Le rotavirus est le principal agent étiologique des gastro-entérites infantiles. Après l'assemblage dans le réticulum endoplasmique (RE), les virions sont relargués au niveau du pôle apical des entérocytes selon une voie de trafic atypique ne passant pas par l'appareil de Golgi. Ce travail a pour but d'étudier les mécanismes de sortie du RE et le trafic atypique du rotavirus. Des acteurs de la machinerie réticulaire de repliement et de contrôle qualité des protéines ont été retrouvés associés aux intermédiaires d'assemblage du rotavirus. En corrélation avec cela, l'infection provoque un stress du RE et active une réponse cellulaire spécifique, l'Unfolded Protein Response (UPR). Le rotavirus module de manière différentielle les trois voies de signalisation de l'UPR et seules les voies IRE1 et PERK sont requises pour la morphogénèse virale. L'autophagie, en dehors de son rôle dans la dégradation du matériel cellulaire, a été récemment impliquée dans des voies de sécrétion non conventionnelles. Dans les cellules épithéliales intestinales Caco-2, la différenciation cellulaire se manifeste par l'augmentation de l'expression des marqueurs autophagiques et la diminution du flux autophagique. Quelque soit l'état de différenciation des cellules, l'infection à rotavirus bloque à la fois la formation et la maturation des autophagosomes. Uniquement dans les cellules Caco-2 non différenciées, l'infection induit une lipidation de LC3 qui n'est pas associée à l'autophagie, mais qui corrèle avec un clivage de la protéine ATG3 impliquée dans le processus de lipidation. Ni l'autophagie, ni la lipidation de LC3 ne sont requises pour la morphogénèse du rotavirus dans les cellules Caco-2. / Rotavirus is the major causative agent of severe gastroenteritis in young children worldwide. After assembly steps in the Endoplasmic Reticulum (ER), virions are released without any cellular lysis at the apical side of enterocytes, following an atypical trafficking pathway that bypasses the Golgi apparatus. This work is aimed at understanding the mechanisms of ER exit of rotavirus particles as well as their unconventional trafficking. Components of the protein folding and quality control machinery in the ER were found associated with viral assembly complexes. Consistent with this observation, viral infection induced ER stress, which activates a specific cellular response named the Unfold Protein Response (UPR). Rotavirus infection modulated differently the three UPR signaling pathways and only the IRE1 and PERK pathways were required for viral morphogenesis. Autophagy, besides being a degradative process, has recently been shown to be potentially involved in unconventional secretion pathways. We showed that the differentiation process of human intestinal epithelial Caco-2 cells into enterocyte-like phenotype was marked by the increase in expression of autophagic markers and the reduction of autophagic flux. Rotavirus infection blocked both the initiation and late steps of autophagy, in both undifferentiated and differentiated Caco-2 cells. Surprisingly, only in undifferentiated Caco-2 cells, rotavirus infection induced a lipidation of LC3 that was not associated with autophagy but correlated with a cleavage of ATG3, a protein directly involved in the lipidation process. Neither autophagy nor the lipidation of LC3 were required for rotavirus morphogenesis in Caco-2 cells.

