Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:21Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-03-14Bitstream added on 2014-06-13T20:16:36Z : No. of bitstreams: 1 pedro_hsp_me_sjrp.pdf: 1004378 bytes, checksum: d89276d95fd4738ef5918762497df5ea (MD5) / São José do Rio Preto (SJRP), localizada na região Noroeste do Estado de São Paulo, Sudeste do Brasil, é considerada Município prioritário pelo Programa Nacional de Controle da Tuberculose e da AIDS. O objetivo deste trabalho foi avaliar retrospectivamente pacientes infectados pelo HIV com pelo menos um isolamento de Mycobacterium sp., atendidos em unidades de saúde de referência de SJRP e região, bem como descrever seus aspectos clínicos e sócio–demográficos. Foram avaliados no período de janeiro de 2000 a dezembro de 2006, 198 indivíduos soropositivos para o HIV com culturas positivas no Instituto Adolfo Lutz de SJRP. Houve uma correlação positiva entre a tuberculose e o registro de detenção (p=0.021). O uso do tabaco reduziu o tempo de vida entre o diagnóstico e o óbito (p=0.05). Houve associação entre o isolamento de M. tuberculosis (MT) e os níveis de linfócitos TCD4+ bem como o achado difuso para RX de tórax (p=0.014 e 0.000, respectivamente). Aproximadamente 11% de todas as cepas de MT mostraram resistência a pelo menos uma droga, enquanto 3.1% foram multiresistentes. Micobactérias não tuberculosas (MNT) totalizaram 35.19% de todos os isolamentos e a maioria das espécies pertence ao complexo Mycobacterium avium (MAC; 22.3%), seguido por M. fortuitum (5.2%) e M.gordonae (3.1%). Conclui-se que a população HIV estudada tem alta prevalência de colonização por MNT. Em um país com extensão continental como o Brasil, o conhecimento das diferenças regionais na distribuição de MNT em populações infectadas pelo HIV pode contribuir para o controle e tratamento dessas infecções oportunistas. / São José do Rio Preto city (SJRP), Northwestern São Paulo State, Southeast Brazil, is considered “priority” by the National Programs of Tuberculosis and AIDS Control. Our purpose was to retrospectively evaluate Mycobacterium sp. isolated from HIV-infected patients attending the HIV/TB reference health care units from SJRP and region, as well as to describe their clinical and socio-demographic aspects. One hundred and ninetyeigth HIV-seropositive individuals provided 287 positives cultures from January 2000 to December 2006. There was a positive correlation between tuberculosis and prison record (p=0.021) and tobacco use reduced the mean lifetime from tuberculosis diagnosis to obit (p = 0.05). TCD4+ levels and a diffuse chest X-ray finding were associated to Mycobacterium tuberculosis (MT) isolation (p = 0.014 and 0.000, respectively). Approximately eleven percent of all MT strains showed resistance to at least one drug while 3.1% were multidrug resistant. Non-tuberculous mycobacteria (NTM) totalized 35.19% of all species and the most frequently isolated ones were Mycobacterium avium complex (MAC; 22.3%), M. fortuitum (5.2%) and M. gordonae (3.1%). We conclude that the HIV-infected population studied has a high prevalence of NTM colonization. In a wide country like Brazil, regional differences on NTM distribution in HIV-infected individuals must be further evaluated in order to improve control and treatment of these opportunistic infections.

Made available in DSpace on 2016-06-02T19:31:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissKYK.pdf: 979832 bytes, checksum: b4f8dd12d53ca1f1f19852dfb9661856 (MD5) Previous issue date: 2006-04-24 / Financiadora de Estudos e Projetos / Fifty-nine water samples from Feijão River, Monjolinho River and the Water Treatment Station (SAAE) were analyzed, and 51 were positive for mycobacteria. Concerning the two procedures of decontamination, we obtained 83.0% of positive samples isolated with sulfuric acid and 39.0% with cetylpyridinium chloride. We recovered 425 strains of mycobacteria, and 402 were characterized concerning growth rate and pigment production. In drinking water samples there were predominance of mycobacteria with slow growth, wherein 66.7% were scotochromogenics species and 47.5% were identified as M. lentiflavum. The identification was done through biochemical tests and phenotypics features (classical methodology), micolic acid analyses by thinlayer chromatography (TLC) and PCR-Restriction Analysis (PRA). Through the classical methodology associated to TLC 33.3% of the mycobacteria were identified and 18 species were defined. From the 402 mycobacteria 93 strains were selected and submitted to PRA, being 35 identified by the classical and molecular methodology, 51 only identified by PRA and 40% remained obscure concerned identification. The PRA pattern 440 in BstEII and 130/110 in HaeIII was defined as M. new. This pattern was found for 24 strains. For an accurate identification, the association of different methodologies is necessary. / Foram analisadas 59 amostras de água provenientes do Ribeirão do Feijão, Rio do Monjolinho e da Estação de Tratamento de Água (SAAE), das quais 51 foram positivas para o isolamento de micobactérias. Dos dois procedimentos de descontaminação, obtivemos 83,0% de amostras positivas para isolamento com ácido sulfúrico e 39,0% com cloreto de cetilpiridínio. Houve recuperação de 425 cepas de micobactérias, sendo 402 caracterizadas com relação a velocidade de crescimento e formação de pigmentação. Em amostras de água tratada, houve o predomínio de micobactérias de crescimento lento, sendo que dessas, 66,7% foram espécies escotocromógenas, e 47,5% identificadas como M. lentiflavum. A identificação foi realizada por testes bioquímicos e fenotípicos (metodologia clássica), análise de ácidos micólicos por cromatografia em camada delgada (TLC) e PCR-Restriction Analysis (PRA). Pela metodologia clássica associada ao TLC, foram identificadas 33,3% das micobactérias e definidas 18 espécies. Das 402 micobactérias, 93 foram selecionadas e submetidas ao PRA, sendo 35 identificadas pela metodologia clássica e molecular, 51 identificadas somente pelo PRA e havendo discordância de 40,0% entre as identificações. O padrão de PRA 440 em BstEII e 130/110 em HaeIII foi definido como M. new, sendo obtido em 24 cepas. Para uma identificação acurada, concluímos que é necessária a associação de mais de uma metodologia.

