Introduçaõ - Algumas espécies de Culex (Melanoconion) são consideradas vetores de vírus do complexo da Encefalite Equina Venezuelana e do Vírus do Nilo Ocidental. O subgênero Melanoconion é considerado grupo taxonômico diverso, amplamente distribuído nos países do continente americano, com exceção do Chile e Canadá. A diferenciação das espécies implica grande dificuldade taxonômica, dependendo de estudos dos caracteres morfológicos da genitália dos machos. Contudo o estudo da genitália masculina demanda destreza na dissecção das respectivas estruturas. A classificação atual do subgênero inclui 160 espécies distribuídas em dois grupos principais, a Seção Melanoconion e a Seção Spissipes. Estas seções estão subdivididas em agrupamentos não formais que foram propostos de maneira a englobar as espécies morfologicamente semelhantes, em especial por caracteres da genitália masculina. Objetivos - Investigar as relações filogenéticas entre as espécies do subgênero, e testar a classificação atual proposta por Sirivanakarn (1983). O estudo avaliou o monofiletismo das seções Melanoconion e Spissipes, e de alguns agrupamentos incluídos em cada uma. Métodos - A partir de amostra composta por 106 espécimes do subgênero (46 espécies) e empregando fragmentos de dois genes nucleares de cópia única (CAD, HB), e do gene mitocondrial (COI), foram propostas hipóteses sobre relações filogenéticas. As análises filogenéticas empregaram os métodos estatísticos de Máxima Verossimilhança e de análise Bayesiana. Resultados e Discussão - Apresenta-se a primeira hipótese filogenética de espécies do subgênero Melanoconion baseada informações de três genes. Os resultados obtidos corroboram o monofiletismo das duas seções. As espécies incluídas na Seção Spissipes estão subdivididas em grupos que refletem a história evolutiva e, portanto, correspondem a grupos naturais que compartilham ancestral comum. Portanto, propomos a revalidação do subgênero Helcoporpa Dyar transferindo para ele todas as espécies até agora incluídas na Seção Sipissipes, com exceção do Culex nicaroensis. Por outro lado, a Seção Melanoconion é formada por grupos monofiléticos e outros grupos polifiléticos ou parafiléticos. Este fato sugere que serão necessários rearranjos taxonômicos na Seção Melanoconion, além de estudos mais abrangentes tanto em relação à amostra de espécies como outros genes. Os resultados aqui descritos mostram que o gene COI pode ser utilizado como ferramenta complementar para facilitar a identificação taxonômica das espécies de Melanoconion. Adicionalmente, os genes nucleares, quando analisados em conjunto, proporcionaram informação suficiente na diferenciação de seções, grupos não formais e espécies do subgênero. O uso dos três marcadores moleculares é recomendado para estudo da filogenia de Culex (Melanoconion). Este estudo contribui com informação nova e útil para melhor compreender a classificação de Melanoconion e auxiliar na identificação das espécies. / Introduction - Some of the species of Culex (Melanoconion) Theobald are recognized as vectors of arboviruses such as Venezuelan Equine Encephalitis Virus complex and West Nile Virus. Melanoconion is considered taxonomically diverse and widely distributed in the Americas, with the exception of Chile and Canada. The species of this subgenus pose a real taxonomical challenge as the identification based on morphological traits focuses mainly on the male genitalia that require well-trained skills for dissection of the structures. The current classification of the subgenus recognizes 160 species divided in two major groups, Melanoconion Section and Spissipes Section. Each one of these sections are further divided into non-formal groupings proposed to include morphologically similar species, mainly based on male genitalia characters. Research objectives - To investigate phylogenetic relationships between species of the subgenus Melanoconion of Culex by testing the current classification by Sirivanakarn (1983). We intended to evaluate the monophyly of the two major sections of the subgenus and some of the non-formal groups included in each section. Methods - Our sample taxa included 106 specimens of Melanoconion (46 species), from which we used fragments of two single-copy nuclear genes (CAD, HB) and the mitochondrial gene COI. We raised phylogenetic hypotheses about the subgenus Melanoconion based on analyses that used statistical methods such as Maximum likelihood and Bayesian inference. Results and Discussion - We present the first molecular phylogeny of Melanoconion based on information provided by three genes. The obtained phylogenetic trees strongly support that both sections, Melanoconion and Spissipes, are monophyletic groups. Furthermore the Spissipes Section showed phylogenetic lineages consistent with morphological classification. Thus we strongly recommend the resurrection of subgenus Helcoporpa Dyar to include species until now considered as Spissipes Section, with the exception of Culex nicaroensis. As for the Melanoconion Section, several non-formal groupings corresponded to polyphyletic or paraphyletic groups, with only a few having monophyletic origins. This fact suggests that future taxonomic rearrangements should be consider for Melanoconion Section, as well as a wider sampling of species and molecular markers. Our results confirmed the use of COI gene as a complementary tool for taxonomical identifications. Additionally, the performance of nuclear genes, when analyzed together, was highly informative, showing resolution between the two sections and also for species level. As for tools to infer phylogeny, our data are in agreement with the use of multi loci approach, in order to propose a phylogenetic hypothesis. Our results contribute with new information that improves the classification of subgenus Melanoconion and provides useful data to help with the identification tasks.

