A presença de traços de personalidade em familiares de pessoas com diagnóstico de Transtornos do Espectro do Autismo (TEA) parece corresponder a algumas das características comportamentais de indivíduos com TEA, apontando para a alta herdabilidade dessa condição. Esta área de estudos é referida como aquela que investiga o fenótipo ampliado do autismo (FAA). A presente pesquisa é composta por dois estudos: o primeiro teve como objetivo apresentar uma revisão crítica da literatura, especialmente sobre os aspectos comportamentais ligados ao FAA, abordando-se os traços de personalidade e diferenças de gênero, nos genitores. O segundo investigou a presença desses traços em genitores de crianças com o diagnóstico de TEA, através de um delineamento de estudos de casos múltiplos, utilizando instrumentos nacionais e internacionais. Os resultados apontam para a presença de traços autísticos nos genitores, especialmente em relação à área de Interação Social Recíproca e Comportamentos Repetitivos e Estereotipados. Esta pesquisa alinha-se a outras, ao identificar alguns traços de personalidade em pais e mães de crianças com autismo, que parecem corresponder, em algum nível, aos encontrados no TEA e, por isso, podem representar o fenótipo ampliado do autismo. / The presence of personality traits in relatives of people diagnosed with Autism Spectrum Disorder (ASD) seems to correspond to some of the behavioral characteristics of individuals with ASD, pointing to the high heritability of this condition. This area of study is referred to as one that investigates the Broader Autism Phenotype (BAP). This research consists of two studies: one aimed at reviewing the literature, especially on the behavioral aspects related to the BAP, approaching the personality traits and gender differences in parents of children with autism. Second, we investigated the presence of these traits in these parents through a design of multiple case studies, using national and international measures. The results indicate the presence of autistic traits in these parents, especially in relation to the area of Social Interaction and Repetitive and Stereotyped Behaviors. This research aligns to other studies of the field, to identify some personality traits in parents of children with autism, which seem to correspond to some degree, those found in ASD and therefore may represent the broader autism phenotype.

A fibrose cística (FC) é diagnosticada na presença de achados fenotípicos, história familiar ou triagem neonatal positiva acompanhada de evidência laboratorial de disfunção da CFTR, seja pelo teste do suor, diferença de potencial nasal ou pela identificação de duas mutações conhecidas como causa de FC nos genes da CFTR. Objetivos: Avaliar a contribuição da análise molecular do gene CFTR na investigação diagnóstica da fibrose cística em pacientes com suspeita de FC leve ou doença atípica. Secundariamente, comparar as características dos pacientes em 3 grupos: grupo com identificação de duas mutações conhecidas como causadoras da FC, grupo com identificação de apenas uma mutação e grupo sem mutação identificada. Métodos: Estudo transversal em adolescentes e adultos (≥14 anos). Os pacientes foram submetidos à avaliação clínica, laboratorial e radiológica; espirometria, microbiologia do escarro, ecografia hepática, teste do suor e análise molecular do gene CFTR. Resultados: Foram avaliados 37 pacientes com achados fenotípicos de FC, com ou sem confirmação pelo teste do suor. Houve predomínio do sexo feminino (75,7%) com média de idade de 32,5 ± 13,6 anos. A análise molecular contribuiu para o diagnóstico definitivo de FC em 3 casos (8,1%) dentre 37 pacientes em avaliação. Em 7 pacientes (18,9%) foram identificadas apenas uma mutação causadora de FC e em 26 pacientes (70,3%) não foram identificadas mutações. Nenhuma característica clínica estudada se associou com o diagnóstico genético. A mutação p.F508del foi a mais comum, encontrada em 5 pacientes. A associação de p.V232D e p.F508del foi encontrada em 2 pacientes. Outras mutações encontradas foram: p.A559T, p.D1152H, p.T1057A, p.I148T, p.V754M, p.P1290P e p.R1066H e p.T351S. Conclusão: A análise molecular da região codificante do gene CFTR apresentou contribuição limitada para investigação diagnóstica de pacientes com suspeita de fibrose cística leve ou doença atípica. Além disso, não houve associação entre as características clínicas e o diagnóstico genético. / Cystic fibrosis (CF) is diagnosed in the presence of phenotypic findings, family history or positive neonatal screening accompanied by laboratory evidence of CFTR dysfunction, either by sweat test, nasal potential difference or the identification of two mutations known to cause CF in the CFTR gene. Objectives: To evaluate the contribution of molecular analysis of CFTR gene in cystic fibrosis diagnostic investigation in patients with suspected mild FC or atypical disease. Secondarily, to compare the characteristics of patients into 3 groups: group with identification of two mutations known to cause CF, group with identification of just one mutation and group without mutations. Methods: Cross-sectional study in adolescent and adult (≥ 14 years). The patient underwent clinical, laboratory and radiological spirometry, sputum microbiology, liver ultrasound, sweat test and molecular analysis of the CFTR gene. Results: We evaluated 37 patients with phenotypic findings of FC, with or without confirmation by the sweat test. There was a predominance of females (75.7%) with a mean age of 32.5 ± 13.6 years. Molecular analysis contributed to the definitive diagnosis of CF in 3 cases (8.1%) among 37 patients under evaluation. In 7 patients (18.9%) were identified only one mutation that causes CF and in 26 patients (70.3%) were not identified mutations. No clinical feature studied was associated with genetic diagnosis. The P.F508del mutation was the most common, found in 5 patients. The association p.V232D and p.F508del was found in 2 patients. Other mutations found were: p.A559T, p.D1152H, p.T1057A, p.I148T, p.V754M, and p.P1290P p.R1066H and p.T351S. Conclusion: Molecular analysis of the CFTR gene coding region showed limited contribution to the diagnostic investigation of patients with suspected cystic fibrosis mild or atypical disease. Moreover, there was no association between clinical features and genetic diagnosis.