La morphogénèse épithéliale est une caractéristique clé du développement des organismes multicellulaires. Parmi les différents types d'évènement morphogénétique, la capacité à créer des invaginations est cruciale pour la mise en forme des organismes. Un aspect fondamental de la morphogénèse repose sur la capacité des cellules à exercer, échanger et résister aux stress mécaniques pour permettre la mise en forme des tissues. Au cours des décennies passées, l'importance des forces mécaniques générées au niveau des jonctions adhérentes et notamment sur le plan parallèle au plan apical a été largement démontrée. Cependant, le rôle des forces mécaniques générées sur un plan perpendiculaire au plan apical (dans l'axe apico/basal) est loin d'être aussi bien compris. Récemment, l'équipe a montré que les cellules apoptotique au sein de l'épithélium de patte de drosophile sont capables de générer une force apico/basale qui est requise pour la formation des plis distaux, préfigurant les articulations de la future patte. Même si le rôle d'une structure verticale d'acto-myosine (nommée câble) dans la génération de cette force, a été clairement démontré, rien n'est connu à propos de sa régulation ou du point d'ancrage que ce câble d'acto-myosine pourrait utiliser pour générer cette force. De plus, seuls les effets apicaux de cette force ont été étudiés. Mes travaux de thèses se sont articulés autour de deux objectifs principaux : (1) Déchiffrer les mécanismes intracellulaires requis pour le processus de génération de force apico-basal via le câble, en étudiant en parallèle les effets de la génération de force sur le processus apoptotique lui-même. (2) Etudier les conséquences de l'application de cette force mécanique sur le pôle basal de l'épithélium. Au cours de ma thèse, j'ai montré que pour exercer une force apico-basale, les cellules apoptotiques créent une structure apico-basale comprenant, de l'apical vers le basal : les jonctions adhérentes, un câble d'acto-myosine, le noyau et les jonctions basales.[...] / Epithelium morphogenesis is a key feature during the development of multicellular organism. Within morphogenetic events, the ability to create a fold is crucial to shape multicellular organism. A fundamental aspect of morphogenesis lies on the ability of cells to exert, exchange and resist mechanical stress in order to shape the tissue. During the past decades, the importance of mechanical force generated at the level of adherent junctions, parallel to the apical plan has been greatly elucidated. However, the role of mechanical forces generated perpendicular to the apical plan (in the apico/basal axe) is far from being understood. Recently, the team demonstrated that apoptotic cells in the leg disc epithelium of the drosophila, are able to generate an apico/basal force that is required for the fold formation that foreshadows the future articulation of the adult leg. Even if the role of acto-myosin structure in the generation of this force has been demonstrated, nothing is known about other regulators or even anchoring points that could help this structure in generating this force. Moreover, the effects of this force have only been observed for the apical side of the epithelium. My Phd aims at two goals: (1) Deciphering the intracellular structure that are required for this force generation process and the possible effect of force generation for the apoptotic process per se.(2) Analysing the consequences of those forces on the basal side of the epithelium. During my Phd, I have shown that in order to exert an apico/basal force, the apoptotic cell needs to generate an apico/basal structure comprising from the apical to the basal: adherent junctions, acto-myosin cable, nucleus and basal adhesions. More precisely, I observed that acto-myosin structures called "cables" that have been implicated in the force generation process, spawn from the adherent junctions and grows progressively until reaching the nucleus of the cell. I observed that apoptotic cells have a basally localised nucleus. Following that, I observed that nucleus is anchored by a basal actin meshwork, that restraints apoptotic nucleus movements. What is more, I observed that apoptotic cells maintain basal cell/matrix adhesions. [...]

