As doenças entéricas apresentam uma grande importância na saúde das aves. Astrovírus de galinha (CAstV), vírus da nefrite aviária (ANV) e parvovírus de galinha (ChPV) são vírus que foram relacionados com problemas entéricos em lotes comerciais de galinhas, sendo identificados em galinhas com sintomas de doença entérica. Existem poucas informações relacionadas a estes três vírus que estão sendo investigados como causadores de problemas entéricos, especialmente de diarreia, sintoma relacionado com a síndrome do nanismo e perda de ganho de peso nas granjas avícolas. Os objetivos do presente trabalho foram: a) realizar a caracterização molecular destes vírus; b) determinar a patogenicidade do ChPV, CAstV e ANV isolados de galinhas com doença entérica. As técnicas moleculares para a caracterização molecular dos vírus, para a detecção e quantificação das partículas virais foram utilizadas, e a análise histopatológica foi utilizada para a avaliação das lesões. Pintinhos SPF de um dia de idade foram divididos em quatro (04) grupos, cada grupo recebeu um dos três vírus isolados e o grupo restante foi usado como controle negativo. Os animais foram mantidos por 42 dias com água e ração ad libitum em isoladores individuais para cada grupo, a cada sete (07) diasforam obtidas amostras de intestino. Os três grupos infectados apresentaram após 12 horas da infecção, sinais de doença entérica, como: depressão, sonolência, penas eriçadas e principalmente diarreia. Após 10 dias da inoculação era evidente a desuniformidade no tamanho dos animais, com a presença de animais com nanismo. A avaliação macroscópica das aves mostrou a presença de intestinos distendidos, cheios de gás e liquido. O exame microscópico diferenciou o grupo infectado com ChPV dos demais, ocorrendo microabscessos de cripta, células em necrose com distribuição multifocal, e enterite linfoplasmocítica discreta. Os dois grupos restantes mostraram uma discreta hiperplasia de cripta e enterite linfoplasmocítica. Para cada um dos grupos de aves infectados foram estabelecidos ensaios de PCR em tempo real (qPCR), que detectaram que os três grupos de aves experimentais eram positivos (100%) para seu correspondente vírus com a maior carga viral aos sete dia de idade, diminuindo drasticamente após 21 dias de idade, no entanto, continuando presente até o 42° dia de idade. O grupo controle negativo não apresentou a presença de vírus, nenhum dos sintomas ou lesões. O peso dos animais em cada grupo infectado diminuiu levemente em comparação ao grupo controle negativo, mas sem diferença estatística significativa (p>0,05). A caracterização molecular e a análise filogenética dos vírus estudados determinou que a cepa de CAstV pertencia ao grupo I dos CAstV e se relaciona com as cepas que estão circulando nos USA. A cepa de ANV pertence ao grupo ANV-1 e apresentou maior porcentagem de similaridade com a cepa do Japão. A cepa do ChPV foi classificada no grupo do isolado da Hungria. Os resultados do presente trabalho caracterizaram o CAstV como parte do Grupo I, o ANV como um ANV-1 e o ChPV como parte do grupo do isolado da Hungria e mostraram que as cepas de ChPV, ANV e CAstV estudadas produzem doença entérica / Enteric diseases are of great importance in the health of birds. Chicken astrovirus (CAstV), avian nephritis virus (ANV) and chicken parvovirus (ChPV) are viruses that have been associated with enteric problems in chickens commercial flocks, being identified in chickens with symptoms of enteric disease. There is little information regarding these three viruses that are being investigated as the cause of enteric problems, especially diarrhea, symptoms related to runting stunting syndrome in poultry. This work aims to perform molecular characterization and determine the pathogenicity of ChPV, CAstV and ANV isolated from chickens with enteric disease. A multidisciplinary approach was used as molecular techniques for the molecular characterization of the viruses for the detection and quantification of the viral particles, histopathological analysis was used for evaluation of the lesions. Chicks SPF one day of age were divided into four (04) groups and each group received one of the three virus isolates and the remaining group was used as negative control, the animals were maintained for 42 days with water and food ad libitum in individual isolators for each group, every seven (07) days intestine samples were obtained. The three infected groups showed after 12 hours of infection, signs of enteric diseases, such as depression, drowsiness, ruffled feathers and mainly diarrhea. After 10 days of inoculation was evident non-uniformity in size of the animals, and the presence of animals with dwarfism. Macroscopic evaluation of the animals showed the presence of distended intestines filled with gas and liquid. Microscopic examination differentiated the group infected with ChPV the other two groups, showing abscess crypt cells in necrosis with multifocal distribution, and discreet linfoplasmocitic enteritis. The remaining two groups showed slight crypt hyperplasia and a discrete linfoplasmocít enteritis. For each of the infected groups real time PCR (qPCR) assays were established, showing the three experimental groups positive (100%) to its corresponding virus and most viral load to seven day old decreasing sharply after 21 days age, however this continuing until 42 days of age. The negative control group showed no viruses, no symptoms or injuries. The weight of the animals in each infected group dropped slightly compared to the negative control group, but without significant difference (p> 0.05). Molecular characterization and phylogenetic analysis of the studied viruses determined that the CAstV strain studied belong to group I of CAstV and is related to the strains that are circulating in the USA. The ANV strain belongs to ANV-1 group and showed a higher percentage of similarity with the Japanese strain. The ChPV strain belongs to group of isolated of Hungary. The results of this study characterized the CAstV as part of Group I, ANV as a ANV-1 and ChPV as a part of group of isolated of Hungary, showed that the strains of ChPV, ANV and CAstV studied produce enteric disease

