Análises filogenéticas são bastante utilizadas para a compreensão das relações existentes entre objetos biológicos, beneficiando as investigações em vários campos das ciências da vida. Vários métodos computacionais para reconstruir filogenias tem sido desenvolvidos. Em geral, os métodos que fornecem filogenias mais confiáveis, requerem significativamente maior tempo computacional, restringindo a aplicação deles a conjuntos de dados relativamente pequenos. Por outro lado, a utilização de conjuntos de dados maiores é fundamental para proporcionar uma amostragem que seja suficiente, para restringir as incongruências na identificação de clados em uma filogenia. Este trabalho propõe uma abordagen (denominada CladeNet) de reamostragem de filogenias, obtidas por algoritmos relativamente eficientes, a fim de melhorar a identificação de clados. Experimentos com sete conjuntos de dados, que variam de dezenas a centenas de sequências de DNA mostram que, em geral, clados encontrados pela abordagem proposta tornam-se mais confiavéis, conforme os tamanhos dos conjuntos de sequências aumentam, com um moderado aumento do tempo computacional relativamente moderado. Além disso, o CladeNet é um método que também inova ao identificar clados de forma automáticamente por meio de um algoritmo de identificação de comunidades em redes. / Phylogenies are useful for understanding relationships among biological objects, benefiting investigations in various fields of life sciences. Several computational methods for reconstructing phylogenies have been developed. In general, methods that provide more reliable phylogenies require significantly larger computing time, constraining their application to relatively small datasets of objects. On the other hand, the use of larger datasets is fundamental to provide enough samples in order to reduce incongruence in clade identification from a phylogeny. This work proposes an approach of resampling phylogenies (called CladeNet) obtained from relatively efficient algorithms, in order to improve clade identification. Experiments with seven datasets with sizes varying from dozens to hundreds of DNA sequences show that, in general, clades found by the proposed approach are more reliable as the dataset sizes augment, with relatively moderate increase of computing time. Moreover, CladeNet is a new method for identifying clades in an automatic way by means of community detection algorithm for networks.

Esta tese é um estudo acerca da análise de convergência de vários métodos numéricos de primeira e de segunda ordem para resolver problemas de programação matemática e as condições de otimalidade associadas. Nossas principais ferramentas são as condições sequenciais de otimalidade. As condições sequenciais de otimalidade oferecem um quadro teórico para a análise de convergência para várias famílias de métodos de primeira ordem sob condições de qualificações fracas. Nesta tese, apresentamos, para cada condição sequencial de otimalidade, a condição de qualificação mínima associada e mostramos as relações com outras condições de qualificação conhecidas. Este fato tem implicações práticas, uma vez que enfraquece as hipóteses requeridas para a convergência de vários métodos numéricos cujos critérios de paradas estão associados às condições sequenciais de otimalidade. Ainda mais, esse tipo de resultado não pode ser melhorado usando outras condições de qualificações. Nós estendemos a noção de condições sequenciais de otimalidade de primeira ordem, para incorporar informações de segunda ordem. Apresentamos, segundo nosso conhecimento, a primeira condição sequencial de otimalidade de segunda ordem, adequada para a análise de convergência de vários métodos numéricos com convergência a pontos estacionários de segunda ordem, como por exemplo métodos baseados no Lagrangeano aumentado, regiões de confiança e SQP regularizado. Associada com a nova condição sequencial de segunda ordem, temos uma nova condição de qualificação, mais fraca que as outras condições de qualificações utilizadas para a análise de convergência para métodos numéricos de segunda ordem. Nós situamos essa nova condição de qualificação com respeito a outras condições de qualificação usadas em análise de convergência. Finalmente apresentamos outra razão pela qual a condição fraca necessária de segunda ordem é a condição de segunda ordem adequada quando lidarmos com a convergência de algoritmos práticos / This thesis deals with the convergence analysis for several rst-and-second-order numerical methods used to solve mathematical programming problems. Our main tools are the sequential optimality conditions. First-order sequential optimality conditions oer a framework to the study of the convergence analysis of several families of rst-order methods, under weak constraint qualications. In this thesis, we will introduce, for each sequential optimality condition the minimal constraint qualications associated with it and we will show their relationships with other constraint qualications. This fact has a practical aspect, since, we improve the convergence analysis of practical methods with stopping criteria associated with sequential optimality conditions. This results can not be improved by using another weak constraint qualications. We will extend the notion of rst-order sequential optimality conditions to incorporate secondorder information. We will introduce, to the best of our knowledge, the rst second-order sequential optimality condition, suitable to the study of the convergence analysis of several second-order methods including methods based on the augmented lagrangian, trust-region and regularized SQP. Associated with the second-order sequential optimality condition, we have a new constraint qualication weaker than all constraint qualications used for the convergence analysis of second-order methods. We show the relationships of this new constraint qualications with other constraint qualications used for algorithmic purposes. We will also present a new reason why the weak secondorder necessary condition is the natural second-order condition when we are dealing with practical numerical methods