L’auxine est une hormone essentielle au développement des plantes, tant pour la division quel’expansion cellulaire. La transcription des gènes de réponses à l’auxine est permise par un mécanisme designalisation faisant intervenir des complexes ubiquitine ligase E3 impliquant des protéines à F-boxTIR1/AFBs, qui en présence d’auxine peuvent interagir avec les répresseurs transcriptionnels AUX/IAA pourinduire leur dégradation et activer la transcription de gènes de réponses à l’auxine. Cette transcriptionimplique des facteurs de transcription ARFs (Auxin Response Factors). Dans la feuille, un maximum d’auxinerésultant de l’activité des transporteurs d’efflux d’auxine PIN1 participe à l’initiation des dents à la marge. Lefacteur de transcription CUC2 qui permet la formation des domaines frontières intervient dans le contrôle del’orientation des transporteurs PIN1. L’auxine réprime également CUC2 limitant ainsi son expression au sinus,ce qui semble nécessaire pour la formation des dents. Les acteurs de la signalisation auxinique impliquésdans la formation des dents ne sont néanmoins pas connus chez Arabidopsis.Dans cette thèse, les profils d’expression des ARFs ont été mis en évidence dans les jeunes feuillesd’Arabidopsis au moment de la formation des dents et une cartographie fine a été établie. Trois ARFspotentiellement répresseurs ARF1, ARF3, ARF18 et trois activateurs ARF5, ARF6, ARF8 ont été identifiéscomme étant exprimés dans la zone dent/sinus. La modification de leurs profils d’expression dans des formesde feuilles modifiées par des variations d’expression de CUC2 a également été étudiée. Afin de déterminer sices ARFs sont impliqués dans la morphogénèse foliaire et plus particulièrement dans l’initiation des dents, lesimple mutant arf5-2/mpS319, et les doubles mutants arf6-2 arf8-3, arf1-5 arf3-1, arf1-5 arf18-2 et arf3-1arf18-2 ont été générés et analysés. Les feuilles matures du mutant nul arf5-2/ mpS319 présentent une tailleplus importante que celles de Col-0, suggérant que ARF5 serait impliqué dans l’expansion cellulaire. / Auxin is essential for plant development, more particularly by participating in cellular division andexpansion. Transcription of auxin response genes is allowed by the auxin signaling pathway involving the F-boxTIR1/AFBs proteins associated to ubiquitin ligase E3, which can interact with the AUX/IAA repressors in thepresence of auxin to trigger their degradation and activate transcription of early auxin response genes involvingthe Auxin Response Factors (ARF). At the leaf margin, an auxin maximum resulting from the transport of auxinmediated by the auxin efflux carrier PIN1 is required for teeth formation. The transcription factor CUC2 thatdefines boundary domains, somehow redirects PIN1 to create a convergent flux to the apex of the tooth. Auxinrepresses CUC2 thus limiting its expression to the sinus. In Arabidopsis, the actors of the auxin signalingpathway involved in leaf serration are unknown.In this thesis, the expression profiles of ARFs genes have been investigated in young leaves of Arabidopsis, morespecifically during teeth formation and a detailed map was built. Three ARFs acting as putative repressors ARF1,ARF3 and ARF18 and three activators ARF5, ARF6 and ARF8 were identified as been expressed in thesinus/teeth area. Their expression profiles were also studied in leaves exhibiting modified shapes as a result ofvariations in CUC2 expression. To determine if these ARFs are involved in leaf morphogenesis and moreparticularly in tooth initiation, the arf5-2 null mutant and the double null mutants arf6-2 arf8-3, arf1-5 arf3-1,arf1-5 arf18-2 and arf3-1 arf18-2 were generated and serration was analyzed. Length of arf5-2 mature leaves islonger than the wild type, suggesting that ARF5 could be involved in cell expansion.

La variabilité est une propriété intrinsèque aux systèmes biologiques, essentielle pour l'évolution et l'embryogénèse. Souvent considérée comme du bruit, ce n'est que récemment que l'aléatoire des processus biologiques a commencé à être systématiquement étudié. Cette thèse pose les questions suivantes : qu'est-ce qu'un développement normal ? Quel est l'étendue et le rôle de la variabilité dans la robustesse et la résilience du développement embryonnaire ?Ces questions sont posées pour le lapin (Oryctolagus cuniculus) et l'oursin (Paracentrotus lividus et Sphaerechinus granularis).Nous nous sommes aussi intéressé à la quantification du déterminisme de la variabilité embryonnaire à l'aide d'oursins jumeaux et de lapins