As doenças entéricas apresentam uma grande importância na saúde das aves. Astrovírus de galinha (CAstV), vírus da nefrite aviária (ANV) e parvovírus de galinha (ChPV) são vírus que foram relacionados com problemas entéricos em lotes comerciais de galinhas, sendo identificados em galinhas com sintomas de doença entérica. Existem poucas informações relacionadas a estes três vírus que estão sendo investigados como causadores de problemas entéricos, especialmente de diarreia, sintoma relacionado com a síndrome do nanismo e perda de ganho de peso nas granjas avícolas. Os objetivos do presente trabalho foram: a) realizar a caracterização molecular destes vírus; b) determinar a patogenicidade do ChPV, CAstV e ANV isolados de galinhas com doença entérica. As técnicas moleculares para a caracterização molecular dos vírus, para a detecção e quantificação das partículas virais foram utilizadas, e a análise histopatológica foi utilizada para a avaliação das lesões. Pintinhos SPF de um dia de idade foram divididos em quatro (04) grupos, cada grupo recebeu um dos três vírus isolados e o grupo restante foi usado como controle negativo. Os animais foram mantidos por 42 dias com água e ração ad libitum em isoladores individuais para cada grupo, a cada sete (07) diasforam obtidas amostras de intestino. Os três grupos infectados apresentaram após 12 horas da infecção, sinais de doença entérica, como: depressão, sonolência, penas eriçadas e principalmente diarreia. Após 10 dias da inoculação era evidente a desuniformidade no tamanho dos animais, com a presença de animais com nanismo. A avaliação macroscópica das aves mostrou a presença de intestinos distendidos, cheios de gás e liquido. O exame microscópico diferenciou o grupo infectado com ChPV dos demais, ocorrendo microabscessos de cripta, células em necrose com distribuição multifocal, e enterite linfoplasmocítica discreta. Os dois grupos restantes mostraram uma discreta hiperplasia de cripta e enterite linfoplasmocítica. Para cada um dos grupos de aves infectados foram estabelecidos ensaios de PCR em tempo real (qPCR), que detectaram que os três grupos de aves experimentais eram positivos (100%) para seu correspondente vírus com a maior carga viral aos sete dia de idade, diminuindo drasticamente após 21 dias de idade, no entanto, continuando presente até o 42° dia de idade. O grupo controle negativo não apresentou a presença de vírus, nenhum dos sintomas ou lesões. O peso dos animais em cada grupo infectado diminuiu levemente em comparação ao grupo controle negativo, mas sem diferença estatística significativa (p>0,05). A caracterização molecular e a análise filogenética dos vírus estudados determinou que a cepa de CAstV pertencia ao grupo I dos CAstV e se relaciona com as cepas que estão circulando nos USA. A cepa de ANV pertence ao grupo ANV-1 e apresentou maior porcentagem de similaridade com a cepa do Japão. A cepa do ChPV foi classificada no grupo do isolado da Hungria. Os resultados do presente trabalho caracterizaram o CAstV como parte do Grupo I, o ANV como um ANV-1 e o ChPV como parte do grupo do isolado da Hungria e mostraram que as cepas de ChPV, ANV e CAstV estudadas produzem doença entérica / Enteric diseases are of great importance in the health of birds. Chicken astrovirus (CAstV), avian nephritis virus (ANV) and chicken parvovirus (ChPV) are viruses that have been associated with enteric problems in chickens commercial flocks, being identified in chickens with symptoms of enteric disease. There is little information regarding these three viruses that are being investigated as the cause of enteric problems, especially diarrhea, symptoms related to runting stunting syndrome in poultry. This work aims to perform molecular characterization and determine the pathogenicity of ChPV, CAstV and ANV isolated from chickens with enteric disease. A multidisciplinary approach was used as molecular techniques for the molecular characterization of the viruses for the detection and quantification of the viral particles, histopathological analysis was used for evaluation of the lesions. Chicks SPF one day of age were divided into four (04) groups and each group received one of the three virus isolates and the remaining group was used as negative control, the animals were maintained for 42 days with water and food ad libitum in individual isolators for each group, every seven (07) days intestine samples were obtained. The three infected groups showed after 12 hours of infection, signs of enteric diseases, such as depression, drowsiness, ruffled feathers and mainly diarrhea. After 10 days of inoculation was evident non-uniformity in size of the animals, and the presence of animals with dwarfism. Macroscopic evaluation of the animals showed the presence of distended intestines filled with gas and liquid. Microscopic examination differentiated the group infected with ChPV the other two groups, showing abscess crypt cells in necrosis with multifocal distribution, and discreet linfoplasmocitic enteritis. The remaining two groups showed slight crypt hyperplasia and a discrete linfoplasmocít enteritis. For each of the infected groups real time PCR (qPCR) assays were established, showing the three experimental groups positive (100%) to its corresponding virus and most viral load to seven day old decreasing sharply after 21 days age, however this continuing until 42 days of age. The negative control group showed no viruses, no symptoms or injuries. The weight of the animals in each infected group dropped slightly compared to the negative control group, but without significant difference (p> 0.05). Molecular characterization and phylogenetic analysis of the studied viruses determined that the CAstV strain studied belong to group I of CAstV and is related to the strains that are circulating in the USA. The ANV strain belongs to ANV-1 group and showed a higher percentage of similarity with the Japanese strain. The ChPV strain belongs to group of isolated of Hungary. The results of this study characterized the CAstV as part of Group I, ANV as a ANV-1 and ChPV as a part of group of isolated of Hungary, showed that the strains of ChPV, ANV and CAstV studied produce enteric disease