O gênero Sargassum C. Agardh (Sargassaceae) constitui um dos mais representativos dentre os 41 gêneros da ordem Fucales (Phaeophyceae, Heterokontophyta), é amplamente distribuído nas regiões tropicais e subtropicais do globo e é considerado um importante componente da flora marinha. Devido ampla variabilidade fenotípica é considerado um dos gêneros de taxonomia mais complexa dentre as algas pardas, como são popularmente conhecidos os representantes da classe Phaeophyceae. A filogenia da ordem Fucales é bastante discutida para gêneros do hemisfério norte, mas ainda pouco elucidada. Os estudos de filogenia referentes ao gênero Sargassum são escassos, limitando-se a poucos marcadores moleculares, com baixa resolução no âmbito inter-específico e limitados à espécies de ocorrência nos oceanos Indo-Pacífico e Atlântico Norte. Nenhum estudo filogenético incluí espécies do Atlântico Sul para este gênero. Este estudo é pioneiro na análise de seqüências de diferentes marcadores moleculares para espécies do Atlântico Sul. Neste estudo, foram seqüenciados completamente os marcadores moleculares nucleares SSU rDNA e ITS2 para os táxons infra-genéricos Sargassum cymosum var. cymosum, S. cymosum var. nanum, S. furcatum, S. stenophyllum e S. vulgare. Todas as seqüências obtidas para ambos os marcadores apresentaram 100% de identidade entre os táxons analisados. Foram feitas seqüências também para o marcador molecular plastidial rbcL (parcial) e espaçador rbcLS para as espécies S. filipendula, S. stenophyllum e S. vulgare que resultaram também em 100% de identidade. Análises filogenéticas de cada um dos marcadores moleculares, incluindo nossas seqüências e aquelas disponíveis no Genbank e geradas pelos métodos de inferência \"Neigbour-joining\", máxima parcimônia e máxima verossimilhança se apresentaram robustas e corroboram outros resultados descritos na bibliografia referente a ordem Fucales e ao gênero Sargassum. Entretanto, tais resultados fornecem um forte indício da necessidade de busca de marcadores moleculares eficientes, devidamente respaldados por estudos de hibridação in vitro, dados ecológicos e de biogeografia para um melhor entendimento acerca das espécies ocorrentes na costa brasileira. / The genus Sargassum C. Agardh (Sargassaceae) is one of the most conspicuous among the 41 genera of the order Fucales (Phaeophyceae, Heterokontophyta). The genus has a broad distribution in the tropical and subtropical regions of the world, and is considered an important component of the marine flora. Due to a high phenotipic variation, the taxonomy of the genus is considered of the most complex among the brown seaweeds, as are known the representatives of the class Phaeophyceae. The phylogeny of the order Fucales was studied for the North Hemisphere genera, but is still not well understood. The phylogenetic studies of the genus Sargassum are scarce and limited to a few molecular markers, presenting low resolution for inter-specific analysis and are available only for species from the Indo-Pacific and the North Atlantic. There are no phylogenetic studies including species from the South Atlantic for the genus. This study is the first to analyze sequences from different molecular markers for species from the South Atlantic. In this study, the nuclear SSU rDNA and ITS2 were completely sequenced for the infra-generic taxa Sargassum cymosum var. cymosum, S. cymosum var. nanum, S. furcatum, S. stenophyllum and S. vulgare. All the sequences for both markers presented 100% identity among analyzed taxa. Sequences were also obtained for the chloroplast marker rbcLS, including parcial rbcL and the spacer region rbcLS for the species S. filipendula, S. stenophyllum and S. vulgar. These sequences also presented 100% identity among analyzed taxa. Phylogenetic analysis of each of the molecular markers, including our sequences together with other sequences available in the Genbank and generated by the inference methods Neigbour-joining, maximum parsimony and maximum likelihood were robust and similar to other results described in the literature for the order Fucales and the genus Sargassum. Nonetheless, these results are an indicative of the need for more efficient molecular markers, associated with data from in vitro hibridization, ecology and biogeography for a better understanding about the taxa occurring on the brazilian coast.

