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Composition d'applications multi-modèles dirigée par la composition des interfaces graphiques / Multi-models application composition driven by user interface compositionBrel, Christian 28 June 2013 (has links)
Force est de constater que composer des applications existantes afin d’en réutiliser tout ou une partie est une tâche complexe. Pourtant avec l’apparition quotidienne d’applications, les éditeurs d’applications ont de plus en plus besoin d’effectuer de telles compositions pour répondre à la demande croissante des utilisateurs. Les travaux existants ne traitent généralement que d’un seul point de vue : celui du "Noyau Fonctionnel" dans le domaine du Génie Logiciel, celui des Tâches" ou celui de l’"Interface Graphique" dans le domaine des Interactions Homme-Machine (IHM). Cette thèse propose une nouvelle approche basée sur un modèle d’application complet (fonctionnel, tâche et interface graphique). Elle permet à un utilisateur de naviguer entre ces différents modèles pour sélectionner des ensembles cohérents pouvant être composé par substitution. Une implémentation de cette approche a permis d’effectuer des tests utilisateurs confortant les bienfaits d’une modélisation complète. / One has to note that composing existing applications by completely or partly reusing them is a complex task. Nevertheless with the daily appearance of new available applications on any media, the application editors need to perform such compositions more and more to answer the increasing users’ requests. Modeling an application for composition or just determining by which point of view on applications make this composition is not easy. Works exist, but generally deal or ensue from only a single point of view : the "Functional Core" point of view in Software Engineering field, the "Task" one or "User Interface" one in Human Computer Interaction (HCI) field. This thesis defines a new approach based on a complete application model (functionnal, task and user interface). It enables an user to navigate between those different models in order to select consistent sets. These last ones are composable by substitution. An implementation of this approach was used to perform user tests whose results consolidate benefits of a complete model.
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A la recherche des papillons perdus : Les naturalistes amateurs à l'épreuve des observatoires participatifs de la biodiversité / In search of lost butterflies : The amateur naturalists under the test of participatory observatories of biodiversityCharonnet, Emmanuel 21 June 2019 (has links)
De nombreux naturalistes amateurs battent la campagne et entreprennent parfois de véritables expéditions afin d’inventorier les différentes entités du monde naturel. Ils le font par passion, sur leur temps de loisir, et souvent en étroite collaboration avec des institutions académiques, en particulier les muséums d’histoire naturelle. Face à la crise d’extinction qui touche la biodiversité, cette collaboration entre amateurs et professionnels se renouvelle à travers notamment ce qui est appelé en France les sciences participatives. Cette thèse documente ce phénomène avec pour objectif de comprendre ce que les observatoires participatifs de la biodiversité transforment dans la pratique des naturalistes amateurs. Afin de mieux représenter la diversité des observateurs et des dispositifs, nous avons choisi de nous pencher sur le cas des amateurs de papillons peu étudiés jusque-là lorsqu’ils s’impliquent dans des atlas ou des suivis de biodiversité. A travers des méthodes ethnographiques privilégiant la longue durée de l’enquête et la description des pratiques en situation, notre travail accorde un soin particulier à documenter l’irruption du numérique dans la circulation des connaissances entre pairs, la diversification des régimes d’attention dans les expériences d’observation, et la multiplication des manières d’alerter la société sur les dangers qui menacent la biodiversité. En soulignant le lien entre les composantes communautaires, expérientielles, et politiques de l’activité des naturalistes amateurs, cette thèse défend l’idée qu’il y a un continuum entre le mouvement des corps et la formation des valeurs : l’engagement des naturalistes amateurs apparaît ainsi comme processuel et multiforme. Le plaisir de l’observation et la nécessité de témoigner s’y conjuguent, avec des attachements aux espèces rencontrées et aux espaces parcourus qui génèrent dans certains contextes des temps plus militants de décloisonnement des savoirs. / Many amateur naturalists comb the countryside and sometimes undertake full-size expeditions to inventory the different entities of the natural world. They do it by passion, on their leisure time, and often in close collaboration with academic institutions, especially museums of natural history. Faced with the extinction crisis affecting biodiversity, this collaboration between amateurs and professionals is being renewed through what is called citizen sciences (participatory sciences in France). This thesis documents this phenomenon with the aim of understanding how participatory observatories of biodiversity transform the practice of amateur naturalists. In order to better represent the diversity of observers and schemes, we chose to focus on butterfly watchers little studied so far when they get involved in biodiversity atlases or monitoring schemes. Through ethnographic methods favoring long-term investigation and description of situated practices, our work paid a particular attention to document the irruption of digital technologies in the circulation of knowledge among peers, the diversification of attention regimes in observation experiences, and the multiplication of ways to alert society on the dangers that threat biodiversity. By highlighting the link between the community, the experiential and the political components of amateur naturalists’ activities, this thesis defends the idea that there is a continuum between the movement of bodies and the formation of values : the engagement of amateur naturalists thus appears as processual and multifaceted. The pleasure to observe and the need to testify intertwine, with attachments to encountered species and to visited areas which generate in some contexts activist attitudes reducing the partition of knowledges.