Análises filogenéticas são bastante utilizadas para a compreensão das relações existentes entre objetos biológicos, beneficiando as investigações em vários campos das ciências da vida. Vários métodos computacionais para reconstruir filogenias tem sido desenvolvidos. Em geral, os métodos que fornecem filogenias mais confiáveis, requerem significativamente maior tempo computacional, restringindo a aplicação deles a conjuntos de dados relativamente pequenos. Por outro lado, a utilização de conjuntos de dados maiores é fundamental para proporcionar uma amostragem que seja suficiente, para restringir as incongruências na identificação de clados em uma filogenia. Este trabalho propõe uma abordagen (denominada CladeNet) de reamostragem de filogenias, obtidas por algoritmos relativamente eficientes, a fim de melhorar a identificação de clados. Experimentos com sete conjuntos de dados, que variam de dezenas a centenas de sequências de DNA mostram que, em geral, clados encontrados pela abordagem proposta tornam-se mais confiavéis, conforme os tamanhos dos conjuntos de sequências aumentam, com um moderado aumento do tempo computacional relativamente moderado. Além disso, o CladeNet é um método que também inova ao identificar clados de forma automáticamente por meio de um algoritmo de identificação de comunidades em redes. / Phylogenies are useful for understanding relationships among biological objects, benefiting investigations in various fields of life sciences. Several computational methods for reconstructing phylogenies have been developed. In general, methods that provide more reliable phylogenies require significantly larger computing time, constraining their application to relatively small datasets of objects. On the other hand, the use of larger datasets is fundamental to provide enough samples in order to reduce incongruence in clade identification from a phylogeny. This work proposes an approach of resampling phylogenies (called CladeNet) obtained from relatively efficient algorithms, in order to improve clade identification. Experiments with seven datasets with sizes varying from dozens to hundreds of DNA sequences show that, in general, clades found by the proposed approach are more reliable as the dataset sizes augment, with relatively moderate increase of computing time. Moreover, CladeNet is a new method for identifying clades in an automatic way by means of community detection algorithm for networks.

Made available in DSpace on 2015-05-15T11:45:59Z (GMT). No. of bitstreams: 1 arquivototal.pdf: 715500 bytes, checksum: d95f1a0101cba7f4f31b21e2b0da1bb3 (MD5) Previous issue date: 2011-07-22 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The present work has the distributed control v applied to the linear wave's equation. We seek to reach two objective, one of the kind Controllability and another the not system state distance to a state y2 (x; t) predefined. This is an problem of multicriteria optimization, and to solves him, introduce the notion Stackelberg's Optimal Control (classical in economy), in which we divide v into two, tell v1 and v2, and each one will act in the respective part from the Boundary 1;2 with a hierarchy between the same. This way, we take over that v1 is the control leader and v1 will be the follower. To leave of this terminogy, we use the idea of the hierarchical control, that is, admit that given a right v1, optimize the second goal concerning v2 and find a relation such that v2 = F (v1). So, the first goal became function of v1, belonging to the kind approximate controlability that will be proved through a density criterion and a Holmgren's uniqueness theorem. Finally, proved for controlability close, from unicidade of the solution, find Optimality system for the control leader. / O presente trabalho tem o controle distribuído v aplicado á fronteira da Equação da Onda Linear. Buscamos atingir dois objetivos: um do tipo controlabilidade, e outro o não distanciamento do estado do sistema a um estado y2 (x; t) predefinido. Esse é um problema de otimização multicritério, e para solucioná-lo, introduzimos a noção de controle ótimo de Stackelberg (clássico em economia), no qual dividimos v em dois, digamos v1 e v2; e cada um atuará na respectiva parte da fronteira -1; -2, com uma hierarquia entre os mesmos. Assim, assumimos que v1 é o controle líder e v2 será o seguidor. A partir dessa terminologia, usamos a ideia do controle hierárquico, isto é, admitimos que dado um certo v1, otimizamos o segundo objetivo com respeito a v2 e encontramos uma relação tal que v2 = F (v1). Então, o primeiro objetivo tornou-se função de v1; sendo do tipo controlabilidade aproximada que será provado através de um critério de densidade e do teorema de unicidade de Holmgren. Por último, provada a controlabilidade aproximada e a partir da unicidade da solução, encontramos o sistema de otimalidade para o controle líder.

