Wetlands of the Prairie Pothole Region (PPR) provide important breeding habitat for greater than 30 species of waterbirds. Approximately 70% of PPR wetlands have been lost since European settlement and remaining wetlands are subjected to frequent degradation, primarily due to agricultural activities. Horned grebes (Podiceps auritus) are experiencing long-term population declines and are listed as a species of Special Concern in Canada. Because there is virtually no information on the status and trends of pied-billed grebes (Podilymbus podicep) this species is also of considerable conservation concern. Grebes are recorded on the Waterfowl Breeding Population and Habitat Surveys (WBPHS) conducted annually in May by the Canadian Wildlife Service; however, how accurately these counts reflect actual abundance has been unknown. Using a repeated counts method in 2010 and 2011, estimates of detection probabilities averaged 0.48 and 0.18 for horned and pied-billed grebes, respectively. These results suggest that WBPHS ground surveys may be used as an efficient and effective management tool for monitoring horned grebe abundances. However, low detection rates for pied-billed grebes lend little support for including the species in future monitoring efforts using the WBPHS. I recommend that the Canadian Wildlife Service consider implementing standardized ground survey methods to facilitate annual monitoring of horned grebe abundances. Marshbird research has focused primarily on breeding habitat use or selection but has seldom examined how productivity is related to wetland characteristics. Understanding processes that affect distribution patterns and productivity of grebes could provide insights into actions needed to achieve conservation goals. Therefore, occupancy of wetlands by breeding and brood-rearing horned and pied-billed grebes was evaluated on 6-7 study sites (5.8-11.6 km2) in south-central Saskatchewan, 2010 and 2011, and related to wetland and upland habitat features. Wetland occupancy by grebes was influenced by interspecific competition as well as local and landscape-level wetland features. Horned and pied-billed grebes rarely co-occurred on smaller (≤4 ha) semi-permanent and permanent wetlands. At the wetland level, horned grebe occupancy and productivity were highly correlated with the amount of emergent vegetation, whereas wetland area alone was a better predictor of adult pied-billed grebe occupancy and productivity. At a landscape level, the number of semi-permanent, permanent, and artificial wetlands on each study site was an important predictor of breeding and brood-rearing wetland occupancy probability for horned grebes in 2010 and for pied-billed grebes in both years. However, breeding horned grebe occupancy probability and productivity were higher in low wetland density landscapes in 2011. Horned grebes may be opportunistic, exploiting more of the available wetland habitats in low wetland density landscapes during years of above-average water conditions. Conservation initiatives for grebes should consider the roles of wetland-specific and landscape-level features while protecting semi-permanent and permanent wetlands in landscapes characterized by both high and low wetland densities.

The closely related species pied flycatcher (Ficedula hypoleuca) and collared flycatcher (F. albicollis) co-occur on the Swedish island of Öland, where they compete over similar resources. The majority of male pied flycatchers have been found to incorporate elements of the collared flycatcher song in their repertoire. Given that birdsong is partly inherited and partly learned, the relative contribution of genetic predispositions versus acoustic stimuli varies across different species. The results show that in pied flycatchers, song acquisition is tightly correlated with imprinting, and can therefore be greatly influenced by heterospecific tutors in their surroundings, i.e. male collared flycatchers. I found that pied males are capable of not only memorizing collared song elements, but also producing them with high fidelity. Thus, I infer that pied flycatchers are characterized by a high degree of vocal plasticity.