Submitted by AMANDA BONALUME CORDEIRO DE MORAIS null (amandabonalume@gmail.com) on 2017-08-26T23:21:44Z No. of bitstreams: 1 Tese de Doutorado - Amanda Bonalume Cordeiro de Morais.pdf: 1450434 bytes, checksum: f33cf08ef7c061d673fbb609f96c4bb3 (MD5) / Approved for entry into archive by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com) on 2017-08-29T14:13:48Z (GMT) No. of bitstreams: 1 morais_abc_dr_bot.pdf: 1450434 bytes, checksum: f33cf08ef7c061d673fbb609f96c4bb3 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-29T14:13:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 morais_abc_dr_bot.pdf: 1450434 bytes, checksum: f33cf08ef7c061d673fbb609f96c4bb3 (MD5) Previous issue date: 2017-07-14 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Foram investigadas, neste estudo, proteínas associadas à virulência (genes vapA, vapB e vapN) das espécies de Rhodococcus equi e Micobactérias isoladas de 330 linfonodos de catetos (Tayassu tajacu) e queixadas (Tayassu pecari) destinados ao consumo humano. Trinta e seis (10,9%) linhagens de R. equi foram isoladas, 3,3% (11/330) dos linfonodos de queixadas e 7,6% (25/330) dos catetos. Entre os 11 isolados de R. equi das queixadas, 90,9% (n=10/11) foram obtidos de linfonodos mesentéricos e apenas 9,1% (n=1/10) de linfonodo mediastínico. Nos 25 isolados de R. equi dos catetos, 40,0% (10/25) foram obtidos de linfonodos mesentéricos, 36,0% (9/25) de submandibulares e 24,0% (6/25) de mediastínicos. Não foram identificados genes vapA, vapB e vapN entre os isolados de R. equi. Foi isolado Mycobacterium sp. de 3,03% (10/330) do total de linfonodos. Entre os 10 isolados de micobactérias, 60% (n=6/10) dos linfonodos eram de queixadas e 40% (4/10) de catetos. Dez espécies de Mycobacterium foram detectadas por PCR-PRA, com predominância de M. avium tipo 1. O sequenciamento dos genes hsp65 e rpob revelaram micobactérias saprófitas (M. sinense, M. kumamotonense) e potencialmente patogênicas (M. colombiense, M. intracellulare) para humanos e animais. Esta é a primeira descrição de R. equi e / ou espécies de micobactérias identificadas nos linfonodos de espécimes de Tayassuideos. Apesar da ausência de genes Vap, a identificação de R. equi, bem como de micobactérias não tuberculosas e saprófitas, destacam o risco de transmissão desses patógenos das espécies de Tayassuideos para humanos por meio de carne ou produtos à base de carne contaminados com conteúdo de linfonodos, uma vez que R. equi sem plasmídeo de virulência e as espécies de micbactérias descritas aqui já foram relatadas como causas de infecções pulmonares e extrapulmonares em seres humanos imunocompetentes e imunocomprometidos. / Virulence-associated proteins (vapA, vapB and vapN genes) of Rhodococcus equi and Mycobacterium species isolated from 330 lymph nodes of collared peccaries (Tayassu tajacu) and white-lipped peccaries (Tayassu pecari) intended for human consumption were investigated. Thirty-six (10.9%) R. equi strains were isolated, 3.3% (11/330) from white-lipped peccary and 7.6% (25/330) of collared peccary lymph nodes. Among the 11 isolates of R. equi of the white-lipped peccaries, 90.9% (n = 10/11) were obtained from mesenteric lymph nodes and only 9.1% (n = 1/10) of the mediastinal lymph node. In the 25 isolates of R. equi obtained from collared peccaries, 40.0% (10/25) were recovered from mesenteric lymph nodes, 36% (9/25) from submandibular, and 24.0% (6/25) from mediastinal ones. No vapA, vapB, and vapN genes (plasmidless type) were identified among R. equi isolates. Mycobacterium sp. was isolated in 3.03% (10/330) of all lymph nodes analyzed. Among the 10 mycobacterial isolates, 60% (n = 6/10) were from white-lipped peccary, and 40% (4/10) from collared peccary lymph nodes. Ten Mycobacterium species were detected by PCR-PRA, with predominance of M. avium type 1. Sequencing of hsp65 and rpob genes revealed mycobacteria that were saprophytic (M. sinense, M. kumamotonense) and potentially pathogenic (M. colombiense, M. intracellulare) to humans and animals. To our knowledge, this is the first description of R. equi and/or mycobacteria species identified in the lymph nodes of Tayassuid specimens. Despite the absence of Vap genes, the identification of R. equi, as well as nontuberculous and saprophytic mycobacteria highlight the risk of transmission of these pathogens from Tayassuidae species to humans by means of meat or meat products contaminated with lymph node contents, since R. equi plasmidless type and mycobacterial species described here have been reported as causes of pulmonary and extrapulmonary infections both in immunocompetent and immunocompromised humans.

