Submitted by Hiolanda Rêgo (hiolandar@gmail.com) on 2013-08-14T19:25:40Z No. of bitstreams: 1 Dissertação_ICS_Nayara de Sá Oliveira.pdf: 5733900 bytes, checksum: f0c0c981923cca5d8657a1b86859e181 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-08-14T19:25:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação_ICS_Nayara de Sá Oliveira.pdf: 5733900 bytes, checksum: f0c0c981923cca5d8657a1b86859e181 (MD5) / FAPESB;CAPES / O Norovírus (NoV), considerado uma das maiores causas de gastrenterite aguda não-bacteriana, é um vírus eliminado em pouca quantidade nas fezes e não cultivável em células, o que dificulta a obtenção de antígeno para produção de anticorpos monoclonais (AcM). Este trabalho propõe a obtenção desse antígeno diretamente de fezes, com uma metodologia de semi-purificação viral, através de filtrações esterilizantes e precipitação com polietileno glicol (PEG). O NoV precipitado com PEG manteve a sua antigenicidade, oferecendo excelentes condições para a produção e obtenção de seis AcM. Os AcM foram caracterizados pela técnica de Western Blot, onde foi demonstrada uma forte reatividade com uma banda de 60KDa, compatível com a proteína viral VP1, principal proteína que forma o capsídeo. Os AcM também foram capazes de detectar o vírus em amostras fecais coletadas de pacientes com gastrenterite aguda, utilizando-se a técnica de Dot-blot. O Dot-blot, quando comparado ao RT-PCR, padrão ouro para o diagnóstico do NoV, apresentou uma sensibilidade de 74% e especificidade de 47%. Este trabalho demonstra que os AcM reagiram fortemente com a proteína viral VP1 e que podem ser úteis na detecção do NoV nas fezes através da técnica de Dot-blot. Novos estudos devem ser realizados para verificar o potencial uso desses AcM para o diagnóstico do NoV. / Salvador

Submitted by Tatiana Silva (tsilva@icict.fiocruz.br) on 2013-01-24T18:26:35Z No. of bitstreams: 1 maria_e_g_dinatale_ioc_bcm_0039_2011.pdf: 1829421 bytes, checksum: 07e12e4a4d6ba086b729d30c6266b189 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-01-24T18:26:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 maria_e_g_dinatale_ioc_bcm_0039_2011.pdf: 1829421 bytes, checksum: 07e12e4a4d6ba086b729d30c6266b189 (MD5) Previous issue date: 2011 / Fundação Oswaldo Cruz.Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / A gastrenterite aguda (GA) é uma causa importante de morbidade e mortalidade infantil, no mundo. Segundo a OMS, as gastrenterites são, junto às infecções respiratórias agudas, os mais importantes agravos à saúde das crianças <5 anos, sendo responsáveis por 17% das 10,4 milhões de mortes a cada ano. No Paraguai, a GA constitui a terceira causa de mortalidade em crianças menores de 5 anos, para as quais a importância epidemiológica e filogenia dos rotavírus A (RV-A) tem sido amplamente descritas. No entanto, pouco se sabe sobre a importância epidemiológica de outros vírus na etiologia da doença. Os norovírus (NoV), gênero Norovirus da família Caliciviridae, são amplamente reconhecidos como os principais agentes causadores de surtos de GA não bacteriana e como o segundo vírus mais prevalente em infecções esporádicas. Neste estudo foi analisada a presença de NoVs em 378 amostras de fezes, negativas para bactérias patogênicas e RV-A, coletadas de crianças ≤ 5 anos de idade atendidas em ambulatórios ou hospitalizadas em Assunção, capital do Departamento Central e do país, Paraguai, no período de 2004/2005. Cento e sessenta e uma amostras (42,6%) foram positivas para NoVs através de ensaio para amplificação parcial do gene da polimerase viral. Nenhum pico sazonal ou diferença na incidência entre faixas etárias foi identificado. NoVs dos genogrupos I e II foram detectados em 42% e 58% das amostras positivas, respectivamente. Os genótipos encontrados foram: GII.4 (18%), GII.17 (18%), mais prevalentes; GII.6 (14%), GII.7 (14%), GII.3 (10%), GII.5 (3%), GII.8 (3%), GII.16 (3%), GI.3 (14%) e GI.8 (3%); e as relações filogenéticas com as estirpes da região e o mundo sao apresentadas no presente estudo. Os genótipos GII.5 e GI.8, identificados no mesmo, são descritos pela primeira vez na América do Sul. Os resultados aqui apresentados mostram que NoVs são uma causa importante de GA no Paraguai e seu acompanhamento contínuo será essencial para determinar o impacto real das infecções por estes vírus. / Acute gastroenteritis (AGE) is an important cause of infantile morbidity and mortality worldwide. According to WHO, AGE and the acute respiratory infections are the most important health problems in <5-year-old children, being responsible of 17% of 10.4 million of death every year. In Paraguay, AGE is the third cause of mortality in children <5 years old, for which the epidemiological importance of group A rotaviruses (RV-A) has been extensively described; however, little is known about the importance of other viruses. Noroviruses (NoVs), genus Norovirus from the Caliciviridae family, are widely recognized as the most important causative agents of non-bacterial AGE outbreaks and the second most prevalent viruses in sporadic infections. In this study we screened the presence of NoVs in 378 fecal samples, negative for pathogenic bacteria and rotavirus group A (RV-A), collected from children ≤5 years old with AGE, admitted as out- or in-patients in Asuncion, the capital of the Central State and the country, Paraguay, during 2004–2005. One hundred and sixty-one samples (42.6%) were positive for NoVs by partial gene amplification of the viral polimerase. No seasonality or differences in the incidence of the different age-groups were detected. NoV GII and GI were detected in 58% and 42% of the positive samples, respectively. The frequencies of genotypes detected were: GII.4 (18%), GII.17 (18%), the more prevalent; GII.6 (14%), GII.7 (14%), GII.3 (10%), GII.5 (3%), GII.8 (3%), GII.16 (3%), GI.3 (14%) and GI.8 (3%); the phylogenetic relationships among these strains and the ones that circulated in the region and around the world is shown in this study. Genotypes GII.5 and GI.8 are described here for the first time in South America. The results presented here show that NoVs are an important cause of AGE in Paraguay and its continuous monitoring will be essential to determine the real impact in AGE infections.

