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Objetivo: Avaliar a influência da localização da enterocolite necrosante neonatal na mortalidade de recém-nascidos (RN) submetidos à laparotomia exploradora. Métodos: Estudo de coorte prospectiva de 141 recém-nascidos com ECN submetidos consecutivamente à laparotomia exploradora no período de novembro de 1991 a dezembro de 2005. Foram avaliados dados epidemiológicos, localização e extensão da doença, crescimento intra-uterino e o número de óbitos no período de 60 dias após a cirurgia. Resultados: Setenta e quatro (52,5%) crianças eram do sexo masculino, com peso médio de nascimento de 1.589 ± 665 gramas, com idade gestacional média de 33,6 ± 2,9 semanas. Prematuridade ocorreu em 84,4% (119/141) dos RN. Cinqüenta e sete (40,4%) eram pequenos para a idade gestacional. Óbito ocorreu em 68 crianças (48,2%). Na análise bivariada, observou-se que o comprometimento do jejuno-íleo foi associado com alta mortalidade (20 óbitos - 76,9%; OR = 20; intervalo de confiança de 95% = 4,6 - 96,3; p < 0,001) e que a doença no jejuno estava associada à maior extensão da ECN. Entretanto, no modelo de regressão logística múltipla com controle individual de cada variável, a doença no jejuno-íleo (OR = 0,61; intervalo de confiança de 95% = 0,06 - 6,14; p = 0,68) e no intestino grosso (OR = 2,91; intervalo de confiança de 95% = 0,81 - 10,50; p = 0,10) não foram consideradas fatores de risco para o óbito. Conclusões: Em análise adequada, com controle isolado de cada variável estudada, a mortalidade foi independente da localização da ECN no intestino delgado ou no intestino grosso. Porém, a localização da doença no jejuno foi um marcador de maior extensão da ECN e, conseqüentemente, de pior prognóstico. Extensão difusa da doença e recém-nascidos PIG foram os mais importantes fatores de risco de ocorrência de óbito nesses recém-nascidos submetidos à cirurgia. / Aim of the study: To evaluate the effect of disease site on the mortality rate of newborns with necrotizing enterocolitis (NEC) undergoing exploratory laparotomy. Methods: Prospective cohort of 141 consecutive newborns with NEC who underwent laparotomy from November 1991 to December 2005. The study variables included epidemiologic data, disease site and extent, intrauterine growth, and number of deaths in the 60 days after operation. The protocol was approved by the institution’s Research Ethics Committee. Main results: Seventy-four (52.5%) infants were male. Mean birth weight was 1,589 ± 665 g, and mean gestational age was 33.6 ± 2.9 weeks. One-hundred and nineteen (84.4%) newborns were premature. Small for gestational age was observed in 57 (40.4%). Sixty-eight (48.2%) infants died. Bivariate analysis revealed that involvement of the jejunum and ileum was associated with high mortality rates (20 deaths, 76.9%; OR = 20; 95% 95% CI = 4.6 – 96.3; p < 0.001), and that involvement of the jejunum was associated with greater disease extent. After controlling for individual variables, logistic regression showed that the mortality associated with jejunum and ileum involvement (OR = 0.61; 95% CI = 0.06 - 6.14; p = 0.68) did not differ from that associated with large bowel involvement (OR = 2.91; 95% CI = 0.81 – 10.50; p = 0.10); however, jejunum involvement remained significantly associated with disease extent. Conclusions: NEC-related mortality in newborns undergoing laparotomy was not influenced by disease site (small or large bowel). However, jejunum involvement was a marker of greater disease extent and therefore of poor prognosis. Diffuse disease extent and small for gestational age were the most important markers of risk of death in NEC newborns submitted to surgery.