Orientador: Clarice Queico Fujimura Leite / Banca: Clarice Queico Fujimura Leite / Banca: Luiz Augusto do Amaral / Banca: Daisy Nakamura Sato / Banca: Susana Correa de Matos David / Banca: Mariza Landgraf / Resumo: Micobacterias ambientais (MA) ou micobactérias não-tuberculosas (MNT) estão relacionadas a uma grande variedade de doenças em seres humanos. As micobactérias ambientais são saprófitas comumente encontradas em todos os ecossistemas, incluindo água, solo, alimento, poeira e aerósóis. Particularmente, essas micobactérias podem se multiplicar em diferentes fontes de águas, como por exemplo águas de superfície, recreação, residuais, subterrâneas e de torneiras. Sistemas de encanamentos fornecedores de águas são rapidamente colonizados por micobactérias e assim os biofilmes formados nos canos d'água servem como fontes desses microrganismos. Micobactérias são resistentes contra a maioria dos desinfetantes usuais e podem tolerar grandes variações de pH e temperatura, o que lhes permite a permanência nos sistemas de distribuição de água por longos períodos de tempo. O objetivo desse estudo foi isolar e identificar MNT de amostras de água e biofilmes na canalização de água de uma fazenda produtora de leite de búfalas na região de São Carlos-SP e também avaliar a qualidade da água da propriedade por meio da contagem de microrganismos heterotróficos, coliformes totais e termotolerantes e Staphylococcus aureus.Das amostras analisadas, 90,5% das amostras foram classificadas como fora dos padrões em relação a coliformes totais e 69% foram classificadas como fora dos padrões em relação a coliformes termotolerantes. Trinta e duas amostras (76,3%) de um total de 42(100%) apresentaram populações acima de 500 UFC/mL para bactérias heterotróficas. S.aureus foram isolados em 9 amostras (32,14%) de um total de 28(100%). De um total de 33 (100%)MNT isoladas nesse trabalho, 12 (36,36%) foram isoladas de biofilmes presentes nos encanamentos de água da propriedade. Esses isolados foram posteriormente identificados usando a técnica do PRA (PCR- restriction enzyme... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Environmental mycobacteria (EM) or nontuberculosis mycobacteria (NTMs) are implicated in a variety of human diseases. They are common saprophytes in all ecosystems, including water, soil, food, dust, and aerosols. In particular, EM species can multiply in numerous water sources, including wastewater, surface water, recreational water, ground water, and tap water. Piped water supplies are readily colonized by mycobacteria, and thus the biofilm in the water pipes may serve as a reservoir for these organisms. Mycobacteria are resistant against common disinfectants and can tolerate wide ranges of pH and temperature, which allows them to persist in drinking water systems for long periods of time.The aim of this study was to isolate and identify NTMs from water samples and biofilms from a dairy buffalo farm in São Carlos city, State of Sao Paulo and to evaluate the water quality of the farm using heterotrophic, faecal and total coliforms count plates. Results showed that 90.5% of the samples were considered as being out of the standards related to total coliforms and 69% of the samples were classified as being out of the standards related to faecal coliforms. From a total of 42 (100%) samples, 32 (76,3%) presented populations above of 500 CFU/mL for heterotrophic bacteria. S.aureus were isolated in 9 samples (32,14%) from a total of 28(100%).Out of 33(100%) NTMs isolated in this work, 12 (36,36) were isolated from biofilms in water pipes. These isolates were further identified using PRA (PCR- restriction enzyme analysis), as well as 16S rDNA and hsp65 DNA sequencing, and mycolic acids by thin layer chromatography (TLC). Twenty-eighty species (84,84%) were identified as M. gordonae (18 isolates from water samples and 10 from biofilms), 2 (2,06%) M. lentiflavum (biofilms), 2 (2,06%)... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Andréa Baptista Rossit / Banca: Daisy Nakamura Sato / Banca: Silvia Helena Vendramine / Resumo: São José do Rio Preto (SJRP), localizada na região Noroeste do Estado de São Paulo, Sudeste do Brasil, é considerada Município prioritário pelo Programa Nacional de Controle da Tuberculose e da AIDS. O objetivo deste trabalho foi avaliar retrospectivamente pacientes infectados pelo HIV com pelo menos um isolamento de Mycobacterium sp., atendidos em unidades de saúde de referência de SJRP e região, bem como descrever seus aspectos clínicos e sócio-demográficos. Foram avaliados no período de janeiro de 2000 a dezembro de 2006, 198 indivíduos soropositivos para o HIV com culturas positivas no Instituto Adolfo Lutz de SJRP. Houve uma correlação positiva entre a tuberculose e o registro de detenção (p=0.021). O uso do tabaco reduziu o tempo de vida entre o diagnóstico e o óbito (p=0.05). Houve associação entre o isolamento de M. tuberculosis (MT) e os níveis de linfócitos TCD4+ bem como o achado difuso para RX de tórax (p=0.014 e 0.000, respectivamente). Aproximadamente 11% de todas as cepas de MT mostraram resistência a pelo menos uma droga, enquanto 3.1% foram multiresistentes. Micobactérias não tuberculosas (MNT) totalizaram 35.19% de todos os isolamentos e a maioria das espécies pertence ao complexo Mycobacterium avium (MAC; 22.3%), seguido por M. fortuitum (5.2%) e M.gordonae (3.1%). Conclui-se que a população HIV estudada tem alta prevalência de colonização por MNT. Em um país com extensão continental como o Brasil, o conhecimento das diferenças regionais na distribuição de MNT em populações infectadas pelo HIV pode contribuir para o controle e