species with great economic potential because of the different chemical properties of pharmaceutical and industrial interest. Brazil is the only of guarana seeds producer and Bahia followed by Amazonas major producers. Pests and diseases caused by fungi are among the main factors responsible for low production in the Amazon region. For many years considered a disease with no economic importance the oversprouting caused by Fusarium decemcellulare that is becoming a serious problem for the guarana culture in the Amazon and was also recently reported in guarana crops in the Bahia state, the disease has at least three characteristic symptoms: oversprouting of vegetative buds, floral hypertrophy and stem galls. This study aimed to analyze the diversity and genetic structure of F. decemcellulare from the main producing area of guarana in the Amazonas by molecular ISSR marker and conduct phylogenetic analysis to determine the occurrence of species complex in guarana plant. We analyzed 300 isolates collected from eight districts of Amazonas state based on 10 ISSR markers that generated 167 polymorphic bands. The number of observed alleles (Na) ranged from 1.48 (Presidente Figueiredo to 1.98 (Manaus) and the effective number of alleles (Ne) was 1.54 (Urucará) and 1.41 (Presidente Figueiredo), the values for heterozygosity (H) and Shannon Index (I) were very similar among the eight populations, with minimal to Rio Preto da Eva (H = 0:29 and I = 0:43) and maximum to Manaus (M = 0:39 and I = 0:48). The analysis of molecular variance (AMOVA) showed high genetic variability within populations (77%). Population genetic analysis by PCO (Principal coodenates analysis) and genetic structure of 300 isolates identified two populations from F. decemcellulare in guarana plant in Amazon. To verify if the different populations identified represent the same phylogenetic species, partial sequencing of the EF-1α was successfully obtained for 275 isolates and based on 19 haplotypes identified in the population 34 isolates were selected to phylogenetic analysis with (rpb1, rpb2 and ITS + LSU rDNA). The concatenated data from four regions grouped isolates in three different cluters suggesting the occurrence of three putative species in guarana plant. The analysis of 34 isoltes with ISSR also revealed the occurrence of three clusters with 54% similarity, although the marker has not been able to differentiate the putative species identified in the phylogeny. In both cases isolates were not grouped by symptoms, geographical origin or mating type, indicating the occurrence of different species can be the main factor to cluster distribution of F. decemcellulare from guarana plant. / O guaranazeiro (Paullinia cupana var. sorbilis (Mart.) Ducke) é uma espécie de origem amazônica com grande potencial econômico devido as diferentes propriedades químicas de interesse farmacêutico e industrial. O Brasil é o único produtor de guaraná sendo a Bahia seguida do Amazonas os principais produtores. Entre os principais fatores responsáveis pela redução da produção no Amazonas estão as pragas e doenças causadas por fungo. Por muitos anos considerados uma doença secundária, o superbrotamento causado por Fusarium decemcellulare atualmente constitui um problema para a cultura do guaraná no Amazonas e foi recentemente também reportada na Bahia. A doença apresenta pelo menos três sintomas bem característicos como o superbrotamento de gemas vegetativas, hipertrofia floral e galhas no caule. O presente trabalho teve como objetivo analisar a diversidade e estrutura da população, bem como a filogenia de F. decemcellulare proveniente dos principais municípios produtores de guaraná no estado do Amazonas. Foram analisados 299 isolados de F. decemcellulare coletados de nove municípios do estado do Amazonas com base em 10 marcadores ISSR que geraram 167 bandas polimórficas. O número de alelos observados (Na) variou entre 1,48 para Presidente Figueiredo à 1,98 para Manaus e o número efetivo de alelos (Ne) foi de 1,55 para Maués e de 1,41 para Presidente Figueiredo, os valores para Heterozigosidade (H) e Índice de Shannon (I) foram muito similares entre as nove populações, com mínimo para Rio Preto da Eva (H=0.29 e I=0.43) e máximo para Manaus (H=0.39 e I=0.48). A análise de variância molecular (AMOVA) revelou que a maior variabilidade genética está dentro das populações de F. decemcellulare (83%) do que entre as populações. E nenhuma correção genética foi verificada entre sintomas do qual o isolado foi obtido ou por local de coleta. Nas análises de estrutura de população e relacionamento genético entre os 299 isolados das nove populações foram estruturados em dois grupos (K=2) indicando a ocorrência de duas populações do patógeno na região. Para verificar se os diferentes grupos identificados correspondem à mesma espécie filogenética sequenciamento parcial do gene EF-1α foi obtido com sucesso para 288 isolados e com base em 19 haplótipos identificados na população, 34 isolados foram selecionados para análise filogenética com mais três regiões (rpb1, rpb2 e ITS+LSU rDNA). As quatro regiões concatenadas formaram três diferentes clusters sugerindo a ocorrência de três possíveis espécies de F. decemcelluare em guaranazeiro. A análise dos 34 isolados com ISSR também indica a ocorrência de três clusters com 54% de similaridade, embora o marcador não tenha sido capaz de diferenciar as possíveis espécies identificadas na filogenia.