Submitted by Ana Lúcia Torres (bfmhuap@gmail.com) on 2017-09-25T19:28:09Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Detecção e caracterização molecular de vírus associados com gastrenterite aguda (dissertação - Maria da Penha Trindade Pinheiro Xavier).pdf: 1727960 bytes, checksum: bdf6aa7830668ed27e7f7023599907e5 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Lúcia Torres (bfmhuap@gmail.com) on 2017-09-25T20:01:49Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Detecção e caracterização molecular de vírus associados com gastrenterite aguda (dissertação - Maria da Penha Trindade Pinheiro Xavier).pdf: 1727960 bytes, checksum: bdf6aa7830668ed27e7f7023599907e5 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-25T20:01:49Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Detecção e caracterização molecular de vírus associados com gastrenterite aguda (dissertação - Maria da Penha Trindade Pinheiro Xavier).pdf: 1727960 bytes, checksum: bdf6aa7830668ed27e7f7023599907e5 (MD5) Previous issue date: 2008 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Departamento de Virologia / Estudos baseados em comunidades fornecem informações que representam geograficamente o perfil das doenças diarreicas infantil. Entretanto, nos países em desenvolvimento são poucos os estudos que relatam a circulação das principais viroses gastrentéricas em uma mesma comunidade. Este estudo apresenta dos dados da investigação da frequência da infecção dos norovírus e sapovírus em crianças com gastrenterite aguda participantes de um estudo longitudinal em comunidades carentes da cidade de Salvador, BA, Brasil. A caracterização molecular de outros vírus entéricos previamente detectados nesta mesma população também foi realizada. Este estudo representa a continuidade de um projeto anterior desenhado para estabelecer o perfil dos patógenos entéricos mais prevalentes nessas comunidades. Neste estudo, 139 amostras fecais coletadas no período de julho de 2001 a janeiro de 2002 foram analisadas por RT-PCR usando inicialmente um conjunto de oligonucleotídeos para detecção de calicivírus (norovirus e sapovirus) e um específico para norovírus. Sete amostras (5,0%) foram positivas para calcivírus e 11 amostras (7,9%) foram para norovírus. Uma amostra foi caracterizada como SaV e sete amostras como genovírus do grupo GII, por sequenciamento de nucleotídeos. A caracterização molecular do rotavírus do grupo A (RV-A) e astrovírus (HAstV) previamente detectados, revelou a circulação do RV-A genótipos G1P[8] e G9P[8] e HAstV genótipos 6, 7 e 8. Não foram observadas infecções mistas. Estes achados apontam para a grande diversidade dos genótipos dos mais importantes vírus associados às gastrenterites agudas circulando em comunidades carentes / Community-based studies provide information geographically representing the profile of childhood diarrheal diseases. However, in the developing countries there are few studies that report the circulation of the main gastro-enteric viruses in the same community. This study presents data from the investigation of the frequency of norovirus and sapovirus infection in children with acute gastroenteritis who participated in a longitudinal study in poor communities in the city of Salvador, BA, Brazil. The molecular characterization of other enteric viruses previously detected in this same population was also performed. This study represents the continuity of an earlier project designed to establish the profile of the most prevalent enteric pathogens in these communities. In this study, 139 fecal samples collected from July 2001 to January 2002 were analyzed by RT-PCR using a set of oligonucleotides for the detection of calicivirus (norovirus and sapovirus) and one specific for norovirus. Seven samples (5.0%) were positive for calcivirus and 11 samples (7.9%) were for norovirus. One sample was characterized as SaV and seven samples as genovirus of group GII, by nucleotide sequencing. The molecular characterization of the rotavirus group A (RV-A) and astrovirus (HAstV) previously detected, revealed the circulation of the RV-A genotypes G1P [8] and G9P [8] and HAstV genotypes 6, 7 and 8. They were not observed infections. These findings point to the great diversity of genotypes of the most important viruses associated with acute gastroenteritis circulating in poor communities

Introdução: Uma das importantes causas de morbidade e mortalidade relacionadas aos cuidados na assistência continua sendo as infecções, conhecidas como Infecções Relacionadas à Assistência à Saúde (IRAS). Dentre elas, inclui-se a gastroenterite que é uma infecção causada por bactérias, vírus ou protozoários. Uma gastroenterite que tem dispertado atenção como IRAS, são as noroviroses causadas pelo Norovirus Humano (HuNoV). Esta apresenta alta infectividade a partir do baixo inóculo, alto potencial patogênico acometendo indivíduos sadios e persistência no ambiente. No contexto de precauções padrão, deve-se admitir a presença de indivíduos infectados por HuNoV nos Serviços de Saúde (SS), sintomáticos ou não. O HuNoV é eliminado para o ambiente a partir dos disseminadores por meio do vômito e fezes que na maioria das vezes contamina o piso. Nesse sentido, as superfícies hospitalares contaminadas por estas matérias orgânicas, têm merecido atenção dos controladores de infecção no que diz respeito à transferência deste para o ambiente. A padronização do cuidado seguro do local onde houve a contaminação pelo material fecal ou vômito torna-se de fundamental importância para evitar contaminação cruzada, que pode facilmente resultar em surtos. Embora o Centers