Made available in DSpace on 2016-08-17T18:39:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 5345.pdf: 1839849 bytes, checksum: 117cb76c1a10deab4b3e8c9df4d797f3 (MD5) Previous issue date: 2012-03-30 / In Brazil there was an increase of post-surgical infections by rapidly growing mycobacteria, mainly Mycobacterium massiliense, leading the Agency for Sanitary Surveillance (ANVISA) to establish standards for the mandatory notification of cases occurring nationwide. In order to deal with a major public health problem, this study aimed to determine the efficiency of using antimicrobial photodynamic inactivation (PDIa) in Mycobacterium massiliense for future use in the treatment of agent infections. The objective was to test in vitro technique the PDI to control Mycobacterium massiliense to determine the best light dose and concentration of each photosensitizer (FS). To accomplish this search were used two FS: Photogem® and salt Curcumin (N-Methyl-D-Glucominato of Curcumin, 31.8%). As a light source for radiating a BioTable ® operated at 630nm (red light) for Photogem ® and 460nm (blue light) to the salt of curcumin. After the standardized inoculum was added to the sample analyzed in triplicate to a 24 well plate which contained 500μl aliquots of the inoculum +500 μ l of the FS for the study groups tested, and the control group containing 1 ml of inoculum, and five minutes as time incubation (protected from light). After expiration of the irradiation time in accordance with the previously analyzed fluences of the tested groups and subsequent dilution of the sample to the value of 10-5, 100mL sample were plated in triplicate on 7H10 agar + OADC 10% and maintained at 37 for about 5 days with subsequent counting of colony forming units. Based on the results, they showed that FS Photogem ® until the concentration of 1000 μg/Ml was not effective in reducing the number of CFU of M. massiliense. In contrast, the FS Salt Curcumin was effective at concentrations of 1300 μg/Ml with a light dose 50 J/cm2 compared to controls. Thus, these data suggest that the salt FS Curcumin in photodynamic action is a viable alternative for reducing M massiliense when tested in vitro. / No Brasil houve um crescimento de infecções pós-cirúrgicas por micobactérias de crescimento rápido, principalmente por Mycobacterium massiliense, levando a Agência de Vigilância Sanitária (ANVISA) estabelecer normas de notificação obrigatória dos casos ocorridos em todo território nacional. Tendo em vista de se tratar de um grande problema de saúde pública, o presente trabalho visou determinar a eficiência da atividade antimicrobiana utilizando Inativação Fotodinâmica (IFD) em Mycobacterium massiliense para futura utilização no tratamento de infecções por esse agente. O objetivo foi testar in vitro, a técnica da IFD no controle de Mycobacterium massiliense, para determinar a melhor dose de luz e concentração de cada fotossensibilizador (FS). Para realizar esta pesquisa foram utilizados dois FS: Photogem® e Sal de Curcumina (N-Metil-D-Glucominato de Curcumina, a 31,8%). Como fonte de luz para irradiação, uma BioTable® operou em 630nm (luz vermelha) para o Photogem® e em 460nm (luz azul) para o Sal de Curcumina. Após padronizado o inóculo, a amostra analisada foi adicionada em triplicata a uma placa de 24 poços a qual continha alíquotas de 500μl do inoculo +500μl do FS para os grupos de estudos testados, e o grupo controle contendo 1ml do inoculo, tendo 5 minutos como tempo de incubação (protegido da luz). Após decorrido o tempo de irradiação de acordo com as fluências previamente analisadas dos grupos testados e com posterior diluição da amostra até o valor de 10-5, 100μl da amostra foram semeadas em triplicada em placas contendo Agar 7H10 + OADC 10% e mantidas a 37o por aproximadamente 5 dias com posterior contagem das unidades formadoras de colônias. Com base nos resultados obtidos, estes mostraram que o FS Photogem® até a concentração de 1000μg/ml não foi efetivo na redução do número de UFC de M. massiliense. Em contraponto, o FS Sal de Curcumina foi efetivo a partir da concentração de 1300 μg/ml com dose de luz a 50 J/cm2 comparado ao grupo controle. Assim, estes dados sugerem que o FS Sal de Curcumina sob ação fotodinâmica é uma alternativa viável para a redução de M. massiliense quando testadas in vitro.