The Loricariinae belong to the Neotropical mailed catfish family Loricariidae, the mostspeciose catfish family in the world, and are united by a long and flattened caudal peduncle and the absence of an adipose fin. Despite numerous works conducted on this group, no phylogeny is presently available. Prior to conduct evolutionary studies, an exhaustive and robust phylogeny was reconstructed using mitochondrial and nuclear data. Then, this phylogeny was used in multivariate and multi-table analyses to reveal the main evolutionary trends of the subfamily. The resulting phylogeny indicated that the Harttiini tribe, as classically defined, formed a paraphyletic assemblage and was restricted to three genera, and within the Loricariini tribe, two sister subtribes were distinguished, Farlowellina and Loricariina, both displaying complex evolutionary patterns. In addition several new taxa were highlighted and described. Subsequently using this phylogeny as exploratory tool, we demonstrated: (1) using co-inertia analysis that the diagnostic features provided to define the different genera were phylogenetically dependent; (2) using multiple co-inertia analysis that the underlying evolutionary forces shaping their diversification included intraphenotypic (morphology and genetics) and extraphenotypic (ecology and distribution) components; (3) using the RLQ analysis that co-dispersion events occurred between co-distributed species responsible for the current fish distribution; and (4) using the multi-scale pattern analysis that the co-evolution in traits related to the mouth characteristics was linked to reproductive functions responsible for a tertiary evolution of this organ.

La culture de saules (Salix sp.) est une pratique courante en Europe et en Amérique du Nord pour produire de la biomasse végétale. Cependant, le développement d’outils moléculaires est très récent. De plus, la phylogénie des saules est incomplète. Il y a un manque d’information pour les programmes de sélection d'espèces indigènes et pour la compréhension de l’évolution du genre. Le genre Salix inclut 500 espèces réparties principalement dans les régions tempérées et boréo-arctique de l’hémisphère nord. Nous avons obtenu l’ensemble des espèces retrouvées naturellement en Amérique (121 indigènes et introduites). Dans un premier temps, nous avons développé de nouveaux outils moléculaires et méthodes : extraction d’ADN, marqueurs microsatellites et gènes nucléaires. Puis, nous avons séquencé deux gènes chloroplastiques (matK et rbcL) et la région ITS. Les analyses phylogénétiques ont été réalisées selon trois approches : parcimonie, maximum de vraisemblance et Bayésienne. L’arbre d’espèces obtenu a un fort support et divise le genre Salix en deux sous-genres, Salix et Vetrix. Seize espèces ont une position ambiguë. La diversité génétique du sous-genre Vetrix est plus faible. Une phylogénie moléculaire complète a été établie pour les espèces américaines. D’autres analyses et marqueurs sont nécessaires pour déterminer les relations phylogénétiques entre certaines espèces. Nous affirmons que le genre Salix est divisé en deux clades. / Fast growing willows (Salix sp.) are increasingly used in Europe and North America for biomass production and other environmental applications. However, the development of molecular tools is recent. The phylogeny of willows is incomplete, which slows down the selection of suitable native species and the development of improvement programs. The genus Salix includes approximately 500 species worldwide, and these are mainly located in temperate and cold regions of the Northern Hemisphere. We gathered leaf material from all 121 willows of North America (species native and introduced). We developed three molecular tools-methods: DNA extraction, SSR markers, and nuclear genes. We sequenced two chloroplast genes matK and rbcL and the ITS region. Phylogenetic analyses were carried out using parsimony, maximum likelihood and Bayesian approaches. The species tree provides strong support for a division of the genus into two subgenera, Salix and Vetrix. Sixteen species have ambiguous positions. A complete molecular phylogeny of American willows has been established. It needs to be confirmed and further resolved using other molecular data. Nonetheless, the genus clearly has two clades.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 3664.pdf: 2255481 bytes, checksum: 8606405322631d7b23133954708544a6 (MD5) Previous issue date: 2011-03-01 / Financiadora de Estudos e Projetos / The family Threskiornithidae includes 13 genera and 32 species, but the relationships among genera, species or subspecies have been little studied. This family is traditionally divided into two subfamilies: Plataleinae and Threskiornithinae. One of the more interesting taxonomical questions within this group is the case of the species Eudocimus ruber and Eudocimus albus. They are usually considered as separate species, but they show similar behavior and there are also records of hybridization in nature. This study aims to reconstruct the phylogenetic relationships within the family Threskiornithidae as well as assess the level of genetic differentiation between Eudocimus albus and E. rubber, using mitochondrial and nuclear gene sequences. DNA was extracted from blood and tissue samples from 13 species of Threskiornithidae (seven genera) and two outgroups. For the Eudocimus study were extracted 10 individuals of each species. We sequenced the 16S rRNA and the intron 7 of