for Disease Control and Prevention (2003) recomende apenas a limpeza para piso, justificado por ser uma superfície onde as mãos dos profissionais não tocam durante os procedimentos assistenciais, não existe um consenso quando se trata de vômito e fezes como dejetos derramadas no piso, surgindo a polêmica da necessidade de também usar desinfetantes em função do HuNoV. Objetivo: Evidenciar a necessidade do uso de desinfetante no piso após a limpeza para prevenir a transferência de HuNoV para o ambiente a partir de vômito e fezes de pacientes presumivelmente contaminados. Método: Trata-se de uma Revisão Sistemática (RS) cujo procedimento metodológico, seguiu as recomendações do Manual da Colaboração Cochrane sendo relatada de acordo com o Preferred Reporting Items for Systematic Reviews and Meta-Analysis - PRISMA. A busca das evidências, foi realizada nas bases de dados Cochrane Library, BVS, Medline, Web of Science e Cinahal, acessando artigos publicados e indexados sem restrição de idiomas e de período, até fevereiro do ano de 2015. Foram utilizados descritores oficiais e adaptados de diferentes bases de dados e sua combinação foi realizada por meio do operador booleano AND e OR. Resultados: Após a leitura dos títulos, resumos e textos na íntegra por duas avaliadoras, selecionaram-se três estudos. Os dados foram sintetizados e apresentados de forma descritiva por meio de quadros e tabelas. Ressalta-se que para estudos laboratoriais, não existem checklist específicos para avaliar a qualidade das evidências, por isso, foi utilizado o sistema Grading of Recommendations, Assessment, Development and Evaluation - GRADE. A análise da adequação dos delineamentos do estudo para o objeto da presente RS, assim como presença de vieses, foram independentemente julgados por três especialistas no método e no assunto, seguida de uma discussão grupal em busca de consenso. Conclusão: Essa revisão confirmou por meio dos estudos encontrados a necessidade da utilização do desinfetante posteriormente a limpeza, para eliminar o HuNoV. No entanto, considerando a possibilidade da sobrevivência do HuNoV decorrente das práticas atuais não seguras da desinfecção do piso, essa RS não encontrou dados suficiente se HuNoV residuais terão a capacidade de aerolizar contaminando superfícies tocadas ou o ar, havendo risco destes serem deglutidos o que terá que ser respondida em pesquisas futuras. / Introduction: Infections remain one of the major causes of morbidity and mortality related to care, referred as Infections Related to Health Care. Among them, gastroenteritis is a common infection which may be caused by bacteria, viruses or protozoa. A gastroenteritis that has been highlighted as related to health care are noroviruses caused by Human Norovirus (HuNoV). It has high infectivity from low inoculum, high pathogenic potential affecting healthy individuals and environmental patency. Considering the context of standard precautions, it must be admitted the presence of patients infected by HuNoV in Health Services, symptomatic or not. HuNoV is eliminated to the environment from the scatterers through vomit and feces that, most of the time, contaminate the floor. So hospital surfaces contaminated by these organic materials have received attention of infection controllers related to its transfer to the environment. The stardization of safe care of the place where there was contamination by feces or vomit becomes crucial to avoid cross-contamination, which can easily lead to outbreaks. While Centers for Disease Control and Prevention (2003) recommend cleaning of floor only, as it is a surface where individuals dont touch their hands during assistance proceedings, there is no consensus related to vomit and feces wastes into the environment because of HuNoV, resulting in the controversy of also use desinfectants based on the NuNov. Purpose: Highlighting the need of using disinfectant on the floor after cleaning to prevent transferring HuNoV from vomit and feces of infected patients to the environment. Method: It is a systematic review whose methodological procedure followed the Cochrane Collaboration Handbook recommendations reported according to PRISMA (Preferred Reporting Items for Systematic Reviews and Meta-Analysis). The search of evidence was carried out through databases Cochrane Library, BVS, PubMed, Web of Science and Cinahal considering articles published and indexed with no restriction to languages and publication date until February 2015. Adapted descriptors were used for data bases and its combination was performed using the Boolean operators AND and OR. Results: Once titles, abstracts and full texts were read by two reviewers, three studies have been selected. Data were synthesized and descriptively presented through charts and tables. Importantly, when it comes to laboratory investigations, there are no specific checklists to assess the quality of evidence, so the GRADE system was used. The analysis of the adequacy of the study designs for the object of the present systematic review, as well as the presence of bias, were independently judged by three experts in the method and subject, followed by a group looking for consensus. Conclusion: This review has confirmed the need of using disinfectant after cleaning to eliminate HuNoV. However, considering the HuNoV survival due to unsafe current practices of floor disinfection, this systematic review havent found enough data to prove if wasted HuNoV have the ability to aerosolize contaminating touched surfaces or air, with a risk of these being swallowed. This question will be answered by future researches.