O objetivo deste trabalho foi caracterizar astrovírus em amostras fecais coletadas de crianças com e sem diarréia, em São Paulo, Brasil, e divididas em dois grupos, EPM e HU, de acordo com a origem. A detecção foi realizada utilizando-se RT-PCR, com primers específicos. Os resultados para as amostras EPM mostram que 66/234 (28,2%) foram positivas para astrovírus. Para as amostras HU, 18/187 (9,6%) foram positivas. A genotipagem foi realizada com a técnica de nested/RT-PCR. De 66 amostras positivas (EPM), 19 (28,7%) foram caracterizadas como HAstV-1, 4 (6,0%) como HAstV-2, 2 (3,0%) como HAstV-3, 1 (1,5%) como HAstV-5 e 3 (4,5%) como HAstV-8. Das 18 positivas do HU, 1 (5,5%) amostra foi caracterizada como HAstV-1, 7 (38,8%) como HAstV-2 e 1 (5,5%) como HAstV-8. As amostras genotipadas em ambos os grupos foram submetidas ao seqüenciamento de nucleotídeos para confirmação dos resultados. Detecção e genotipagem de astrovírus em casos de diarréias pediátricas são técnicas são importantes e descrevem como esse vírus está circulando em São Paulo, Brasil. / The purpose of this study was to characterize astrovirus in faecal samples collected from children with and without diarrhea in São Paulo city, Brazil, and grouped into two distinct groups, EPM and HU. Detection was carried out using RT-PCR with specific primers. Results for EPM set showed that 66/234 (28,2%) were positive. In the HU set of samples, 18/187 (9,6%) were positive for astrovirus. Genotyping was carried out with nested/RT-PCR. Out of 66 astrovirus positive EPM samples, 19 (28,7%) were characterized as HAstV-1, 4 (6,0%) as HAstV-2, 2 (3,0%) as HAstV-3, 1 (1,5%) as HAstV-5 and 3 (4,5%) as HAstV-8. Among 18 astrovirus positive HU samples, 1 (5,5%) was characterized as HAstV-1, 7 (38,8%) as HAstV-2 and 1 (5,5%) as HAstV-8. Genotyped samples were confirmed by nucleotide sequencing. Detection and genotyping of astrovirus in pediatric diarrhea are important and describes how this virus is circulating in São Paulo, Brazil.

Os astrovírus são agentes virais associados com enteropatias e infecções extra-intestinais em aves, ocasionando prejuízos no desenvolvimento produtivo e saúde animal. Porém, são escassos os estudos no Brasil que visem a detecção e caracterização deste vírus com maior amplitude. Nesse contexto, detectaram-se e caracterizaram-se cepas de astrovírus a partir de 60 amostras fecais de aves procedentes de diferentes criações comerciais brasileiras (postura, corte e matrizes), mediante o emprego de uma reação PanAstrovírus como triagem inicial, que consistiu numa reação de RT-hemi-nested-PCR, visando a amplificação e posterior sequenciamento de um segmento parcial do gene RdRp (RNA polimerase dependente de RNA) do gene ORF1b, uma região gênica conservada entre todos os astrovírus. Subsequentemente, nas amostras positivas na triagem, realizou-se a amplificação, clonagem e sequenciamento do gene ORF2 codificante do capsídeo viral, analisado mediante análise filogenética. Os dados obtidos demonstraram uma frequência de infecção por astrovírus em 48,3% (29/60) das amostras analisadas. As espécies virais detectadas foram as seguintes: Avastrovírus 2 (Avian Nephritis Virus, ANV) em 72,4% (21/29), Chicken Astrovírus (CAstV) em 6,8% (2/29) e Avastrovírus 1 (Turkey Astrovírus tipo 1, TAstV-1) em 20,8% (6/29) das amostras positivas. O sequenciamento total do gene ORF2 foi possível em oito amostras (8/21) positivas a ANV, em uma amostra (1/6) positiva a TAstV-1 e uma amostra (1/2) positiva para CAstV. A análise deste gene revelou, nas sequências ANV, a presença de três genótipos bem diferenciados, segundo critérios do Astroviridae Study Group, sendo que um deles, agrupou-se dentro do genótipo 5. Além disso, quando analisado com sequências procedentes de outras regiões, as sequências deste estudo formaram seis clusters, dois deles, relacionados com sequências procedentes de Austrália e Reino Unido. O análise do ORF2 em CAstV, revelou também um agrupamento com cepas procedentes do Reino Unido. Já o análise da ORF2 de TAstV-1, revelou divergência genética com cepas isoladas em Estados Unidos, que foram as únicas sequências disponíveis no GenBank. O presente estudo traz a luz vários dados epidemiológicos concernentes aos astrovírus aviário de origem brasileira o que permitirá a realização de outros estudos relacionados a epidemiologia deste vírus, seus possíveis riscos potenciais em saúde pública e a adoção de medidas de controle direcionadas a este agente / The astroviruses are viral agents associated with enteropathy and extraintestinal infections in poultry, causing injuries to the productive development and animal health. However, are scarce the studies in the Brazil that aimed to detection and characterization of this virus with greater scale. In this context, were detected and characterized astrovirus strains from 60 fecal samples of poultry from differents Brazilian commercial flocks (laying hens, broilers and breeders) by using of the Pan-Astrovirus reaction as initial screening, consisting of RT-Hemi-nested PCR reaction, aiming the amplification and subsequent sequencing of a partial segment of the RdRp gene (RNA polymerase RNA dependent) of