clonés.La mesure des comportements cellulaires est effectuée sur des lignages cellulaires obtenus à partir d'imagerie 3D+temps. Nous montrons que les oursins jumeaux peuvent se développer selon trois phénotypes différents, jamais observés chez le normal, avant de converger vers une blastula d'apparence normale. De plus, les comparaisons entre et au sein des pairs de jumeaux montrent que le phénotype et la survie ne dépend que de l'histoire individuelle des embryos.Nos mesures quantitatives des pairs de jumeaux amènent des questions ouvrant de nouveaux horizons de recherche : les jumeaux sont-ils robustes ou résilient ?Le développement pré-implantatoire des lapins a été étudié sur cinq embryons numériques (trois sauvages et deux clones), du stade 32-cellules à l'éclosion.Nous montrons que les divisions asymétriques internes et externes régulent la variation du nombre de cellules internes ainsi que la taille de la masse cellulaire.De plus, la variation du nombre de cellules internes est plus grande que pour les cellules externes, ce qui semble directement lié au taux de morts cellulaires.Notre hypothèse est que le potentiel de bon développement des clones est assuré par une grande plasticité épigénétique des cellules donneuses.Ce travail espère définir des méthodes et des concepts fondateurs pour une exploration quantitative et une modélisation multi-échelle de la morphogénèse animale. / Variability is an intrinsic characteristic of biological systems, essential for evolution and embryogenesis.Considered as noise for centuries, it is only recently that the stochasticity of biological processes has began to be systematically explored.The present thesis addresses the following questions: What is a normal development?What is the extent and role of variability in developmental robustness and resilience?We tackle these issues in rabbit (Oryctolagus cuniculus) and sea urchin (Paracentrotus lividus and Sphaerechinus granularis).We also aimed to quantify determinism and stochasticity of developmental variability by means of sea urchin twins and cloned rabbits.Variations in cell behaviors were investigated through reconstruction of cell lineage from 3D+time imaging.We showed that sea urchin twins can follow three different developmental paths never observed in normal embryo, before converging to normal looking blastula.Moreover, comparisons between and within pairs of twins revealed that phenotype and survival depend on individual history alone.Our quantitative observation of twin pairs raises question opening a future line of research: are twins robust or resilient?Rabbit preimplantation development was explored with five digital specimens (three wild-types and two clones) from the 32-cell stage to hatching.We showed that inner and outer asymmetric divisions regulate the variation of inner cell number and may control inner cell mass size.In addition, the variation of inner cell number in clones is higher than outer cells which seems to be directly correlated to their cell death ratio.Our current hypothesis is that the potential to lead to viable clones requires plasticity of donor's epigenetic state.This work is expected to ground concepts and methods for a quantitative exploration and further multilevel modeling of morphogenetic processes.

L’espèce Astyanax mexicanus est composée de deux morphotypes de poissons radicalement différents : le très classique poisson de surface vivant dans des rivières et le poisson cavernicole (CF, cavefish) aveugle et dépigmenté. Ces deux morphotypes diffèrent sur de nombreux aspects, aussi bien en termes de modalités sensorielles, qu’en termes de physiologie ou de comportement. L’approche « Evo-Devo » consiste à tenter de relier des différences développementales précoces à des modifications phénotypiques plus tardives. Dans le cadre de ce travail, nous nous sommes concentrés sur les modifications précoces de l’hypothalamus et de l’œil du CF. Nous montrons que des modifications précoces de signalisation de morphogènes tels que Shh ou Fgf conduisent à une modification de la taille des groupes de neurones peptidergiques au sein de l’hypothalamus, via les facteurs de transcription Lhx, impliqués dans la spécification neuronale. Plus particulièrement, nous montrons l’augmentation de taille des groupes de neurones NPY ainsi qu’hypocretine, qui à son tour provoque une réduction du sommeil chez le CF.Nous nous sommes aussi intéressés à l’oeil du CF, qui commence par se développer avant de dégénérer. Une réduction du quadrant ventral de la rétine