tratamento dessas infecções oportunistas. / Abstract: São José do Rio Preto city (SJRP), Northwestern São Paulo State, Southeast Brazil, is considered "priority" by the National Programs of Tuberculosis and AIDS Control. Our purpose was to retrospectively evaluate Mycobacterium sp. isolated from HIV-infected patients attending the HIV/TB reference health care units from SJRP and region, as well as to describe their clinical and socio-demographic aspects. One hundred and ninetyeigth HIV-seropositive individuals provided 287 positives cultures from January 2000 to December 2006. There was a positive correlation between tuberculosis and prison record (p=0.021) and tobacco use reduced the mean lifetime from tuberculosis diagnosis to obit (p = 0.05). TCD4+ levels and a diffuse chest X-ray finding were associated to Mycobacterium tuberculosis (MT) isolation (p = 0.014 and 0.000, respectively). Approximately eleven percent of all MT strains showed resistance to at least one drug while 3.1% were multidrug resistant. Non-tuberculous mycobacteria (NTM) totalized 35.19% of all species and the most frequently isolated ones were Mycobacterium avium complex (MAC; 22.3%), M. fortuitum (5.2%) and M. gordonae (3.1%). We conclude that the HIV-infected population studied has a high prevalence of NTM colonization. In a wide country like Brazil, regional differences on NTM distribution in HIV-infected individuals must be further evaluated in order to improve control and treatment of these opportunistic infections. / Mestre

Orientador: Paulo José Fortes Villas Bôas / Coorientador: Adriana Polachini do Valle / Resumo: Estima-se que um em cada quatro brasileiros esteja infectado pelo bacilo de Koch, e apenas em 2013, 80 mil casos de tuberculose foram notificados ao Ministério da Saúde, dos quais 6,5 mil foram a óbito. O exame laboratorial para o diagnóstico da tuberculose é feito pelos seguintes métodos tradicionais: Baciloscopia (BAAR) e Cultura, considerada o padrão ouro, porém com um tempo de realização demorado (em torno de oito semanas). A Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) é um método de amplificação de DNA que pode ser útil no diagnóstico diferencial da tuberculose com outras infecções pulmonares. Além disso, a PCR pode confirmar a identificação da micobactéria em materiais clínicos que apresentem uma difícil positividade. Objetivos - Avaliar a positividade de Mycobacterium spp. em diferentes materiais biológicos utilizando a técnica de PCR para os alvos Internal Transcribed Spacer (ITS) 16S-23S rDNA e gene hsp 65. Material e métodos - Cento e trinta materiais biológicos de pacientes com suspeita de tuberculose pulmonar ou extrapulmonar foram investigados para pesquisa de Mycobacterium spp. por ITS-PCR e pesquisa de fragmento do gene hsp65, no período de março de 2012 a abril de 2013. Para identificação das espécies de micobactérias foi utilizada a pesquisa do gene IS6110, e técnica Restriction Enzyme Pattern Analysis (PCR-PRA). Para algumas amostras positivas pela PCR foi realizado o sequenciamento para identificação da espécie. Foram avaliados dados demográficos e condições ass... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: It is estimated that one in every four Brazilians is infected with Koch's bacillus, and just in 2013, eighty thousand cases of tuberculosis were reported to the Department of Health, of which 6.5 million died. The laboratory test for the diagnosis of tuberculosis is made by the following traditional methods: baciloscopy and culture, considered the gold standard, but with a long holding time (around 8 weeks). Polymerase chain reaction (PCR) is a DNA amplification method that can be useful in the differential diagnosis of pulmonary tuberculosis with other infections. In addition, PCR can confirm the identification of mycobacteria in clinical materials that exhibit a difficult positivity. Objectives - To evaluate the positivity of Mycobacterium spp. in different biological materials using the PCR technique for the Internal Transcribed Spacer (ITS) 16S-23S rDNA gene and hsp 65 targets. Materials and Methods - One hundred and thirty biological materials of patients with suspected pulmonary or extrapulmonary tuberculosis were investigated for Mycobacterium tuberculosis spp. by ITS-PCR research and gene fragment hsp65 research, from March 2012 to April 2013. To identify the species of mycobacteria was used the IS6110 gene research and PCR-PRA technique). For some positive samples was performed by PCR sequencing to species identification. They evaluated demographics and associated conditions. The comparison between the techniques was checked by χ² test. The samples surveyed in sput... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Surtos associados às micobactérias de crescimento rápido (MCR) têm sido cada vez mais relatados em todo o mundo, inclusive no Brasil. Entre as MCR, o complexo M. abscessus é o mais patogênico e relacionado a multirresistência. Considerando a importância de investigar as cepas de MCR presentes em nosso Estado, este estudo teve como objetivos avaliar o perfil molecular e de suscetibilidade caracterizando os isolados de MCR encaminhados para o Centro de Referência em Micobactérias do Estado (Instituto de Pesquisas Biológicas - Laboratório Central de Saúde Pública, IPB-LACEN/RS). Além disso, foram avaliados os mecanismos de resistência à FQ conferido pelos genes gyrA e gyrB. Foram encaminhadas para o IPB-LACEN/RS, entre 2007 a 2012, 74 isolados clínicos. No total, 43 isolados relacionados a surto e 31 isolados de MCR não relacionados a surtos foram analisados. Pela técnica de PRA-hsp65 foi possivel identificar 43 