the ORF1b gene, a genic conserved region among all of the astroviruses. Thereafter, in the positive samples in the screening, amplification, cloning and sequencing of the ORF2 gene, codificant of the viral capsid, was performed, and analyzed by phylogenetic analysis. The data obtained demonstrated a astroviruses frequency infection in 48,3% (29/60) of the analyzed samples. The viral species detected were the following: Avastroviruses 2 (Avian Nephritis Virus, ANV) in 72,4 % (21/29), Chicken Astrovirus (CAstV) in 6,8% (2/29) and Avastrovirus 1 (Turkey Astrovirus type 1, TAstV-1) in 20,8% (6/29) of the positive samples. The total sequencing of the ORF2 gene was possible in eight positive samples (8/21) to ANV, in one positive sample (1/6) to TAstV-1 and a one positive sample (1/2) to CAstV. The analyze of this gene showed, in the ANV sequences, the presence of three distinct genotypes, according to the Astroviridae Study Group criteria, being one of them, was grouped within of the genotype 5. Furthermore, when analyzed with sequences from other regions, the sequences of this study, formed six clusters, two of them, related with sequences from Australia and United Kingdom. The ORF2 analyze in CAstV showed likewise a grouping with strains from United Kingdom. And the analyze of TAstV-1 ORF2, showed genetic divergence with strains isolated in United States of America, that were the only sequences available in the GenBank. The present study brings to light several data concerning to the Brazilian avian astroviruses, allowing to realization of the others studies related to the epidemiology of this virus, theirs potential public health risks and the adoption of the control measures targeted to this agent

As doenças entéricas associadas com diarreia, desidratação e perda de peso constituem um dos principais problemas da bovinocultura mundial, contribuindo para expressivos índices de morbidade e mortalidade, principalmente entre neonatos. Nesse contexto, exigências para o aprimoramento do diagnóstico laboratorial de doenças entéricas de natureza infectocontagiosa, tornaram-se constantes, face às perdas econômicas vinculadas. Entre os principais enteropatógenos virais, de distribuição mundial e história recente, destaca-se o astrovírus bovino (BoAstV), cuja primeira identificação data de 1978. BoAstV entérico induz diarreia principalmente entre neonatos e imunocomprometidos, tendo uma prevalência acima de 60% nas 5 primeiras semanas de vida dos animais. Devido à carência de dados a respeito da prevalência desse vírus no Brasil, o presente estudo foi realizado objetivando a detecção e caracterização moleculares de cepas de BoAstV em amostras fecais de bovinos com e sem diarreia de diferentes idades. O estudo foi conduzido a partir de 272 animais em diferentes estados do Brasil, obtendo-se 14,3% de positividade através de RT-PCR, sendo que 11 amostras, provenientes dos estados de São Paulo, Minas Gerais e Rio Grande do Sul, foram submetidas ao sequenciamento nucleotídico. A similaridade entre as sequências deduzidas de aminoácidos das amostras obtidas foi maior do que 86,8%, quando comparadas umas com as outras, e situou-se entre 86,2 a 94,8% quando comparadas com sequências de outros BoAstV descritos. Nas reconstruções filogenéticas, 9 amostras agruparam-se conjuntamente em clado distinto de outros BoAstV, uma amostra (BoAstV-155-BRA) formou ramo parafilético a clado que agrupa tanto outros BoAstV como astrovírus de cervídeos e a amostra restante (BoAstV-267-BRA) formou ramo basal aos astrovírus bovinos e suínos. No entanto, o posicionamento das 2 amostras divergentes (BoAstV-155-BRA e BoAstV-267-BRA) não derivou de episódios de seleção positiva ou recombinação. Em síntese, os resultados obtidos indicam, de maneira inédita, a circulação de variantes de BoAstV entérico em rebanhos de estados da região centro-sul do Brasil. / Enteric diseases associated with diarrhea, dehydration and weight loss is one of the major problems of cattle worldwide, contributing to significant morbidity and mortality, especially among newborns. In this context, demands for improving the laboratory diagnosis of infectious enteric diseases, became constant, given the economic losses involved. Among the major viral enteropathogens of worldwide distribution and recent history, highlight the bovine astrovirus (BoAstV), whose first mention dates from 1978. Enteric BoAstV induce diarrhea especially among newborns and immunocompromised animals, having a prevalence above 60% in the first 5 weeks of life. Due to lack of data concerning the occurrence of this virus in Brazil, the present study was aimed at molecular detection and characterization of BoAstV strains in fecal samples from cattle with and without diarrhea of different ages. The study was conducted on 272 animals from different states of Brazil, obtaining positivity of 14.3% by RT-PCR, and 11 samples from the states of São Paulo, Minas Gerais and Rio Grande do Sul were subjected to nucleotide sequencing. The similarity between the deduced amino acid sequences of the samples was greater than 86.8% when compared with each other and was between 86.2 to 94.8% compared with sequences of other BoAstV described. In phylogenetic reconstructions, 9 samples were grouped together in a separate clade from other BoAstV, a sample (BoAstV-155-BRA) formed a paraphyletic branch to a clade that groups both other BoAstV and deer astrovirus and the remaining sample (267-BRA-BoAstV ) formed a basal branch to bovine and porcine astrovirus. However, the positioning of the two different samples (BoAstV-155-BRA and BoAstV-267-BRA) did not derive from episodes of positive selection or recombination. In summary, the results indicate, in an unprecedented manner, the circulation of enteric BoAstV variants in herds of cattle form states of the south-central region of Brazil.