Staphylococcus aureus est l’un des principaux agents étiologiques des infections suppuratives superficielles et profondes ainsi que des syndromes liés à l’action de toxines. Paradoxalement, cette bactérie est un agent commensal qui est présent sur la peau ainsi que dans les cavités nasales notamment. Cela permet de considérer cette bactérie comme un organisme colonisant commensale. Les bases génétiques expliquant la différence entre une bactérie pathogène et une bactérie commensale reste inconnues. En utilisant la technique Optical Maps sur des souches de S. aureus isolées de plaies de pieds diabétiques avec différents niveau de virulence, nous avons pu montrer l’existence d’un prophage insérés dans le génome des souches colonisantes et absent des souches infectantes. Le phage, nommé ROSA, est localisé dans un hotspot d’insertion de phage NM2. Il est aussi localisé en amont du locus isd qui est requis pour l’assimilation du fer essentiel à la bactérie dans sa phase pathogène. Le phage ROSA inactive la voie isd en dérégulant l’activité du régulateur transcriptionnel majeur Fur en absence de fer. Il réduit aussi la virulence de ces souches sur les 2 modèles de virulence (Le ver C. elegans et le Zebrafish). L’expulsion du phage ROSA restaure la régulation du locus isd par Fur et la production de sidérophores en absence de Fer, la formation du biofilm et la virulence des souches. La mutation du gène Fur nous a permis de déduire que le phage ROSA affectait les bactéries de manière indépendante de Fur. Enfin, nous avons étudié la prévalence des souches colonisantes sur les plaies de pieds diabétiques. Nous avons observé que 20% des souches présentait l’insertion ROSA et 89% appartenait au complexe clonal CC8. Les souches colonisantes, avec leur niveau bas de virulence, devraient faire l’objet de détection dans le but de rationnaliser l’utilisation des antibiotiques et ainsi lutter contre l’apparition de bactéries multirésistantes aux antibiotiques. / Staphylococcus aureus is an opportunistic bacterium capable of causing a wide range of severe diseases when it gains access to underlying tissues. Paradoxically, this causative pathogen is a common inhabitant of the skin microflora and colonizes the nares and other human mucosa, and as such, may be considered as a commensal colonizing organism. The genetic basis for the differences in pathogenic/colonizing potential is unknown. By performing optical maps comparisons of a collection of S. aureus strains of defined virulence potential isolated from diabetic foot ulcers at different stages, we brought to light a prophage present in colonizing-causing bacteria. The phage, namely ROSA, was localized in a hotspot region NM2 near the locus isd, the main iron surface determinant that transport iron across the bacterial wall. It induces a deregulation of the activity of the transcriptional regulator Fur involving the biofilm formation of the bacteria in response to low iron environment. It reduced also significantly the virulence of the strain in two in vivo models (the nematode C. elegans and the zebrafish). The expulsion of the phage restored the regulation of the locus isd, the siderophore production, the biofilm formation and the virulence of the strain. The mutation of the fur gene within the colonizing strain enabled us to determine that the phage ROSA affect the the bacteria in a Fur-independent manner. Finally we determined the prevalence of these colonizing strains in skin and soft tissue infections (diabetic foot ulcers). We observed that 20% (39/195) of the strains harboured this insertion and 89% belonged to the clonal complex CC8. This colonizing strain by its low virulence potential must be detected in the aim to contribute to a sounder use of antibiotic treatment, an important point in front of the increase of multidrug resistant bacteria.

Le diabète sucré est un problème majeur de santé publique. L’une de ses principales complications est l’ulcère du pied (UPD) à l’origine d’infections et de nombreuses amputations. Ces plaies sont majoritairement polymicrobiennes. La principale bactérie isolée est Staphylococcus aureus (SA) qui pose d’importants problèmes en thérapie courante. Bactérie commensale notamment des fosses nasales, elle est un vrai pathogène au niveau des UPD. La compréhension du passage du commensalisme à la pathogénicité reste peu connue. Or récemment une souche colonisante de SA présentant un faible potentiel de virulence, et isolée sur un UPD a été identifiée. Cette souche présente un phage (ROSA-like) inséré dans son génome dont la stabilité a été démontrée. Ce phage est responsable de la faible virulence de cet isolat. Ce travail de doctorat a permis : i) de mettre en évidence l’implication du phage ROSA-like dans la dérégulation des mécanismes d’acquisition du fer, mécanismes essentiels pour la survie du SA ainsi que dans le métabolisme global de cette souche. Ces résultats ont confirmé le rôle clé du phage dans la baisse de la virulence du SA colonisant ; ii) à partir d’un modèle in vitro d’infections chroniques mimant les conditions rencontrées dans les UPD, d’étudier le comportement de souches cliniques de SA (colonisantes/infectantes) en fonction des différentes conditions environnementales : hyperglycémie, anaérobie, antibiotiques (linézolide et vancomycine). Les résultats ont montré qu’une exposition prolongée (plus de 24 semaines) à ces conditions de stress notamment aux antibiotiques, réduisait la virulence des souches de SA ; iii) d’évaluer la virulence des SA en présence d’autres bactéries qui l’entourent, élément essentiel du polymicrobisme de l’UPD. Ce travail s’est particulièrement intéressé aux interactions existant entre SA et Helcococcus kunzii, bactérie fréquemment isolée en association avec le SA dans les UPD. Il a montré pour la première fois une baisse de la pathogénicité des souches de SA par une bactérie commensale non virulente. / Diabetes mellitus is a global problem. One of the main complications is diabetic foot ulcer (DFU) which can evolve towards infection and induces lower limb amputations. Those wounds are mostly polymicrobial and Staphylococcus aureus (SA), the most prevalent pathogen isolated in this situation causes numerous therapeutic problems. This bacterium, known to be a commensal organism present notably in nasal cavity, is a real pathogen in DFU. However the comprehension between the commensalism and the pathogenicity of SA remains still unknown. Recently, a colonizing SA strain with very low virulence potential was discovered in DFU. This strain possesses a phage named Rosa-like responsible of its low virulence.This work helped us: i) to highlight the involvement of the Rosa-like phage in the disregulation of iron uptake mechanisms, the main source for SA survival and its global metabolism. The obtained results confirm the key role of the phage in the decrease of the colonizing SA strain virulence; ii) to study the behaviour of clinical SA strains (colonizing/infecting) using an in vitro chronic infection model miming different environmental conditions encountered in DFU: hyperglycemia, anaerobic condition, antibiotics (linezolid and vancomycin). Results showed that prolonged exposure (up to 24 weeks) to those stress conditions notably antibiotics reduced SA strains virulence; iii) to evaluate SA virulence in presence of other bacteria present in DFU. Particularly, in this work a focus was performed in the interaction between SA and Helcococcus kunzii, gram positive bacteria frequently isolated with SA in DFU. It was shown for the first time a decrease of SA pathogenicity by a commensal non virulent bacterium.