O presente trabalho teve como objetivo geral estudar a qualidade de carne (Longissimus dorsi) de machos inteiros da raça Nelore através de análise proteômica bidimensional. Para tanto, dois objetivos específicos foram propostos: (i) estudar a proteólise das carnes em diferentes tempos de maturação, no caso um, sete e 14 dias, e (ii) estudar o perfil protéico das carnes de bovinos machos inteiros Nelore com genótipos contrastantes para maciez, em diferentes tempos de maturação (um, sete e 14 dias), associados aos marcadores moleculares CAPN4751 (μ-calpaína) e UOGCAST1 (calpastatina). Amostras de sangue foram coletadas para realização de análises genotípicas. Para as análises eletroforéticas e de maciez, amostras maturadas por um, sete e 14 dias foram coletadas. A caracterização e determinação dos genótipos polimórficos (SNP) para os marcadores CAPN4751 e UOGCAST1 foram realizadas por meio de PCR em tempo real. Seis pools de amostras de animais foram preparados para a realização de eletroforese bidimensional. As análises estatísticas foram realizadas no pacote Statistical Analysis System(SAS). Foram encontrados 256 spots em comum na análise de proteólise, sendo 25 significativos (P<0,05). Na análise de regressão múltipla, sendo maciez a variável dependente e os spots significativos a variável independente, foi possível verificar que 13 spots explicaram em 73% a variação de maciez durante a maturação. As análises de variância da intensidade para os volumes de expressão normalizados (IVEN) indicaram 21 spots significativos (P<0,05) para os marcadores CAPN4751 e UOGCAST1. Análises de regressão múltipla para os spots significativos mostraram que alguns spots, além dos marcadores estudados, podem predizer a maciez da carne aos 14 dias de maturação. Portanto, as avaliações de spots permitirão identificar as proteínas diferencialmente expressas, auxiliando no melhor entendimento do complexo mecanismo que determina a maciez da carne. / The present work aimed to study beef quality (Longissimus dorsi) from Nellore bull through two-dimensional proteomic analysis. For this purpose, two specific objectives were proposed: (i) to study the proteolysis of meat at different aging times, if 24 hours, seven and 14 days, and (ii) to study the protein profile of meat from Nellore bull with contrasting genotypes for tenderness at different aging times (24 hours, seven and 14 days), associated with molecular markers CAPN4751 (μ-calpain) and UOGCAST1 (calpastatin). Blood samples were collected for genomic analyses. For electrophoretic analysis and tenderness, samples aged for 24 hours, seven and 14 days were collected. The characterization and determination of genotypes polymorphic (SNP) markers for CAPN4751 and UOGCAST1 were performed using real time PCR. Six samples of animals pools were set up to carry out two-dimensional electrophoresis. Statistical analyzes were performed in the package Statistical Analysis System (SAS). 256 spots were found in common in the analysis of proteolysis, with 25 spots significant. We found that 13 spots accounted for 73% of the variation in tenderness during aging. Analyses of variance of the intensity of expression for the normalized volumes (IENV), 21 spots indicated significant (P<0,05) for the markers CAPN4751 and UOGCAST1. Multiple regressions analysis to significant spots showed to some spots, in addition to the markers studied may predict meat tenderness at 14 days of aging. Therefore, the assessments will identify the spots differentially expressed proteins, aiding in better understanding the complex mechanism that determines the softness of the meat.