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Un système multi-agents pour la gestion des connaissances hétérogènes et distribuées / Multi-agents system for heterogeneous and distributed knowledge managementLahoud, Inaya 10 September 2013 (has links)
La gestion des connaissances permet d'identifier et de capitaliser les savoirs faires de l'entreprise afin de les organiser et de les diffuser. Cette thèse propose un système de gestion des connaissances hétérogènes et distribuées, appelé OCEAN. Basé sur les ontologies et sur un système multi-agents, OCEAN a pour but de résoudre le problème de la capitalisation et de réutilisation des connaissances provenant de plusieurs sources différentes, afin d’aider les acteurs métiers dans le processus de développement de produits mécaniques. Le système OCEAN repose sur un cycle de vie de quatre étapes Ce cycle de vie possède les phases : d’identification, d’extraction, de validation et se termine par la réutilisation des connaissances. Chaque phase constitue l’objectif d’une organisation d’agents.L’identification dans le système OCEAN consiste à définir les connaissances par un expert métier sous la forme d’une ontologie. Les ontologies sont utilisées dans notre système pour représenter les connaissances définis d’une façon structurée et formelle afin d’être compréhensible par les machines. L’extraction des connaissances dans OCEAN est réalisée par les agents de manière automatique à l’aide des ontologies créées par les experts métiers. Les agents interagissent avec les différentes applications métiers via des services web. Le résultat de cette phase est stocké dans une mémoire organisationnelle. La validation des connaissances consiste à permettre aux acteurs métiers de valider les connaissances de la mémoire organisationnelle dans un wiki sémantique. Ce wiki permet de présenter les connaissances de la mémoire organisationnelle aux acteurs pour les réutiliser, les évaluer et les faire évoluer. La réutilisation des connaissances dans OCEAN est inspiré de travaux antérieurs intégrés au sein d’OCEAN. Les quatre phases du cycle de vie des connaissances traitées dans cette thèse nous ont permis de réaliser un système apte à gérer les connaissances hétérogènes et distribuées dans une entreprise étendue. / Among the goals of Knowledge Management we can cite the identification and capitalization of the know-how of companies in order to organize and disseminate them. This thesis proposes a heterogeneous and distributed knowledge management system, called OCEAN. Based on ontologies and multi-agents system, OCEAN aims to solve the problem of capitalization and reuse of multi-sources knowledge in order to assist business actors in the development process of mechanical products. The OCEAN system is based on a knowledge life cycle composed by four steps. This knowledge life cycle begins with the identification then extraction, validation and finishes with knowledge reuse. Each step is the goal of an organization of agents.The identification in OCEAN system consists in the definition of knowledge by a business expert with an ontology. Ontologies are used in our system to represent the knowledge, defined by the business expert, in a structured and formal way in order to be understandable by machines. Agents according to the ontology defined by business experts realize knowledge extraction in OCEAN automatically. Agents interact with professional softwares via web services. The result of this extraction is stored in an organizational memory (OM). Validation of knowledge in OCEAN relies on business actors that validate the knowledge of the OM in a semantic wiki. This wiki allows also the presentation of this knowledge to business actors in order to reuse, evaluate or evolve it. Previous works, integrated within OCEAN, inspires the knowledge reuse step. The four steps lifecycle discussed in this thesis has enabled us to achieve a system that can manage heterogeneous and distributed knowledge in an extended enterprise.