isolados como M. abscessus tipo 2, 21 isolados como M. fortuitum tipo 1 e 10 isolados como M. abscessus tipo 1. Através do sequenciamento parcial do gene rpoB, foi confirmada a identificação de M. abscessus tipo 2 como M. abscessus subsp. bolletii, M. abscessus tipo 1 como M. abscessus subsp. abscessus e M. fortuitum tipo 1 como M. fortuitum subsp. fortuitum. Pela técnica de tipagem PFGE todos os isolados de M. abscessus subsp. bolletii apresentaram o mesmo perfil clonal o qual pertence ao clone BRA100, já descrito mundialmente. Os isolados de M. abscessus subsp. abscessus e M. fortuitum subsp. fortuitum apresentaram perfis distintos de PFGE. O perfil de suscetibilidade aos antibióticos foi avaliado por microdiluição em caldo de acordo com CLSI (2011) e, todos os isolados foram sensíveis a amicacina e todos foram resistentes a doxiciclina e sulfametoxazol-trimetoprima. Para M. abscessus subsp. bolletii todos os isolados foram resistentes à ciprofloxacino, moxifloxacino e tobramicina e um padrão de susceptibilidade variável foi observado para cefoxitina (Sensível - 28%, Intermediário - 72%) e claritromicina (Sensível - 86%, Resistentes - 14%). Cabe mencionar que este é o primeiro relato de resistência a claritromicina para o clone BRA100. Para M. abscessus subsp. abscessus e M. fortuitum subsp. fortuitum todos os isolados foram resistentes a claritromicina; já para a cefoxitina e tobramicina um padrão de susceptibilidade variável foi observado. Todos os isolados de M. fortuitum subsp. fortuitum foram sensíveis à ciprofloxacino, em contraste aos isolados de M. abscessus subsp. abscessus que apresentaram 70% de resistência. Todas MCR, resistentes (ou intermediárias) para ciprofloxacino apresentaram uma Ala-83 em GyrA, em contraste com uma Ser-83 em todos os isolados de M. fortuitum subsp. fortuitum sensíveis a ciprofloxacino, mas com perfil de resistência variável a moxifloxacino. Nenhuma diferença foi encontrada em GyrB independentemente do perfil de sensibilidade de MCR. Em conclusão, nosso estudo relata a persistência de um único clone M. abscessus subsp. bolletii BRA100 relacionado aos surtos, altamente resistente, mesmo após a implementação nacional das medidas de controle de infecção para contenção de surtos por MNTs. Também foi possível correlacionar que mutações no aminoácido Ala-83 de GyrA estão diretamente relacionados com a resistência à ciprofloxacino em M. abscessus subsp. abscessus e M. abscessus subsp. bolletii. / Outbreaks associated with rapidly growing mycobacteria (RGM) have been increasingly reported worldwide, including in Brazil. Among RGM, the M. abscessus complex is consider the most pathogenic, besides being related to multidrug resistance. Considering the importance of investigating the RGM strains present in our state, this study aimed to characterize the molecular and susceptibility profile of RGM isolates referred to the Reference Center for Mycobacteria State (Instituto de Pesquisas Biológicas - Laboratório Central de Saúde Pública, IPB-LACEN/RS). Furthermore, the mechanisms of quinolone resistance conferred by gyrA and gyrB genes were evaluated. A total of 74 isolates was sent to IPB-LACEN/RS between 2007 and 2012. Forty-three of the analyzed isolates were related to outbreak and 31 isolates of RGM were unrelated to outbreaks. The technique of PRA- hsp65 identified 43 isolates as M. abscessus type 2, 21 isolates as M. fortuitum type 1 and 10 isolates as M. abscessus type 1. The partial sequencing of the rpoB gene confirmed the identification of M. abscessus type 2 as M. abscessus subsp. bolletii, M. abscessus type 1 as M. abscessus subsp. abscessus and M. fortuitum type 1 and M. fortuitum subsp. fortuitum. PFGE typing technique showed the same clonal profile for all isolates of M. abscessus subsp. bolletii which belongs to clone BRA100, already described worldwide. Isolates of M. abscessus subsp. abscessus and M. fortuitum subsp. fortuitum showed distinct PFGE profiles. The antibiotic susceptibility profile was evaluated by broth microdilution according to CLSI (2011), and all isolates were susceptible to amikacin and resistant to doxycycline and trimethoprimsulfamethoxazole. All isolates of M. abscessus subsp. bolletii were resistant to ciprofloxacin, moxifloxacin and tobramycin and presented variable susceptibility pattern to cefoxitin (Susceptible - 28%, Intermediate - 72%) and clarithromycin (Susceptible - 86%, Resistant - 14%). It is important to mention that this is the first report of clarithromycin resistance for clone BRA100. Strains of M. abscessus subsp. abscessus and M. fortuitum subsp. fortuitum were all resistant to clarithromycin, and presented a variable susceptibility profile to cefoxitin and tobramycin. All isolates of M. fortuitum subsp. fortuitum were susceptible to ciprofloxacin, in contrast to isolates of M. abscessus subsp. abscessus that showed a resistance rate of 70%. All RGM ciprofloxacin non-susceptible presented an Ala-83 in GyrA, contrasting to a Ser-83 in all isolates of M. fortuitum subsp. fortuitum susceptible to ciprofloxacin, however, with a variable resistance profile to moxifloxacin. No difference was found in GyrB, regardless of the RGM susceptible profile. In conclusion, our study reports the persistence of a single clone of M. abscessus subsp. bolletii BRA100 related to outbreak, highly resistant, even after national implementation of infection control measures to contain outbreaks by NTM. It was also possible to correlate that mutations in the amino acid Ala-83 of GyrA are directly related to ciprofloxacin and moxifloxacin resistance in M. abscessus subsp. abscessus and M. abscessus subsp. bolletii.