Submitted by Bruno Giorno Eberhardt (bruno.giorno@agricultura.gov.br) on 2018-04-21T01:40:57Z No. of bitstreams: 1 TESE DOUTORADO - BRUNO GIORNO EBERHARDT.pdf: 3876871 bytes, checksum: 3c2c7eac21349ce401f54a1cb03fae4f (MD5) / Approved for entry into archive by Maria Lucia Martins Frederico null (mlucia@fca.unesp.br) on 2018-04-23T12:55:33Z (GMT) No. of bitstreams: 1 eberhardt_bg_dr_botfca.pdf: 2911225 bytes, checksum: 9f9ad5ea743405838741796482e9ab66 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-04-23T12:55:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 eberhardt_bg_dr_botfca.pdf: 2911225 bytes, checksum: 9f9ad5ea743405838741796482e9ab66 (MD5) Previous issue date: 2018-03-01 / EBERHARDT, B.G. Avaliação de micro-organismos zoonóticos em filés de tilápia do Nilo (Oreochromis niloticus). Botucatu, 2018. 71p. Tese (Doutorado) – Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia, Campus de Botucatu, Universidade Estadual Paulista. RESUMO Cinquenta filés de tilápia do Nilo (Oreochromis niloticus) obtidos em mercado de peixes no município de Ourinhos, Estado de São Paulo, foram analisados quanto à prevalência para Aeromonas hydrophila, Edwardsiella tarda, Mycobacterium spp. e Cianobactérias. Amostras de músculo foram avaliadas por PCR para Aeromonas hydrophila, Edwardsiella tarda e Mycobacterium spp., enquanto que as amostras para cianobactérias foram analisadas por PCR em Tempo Real (qPCR). Os resultados obtidos demonstraram ausência de Aeromonas hydrophila e Edwardsiella tarda nas amostras de filés. A prevalência para Mycobacterium spp. foi de 100% (50/50). Realização posterior de sequenciamento revelou Mycobacterium gordonae. Esta bactéria é considerada um colonizador comum, normalmente não patogênico, porém, há relatos de literatura que demonstram risco de infecção em indivíduos imunossuprimidos e até mesmo imunocompetentes. A taxa de prevalência para cianobactérias foi de 48% (24/50). As cianobactérias (algas azuis) produzem grande quantidade de metabólitos bioativos ou mesmo tóxicos, incluindo toxinas associadas a problemas ambientais e de saúde pública. Considerando a natureza e o papel das cianobactérias como patógenos emergentes, a elevada prevalência deste organismo em um alimento popular como o filé de tilápia do Nilo desperta preocupação, uma vez que os métodos tradicionais de inspeção são incapazes de detectar o patógeno, pelo fato de não provocar alterações macroscópicas nos produtos, bem como pelo potencial de toxicidade para humanos. Entretanto, estudos adicionais são necessários a fim de entender se estes compostos tóxicos estão presentes nos peixes e, caso estejam, se podem sofrer bioacumulação em níveis suficientes para afetar a saúde humana. Palavras-chave: Aeromonas hydrophila, Edwardsiella tarda, Mycobacterium spp, Mycobacterium gordonae, cianobactéria, cianotoxina, tilápia do Nilo, Oreochromis niloticus, diagnóstico. / Fifty fillets of Nile tilapia (Oreochromis niloticus) from a Ourinhos fish market, Sao Paulo State (Southeast Brazil) were analyzed for the prevalence of Aeromonas hydrophila, Edwardsiella tarda, Mycobacterium spp. and cyanobacteria. Muscle samples were evaluated by PCR for Aeromonas hydrophila, Edwardsiella tarda and Mycobacterium spp. Samples for cyanobacteria were analyzed by real time PCR. Both Aeromonas hydrophila and Edwardsiella tarda were not present in fish samples. The prevalence of Mycobacterium spp. was 100% (50/50). Sequencing revealed Mycobacterium gordonae. This agent is usually a ubiquitous and commonly nonpathogenic colonizing organism, although many research publications have reported disease in immunocompromised or even in immunocompetent patients. Prevalence for cyanobacteria was 48% (24/50). Cyanobacteria (blue-green algae) produce a diversity of toxic or otherwise bioactive metabolites, including a number of toxins that have been associated with human and environmental health concerns. Considering the nature and role of cyanobacteria as a pathogen of emerging importance, the high prevalence of this organism in a popular food item such as Nile tilapia raises concern, since no macroscopic alterations can be detected through regular food inspection methods. However, further studies are necessary in order to understand whether these compounds are present in fish and, if so, if they could accumulate sufficiently to affect human health.