A fibrose cística (FC) é diagnosticada na presença de achados fenotípicos, história familiar ou triagem neonatal positiva acompanhada de evidência laboratorial de disfunção da CFTR, seja pelo teste do suor, diferença de potencial nasal ou pela identificação de duas mutações conhecidas como causa de FC nos genes da CFTR. Objetivos: Avaliar a contribuição da análise molecular do gene CFTR na investigação diagnóstica da fibrose cística em pacientes com suspeita de FC leve ou doença atípica. Secundariamente, comparar as características dos pacientes em 3 grupos: grupo com identificação de duas mutações conhecidas como causadoras da FC, grupo com identificação de apenas uma mutação e grupo sem mutação identificada. Métodos: Estudo transversal em adolescentes e adultos (≥14 anos). Os pacientes foram submetidos à avaliação clínica, laboratorial e radiológica; espirometria, microbiologia do escarro, ecografia hepática, teste do suor e análise molecular do gene CFTR. Resultados: Foram avaliados 37 pacientes com achados fenotípicos de FC, com ou sem confirmação pelo teste do suor. Houve predomínio do sexo feminino (75,7%) com média de idade de 32,5 ± 13,6 anos. A análise molecular contribuiu para o diagnóstico definitivo de FC em 3 casos (8,1%) dentre 37 pacientes em avaliação. Em 7 pacientes (18,9%) foram identificadas apenas uma mutação causadora de FC e em 26 pacientes (70,3%) não foram identificadas mutações. Nenhuma característica clínica estudada se associou com o diagnóstico genético. A mutação p.F508del foi a mais comum, encontrada em 5 pacientes. A associação de p.V232D e p.F508del foi encontrada em 2 pacientes. Outras mutações encontradas foram: p.A559T, p.D1152H, p.T1057A, p.I148T, p.V754M, p.P1290P e p.R1066H e p.T351S. Conclusão: A análise molecular da região codificante do gene CFTR apresentou contribuição limitada para investigação diagnóstica de pacientes com suspeita de fibrose cística leve ou doença atípica. Além disso, não houve associação entre as características clínicas e o diagnóstico genético. / Cystic fibrosis (CF) is diagnosed in the presence of phenotypic findings, family history or positive neonatal screening accompanied by laboratory evidence of CFTR dysfunction, either by sweat test, nasal potential difference or the identification of two mutations known to cause CF in the CFTR gene. Objectives: To evaluate the contribution of molecular analysis of CFTR gene in cystic fibrosis diagnostic investigation in patients with suspected mild FC or atypical disease. Secondarily, to compare the characteristics of patients into 3 groups: group with identification of two mutations known to cause CF, group with identification of just one mutation and group without mutations. Methods: Cross-sectional study in adolescent and adult (≥ 14 years). The patient underwent clinical, laboratory and radiological spirometry, sputum microbiology, liver ultrasound, sweat test and molecular analysis of the CFTR gene. Results: We evaluated 37 patients with phenotypic findings of FC, with or without confirmation by the sweat test. There was a predominance of females (75.7%) with a mean age of 32.5 ± 13.6 years. Molecular analysis contributed to the definitive diagnosis of CF in 3 cases (8.1%) among 37 patients under evaluation. In 7 patients (18.9%) were identified only one mutation that causes CF and in 26 patients (70.3%) were not identified mutations. No clinical feature studied was associated with genetic diagnosis. The P.F508del mutation was the most common, found in 5 patients. The association p.V232D and p.F508del was found in 2 patients. Other mutations found were: p.A559T, p.D1152H, p.T1057A, p.I148T, p.V754M, and p.P1290P p.R1066H and p.T351S. Conclusion: Molecular analysis of the CFTR gene coding region showed limited contribution to the diagnostic investigation of patients with suspected cystic fibrosis mild or atypical disease. Moreover, there was no association between clinical features and genetic diagnosis.