Les travaux présentés dans cette thèse visent à améliorer la compréhension des phénomènes physiques induits lors d'une opération de brochage. L'objectif final est le développement d'une méthode robuste pour la conception de broches en carbure de tungstène. Pour cela, un état de l'art détaillant les pratiques technologiques ainsi que les analyses scientifiques de ce procédé est réalisé. Une étude élémentaire de la coupe d' Udimet 720 est mise en œuvre avec des conditions expérimentales testées sur un vaste domaine de manière à définir leur influence sur l'évolution des sollicitations d'usinage, de l'usure de l'outil et de la qualité de la matière produite. Une méthodologie de conception adaptée au brochage d'alvéoles pied de sapin par des broches en carbure de tungstène est développée. En s'appuyant sur des modèles empiriques dérivés des campagnes expérimentales et sur un logiciel interne, cet usinage peut être simulé. L'exploitation des résultats permet d'estimer la durée de vie du jeu de broches, de vérifier son dimensionnement et de calculer sa rentabilité. La nouvelle méthode est appliquée sur deux cas industriels : le premier proche des contraintes de production et le second débridé afin d'exprimer le potentiel maximal de cette technologie. Au final, les gains réalisables sur le coût par pièce en développant le brochage avec des outils en carbure de tungstène sont estimés entre 60 et 80 % / The work presented in this thesis aims to improve the understanding of the physical phenomena induced by a broaching operation. The end goal is the development a robust method for designing tungsten carbide broaches. For this purpose, a state of the art detailing the technological practices as well as the scientific analyses of this process is realized. An elementary study of the Udimet 720 cut is carried out with experimental conditions varied over a wide range in order to define their influence on the evolution of the machining stresses, the wear of the tool and the quality of the material produced. A design methodology adapted to the broaching of fir tree slots by tungsten carbide broaches is developed. Based on empirical models derived from experimental campaigns and an internal software, this machining can be simulated. The exploitation of the results makes it possible to estimate the lifetime of the broaches, to verify its dimensioning and to calculate its profitability. The new method is carried out on two industrial cases: the first close to the production constraints and the second unbridled in order to express the maximum potential of this technology. In the end, the achievable gains on the cost per piece by developing the broaching with tungsten carbide tools are estimated between 60 and 80 %.

Notre hypothèse de travail est qu'il existerait un rendez-vous développemental entre ce que nous nommons le cadre de la parole et le cadre du signe. Tandis que le cadre de la parole (Speech Frame) s'établit sous la forme du babillage canonique, vers 7 mois, le cadre du signe (Sign Frame) se manifeste tout d'abord sous la forme du pointage dit impératif vers 9 mois, avant de donner lieu au pointage dit déclaratif. Ce dernier apparaît avec les premiers mots, tandis que le cadre de la parole permet à ce moment-là de coproduire (coarticuler) voyelle et consonne (Sussman et al. 1999). Les places respectives des ingrédients de ce rendez-vous développemental autour du premier mot restent encore à explorer.<br />Dans la présente contribution, nous avons voulu tester l'existence d'un rapport harmonique entre cadre de la parole et cadre du signe. Pour cela, il nous a fallu tout d'abord obtenir la distribution des fréquences de babillage, puis celle des durées des pointers. Nos résultats sur 6 sujets, suivis sur 12 mois, montrent qu'avec un mode de babillage à 3Hz et des strokes de pointers de 600-700 ms (1.5Hz), nous pouvons rendre compte du gabarit (template) des premiers mots. En effet, ces mots «prosodiques» pouvant varier d'une à deux «syllabes», il est nécessaire de faire appel à la notion de pied (foot) comme une unité de contrôle métrique ancrée dans le pointer. Ceci rendra compte des observations courantes dans la littérature à condition qu'au lieu de compter seulement des syllabes/mot, on mesure le pas des cycles mandibulaires entrant dans le stroke des pointers.