Orientador: Andréa Baptista Rossit / Banca: Daisy Nakamura Sato / Banca: Silvia Helena Vendramine / Resumo: São José do Rio Preto (SJRP), localizada na região Noroeste do Estado de São Paulo, Sudeste do Brasil, é considerada Município prioritário pelo Programa Nacional de Controle da Tuberculose e da AIDS. O objetivo deste trabalho foi avaliar retrospectivamente pacientes infectados pelo HIV com pelo menos um isolamento de Mycobacterium sp., atendidos em unidades de saúde de referência de SJRP e região, bem como descrever seus aspectos clínicos e sócio-demográficos. Foram avaliados no período de janeiro de 2000 a dezembro de 2006, 198 indivíduos soropositivos para o HIV com culturas positivas no Instituto Adolfo Lutz de SJRP. Houve uma correlação positiva entre a tuberculose e o registro de detenção (p=0.021). O uso do tabaco reduziu o tempo de vida entre o diagnóstico e o óbito (p=0.05). Houve associação entre o isolamento de M. tuberculosis (MT) e os níveis de linfócitos TCD4+ bem como o achado difuso para RX de tórax (p=0.014 e 0.000, respectivamente). Aproximadamente 11% de todas as cepas de MT mostraram resistência a pelo menos uma droga, enquanto 3.1% foram multiresistentes. Micobactérias não tuberculosas (MNT) totalizaram 35.19% de todos os isolamentos e a maioria das espécies pertence ao complexo Mycobacterium avium (MAC; 22.3%), seguido por M. fortuitum (5.2%) e M.gordonae (3.1%). Conclui-se que a população HIV estudada tem alta prevalência de colonização por MNT. Em um país com extensão continental como o Brasil, o conhecimento das diferenças regionais na distribuição de MNT em populações infectadas pelo HIV pode contribuir para o controle e tratamento dessas infecções oportunistas. / Abstract: São José do Rio Preto city (SJRP), Northwestern São Paulo State, Southeast Brazil, is considered "priority" by the National Programs of Tuberculosis and AIDS Control. Our purpose was to retrospectively evaluate Mycobacterium sp. isolated from HIV-infected patients attending the HIV/TB reference health care units from SJRP and region, as well as to describe their clinical and socio-demographic aspects. One hundred and ninetyeigth HIV-seropositive individuals provided 287 positives cultures from January 2000 to December 2006. There was a positive correlation between tuberculosis and prison record (p=0.021) and tobacco use reduced the mean lifetime from tuberculosis diagnosis to obit (p = 0.05). TCD4+ levels and a diffuse chest X-ray finding were associated to Mycobacterium tuberculosis (MT) isolation (p = 0.014 and 0.000, respectively). Approximately eleven percent of all MT strains showed resistance to at least one drug while 3.1% were multidrug resistant. Non-tuberculous mycobacteria (NTM) totalized 35.19% of all species and the most frequently isolated ones were Mycobacterium avium complex (MAC; 22.3%), M. fortuitum (5.2%) and M. gordonae (3.1%). We conclude that the HIV-infected population studied has a high prevalence of NTM colonization. In a wide country like Brazil, regional differences on NTM distribution in HIV-infected individuals must be further evaluated in order to improve control and treatment of these opportunistic infections. / Mestre

Orientador: Vânia Nieto Brito de Souza / Coorientador: Ana Carla Pereira Latini / Banca: Ângela Maria Vasconcelos de Campos Soares / Banca: Maria Renata Sales Nogueira / Resumo: A hanseníase, causada pelo Mycobacterium leprae, apresenta diferentes quadros clínicos que refletem o perfil de resposta imunológica do hospedeiro. As células dendríticas (DCs) possuem um papel crucial na imunidade por induzirem o desenvolvimento da resposta imune adaptativa, porém a interação do M. leprae com estas células ainda é pouco entendida. Neste estudo buscamos contribuir para o entendimento da geração da resposta imune específica na hanseníase tendo como foco o papel das DCs frente ao M. leprae. DCs foram diferenciadas in vitro a partir de monócitos de pacientes tuberculóides e virchowianos, estimuladas com antígeno sonicado do M. leprae e analisadas quanto à expressão de marcadores de diferenciação e maturação. A expressão de genes de citocinas e receptores foi avaliada por qPCR. Paralelamente, monócitos de indivíduos saudáveis foram pré-incubados com o antígeno sonicado do bacilo e submetidos à diferenciação em DCs e à avaliação dos marcadores de superfície. A diferenciação de monócitos em DCs foi similar entre pacientes e controles saudáveis. A estimulação com o antígeno sonicado do M. leprae levou ao aumento na expressão de CD40, CD80, CD86 e HLA-DR tanto nos pacientes hansenianos como em indivíduos saudáveis. Entretato, este estímulo parece ser insuficiente para a completa ativação das DCs uma vez que não resultou em aumento significativo nos níveis de CD83. A análise da expressão gênica também demonstrou estimulação parcial das DCs pelo M. leprae. A pré-incubação de monócitos com o antígeno