avait été précédemment décrit. Nous rafinons cette description grâce à une étude de la régionalisation de la coupe optique du CF qui suggère une réduction de la rétine temporale plus spécifiquement. Nous proposons également une première description de la morphogénèse de l’oeil du CF grace à l’imagerie live de lignées transgéniques fluorescentes. Cette étude révèle un défaut d’invagination de la coupe optique chez le CF. Globalement, ce travail ouvre la voie vers une meilleure compréhension de l’évolution de la tête du CF. / Astyanax mexicanus is a fish species comprising two strikingly different morphotypes : the classical river-dwelling surface fish and the blind depigmented cavefish. These two morphs differ in many aspects in terms of sensorial modalities, physiology and behaviour. In the Evo-Devo approach, we try to link early developmental differences to later phenotypic modifications. Here we focus on the early modification of the hypothalamus and the eye of the cavefish. We show that early signalling modification of morphogens such as Shh or Fgfs lead to the modification of neuropeptidergic clusters in the hypothalamus via the neuronal fate-specifying transcription factors Lhx. More particularly, we show an increase in NPY and hypocretin cluster size. In turn, this increased hypocretin cluster size triggers a reduction of sleep in the cavefish larva.We also examine the embryonic eye of the cavefish which first develops before degenerating. This eye was previously reported to have a reduced ventral retina. We refine this description by studying the regionalisation of the cavefish optic cup and suggest that this reduction concerns more specifically the temporal retina. We also attempt a first description of the cavefish eye morphogenesis by live imaging on fluorescent transgenic lines. This description reveals a defect in the optic cup invagination of the cavefish. Overall, this work started deciphering the developmental evolution of the cavefish head.

La morphogénèse des ovocoques, dont fait partie le pathogène humain Streptococcus pneumoniae, implique des processus d’élongation et de division associés à la synthèse de la paroi bactérienne. Le composant majeur de cette paroi est le peptidoglycane, un polymère de sucre réticulé par des chaines peptidiques, qui confère la forme de la bactérie et est essentiel à sa survie. La synthèse de peptidoglycane nécessaire à l’élongation et la division bactérienne est effectuée par des complexes protéiques appelés respectivement « élongasome » et « divisome ». Les mécanismes d’assemblage et l’activité de ces complexes dans la cellule bactérienne restent encore non élucidés. Pour imager l’activité des complexes de synthèse du peptidoglycane in vivo à l’échelle du nanomètre, j’ai développé une méthode faisant appel à des dérivés de D-amino acides, à la chimie click et à la microscopie de localisation de molécules uniques (dSTORM ou direct Stochastic reconstruction microscopy). Cette méthode a permis d’obtenir des images à une résolution d’environ 20 nm, révélant des aspects inattendus de la synthèse du peptidoglycane et remettant en question le rôle de certaines protéines dans la morphogenèse du pneumocoque. En combinant ces observations avec les données de la littérature, un modèle simplifié de la morphogénèse des ovocoques est proposé. / The morphogenesis of ovovcocci, which include the human pathogen Streptococcus pneumoniae, involves elongation and division processes associated with cell wall synthesis. The main component of the cell wall is the peptidoglycan, a polymer made of glycan chains cross-linked by peptide chains, which confers the bacterial shape and is essential for cell survival. Peptidoglycan synthesis required for cell elongation and division is performed by large protein complexes called “elongasome” and “divisome”, respectively. The assembly mechanisms and activity of these complexes in the bacterial cell remain mysterious. To image the activity of the peptidoglycan synthesis complexes in vivo at the nanoscale, I developed a method combining D-amino acid derivatives, click chemistry and single-molecule localization microscopy (dSTORM or direct Stochastic reconstruction microscopy). This method allowed obtaining images at a resolution of about 20 nm resolution, revealing unexpected features of peptidoglycan synthesis and challenging the role of some proteins in pneumococcus morphogenesis. By combining these observations with data from the literature, a simplified model of ovococci morphogenesis is proposed.