Description du sujet de recherche abordé: Le pied du cheval est composé de nombreuses structures anatomiques renfermées dans une boîte cornée rendant linvestigation de celles-ci plus compliquée (Dyson, 2003). Les méthodes dimagerie classiquement utilisées en médecine équine telle la radiographie et léchographie montrent de nombreuses limites dans linvestigation de cette région. Cest pourquoi, limagerie par résonance magnétique (IRM) est de plus en plus souvent utilisée pour linvestigation des boiteries du pied chez le cheval, permettant à la fois une investigation des structures osseuses et des tissus mous (Dyson et Murray, 2007c; b ; Werpy, 2009). De nombreuses études IRM ont été réalisées sur membres isolés afin de permettre un examen différé dans le temps et dans lespace voire dutiliser différentes techniques dinvestigation (Denoix, et al., 1993 ; Whitton, et al., 1998 ; Widmer, et al., 1999 ; Widmer, et al., 2000 ; Busoni, et al., 2005 ; Murray, et al., 2006 ; Spriet, et al., 2007). Le protocole de conservation varie dune étude à lautre, utilisant en général des membres congelés puis décongelés. Une étude décrit un protocole de conservation basé sur la congélation et la décongélation du membre (Widmer, et al., 1999). Cependant, ce protocole est fastidieux. De plus, plusieurs limites sont présentes dans cette étude. Dans une étude précédente sur des membres isolés, certains membres avaient été évalués ante-mortem (Murray, et al., 2006). Ceux-ci ont permis une comparaison qualitative des images ante-mortem et post-mortem dun même pied sans mise en évidence de changement de signal. Cependant, aucune étude quantitative na été réalisée et il nest pas précisé comment la comparaison a été réalisée et sur bases de quels critères. Différents systèmes sont maintenant disponibles pour lIRM du pied équin dont notamment une machine permettant lexamen des membres sur chevaux debout, uniquement sous sédation (Mair, et al., 2005) contrairement aux systèmes adaptés de la médecine humaine où lanesthésie générale est toujours nécessaire. Cependant, aucune étude sur des chevaux, na comparé la qualité des images obtenues sur des machines avec une intensité de champ magnétique différente si ce nest une étude sur le cartilage et los sous-chondral (Tapprest, et al., 2003). Cette étude a comparé un système de bas champ (low field - LF) pour chevaux couchés à un système de haut champ (high field HF). Elle a démontré une différence entre les 2 machines uniquement pour la détection de lésion cartilagineuse de bas grade. La comparaison dun système pour chevaux debout à un système de haut champ na jamais été réalisée si ce nest par le biais de la littérature humaine. Aucune unanimité sur les séquences et plans de coupe à utiliser lors dexamen IRM du pied équin na été établie dans la littérature. La majorité des études utilisent 3 séquences différentes (T1, T2, séquence avec suppression de la graisse) dans les 3 plans de coupe (Whitton, et al., 1998 ; Dyson, et al., 2003 ; Murray, et al., 2003 ; Dyson, et al., 2004 ; Zubrod, et al., 2004). Les objectifs suivants ont donc été établis : 1. évaluer le changement dans le temps du signal IRM du pied équin sain réfrigéré à 4°C (étude I : effets sur limage de la conservation des membres isolés), 2. évaluer leffet sur la qualité de limage IRM du pied équin sain du cycle de congélation/décongélation et du type de procédé de décongélation (étude II : effets sur limage de la conservation des membres isolés), 3. comparer qualitativement les images IRM de mêmes pieds sains isolés obtenues sur 3 systèmes avec une intensité de champ différente (0.27 Tesla (T), 1.5T et 3T) (étude III : effets sur limage du champ magnétique), 4. établir un ou plusieurs protocoles courts dexamen IRM du pied équin en choisissant les séquences les plus appropriées dans un nombre limité de plans de coupes, permettant de visualiser les différentes structures anatomiques les plus souvent atteintes lors de pathologie du pied équin (étude IV : effets sur limage des séquences et plans de coupe). Résultats: Les Etudes I et II ont permis de démontrer leffet de la conservation des pieds isolés sur la qualité de limage. Aucun changement de la qualité de limage na été mis en évidence lors de la réfrigération (Etude I). Une légère diminution de la taille des récessus synoviaux a été observée subjectivement. Aucun changement de signal na été noté subjectivement si ce nest pour la moelle osseuse, qui apparait légèrement plus hyperintense en séquence Short Tau Inversion Recovery (STIR) et légèrement plus hypointense en Turbo Spin Echo (TSE) pondérée en T2 après réfrigération comparé à T0. Lanalyse quantitative a démontré un changement significatif du rapport signal sur bruit (SNR) dans la moelle osseuse des membres réfrigérés lorsquils sont comparés à T0 en séquences STIR et en TSE pondérée en T2. Le réchauffement à température ambiante produit leffet inverse sur le SNR avec une augmentation significative du SNR en TSE pondérée en T2. Après 14 jours de réfrigération, une diminution du