As bactérias patogênicas em moluscos bivalves podem ser agentes causadores de doenças como a gastroenterite e responsáveis por vários surtos de origem alimentar, representado um risco para os consumidores. Os vírus entéricos são a causa mais comum de surtos de gastroenterites não bacteriana em humanos no mundo e podem ser encontrados nas águas utilizadas no cultivo de moluscos bivalves. Este estudo teve como objetivo avaliar a contaminação de mexilhões (Mytella falcata) e ostras (Crassostrea brasiliana) provenientes do Complexo Estuarino Lagunar de Cananéia-Iguape, Estado de São Paulo, por bactérias (coliformes totais, coliformes termotolerantes, patotipos de Escherichia coli), por astrovírus e norovírus humanos. Um total de 150 amostras de moluscos bivalves (75 ostras e 75 mexilhões) foram coletadas de junho de 2016 a fevereiro de 2017. A estimativa de coliformes totais nos tecidos das ostras variou de 14,1 a 154,5 número mais provável (NMP)/g e de coliformes termotolerantes de 3,0 a 48,6 NMP/g, enquanto que para as amostras de mexilhões, os coliformes totais variaram de 97,4 a 1300 NMP/g e coliformes termotolerantes de 3,6 a 927 NMP/g. E. coli foi detectada em 24 amostras (16%), em concentrações variando entre <3 e >927 NMP/g. Quatro amostras (17%) foram identificadas com Escherichia coli enteropatogênica (EPEC), apresentando o gene eae por PCR (Reação em Cadeia da Polimerase) e RFLP (Polimorfismo no Comprimento de Fragmentos de Restrição), e os amplicons positivos foram sequenciados. As porcentagens de similaridade relativas ao gene phoA de E. coli, para as cinco amostragens realizadas no estudo, apresentaram valores iguais ou superiores a 88,6%. As sequências de EPEC agruparam-se em diferentes clados com outras sequências do Brasil, Suíça e Uruguai, exibindo similaridade de 57,7 e 97,1% quando comparadas umas as outras. Quando comparadas a outras sequências de referência depositadas no GenBank, a similaridade variou entre 56,2 e 95,4%. Estes resultados são os primeiros a indicar a presença de EPEC em moluscos bivalves no Brasil. Astrovírus não foram identificados nas amostras de moluscos analisadas neste estudo. Norovírus (NoV) foi identificado em 21 (14%) das amostras, sendo 38% de mexilhões e 62% de ostras. As amostras de NoV genogrupo II (GII) foram agrupadas num clado único, juntamente com outras sequências de NoV GII, sendo mais próximas filogeneticamente de sequências originárias do Brasil, Japão e México, com similaridade de 93,8 a 96,6% do que com as outras sequências homólogas. A triagem de moluscos bivalves para coliformes, E. coli e presença de vírus entéricos significativos para a saúde pode ajudar na prevenção de surtos entre os consumidores e contribuir para a melhoria do ambiente estuarino. / The pathogenic bacteria in bivalve molluscs are causative agents of diseases such as gastroenteritis and responsible for several food-borne outbreaks, representing a risk to consumers. Enteric viruses are the most common cause of outbreaks of non-bacterial gastroenteritis in humans in the world and can be found in waters used in the cultivation of bivalve molluscs. The objective of this study was to evaluate the contamination of mussels (Mytella falcate) and oysters (Crassostrea brasiliana) from the estuarine complex Lagunar of Cananéia-Iguape, State of São Paulo, by bacteria (total coliforms, thermotolerant coliforms, Escherichia coli) and by human astroviruses and noroviruses. A total of 150 samples of bivalve molluscs (75 oysters and 75 mussels) were collected from June 2016 to February 2017. The total coliform estimate in oyster tissues varied from 14.1 to 154.5 most probable number (MPN)/g and thermotolerant coliforms from 3.0 to 48.6 MPN/g, whereas for mussel samples, total coliforms ranged from 97.4 to 1300 MPN/g and thermotolerant coliforms from 3.6 to 927 MPN/g. E. coli was detected in 24 samples (16%) at concentrations ranging from <3 to >927 NMP/g. Four (17%) were identified with enteropathogenic Escherichia coli (EPEC), presenting the gene eae by PCR (Polymerase Chain Reaction) and RFLP (Restriction fragment length polymorphism), and the positive amplicons were sequenced. The percentages of similarity relative to the phoA gene of E. coli, for the five samplings carried out in the study, presented values equal or superior to 88.6%. The EPEC sequences were grouped in different clades with other sequences from Brazil, Switzerland and Uruguay, exhibiting similarity of 57.7 and 97.1% when compared to each other. When compared to other reference sequences deposited in GenBank, the similarity ranged from 56.2 to 95.4%. These results are the first to indicate the presence of EPEC in bivalve molluscs in Brazil. Astroviruses were not identified in the mollusk samples analyzed in this study. Norovirus (NoV) was identified in 21 (14%) of the samples, representing 38% of mussels and 62% of oysters. NoV genogroup II (GII) samples were clustered in a single clade, along with other NoV GII sequences, keeping phylogenetically closest to sequences originating in Brazil, Japan and Mexico, with similarity of 93.8 to 96.6% than with the other homologous sequences. The screening of bivalve molluscs for coliforms, E. coli and the presence of enteric viruses significant to health can help preventing outbreaks among consumers and contribute to the improvement of the estuarine environment.