Several recessive diseases present heterozygous phenotype. In Itabaianinha, Brazil, there is a big cohort with the homozygous mutation c.57 +1 G> A in the GHRH receptor (GHRHR) gene, leading to severe short stature. Previous study shows that heterozygous individuals (MUT/N) exhibit similar height, insulin like growth factor type 1 (IGF - I) and percentage of fat mass, but reduced weight, body mass index (BMI) and muscle mass. However, only 10 % of these were 60 or more years old. Moderate reduction in the GH/ IGF-I axis activity may have a greater impact on the aging period, when the activity of this axis naturally decreases. We question whether the study of heterozygosity for the mutation would result in a partial phenotype in the elderly cohort individuals. 843 individuals were analyzed in a cross sectional study by height, weight, systolic and diastolic blood pressure and BMI in two groups (young, 20-40 years of age) and old (60-80 years) of MUT/N individuals, and compared to a large number of individuals of normal genotype (N/N). SDS weight was lower [-0.13 (1.4) and -0.56 (1.8), p=0.03], and BMI had a trend toward reduction [0.08 (1.40) and 0.33 (1.4), p=0.060] in young MUT/N in comparison to young N/N. SDS height was lower in older MUT/N individual vs. N/N [-2.79 (1.1) and -2.37(1.0), p=0.04], corresponding to a reduction of 4.16 cm. We conclude the previous data reduction in weight and BMI in young and show reduced stature in older MUT/N subjects, suggesting different effects of heterozygosis through the ages. The reduction of muscle mass already present at young age, aggravated by aging may contribute to this reduction in height. Heterozygous GHRHR mutations may be a factor contributing to frailty in elderly. / Várias doenças recessivas cursam com fenótipo em heterozigose. Em Itabaianinha, Sergipe, reside uma grande coorte com a mutação homozigótica c.57 +1 G>A no gene do receptor do GHRH (GHRHR) cursando com baixa estatura acentuada. Estudo prévio mostrou que os indivíduos heterozigotos adultos (MUT/N) para esta mutação apresentam altura, fator de crescimento semelhante à insulina tipo 1 (IGF-I) e percentual de massa gorda similares, mas redução de peso, do índice de massa corpórea (IMC) e da massa muscular (MM). Contudo apenas 10% destes tinham mais de 60 anos. Redução moderada na atividade do eixo GH-IGF-I pode ter um impacto maior no período de envelhecimento, quando a atividade deste eixo naturalmente diminui. Questionamos se a heterozigose para a referida mutação traduziria em um fenótipo parcial nos indivíduos idosos dessa coorte. Realizamos um estudo transversal em 843 indivíduos divididos em dois grupos (jovens, 20-40anos de idade, e idosos, 60-80 anos de idade) de indivíduos heterozigotos (MUT/N) e controles normais (N/N). A altura (cm), peso (Kg), pressão arterial diastólica e sistólica (PAD e PAS mmHg) e o IMC (Kg/m2) foram analizados. Os dados foram expressos em média, desvio padrão e escore desvio padrão (EDP). O EDP do peso foi menor [0,13 (1,40) e -0,56 (1,80), p=0,03], e IMC apresentou uma tendência de redução [0,08 (1,40) e 0,33 (1,40), p=0,060] no grupo MUT/N jovem em comparação N/N jovem. O EDP da altura foi menor nos indivíduos MUT/N idosos em comparação aos N/N idosos [-2,79 (1,10) e -2,37(1,00), p=0,04], correspondendo a uma redução de 4,16 cm. Estes achados reforçam os dados anteriores de redução no peso e IMC em adultos jovens MUT/N e mostram redução na estatura em indivíduos idosos, sugerindo efeitos diferentes da heterozigose nos diferentes grupos etários. A redução da massa muscular já presente em adultos jovens, agravada pelo envelhecimento, pode contribuir para esta redução estatural. A mutação heterozigótica pode ser um fator contribuinte para fragilidade no idoso.