Objetivo: Avaliar a influência da localização da enterocolite necrosante neonatal na mortalidade de recém-nascidos (RN) submetidos à laparotomia exploradora. Métodos: Estudo de coorte prospectiva de 141 recém-nascidos com ECN submetidos consecutivamente à laparotomia exploradora no período de novembro de 1991 a dezembro de 2005. Foram avaliados dados epidemiológicos, localização e extensão da doença, crescimento intra-uterino e o número de óbitos no período de 60 dias após a cirurgia. Resultados: Setenta e quatro (52,5%) crianças eram do sexo masculino, com peso médio de nascimento de 1.589 ± 665 gramas, com idade gestacional média de 33,6 ± 2,9 semanas. Prematuridade ocorreu em 84,4% (119/141) dos RN. Cinqüenta e sete (40,4%) eram pequenos para a idade gestacional. Óbito ocorreu em 68 crianças (48,2%). Na análise bivariada, observou-se que o comprometimento do jejuno-íleo foi associado com alta mortalidade (20 óbitos - 76,9%; OR = 20; intervalo de confiança de 95% = 4,6 - 96,3; p < 0,001) e que a doença no jejuno estava associada à maior extensão da ECN. Entretanto, no modelo de regressão logística múltipla com controle individual de cada variável, a doença no jejuno-íleo (OR = 0,61; intervalo de confiança de 95% = 0,06 - 6,14; p = 0,68) e no intestino grosso (OR = 2,91; intervalo de confiança de 95% = 0,81 - 10,50; p = 0,10) não foram consideradas fatores de risco para o óbito. Conclusões: Em análise adequada, com controle isolado de cada variável estudada, a mortalidade foi independente da localização da ECN no intestino delgado ou no intestino grosso. Porém, a localização da doença no jejuno foi um marcador de maior extensão da ECN e, conseqüentemente, de pior prognóstico. Extensão difusa da doença e recém-nascidos PIG foram os mais importantes fatores de risco de ocorrência de óbito nesses recém-nascidos submetidos à cirurgia. / Aim of the study: To evaluate the effect of disease site on the mortality rate of newborns with necrotizing enterocolitis (NEC) undergoing exploratory laparotomy. Methods: Prospective cohort of 141 consecutive newborns with NEC who underwent laparotomy from November 1991 to December 2005. The study variables included epidemiologic data, disease site and extent, intrauterine growth, and number of deaths in the 60 days after operation. The protocol was approved by the institution’s Research Ethics Committee. Main results: Seventy-four (52.5%) infants were male. Mean birth weight was 1,589 ± 665 g, and mean gestational age was 33.6 ± 2.9 weeks. One-hundred and nineteen (84.4%) newborns were premature. Small for gestational age was observed in 57 (40.4%). Sixty-eight (48.2%) infants died. Bivariate analysis revealed that involvement of the jejunum and ileum was associated with high mortality rates (20 deaths, 76.9%; OR = 20; 95% 95% CI = 4.6 – 96.3; p < 0.001), and that involvement of the jejunum was associated with greater disease extent. After controlling for individual variables, logistic regression showed that the mortality associated with jejunum and ileum involvement (OR = 0.61; 95% CI = 0.06 - 6.14; p = 0.68) did not differ from that associated with large bowel involvement (OR = 2.91; 95% CI = 0.81 – 10.50; p = 0.10); however, jejunum involvement remained significantly associated with disease extent. Conclusions: NEC-related mortality in newborns undergoing laparotomy was not influenced by disease site (small or large bowel). However, jejunum involvement was a marker of greater disease extent and therefore of poor prognosis. Diffuse disease extent and small for gestational age were the most important markers of risk of death in NEC newborns submitted to surgery.