Introdução: A revisão da literatura disponível no PubMed evidencia que há relatos de surtos de infecções por micobactérias de crescimento rápido ocorridos no Brasil, mas não há dados nacionais que permitam orientar o tratamento empírico até que o perfil de sensibilidade e a identificação da espécie estejam disponíveis. Não há estudo nacional com amostragem significativa de M. fortuitum nem tampouco análise da relação clonal entre isolados de vários pontos do território nacional. Este trabalho pretende trazer contribuições quanto ao entendimento da disseminação de clones de M. fortuitum no Brasil, assim como o perfil de sensibilidade dessa espécie no Brasil. Material e métodos: Foram utilizadas no estudo 121 isolados pertencentes ao banco de micobactérias do Fleury Medicina e Saúde, referentes ao período de janeiro de 2001 a dezembro de 2010. A identificação da espécie for determinada por sequenciamento parcial do gene rpoB, a clonalidade foi avaliada por eletroforese em campos alternados e a susceptibilidade antimicrobiana foi avaliada utilizando-se placas de microdiluição RAPMYCOI. Resultados e conclusões: Foram detectados três grupos clonais, sendo dois presentes na cidade de Campinas e o terceiro na cidade de Florianópolis. Foi observada a persistência do grupo clonal MFBRA2 na cidade de Campinas por seis anos. A maioria dos casos isolados em diferentes estados brasileiros pertence a grupos clonais distintos. O índice de similaridade de Dice mínimo para a identificação de um grupo clonal de M. fortuitum ao analisar fragmentos de restrição gerados por XbaI deve ser de 98%. Todos os isolados testados foram sensíveis à amicacina, tigeciclina, imipenem, ciprofloxacina, moxifloxacina, sulfametoxazol-trimetoprim e linezolida, o que permite seu uso no tratamento empírico das infecções por M. fortuitum. Houve uma baixa taxa de sensibilidade à doxiciclina o que não subsidia seu uso em tratamento empírico. A taxa de sensibilidade de 89% para claritromicina não permite seu uso empírico no tratamento das infecções por M. fortuitum. / Introduction: The literature available on PubMed shows that there are reports of outbreaks of infections caused by rapidly growing mycobacteria occurred in Brazil, but there is no national data to guide empiric treatment until the susceptibility profile and identification of the species are available. No national study of significant sample of M. fortuitum nor analysis of the clonal relationship between isolates from various parts of the country. This work aims to bring contributions to the understanding of the spread of clones of M. fortuitum in Brazil, as well as the susceptibility pattern of this species in Brazil. Material and methods: We studied 121 isolates belonging to the mycobacteria collection from Fleury Medicina e Saúde, collected during the period from January 2001 to December 2010. Species identification was determined by partial sequencing of the rpoB gene, clonality was assessed by pulsed field gel electrophoresis and antimicrobial susceptibility was assessed using microdilution plates RAPMYCOI. Results and conclusions: There were three clonal groups, with two present in the city of Campinas and the third in Florianopolis. We observed the persistence of the clonal group MFBRA2 in Campinas for six years. Most cases isolated in different Brazilian states belong to different clonal groups. Our data indicate that Dice\'s similarity index for identification of a M. fortuitum clonal group should be at least 98% when analyzing restriction fragments generated by XbaI. All isolates tested were susceptible to amikacin, tigecycline, imipenem, ciprofloxacin, moxifloxacin, linezolid, and trimethoprim-sulfamethoxazole, which allows its use in the empirical treatment of infections caused by M. fortuitum. There was a low sensitivity to doxicycline which does not subsidize its use in empiric treatment. The rate of 89% sensitivity does not allow the empirical use of clarithromycin in the treatment of infections caused by M. fortuitum.