Made available in DSpace on 2015-05-15T11:46:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 arquivototal.pdf: 674722 bytes, checksum: eb17d5816a0fce98d1def5be593711f1 (MD5) Previous issue date: 2011-09-29 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / We have as main issue in this work the Hierarchical Control, which consists in a leader-followers system. We studied in special the heat equation approximate controllability under Stackelberg-Nash’s strategy, which is directed in controlling every system from local controls choices with the minimum possible costs. / Temos como principal tema neste trabalho o Controle Hierárquico, que consiste em um sistema de líder e seguidores. Estudamos em especial a controlabilidade aproximada da equação do Calor sob a estratégia de Stackelberg-Nash, estratégia esta direcionada em controlar todo sistema a partir de escolhas de controles locais com o mínimo de custos possíveis.

Orientador: Maria Filomena Spatti Sândalo / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Estudos da Linguagem / Made available in DSpace on 2018-08-16T18:43:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Pioli_AlexandreTunis_M.pdf: 14647464 bytes, checksum: d11052859655c3adc334ae80c8920985 (MD5) Previous issue date: 2010 / Resumo: Esta dissertação tem como objetivos (i) contribuir para o maior conhecimento de aspectos da fonologia da língua Rikbaktsa e (ii) oferecer duas análises para a formação de sintagmas fonológicos nesta língua. O primeiro objetivo é atingido através de uma análise inicial da fonologia entoacional do Rikbaktsa, em que sentenças de diferentes configurações (variando em termos de posições de constituintes) são analisadas conforme o modelo da fonologia entoacional autossegmental-métrica (Pierrehumbert & Beckman 1988, entre outros). Desta análise partem as observações de nível segmental e suprassegmental que contribuem ao alcance do segundo objetivo. As evidências entoacionais sugerem que níveis prosódicos como palavra fonológica, sintagma fonológico e sintagma entoacional são razoavelmente delimitados entoacionalmente, embora seus limites não emerjam de imediato se modelos tradicionais como Nespor & Vogel (1986) e Selkirk (1995) são levados em consideração. Este trabalho oferece, então, percursos de análise no quadro teórico da Teoria da Otimalidade e de uma faceta da fonologia baseada em regras, partindo do pressuposto de que o processo analítico de um e outro modelo podem trazer insights interessantes sobre os fenômenos abordados. Tal discussão foi amplamente estimulada pela literatura recente, notadamente por Nevins & Vaux (2008). A discussão, que inevitavelmente passa por uma comparação entre os pontos-de-vista derivacional e representacional para o fenômeno em análise, encontra seu termo no argumento de que o modelo de Frampton (2008), em que aspectos de ambos se influenciam, oferece uma visão satisfatória para a formação de sintagmas fonológicos na língua, tanto com respeito a um critério conceptual, quanto empírico. / Abstract: This work aims to (i) contribute to the better knowledge of some aspects of the Rikbaktsa phonology and to (ii) offer two approaches to the phonological phrasing in this language. The first goal is fulfilled through an initial analysis of the intonational phonology of Rikbaktsa. Different syntactic configurations (varying in complexity and word order) are analyzed using the autosegmental-metric approach to intonational phonology (Pierrehumbert & Beckman 1988, inter alia). This intonational analysis results in segmental and suprasegmental observations that support the analyses of the following chapters (the second goal of this work). Intonational evidence suggest that prosodic domains such as the phonological word, the phonological phrase and the intonational phrase are delimited by intonation markers. These domains won't emerge automatically if traditional models such as Nespor & Vogel (1986) and Selkirk (1995) are used. This work offers two approaches to the phonological phrasing in this language - in both Optimality Theory and Derivational Phonology-based frameworks -, assuming that good insights can emerge in the analytic process. The discussion, mainly triggered by recent works in the phonological literature such as Nevins & Vaux (2008), also presents an informal comparison between the derivational and representational analyses. This results in the choice of the deffect-driven model by Frampton (2008) as an eligible approach to the phonological phrasing in Rikbaktsa, in which both conceptual and empirical criteria are satisfied in a good measure. / Mestrado / Linguistica / Mestre em Linguística