A doença de Parkinson (DP) é a segunda doença neurodegenerativa mais comum com uma prevalência aproximada de 3% em pacientes com mais de 64 anos. A doença é esporádica, mas o parkinsonismo primário (PP) familiar, decorrente de defeitos genéticos específicos, tem sido encontrado em cerca de 10% dos casos diagnosticados como DP. Os objetivos deste trabalho são analisar o DNA de pacientes com PP acompanhados no ambulatório do Grupo de Estudo de Distúrbios do Movimento da Clínica Neurológica do Hospital das Clínicas da FMUSP que apresentam início precoce (< 40 anos) ou história familiar positiva com o intuito de rastrear mutações responsáveis pela doença e descrever as características clínicas desse grupo de pacientes e dos familiares acometidos. Entre Janeiro de 2004 a Janeiro de 2006 foram selecionados 53 probandos com PP, sendo que 29 eram esporádicos, 16 com história familiar sugestiva de herança autossômica dominante (AD) e 8 com história familiar sugestiva de herança de autossômica recessiva (AR). No total, 100 amostras de DNA foram coletadas, 70 de pacientes ou familiares com PP, 1 com parkinsonismo secundário ao uso de neuroléptico e o restante de familiares sem PP. Dos casos afetados, 45 eram do sexo masculino e 25 feminino, a idade média de início dos sintomas foi de 38,3 anos (10-72) e a média de idade no momento da investigação foi de 49,8 anos (22-72). Todos apresentaram instalação assimétrica do quadro, curso lento e progressivo e boa resposta ao tratamento com levodopa ou agonista dopaminérgico. Pacientes com padrão de herança AD foram testados para a mutação Gli2019Ser que é o defeito mais comum do gene LRRK2 (PARK8) sendo encontradas duas famílias afetadas. A análise mutacional dos genes PARK6 e PARK7 está em andamento. Todos os casos esporádicos e com padrão de transmissão AR foram testados para mutações do gene PARK2 e foram encontradas as seguintes mutações homozigóticas em 4 famílias: 255delA, deleção de exon 3-4, deleção do exon 2-3 e uma nova mutação IVS1+1G/T. Num paciente com parkinsonismo juvenil (idade de início dos sintomas <21 anos) foi encontrada uma nova mutação homozigótica no gene ATP13A2 (PARK9) no exon 15 que determina a substituição Gli504Arg na proteína codificada. Em grande parte dos casos estudados os achados genéticos e clínicos são similares aos descritos na literatura. Entretanto, encontramos novas mutações do gene PARK2 e PARK9 e no paciente com a mutação ATP13A2 os achados clínicos diferem em alguns aspectos da descrição clássica. / Parkinson disease (PD) is the second most common neurodegenerative disorder affecting approximately 3% of the population over age 64. Most cases of PD manifest in sporadic form, but familial primary parkinsonism (PP) due to specific genetical abnormalities has been found in about 10% of cases diagnosed as PD. The aims of this study were to analyze the DNA of PP patients seen at the Group for the Study of Movement Disorders of the Neurology Department of Hospital das Clinicas of the University of São Paulo who presented early onset of the disease (< 40 years of age) or positive family history, with the purpose of screening possible candidate mutations for the disease, and to describe the clinical features of this group of patients and affected members of their families. Between January 2004 and January 2006, 53 probands were selected of whom, 29 were sporadic cases, 16 had probable autosomical dominant (AD) pattern of inheritance, and 8 autosomical recessive (AR). In total 100 samples of DNA were collected, 70 from PP patients or affected relatives, one case with neuroleptic-induced parkinsonism, and the rest from not affected members. Forty five affected individuals were men and 25 women, the median age of the symptoms onset was 38.3 years (10-72), and the median age at the moment of the examination was 49.8 years (22-72). All patients had asymmetric installation of the disease, slow progression of the PP, and good response to levodopa or dopaminergic agonist therapy. Patients with AD inheritance were screened for Gly2019Ser mutation, which is the most common defect in PD due to LRRK2 gene, and two families carried this mutation. The screening of PARK6 and PARK7 is ongoing. All sporadic and AR inheritance cases were tested for mutation of (PARK2) and the following mutation were found in 4 families in homozygous state: 255delA, exon 3-4 deletion, exon 2-3 deletion, and a novel mutation IVS1+1G/T. In a juvenile parkinsonism proband (age of onset < 21 years) a novel missense homozygous mutation in ATP13A2 (PARK9) gene was found in exon 15 which resulted the Gly504Arg change in the encoded protein. In general the genetical and clinical findings of this series of patients are similar to those reported in the literature, although novel mutation in PARK2 and PARK9 were obtained. Some clinical features of the patient with ATP13A2 mutation differed from the classical descriptions.