β- Fibrinogen for all species. For Eudocimus Cytochrome B, Cytochrome Oxidase I, intron 11 of Glyceraldehyde-3-Phosphate Desidrogenase, intron 4 of the Myelin Proteolipid Protein and intron 2 of Myoglobin were also sequenced. Sequences for other five species of the family were obtained from GenBank. Phylogenetic trees were constructed using Neighbor-Joining, Maximum Parsimony, Maximum Likelihood, Bayesian inference and Bayesian inference of species tree. Networks and genetic distances were determined for Eudocimus haplotypes. Several approaches for species delimitation using multilocus data were applied. All analyses strongly supported the family Threskiornithidae (18 species) as a monophyletic group. However, the current classification of two subfamilies was not supported by our data: Plataleinae formed a monophyletic group, but nested within Threskiornithinae (a paraphyletic group). Tests of monophyly rejected the hypothesis of monophyly of Threskiornithinae. The family Threskiornithidae also showed a division into two groups: one with only genera endemic to the American continent (Theristicus and Eudocimus) and another with the remaining species. Within the latter clade, species of genus Plegadis are observed in a basal position, while subfamily Plataleinae was grouped with the remaining species. This pattern of species distribution suggests an initial Gondwana division and subsequent colonization by species from the Old to the New World. The divergence within the family was estimated at 35-40 million years, which is before the separation between America and Antarctica. Mitochondrial genetic analysis showed Eudocimus species as two different lineages. Multilocus analysis based on nuclear genes revealed a strong signal of speciation despite the polyphyly found in three of the four markers. / A família Threskiornithidae inclui 13 gêneros e 32 espécies e suas relações interespecíficas, assim como as designações dos gêneros, espécies ou subespécies foram pouco estudadas. A família tem sido dividida em duas subfamílias: Plataleinae e Threskiornithinae. O caso de Eudocimus ruber e Eudocimus albus é uma das questões interessantes da taxonomia do grupo, pois têm sido consideradas como espécies, mas mostram similaridades no comportamento e há registros de hibridização na natureza. Os objetivos do presente estudo foram reconstruir as relações filogenéticas dentro da família Threskiornithidae e avaliar o nível de diferenciação genética entre Eudocimus albus e E. ruber, baseando-se nos dados de sequências de genes mitocondriais e nucleares. DNA foi extraído de amostras de sangue e de tecidos de 13 espécies de Threskiornithidae, representantes de sete gêneros da família e de dois grupos externos. Para o estudo do caso de Eudocimus foram analisadas amostras de 10 indivíduos de cada espécie. Foram sequenciados os genes 16S rRNA e o íntron 7 do β-fibrinogênio para todas as espécies. Nos indivíduos de Eudocimus foram sequenciados também os genes Citocromo B, Citocromo Oxidase I, o íntron 11 da Gliceraldeído-3-Fosfato Desidrogenase, o íntron 4 da Proteína Proteolipídica da Mielina e o íntron 2 da Mioglobina. Sequências para outras cinco espécies da família foram obtidas do GenBank. Árvores filogenéticas foram construídas pelos métodos de inferência de Neighbor-Joining, Máxima Parcimônia, Máxima Verossimilhança, Análise Bayesiana e Estimativa Bayesiana de árvore de espécies. Redes de haplótipos e distâncias genéticas foram determinadas para as sequências de Eudocimus. Diversas abordagens de delimitação de espécies usando informação multilocus foram realizadas. A família Threskiornithidae com 18 espécies se apresentou como grupo monofilético fortemente sustentado em todas as análises. A classificação atual das duas subfamílias não foi corroborada: Plataleinae se apresentou como grupo monofilético, mas agrupada dentro dos Threskiornithinae, sendo este último um grupo parafilético. Os testes de monofilia rejeitaram a hipótese de Threskiornithinae ser um grupo monofilético. A família Threskiornithidae pode ser dividida em dois grupos: o primeiro agrupando somente gêneros endêmicos do continente americano (Theristicus e Eudocimus) e o outro com as demais espécies. Dentro deste ultimo clado, observa-se em posição basal as espécies do gênero Plegadis e a subfamília Plataleinae agrupada com o restante das espécies. Este padrão de distribuição de espécies concorda com uma divisão inicial Gondwânica e uma posterior colonização por espécies do velho ao novo mundo. A divergência da família foi estimada em 35 40 milhões de anos, data anterior à separação do continente Americano da Antártica. As análises genéticas mitocondriais mostraram as espécies de Eudocimus como duas linhagens diferentes. Nas análises multilocus baseadas nos genes nucleares foi possível recuperar um forte sinal de especiação apesar da polifilia encontrada em três dos quatro marcadores.