Introdução: Uma das importantes causas de morbidade e mortalidade relacionadas aos cuidados na assistência continua sendo as infecções, conhecidas como Infecções Relacionadas à Assistência à Saúde (IRAS). Dentre elas, inclui-se a gastroenterite que é uma infecção causada por bactérias, vírus ou protozoários. Uma gastroenterite que tem dispertado atenção como IRAS, são as noroviroses causadas pelo Norovirus Humano (HuNoV). Esta apresenta alta infectividade a partir do baixo inóculo, alto potencial patogênico acometendo indivíduos sadios e persistência no ambiente. No contexto de precauções padrão, deve-se admitir a presença de indivíduos infectados por HuNoV nos Serviços de Saúde (SS), sintomáticos ou não. O HuNoV é eliminado para o ambiente a partir dos disseminadores por meio do vômito e fezes que na maioria das vezes contamina o piso. Nesse sentido, as superfícies hospitalares contaminadas por estas matérias orgânicas, têm merecido atenção dos controladores de infecção no que diz respeito à transferência deste para o ambiente. A padronização do cuidado seguro do local onde houve a contaminação pelo material fecal ou vômito torna-se de fundamental importância para evitar contaminação cruzada, que pode facilmente resultar em surtos. Embora o Centers for Disease Control and Prevention (2003) recomende apenas a limpeza para piso, justificado por ser uma superfície onde as mãos dos profissionais não tocam durante os procedimentos assistenciais, não existe um consenso quando se trata de vômito e fezes como dejetos derramadas no piso, surgindo a polêmica da necessidade de também usar desinfetantes em função do HuNoV. Objetivo: Evidenciar a necessidade do uso de desinfetante no piso após a limpeza para prevenir a transferência de HuNoV para o ambiente a partir de vômito e fezes de pacientes presumivelmente contaminados. Método: Trata-se de uma Revisão Sistemática (RS) cujo procedimento metodológico, seguiu as recomendações do Manual da Colaboração Cochrane sendo relatada de acordo com o Preferred Reporting Items for Systematic Reviews and Meta-Analysis - PRISMA. A busca das evidências, foi realizada nas bases de dados Cochrane Library, BVS, Medline, Web of Science e Cinahal, acessando artigos publicados e indexados sem restrição de idiomas e de período, até fevereiro do ano de 2015. Foram utilizados descritores oficiais e adaptados de diferentes bases de dados e sua combinação foi realizada por meio do operador booleano AND e OR. Resultados: Após a leitura dos títulos, resumos e textos na íntegra por duas avaliadoras, selecionaram-se três estudos. Os dados foram sintetizados e apresentados de forma descritiva por meio de quadros e tabelas. Ressalta-se que para estudos laboratoriais, não existem checklist específicos para avaliar a qualidade das evidências, por isso, foi utilizado o sistema Grading of Recommendations, Assessment, Development and Evaluation - GRADE. A análise da adequação dos delineamentos do estudo para o objeto da presente RS, assim como presença de vieses, foram independentemente julgados por três especialistas no método e no assunto, seguida de uma discussão grupal em busca de consenso. Conclusão: Essa revisão confirmou por meio dos estudos encontrados a necessidade da utilização do desinfetante posteriormente a limpeza, para eliminar o HuNoV. No entanto, considerando a possibilidade da sobrevivência do HuNoV decorrente das práticas atuais não seguras da desinfecção do piso, essa RS não encontrou dados suficiente se HuNoV residuais terão a capacidade de aerolizar contaminando superfícies tocadas ou o ar, havendo risco destes serem deglutidos o que terá que ser respondida em pesquisas futuras. / Introduction: Infections remain one of the major causes of morbidity and mortality related to care, referred as Infections Related to Health Care. Among them, gastroenteritis is a common infection which may be caused by bacteria, viruses or protozoa. A gastroenteritis that has been highlighted as related to health care are noroviruses caused by Human Norovirus (HuNoV). It has high infectivity from low inoculum, high pathogenic potential affecting healthy individuals and environmental patency. Considering the context of standard precautions, it must be admitted the presence of patients infected by HuNoV in Health Services, symptomatic or not. HuNoV is eliminated to the environment from the scatterers through vomit and feces that, most of the time, contaminate the floor. So hospital surfaces contaminated by these organic materials have received attention of infection controllers related to its transfer to the environment. The stardization of safe care of the place where there was contamination by feces or vomit becomes crucial to avoid cross-contamination, which can easily lead to outbreaks. While Centers for Disease Control and Prevention (2003) recommend cleaning of floor only, as it is a surface where individuals dont touch their hands during assistance proceedings, there is no consensus related to vomit and feces wastes into the environment because of HuNoV, resulting in the controversy of also use desinfectants based on the NuNov. Purpose: Highlighting the need of using disinfectant on the floor after cleaning to prevent transferring HuNoV from vomit and feces of infected patients to the environment. Method: It is a systematic review whose methodological procedure followed the Cochrane Collaboration Handbook recommendations reported according to PRISMA (Preferred Reporting Items for Systematic Reviews and Meta-Analysis). The search of evidence was carried out through databases Cochrane Library, BVS, PubMed, Web of Science and Cinahal considering articles published and indexed with no restriction to languages and publication date until February 2015. Adapted descriptors were used for data bases and its combination was performed using the Boolean operators AND and OR. Results: Once titles, abstracts and full texts were read by two reviewers, three studies have been selected. Data were synthesized and descriptively presented through charts and tables. Importantly, when it comes to laboratory investigations, there are no specific checklists to assess the quality of evidence, so the GRADE system was used. The analysis of the adequacy of the study designs for the object of the present systematic review, as well as the presence of bias, were independently judged by three experts in the method and subject, followed by a group looking for consensus. Conclusion: This review has confirmed the need of using disinfectant after cleaning to eliminate HuNoV. However, considering the HuNoV survival due to unsafe current practices of floor disinfection, this systematic review havent found enough data to prove if wasted HuNoV have the ability to aerosolize contaminating touched surfaces or air, with a risk of these being swallowed. This question will be answered by future researches.