Le bassin supérieur de l’oued Djemaa qui fait partie de la montagne du Djurdjura est affecté par une importante morphogenèse. Les mouvements de terrain présentent une grande variété dans le secteur d’étude et jouent un rôle prépondérant dans l’évolution des versants. L’étude géomophologique détaillée, une enquête auprès des populations locales, des analyses géotechniques et l’analyse sédimentologique des formations déplacées nous ont permis de faire une typologie des mouvements de terrain et de dégager les facteurs de leur développement et de leur localisation. Les fortes précipitations d’hiver et de printemps sont à l’origine de tous les mouvements de terrain et des ravinements, mais l’exposition et la lithologie permettent de comprendre les formes différentes rencontrées sur les adrets et sur les ubacs. Les activités humaines jouent un rôle croissant dans l’accélération de la morphogenèse. Dans cette étude, un système d’Information Géographique a été utilisé pour produire les cartes des risques de dégradation du milieu qui sont des outils pour la planification et la gestion de l’utilisation du sol dans le bassin supérieur de l’oued Djemaa. Il permet de croiser la vulnérabilité avec l’aléa. Le résultat de ces croisements que nous avons codifiés débouche sur une carte globale de niveaux de risque / The upper basin of the oued Djemaa which includes to the mountain of Djurdjura is affected by an important morphogenesis. The ground movements introduces a large variety in the study area and play a preponderant role in the evolution of mountainsides. The geomorphology detailed study an investigation into the local populations, geotechtonic and analyses it sedimentology of displaced trainings allows us to do ground typology movement and to chow theire development factors and their location. The big rainfalls of winter and sprinter are the origin of these ground movements and gully erosions, but exposition and lithology allow to understand different forms on northern and southern slope. Human activities play more and more an important role in morphogenesis acceleration. In this study, a geographical information system has been used to provide degradation maps of risks of which are tools for planning and management of soil using in the upper basin of the oued Djemaa. He allows to cross vulnerability witch vagary. The result of these crossroads which we codified results in a total map of risk levels

Cette thèse vise l’élaboration d’un cadre d’analyse des conduites motrices des élèves engagés dans une tâche motrice en EPS. Cet objectif s’ancre dans le constat d’un déficit de connaissances des enseignants d’EPS en matière de lecture de la motricité des élèves et de guidage de leurs apprentissages. En appui sur le constat que les enseignants experts perçoivent les conduites motrices des élèves indissociablement comme forme et sens, le cadre de la Gestalttheorie a été retenu pour considérer ces conduites comme des totalités dynamiques et signifiantes. L’ancrage phénoménologique de la Gestalttheorie a conduit à recueillir deux types de données empiriques sur le terrain de l’enseignement de trois APSA (gymnastique, natation et danse) : a) des données descriptives de type morphologique, relatives aux formes de corps et de mouvements corporels donnés à voir par les élèves ; b) des données interprétatives relatives à leur expérience vécue, obtenues, d’une part, en faisant des inférences sur le sens de cette expérience à partir des formes observées et, d’autre part, en utilisant la rétroaction vidéo dans l’esprit de l’explicitation psychophénoménologique pour conduire des entretiens avec les participants. Le traitement des données a permis de faire émerger des catégories fonctionnelles de la motricité de deux ordres : des catégories infraintentionnelles et des catégories intentionnelles. Le « remplissement » de ces catégories au fil des trois études présentées, ainsi que leur mise en relation dans la structure d’ensemble que représente la conduite motrice comme gestalt, ont permis d’établir une lecture compréhensive de l’organisation motrice des participants et de mettre en évidence la cohérence de « comportements privilégiés », c’est-à-dire des conduites motrices momentanément adossées certes à un certain « vouloir », mais indissociablement à un certain « pouvoir » actuels. Les résultats montrent qu’avec l’augmentation du degré d’élaboration de l’organisation motrice, les différentes fonctions considérées pour l’analyse s’intègrent de plus en plus dans une unité fonctionnelle fédérée par une visée intentionnelle polarisée par la finalité de l’action. La synthèse des résultats montre la possibilité de baliser des éléments d’une morphogenèse des conduites motrices, dont un aspect générique saillant converge avec le principe de concrétisation énoncé par Simondon à propos des objets