Surtos associados às micobactérias de crescimento rápido (MCR) têm sido cada vez mais relatados em todo o mundo, inclusive no Brasil. Entre as MCR, o complexo M. abscessus é o mais patogênico e relacionado a multirresistência. Considerando a importância de investigar as cepas de MCR presentes em nosso Estado, este estudo teve como objetivos avaliar o perfil molecular e de suscetibilidade caracterizando os isolados de MCR encaminhados para o Centro de Referência em Micobactérias do Estado (Instituto de Pesquisas Biológicas - Laboratório Central de Saúde Pública, IPB-LACEN/RS). Além disso, foram avaliados os mecanismos de resistência à FQ conferido pelos genes gyrA e gyrB. Foram encaminhadas para o IPB-LACEN/RS, entre 2007 a 2012, 74 isolados clínicos. No total, 43 isolados relacionados a surto e 31 isolados de MCR não relacionados a surtos foram analisados. Pela técnica de PRA-hsp65 foi possivel identificar 43 isolados como M. abscessus tipo 2, 21 isolados como M. fortuitum tipo 1 e 10 isolados como M. abscessus tipo 1. Através do sequenciamento parcial do gene rpoB, foi confirmada a identificação de M. abscessus tipo 2 como M. abscessus subsp. bolletii, M. abscessus tipo 1 como M. abscessus subsp. abscessus e M. fortuitum tipo 1 como M. fortuitum subsp. fortuitum. Pela técnica de tipagem PFGE todos os isolados de M. abscessus subsp. bolletii apresentaram o mesmo perfil clonal o qual pertence ao clone BRA100, já descrito mundialmente. Os isolados de M. abscessus subsp. abscessus e M. fortuitum subsp. fortuitum apresentaram perfis distintos de PFGE. O perfil de suscetibilidade aos antibióticos foi avaliado por microdiluição em caldo de acordo com CLSI (2011) e, todos os isolados foram sensíveis a amicacina e todos foram resistentes a doxiciclina e sulfametoxazol-trimetoprima. Para M. abscessus subsp. bolletii todos os isolados foram resistentes à ciprofloxacino, moxifloxacino e tobramicina e um padrão de susceptibilidade variável foi observado para cefoxitina (Sensível - 28%, Intermediário - 72%) e claritromicina (Sensível - 86%, Resistentes - 14%). Cabe mencionar que este é o primeiro relato de resistência a claritromicina para o clone BRA100. Para M. abscessus subsp. abscessus e M. fortuitum subsp. fortuitum todos os isolados foram resistentes a claritromicina; já para a cefoxitina e tobramicina um padrão de susceptibilidade variável foi observado. Todos os isolados de M. fortuitum subsp. fortuitum foram sensíveis à ciprofloxacino, em contraste aos isolados de M. abscessus subsp. abscessus que apresentaram 70% de resistência. Todas MCR, resistentes (ou intermediárias) para ciprofloxacino apresentaram uma Ala-83 em GyrA, em contraste com uma Ser-83 em todos os isolados de M. fortuitum subsp. fortuitum sensíveis a ciprofloxacino, mas com perfil de resistência variável a moxifloxacino. Nenhuma diferença foi encontrada em GyrB independentemente do perfil de sensibilidade de MCR. Em conclusão, nosso estudo relata a persistência de um único clone M. abscessus subsp. bolletii BRA100 relacionado aos surtos, altamente resistente, mesmo após a implementação nacional das medidas de controle de infecção para contenção de surtos por MNTs. Também foi possível correlacionar que mutações no aminoácido Ala-83 de GyrA estão diretamente relacionados com a resistência à ciprofloxacino em M. abscessus subsp. abscessus e M. abscessus subsp. bolletii. / Outbreaks associated with rapidly growing mycobacteria (RGM) have been increasingly reported worldwide, including in Brazil. Among RGM, the M. abscessus complex is consider the most pathogenic, besides being related to multidrug resistance. Considering the importance of investigating the RGM strains present in our state, this study aimed to characterize the molecular and susceptibility profile of RGM isolates referred to the Reference Center for Mycobacteria State (Instituto de Pesquisas Biológicas - Laboratório Central de Saúde Pública, IPB-LACEN/RS). Furthermore, the mechanisms of quinolone resistance conferred by gyrA and gyrB genes were evaluated. A total of 74 isolates was sent to IPB-LACEN/RS between 2007 and 2012. Forty-three of the analyzed isolates were related to outbreak and 31 isolates of RGM were unrelated to outbreaks. The technique of PRA- hsp65 identified 43 isolates as M. abscessus type 2, 21 isolates as M. fortuitum type 1 and 10 isolates as M. abscessus type 1. The partial sequencing of the rpoB gene confirmed the identification of M. abscessus type 2 as M. abscessus subsp. bolletii, M. abscessus type 1 as M. abscessus subsp. abscessus and M. fortuitum type 1 and M. fortuitum subsp. fortuitum. PFGE typing technique showed the same clonal profile for all isolates of M. abscessus subsp. bolletii which belongs to clone BRA100, already described worldwide. Isolates of M. abscessus subsp. abscessus and M. fortuitum subsp. fortuitum showed distinct PFGE profiles. The antibiotic susceptibility profile was evaluated by broth microdilution according to CLSI (2011), and all isolates were susceptible to amikacin and resistant to doxycycline and trimethoprimsulfamethoxazole. All isolates of M. abscessus subsp. bolletii were resistant to ciprofloxacin, moxifloxacin and tobramycin and presented variable susceptibility pattern to cefoxitin (Susceptible - 28%, Intermediate - 72%) and clarithromycin (Susceptible - 86%, Resistant - 14%). It is important to mention that this is the first report of clarithromycin resistance for clone BRA100. Strains of M. abscessus subsp. abscessus and M. fortuitum subsp. fortuitum were all resistant to clarithromycin, and presented a variable susceptibility profile to cefoxitin and tobramycin. All isolates of M. fortuitum subsp. fortuitum were susceptible to ciprofloxacin, in contrast to isolates of M. abscessus subsp. abscessus that showed a resistance rate of 70%. All RGM ciprofloxacin non-susceptible presented an Ala-83 in GyrA, contrasting to a Ser-83 in all isolates of M. fortuitum subsp. fortuitum susceptible to ciprofloxacin, however, with a variable resistance profile to moxifloxacin. No difference was found in GyrB, regardless of the RGM susceptible profile. In conclusion, our study reports the persistence of a single clone of M. abscessus subsp. bolletii BRA100 related to outbreak, highly resistant, even after national implementation of infection control measures to contain outbreaks by NTM. It was also possible to correlate that mutations in the amino acid Ala-83 of GyrA are directly related to ciprofloxacin and moxifloxacin resistance in M. abscessus subsp. abscessus and M. abscessus subsp. bolletii.