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Veiksmų ontologijos formavimas panaudojant internetinį tekstyną / Building action ontology using internet corpusMatulionis, Paulius 20 June 2012 (has links)
Šio baigiamojo magistro darbo tikslas yra veiksmų ontologijos formavimo panaudojant automatiniu būdu sukauptą internetinį tekstyną problematikos tyrimas. Tyrimo metu buvo analizuojami tekstynų žymėjimo standartai, sukauptas internetinis tekstynas, pasitelkiant priemones sukurtas darbo metu. Tyrimo metu buvo kuriamos ir tobulinamos jau esamos priemonės atlikti įvairius eksperimentus su tekstynais, duomenų sisteminimu, vaizdavimu ir ontologijos formavimu. Buvo sukurta procesų valdymo sistema, kuri buvo realizuota nuo front-end iki back-end sistemos kūrimo lygiu. Darbe yra pateikiamos detalios sistemos ir jos komponentų schemos atspindinčios visą sistemos veikimą. Tyrimo metu buvo atlikti eksperimentai susiję su veiksmų ontologijos formavimu. Darbe yra aprašyti ontologijos kūrimo žingsniai, pateikiamos problemos ir jų sprendimai bei pasiūlymai, ką galima būtų padaryti, kad eksperimentų rezultatai būtų dar tikslesni. Taip pat yra įvardinamos taisyklės, kurios buvo naudojamos reikalingų duomenų gavimui iš sukaupto tekstyno, taip pat taisyklės buvo apibendrintos ir pateiktos sukurtoms priemonėms suprantamu pavidalu. / The goal of the master thesis is to investigate the problem of the automated action ontology design using a corpus harvested from internet. A software package including tools for internet corpus harvesting, network service access, markup, ontology design and representation was developed and tested in the carried out experiment. A process management system was realized covering both front-end and the back-end system design levels. Detailed system and component models are presented, reflecting all the operations of the system. The thesis presents the results of experiments on building ontologies for several selected action verbs. Ontology building process is described, problems in recognizing separate elements of the action environment are analysed, suggestions on additional rules leading to more accurate results, are presented. Rules have been summarized and integrated into the designed software package.
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A computational model of mutual trust between the user and his agent acting on his behalf /Shen, Fangjun, January 2004 (has links)
Thèse (M.Inf.) -- Université du Québec à Chicoutimi, programme extensionné de l'Université du Québec à Montréal, 2004. / Bibliogr.: f. [109]-117. Document électronique également accessible en format PDF. CaQCU
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Immersion dans des documents scientifiques et techniques : unités, modèles théoriques et processus / Immersion in scientific and technical documents : units, theoretical models and processesAndreani, Vanessa 23 September 2011 (has links)
Cette thèse aborde la problématique de l'accès à l'information scientifique et technique véhiculée par de grands ensembles documentaires. Pour permettre à l'utilisateur de trouver l'information qui lui est pertinente, nous avons oeuvré à la définition d'un modèle répondant à l'exigence de souplesse de notre contexte applicatif industriel ; nous postulons pour cela la nécessité de segmenter l'information tirée des documents en plans ontologiques. Le modèle résultant permet une immersion documentaire, et ce grâce à trois types de processus complémentaires : des processus endogènes (exploitant le corpus pour analyser le corpus), exogènes (faisant appel à des ressources externes) et anthropogènes (dans lesquels les compétences de l'utilisateur sont considérées comme ressource) sont combinés. Tous concourent à l'attribution d'une place centrale à l'utilisateur dans le système, en tant qu'agent interprétant de l'information et concepteur de ses connaissances, dès lors qu'il est placé dans un contexte industriel ou spécialisé. / This thesis adresses the issue of accessing scientific and technical information conveyed by large sets of documents. To enable the user to find his own relevant information, we worked on a model meeting the requirement of flexibility imposed by our industrial application context ; to do so, we postulated the necessity of segmenting information from documents into ontological facets. The resulting model enables a documentary immersion, thanks to three types of complementary processes : endogenous processes (exploiting the corpus to analyze the corpus), exogenous processes (using external resources) and anthropogenous ones (in which the user's skills are considered as a resource) are combined. They all contribute to granting the user a fundamental role in the system, as an interpreting agent and as a knowledge creator, provided that he is placed in an industrial or specialised context.