Orientadores: Ricardo Jannini Sawaya, Denise de Cerqueira Rossa Feres / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-22T18:39:56Z (GMT). No. of bitstreams: 1 CorreaFilho_DecioTadeu_M.pdf: 2723996 bytes, checksum: 128827025a31fdb66d41e2abeb742135 (MD5) Previous issue date: 2013 / Resumo: Anfíbios anuros possuem ciclo de vida complexo e as fases larvais e adultas podem ocupar ambientes totalmente distintos. Isso faz com que cada uma das fases esteja sujeita a diferentes pressões ambientais. Desta forma, girinos e adultos podem seguir caminhos evolutivos diferentes, ainda que apresentem as mesmas relações filogenéticas. O objetivo deste estudo foi investigar os aspectos ecológicos e evolutivos que atuam na estruturação de uma metacomunidade de anuros nas fases adulta e larval. Realizamos o estudo em uma região de Cerrado no sudeste do Brasil. O trabalho está dividido em dois capítulos. No primeiro, testamos se as comunidades de adultos e girinos são concordantes, e analisamos a influência das variáveis ambientais e espaciais na abundância e composição de espécies em cada fase ontogenética. No segundo capítulo, verificamos como a diversidade fenotípica se distribui ao longo da filogenia e como os corpos d'água influenciam a diversidade fenotípica e filogenética das espécies. Além disso, verificamos a evidência de filtros ambientais na montagem das comunidades estudadas a partir da associação entre atributos fenotípicos, relações filogenéticas e variáveis ambientais. Nossos resultados do primeiro capítulo indicam que as comunidades de adultos e girinos são concordantes, ou seja, são distribuídas de maneira similar entre os habitats. As variáveis ambientais foram mais importantes do que as espaciais, sendo a área da superfície e o hidroperíodo dos corpos d'água as características que melhor explicaram a distribuição dos adultos e girinos entre os corpos d'água. A maioria das espécies esteve associada aos habitats temporários de média a longa duração. Locais temporários não apresentam predadores importantes como peixes e retém água por tempo suficiente para a metamorfose dos girinos. No segundo capítulo, verificamos que os atributos fenotípicos nos adultos são mais conservados do que nos girinos. A diversidade fenotípica dos adultos é concentrada em poucos nós da filogenia, enquanto que nos girinos é dispersa pela filogenia. A metacomunidade de adultos é estruturada por filtros ambientais relacionados principalmente aos microhabitats de vocalização. Espécies da família Hylidae que vocalizam empoleiradas, por exemplo, são associadas aos locais com maior diversidade de vegetação na margem dos corpos d'água. Para os girinos não foi observada evidência de filtro ambiental. Além disso, não houve relação clara entre os atributos fenotípicos dos girinos e características ambientais como observado para os adultos. Entretanto, a maioria dos girinos esteve associada a locais que podem oferecer maior disponibilidade de recursos alimentares e menor risco de predação, como corpos d'agua temporários, de dossel aberto e com muita vegetação em seu interior. Concluímos que os adultos determinam a distribuição dos girinos nas comunidades. Entretanto, a escolha do habitat de reprodução é baseada em parte pelos atributos dos adultos, mas também ponderada por locais de melhor desenvolvimento e sobrevivência de sua larva. Nossos resultados ressaltam a complexidade da organização das comunidades de anuros, principalmente no que diz respeito às relações entre as fases ontogenéticas, e contribuem de forma inédita para melhor compreensão da organização de comunidades de animais de ciclo de vida complexo como os anuros / Abstract: Anuran amphibians have complex life cycles, and the larval and adult stages can occupy completely different environments. Thus, each stage is subject to different environmental pressures. Tadpoles and adults can follow different evolutionary paths even though they show the same phylogenetic relationships. The aim of this study was to investigate the ecological and evolutionary aspects structuring an anuran metacommunity in both larval and adult stages. We conducted this study in a savanna region in southeastern Brazil. The study comprises two chapters. In the first, we tested if tadpole and adult communities show community concordance. Then we analyzed the influence of environmental and spatial variables on the abundance and composition of species in each ontogenetic stage. In the second chapter, we verified how the phenotypic diversity is distributed throughout the phylogeny, and how water bodies affect phenotypic and phylogenetic diversity of species. Additionally, we verified the evidence of environmental filters acting in the community assembly based on the association among phenotypic traits, phylogeny, and environmental variables. Our results in the first chapter indicated that communities of adults and tadpoles are concordant, because they have a similar