As doenças entéricas associadas com diarreia, desidratação e perda de peso constituem um dos principais problemas da bovinocultura mundial, contribuindo para expressivos índices de morbidade e mortalidade, principalmente entre neonatos. Nesse contexto, exigências para o aprimoramento do diagnóstico laboratorial de doenças entéricas de natureza infectocontagiosa, tornaram-se constantes, face às perdas econômicas vinculadas. Entre os principais enteropatógenos virais, de distribuição mundial e história recente, destaca-se o astrovírus bovino (BoAstV), cuja primeira identificação data de 1978. BoAstV entérico induz diarreia principalmente entre neonatos e imunocomprometidos, tendo uma prevalência acima de 60% nas 5 primeiras semanas de vida dos animais. Devido à carência de dados a respeito da prevalência desse vírus no Brasil, o presente estudo foi realizado objetivando a detecção e caracterização moleculares de cepas de BoAstV em amostras fecais de bovinos com e sem diarreia de diferentes idades. O estudo foi conduzido a partir de 272 animais em diferentes estados do Brasil, obtendo-se 14,3% de positividade através de RT-PCR, sendo que 11 amostras, provenientes dos estados de São Paulo, Minas Gerais e Rio Grande do Sul, foram submetidas ao sequenciamento nucleotídico. A similaridade entre as sequências deduzidas de aminoácidos das amostras obtidas foi maior do que 86,8%, quando comparadas umas com as outras, e situou-se entre 86,2 a 94,8% quando comparadas com sequências de outros BoAstV descritos. Nas reconstruções filogenéticas, 9 amostras agruparam-se conjuntamente em clado distinto de outros BoAstV, uma amostra (BoAstV-155-BRA) formou ramo parafilético a clado que agrupa tanto outros BoAstV como astrovírus de cervídeos e a amostra restante (BoAstV-267-BRA) formou ramo basal aos astrovírus bovinos e suínos. No entanto, o posicionamento das 2 amostras divergentes (BoAstV-155-BRA e BoAstV-267-BRA) não derivou de episódios de seleção positiva ou recombinação. Em síntese, os resultados obtidos indicam, de maneira inédita, a circulação de variantes de BoAstV entérico em rebanhos de estados da região centro-sul do Brasil. / Enteric diseases associated with diarrhea, dehydration and weight loss is one of the major problems of cattle worldwide, contributing to significant morbidity and mortality, especially among newborns. In this context, demands for improving the laboratory diagnosis of infectious enteric diseases, became constant, given the economic losses involved. Among the major viral enteropathogens of worldwide distribution and recent history, highlight the bovine astrovirus (BoAstV), whose first mention dates from 1978. Enteric BoAstV induce diarrhea especially among newborns and immunocompromised animals, having a prevalence above 60% in the first 5 weeks of life. Due to lack of data concerning the occurrence of this virus in Brazil, the present study was aimed at molecular detection and characterization of BoAstV strains in fecal samples from cattle with and without diarrhea of different ages. The study was conducted on 272 animals from different states of Brazil, obtaining positivity of 14.3% by RT-PCR, and 11 samples from the states of São Paulo, Minas Gerais and Rio Grande do Sul were subjected to nucleotide sequencing. The similarity between the deduced amino acid sequences of the samples was greater than 86.8% when compared with each other and was between 86.2 to 94.8% compared with sequences of other BoAstV described. In phylogenetic reconstructions, 9 samples were grouped together in a separate clade from other BoAstV, a sample (BoAstV-155-BRA) formed a paraphyletic branch to a clade that groups both other BoAstV and deer astrovirus and the remaining sample (267-BRA-BoAstV ) formed a basal branch to bovine and porcine astrovirus. However, the positioning of the two different samples (BoAstV-155-BRA and BoAstV-267-BRA) did not derive from episodes of positive selection or recombination. In summary, the results indicate, in an unprecedented manner, the circulation of enteric BoAstV variants in herds of cattle form states of the south-central region of Brazil.