techniques en général. / This thesis aims to elaborate an analytical framework of pupil motor skills when takingpart in motor skills tasks in a Physical Education class. The fundamental reasoning behind thisstudy is the observation of a general lack of understanding among P.E. teachers of how tointerpret pupils’ motor skills and how to best guide pupils’ learning. Considering also theobservation that specialist Physical Education teachers perceive pupils’ motor skills as aninseparable item in both form and meaning, the Gestalttheory framework has been used toconsider these skills as dynamic and meaningful totalities. The phenomenological basis ofGestalt theory led us to collect two sorts of empirical data in fieldwork when teaching threeactivities (gymnastics, swimming and dance): a) descriptive data of a morphological type,relative to the corporeal forms and body movement made by the pupils ; b) interpretive datarelative to their actual experiences, obtained, on the one hand, by making inferences tomeaning of these experiences based on the forms observed and, on the other hand, by usingvideo replays as in a psycho-phenomenological explication to conduct interviews with theparticipants.The processing of this data allowed us to show the existence of two functional categoriesof motor skills : infra-intentional and intentional categories. The “completion” of thesecategories during the three studies mentioned, as well as the connection with the overallstructure which shows motor skills as essentially Gestalt, enabled us to establishcomprehensive understanding of the participants’ motor organisation and to underline thecoherence of “privileged behaviour”, in other words motor skills linked, be it momentarily, toa certain current “desire” but also inseparable from a certain current “ability”. The resultsshow that as the degree of elaboration of motor skills increases, the different functions studiedare constantly integrated into a functional unit mobilised by focalising an intention polarisedby the final result of the action. The synthesis of the results gives us the possibility to markout the elements of motor skills morphogenesis, whose most salient generic aspect is theconvergence with the principle of concretisation as stated by Simondon in reference totechnical objects in general.

Le travail présenté dans ce manuscrit est l'aboutissement de trois différents projets sur le couplage entre la mécanique et la croissance. Le premier chapitre est une revue concernant la mécanique et l'élongation des cellules à parois, où l'accent est placé sur les travaux numériques. Le deuxième chapitre présente quelques modèles de la mécanique du développement avec plus de détails techniques. Le troisième chapitre est une étude de l'établissement et de la stabilisation de la polarité chez les spores de la levure à fission, un phénomène qui repose sur un couplage entre mécanique, polarité, et croissance. Le quatrième chapitre est une étude numérique d'un modèle chimio-mécanique de phyllotaxie chez les plantes. Les motifs d'hormone de croissance sont créés par l'intermédiaire d'une rétro-action entre la mécanique des cellules et le transport polaire de cette hormone. Nous nous sommes demandé si le champ à l'origine de la rétro-action est la déformation ou la contrainte, une question ignorée dans la plupart des travaux sur le couplage entre mécanique et biochimie. Le cinquième chapitre concerne aussi un couplage entre polarité et mécanique. Nous étudions la manière dont la contrainte générée par la croissance ou la courbure des tissus peut se substituer aux indications géométriques qui orientent les divisions cellulaires à l'apex de la tige. / The work presented here is the result of three different projects about the coupling of mechanics and growth. The first chapter is a review about mechanics and elongation of walled cells, focused on the computational studies. The second chapter presents some models of the mechanics of development with more technical details. The third chapter is a study of the establishment and stabilization of polarity in fission yeast spores, a phenomenon that relies on a coupling between mechanics, polarity, and growth. The fourth chapter is the computational study of a chemomechanical model of plant phyllotaxis. Patterns of growth hormone are achieved thanks to a feedback with cell mechanics and polar transport. We focused our attention on the question of stress- or strain-sensing, ignored in most other studies of the interaction between biochemistry and mechanics. The fifth chapter is also about a coupling between polarity and mechanics. We investigate how the mechanical stress generated by growth or curvature of the tissues can override the geometrical cues to orient the cell divisions in the shoot apical meristem.

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.