distribution across the set of water bodies. Environmental variables were more important than space, because area and hydroperiod of the water bodies were the variables that best explained the distribution of species for both ontogenetic stages. Most species were associated with medium and long-term temporary habitats. Temporary habitats have no important predators like fish and could retain water long enough for tadpoles to achieve metamorphosis. In the second chapter, we find that adult traits are more conserved, which was not observed for tadpoles. The phenotypic diversity of adults is concentrated in a few nodes, while in tadpoles it is widespread throughout phylogeny. The adult metacommunity is regulated by environmental filters related to vocalization microhabitats. Hylidae species that vocalize perched on vegetation, for instance, are associated with greater vegetation diversity on the edge of the water body. Tadpoles were not affected by environmental filters. Furthermore, there was not clear relationship between tadpole traits and environmental characteristics as observed for adults. However, most of the tadpoles were associated with sites that may offer greater availability of food resources and low predation risk, such as open canopy and temporary water bodies with vegetation inside. We conclude that adults determine the distribution of tadpoles. However, even if environmental filters affect adults, the choice of the breeding habitat is based in part by adult traits and also weighted for habitats that promote better development and survival of their larvae. Our results underscore the complexity involved in frog community assembly, particularly regarding the relationship between ontogenetic stages, and thus, contribute to a better understanding of the assembly of complex life cycle communities / Mestrado / Ecologia / Mestre em Ecologia

Orientador: Carmen Sílvia Bertuzzo / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-18T19:02:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Bonadia_LucianaCardoso_D.pdf: 3915251 bytes, checksum: 0ec73a6295f4f385eff99d2de851f6c8 (MD5) Previous issue date: 2011 / Resumo: A Fibrose Cística (FC) é uma doença autossômica recessiva letal com alta incidência na região sudeste brasileira. É causada por mutações no gene CFTR que codifica uma proteína que se localiza na membrana apical das células epiteliais das vias aeríferas, pâncreas, glândulas salivares e sudoríparas, intestino e aparelho reprodutor, constituindo um canal de cloro. O aumento da viscosidade do muco extracelular é responsável pela maioria das complicações clínicas relacionadas à FC, sendo o acometimento respiratório a principal causa de morbidade e mortalidade. Mais de 1500 mutações foram associadas à FC, divididas em seis classes de acordo com o efeito que causam na produção e atividade da proteína CFTR, sendo a F508del a mais frequente delas. Com o aumento do diagnóstico precoce e melhora da abordagem terapêutica, cada vez mais pacientes chegam à idade adulta. A atenção ao paciente deve acompanhar a mudança demográfica tendo em vista as necessidades específicas da idade sejam clínicas, psicológicas ou sociais. O objetivo desse projeto foi caracterizar uma amostra de pacientes adultos com hipótese diagnóstica de FC e correlacionar os aspectos clínicos, moleculares e fisiológicos. A caracterização clínica foi realizada por pesquisa de dados clínicos no arquivo médico dos pacientes; a molecular foi realizada por métodos de genotipagem como DHPLC, sequenciamento do DNA e MLPA e a fisiológica foi realizada por medidas de corrente intestinal por micro-câmara de Ussing. Foi observado que pacientes sem atividade da CFTR tendem a ser diagnosticados mais cedo. Houve associação entre as classes de mutação de CFTR e a atividade do canal e uma relação entre a gravidade da mutação/inatividade de CFTR e a idade ao diagnóstico, função pulmonar e gravidade avaliada por Escore de Shwachman. Houve associação entre a colonização crônica por Pseudomonas aeruginosa e a obstrução pulmonar avaliada por dados de espirometria. As principais contribuições desse estudo foram: implementação de um método pioneiro no Brasil que além de servir como ferramenta diagnóstica tem sido muito utilizado na pesquisa de novos fármacos para tratamento mutação-dirigidos; caracterização clínica, molecular e fisiológica dos adultos com hipótese diagnóstica de fibrose cística, um grupo de pacientes cada vez mais frequente no atendimento médico dessa doença / Abstract: Cystic Fibrosis (CF) is a lethal autosomal recessive disease with high incidence in Southeast Brazil. It is caused by mutations in the CFTR gene, which encodes a protein that is located in the apical membrane of epithelial cells of airway tract, pancreas, salivary and sweat glands, intestine and reproductive system, forming a chloride channel. The increasing of the viscosity of extracellular mucus is responsible for most clinical complications