sonicado do bacilo comprometeu o processo de diferenciação em DCs e a maturação destas. Em conjunto, nossos resultados sugerem que o antígeno sonicado do M. leprae prejudicou a diferenciação de monócitos em DCs e desencadeou uma ativação incompleta das DCs tanto em pacientes quanto em controles saudáveis o que pode contribuir para os mecanismos de escape do bacilo / Abstract: Leprosy is caused by Mycobacterium leprae and characterized by distinct clinical manifestations that reflect the immune response of the host. Dendritic cells (DCs) play a crucial role in immunity inducing the development of adaptive immune response, however the interaction of DCs with M. leprae is poorly understood. This study aims to contribute to the understanding of the generation of specific immune response in leprosy patients focusing on the role of DCs against the M. leprae. DCs were differentiated in vitro from monocytes of lepromatous and tuberculoid patients, stimulated with sonicated antigen of M. leprae and analyzed for the expression of differentiation and maturation markers. The expression of mRNA to cytokines and receptors was assessed by qPCR. In parallel, monocytes from healthy controls were preincubated with the sonicated antigen of M. leprae, differentiated into DCs and evaluated in respect to the expression of surface markers. Differentiation of monocytes into DCs was similar between patients and healthy controls. After stimulation with sonicated antigen of M. leprae DCs from leprosy patients and healthy controls showed increased expression of CD40, CD80, CD86 and HLA-DR but this stimulation seems to be insufficient for complete activation of DCs since it was not observed an increase in the level of CD83. The analysis of gene expression also showed partial stimulation of DCs by M. leprae. The pre-incubation of monocytes with sonicated antigen of M. leprae resulted in impairment in the differentiation into DCs and maturation. Altogether our results suggest that the sonicated antigen of M. leprae impaired differentiation of monocytes into DCs and triggered an incomplete activation of DCs both in patients and healthy controls that may contribute among the mechanisms of escape used by M. leprae / Mestre

Orientador: Clarice Queico Fujimura Leite / Banca: Paulo Inácio da Costa / Banca: Rosilene Fressatti Cardoso / Banca: Daisy Nakamura Sato / Banca: Eliana Aparecida Varanda / Resumo: O estudo da epidemiologia molecular através de diferentes técnicas vigentes como Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP), Spacer Oligonucleotide Typing (Spoligotyping) e Mycobacterial Interspersed Repetitive Units (MIRU) revolucionou a compreensão da epidemiologia da tuberculose. Foram analisados isolados clínico de pacientes portadores de tuberculose pulmonar no município de Araraquara, entre os anos 2000 e 2006, através de genotipagem por RFLP e Spoligotyping (n=122). A técnica de RFLP permitiu a identificação de um índice de 26,4% de casos de tuberculose proveniente de infecção recente na cidade de Araraquara, no período de 2000 a 2006. Verificou-se relação epidemiológica em cerca de 68% dos casos envolvendo grupos genéticos identificados pelo RFLP. Destaca-se as transmissões intradomiciliares e a moradia em condomínios residenciais do CDHU. A técnica de RFLP permitiu a distinção de dois grandes grupos genéticos, A e B, dentre os isolados de Araraquara. Cerca de 73% dos spoligotipos obtidos foram identificados no Banco Internacional de Spoligotyping SpolDB4, sendo as famílias LAM, T e H as mais predominantes e cerca de 27% dos spoligotipos encontrados apresentaram perfis não descritos no SpolDB4. A associação do RFLP, Spoligotyping e MIRU não foi uma boa ferramenta para a análise genética dos isolados clínicos visando esclarecimentos epidemiológicos. Embora a genotipagem através do RFLP permita uma melhor discriminação entre os isolados bem como uma excelente associação entre amostras relacionadas epidemiologicamente, a técnica de Spoligotyping associada ao MIRU permite uma boa discriminação entre os isolados clínicos, da mesma forma que propicia uma satisfatória correlação entre casos ligados epidemiologicamente / Abstract: Molecular epidemiology study using different current methods such as Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP), Spacer Oligonucleotide Typing (Spoligotyping) and Mycobacterial Interspersed Repetitive Units (MIRU) modified tuberculosis epidemiology comprehension. Clinical isolates from pulmonary tuberculosis patients from Araraquara, between 2000 and 2006, were genotyped through RFLP and Spoligotyping (n=122). RFLP provided the identification of a 26.4% level of tuberculosis cases caused by recent infection in the period. Epidemiologic association were verified in 68% of the cases in clusters identified by RFLP. Intradomiciliary transmissions and living in residential condominiums from CDHU were important factors. RFLP