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:51:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 355631 bytes, checksum: 3e49bb2d2677506413b7513516919754 (MD5) Previous issue date: 2011-02-21 / Fundação de Amparo a Pesquisa do Estado de Minas Gerais / Endophytic bactéria in fruits inhabits internal tissues without cause visible damage or symptons. However, there is no report of their presence and the diversity in Coffea canephora fruits. Thereby, this work aimed to determine the existence and diversity of cultivable endophytic bacteria in fruits of that specie in three maturation stages. Bacterial isolation and quantification were performed in R2A medium and resulted in 140 isolates gathered in 21 morphotypes, being 55 % of Gram-positive bacteria. The community is composed by 14 genera and 18 bacterial species belonging to phylum Actinobacteria, Firmicutes, Bacteroides, Alpha and Gamma- Proteobacteria. For the first time, Kocuria turfanensis and Pantoa vagans are identified as endophytic species. From 18 species identified as endophytic in C. canephora fruits, seven are not described as endophytic in fruits, namely: Bacillus thuringiensis, Bacillus licheniformis, Agrobacterium tumefaciens, Escherichia coli, Enterobacter hormaechei, Chryseobacterium sp. and Ochrobactrum sp.. The diversity of cultivable endophytic bacteria was distinct in the three maturation stages of C. canephora fruits, being larger in green fruits, where Bacillus subtilis was predominant. The number of Gram-positive isolates was higher than that for Gram-negative in the first two development stage, while in mature fruits the number of colonies from both Gram-positive and Gram-negative was similar. In the last maturation stage, diversity of endophytic bacteria species was smaller and Klebsiella oxytoca was the predominant specie, what was assigned to probable effects of higher caffeine and sugar concentration in the fruits. / Bactérias endofíticas em frutos são as que habitam partes internas sem causar danos ou sintomas aparentes. Entretanto, a presença e diversidade delas em frutos de Coffea canephora não foram ainda relatadas na literatura. Assim, o presente trabalho objetivou determinar a existência e diversidade de bactérias endofíticas cultiváveis nos frutos dessa espécie em três estádios de maturação. O isolamento e a quantificação foram realizados em meio R2A, sendo obtidos 140 isolados que, pelas características morfológicas das colônias, foram agrupadas em 21 morfotipos, sendo 55 % de Gram-positivas. Na comunidade foram identificadas representantes de Actinobacteria, Firmicutes, Bacteroidetes, Alpha- e Gamma-Proteobacteria, com 14 gêneros e 18 espécies. Kocuria turfanensis e Pantoea vagans são pela primeira vez identificadas como espécies endofíticas. Sete das 18 espécies identificadas como endofíticas em frutos de C. canephora não são espécies descritas como endofíticas em frutos, a saber: Bacillus thuringiensis, Bacillus licheniformis, Agrobacterium tumefaciens, Escherichia coli, Enterobacter hormaechei, Chryseobacterium sp. e Ochrobactrum sp.. A diversidade das bactérias endofíticas cultiváveis mostrou-se distinta nos três estádios de maturação de frutos de C. canephora, sendo maior nos frutos verdes, nos quais a predominância foi de Bacillus subtilis. Nos dois primeiros estádios de desenvolvimento o número de isolados de Gram-positivas foi maior que o de Gram-negativas, enquanto nos frutos maduros o número de colônias de Gram-positivas e Gram-negativas foi similar. No último estádio de maturação a diversidade de espécies de bactérias endofíticas foi menor e a Klebsiella oxytoca foi a espécie dominante, fato atribuído a prováveis efeitos da maior concentração de cafeína e açúcares nos frutos.

Submitted by LOUISE HELENA MARTINS MARAN null (louise.maran@outlook.com) on 2016-06-28T16:37:01Z No. of bitstreams: 1 Dissertação_Definitivo.pdf: 2004003 bytes, checksum: 2157b94fbd9ba1934694a695aea03633 (MD5) / Approved for entry into archive by Juliano Benedito Ferreira (julianoferreira@reitoria.unesp.br) on 2016-06-29T18:55:46Z (GMT) No. of bitstreams: 1 maran_lhmm_me_jabo.pdf: 2004003 bytes, checksum: 2157b94fbd9ba1934694a695aea03633 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-29T18:55:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 maran_lhmm_me_jabo.pdf: 2004003 bytes, checksum: 2157b94fbd9ba1934694a695aea03633 (MD5) Previous issue date: 2016-05-31 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Estudos recentes com a espécie Mazama americana apontam duas linhagens cromossômicas dentro deste possível complexo de espécies crípticas e entre elas verificou-se a existência de eficiente barreira reprodutiva por isolamento pós-zigótico. No entanto, o efeito das pequenas diferenças cromossômicas entre populações é ainda pouco esclarecido, não sendo claro se seriam polimorfismos intraespecíficos, diferenças subespecíficas ou específicas. Marcadores moleculares permitem investigar se ocorreu fluxo entre estas populações e se este fluxo ainda ocorre no presente, auxiliando na elucidação dos processos evolutivos que ocorreram na diferenciação cromossômica e qual o real efeito dessas variações no isolamento e especiação no táxon. Diante do exposto, o presente trabalho estudou as relações filogenéticas entre variantes cromossômicas, com alto número diplóide, de M. americana com o objetivo de compreender melhor a história evolutiva da espécie e verificar a existência de unidades evolutivamente significativas dentro deste complexo específico, contribuindo para o delineamento de programas de conservação da espécie. As relações filogenéticas da espécie foram examinadas utilizando genes mitocondriais (citocromo b, citocromo oxidade I, região controladora D-loop e NADH dehigrogenase subunit 5), com 44 indivíduos de veados-mateiro provenientes de diferentes localidades do Brasil. Os resultados encontrados não corroboram a existência de unidades evolutivamente significativas dentro do grupo amostrado. A topologia encontrada nas árvores filogenéticas não mostram agrupamentos por citótipos, mas sim uma polifilia dos clados das