related to CF, with pulmonary impairment as a major cause of morbidity and mortality. More than 1500 mutations have been associated with CF, divided in six different classes according to the effect on CFTR protein production and activity, F508del being the most common type. With the increase of early diagnosis and improved therapeutic approach, more and more patients reach adulthood. The patient care should follow the demographic shift regarding the specific needs of the age are clinical, psychological or social. The aim of this study was to characterize a sample of adult CF patients with diagnosis of CF and to correlate the clinical, molecular and physiological features. Clinical characterization was obtained from archived medical records. Molecular characterization was performed by genotyping methods such as DHPLC, MLPA and sequencing and physiological characterization was performed by intestinal current measurements by micro-Ussing chamber. It was observed that patients in whom the CFTR channel does not show any residual activity tend to be diagnosed earlier. There was an association between the classes of CFTR mutation and the activity of the channel and a relationship of mutation severity/inactivity of CFTR with the age at diagnosis, lung function and severity score assessed by Shwachman-Kulczycki. There was an association between chronic colonization by Pseudomonas aeruginosa and pulmonary obstruction. The main contributions of this study were: implementation of a method pioneered in Brazil that serves as a diagnostic tool and has been used in researching new drugs for treatment of specifics mutation and clinical, physiological and molecular characterization of adults with cystic fibrosis, a growing group in medical care / Doutorado / Ciencias Biomedicas / Doutor em Ciências Médicas

Dans le passé, Nichols et al. (Cell, 2010) ont criblé une collection de mutants de déletion d’Escherichia coli (~4000 gènes) dans ~324 conditions. L’utilisation de la taille des colonies comme indicateur de croissance, leur a permis de définir des phénotypes robustes pour ~50% des mutants, conduisant ainsi à de nouvelles idées biologiques. Cependant, 50% des gènes restants n’ont pas donné de réponse significative.J’ai souhaité dépasser les limitations du précédent criblage en augmentant le crible dans 2 directions : tout d’abord, j’ai augmenté le nombre et la complexité des conditions de stress dans le but d’imiter les contraintes d'origine naturelle. Puis, j’ai adapté le test «rouge Congo» afin de tester la formation de biofilm.J’ai ainsi généré deux ensembles de données, contenant ~2 millions de phénotypes de croissance et de biofilm, dans approximativement 250 conditions de stress simples et complexes. Les données ont révélé des phénotypes pour ~80% des mutants testés, la majorité d'entre eux provenant de conditions de stress complexes et de la mesure de biofilm. L'utilisation de ces phénotypes a permis la construction d’un réseau connectant les complexes de protéines connus avec ~500 gènes de fonction inconnue.De plus, la mesure de biofilm a permis d’identifier de nouveaux acteurs impliqués dans la formation de biofilm. Les données obtenues grâce au test «rouge Congo» ont également révélé que de nombreux enzymes régulant les niveaux de ci-di-GMP servent de senseurs pour différents signaux entrants impliqués dans cette même voie. L’identité des signaux entrants a été révélée par les phénotypes spécifiques à une condition. / In the past, Nichols et al. probed a knock out collection of E. coli across 324 conditions. Using colony size as a proxy for fitness allowed them to define robust phenotypes (5% FDR) for about 50% of the knockouts, leading to novel insights into E. coli’s biology. The remaining 50% of the genes did not yield a significant response even when growth was probed in such diverse conditions.I address the limitations of this previous high-throughput screen by expanding the screen design it in 2 directions: First, I increased the number and complexity of conditions to mimic naturally occurring stresses. Second, I adapted the Congo-red assay to probe biofilm formation in parallel to growth. I was able to generate two datasets that consist of more than 2 million growth and biofilm phenotypes across ~250 simple and complex stresses. The datasets revealed phenotypes for ~80% of the knockouts probed (5% FDR) with the large majority of them originating from complex stresses and the biofilm readout. Using these phenotypes, I generated a high-confident network connecting known protein complexes with >500 uncharacterized genes. In addition, the biofilm readout captured dozens of new players involved in biofilm formation. Even further, the color dataset revealed that the multiple enzymes regulating the levels of ci-di-GMP, serve as sensors for different input signals that feed into the same pathway. Identity of the input signals was revealed by the condition-specific phenotypes.