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An ontology-based approach to manage conflicts in collaborative design / Une approche basée sur les ontologies pour la gestion de conflits dans un environnement collaboratifLima Dutra, Moisés 27 November 2009 (has links)
De nos jours, les projets de conception complexes de produits exigent que les équipes de concepteurs se réunissent pour faciliter le partage de leurs compétences et expertises respectives afin de produire un ensemble de solutions de conception efficace. Dû au besoin croissant d’échanger les connaissances, les projets de conception modernes sont encore plus structurés pour travailler avec des équipes distribuées qui collaborent sur un réseau informatique pour accomplir une conception optimale de produit. Néanmoins, dans ce processus de conception collaborative, l'intégration d'équipes multidisciplinaires – qui implique l'échange et le partage des connaissances et compétences – génère fréquemment des situations conflictuelles. Les différents points de vue et perspectives des experts, les différentes façons de communiquer et collaborer au niveau de connaissances, rendent le processus difficilement maitrisable. Pour accomplir un scénario optimal, certains problèmes doivent d’abords être résolus comme la spécification et formalisation des besoins, l’intégration d'ontologies, la détection et la résolution des conflits. Spécifier et formaliser les connaissances demandent un grand effort afin d’obtenir un modèle de représentation pour agréger plusieurs domaines différents des connaissances. Chaque expert pourrait s'exprimer afin que les autres comprennent leurs informations correctement. Il est donc nécessaire d’utiliser un modèle de représentation de données suffisamment clair et flexible pour accomplir cette tâche. Certains modèles actuels ne parviennent pas à fournir une solution efficace pour le partage des connaissances et pour la collaboration des projets de conception, car ces modèles n’intègrent pas les aspects géographiques, temporels, fonctionnels de la conception avec un modèle de représentation des connaissances flexible et générique. Ce travail propose une architecture, pour la conception collaborative, qui ambitionne d'être synchrone, générique, orientée aux services, basée sur les agents, et basée sur les ontologies. Des modèles particuliers de représentation sont transformés en instances d'ontologie et sont fusionnés pour accomplir le model final de conception d’un produit. C'est une approche synchrone parce que le processus de fusion est entrepris en même temps que l'interaction entre concepteurs. C'est générique parce qu'elle permet aux utilisateurs de travailler avec deux approches pour l’intégration d'ontologies : celle qui utilise une ontologie générique et celle qui utilise un processus d'harmonisation. Notre proposition se concentre sur les conflits de la conception collaborative et fait usage de Web Ontology Language (OWL) et des Services Web, le premier comme langage pour représenter les connaissances et le dernier comme un support technologique pour la communication. / Today’s complex design projects require teams of designers to work collaboratively by sharing their respective expertise in order to produce effective design solutions. Due to the increasing need for exchanging knowledge, modern design projects are more structured to work with distributed virtual teams that collaborate over computer networks to achieve overall optimization in design. Nevertheless, in a collaborative design process, the integration of multidisciplinary virtual teams – involving exchange and sharing of knowledge and expertise – frequently and inevitably generates conflicting situations. Different experts’ viewpoints and perspectives, in addition to several ways of communicating and collaborating at the knowledge level, make all this process very hard to manage. In order to achieve an optimal scenario, some problems must first be solved, such as requirement specification and formalization, ontology integration, and conflict detection and resolution. Specifying and formalizing the knowledge demands a great effort towards obtaining representation patterns that aggregate several disjoint knowledge areas. Each expert should express himself so that the others can understand his information correctly. It is necessary, therefore, to use a flexible and sufficiently extensive data representation model to accomplish such a task. Some current models fall short of providing an effective solution to effective knowledge sharing and collaboration on design projects, because they fail to combine the geographical, temporal, and functional design aspects with a flexible and generic knowledge representation model. This work proposes an information model-driven collaborative design architecture that supports synchronous, generic, service-oriented, agent-based, and ontology-based teamwork. Particular representation models are transformed into ontology instances and merged together in order to accomplish the final product design. It is a synchronous approach because the concurrent processes are undertaken at the same time that the interactions among designers take place. It is generic because it provides the users with two approaches for ontology integration: the use of a predefined generic ontology and the harmonization process. Our proposal focuses on collaborative design conflict resolution by using Web Ontology Language (OWL) and Web Services, the former as a tool for knowledge representation and the latter as a technological support for communication.