Objetivo: Avaliar a influência da localização da enterocolite necrosante neonatal na mortalidade de recém-nascidos (RN) submetidos à laparotomia exploradora. Métodos: Estudo de coorte prospectiva de 141 recém-nascidos com ECN submetidos consecutivamente à laparotomia exploradora no período de novembro de 1991 a dezembro de 2005. Foram avaliados dados epidemiológicos, localização e extensão da doença, crescimento intra-uterino e o número de óbitos no período de 60 dias após a cirurgia. Resultados: Setenta e quatro (52,5%) crianças eram do sexo masculino, com peso médio de nascimento de 1.589 ± 665 gramas, com idade gestacional média de 33,6 ± 2,9 semanas. Prematuridade ocorreu em 84,4% (119/141) dos RN. Cinqüenta e sete (40,4%) eram pequenos para a idade gestacional. Óbito ocorreu em 68 crianças (48,2%). Na análise bivariada, observou-se que o comprometimento do jejuno-íleo foi associado com alta mortalidade (20 óbitos - 76,9%; OR = 20; intervalo de confiança de 95% = 4,6 - 96,3; p < 0,001) e que a doença no jejuno estava associada à maior extensão da ECN. Entretanto, no modelo de regressão logística múltipla com controle individual de cada variável, a doença no jejuno-íleo (OR = 0,61; intervalo de confiança de 95% = 0,06 - 6,14; p = 0,68) e no intestino grosso (OR = 2,91; intervalo de confiança de 95% = 0,81 - 10,50; p = 0,10) não foram consideradas fatores de risco para o óbito. Conclusões: Em análise adequada, com controle isolado de cada variável estudada, a mortalidade foi independente da localização da ECN no intestino delgado ou no intestino grosso. Porém, a localização da doença no jejuno foi um marcador de maior extensão da ECN e, conseqüentemente, de pior prognóstico. Extensão difusa da doença e recém-nascidos PIG foram os mais importantes fatores de risco de ocorrência de óbito nesses recém-nascidos submetidos à cirurgia. / Aim of the study: To evaluate the effect of disease site on the mortality rate of newborns with necrotizing enterocolitis (NEC) undergoing exploratory laparotomy. Methods: Prospective cohort of 141 consecutive newborns with NEC who underwent laparotomy from November 1991 to December 2005. The study variables included epidemiologic data, disease site and extent, intrauterine growth, and number of deaths in the 60 days after operation. The protocol was approved by the institution’s Research Ethics Committee. Main results: Seventy-four (52.5%) infants were male. Mean birth weight was 1,589 ± 665 g, and mean gestational age was 33.6 ± 2.9 weeks. One-hundred and nineteen (84.4%) newborns were premature. Small for gestational age was observed in 57 (40.4%). Sixty-eight (48.2%) infants died. Bivariate analysis revealed that involvement of the jejunum and ileum was associated with high mortality rates (20 deaths, 76.9%; OR = 20; 95% 95% CI = 4.6 – 96.3; p < 0.001), and that involvement of the jejunum was associated with greater disease extent. After controlling for individual variables, logistic regression showed that the mortality associated with jejunum and ileum involvement (OR = 0.61; 95% CI = 0.06 - 6.14; p = 0.68) did not differ from that associated with large bowel involvement (OR = 2.91; 95% CI = 0.81 – 10.50; p = 0.10); however, jejunum involvement remained significantly associated with disease extent. Conclusions: NEC-related mortality in newborns undergoing laparotomy was not influenced by disease site (small or large bowel). However, jejunum involvement was a marker of greater disease extent and therefore of poor prognosis. Diffuse disease extent and small for gestational age were the most important markers of risk of death in NEC newborns submitted to surgery.