árvores filogenéticas. / Recent studies on the species Mazama americana point two chromosomal lineages within red brocket deer and among them there was the existence of effective reproductive barrier post-zygotic isolation. However, the effect of these small chromosomal differences between these populations is not clearly established, it is not clear whether they would be intraspecific polymorphisms, subspecific or specific diferences. The molecular markers allow to investigate if there was flows occurred between these populations and whether these flows still occur in the present, helping to unravel the evolutionary processes that have occurred on chromosome differentiation and what the actual effect of these changes in isolation and speciation in the taxon. Given the above, this research project studied the phylogenetic relationships among chromosomal variants of M. americana with the aim of elucidating the evolutionary history of the species and verify the existence of evolutionarily significant units within this particular complex, contributing to the design of programs conservation of the species. The phylogenetic relationships of the species were examined using mitochondrial genes (cytochrome-b, cytochrome oxidase I, control region D-loop and NADH dehidrogenase subunit 5), with 44 individuals of red brocket deer from different locations in Brazil. The results do not support the existence of distinct evolutionary units within the sampled groups. The topologies found in phylogenetic tree show no groupings cytotypes but a polyphyly of clades of the phylogenetic tree. / CNPq: 132063/2014-0

Submitted by Erika Demachki (erikademachki@gmail.com) on 2017-05-05T19:00:03Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Winnie Castro Amorim e Albuquerque - 2017.pdf: 2279498 bytes, checksum: 160e4a276e405c6393dd5bb7742b106b (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-05-10T13:37:01Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Winnie Castro Amorim e Albuquerque - 2017.pdf: 2279498 bytes, checksum: 160e4a276e405c6393dd5bb7742b106b (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-10T13:37:01Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Winnie Castro Amorim e Albuquerque - 2017.pdf: 2279498 bytes, checksum: 160e4a276e405c6393dd5bb7742b106b (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2017-03-31 / Outro / Bovine papillomavirus is the etiological agent of bovine papillomatosis, a disease that triggers warts throughout the skin, udder, roofs, genitalia and in more severe cases can develop extensive papillomas, cause neoplasia in the digestive tract and bladder, weaken the animal's health and cause losses in the Productivity and losses for livestock. The present study aims to detect and typify bovine Papillomavirus present in bovine tissue and blood samples with papillomatosis, to sequence the isolated viral types, to analyze the nucleotide sequences and the phylogeny of the detected viral types. As a result, amplification was obtained in five tissue samples (papilloma) from different bovines, not being successful in the amplification of blood samples. PCR reactions revealed the presence of BPV-1 in 60%, BPV-5 in 40%, BPV-9, BPV-10, BPV-13 and BPV-14 in 20% and BPV-12 in 40% of the analyzed samples. The presence of coinfection was verified in 60% of the lesions analyzed, with up to four viral types infecting the same sample. Alignments of viral type sequences 1, 5 and 14 were validated with identity ranging from 74% to 95%. The phylogenetic diagram showed a genetic approximation between viral types 1 and 14, both belonging to the genus Deltapapillomavirus, and distancing between nucleotide sequences of viral types 5, 9 and 14. Papillomaviruses of types 5 and 9 belong to different genera, Epsilonpapillomavirus and Xipapillomavirus, Respectively, the phylogenetic distance between these viral types, verified in the diagram, is justified. / Papilomavírus bovino é o agente etiológico da papilomatose bovina, doença que desencadeia verrugas por toda pele, úbere, tetos, genitália e em casos mais graves pode desenvolver papilomas extensivos, causar neoplasia no trato digestivo e bexiga, debilitar a saúde do animal e provocar perdas na produtividade e prejuízos para a pecuária. O presente estudo possui como objetivo detectar e tipificar Papilomavírus bovino presentes em amostras de tecido e sangue de bovinos com papilomatose, sequenciar os tipos virais isolados, analisar as sequências nucleotídicas e a filogenia dos tipos virais detectados. Como resultado, obteve-se amplificação em cinco amostras de tecido (papiloma) de diferentes bovinos, não obtendo sucesso na amplificação das amostras de sangue. As reações de PCR revelam a presença do BPV-1 em 60%, BPV-5 em 40%, BPV-9, BPV-10, BPV-13 e BPV-14 em 20% e BPV-12 em 40% das amostras analisadas. A presença de coinfecção foi verificada em 60% das lesões analisadas, com até quatro tipos virais infectando a mesma amostra. Os alinhamentos das sequencias do tipo viral 1, 5 e 14 foram validados com identidade variando de 74% a 95%. O diagrama filogenético demonstrou aproximação genética entre os tipos virais 1 e 14, ambos pertencentes ao gênero Deltapapillomavirus, e distanciamento entre as sequências nucleotídicas dos tipos virais 5, 9 e 14. Os papilomavírus dos tipos 5 e 9 pertencem a gêneros diferentes, Epsilonpapillomavirus e Xipapillomavirus, respectivamente, justifica-se dessa forma, a distância filogenética entre esses tipos virais, verificada no diagrama.