SNR a été observée dans la moelle osseuse avec les séquences TSE pondérée en T2 et Double Echo in Steady State (DESS). Le signal du tendon fléchisseur profond du doigt na pas montré de changement significatif avec la réfrigération. Aucun changement de netteté dimages na été observé dans létude II, si ce nest pour la partie dorsale et distale du sabot après congélation-décongélation. En effet, celle-ci apparaît hyperintense après congélation-décongélation dans toutes les séquences utilisées dans létude II mais de manière plus marquée en séquences TSE T2/PD et STIR. La liaison kéraphylle-podophylle est moins visible en séquences Gradient Echo (GE) T2* et TSE T2/PD après congélation-décongélation. A lexception du tendon, de petits changements de signaux ont été observés subjectivement dans toutes les structures investiguées mais pas dans toutes les séquences après un cycle congélation/décongélation. Lanalyse quantitative a démontré un changement de signal significatif dans la moelle osseuse en Spin Echo (SE) pondérée en T1 uniquement pour P3 lorsque les pieds sont décongelés à température ambiante avant lexamen. En ce qui concerne les pieds décongelés à 4°C, les changements de SNR de la moelle osseuse ont été observés dans toutes les structures osseuses et avec différentes séquences. Des changements de signal ont été significatifs dans le récessus synovial lorsque les extrémités digitées sont conservées à 4°C avant lexamen et ne sont pas retrouvés lorsque les pieds sont laissés à température ambiante pendant 24h. Les structures tissulaires telles le coussinet digital, la peau et le tissu sous-cutané, le DDFT ont montrés la plupart du temps une augmentation significative du SNR due à la congélation-décongélation et ceci avec les 2 types de décongélation (température ambiante vs. à 4°C). Ces changements étaient plus souvent présents avec les séquences GE qui semblent donc plus sensibles aux variations de signal induites par les conditions de conservation. En ce qui concerne leffet de lintensité du champ magnétique sur la qualité de limage (Etude III), les images obtenues dans chaque examen avec chaque machine étaient de valeur diagnostique à lexception des images de la boite cornée où des artéfacts considérables ont été observés avec le système de bas champ pour chevaux debout créant une distorsion et une perte de signal dorsalement et/ou distalement. Ces artéfacts étaient plus important en GE pondérée en T2*. Les valeurs de scores qualitatifs obtenues pour les différentes structures anatomiques à 3T et 1.5T (systèmes HF) étaient significativement plus grandes que les scores obtenus à 0.27T (système LF pour chevaux debout). Les scores des images obtenues à 3T étaient significativement plus grands que les scores obtenus à 1.5T. La moyenne des scores de chaque structure anatomique évaluée était statistiquement inférieure pour les images acquises avec le système LF pour chevaux debout par rapport aux images obtenues avec les 2 systèmes HF. La différence de moyenne des scores entre les 2 systèmes HF était inférieure à la différence de moyenne des scores entre les systèmes HF et le système LF pour chevaux debout. Cependant, la différence de moyenne des scores entre les systèmes HF était significative. La phalange distale, les cartilages unguéaux, los sésamoïde distal, le tendon fléchisseur profond du doigt, le ligament annulaire digital distal, le ligament sésamoïdien distal impair, le coussinet digital, le sabot et la couronne ont obtenus la plus grande différence en moyenne de scores (>1 point de score) entre le système LF et les systèmes HF. Le cartilage et los sous-chondral de larticulation interphalangienne distale (AIPD) sont les structures avec la moindre différence de moyenne de scores entre le système LF et les systèmes de HF (< 0.6 point de score entre le système de bas champ et 1 ou 2 des systèmes de haut champ). La différence de moyenne de scores entre les images obtenues à 1.5T et les images obtenues à 3T a été plus importante pour le cartilage de lAIPD et les cartilages unguéaux (> 0.2 point de score). Trois protocoles courts ont été proposés par lEtude IV. Le premier utilise principalement les séquences de SE, une séquence avec atténuation de la graisse et une séquence plus spécifique pour lévaluation du cartilage. Ces séquences sont: SE pondérée en T1 dans le plan transversal 2 (perpendiculaire au cortex palmaire de los sésamoïde distal), TSE dual echo pondérée en T2 et en PD dans le plan sagittal, STIR dans le plan sagittal, DESS 3D sans excitation selective de leau (sans WE) dans le plan dorsal 1 (parallèle à laxe de lextrémité digitée). Le deuxième protocole utilise en plus les séquences GE intéressantes pour mettre en évidence les sites dhémorragie et le cartilage articulaire. Les séquences utilisées sont : GE pondérée en T1 en 3D dans le plan dorsal 1, SE pondérée en T1 dans le plan transversal 2, GE 2D pondérée en T2* dans le plan transversal 2, TSE dual echo pondérée en T2 et en PD dans le plan sagittal, STIR dans le plan sagittal, DESS 3D sans WE