fingerprint provides the distinction of two big genetic groups, A and B, among Araraquara isolates. About 73% of spoligotypes were described in the International Spoligotyping Database SpolDB4 and LAM, T and H families were the most frequent, in the other hand, 27% of spoligotypes had unique profifes not described in SploDB4. RFLP, Spoligotyping and MIRU association was not a good tool to genotype clinical isolates in order to provide epidemiological understandings. Although RFLP fingerprinting allows a better discrimination as well as an excellent association among epidemiological related isolates, Spoligotyping associated with MIRU provides a good discrimination among clinical isolates as well as provides a satisfactory correlation among cases epidemiological connected / Doutor

Orientador: Clarice Queico Fujimura Leite / Banca: Rosilene Fressatti Cardoso / Banca: Henrique Ferreira / Resumo: O estudo da epidemiologia molecular através de diferentes técnicas vigentes revolucionou a compreensão da epidemiologia da tuberculose. A técnica Spoligotyping tem sido extensamente aplicada no estudo da epidemiologia molecular da tuberculose, para abordar estrutura populacional do M. tuberculosis, atentando para identificar principais linhagens e distribuições geográficas. Por outro lado, técnicas moleculares para diferenciar cepas de M. tuberculosis, tais como RFLP e MIRU possibilitam agrupar isolados clínicos de M. tuberculosis provenientes de pacientes que apresentam ligações epidemiológicas, identificando cadeias de transmissão e discriminando os isolados a nível clonal. A presente dissertação objetivou utilizar as técnicas de Spoligotyping e MIRU, para compreender um pouco mais sobre a tuberculose de uma metrópole, avaliando isolados provenientes do Ambulatório do Instituto Clemente Ferreira (referência no tratamento de tuberculose) na cidade de São Paulo. Os isolados clínicos de pacientes atendidos no período de agosto de 2006 a julho de 2008 foram reidentificados pela técnica molecular de PCR, e as cepas identificadas como de M. tuberculosis foram submetidas à genotipagem pelas técnicas de Spoligotyping e MIRU. Foi confirmada a identificação de M. tuberculosis em 93 isolados clínicos pela técnica de PCR-IS6110. No Spoligotyping, do total de 93 isolados, 21 amostras (22,6%) revelaram spoligotipos ainda não descritos na base de dado mundial (SpolDB4, SITVIT e Spotclust) e 51 (54,8%) estavam envolvidos em 12 cluster, 7 diferentes famílias e 36 spoligotipos. A família mais freqüente foi a LAM (26 isolados), seguida de T (24 isolados) e Haarlem (11 isolados), que juntos representaram 65,4% de todos os isolados. Essas 3 famílias representam os genótipos mais freqüentemente encontrados na África, América Central, América do Sul e Europa. Seis SITs... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The molecular epidemiology study using different techniques has improved the epidemiology of tuberculosis understanding. The Spoligotyping technique has been widely applied in the study of molecular epidemiology of tuberculosis, to address population structure of M. tuberculosis, focusing on the identification of the main lines and geographic distributions. Furthermore, molecular techniques used to differentiate strains of M. tuberculosis, such as RFLP and MIRU can be used for clustering clinical isolates of M. tuberculosis from patients with epidemiological links, identifying chains of transmission and discriminating isolates at the clonal level. In this work the techniques of Spoligotyping and MIRU were used to understand a little more about tuberculosis in a metropolis, assessing isolates from the Ambulatory Clemente Ferreira Institute (reference in the treatment of tuberculosis) in São Paulo. Clinical isolates from patients treated between August 2006 and July 2008 were re-identified by the molecular technique of PCR, were strains identified as M. tuberculosis were evaluated through genotyping the use of Spoligotyping and MIRU techniques. By PCR-IS6110 the identification of M. tuberculosis was confirmed in 93 clinical isolates. The total of 93 isolates, 21 samples (22.6%) in Spoligotyping showed spoligotypes have not yet been described in the world's data base (SpolDB4, SITVIT and Spotclust) and 51 (54.8%) were involved in 12 clusters, seven different families and 36 spoligotypes. The most frequent family was the LAM (26 isolates), followed by T (25 isolates) and Haarlem (11 isolates), which together accounted 65,4% of all isolates. These three families represent the most frequently genotypes found in Africa, Central America, South America and Europe. Six SITs accommodated 51.4% (37/72) of all isolates identified in SpolDB4 (SIT53, SIT50, SIT42, SIT60, SIT17 and SIT1). By technique... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