O gênero Sargassum C. Agardh (Sargassaceae) constitui um dos mais representativos dentre os 41 gêneros da ordem Fucales (Phaeophyceae, Heterokontophyta), é amplamente distribuído nas regiões tropicais e subtropicais do globo e é considerado um importante componente da flora marinha. Devido ampla variabilidade fenotípica é considerado um dos gêneros de taxonomia mais complexa dentre as algas pardas, como são popularmente conhecidos os representantes da classe Phaeophyceae. A filogenia da ordem Fucales é bastante discutida para gêneros do hemisfério norte, mas ainda pouco elucidada. Os estudos de filogenia referentes ao gênero Sargassum são escassos, limitando-se a poucos marcadores moleculares, com baixa resolução no âmbito inter-específico e limitados à espécies de ocorrência nos oceanos Indo-Pacífico e Atlântico Norte. Nenhum estudo filogenético incluí espécies do Atlântico Sul para este gênero. Este estudo é pioneiro na análise de seqüências de diferentes marcadores moleculares para espécies do Atlântico Sul. Neste estudo, foram seqüenciados completamente os marcadores moleculares nucleares SSU rDNA e ITS2 para os táxons infra-genéricos Sargassum cymosum var. cymosum, S. cymosum var. nanum, S. furcatum, S. stenophyllum e S. vulgare. Todas as seqüências obtidas para ambos os marcadores apresentaram 100% de identidade entre os táxons analisados. Foram feitas seqüências também para o marcador molecular plastidial rbcL (parcial) e espaçador rbcLS para as espécies S. filipendula, S. stenophyllum e S. vulgare que resultaram também em 100% de identidade. Análises filogenéticas de cada um dos marcadores moleculares, incluindo nossas seqüências e aquelas disponíveis no Genbank e geradas pelos métodos de inferência \"Neigbour-joining\", máxima parcimônia e máxima verossimilhança se apresentaram robustas e corroboram outros resultados descritos na bibliografia referente a ordem Fucales e ao gênero Sargassum. Entretanto, tais resultados fornecem um forte indício da necessidade de busca de marcadores moleculares eficientes, devidamente respaldados por estudos de hibridação in vitro, dados ecológicos e de biogeografia para um melhor entendimento acerca das espécies ocorrentes na costa brasileira. / The genus Sargassum C. Agardh (Sargassaceae) is one of the most conspicuous among the 41 genera of the order Fucales (Phaeophyceae, Heterokontophyta). The genus has a broad distribution in the tropical and subtropical regions of the world, and is considered an important component of the marine flora. Due to a high phenotipic variation, the taxonomy of the genus is considered of the most complex among the brown seaweeds, as are known the representatives of the class Phaeophyceae. The phylogeny of the order Fucales was studied for the North Hemisphere genera, but is still not well understood. The phylogenetic studies of the genus Sargassum are scarce and limited to a few molecular markers, presenting low resolution for inter-specific analysis and are available only for species from the Indo-Pacific and the North Atlantic. There are no phylogenetic studies including species from the South Atlantic for the genus. This study is the first to analyze sequences from different molecular markers for species from the South Atlantic. In this study, the nuclear SSU rDNA and ITS2 were completely sequenced for the infra-generic taxa Sargassum cymosum var. cymosum, S. cymosum var. nanum, S. furcatum, S. stenophyllum and S. vulgare. All the sequences for both markers presented 100% identity among analyzed taxa. Sequences were also obtained for the chloroplast marker rbcLS, including parcial rbcL and the spacer region rbcLS for the species S. filipendula, S. stenophyllum and S. vulgar. These sequences also presented 100% identity among analyzed taxa. Phylogenetic analysis of each of the molecular markers, including our sequences together with other sequences available in the Genbank and generated by the inference methods Neigbour-joining, maximum parsimony and maximum likelihood were robust and similar to other results described in the literature for the order Fucales and the genus Sargassum. Nonetheless, these results are an indicative of the need for more efficient molecular markers, associated with data from in vitro hibridization, ecology and biogeography for a better understanding about the taxa occurring on the brazilian coast.