Esta tese é um estudo acerca do Problema de Equilíbrio de Nash Generalizado (GNEP). Na primeira parte, faremos um resumo dos principais conceitos sobre GNEPs, a relação com outros problemas já conhecidos e comentaremos brevemente os principais métodos já feitos até esta data para resolver numericamente este tipo de problema. Na segunda parte, estudamos condições de otimalidade e condições de qualificação (CQ) para GNEPs, fazendo uma analogia como em otimização. Estendemos os conceitos de cone tangente, normal, gerado pelas restrições ativas, linearizado e polar para a estrutura dos GNEPs. Cada CQ de otimização gera dois tipos de CQ para GNEPs, sendo que a denotada por CQ-GNEP é mais forte e útil para a análise de algoritmos para GNEPs. Mostramos que as condições de qualificação para GNEPs deste tipo em alguns casos não guardam a mesma relação que em otimização. Estendemos também o conceito de Aproximadamente Karush-KuhnTucker (AKKT) de otimização para GNEPs, o AKKT-GNEP. É bem conhecido que AKKT é uma genuína condição de otimalidade em otimização, mas para o caso dos GNEPs mostramos que isto não ocorre em geral. Por outro lado, AKKT-GNEP é satisfeito, por exemplo, em qualquer solução de um GNEP conjuntamente convexo, desde que seja um equilíbrio bvariacional. Com isso em mente, definimos um método do tipo Lagrangiano Aumentado para o GNEP usando penalidades quadráticas e exponenciais e estudamos as propriedades de otimalidade e viabilidade dos pontos limites de sequências geradas pelo algoritmo. Finalmente alguns critérios para resolver os subproblemas e resultados numéricos são apresentados. / This thesis is a study about the generalized Nash equilibrium problem (GNEP). In the first part we will summarize the main concepts about GNEPs, the relationship with other known problems and we will briefly comment on the main methods already done in order to solve these problems numerically. In the second part we study optimality conditions and constraint qualification (CQ) for GNEPs making an analogy with the optimization case. We extend the concepts of the tangent, normal and generated by the active cones, linear and polar cone to the structure of the GNEPs. Each optimization CQ generates two types of CQs for GNEPs, with the one called CQ-GNEP being the strongest and most useful for analyzing the algorithms for GNEPs. We show that the qualification conditions for GNEPs of this type in some cases do not have the same relation as in optimization. We also extend the Approximate Karush- Kuhn-Tucker (AKKT) concept used in optimization for GNEPs to AKKT-GNEP. It is well known that AKKT is a genuine optimality condition in optimization but for GNEPs we show that this does not occur in general. On the other hand, AKKT-GNEP is satisfied, for example, in any solution of a jointly convex GNEP, provided that it is a b-variational equilibrium. With this in mind, we define Augmented Lagrangian methods for the GNEP, using the quadratic and the exponential penalties, and we study the optimality and feasibility properties of the sequence of points generated by the algorithms. Finally some criteria to solve the subproblems and numerical results are presented.

[pt] O presente trabalho investiga a relação entre controles de capital e contas externas nas economias da América Latina e aborda a ideia de otimalidade dos controles de capital em uma pequena economia aberta. O trabalho apresenta controles de capital como contracíclicos, em que esses são usados para mitigar choques adversos na conta corrente. Usando dados para a economia brasileira, os resultados também sugerem que controles de capital podem mitigar a volatilidade da economia e permitir ganhos de bem-estar no estado estacionário. Ao mesmo tempo, o trabalho mostra que, com impostos (controles) excessivos, o controle de capital pode perder sua capacidade de gerar ganhos de bem-estar, o que, por sua vez, alude a uma certa parcimônia na introdução dos mesmos. / [en] The present work investigates the relationship between capital controls and external accounts in Latin American economies and addresses the idea of capital control s optimality in a small open economy. The work presents capital controls as countercyclical, where they are intended to mitigate adverse shocks in the current account. Also, using data for the Brazilian economy, the results suggest that capital controls may mitigate the volatility of the economy and allow welfare gains in the steady state. At the same time, the work shows that, at excessive taxation, an ad-hoc capital control loses its capacity to generate welfare gains, which in turn alludes certain parsimony in their introduction.