A caracterização e o entendimento da diversidade e estrutura genética de acessos armazenados em bancos de germoplasma é importante para a sua efetiva utilização em programas de melhoramento. Neste trabalho, 192 acessos japoneses de arroz pertencentes ao Banco de Germoplasma do Departamento de Genética da ESALQ/USP foram caracterizados por 23 descritores agromorfológicos (13 variáveis contínuas e dez variáveis categóricas) e 24 marcadores microssatélites (12 SSRs genômicos e 12 EST-SSRs). As variáveis contínuas que apresentaram maior contribuição para a variabilidade entre os acessos foram avaliadas novamente em um segundo experimento para considerar os efeitos de interação genótipo por ano na diversidade. Os acessos apresentaram variabilidade para ambos os tipos de variáveis, e o tipo de variável utilizada na avaliação e a interação genótipo por ano implicaram em diferentes padrões de agrupamento entre os acessos, sendo que o agrupamento mais consistente foi o realizado considerando todas as variáveis e os dois anos agrícolas. Os 24 marcadores microssatélites detectaram um total de 181 alelos, 38 dos quais foram exclusivos. A média do número de alelos por loco foi de 7,54 e a diversidade gênica foi de 0,59 para os SSRs genômicos e de 0,46 para os EST-SSRs. As análises caracterizaram os acessos japoneses como 98,4% pertencentes à subespécie Japônica. A resposta dos acessos para estresse por frio na germinação foi avaliada em três experimentos; I: os 192 acessos e três testemunhas tolerantes foram avaliados sob duas condições: 13ºC por 28 dias (estresse por frio) e 28ºC por sete dias (condições ótimas); II: dezessete acessos selecionados entre os que apresentaram melhores desempenhos na temperatura de 13ºC foram avaliados juntamente com as três testemunhas em gradiente de temperatura de 11ºC, 13ºC, 15ºC, 17ºC e 28ºC para estudar a interação genótipo por temperatura; III: os genótipos do experimento II foram avaliados para germinação e estabelecimento inicial de plântulas a 15ºC em areia. A diminuição da temperatura teve efeito significativo no desempenho dos acessos, e a interação genótipo por temperatura foi significativa para comprimento do coleóptilo e índice de velocidade de germinação. Entre os acessos estudados foi observada variação genética para as características relacionadas com a germinação em baixa temperatura e encontraram-se acessos com reduções nos comprimentos de coleóptilo e radícula devido ao frio comparáveis com a das testemunhas, embora com velocidade de crescimento menor, inclusive em temperatura ótima. Uma coleção nuclear constituída por 52 acessos e representativa da diversidade fenotípica e molecular observada nos 192 acessos foi obtida. / Germplasm characterization and the knowledge of its diversity and population structure are important to effective utilization of genetic resources in breeding programs. In this work, 192 Japanese rice accessions maintained at Germplasm Bank of Genetics Department at ESALQ/USP were characterized using 23 agromorphological descriptors (13 continuous and ten categorical variables) and 24 SSR markers (12 genomic SSRs and 12 EST-SSRs). The continuous variables presenting more contribution in the divergence among accessions were evaluated again in a second harvest year to account interaction between genotype and year in the diversity. Japanese accessions presented variability for continuous and categorical variables and the type of variable and the genotype by year interaction resulted in a different pattern of clustering of accessions. The most consistent cluster was that considering both continuous and categorical variables and the two harvest years. A total of 181 alleles were detected by the microsatellite markers, 38 of them were private. Allele per locus mean was 7.54 and gene diversity was 0.59 for genomic SSRs and 0.46 for EST-SSRs. Accessions were classified as 98.4% belonging to japonica subspecies. Accessions response to cold stress at the germination was evaluated in three experiments; I: 192 accessions and three coldtolerant controls were evaluated under two conditions: 13ºC during 28 days (cold stress) and 28ºC during seven days (optimal temperature); II: seventeen accessions selected among those presenting better performance in the first experiment were evaluated along with three cold-tolerant controls under five temperatures: 11ºC, 13ºC, 15ºC, 17ºC e 28ºC to study genotype by temperature interaction; III: germination and plantule initial development in sand at 15ºC of genotypes used in the second experiment were evaluated. It was detected variability among the accessions to germination under cold stress. Temperature decrease had significant effect for germination velocity index and coleoptile and radicle length, and the interaction between genotype and temperature was significant for germination velocity index and coleoptile length. The accessions presented genetic variability for cold tolerance germination and accessions presenting coleoptile and radicle reductions due to cold comparable with cold-tolerant controls were detected. A core collection containing 52 accesions representing the phenotypic and molecular diversity of the 192 accessions was obtained.