dans le plan sagittal. Le troisième ajoute des plans de coupe particuliers : un perpendiculaire à linsertion distale du tendon fléchisseur profond du doigt (dorsal 3) et lautre perpendiculaire aux ligaments collatéraux de larticulation interphalangienne distale (transversal 3) ainsi quune séquence supplémentaire alliant visualisation du cartilage et suppression de la graisse. Les séquences utilisées sont : GE pondérée en T1 en 3D dans le plan dorsal 1, SE pondérée en T1 dans le plan transversal 2, GE pondérée en T2* en 2D dans le plan transversal 2, TSE dual echo pondérée en T2 et en PD dans le plan sagittal, STIR dans le plan transversal 2, TSE dual echo dans le plan dorsal 3, TSE dual echo dans le plan transversal 3, DESS 3D avec WE dans le plan sagittal. Conclusions et Perspectives: Les Etudes I et II ont permis de démontrer leffet de la conservation des pieds isolés sur la qualité de limage. Les changements de SNR significatifs rencontrés dans les études I et II démontrent que la conservation influence limage IRM et que lors des études ex vivo, les facteurs liés à la conservation et à la température du membre doivent être pris en considération pour interpréter tout résultat. Aussi bien sur les membres réfrigérés que sur ceux congelés, aucun changement de netteté dimages na été observé dans ce travail, si ce nest pour la partie dorsale et distale du sabot après congélation-décongélation. Etant donné ces changements, il sera conseillé dans le futur de réaliser les études concernant le sabot sur pieds frais ou réfrigérés. La réfrigération est une méthode simple de conservation ne nécessitant aucune planification de lexamen. Ceci est particulièrement attrayant car de nombreux examens à des fins expérimentales doivent être insérés entre les patients cliniques, voire reportés en fin de journée. De plus, si le flux de patients de la journée est plus élevé que prévu, lexamen de ces extrémités digitées peut être reporté au lendemain. La congélation du membre quant à elle nécessite une planification car une décongélation préalable est indispensable. En effet, les protons des structures gelées ne sont pas mobiles et nengendrent donc pas ou peu de signal (Widmer, et al., 1999). Une légère diminution de la taille des récessus synoviaux a été observée subjectivement après réfrigération mais pas après congélation-décongélation. Ceci peut être dû à lutilisation de gants pour recouvrir les pieds dans la seconde étude, or ceci navait pas été utilisé lors de la première étude. En effet, il a été démontré que la perte de poids de la viande par déshydratation à température basse lors du stockage est inférieur lorsque la viande est emballée (Bustabad, 1999). Aucun changement de signal na été noté subjectivement lors de réfrigération et ceci jusquà 14 jours, si ce nest pour la moelle osseuse. Lanalyse quantitative a démontré un changement significatif du SNR dans la moelle osseuse des membres réfrigérés lorsquils sont comparés à T0 en séquences STIR et TSE pondérée en T2 et le réchauffement à température ambiante a produit leffet inverse sur le SNR comparé à la réfrigération. Il faudra donc tenir compte des changements dus à la température du membre et si nécessaire ramener le spécimen à température ambiante si une étude ex vivo est entreprise sur des pieds réfrigérés. Le changement de signal en STIR avec la température démontré dans létude I ne semble pas avoir été décrit précédemment. Le TI optimal peut varier entre individus et entre différentes parties du corps (Shuman, et al., 1989 ; Shuman, et al., 1991). Comme le T1 de la moelle osseuse diminue légèrement à modérément avec une diminution de la température (Petrén-Mallmin, et al., 1993), une suppression incomplète de la graisse en STIR sur des membres réfrigérés a eu lieu suite au changement de température. De ce fait, une suppression incomplète du signal de la graisse doit être attendue dans les examens post-mortem sur pieds réfrigérés. Une technique a été décrite pour obtenir le TI optimal (Shuman, et al., 1991). Il peut donc être intéressant de faire varier le TI sur des membres réfrigérés afin dobtenir une suppression complète du signal de la graisse et ainsi améliorer la détection de lésion discrète. Après 14 jours de réfrigération, une diminution du SNR à été observée dans la moelle osseuse avec les séquences TSE pondérée en T2 et DESS. Il est donc préférable de garder des pieds isolés dans un frigo au maximum pendant 7 jours afin déviter cette chute du SNR due à la dégradation des tissus, même si la qualité de limage ne semble pas changé après 14 jours de réfrigération. Une congélation-décongélation sera préférée si une conservation des membres supérieure à 7 jours est nécessaire. Une décongélation à température ambiante semble aussi préférable car elle crée moins de changement de signal. Les résultats obtenus dans ce travail, en ce qui concerne le changement de signal en fonction de la conservation, sont très intéressants et il y a très peu de travaux publiés à ce sujet. Cependant, ces résultats entrainent de nombreuses