Submitted by CAROLINE DE ARRUDA SIGNORINI null (carolineasignorini@gmail.com) on 2017-03-22T17:30:47Z No. of bitstreams: 1 Dissertação - versão definitiva [22.03.2017].pdf: 1265324 bytes, checksum: cb95983dd59698aa1bb765a4dd7f9866 (MD5) / Approved for entry into archive by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com) on 2017-03-23T13:46:47Z (GMT) No. of bitstreams: 1 signorini_ca_me_sjrp.pdf: 1265324 bytes, checksum: cb95983dd59698aa1bb765a4dd7f9866 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-23T13:46:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 signorini_ca_me_sjrp.pdf: 1265324 bytes, checksum: cb95983dd59698aa1bb765a4dd7f9866 (MD5) Previous issue date: 2017-03-07 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Nosso principal propósito neste trabalho é o estudo de condições necessárias e suficientes de otimalidade para problemas de Cálculo das Variações no contexto não-suave. Este estudo partirá da formulação básica suave, passando por problemas com restrições Lagrangianas, até o caso em que consideramos Lagrangianas não-suaves e soluções absolutamente contínuas. Neste caminho, abordaremos um importante avanço na teoria de Cálculo das Variações: os resultados de existência e regularidade de soluções. Além das condições necessárias, analisaremos as condições suficientes através de um conceito de convexidade generalizada, o qual denominamos E-pseudoinvexidade. / Our main purpose in this work is the study of necessary and sufficient optimality conditions for Calculus of Variations problems in the nonsmooth context. This study will comprehend the smooth basic formulation, constrained problems (with Lagrangian restrictions), non-smooth Lagrangians and absolutely continuous solutions. Moreover, we will approach an important advance in Calculus of Variations theory: the existence and regularity of solutions. In addition to necessary conditions, we will analyze sufficient conditions through a generalized convexity concept, which we called E-pseudoinvexity. / FAPESP: 2014/24271-6

Neste trabalho, realizamos uma extensão da chamada condição Aproximadamente Karush-Kuhn-Tucker (AKKT), inicialmente introduzida em programação não linear [AHM11], para os problemas de otimização sob cones simétricos não linear. Uma condição nova, a qual chamamos Trace AKKT (TAKKT), também foi apresentada para o problema de programação semidefinida não linear. TAKKT se mostrou mais prática que AKKT para programação semidefinida não linear. Provamos que, tanto a condição AKKT como a condição TAKKT são condições de otimalidade. Resultados de convergência global para o método de Lagrangiano aumentado foram obtidos. Condições de qualificação estritas foram introduzidas para medir a força dos resultados de convergência global apresentados. Através destas condições de qualificação estritas, foi pos- sível verificar que nossos resultados de convergência global se mostraram melhores do que os conhecidos na literatura. Também apresentamos uma prova para um caso particular da conjectura feita em [AMS07]. Palavras-chave: condições sequenciais de otimalidade, programação semidefinida não linear, programação sob cones simétricos não linear, condições de qualificação estritas. / In this work, we perform an extension of the so-called Approximate Karush-Kuhn-Tucker (AKKT) condition, initially introduced in nonlinear programming [AHM11], for nonlinear symmetric cone pro- gramming. A new condition, which we call Trace AKKT (TAKKT), was also presented for the nonlinear semidefinite programming problem. TAKKT proved to be more practical than AKKT for nonlinear semi- definite programming. We prove that both the AKKT condition and the TAKKT condition are optimality conditions. Results of global convergence for the augmented Lagrangian method were obtained. Strict qua- lification conditions were introduced to measure the strength of the overall convergence results presented. Through these strict qualification conditions, it was possible to verify that our results of global convergence proved to be better than those known in the literature. We also present a proof for a particular case of the conjecture made in [AMS07].