O Mycobacterium tuberculosis infecta um terço da população mundial. Cerca de 7 a 8 milhões de novos casos e 1,7 milhão de mortes ocorrem por ano no mundo. A disseminação de isolados clínicos de M. tuberculosis mostra grande dispersão destas cepas mundialmente, influenciando na transmissão e possivelmente o desenvolvimento de quadros clínicos distintos. O presente estudo teve como objetivo a avaliação da relação clonal, da sensibilidade aos agentes antimicrobianos específicos e da resistência ao Nitrito de Sódio de 19 isolados clínicos de M. tuberculosis, obtidos de estudo epidemiológico para averiguação da transmissão em contatos domiciliares. Foi observado que 36,8% (n=7) dos isolados foram resistentes aos radicais de nitrogênio em que o percentual de viabilidade ao NaNO2 variou de 17,1 a 114%. O teste de sensibilidade aos agentes antimicrobianos demonstrou que 42,1% (n=8) das cepas se mostraram resistentes a pelo menos uma das drogas testadas. Cinco cepas (26,3%) apresentaram resistência a uma droga, 15,7% (n=3) se mostraram resistentes a três ou mais drogas antimicobacterianas, demonstrando a circulação do fenótipo XDR. A maioria das cepas (57,8%) foram sensíveis as 6 drogas testadas. Quanto ao perfil molecular, avaliado através das técnicas de MIRU e Spoligotyping, foi demonstrado a inexistência de clones entre as amostras estudadas. No entanto, apesar de alguns isolados pertencerem a famílias previamente descritas como circulantes no território nacional (LAM, LAM 3, LAM 6, LAM 9, Haarlem - H, Haarlem 1 - H1, Haarlem 3 - H3), alguns deles pertenceram a famílias ainda não descritas como circulantes no país (T1 e U), demonstrando a dispersão e emergência de clones distintos na cidade do Rio de Janeiro. / Mycobacterium tuberculosis infects one third of the population of the world. Almost 7 to 8 million of new cases are diagnosed, and 1.7 million of deaths are reported by year. The dissemination of clinical isolates demonstrates a great dispersion of clones, and may influence the transmission and possibly, the development of distinct clinical outcomes. This study aimed to evaluate the clonal relationship among the isolates, the susceptibility to antimicrobial agents, and the resistance to sodium nitrite of M. tuberculosis clinical strains from a previous epidemiological study to evaluate the transmission within close contacts. It was found that 36.8% (n=7) were resistant to nitrogen reactive species (percentage of viability varied from 17.1 to 114%). The susceptibility to six antimicrobials demonstrated that 42.1% (n=8) of isolates were resistant to at least one of the drugs and 15.7% (n=3) presented resistance to two or more drugs, demonstrating the circulation of extensive drug resistant phenotype (XDR). Most of the clinical strains (57.9%) was sensitive to 6 tested drugs. In relation to the molecular profile evaluated by MIRU and Spoligotyping, it was observed the inexistence of clones among the isolates. Although some strains were related to families already described as circulating in our country (LAM, LAM 3, LAM 6, LAM 9, Haarlem - H, Haarlem 1 - H1, Haarlem 3 - H3), some isolates were characterized within families never previously described in Brazil or Latin America (T1 e U), showing the dispersion and the emergency of distinct clones in Rio de Janeiro.

As micobactérias compreendem um grupo de organismos que são heterogêneos em termos de metabolismo, crescimento, nicho ambiental, epidemiologia, patogenicidade, distribuição geográfica e associação com doenças. O diagnóstico micobacteriológico é atualmente um desafio aos laboratórios. Com a descrição de novas espécies de micobactérias nos últimos anos, tem sido cada vez mais difícil identificar com precisão estas espécies. Uma questão básica na identificação em micobactérias é a diferenciação entre o Complexo Mycobacterium tuberculosis e as Micobactérias Não Causadoras de Tuberculose (MNT); no entanto tem sido cada vez mais importante a diferenciação das MNT. Em virtude das semelhanças fenotípicas e genotípicas, é necessário a aplicação e desenvolvimento de metodologias que melhor caracterizem as MNT para que seja possível determinar de forma mais precisa a prevalência das diferentes espécies. Além disso, diferentes espécies de MNT podem apresentar diferenças no perfil de sensibilidade às drogas terapêuticas, sendo que a identificação precisa é crucial para a adoção de terapia medicamentosa adequada. O objetivo deste trabalho foi caracterizar os isolados de MNT através da comparação entre duas técnicas moleculares, a técnica de PRA-hsp65 e um kit comercial GenoType® Mycobacterium CM, usando o método de sequenciamento do gene hsp65 como padrãoouro. Foram analisadas 96 isolados e a concordância entre os resultados do PRA-hsp65 e do GenoType® Mycobacterium CM foi de 92%. O método molecular PRA-hsp65 mostrou-se eficaz na identificação das espécies em 91% das amostras e o GenoType® Mycobacterium CM em 92%. Em relação aos custos referentes aos dois métodos, foi possível estabelecer