autres questions. Ainsi, létablissement dune courbe en fonction de la température interne des tissus semble intéressant afin de mieux cerner à partir de quelle température les changements sopèrent. De plus, les résultats de cette étude pourraient également servir à lévaluation dexamen in vivo notamment pour les examens réalisés lors de température extérieure ou corporelle anormalement élevée ou basse qui pourrait avoir une influence sur le signal obtenu pour les différentes structures tel le phénomène de « cold-limb syndrome » retrouvé en scintigraphie (Dyson, 2007). Une évaluation du changement de signal du liquide synovial en fonction de la température et en fonction du temps semble également intéressante car celui-ci montre un comportement différent par rapport aux autres tissus. Comme les pieds examinés dans cette étude ne lont été que dans les 12h après la mort des animaux, une étude comparant le signal des différentes structures in vivo à ces mêmes structures ex vivo juste après la mort permettrait une évaluation des changements précoces obtenus après la mort. De même, il semble intéressant dévaluer ces méthodes de conservation sur des pieds pathologiques afin de voir si ce type de conservation ninfluence pas la qualité du diagnostic. En médecine humaine et vétérinaire, la préservation du sperme des ovocytes et dautres tissus reporte différents résultats en fonction de la température de congélation ainsi que de la vitesse de celle-ci et de la température de décongélation (Cui, et al., 2007 ; Luciano, et al., 2009). Une étude faisant varier ces paramètres permettrait lobtention de protocoles idéaux pour la préservation des pieds entre les examens. De même, une étude histologique lors de ces différents protocoles permettrait létablissement de protocole plus adapté à un examen histopathologique permettant une meilleure compréhension de la physiopathologie des lésions affectant le pied. LEtude III a démontré leffet de lintensité du champ magnétique (0.27T, 1.5T, 3T) sur la qualité des images de pieds normaux. Les images obtenues dans chaque système étaient de valeur diagnostique à lexception des images de la boite cornée où des artéfacts considérables ont été observés avec le système LF. Ces artéfacts sont dus aux inhomogénéités de champ et à des artéfacts métalliques. Ces artéfacts étaient plus important en GE pondérée en T2* car cette séquence est plus sensible aux inhomogénéités de champ (Kastler, 2003). Si une lésion est suspectée dans une région périphérique du pied, il est donc conseillé de placer cette région au centre de laimant dans le système LF pour chevaux debout. Ceci permettra davoir la région à investiguer dans la zone la plus homogène du champ magnétique et de réduire les artéfacts. Létude III confirme que dans les séquences SE, moins dartéfacts sont visibles dans le sabot. Une séquence SE est donc conseillée dans le système LF pour chevaux debout si une lésion périphérique du pied est suspectée. Avec les paramètres que nous avons utilisés pour lEtude III, la qualité subjective de limage et la visualisation des structures anatomiques du pied sain étaient meilleures sur les images obtenues avec les systèmes HF. Le système 3T offre la meilleure visualisation des structures anatomiques communément impliquées dans les boiteries du pied chez le cheval lorsque celle-ci est comparée aux systèmes 1.5T et 0.27T pour chevaux debout. Ce système 3T pourrait donc se révéler supérieur pour la détection de lésions plus discrètes telles des lésions cartilagineuses de bas grade, les lésions plus précoces ou la détection de lésion atteignant des structures anatomiques de petite taille telle le ligament annulaire digital distal, le ligament sésamoïdien distal impair. Les résultats obtenus lors de létude III sont en faveur des systèmes HF. Toutefois, en médecine humaine, même si les images avec les systèmes HF sont de meilleures qualités, plusieurs études montrent une efficacité diagnostique semblable avec un système LF (Barnett, 1993 ; Taouli, et al., 2004). Or, en médecine vétérinaire, le système LF pour chevaux debout prend une place de plus en plus importante aussi bien dans le diagnostic, le pronostic, le choix du traitement et le suivi des boiteries chez le cheval (Mair, et al., 2005). Ceci est dû au fait que de plus en plus de propriétaires acceptent de réaliser lexamen car aucune anesthésie du cheval nest nécessaire. De plus, en présence dun cheval de haute valeur, le choix dun traitement optimal est important pour le retour à une carrière équivalente. Cest pourquoi, il est particulièrement important dévaluer la qualité diagnostique de ce système LF, notamment en le comparant au système HF et ceci avec les mêmes pieds pathologiques. La plupart des pieds pathologiques ont souvent une combinaison de lésions atteignant plusieurs structures anatomiques sur un même pied (Busoni, et al., 2005 ; Murray, et al., 2006 ; Dyson et Murray, 2007a). Cest pourquoi le choix dun protocole permettant la visualisation de la plupart des structures anatomiques du pied