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1	Physiologie des procaryotes sulfato-réducteurs : dégradation d'hydrocarbures et oxydo-réduction d'éléments métalliques / Sulfate-reducing prokaryotes physiology : hydrocarbon degradation and oxydation-reduction of metal elements Amin Ali, Oulfat 19 December 2013 (has links) Les procaryotes sulfato-réducteurs (PSRs)jouent un rôle majeur dans les cycles biogéochimiques de la matière et interviennentnotamment dans la dégradation de la matière organique récalcitrante (e.g. hydrocarbures) mais également dans les processus d’oxydo-réduction de métaux et/ou métalloïdes.L’objet de ce travail a consisté à approfondir certain de ces aspects de la physiologie des PSRs. La dégradation d’hydrocarbures a été étudiée en mésophilie, avec la caractérisation d’une souche bactérienne issue d’un site pollué. Cette souche décrite comme une nouvelle espèce,Desulfatiferulaberrensis BE2801, est capable de dégrader les n-alcènes. La dégradation d’hydrocarbures a également été étudiée à très haute température chez une archée,Archaeoglobus fulgidus. Cette souche oxyde les n-alcanes, l’oxydation étant vraisemblablement catalysée par la protéine PflD.L’ensemble des travaux réalisés montre que PflDserait une alkylsuccinate synthase qui permettrait l’activation de l’hydrocarbure par addition au fumarate. Outre ses capacités hydrocarbonoclastes à haute température, A. fulgidusest également capable de corroder le fer, de manière indirecte par la production de sulfures, et directement, en oxydant le fer de manière originale avec la formation de « micro-cheminées ». Outre l’oxydation de matière organique et de métaux, les PSRs sont également capables de réduire un grand nombre d’éléments, notamment les métaux et métalloïdes. C’est le cas de Desulfotomaculum hydrothermale, connue pour réduire à haute température l’arsenic, métalloïde hautement toxique. L’analyse de la séquence du génome de cette souche a confirmé ses capacités de détoxication. / Sulfate-reducing prokaryotes (SRPs) play a significant role in the biogeochemical cycles of matter, in particular in the degradation of recalcitrant organic compounds (e.g. hydrocarbons) but also in oxido-reduction of metals and/or metalloids. The aim of this work was to deepen some of these aspects of SRPs physiology. Hydrocarbon degradation was studied with a mesophilic bacterial strain isolated from a polluted site.This strain, described as a new species, Desulfatiferula berrensis BE2801, is able to degrade n-alkenes. Degradation of hydrocarbons has also been studied at high temperatures with an archaeon, Archaeoglobus fulgidus. This archaeon oxidize n-alkanes with most likely involvement of the PflD protein. All our experiments showed that PflD would be an alkylsuccinate synthase allowing hydrocarbon activation by addition to fumarate. Moreover, A. fulgidus was shown to corrode iron at high temperature, through the production of sulfide and also by directly oxidizing iron with formation of unusual "micro-chimneys". In addition to organic matter oxidation, SRPs are known to reduce a large number of elements, including metals and metalloids. This is the case for Desulfotomaculum hydrothermale reported to reduce arsenic at high temperature. Analyses of the genome sequence of this bacterium confirmed its ability to detoxify this mineral. Sulfato-réduction Archaeoglobus Desulfatiferula Desulfotomaculum Biodégradation d’hydrocarbures Corrosion Arsenic Oxydo-réduction Archaeoglobus Desulfatiferula Desulfotomaculum Hydrocarbon biodegradation Corrosion Arsenic Oxido-reduction 579
2	Identifikation von Genen und Mikroorganismen, die an der dissimilatorischen Fe(III)-Reduktion beteiligt sind / Isolation of Genes and Microorganisms Involved in Dissimilatory Fe(III)-Reduction Özyurt, Baris 21 January 2009 (has links) No description available. 500 Naturwissenschaften allgemein Mathematics and Computer Science Metagenomik dissimilatorische Fe(III)-Reduktion Dissimilatory iron reduction DIR dissimilatory oxido-reduction of iron dissimilatory iron(III) reduction metal reduction ferricironreduction microbial iron respiration bacterial respiration microorganisms for energy production dissimilatory iron reducing bacteria dissimilatory metal reducing bacteria DMRB energy production electricity energy transduction microbial electricity electron donor electron acceptor electron transfer carbon source carbohydrate mannit mannitol biofilm mineral mineral formation microbial degradation ribosomal proteins cytochromes hypothetical proteins enzymes oxidation reduction ferric iron iron oxide Fe(II) Fe(III) soluble iron insoluble iron ferric reductase activity iron mineral formation mineralisation <i>E. coli</i> Escherichia coli environmental microorganisms life in extreme environments uncultivable bacteria soil microbial ecology anaerobic growth anaerobic incubation environmental sequences environmental DNA DNA extraction functional screening metagenomic metagenome meta-genome microbial ecology environmental genomics soil metagenome BACs sequencing bioinformatics microbial communities 16S rRNA phylogenetics 30 42.30 42.30 58.30 42.49 58.30 42.13 RA W

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Physiologie des procaryotes sulfato-réducteurs : dégradation d'hydrocarbures et oxydo-réduction d'éléments métalliques / Sulfate-reducing prokaryotes physiology : hydrocarbon degradation and oxydation-reduction of metal elements

Identifikation von Genen und Mikroorganismen, die an der dissimilatorischen Fe(III)-Reduktion beteiligt sind / Isolation of Genes and Microorganisms Involved in Dissimilatory Fe(III)-Reduction