Os astrovírus são agentes virais associados com enteropatias e infecções extra-intestinais em aves, ocasionando prejuízos no desenvolvimento produtivo e saúde animal. Porém, são escassos os estudos no Brasil que visem a detecção e caracterização deste vírus com maior amplitude. Nesse contexto, detectaram-se e caracterizaram-se cepas de astrovírus a partir de 60 amostras fecais de aves procedentes de diferentes criações comerciais brasileiras (postura, corte e matrizes), mediante o emprego de uma reação PanAstrovírus como triagem inicial, que consistiu numa reação de RT-hemi-nested-PCR, visando a amplificação e posterior sequenciamento de um segmento parcial do gene RdRp (RNA polimerase dependente de RNA) do gene ORF1b, uma região gênica conservada entre todos os astrovírus. Subsequentemente, nas amostras positivas na triagem, realizou-se a amplificação, clonagem e sequenciamento do gene ORF2 codificante do capsídeo viral, analisado mediante análise filogenética. Os dados obtidos demonstraram uma frequência de infecção por astrovírus em 48,3% (29/60) das amostras analisadas. As espécies virais detectadas foram as seguintes: Avastrovírus 2 (Avian Nephritis Virus, ANV) em 72,4% (21/29), Chicken Astrovírus (CAstV) em 6,8% (2/29) e Avastrovírus 1 (Turkey Astrovírus tipo 1, TAstV-1) em 20,8% (6/29) das amostras positivas. O sequenciamento total do gene ORF2 foi possível em oito amostras (8/21) positivas a ANV, em uma amostra (1/6) positiva a TAstV-1 e uma amostra (1/2) positiva para CAstV. A análise deste gene revelou, nas sequências ANV, a presença de três genótipos bem diferenciados, segundo critérios do Astroviridae Study Group, sendo que um deles, agrupou-se dentro do genótipo 5. Além disso, quando analisado com sequências procedentes de outras regiões, as sequências deste estudo formaram seis clusters, dois deles, relacionados com sequências procedentes de Austrália e Reino Unido. O análise do ORF2 em CAstV, revelou também um agrupamento com cepas procedentes do Reino Unido. Já o análise da ORF2 de TAstV-1, revelou divergência genética com cepas isoladas em Estados Unidos, que foram as únicas sequências disponíveis no GenBank. O presente estudo traz a luz vários dados epidemiológicos concernentes aos astrovírus aviário de origem brasileira o que permitirá a realização de outros estudos relacionados a epidemiologia deste vírus, seus possíveis riscos potenciais em saúde pública e a adoção de medidas de controle direcionadas a este agente / The astroviruses are viral agents associated with enteropathy and extraintestinal infections in poultry, causing injuries to the productive development and animal health. However, are scarce the studies in the Brazil that aimed to detection and characterization of this virus with greater scale. In this context, were detected and characterized astrovirus strains from 60 fecal samples of poultry from differents Brazilian commercial flocks (laying hens, broilers and breeders) by using of the Pan-Astrovirus reaction as initial screening, consisting of RT-Hemi-nested PCR reaction, aiming the amplification and subsequent sequencing of a partial segment of the RdRp gene (RNA polymerase RNA dependent) of the ORF1b gene, a genic conserved region among all of the astroviruses. Thereafter, in the positive samples in the screening, amplification, cloning and sequencing of the ORF2 gene, codificant of the viral capsid, was performed, and analyzed by phylogenetic analysis. The data obtained demonstrated a astroviruses frequency infection in 48,3% (29/60) of the analyzed samples. The viral species detected were the following: Avastroviruses 2 (Avian Nephritis Virus, ANV) in 72,4 % (21/29), Chicken Astrovirus (CAstV) in 6,8% (2/29) and Avastrovirus 1 (Turkey Astrovirus type 1, TAstV-1) in 20,8% (6/29) of the positive samples. The total sequencing of the ORF2 gene was possible in eight positive samples (8/21) to ANV, in one positive sample (1/6) to TAstV-1 and a one positive sample (1/2) to CAstV. The analyze of this gene showed, in the ANV sequences, the presence of three distinct genotypes, according to the Astroviridae Study Group criteria, being one of them, was grouped within of the genotype 5. Furthermore, when analyzed with sequences from other regions, the sequences of this study, formed six clusters, two of them, related with sequences from Australia and United Kingdom. The ORF2 analyze in CAstV showed likewise a grouping with strains from United Kingdom. And the analyze of TAstV-1 ORF2, showed genetic divergence with strains isolated in United States of America, that were the only sequences available in the GenBank. The present study brings to light several data concerning to the Brazilian avian astroviruses, allowing to realization of the others studies related to the epidemiology of this virus, theirs potential public health risks and the adoption of the control measures targeted to this agent

O objetivo deste trabalho foi caracterizar astrovírus em amostras fecais coletadas de crianças com e sem diarréia, em São Paulo, Brasil, e divididas em dois grupos, EPM e HU, de acordo com a origem. A detecção foi realizada utilizando-se RT-PCR, com primers específicos. Os resultados para as amostras EPM mostram que 66/234 (28,2%) foram positivas para astrovírus. Para as amostras HU, 18/187 (9,6%) foram positivas. A genotipagem foi realizada com a técnica de nested/RT-PCR. De 66 amostras positivas (EPM), 19 (28,7%) foram caracterizadas como HAstV-1, 4 (6,0%) como HAstV-2, 2 (3,0%) como HAstV-3, 1 (1,5%) como HAstV-5 e 3 (4,5%) como HAstV-8. Das 18 positivas do HU, 1 (5,5%) amostra foi caracterizada como HAstV-1, 7 (38,8%) como HAstV-2 e 1 (5,5%) como HAstV-8. As amostras genotipadas em ambos os grupos foram submetidas ao seqüenciamento de nucleotídeos para confirmação dos resultados. Detecção e genotipagem de astrovírus em casos de diarréias pediátricas são técnicas são importantes e descrevem como esse vírus está circulando em São Paulo, Brasil. / The purpose of this study was to characterize astrovirus in faecal samples collected from children with and without diarrhea in São Paulo city, Brazil, and grouped into two distinct groups, EPM and HU. Detection was carried out using RT-PCR with specific primers. Results for EPM set showed that 66/234 (28,2%) were positive. In the HU set of samples, 18/187 (9,6%) were positive for astrovirus. Genotyping was carried out with nested/RT-PCR. Out of 66 astrovirus positive EPM samples, 19 (28,7%) were characterized as HAstV-1, 4 (6,0%) as HAstV-2, 2 (3,0%) as HAstV-3, 1 (1,5%) as HAstV-5 and 3 (4,5%) as HAstV-8. Among 18 astrovirus positive HU samples, 1 (5,5%) was characterized as HAstV-1, 7 (38,8%) as HAstV-2 and 1 (5,5%) as HAstV-8. Genotyped samples were confirmed by nucleotide sequencing. Detection and genotyping of astrovirus in pediatric diarrhea are important and describes how this virus is circulating in São Paulo, Brazil.