Orientadores: Pablo Agustin Vargas, Oslei Paes de Almeida / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Odontologia de Piracicaba / Made available in DSpace on 2018-08-06T06:22:59Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Silva_AndreiaAparecidada_M.pdf: 1723407 bytes, checksum: 51af57adb05fc46240168f8b36dad6f5 (MD5) Previous issue date: 2006 / Resumo: Introdução: A Micobacteriose (MB) é uma das principais causas de mortes no mundo e sua incidência aumentou significativamente com o surgimento da AIDS. Objetivos: Os objetivos do presente trabalho foram comparar o padrão da resposta inflamatória nas MBs pulmonares (MBP) entre dois grupos (Grupo I: MBP; Grupo II: MBP/AIDS), e caracterizar as espécies de micobactérias através da técnica de PCR. Material e Métodos: Foram selecionados 16 casos de MBP para o grupo I e 59 casos para o grupo II, provenientes de pacientes autopsiados no Departamento de Patologia da FMUSP entre 1975 a 2004. Realizamos colorações de H&E e Ziehl-Neelsen (ZN) para o estudo histopatológico, e para o estudo imunohistoquímico utilizamos anticorpos Anti-BCG, CD4, CD8, CD15, CD20 e CD68. Selecionamos 20 casos de MBP distribuídos igualmente entre os dois grupos para a identificação das espécies M. tuberculosis e M. avium. Resultados: A média de idade do grupo I foi de 28,52 anos + 18, 21 anos e do grupo II foi de 36,2 anos + 10,36 anos. Histopatologicamente observamos o padrão de granulomas bem formados em 15 casos do grupo I, enquanto que no grupo II houve um predomínio de granulomas mal formados. A coloração de ZN foi positiva em 82,35% e 84,75% dos casos para o grupo I e grupo II, respectivamente. A imunohistoquímica para BCG foi positiva em todos os casos de ambos os grupos. O grupo I apresentou uma maior prevalência de linfócitos TCD4 (37,65%), seguido pelos linfócitos TCD8 (26,85%), macrófagos (23,71%), linfócitos B (7,31%) e neutrófilos (4,4%). Já no grupo II observamos um predomínio de macrófagos (50,28%), seguido por linfócitos TCD8 (23,75%), TCD4 (20,05%), linfócitos B (4,47%) e neutrófilos (1,45%). A espécie de M. tuberculosis foi identificada em 8 casos de ambos os grupos. A espécie M. avium foi identificada apenas em 01 caso do grupo II. Conclusão: Com o advento da AIDS houve uma mudança no perfil imunológico da MBP devido à depleção dos linfócitos TCD4. O anticorpo anti-BCG pode ser útil para identificar casos de MB que foram negativos para ZN. A Micobacteriose pulmonar foi causada principalmente por M. tuberculosis em ambos os grupos / Abstract: Introduction: Micobacteriosis (MB) is one of the main causes of deaths around the world and its incidence has been increased significantly with the emergence of the AIDS. Objectives: Our aims were to compare the pattern of the inflammatory response in the pulmonary MBs (PMB) between two groups (Group I: PMB; Group II: PMB/AIDS), and to identify the mycobacterium species using PCR technique.Material and Methods: 16 cases of PMB for group I and 59 cases for group II had been selected from autopsied patients in the Department of Pathology of the FMUSP between 1975 to 2004. We performed H&E and Ziehl-Neelsen (ZN) for the histopathology study, and for the immunohistochemical study we use Anti-BCG antibodies, CD4, CD8, CD15, CD20 and CD68. We select 20 cases of PMB distributed equally in the both groups for the identification of the M. tuberculosis and M. avium. Results: The mean age was 28,52 years + 18, 21 and 36,2 years + 10,36 for the group I and group II, respectively. The histopathology analysis showed well-organized granulomas in 15 cases of the group I, while the group II exhibited a predominance of the poorly organized granulomas. The ZN was positive in 82,35% of the cases in the group I and 84.75% in the group II. The immunohistochemistry for BCG was positive in all cases of the both groups. Group I presented a strong prevalence of TCD4 lymphocytes (37,65%), followed by TCD8 lymphocytes (26,85%), macrophages (23,71%), B lymphocytes (7,31%) and neutrophils (4,4%). The group II displayed a predominance of macrophages (50,28%), followed by TCD8 lymphocytes (23,75%), TCD4 lymphocytes (20,05%), B lymphocytes (4,47%) and neutrophils (1,45%). The species of M. tuberculosis was identified in 8 cases of both the groups. The species of M. avium was only found in one case of the group II. Conclusion: With the advent of the AIDS it had a change in the immunologic profile of the MBP because of the depletion of lymphocytes TCD4. The antibody anti-BCG can be useful to identify cases of PMB that had been negatives for ZN. The PMB was mainly caused by M. tuberculosis in both groups / Mestrado / Patologia / Mestre em Estomatopatologia