Made available in DSpace on 2016-08-18T17:27:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao CAMILA MARIA SANTANA COSTA BUNA.pdf: 1078836 bytes, checksum: 614336d682cc50d8f7758d2f5265a615 (MD5) Previous issue date: 2015-07-06 / The Necrotizing enterocolitis (ECN) is a severe gastrointestinal illness caused by multiple factors and is among the leading causes of neonatal mortality in the Neonatal Intensive Care Unit of the Environment (NICU). The incidence of NEC is inversely proportional to gestational age and birth weight, reaching 12% of children weighing less than 1500g and triggering death in 30% of casos.Tem up to analyze the occurrence of ECN and associated factors its development in newborns (NB) with low weight. It is an epidemiological case-control study, conducted from March 1, 2014 to June 30, 2015, in two NICUs in Sao Luis, MA. The sample size was calculated considering a case to three controls (1:3), establishing confidence level of 95% and power of 80% study, sufficient to detect an OR = 2.5, making 236 newborns (RN) underweight, and 59 infants with NEC diagnoses (case group) and 177 infants without NEC (control group). In analyzing the data maternal variables (gestational period and the type of delivery) and newborn (birth and hospitalization) were organized in six blocks, arranged in a hierarchical structure, and analyzed in STATA 11.0 program. The differences between means were assessed by Student's t-test, whereas the differences between the medians by Man Whitney test. It was considered as the dependent variable, the ECN, and as independent, maternal and neonatal variables. Univariate analysis was performed between independent variables of two groups: case and control, estimated the OR values, with reference category OR = 1, built the confidence intervals of 95% and certain values of p. In the hierarchical analysis was carried out by the group of variables in levels according to influence the outcome. Of the 59 cases of NEC, 61.02% were female, with a median of 45 days hospital stay; and 177 controls without ECN, 54.55% were male, with a median hospital stay of 19.5 days. As for the clinical outcome of cases of NEC, 40.68% progressed to death. At the end of hierarchical analysis remained statistically significant association, the use of antenatal corticosteroids (OR = 2.90; p <0.001), reduced amniotic fluid (OR = 2.03;p<0.001), resuscitation at birth (OR = 1, 35, p = 0.010), birth weight ≤1500g (OR = 3.32, p <0.001), transfusions (OR = 2.11, p = 0.040) and the use of surfactant (OR = 2.41, p = 0.020). It concludes that maternal aspects related to pregnancy and neonatal concerning the birth and hospitalization may be influencing the appearance of NEC. / A Enterocolite Necrosante(ECN) é uma grave enfermidade gastrintestinal, de causa multifatorial e está entre as principais causas de mortalidade neonatal no ambiente da Unidade de Terapia Intensiva Neonatal (UTIN). A incidência da ECN é inversamente proporcional à idade gestacional e o peso de nascimento, atingindo 12% das crianças com peso inferior a 1500g e desencadeando o óbito em 30% dos casos.Tem-se como objetivo analisar a ocorrência de ECN e os fatores associados ao seu desenvolvimento em recém-nascidos (RN)de baixo peso. Trata-se de um estudo epidemiológico tipo caso controle, realizado no período de 01 de março de 2014 a 30 de junho de 2015, em duas UTINs de São Luís-MA. O tamanho da amostra foi calculado considerando um caso para três controles (1:3), estabelecendo nível de confiança de 95% e poder do estudo de 80%,suficiente para detectar um OR=2,5, perfazendo 236 recém-nascidos (RN) de baixo peso, sendo 59 RN com diagnósticos de ECN (grupo caso) e 177 RN sem ECN (grupo controle). Na análise dos dados as variáveis maternas (período gestacional e o tipo de parto) e neonatais (nascimento e hospitalização) foram organizadas em seis blocos e dispostas em uma estrutura hierarquizada, e analisadas no programa STATA 11.0. As diferenças entre as médias foram avaliadas pelo teste T-Student, enquanto que as diferenças entre as medianas pelo teste de Man Whitney. Considerou-se como variável resposta, a ECN, e como independentes, as variáveis maternas e neonatais. Foi realizada análise univariada entre as variáveis independentes dos doisgrupos: caso e controle, estimados os valores das OR, tendo como categoria de referência OR=1, construídos os intervalos de confiança de 95% e determinados os valores de p. Na análise hierarquizada foi realizadoo agrupamento das variáveis em níveis segundo a influência no desfecho. Dos 59 casos de ECN, 61,02% eram do sexo feminino,com mediana do tempo de hospitalização de 45 dias; edos 177 controles sem ECN, 54,55% eram do sexo masculino, com mediana do tempo de hospitalização de 19,5 dias. Quanto ao desfecho clínico dos casos de ECN, 40,68% evoluíram a óbito. Ao final da análise hierarquizada mantiveram associação estatisticamente significante, o uso de corticóide antenatal (OR=2,90; p<0,001), líquido amniótico reduzido (OR=2,03;p<0,001), reanimação ao nascimento (OR=1,35; p=0,010), peso ao nascimento ≤1500g (OR=3,32;p<0,001), transfusão (OR=2,11;p=0,040) e uso de surfactante (OR=2,41;p=0,020). Conclui-se que os aspectos maternos relacionados ao período gestacional e os neonatais referentes ao nascimento e hospitalização podem estarinfluenciando no aparecimento da ECN.