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Techniques d'extraction de connaissances en biodiversité / Biodiversity knowledge extraction techniques (BioKET)Inthasone, Somsack 02 April 2015 (has links)
Les données sur la biodiversité sont généralement représentées et stockées dans différents formats. Cela rend difficile pour les biologistes leur agrégation et leur intégration afin d'identifier et découvrir des connaissances pertinentes dans le but, par exemple, de classer efficacement des spécimens. Nous présentons ici l'entrepôt de données BioKET issu de la consolidation de données hétérogènes de différentes sources. Actuellement, le champ d'application de BioKET concerne la botanique. Sa construction a nécessité, notamment, d'identifier et analyser les ontologies et bases botaniques existantes afin de standardiser et lier les descripteurs utilisés dans BioKET. Nous avons également développé une méthodologie pour la construction de terminologies taxonomiques, ou thésaurus, à partir d'ontologies de plantes et d'informations géo-spatiales faisant autorité. Les données de biodiversité et botanique de quatre fournisseurs majeurs et de deux systèmes d'informations géo-spatiales ont été intégrées dans BioKET. L'utilité d'un tel entrepôt de données a été démontrée par l'application de méthodes d'extraction de modèles de connaissances, basées sur les approches classiques Apriori et de la fermeture de Galois, à des ensembles de données générées à partir de BioKET. En utilisant ces méthodes, des règles d'association et des clusters conceptuels ont été extraits pour l'analyse des statuts de risque de plantes endémiques au Laos et en Asie du Sud-Est. En outre, BioKET est interfacé avec d'autres applications et ressources, tel que l'outil GeoCAT pour l'évaluation géo-spatiale des facteurs de risques, afin de fournir un outil d'analyse performant pour les données de biodiversité. / Biodiversity data are generally stored in different formats. This makes it difficult for biologists to combine and integrate them in order to retrieve useful information and discover novel knowledge for the purpose of, for example, efficiently classifying specimens. In this work, we present the BioKET data warehouse which is a consolidation of heterogeneous data stored in different formats and originating from different sources. For the time being, the scope of BioKET is botanical. Its construction required, among others things, to identify and analyze existing botanical ontologies, to standardize and relate terms in BioKET. We also developed a methodology for mapping and defining taxonomic terminologies, that are controlled vocabularies with hierarchical structures from authoritative plant ontologies, Google Maps, and OpenStreetMap geospatial information system. Data from four major biodiversity and botanical data providers and from the two previously mentioned geospatial information systems were then integrated in BioKET. The usefulness of such a data warehouse was demonstrated by applying classical knowledge pattern extraction methods, based on the classical Apriori and Galois closure based approaches, to several datasets generated from BioKET extracts. Using these methods, association rules and conceptual bi-clusters were extracted to analyze the risk status of plants endemic to Laos and Southeast Asia. Besides, BioKET is interfaced with other applications and resources, like the GeoCAT Geospatial Conservation Assessment Tool, to provide a powerful analysis tool for biodiversity data.