Submitted by isabela.moljf@hotmail.com (isabela.moljf@hotmail.com) on 2017-05-10T15:57:55Z No. of bitstreams: 1 robertodeoliveiramarchesini.pdf: 5108455 bytes, checksum: bcc95fb0d9a2ba10b89dacc6905623d6 (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2017-05-11T13:29:36Z (GMT) No. of bitstreams: 1 robertodeoliveiramarchesini.pdf: 5108455 bytes, checksum: bcc95fb0d9a2ba10b89dacc6905623d6 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-11T13:29:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 robertodeoliveiramarchesini.pdf: 5108455 bytes, checksum: bcc95fb0d9a2ba10b89dacc6905623d6 (MD5) Previous issue date: 2015-02-23 / FAPEMIG - Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais / O presente trabalho amplia o conhecimento acerca da filogenia de microeucariotos ciliados (Alveolata, Ciliophora) da subclasse Peritrichia Stein, 1859 baseada em análises de sequências de 18S-rDNA e compara sistemática tradicional do grupo com a filogenia baseada em dados moleculares. A proposta apresenta ainda a caracterização multidisciplinar de uma espécie de ciliado peritríqueo epistilídeo com dados morfológicos, ecológicos e moleculares. A dissertação está dividida em dois capítulos (seções). No capítulo 1 foi realizado um estudo filogenético de representantes da subclasse Peritrichia, com inclusão de 12 novas sequências de 18S-rDNA (11 espécies e quatro gêneros - Epistylis, Opercularia, Orborhabdostyla, Rhabdostyla) obtidas de organismos coletados em ecossistemas na região Sudeste do Brasil, mais precisamente no estado de Minas Gerais. Neste capítulo foi discutida a validade de algumas famílias da subclasse Peritrichia e investigado se as principais características morfológicas usadas para definir a sistemática do grupo refletem genuína divergência evolutiva. As principais contribuições deste estudo foram: a subclasse Peritrichia está dividida em dois grandes clados; a família Operculariidae parece ser um grupo natural; a família Epistylididae é um grado e não um clado natural e, portanto, necessita de importante revisão sistemática, havendo representantes desta família se agrupando em distintos ramos da subclasse Peritrichia, os epistilídeos Rhabdostyla e Orborhabdostyla não se agruparam em mesmo clado tal como estabelecido na sistemática atual, baseado em similaridades morfológicas, 5a família Zoothamniidae é parafilética, e 6os “vorticelídeos” não constituem um agrupamento natural, necessitando de importante revisão das principais características morfológicas usadas atualmente como sinapomorfias morfológicas. No capítulo 2 (seção 2) foi realizada caracterização multidisciplinar de uma população de Rhabdostyla inclinans epibionte de anelídeos Aeolosomatidae coletada em tanques de bromélia. Neste estudo foi discutida pela primeira vez a posição filogenética de um representante do gênero Rhabdostyla dentro da subclasse Peritrichia e apresentado dados detalhados da morfologia desta população, bem como informações ecológicas sobre a relação epibiótica. As duas sequências de 18S-rDNA de R. inclinans obtidas se agruparam entre representantes da família Vorticellidae, o que refuta a classificação tradicional deste gênero como um epistilídeo (Epistylididae) baseada em caracteres morfológicos. Os resultados moleculares ressaltam necessidade de se ampliar número de sequências de espécies do gênero Rhabdostyla nos bancos de dados genéticos para melhor entendimento da filogenia de peritríqueos epistilídeos¸ / This work extends the knowledge of the phylogeny of ciliated micro-eukaryote (Alveolata, Ciliophora) of Peritrichia Stein, 1859 subclass based on analysis of 18S-rDNA sequences and compares traditional systematics of the group to the phylogeny based on molecular data. The proposal also presents a multidisciplinary characterization of Rhabdostyla inclinans (Peritrichia, Epistylididae) with morphological, ecological and molecular data. The dissertation is divided into two chapters (sections). In Chapter one (section 1) a phylogenetic study of representatives of Peritrichia subclass was performed with inclusion of 12 new sequences of 18S-rDNA (11 species and four genera - Epistylis, Opercularia, Orborhabdostyla, Rhabdostyla) obtained from organisms collected in ecosystems in the Southeast region Brazil, more precisely in the state of Minas Gerais. In this chapter was discussed the validity of some families of peritrichs and investigated whether the main morphological characteristics used to define the systematics of the group reflect genuine evolutionary divergence. The main contributions of this study were: 1Peritrichia subclass is divided in two major clades; 2Operculariidae family seems to be a natural group; 3There are representatives of the Epistylididae family grouping in different branches of the subclass Peritrichia. This fact suggests that Epistylididae family is a grade and not a natural clade and therefore requires systematic review. ; 4The Rhabdostyla and Orborhabdostyla epistilids did not grouped in the same clade as set out in the current system based on morphological similarities; 5Zoothamniidae family is paraphyletic; 6vorticelids did not formed a natural group requiring major review of the main morphological features currently used as morphological synapomorphies. In chapter two (section 2) was performed a multidisciplinary characterization of epibionts population of Rhabdostyla inclinans on Aeolosomatidae collected in bromeliad tanks in Brazil. This study discusses for the first time phylogenetic placement of the Rhabdostyla genus within peritrich subclass and presents detailed morphology data for this population. Data about information of Epibiotic relationship are presented too. The two 18S-rDNA sequences of Rhabdostyla inclinans obtained clustered with representatives of Vorticellidae family, which refutes the traditional classification of this genus as a epistilid (Epistylididae) based on morphological characters. The molecular results highlight the need to expand the number of sequences of Rhabdostyla genus in genetic databases to better understand the phylogeny of epistilids peritrichs and instigate review and search for new morphological characters to be used as synapomorphy of clades that constitute Peritrichia subclass.