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Submitted by Ana Damasceno (ana.damasceno@unipampa.edu.br) on 2017-06-07T18:12:48Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Baixa diversidade e sucessão microbiana anormal estão associadas à enterocolite necrosante em recém-nascidos prematuros.pdf: 1587508 bytes, checksum: c407e4cf94f25b2272a7d25213f72873 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-07T18:12:48Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Baixa diversidade e sucessão microbiana anormal estão associadas à enterocolite necrosante em recém-nascidos prematuros.pdf: 1587508 bytes, checksum: c407e4cf94f25b2272a7d25213f72873 (MD5) Previous issue date: 2017-04-07 / As múltiplas causas de Enterocolite Necrosante (NEC) e seus indicativos clínicos utilizados para o diagnóstico ainda se mantêm elusivos. Biomarcadores alternativos para o diagnóstico precoce de NEC em recém-nascidos prematuros e um melhor entendimento dos fatores de risco para o desenvolvimento de NEC são desafios emergentes. Em uma tentativa de contribuir para a solução deste problema, neste trabalho nós rastreamos as mudanças no microbioma dos recém-nascidos (diversidade microbiana, abundância e estrutura) com NEC, iniciando com a primeira evacuação (mecônio) e continuando até a liberação, e comparamos essas mudanças com os prematuros sem o diagnóstico de NEC. Um estudo metataxonomico foi conduzido usando 88 amostras fecais, a partir da primeira evacuação até a 5ª semana de vida, obtidas de 25 recém-nascidos prematuros (14 controles e 11 casos de NEC) selecionados de um grupo de 52 prematuros. Nossos dados revelaram que casos de NEC apresentaram baixa diversidade e uma transição anormal da comunidade microbiana até o diagnóstico de NEC. Um microrganismo pertencendo a família Enterobacteriaceae foi consistentemente mais abundante em prematuros com NEC do que nos controles, mesmo nas amostras de mecônio, e foi considerado um constituinte chave da comunidade microbiana correlacionada com a doença. Finalmente, nos também detectamos uma distorção na associação micróbio-micróbio nas amostras de mecônio dos casos de NEC. Portanto, nossos dados sugerem que a detecção precoce de elevada dominância de Enterobacteriaceae, baixa diversidade e associações micróbio-micróbio nos primeiros dias de vida poderiam ser utilizados como indicativo de risco de desenvolvimento de Enterocolite Necrosante nas UTIs neonatais brasileiras. / The multiple causes of Necrotizing Enterocolitis (NEC) as well as the clinical predictors used for diagnosis have remained elusive to date. Alternative biomarkers for early diagnosis of NEC in premature infants and a better understanding of risk factors for NEC development are emergent challenges. In attempt to contribute to solve this problem, in this work we tracked the changes in the newborn’s microbiome (microbial diversity, abundance and structure) with Necrotizing Enterocolitis beginning with the first stool (meconium) continuing until discharge and compare those changes with preterns without NEC diagnosis. A metataxonomy study was conducted using 88 fecal samples from the first stool (meconium) until the 5th week of life obtained from 25 preterm babies (14 controls and 11 NEC cases) selected from a cohort of 52 premature infants. Our data revealed low microbial diversity in NEC cases and an abnormal transition of the microbial community until NEC diagnosis. A microbial phylotype belonging to the Enterobacteriaceae family were consistently more abundant in NEC than in the controls even in meconium samples and was considered a key constituent of the microbial community that correlated with the disease. Finally, we also detected a disruption of microbial-microbial associations in the meconium samples of NEC cases. Thus, our data suggests that early detection of high dominance of Enterobacteriaceae, low diversity and altered microbial-microbial associations at the first days of life could be used as an indicative of risk of preterm development of Necrotizing Enterocolitis in Brazilian NICU’s.