que o PRA-hsp65 apresentou um valor final consideravelmente inferior ao do GenoType® Mycobacterium CM. No entanto, a técnica comercial necessita um prazo mais curto (2 dias) para ser realizada em comparação com a técnica PRA-hsp65 (requer 5 dias). Na nossa avaliação, a aplicabilidade do PRA-hsp65 aumenta a qualidade e rapidez do resultado final, já que se mostrou discriminatório, de baixo custo e relativamente de fácil execução na identificação de micobactérias. É possível concluir que ambas as técnicas moleculares avaliadas neste estudo apresentaram uma ótima capacidade de identificação de MNT, sendo que a implementação destas técnicas dependerá das características dos diferentes laboratórios bem como as necessidades clínicas das diferentes instituições. / Mycobacteria comprise a group of organisms that are heterogeneous in terms of metabolism, growth, environmental niche, epidemiology, pathogenicity, geographic distribution and disease association. The laboratory diagnosis of mycobacteria is currently a challenge to laboratories. Due to the increased description of new species of mycobacteria in recent years it is becoming difficult to accurately identify these species. A basic question in the identification of mycobacteria is the differentiation between Mycobacterium tuberculosis and the Non-Tuberculous Mycobacteria (NTM); however it has been increasingly important to differentiate the NTM species. Due to the fact that there are phenotypic and genotypic similarities, it is necessary to apply and develop methodologies to better characterize the NTM to be able to determine more accurately the prevalence of different species. Furthermore, different NTM species may differ in the profile of sensitivity to therapeutic drugs, and accurate identification is crucial for the adoption of appropriate drug therapy. The objective of this study was to characterize NTM isolates by comparing two molecular techniques, the technique of PRA-hsp65 (PCR-Restriction Enzyme Analysis) and a commercial kit GenoType® Mycobacterium CM, using the sequencing the hsp65 gene as gold standard. We analyzed 96 samples and the concordance between the results of the PRA-hsp65 and the GenoType® Mycobacterium CM was 92%. The PRA-hsp65 molecular method proved to be effective in 91% of species identification and the GenoType® Mycobacterium CM in 92%. Regarding costs for the two methods, we could establish that the PRA-hsp65 had a final value considerably lower than the GenoType® Mycobacterium CM. However, the commercial technique requires a shorter period (2 days) to be performed in comparison with the technique PRA-hsp65 (requires five days). In our evaluation, the applicability of the PRA-hsp65 increases the quality and speed of the final result (in relation to traditional phenotypic identification or outsourcing in referral centers), and proved to be discriminatory, inexpensive and relatively easy to perform the identification of mycobacteria. Finally, we conclude that both molecular techniques evaluated in this study showed a great capacity for identification of NTM and that the implementation of these techniques. However, depend on the characteristics of different laboratories as well as the clinical needs of different institutions.

Haja vista a existência de quatro famílias de M. avium molecularmente distintas circulando na população de suínos do Sul do Brasil, a diferença de virulência constatada entre essas quatro famílias, a influência da virulência nos mecanismos de transmissão, as dúvidas existentes a respeito da existência e da importância da transmissão horizontal de M. avium em suínos e do significado desse conhecimento para o estabelecimento de métodos de controle eficientes, o presente projeto tem por objetivos: 1) Padronizar método de isolamento de micobactérias a partir de fezes suínas; 2) Caracterizar a eliminação de M.avium pelas fezes em suínos experimentalmente infectados pela via oral; 3) Verificar se existe transmissão horizontal entre suínos durante a fase de eliminação ativa, através de experimentos envolvendo infecção oral e exposição de animais contactantes; 4) Estudar, através de modelagem matemática, a dinâmica da infecção por M.avium em uma população suína. Como resultados, para cada um dos itens obteve-se: 1) Houve diferença significativa entre os protocolos de recuperação de micobactérias a partir de fezes de suínos (p< 0,05) e o método ácido com ressuspensão em solução de anfotericina B e semeadura em meio de Lowenstein-Jensen com antibióticos apresentou o maior percentual de recuperação (87%); 2) Foram constados dois períodos de eliminação fecal de MAC em suínos: um inicial, relativo à eliminação residual do inóculo, do 1º ao 4º, e um segundo, com início no 18º e término no 62º dias pós-inoculação, este último é resultado de suposta lesão aberta para a luz do intestino; 3) Cinco, dos sete animais contactantes, infectaram-se com o