Parques localizados em grandes cidades possuem potencial para manter o ciclo biológico de insetos vetores de patógenos que causam doenças. Este é o caso do Aedes fluviatilis, uma espécie de mosquito antropofílica, abundantemente encontrada na cidade de São Paulo, porém que possui sua biologia, potencial epidemiológico e características genéticas pouco conhecidas. Visando o melhor conhecimento sobre a estrutura populacional dessa espécie foram selecionados oito loci microssatélites, marcadores utilizados em estudos de genética de populações, para caracterizar as populações de Ae. fluviatilis. Objetivos: (1) Testar parâmetros de funcionalidade de marcadores microssatélites em Ae. fluviatilis, previamente utilizados com sucesso em outras espécies de culicídeos (2) Avaliar a variabilidade genética e o fluxo gênico entre populações do mosquito Ae. fluviatilis, no município de São Paulo. Material e Métodos: Foram testados 40 pares de primers de microssatélites em mosquitos Ae. fluviatilis. Os primers funcionais foram utilizados para elucidar a estruturação das populações dessa espécie coletadas em nove parques urbanos da cidade de São Paulo. Resultados: Dos primers testados, oito foram funcionais e amplificaram de forma consistente em todas as nove populações de Ae. fluviatilis. Os resultados encontrados sugerem que essa espécie possui baixa estruturação genética, alto fluxo gênico, déficit de heterozigosidade e sofreram um processo de expansão populacional. Discussão: Processos de urbanização, juntamente com mudanças climáticas, beneficiam e tendem a aumentar a abundância de espécies antropofílicas e adaptadas ao meio antrópico, como é o caso de Ae. fluviatilis, a expansão populacional dessa espécie, juntamente com o alto fluxo gênico e baixa estruturação genética, apresentam um panorama de alta adaptabilidade e sobrevivência deste culicídeo. Conclusões: Evidências, como o alto fluxo gênico, baixa estruturação populacional e déficit de heterozigosidade, indicam que as populações de Ae. fluviatilis estão em expansão populacional e que esse evento esteja ocorrendo junto com a expansão da área urbana de São Paulo. / Urban Parks have the potential to harbor and maintain the life cycle of several mosquito species such as Aedes fluviatilis, an anthropophilic mosquito very abundant in the city of São Paulo. However its biology, epidemiological potential and genetic characteristics are poorly known. Aiming at better understanding of the population structure of this species, there were selected eight microsatellite loci, previously used in Aedes aegypti, Aedes albopictus and Aedes caspius population genetic studies to genetically characterize Ae. fluviatilis populations. Objectives: (1) Test microsatellite markers functionality parameters in Ae. fluviatilis, previously used successfully in other Aedes species (2) To evaluate the genetic variability and gene flow between populations of Ae. fluviatilis mosquito in São Paulo. Materials and Methods: There were tested 40 pairs of microsatellite loci in Ae. fluviatilis samples. The functional primers were used to elucidate the populations structure of this species collected in nine urban parks located in the city of São Paulo. Results: From the tested primers, eight were functional and amplified consistently in all nine populations of Ae. fluviatilis. The results suggest that this species has low genetic structure, high gene flow, heterozygosity deficit and are expanding its population size. Discussion: Urbanization processes, along with climate change benefits and tends to increase the abundance of anthropophilic and well adapted to human environment mosquito species, such as Ae. fluviatilis. The population expansion of this species, along with the high gene flow and low genetic structure, present a panorama of high adaptability and survival of this Culicidae in urban areas. Conclusions: Evidence, as the high gene flow, low population structure and high deficit of heterozygosity, indicate that Ae. fluviatilis population are in expansion and that this event is taking place along with the expansion of the urban area of São Paulo.