Magister Scientiae - MSc / Many Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) found in coding or regulatory regions within the human genome lead to phenotypic differences that make prediction of physical appearance, based on genetic analysis, potentially useful in forensic investigations. Complex traits such as pigmentation can be predicted from the genome sequence, provided that genes with strong effects on the trait exist and are known. Phenotypic traits may also be associated with variations in gene expression due to the presence of SNPs in promoter regions. In this project, the identification of genes associated with these physical traits of potential forensic relevance have been collated from the literature using a text mining platform and hand curation. The SNPs associated with these genes have been acquired from public SNP repositories such as the International HapMap project, dbSNP and Ensembl. Characterization of different population groups based on the SNPs has been performed and the results and data stored in a MySQL database. This database contains SNP genotyping data with respect to physical phenotypic differences of forensic interest. The potential forensicrelevance of the SNP information contained in this database has been verified through in silico SNP analysis aimed at establishing possible relationships between SNP occurrence and phenotype. The software used for this analysis is MATCH™. Data management and access has been enhanced by the use of a functional web-based front-end which enables the users to extract and display SNP information without running complex Structured Query Language (SQL) statements from the command line. This Forensic SNP Phenotype resource can be accessed at http://forensic.sanbi.ac.za/alecia_forensics/Index.html / South Africa

Orientador: Marcelo Brocchi / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-27T16:38:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Neves_MeirieledaSilvadas_M.pdf: 2620199 bytes, checksum: 70b2df72cfdb93196c91a87c813e12e9 (MD5) Previous issue date: 2015 / Resumo: O gênero Salmonella pertence à família Enterobacteriaceae que agrupa bacilos Gram-negativos, anaeróbios facultativos, fermentadores e geralmente flagelados. S. enterica é um dos patógenos de origem alimentar mais prevalente, sendo que infecções causadas por essa bactéria podem estar relacionadas a praticamente todos os tipos de alimentos. O trabalho foi proposto com o intuito de realizar a caracterização fenotípica e molecular de linhagens atenuadas de Salmonella enterica Typhimurium para genes codificadores de proteínas associadas ao nucleóide (NAPs Nucleoid associated Proteins). As características fenótipicas dos mutantes nulos de Salmonella enterica para os genes ihfA ou ihfB, codificadores das subunidades A e B de IHF, foram avaliadas através de crescimento in vitro, motilidade, sobrevivência frente ao estresse nutricional (sobrevivência em fase estacionária), sob condições ácidas, na presença de sais biliares e quanto à capacidade de invasão e sobrevivência em macrófagos (linhagem J774A.1). Testes de confirmação da atenuação e avaliação da capacidade de induzir proteção em caso de infecção por S. enterica foram realizados utilizando o modelo murino. Os mutantes não apresentaram diferença no crescimento in vitro e na capacidade de sobreviver na presença de sais biliares em comparação com a linhagem selvagem. As linhagens mutantes para os genes ihfA ou ihf ihf ihfB) apresentaram uma menor capacidade de sobrevivência sob condições ácidas quando comparadas com a linhagem selvagem. A motilidade dos mutantes simples também foi reduzida. Os mutantes simples e duplo apresentaram maior capacidade de sobreviver sob estresse nutricional quando comparados com a linhagem selvagem. O mutante para o gene ihfA e o duplo mutante apresentaram um aumento na capacidade de invadir macrófagos. ihf ihfB mostraram uma capacidade aumentada em sobreviver no interior de macrófagos quando comparadas com a linhagem selvagem. Os mutantes nulos viii de Salmonella enterica para os genes ihfA ou ihfB apresentam atenuação, em diferentes graus, quanto à virulência e apresentaram capacidade de induzir proteção no modelo murino de infecção por S. enterica. Esses resultados demonstram que essa proteína apresenta função relacionada com a virulência bacteriana, sendo um importante alvo de estudo na busca de linhagens atenuadas / Abstract: The genus Salmonella belongs to the Enterobacteriaceae family that comprises Gram-negative bacillus, facultative anaerobe, fermenting and generally flagellate. S. enterica is one of the most prevalent food-borne pathogen, and infections caused by this bacterium can be associated to almost all types of food. The work was proposed with the purpose of performing phenotypic and molecular characterization of attenuated strains of Salmonella enterica Typhimurium for genes encoding proteins associated with the nucleoid (NAPs - Nucleoid associated Proteins). The phenotypic characteristics of the null mutants of Salmonella enterica for genes ihfA or ihfB, encoding the A and B subunits of IHF, were evaluated by in vitro growth, motility, survival under nutritional stress (survival in the stationary phase), under acidic conditions, in the presence of bile salts and for the ability of invasion and survival in macrophages (J774A.1 strain). Attenuation tests and evaluation of the capacity to induce protection in case of infection by S. enterica were performed using the murine model. The mutants showed no difference in the in vitro growth and the ability to survive in the presence of bile salts in comparison with the wild type strain. The single mutant for ihfA or ihf ihf ihfB) showed decreased survival under acidic conditions when compared to the wild type strain. Motility of single mutants was also reduced. Single and double mutants showed higher ability to survive under nutritional stress when compared with the wild type strain. The mutant gene for ihfA and the double mutant showed an increased ability to invade ihf ihfB mutants showed an increased ability to survive within macrophages when compared with the wild type strain. Null mutants of Salmonella enterica for ihfA or ihfB genes exhibited attenuation, to varying degrees, for virulence and showed ability to induce protection in a murine model of infection by S. enterica. x These results demonstrate that this protein has function associated to bacterial virulence and is an important subject of study in search for attenuated strains / Mestrado / Genetica de Microorganismos / Mestra em Genética e Biologia Molecular