Le microbiote digestif humain joue un rôle essentiel et bénéfique pour son hôte mais il est également impliqué dans un nombre croissant de pathologies. Les connaissances sur la composition de cet écosystème ont récemment été révolutionnées grâce à l’utilisation de techniques moléculaires. Cependant, ces techniques comportent des limites importantes. C’est ainsi que le concept de « culturomique » a été introduit ; il consiste en la multiplication de milieux et conditions de culture et l’identification rapide de colonies bactériennes par spectrométrie de masse (MALDITOF) ou par amplification et séquençage du gène de l’ARN ribosomal 16S. Dans la première partie de ce travail, nous avons mis en évidence une association entre la présence de Clostridium butyricum dans les selles et la survenue d’entérocolite ulcéro-nécrosante que ce soit par méthodes de pyroséquençage et culture ou par PCR quantitative en temps réel spécifique de C. butyricum; identifié après séquençage du génome complet de toutes nos souches de C. butyricum, la présence du gène de la β-hémolysine (toxine). Dans la deuxième partie de ce travail, nous avons montré par cuturomique que les bactéries à Gram-négatif (BGN) étaient fréquemment disséminées au sein du microbiote cutané transitoire des patients hospitalisés en réanimation ; le réservoir serait essentiellement digestif. En conclusion, le microbiote digestif constitue un réservoir sousestimé de bactéries pathogènes. La microbiologie moderne incluant les nouvelles méthodes de culture permet d’étendre de manière considérable les connaissances sur la composition de cet écosystème et son implication en pathologie humaine. / He human gut microbiota plays an important and beneficial role in its host but it is also involved in a growing number of diseases. Knowledge of the composition of this ecosystem have recently been revolutionized by the use of molecular techniques. However, these techniques have significant limitations. Thus, the concept of "culturomics" has been introduced; it consists of the multiplication of culture conditions and the rapid identification of bacterial colonies by mass spectrometry (MALDI-TOF) or by PCR 16S RNA gene sequencing. In the first part of this work, we have demonstrated an association between the presence of Clostridium butyricum in the stool and the occurrence of necrotizing enterocolitis whether by pyrosequencing methods and Culture or by quantitative PCR specific real time C. butyricum; identified after sequencing the complete genome of all our strains of C. butyricum, the presence of the gene of β-hemolysin (toxin). In the second part of this work, we showed by cuturomics that Gram-negative bacteria (BGN) were frequently spread out over the transitional skin microbiota of patients hospitalized in intensive care; the reservoir would essentially digestive. In conclusion, the gut microbiota is an underestimated reservoir of pathogenic bacteria. Modern microbiology including new culture-based methods is currently extending exponentially our knowledge on gut microbiota giving rise to new insights into the pathogenesis or the transmission of infectious diseases.