Submitted by Verônica Esteves (vevenesteves@gmail.com) on 2017-09-22T12:19:19Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Detecção e caracterização molecular de vírus associados com gastrenterite aguda (dissertação - Maria da Penha Trindade Pinheiro Xavier).pdf: 1727960 bytes, checksum: bdf6aa7830668ed27e7f7023599907e5 (MD5) / Approved for entry into archive by Verônica Esteves (vevenesteves@gmail.com) on 2017-09-22T12:20:56Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Detecção e caracterização molecular de vírus associados com gastrenterite aguda (dissertação - Maria da Penha Trindade Pinheiro Xavier).pdf: 1727960 bytes, checksum: bdf6aa7830668ed27e7f7023599907e5 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-22T12:21:03Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Detecção e caracterização molecular de vírus associados com gastrenterite aguda (dissertação - Maria da Penha Trindade Pinheiro Xavier).pdf: 1727960 bytes, checksum: bdf6aa7830668ed27e7f7023599907e5 (MD5) Previous issue date: 2008 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Universidade Federal da Bahia / Fundação Oswaldo Cruz. Departamento de Virologia / Estudos baseados em comunidades fornecem informações que representam geograficamente o perfil das doenças diarréicas infantil. Entretanto, nos países em desenvolvimento, são poucos os estudos que relatam a circulação das principais viroses gastrentéricas em uma mesma comunidade. Este estudo apresenta os dados da investigaçao da freqüência da infecção dos norovírus e sapovirus em crianças com gastrenterite aguda participantes de um estudo longitudinal em comunidades carentes da cidade de Salvador, BA, Brasil. A caracterização molecular de outros vírus entéricos previamente detectados nesta mesma população também foi realizada. Este estudo representa a continuidade de um projeto anterior desenhado para estabelecer o perfil dos patógenos entéricos mais prevalentes nessas comunidades. Neste estudo, 139 amostras fecais coletadas no período de julho de 2001 a janeiro de 2002 foram analisadas por RT-PCR usando inicialmente um conjunto de oligonucleotídeos para detecção de calicivirus humanos (norovirus e sapovirus) e um específico para norovirus. Sete amostras (5,0%) foram positivas para calicivirus e 11 amostras (7,9%) para norovirus. Uma amostra foi caracterizada como SaV e sete amostras como norovirus do genogrupo GII, por seqüenciamento de nucleotideos. A caracterização molecular do rotavírus do grupo A (RV-A) e astrovírus (HAstV), previamente detectados, revelou a circulação do RV-A genótipos G1P[8] e G9P[8] e HAstV genótipos 6, 7 e 8. Não foram observadas infecções mistas. Estes achados apontam para a grande diversidade dos genótipos dos mais importantes vírus associados às gastrenterites agudas circulando em comunidades carentes / Community based studies provide geographically representative information on the acute diarrhea disease burden. However, there are only a few reports in developing countries concerning the genotypes of the most important gastro enteric viruses in such communities. This study presents the results obtained by investigating the presence of Norovírus in children with acute gastroenteritis from a longitudinal study in low-income communities of the city of Salvador, BA, Brazil. This study represents an extension of a previous work performed to establish the profile of the most prevalent enteric pathogens present in these communities. In this study, 139 fecal samples collected from July 2001 to January 2002 were analyzed by RT-PCR using a set of primers for calicivirus (norovirus and sapovirus) and a specific set of primers for NoV. Seven out of 139 (5.0%) and 11 (7,9%) samples were positive for calicivirus and norovirus, respectively. One sample was characterized as human sapovirus and seven isolates were characterized as NoV genotype GII. The molecular characterization of the previously detected group A rotaviruses (RV-A) and human astrovíruses (HAstV) was also performed and revealed the circulation of RV-A genotypes G1P[8] and G9P[8]; and HAstV genotypes 6, 7, and 8. No mixed infection was observed. These findings pointed out the circulation of a great diversity of genotypes of the most important viruses responsible for acute gastroenteritis circulating in low-income communities

Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-11-24T12:30:07Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_CaracterizacaoInfeccoesNorovirus.pdf: 2416800 bytes, checksum: 3797621a13f8e90a9a632432df5f4151 (MD5) / Approved for entry into archive by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2017-12-01T15:38:36Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_CaracterizacaoInfeccoesNorovirus.pdf: 2416800 bytes, checksum: 3797621a13f8e90a9a632432df5f4151 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-12-01T15:38:36Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_CaracterizacaoInfeccoesNorovirus.pdf: 2416800 bytes, checksum: 3797621a13f8e90a9a632432df5f4151 (MD5) Previous issue date: 2012-04-20 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O Norovirus (NoVs), pertencente a família Caliciviridae, ocasiona quadro de gastrenterite aguda (GEA) em pessoas de todas as faixas etárias. Sua relevância como causa de surtos já está confirmada, os quais ocorrem principalmente em locais fechados. Sua transmissão é, sobretudo, pela via fecal-oral, por meio da ingestão de água/alimentos contaminados e contato pessoa-a-pessoa. A doença em geral se manifesta de forma súbita, caracterizada por diarreia, vômito, náusea e cólica abdominal. O objetivo deste estudo foi demonstrar a importância dos NoVs como patógenos associados às internações de crianças com quadro de GEA em Belém, Pará. A coleta dos espécimes fecais ocorreu de maio/2008 a abril/2011, sendo examinados somente aqueles com resultados negativos para rotavírus. Para a detecção dos NoVs foi utilizado o ensaio imunoenzimático (EIA) e a reação em cadeia mediada pela enzima polimerase e precedida de transcrição reversa (RT-PCR). As amostras com resultado positivo no EIA e negativo na RT-PCR foram submetidas a semi-nested RT-PCR, e aquelas que permaneceram negativas foram testadas pela PCR em tempo real. Foram analisadas 483 amostras, sendo observada uma positividade de 35,4% (171/483). Adotando-se a RT-PCR como o método de referência, o EIA apresentou sensibilidade de 85,9% e especificidade de 93,4%, com excelente reprodutibilidade entre ambas (Kappa= 0.8, p<0.0001). As 22 amostras positivas apenas por EIA foram testadas pela semi-nested RT-PCR e PCR em tempo real, sendo observada positividade de 63,6% (14/22) e 75% (6/8), respectivamente. O sequenciamento nucleotídico parcial da região da ORF1 demonstrou a circulação dos genótipos GII.4d (80,8%-42/52), GII.7 (7,7%-4/52) e GII.b (11,5%-6/52). Foi realizado o sequenciamento de 64,3% (9/14) das amostras positivas somente pela semi-nested RT-PCR, também