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Development of new computational methods for a synthetic gene set annotation / Développement de nouvelles méthodes informatiques pour une annotation synthétique d’un ensemble de gènes.Ayllón-Benítez, Aarón 05 December 2019 (has links)
Les avancées dans l'analyse de l'expression différentielle de gènes ont suscité un vif intérêt pour l'étude d'ensembles de gènes présentant une similarité d'expression au cours d'une même condition expérimentale. Les approches classiques pour interpréter l'information biologique reposent sur l'utilisation de méthodes statistiques. Cependant, ces méthodes se focalisent sur les gènes les plus connus tout en générant des informations redondantes qui peuvent être éliminées en prenant en compte la structure des ressources de connaissances qui fournissent l'annotation. Au cours de cette thèse, nous avons exploré différentes méthodes permettant l'annotation d'ensembles de gènes.Premièrement, nous présentons les solutions visuelles développées pour faciliter l'interprétation des résultats d'annota-tion d'un ou plusieurs ensembles de gènes. Dans ce travail, nous avons développé un prototype de visualisation, appelé MOTVIS, qui explore l'annotation d'une collection d'ensembles des gènes. MOTVIS utilise ainsi une combinaison de deux vues inter-connectées : une arborescence qui fournit un aperçu global des données mais aussi des informations détaillées sur les ensembles de gènes, et une visualisation qui permet de se concentrer sur les termes d'annotation d'intérêt. La combinaison de ces deux visualisations a l'avantage de faciliter la compréhension des résultats biologiques lorsque des données complexes sont représentées.Deuxièmement, nous abordons les limitations des approches d'enrichissement statistique en proposant une méthode originale qui analyse l'impact d'utiliser différentes mesures de similarité sémantique pour annoter les ensembles de gènes. Pour évaluer l'impact de chaque mesure, nous avons considéré deux critères comme étant pertinents pour évaluer une annotation synthétique de qualité d'un ensemble de gènes : (i) le nombre de termes d'annotation doit être réduit considérablement tout en gardant un niveau suffisant de détail, et (ii) le nombre de gènes décrits par les termes sélectionnés doit être maximisé. Ainsi, neuf mesures de similarité sémantique ont été analysées pour trouver le meilleur compromis possible entre réduire le nombre de termes et maintenir un niveau suffisant de détails fournis par les termes choisis. Tout en utilisant la Gene Ontology (GO) pour annoter les ensembles de gènes, nous avons obtenu de meilleurs résultats pour les mesures de similarité sémantique basées sur les nœuds qui utilisent les attributs des termes, par rapport aux mesures basées sur les arêtes qui utilisent les relations qui connectent les termes. Enfin, nous avons développé GSAn, un serveur web basé sur les développements précédents et dédié à l'annotation d'un ensemble de gènes a priori. GSAn intègre MOTVIS comme outil de visualisation pour présenter conjointement les termes représentatifs et les gènes de l'ensemble étudié. Nous avons comparé GSAn avec des outils d'enrichissement et avons montré que les résultats de GSAn constituent un bon compromis pour maximiser la couverture de gènes tout en minimisant le nombre de termes.Le dernier point exploré est une étape visant à étudier la faisabilité d'intégrer d'autres ressources dans GSAn. Nous avons ainsi intégré deux ressources, l'une décrivant les maladies humaines avec Disease Ontology (DO) et l'autre les voies métaboliques avec Reactome. Le but était de fournir de l'information supplémentaire aux utilisateurs finaux de GSAn. Nous avons évalué l'impact de l'ajout de ces ressources dans GSAn lors de l'analyse d’ensembles de gènes. L'intégration a amélioré les résultats en couvrant d'avantage de gènes sans pour autant affecter de manière significative le nombre de termes impliqués. Ensuite, les termes GO ont été mis en correspondance avec les termes DO et Reactome, a priori et a posteriori des calculs effectués par GSAn. Nous avons montré qu'un processus de mise en correspondance appliqué a priori permettait d'obtenir un plus grand nombre d'inter-relations entre les deux ressources. / The revolution in new sequencing technologies, by strongly improving the production of omics data, is greatly leading to new understandings of the relations between genotype and phenotype. To interpret and analyze data grouped according to a phenotype of interest, methods based on statistical enrichment became a standard in biology. However, these methods synthesize the biological information by a priori selecting the over-represented terms and focus on the most studied genes that may represent a limited coverage of annotated genes within a gene set. During this thesis, we explored different methods for annotating gene sets. In this frame, we developed three studies allowing the annotation of gene sets and thus improving the understanding of their biological context.First, visualization approaches were applied to represent annotation results provided by enrichment analysis for a gene set or a repertoire of gene sets. In this work, a