Orientador: Diana Rodrigues de Pina / Resumo: A enterocolite necrosante (NEC – do inglês necrotizing enterocolitis) é caracterizada pela necrose isquêmica da mucosa intestinal de recém-nascidos prematuros. Uma vez que existe a suspeita de NEC, é instituída uma rotina de radiografias abdominais de acordo com a gravidade da doença. Os principais achados radiológicos de pacientes com NEC são: distensão abdominal generalizada, pneumatose intestinal, pneumoperitônio. Entretanto, a interpretação dessas radiografias é um processo difícil devido à falta de especificidade da maioria dos achados radiológicos. O objetivo desse estudo foi desenvolver uma ferramenta computacional que auxilie o corpo clínico na análise de radiografias abdominais para a diferenciação de alças normais e alças inflamadas em recém-nascidos prematuros. Para o desenvolvimento desta pesquisa foi utilizado um banco de dados composto por 45 radiografias abdominais e algoritmos computacionais desenvolvidos em ambiente MatLab. As espessuras das alças intestinais foram quantificadas através da ferramenta computacional Largura a Meia Altura (FWHM – do inglês Full Width at Half Maximum), e classificadas como alças edemaciadas ou alças normais. Para a análise de textura e extração de características, a fim de diferenciar regiões de pneumatose, aplicamos a técnica de Transformada Wavelet. Com a utilização do algoritmo, as alças intestinais normais apresentaram mediana igual a 10,30 pixels, enquanto as alças edemaciadas, foram estatisticamente maiores (Mann Whitney, p... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Mestre

La recherche en bactériologie et virologie est à la fois de nature cognitive et appliquée. Elle consiste à fédérer et mettre en place une capacité de recherche multidisciplinaire et pouvoir l'intégrer sur un champ très vaste de microorganismes et de maladies. Les nouvelles avancées conceptuelles et technologiques dans le domaine de la génomique, notamment les avancées dans les techniques à haut débit (séquençage, PCR...) permettent actuellement d’avoir rapidement des génomes bactériens et viraux entiers, ou seulement sur quelques gènes d’une grande population. Les progrès dans ce domaine permettent l’accès à ces informations en évitant une combinaison de plusieurs méthodologies, et à moindre coûts. Dans notre travail de thèse, nous avons été porté à analyser et traiter les données de deux études genomiques et métagenomiques, mettant en évidence avantages, limites et attentes liés à ces techniques. La première étude porte sur l'analyse génomique de nouveaux virus géants et chlamydia infectant Vermamoeba vermiformis. La deuxième étude concerne le pyroséquençage 16S de microbiote intestinal de nouveau-nés atteint de l'entérocolite nécrosante. Pour le premier projet du travail de thèse, nous avons analysé les génomes de trois nouvelles espèces de Chlamydiae et onze virus giants (premiers membres de deux probables nouvelles familles) qui se multiplient naturellement dans Vermamoeba vermiformis. L'objectif étant de mettre en évidence les caractéristiques génétiques spécifiques à ces micro-organismes. La deuxième partie a été consacrée à l'analyse des données de pyroséquençage 16S des selles de nouveau-nés atteints de l'entérocolite nécrosante. / Research in bacteriology and virology is both cognitive and applied. It involves federating and developing a multidisciplinary research capacity and being able to integrate it into a very broad field of microorganisms and diseases. New genomic and conceptual advances in genomics, including advances in high-throughput techniques, now permit rapid bacterial and viral genomes, or only a few genes of a large population. Progress in this area allows access to this information by avoiding a combination of several methodologies and at lower costs. In our thesis work, we were led to analyze and process the data of two genomic and metagenomic studies, highlighting advantages, limitations and expectations related to these techniques. The first study focuses on the genomic analysis of new giant viruses and chlamydia infecting Vermamoeba vermiformis. The second study concerns the 16S pyrosequencing of intestinal microbiota of neonates with necrotizing enterocolitis. The first project of the thesis work analyzed the genomes of three new species of Chlamydiae and eleven giant viruses (first members of two probable new families) which naturally multiply in Vermamoeba vermiformis. The objective is to highlight the genetic characteristics specific to these microorganisms. The second part was devoted to the analysis of 16S pyrosequencing data from neonatal enterocolitis neonatal stools. The goal was to identify an agent responsible for this disease.