correspondente a ORF1, sendo 55,6% (5/9) classificadas como GII.4d e 44,4% (4/9) como GII.b. Das 6 amostras classificadas como GII.b, cinco foram caracterizadas como GII.3 quando sequenciadas com iniciadores específicos da região do capsídeo viral, sugerindo a possibilidade de se tratarem de amostras recombinantes. Foi observada maior taxa de infecção nas crianças menores de 2 anos de idade (90,1%-154/171) e os principais sintomas observados foram vômito (95,8%-137/143) e desidratação (94,4%-118/125), considerando que a diarreia foi critério de inclusão. A maioria das crianças infectadas apresentou mais de 9 dias de diarreia (41,2%), 4 evacuações diárias (43,9%) e mais de 5 episódios de vômito (90%) no período de internação. Com relação à sazonalidade, foram observados três picos de positividade, em setembro e outubro de 2008 (63,6%); e em fevereiro de 2010 (62,1%), não sendo notada nenhuma correlação com os parâmetros climáticos de pluviosidade, umidade e temperatura. Com este estudo, demonstrou-se a importância dos NoVs como enteropatógenos virais associados à GEA em crianças hospitalizadas em Belém, indicando a necessidade de uma vigilância ativa, a fim de evitar maior morbidade e possível mortalidade ocasionada por esse vírus na população infantil. / The Norovirus (NoVs), Caliciviridae family, is related with acute gastroenteritis (AGE) in people of all ages groups. Its importance as cause of outbreaks have been confirmed, which occur mainly indoors. Its transmission is mainly by the fecal-oral route through contaminated water and food, and person to person contact. The disease usually is characterized by diarrhea, vomiting, nausea and abdominal cramps. The aim of this study was to demonstrate the importance of NoVs as pathogen associated with hospital admissions of children with AGE in Belém, Pará. The collection of fecal specimens occurred from May 2008 to April 2011, being only tested the samples with negative results for rotavirus. The enzyme immunoassay (EIA) and the reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) were used for NoVs detection. The samples with positive results by EIA and negative by RT-PCR, were submitted to the semi-nested RT-PCR, and the ones with remain negative, were tested by the real-time PCR. A total of 483 samples were analyzed with a positivity of 35.4% (171/483). Adopting the RT-PCR as the reference method, the EIA had a sensitivity of 85.9% and a specificity of 93.4% with excellent reproducibility between them (kappa = 0.8, p <0.0001). The 22 samples positive only by EIA were tested first by semi-nested RT-PCR and after by real-time PCR, with a positivity of 63.6% (14/22) and 75% (6/8), respectively. The partial nucleotide sequencing of ORF1 region demonstrated the presence of GII.4d (80.8%-42/52), GII.7 (7.7%-4/52) and GII.b (11.5%-6/52) genotypes. Sequencing was performed in 64.3% (9/14) of the samples positive only by semi-nested RT-PCR, also corresponding to ORF1, which 55.6% (5/9) were classified as GII.4d and 44.4% (4/9) as GII.b. Of the six samples classified as GII.b, five were characterized as GII.3 when sequenced with primers specifics for the capsid region, suggesting the possibility of recombinants samples. A higher infection rate was observed in children under 2 years of age (90.1%-154/171) and the main symptoms were vomiting (95.8%-137/143) and dehydration (94.4%-118/25), considering the diarrhea was an inclusion criterion. Most infected children had more than 9 days of diarrhea (41.2%), 4 evacuations per day (43.9%) and more than 5 episodes of vomiting (90%) during hospitalization. Regarding seasonality, three peaks of positivity were observed in September and October 2008 (63.6%), and in February 2010 (62.1%). Any correlation with the climatic parameters of rainfall, humidity and temperature was demonstrated. This study confirmed the importance of NoVs as viral enteropathogen associated with AGE among hospitalized children in Belém, imposing the necessity of an active surveillance, in order to avoid possible morbidity caused by this virus in childhood.

Introdução: Norovírus é o principal agente viral de infecções gastrointestinais no mundo e sua alta infectividade gera aumento importante da demanda e dos custos para a saúde pública. Surtos ocorrem em ambientes fechados ou com aglomeração de pessoas. No município de São Paulo, o Norovírus tem se destacado como principal agente etiológico das gastroenterites. Objetivo: Descrever as noroviroses como causa de gastroenterite epidêmica no Município de São Paulo no período de 2010 a 2016. Métodos: Estudo transversal descritivo com dados dos sistemas de Vigilância Epidemiológica de surtos de gastroenterite e da Vigilância Sentinela Laboratorial do Rotavírus do Município de São Paulo entre os anos de 2010 a 2016. A definição de caso foi a identificação laboratorial do Norovírus como agente etiológico de surto de doença diarreica em todas as faixas etárias ou de casos esporádicos em menores de cinco anos internados em unidades sentinelas da Vigilância do Rotavírus. Os dados foram descritos segundo tempo, lugar e pessoa, por meio do Epi InfoTM versão 3.5.4 e ArcGIS versão 10.1. Resultados: O Norovírus foi associado a 20,4 por cento (68/334) dos surtos com pesquisa de agente realizada. Ocorrendo com maior frequência na região Norte, seguida das regiões Sul e Sudeste do Município de SP; principalmente em creches, domicílios e hospitais. Houve um predomínio de casos em crianças menores de 5 anos (47,2 por cento do sexo masculino; 28,6 por cento do sexo feminino) e em mulheres entre 20 a 49 anos (38,9 por cento). Na Vigilância Sentinela Laboratorial do Rotavírus do município de São Paulo, o Norovírus foi associado a 28,4 por cento (444/1565) dos casos menores de 5 anos. Os casos foram provenientes principalmente das regiões Norte e Sul, onde estão localizadas as duas unidades sentinelas. Verificou-se pico de ocorrência do Norovírus nos meses mais quentes. Destaca-se que o perfil das gastroenterites descrito foi fortemente influenciado pelas características da Vigilância Epidemiológica das Doenças de Transmissão Alimentar do Município de São Paulo. Conclusão: O Norovírus foi o principal agente etiológico de surtos de gastroenterite e de casos menores de 5 anos internados por diarreia aguda no Município de São Paulo. A vigilância das gastroenterites por Norovírus é importante para o estabelecimento de uma rede integrada entre diferentes estados e países que possibilitem o conhecimento da doença, planejamento de medidas de prevenção e controle e comunicação da informação. / Introduction: Norovirus is the major viral agent of gastroenteritis in the world and its high infectivity causes an important increase in demand and costs for public health. Outbreaks occur in closed environments or crowded settings. In the city of São Paulo, Norovirus has been highlighted as the main etiological agent of gastroenteritis. Objective: To describe