visualization prototype called MOTVIS (MOdular Term VISualization) has been developed to provide an interactive representation of a repertoire of gene sets combining two visual metaphors: a treemap view that provides an overview and also displays detailed information about gene sets, and an indented tree view that can be used to focus on the annotation terms of interest. MOTVIS has the advantage to solve the limitations of each visual metaphor when used individually. This illustrates the interest of using different visual metaphors to facilitate the comprehension of biological results by representing complex data.Secondly, to address the issues of enrichment analysis, a new method for analyzing the impact of using different semantic similarity measures on gene set annotation was proposed. To evaluate the impact of each measure, two relevant criteria were considered for characterizing a "good" synthetic gene set annotation: (i) the number of annotation terms has to be drastically reduced while maintaining a sufficient level of details, and (ii) the number of genes described by the selected terms should be as large as possible. Thus, nine semantic similarity measures were analyzed to identify the best possible compromise between both criteria while maintaining a sufficient level of details. Using GO to annotate the gene sets, we observed better results with node-based measures that use the terms’ characteristics than with edge-based measures that use the relations terms. The annotation of the gene sets achieved with the node-based measures did not exhibit major differences regardless of the characteristics of the terms used. Then, we developed GSAn (Gene Set Annotation), a novel gene set annotation web server that uses semantic similarity measures to synthesize a priori GO annotation terms. GSAn contains the interactive visualization MOTVIS, dedicated to visualize the representative terms of gene set annotations. Compared to enrichment analysis tools, GSAn has shown excellent results in terms of maximizing the gene coverage while minimizing the number of terms.At last, the third work consisted in enriching the annotation results provided by GSAn. Since the knowledge described in GO may not be sufficient for interpreting gene sets, other biological information, such as pathways and diseases, may be useful to provide a wider biological context. Thus, two additional knowledge resources, being Reactome and Disease Ontology (DO), were integrated within GSAn. In practice, GO terms were mapped to terms of Reactome and DO, before and after applying the GSAn method. The integration of these resources improved the results in terms of gene coverage without affecting significantly the number of involved terms. Two strategies were applied to find mappings (generated or extracted from the web) between each new resource and GO. We have shown that a mapping process before computing the GSAn method allowed to obtain a larger number of inter-relations between the two knowledge resources.
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Semantic Decision Support for Information Fusion Applications / Aide à la décision sémantique pour la diffusion d'informationsBellenger, Amandine 03 June 2013 (has links)
La thèse s'inscrit dans le domaine de la représentation des connaissances et la modélisation de l'incertitude dans un contexte de fusion d'informations. L'idée majeure est d'utiliser les outils sémantiques que sont les ontologies, non seulement pour représenter les connaissances générales du domaine et les observations, mais aussi pour représenter les incertitudes que les sources introduisent dans leurs observations. Nous proposons de représenter ces incertitudes au travers d'une méta-ontologie (DS-ontology) fondée sur la théorie des fonctions de croyance. La contribution de ce travail porte sur la définition d'opérateurs d'inclusion et d'intersection sémantique et sur lesquels s'appuie la mise en œuvre de la théorie des fonctions de croyance, et sur le développement d'un outil appelé FusionLab permettant la fusion d'informations sémantiques à partir du développement théorique précédent. Une application de ces travaux a été réalisée dans le cadre d'un projet de surveillance maritime. / This thesis is part of the knowledge representation domain and modeling of uncertainty in a context of information fusion. The main idea is to use semantic tools and more specifically ontologies, not only to represent the general domain knowledge and observations, but also to represent the uncertainty that sources may introduce in their own observations. We propose to represent these uncertainties and semantic imprecision trough a metaontology (called DS-Ontology) based on the theory of belief functions. The contribution of this work focuses first on the definition of semantic inclusion and intersection operators for ontologies and on which relies the implementation of the theory of belief functions, and secondly on the development of a tool called FusionLab for merging semantic information within ontologies from the previous theorical development. These works have been applied within a European maritime surveillance project.
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