As bactérias patogênicas em moluscos bivalves podem ser agentes causadores de doenças como a gastroenterite e responsáveis por vários surtos de origem alimentar, representado um risco para os consumidores. Os vírus entéricos são a causa mais comum de surtos de gastroenterites não bacteriana em humanos no mundo e podem ser encontrados nas águas utilizadas no cultivo de moluscos bivalves. Este estudo teve como objetivo avaliar a contaminação de mexilhões (Mytella falcata) e ostras (Crassostrea brasiliana) provenientes do Complexo Estuarino Lagunar de Cananéia-Iguape, Estado de São Paulo, por bactérias (coliformes totais, coliformes termotolerantes, patotipos de Escherichia coli), por astrovírus e norovírus humanos. Um total de 150 amostras de moluscos bivalves (75 ostras e 75 mexilhões) foram coletadas de junho de 2016 a fevereiro de 2017. A estimativa de coliformes totais nos tecidos das ostras variou de 14,1 a 154,5 número mais provável (NMP)/g e de coliformes termotolerantes de 3,0 a 48,6 NMP/g, enquanto que para as amostras de mexilhões, os coliformes totais variaram de 97,4 a 1300 NMP/g e coliformes termotolerantes de 3,6 a 927 NMP/g. E. coli foi detectada em 24 amostras (16%), em concentrações variando entre <3 e >927 NMP/g. Quatro amostras (17%) foram identificadas com Escherichia coli enteropatogênica (EPEC), apresentando o gene eae por PCR (Reação em Cadeia da Polimerase) e RFLP (Polimorfismo no Comprimento de Fragmentos de Restrição), e os amplicons positivos foram sequenciados. As porcentagens de similaridade relativas ao gene phoA de E. coli, para as cinco amostragens realizadas no estudo, apresentaram valores iguais ou superiores a 88,6%. As sequências de EPEC agruparam-se em diferentes clados com outras sequências do Brasil, Suíça e Uruguai, exibindo similaridade de 57,7 e 97,1% quando comparadas umas as outras. Quando comparadas a outras sequências de referência depositadas no GenBank, a similaridade variou entre 56,2 e 95,4%. Estes resultados são os primeiros a indicar a presença de EPEC em moluscos bivalves no Brasil. Astrovírus não foram identificados nas amostras de moluscos analisadas neste estudo. Norovírus (NoV) foi identificado em 21 (14%) das amostras, sendo 38% de mexilhões e 62% de ostras. As amostras de NoV genogrupo II (GII) foram agrupadas num clado único, juntamente com outras sequências de NoV GII, sendo mais próximas filogeneticamente de sequências originárias do Brasil, Japão e México, com similaridade de 93,8 a 96,6% do que com as outras sequências homólogas. A triagem de moluscos bivalves para coliformes, E. coli e presença de vírus entéricos significativos para a saúde pode ajudar na prevenção de surtos entre os consumidores e contribuir para a melhoria do ambiente estuarino. / The pathogenic bacteria in bivalve molluscs are causative agents of diseases such as gastroenteritis and responsible for several food-borne outbreaks, representing a risk to consumers. Enteric viruses are the most common cause of outbreaks of non-bacterial gastroenteritis in humans in the world and can be found in waters used in the cultivation of bivalve molluscs. The objective of this study was to evaluate the contamination of mussels (Mytella falcate) and oysters (Crassostrea brasiliana) from the estuarine complex Lagunar of Cananéia-Iguape, State of São Paulo, by bacteria (total coliforms, thermotolerant coliforms, Escherichia coli) and by human astroviruses and noroviruses. A total of 150 samples of bivalve molluscs (75 oysters and 75 mussels) were collected from June 2016 to February 2017. The total coliform estimate in oyster tissues varied from 14.1 to 154.5 most probable number (MPN)/g and thermotolerant coliforms from 3.0 to 48.6 MPN/g, whereas for mussel samples, total coliforms ranged from 97.4 to 1300 MPN/g and thermotolerant coliforms from 3.6 to 927 MPN/g. E. coli was detected in 24 samples (16%) at concentrations ranging from <3 to >927 NMP/g. Four (17%) were identified with enteropathogenic Escherichia coli (EPEC), presenting the gene eae by PCR (Polymerase Chain Reaction) and RFLP (Restriction fragment length polymorphism), and the positive amplicons were sequenced. The percentages of similarity relative to the phoA gene of E. coli, for the five samplings carried out in the study, presented values equal or superior to 88.6%. The EPEC sequences were grouped in different clades with other sequences from Brazil, Switzerland and Uruguay, exhibiting similarity of 57.7 and 97.1% when compared to each other. When compared to other reference sequences deposited in GenBank, the similarity ranged from 56.2 to 95.4%. These results are the first to indicate the presence of EPEC in bivalve molluscs in Brazil. Astroviruses were not identified in the mollusk samples analyzed in this study. Norovirus (NoV) was identified in 21 (14%) of the samples, representing 38% of mussels and 62% of oysters. NoV genogroup II (GII) samples were clustered in a single clade, along with other NoV GII sequences, keeping phylogenetically closest to sequences originating in Brazil, Japan and Mexico, with similarity of 93.8 to 96.6% than with the other homologous sequences. The screening of bivalve molluscs for coliforms, E. coli and the presence of enteric viruses significant to health can help preventing outbreaks among consumers and contribute to the improvement of the estuarine environment.