the noroviruses as the cause of epidemic gastroenteritis in the city of São Paulo from 2010 to 2016. Methods: Descriptive cross-sectional study with data from the Epidemiological Surveillance systems of gastroenteritis outbreaks and Laboratory Sentinel Surveillance of Rotavirus of the city of São Paulo from 2010 and 2016. The case definition was the laboratory identification of Norovirus as the etiological agent of diarrheal disease outbreak in all age groups or sporadic cases in children under five years of age hospitalized in sentinel units of Rotavirus Surveillance. The data were described by time, place and person, using Epi InfoTM version 3.5.4 and ArcGIS version 10.1. Results: Norovirus was associated to 20.4 per cent (68/334) of outbreaks with agent identification performed. Occurred more frequently in the North region, followed by the South and Southeast regions of the city of São Paulo, especially in nurseries, residences and hospitals. A predominance of cases in children aged <5 years (47.2 per cent male, 28.6 per cent female) and in women aged 20 to 49 years (38.9 per cent) was observed. In the Laboratory Sentinel Surveillance of Rotavirus in the city of São Paulo, Norovirus was associated with 28.4 per cent (444/1565) of cases in children younger than 5 years old. The cases were mainly from the North and South regions, where the two sentinel units are placed. There was a peak of Norovirus occurrence in warmer months. It can be noticed that the profile of gastroenteritis described was strongly influenced by the characteristics of Foodborne Disease Surveillance of the city of São Paulo. Conclusion: Norovirus was the major etiological agent of gastroenteritis outbreaks and diarrhea cases under 5 years old hospitalized in the city of São Paulo. Surveillance of gastroenteritis caused by Norovirus is important for the establishment of an integrated network between different states and countries to contribute to disease knowledge, planning of prevention and control actions and distribution of information.

Introdução: Norovírus é o principal agente viral de infecções gastrointestinais no mundo e sua alta infectividade gera aumento importante da demanda e dos custos para a saúde pública. Surtos ocorrem em ambientes fechados ou com aglomeração de pessoas. No município de São Paulo, o Norovírus tem se destacado como principal agente etiológico das gastroenterites. Objetivo: Descrever as noroviroses como causa de gastroenterite epidêmica no Município de São Paulo no período de 2010 a 2016. Métodos: Estudo transversal descritivo com dados dos sistemas de Vigilância Epidemiológica de surtos de gastroenterite e da Vigilância Sentinela Laboratorial do Rotavírus do Município de São Paulo entre os anos de 2010 a 2016. A definição de caso foi a identificação laboratorial do Norovírus como agente etiológico de surto de doença diarreica em todas as faixas etárias ou de casos esporádicos em menores de cinco anos internados em unidades sentinelas da Vigilância do Rotavírus. Os dados foram descritos segundo tempo, lugar e pessoa, por meio do Epi InfoTM versão 3.5.4 e ArcGIS versão 10.1. Resultados: O Norovírus foi associado a 20,4 por cento (68/334) dos surtos com pesquisa de agente realizada. Ocorrendo com maior frequência na região Norte, seguida das regiões Sul e Sudeste do Município de SP; principalmente em creches, domicílios e hospitais. Houve um predomínio de casos em crianças menores de 5 anos (47,2 por cento do sexo masculino; 28,6 por cento do sexo feminino) e em mulheres entre 20 a 49 anos (38,9 por cento). Na Vigilância Sentinela Laboratorial do Rotavírus do município de São Paulo, o Norovírus foi associado a 28,4 por cento (444/1565) dos casos menores de 5 anos. Os casos foram provenientes principalmente das regiões Norte e Sul, onde estão localizadas as duas unidades sentinelas. Verificou-se pico de ocorrência do Norovírus nos meses mais quentes. Destaca-se que o perfil das gastroenterites descrito foi fortemente influenciado pelas características da Vigilância Epidemiológica das Doenças de Transmissão Alimentar do Município de São Paulo. Conclusão: O Norovírus foi o principal agente etiológico de surtos de gastroenterite e de casos menores de 5 anos internados por diarreia aguda no Município de São Paulo. A vigilância das gastroenterites por Norovírus é importante para o estabelecimento de uma rede integrada entre diferentes estados e países que possibilitem o conhecimento da doença, planejamento de medidas de prevenção e controle e comunicação da informação. / Introduction: Norovirus is the major viral agent of gastroenteritis in the world and its high infectivity causes an important increase in demand and costs for public health. Outbreaks occur in closed environments or crowded settings. In the city of São Paulo, Norovirus has been highlighted as the main etiological agent of gastroenteritis. Objective: To describe the noroviruses as the cause of epidemic gastroenteritis in the city of São Paulo from 2010 to 2016. Methods: Descriptive cross-sectional study with data from the Epidemiological Surveillance systems of gastroenteritis outbreaks and Laboratory Sentinel Surveillance of Rotavirus of the city of São Paulo from 2010 and 2016. The case definition was the laboratory identification of Norovirus as the etiological agent of diarrheal disease outbreak in all age groups or sporadic cases in children under five years of age hospitalized in sentinel units of Rotavirus Surveillance. The data were described by time, place and person, using Epi InfoTM version 3.5.4 and ArcGIS version 10.1. Results: Norovirus was associated to 20.4 per cent (68/334) of outbreaks with agent identification performed. Occurred more frequently in the North region, followed by the South and Southeast regions of the city of São Paulo, especially in nurseries, residences and hospitals. A predominance of cases in children aged <5 years (47.2 per cent male, 28.6 per cent female) and in women aged 20 to 49 years (38.9 per cent) was observed. In the Laboratory Sentinel Surveillance of Rotavirus in the city of São Paulo, Norovirus was associated with 28.4 per cent (444/1565) of cases in children younger than 5 years old. The cases were mainly from the North and South regions, where the two sentinel units are placed. There was a peak of Norovirus occurrence in warmer months. It can be noticed that the profile of gastroenteritis described was strongly influenced by the characteristics of Foodborne Disease Surveillance of the city of São Paulo. Conclusion: Norovirus was the major etiological agent of gastroenteritis outbreaks and diarrhea cases under 5 years old hospitalized in the city of São Paulo. Surveillance of gastroenteritis caused by Norovirus is important for the establishment of an integrated network between different states and countries to contribute to disease knowledge, planning of prevention and control actions and distribution of information.