A antracnose é uma das principais doenças que afetam a goiaba no Estado de São Paulo. Tanto Colletotrichum gloeosporioides quanto Colletotrichum acutatum, são relatados como sendo os agentes causais da doença. Os objetivos do trabalho foram caracterizar e identificar 54 isolados de Colletotrichum oriundos de lesões de goiaba, baseados nos aspectos culturais, morfológicos, moleculares e enzimáticos, além da caracterização patogênica de isolados representativos de cada espécie de Colletotrichum identificadas. A caracterização cultural foi avaliada mediante a mensuração do crescimento micelial dos isolados a 25 ºC, além dos aspectos culturais, como a coloração e a topografia das colônias. Na caracterização morfológica foram mensurados comprimento e largura de conídios, bem como avaliados os seus formatos. Oligonucleotídeos específicos foram utilizados na caracterização molecular, visando identificar as espécies dos isolados de Colletotrichum. A caracterização enzimática envolveu a mensuração, in vitro, do halo de degradação dos substratos da amilase, proteinase, celulase, pectinase e lipase. Por fim, alguns isolados representativos e identificados foram utilizados na caracterização patogênica, sendo avaliados os períodos de latência e incubação, a área lesionadas dos frutos e a esporulação. Baseados na coloração das colônias, os isolados foram reunidos em 9 grupos diferentes. Os mesmos puderam se reunidos em dois grupos distintos de acordo com a taxa do crescimento micelial. Os conídios apresentaram os formatos: (i) reto, fusiforme, com ápices afilados, (ii) reto, oblongo, com ápices arredondados, (iii) reto, clavado, afilado em uma extremidade e (iv) reto, com constrição. As dimensões variaram de 11,4 a 16,8 µm de comprimento por 2,6 a 4,9 µm de largura. O uso de oligonucleotídeos específicos permitiu identificar C. acutatum e C. gloeosporioides entre os isolados avaliados. Grande parte dos isolados, 94%, foram identificados como pertencendo à espécie C. gloeosporioides, enquanto que apenas 4% foram identificados como C. acutatum. Em relação à caracterização enzimática, apenas a atividade celulolítica proporcionou diferenças significativas entre C. gloeosporioides e C. acutatum. A patogenicidade dos isolados avaliados mostrou alta variabilidade na severidade da doença nos frutos, contudo não foi possível evidenciar diferenças significativas que distinguissem C. acutatum de C. gloeosporioides. Os períodos de incubação e latência foram menores para os isolados de C. acutatum em relação aos isolados de C. gloeosporioides. C. acutatum produziu quantidade superior de esporos nos frutos inoculados quando comparados a C. gloeosporioides. Observou-se, ainda, correlação positiva entre a área do halo de degradação de pectina, lipídio e amido e a área lesionada dos frutos afetados pelos isolados avaliados. / Anthracnose is one of the major diseases affecting guava in the State of São Paulo. Both Colletotrichum gloeosporioides and Colletotrichum acutatum are reported as the causal agents of the disease. The objectives of this work were to characterize and to identify 54 Colletotrichum isolates from guava, based on cultural, morphological, molecular, enzymatic, and pathogenic aspects. Cultural characterization was achieved by measuring the mycelial growth at 25 ° C, as well as reporting cultural aspects, such as color and topography of the colonies. In the morphological characterization it was measured length and width of conidia, and rated their shapes. CaInt2 and CgInt specific primers were used in the molecular identification of the Colletotrichum isolates. The enzymatic characterization was performed by measuring, in vitro degradation of starch, protein, cellulose, pectin and lipid. Finally some representative and identified isolates were used in the pathogenic characterization, evaluated by latency and incubation periods, diseased area and sporulation. Based on the color of the colonies, the isolates were grouped in 9 different groups. These same isolates showed two distinct growth paterns according to the mycelial growth rates. Conidia showed shapes: (i) straight, fusiform, with acute ends, (ii) straight, oblong, with round ends, (iii) straight, clavate, tapered at one end and (iv) straight, with a constriction in the middle. Conidia size ranged from 11.4 to 16.8 µm in length by 2.6 to 4.9 µm in width. The use of specific primers identified C. acutatum and C. gloeosporioides among the isolates. Most of the isolates (94%) were identified as C. gloeosporioides, while only (6%) were identified as C. acutatum. In the enzymatic characterization, only cellulolytic activity revealed significant differences between C. gloeosporioides and C. acutatum. Pathogenicity of the isolates was highly variable, but could not help to distinguish between C. acutatum and C. gloeosporioides. The incubation and latency periods were shorter for C. acutatum in relation to C. gloeosporioides. C. acutatum produced higher amounts of spores on inoculated fruits compared to C. gloeosporioides. There was also a positive correlation between in vitro degradation of pectin, lipid and starch, and the diseased area for tested isolates.