M.avium, estirpe PIG B e 4) A simulação matemática da doença, considerando a transmissão horizontal como mecanismo principal da ocorrência de condenações em matadouro por linfadenite granulomatosa é inconsistente com o que se observa na população. Portanto, o componente ambiental tem papel preponderante na dinâmica das infecções micobacterianas dos suínos produzidos no Brasil. / Considering four genetic distinct M. avium families within the swine population of the Southern Brazil, the virulence difference detected among them, the virulence influence on the transmission mechanisms, the current doubts concerning M. avium horizontal transmission existence and importance in swine and about its knowledge meaning in order to stablish efficient control programs, the objectives of the present study were: 1) to set in a standard mycobacterial isolation method from swine feces; 2) to characterize M. avium excretion through feces in swine infected orally; 3) to verify the existence of horizontal transmission among swine during the active elimination phase, by experiments involving oral infection and exposure of contacting animals; 4) to study, through mathematical modelling, M. avium infection dynamics in a swine population. These are the attained results for each of the items: 1) there was a significant difference (p<0.05) between the mycobacterial recovery protocols from swine feces and the acid method with suspension in amphotericin solution and inoculation in Lowenstein-Jensen media with antibiotics presented the greatest recovery percentage (87%); 2) two fecal elimination periods of M. avium in swine feces were observed: an initial one, relative to the residual elimination of the inoculum, within days 1 and 4, and a second one, starting at day 18 and ending at day 62 post inoculation - the last one results from a supposed lesion opened to the intestinal lumen. 3) Five out of seven contacting animals were infected with M. avium; 4) The mathematical simulation of the disease, considering the horizontal transmission as the major mechanism of occurrence of condemnation at slaughterhouses due to granulomatous lymphadenitis is not consistent with what is observed in the population. Therefore, the environmental component plays a preponderant role in the mycobacterial infections dynamics of swine raised in Brazil.

O presente trabalho objetivou avaliar o efeito da gordura do leite bovino na resistência térmica do Mycobacterium fortuitum. Amostras de leite bovino integral e desnatado foram contaminadas com inóculo padronizado de M. fortuitum, atingindo a concentração de aproximadamente 107 UFC/mL de leite, e submetidas à pasteurização lenta (65ºC/30mim.). Foi realizada a contagem do agente nos tempos 0, 5, 10, 15, 20, 25 e 30 minutos de pasteurização (em meio Lowenstein-Jensen, incubação a 37ºC/5 dias), e os resultados, em logarítmo, foram plotados em diagrama de dispersão com posterior regressão linear para construção da curva de sobreviventes (ou curva de morte térmica). Foram obtidas 3 curvas para o leite integral e 3 para o leite desnatado, porém, para o cálculo do valor D65ºC, utilizou-se a melhor reta obtida para cada tipo de leite. Encontraram-se valores D65ºC do Mycobacterium fortuitum iguais a 18,02 minutos para o leite integral e 7,82 minutos para o desnatado; a gordura do leite influenciou no padrão da curva de morte térmica e teve efeito protetor sobre o M. fortuitum. Conclui-se que a pasteurização lenta é capaz de reduzir 3,85 log de M. fortuitum em leite desnatado e 1,67 log em leite integral, resultando em diferentes níveis de segurança ao consumidor. / This study aimed to evaluate the effect of cow milk fat on the thermal resistance of Mycobacterium fortuitum. Samples of whole and skim cow milk were contaminated with a standardized inoculum of M. fortuitum, until 107 cfu/mL, and heated at 65ºC/30 minutes (Holder Pasteurization). It was repeated tree times, with milk (whole and skim) from the same animal. Survivors were enumerated by plate count method, after heating for 0, 5, 10, 15, 20, 25 and 30 minutes (in Lowenstein-Jensen medium, incubation at 37ºC/5 days) and the logarithmic results were plotted on dispersion diagram with posterior linear regression for the construction of the survivors? curve (or thermal death curve). Those data resulted on 3 curves for the whole milk and 3 for the skim milk, although, for the D65ºC value calculation, it was selected the best-fit line for each kind of milk. The D65ºC value for Mycobacterium fortuitum achieved was 18,02 minutes for the whole milk and 7,82 minutes for the skim milk; the milk fat influenced the pattern of thermal death curve and had a protective effect on the M. fortuitum. It was inferred that the holder pasteurization (65ºC/30 min) is capable to reduce 3,85 log of the M. fortuitum at skim milk and 1,67 log at whole milk, resulting in different security levels for the customers.