As bactérias patogênicas em moluscos bivalves podem ser agentes causadores de doenças como a gastroenterite e responsáveis por vários surtos de origem alimentar, representado um risco para os consumidores. Os vírus entéricos são a causa mais comum de surtos de gastroenterites não bacteriana em humanos no mundo e podem ser encontrados nas águas utilizadas no cultivo de moluscos bivalves. Este estudo teve como objetivo avaliar a contaminação de mexilhões (Mytella falcata) e ostras (Crassostrea brasiliana) provenientes do Complexo Estuarino Lagunar de Cananéia-Iguape, Estado de São Paulo, por bactérias (coliformes totais, coliformes termotolerantes, patotipos de Escherichia coli), por astrovírus e norovírus humanos. Um total de 150 amostras de moluscos bivalves (75 ostras e 75 mexilhões) foram coletadas de junho de 2016 a fevereiro de 2017. A estimativa de coliformes totais nos tecidos das ostras variou de 14,1 a 154,5 número mais provável (NMP)/g e de coliformes termotolerantes de 3,0 a 48,6 NMP/g, enquanto que para as amostras de mexilhões, os coliformes totais variaram de 97,4 a 1300 NMP/g e coliformes termotolerantes de 3,6 a 927 NMP/g. E. coli foi detectada em 24 amostras (16%), em concentrações variando entre &lt;3 e &gt;927 NMP/g. Quatro amostras (17%) foram identificadas com Escherichia coli enteropatogênica (EPEC), apresentando o gene eae por PCR (Reação em Cadeia da Polimerase) e RFLP (Polimorfismo no Comprimento de Fragmentos de Restrição), e os amplicons positivos foram sequenciados. As porcentagens de similaridade relativas ao gene phoA de E. coli, para as cinco amostragens realizadas no estudo, apresentaram valores iguais ou superiores a 88,6%. As sequências de EPEC agruparam-se em diferentes clados com outras sequências do Brasil, Suíça e Uruguai, exibindo similaridade de 57,7 e 97,1% quando comparadas umas as outras. Quando comparadas a outras sequências de referência depositadas no GenBank, a similaridade variou entre 56,2 e 95,4%. Estes resultados são os primeiros a indicar a presença de EPEC em moluscos bivalves no Brasil. Astrovírus não foram identificados nas amostras de moluscos analisadas neste estudo. Norovírus (NoV) foi identificado em 21 (14%) das amostras, sendo 38% de mexilhões e 62% de ostras. As amostras de NoV genogrupo II (GII) foram agrupadas num clado único, juntamente com outras sequências de NoV GII, sendo mais próximas filogeneticamente de sequências originárias do Brasil, Japão e México, com similaridade de 93,8 a 96,6% do que com as outras sequências homólogas. A triagem de moluscos bivalves para coliformes, E. coli e presença de vírus entéricos significativos para a saúde pode ajudar na prevenção de surtos entre os consumidores e contribuir para a melhoria do ambiente estuarino. / The pathogenic bacteria in bivalve molluscs are causative agents of diseases such as gastroenteritis and responsible for several food-borne outbreaks, representing a risk to consumers. Enteric viruses are the most common cause of outbreaks of non-bacterial gastroenteritis in humans in the world and can be found in waters used in the cultivation of bivalve molluscs. The objective of this study was to evaluate the contamination of mussels (Mytella falcate) and oysters (Crassostrea brasiliana) from the estuarine complex Lagunar of Cananéia-Iguape, State of São Paulo, by bacteria (total coliforms, thermotolerant coliforms, Escherichia coli) and by human astroviruses and noroviruses. A total of 150 samples of bivalve molluscs (75 oysters and 75 mussels) were collected from June 2016 to February 2017. The total coliform estimate in oyster tissues varied from 14.1 to 154.5 most probable number (MPN)/g and thermotolerant coliforms from 3.0 to 48.6 MPN/g, whereas for mussel samples, total coliforms ranged from 97.4 to 1300 MPN/g and thermotolerant coliforms from 3.6 to 927 MPN/g. E. coli was detected in 24 samples (16%) at concentrations ranging from &lt;3 to &gt;927 NMP/g. Four (17%) were identified with enteropathogenic Escherichia coli (EPEC), presenting the gene eae by PCR (Polymerase Chain Reaction) and RFLP (Restriction fragment length polymorphism), and the positive amplicons were sequenced. The percentages of similarity relative to the phoA gene of E. coli, for the five samplings carried out in the study, presented values equal or superior to 88.6%. The EPEC sequences were grouped in different clades with other sequences from Brazil, Switzerland and Uruguay, exhibiting similarity of 57.7 and 97.1% when compared to each other. When compared to other reference sequences deposited in GenBank, the similarity ranged from 56.2 to 95.4%. These results are the first to indicate the presence of EPEC in bivalve molluscs in Brazil. Astroviruses were not identified in the mollusk samples analyzed in this study. Norovirus (NoV) was identified in 21 (14%) of the samples, representing 38% of mussels and 62% of oysters. NoV genogroup II (GII) samples were clustered in a single clade, along with other NoV GII sequences, keeping phylogenetically closest to sequences originating in Brazil, Japan and Mexico, with similarity of 93.8 to 96.6% than with the other homologous sequences. The screening of bivalve molluscs for coliforms, E. coli and the presence of enteric viruses significant to health can help preventing outbreaks among consumers and contribute to the improvement of the estuarine environment.