est important. Loptimisation de quelques protocoles réalisée dans létude IV répond à un besoin de standardisation et à une recherche de données objectives sur lesquelles baser le choix de plans et séquences. Trois protocoles courts dexamen IRM ont été établis lors de lEtude IV. Les 2 premiers protocoles ont donné une priorité aux structures les plus souvent atteintes lors de douleurs du pied tel los sésamoïde distal et le tendon fléchisseur profond du doigt (Murray, et al., 2006 ; Dyson et Murray, 2007a), tout en permettant une évaluation des autres structures. Lutilisation dun plan de coupe transversal perpendiculaire au cortex palmaire de los sésamoïde distal sera préférée à un plan perpendiculaire à laxe digité. En effet, en utilisant ce plan, une plus grande partie du cartilage entre los sésamoïde distal et la phalange moyenne est visualisée. De même, lutilisation dun plan dorsal parallèle à laxe digité sera préférée à un axe parallèle au cortex palmaire de los sésamoïde distal permettant la visualisation dune plus grande partie du cartilage articulaire de AIPD et ceci dans sa partie la plus centrale. Lutilisation de séquence en 3D permet le reformatage des images et ainsi dobtenir des images dans un meilleur axe par rapport aux différentes structures telles les ligaments collatéraux de lAIPD (Dyson, et al., 2008 ; Gutierrez-Nibeyro, et al., 2009). Le troisième protocole permet une meilleure visualisation de structures impliquées moins fréquemment dans les boiteries du pied tel les ligaments collatéraux de lAIPD, le ligament sésamoïdien distal impair et les marges distales de la phalange distale (Murray, et al., 2006 ; Dyson, et al., 2008). Une séquence 3D réalisées dans le plan sagittal sest révélée meilleure pour le reformatage du cartilage entre los sésamoïde distal et la phalange moyenne. Les trois protocoles utilisent des séquences en différentes pondérations et une séquence avec saturation de graisse comme recommander précédemment (Tucker et Sampson, 2007). Le choix des séquences et des plans de coupes semble allier temps dexamen réduit et visualisation correcte de toutes les structures. Dun point de vue pratique, le choix des bonnes séquences et des bons plans permet de réduire le temps danesthésie sur les animaux anesthésié et permet de réduire le risque de mouvement sur chevaux sédatés lors dexamens réalisés sur chevaux debout. Cependant, la comparaison de lefficacité diagnostique entre un protocole court et un protocole long sur des pieds ou des chevaux pathologiques (contenant tous les plans pour chaque séquence) est nécessaire afin de confirmer lefficacité de ceux-ci. Ce travail a permis de démontrer le rôle essentiel joué par la conservation des membres lors des études ex vivo (études I et II) et de part lévaluation des différents systèmes, séquences et plans (études III et IV) permet une analyse critique de la littérature précédente et jette les bases nécessaires à une future standardisation des protocoles dIRM du pied équin. Références: BARNETT M.J. MR diagnosis of internal derangements of the knee: effect of field strength on efficacy. 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<p>This study examines to what extent preposition stranding is used in connection with which, whom and who in three different UK papers. Also what factors influence the use of preposition stranding has been studied. The hypothesis that pied-piping is more common than preposition stranding has been confirmed.</p><p>A factor that has a certain influence on the use of preposition stranding is the style of the paper. The more formal of the papers studied, The Times, did not use preposition stranding to the same extent as the other two, The Sun and Today.</p><p>The subject domain of the texts has influence on the use of preposition stranding, with more informal domains such as sports and miscellaneous (e.g. gossip) using stranding to a higher extent than the other domains, e.g. business, politics and culture. The prepositions themselves also influence the use of preposition stranding with some prepositions, such as on, with, for and into, that are likely to appear stranded and others, such as in that are likely to appear pied-piped.</p>

This thesis investigates the ecological and evolutionary implications of a recent secondary contact between two closely related bird species: collared (Ficedula albicollis) and pied (F. hypoleuca) flycatchers. Collared flycatchers started to colonize the Swedish island of Öland, where pied flycatchers were already present, in the late 1950s-early1960s. My major aims were to investigate which factors are acting against versus for long-term coexistence between the two species. Specifically, I investigated the relative importance of allopatric divergence, interspecific competition, hybridization and learning in promoting or inhibiting coexistence. The combined effects of interspecific competition and hybridization drives pied flycatchers towards local extinction in their preferred deciduous habitat. However, my results also show that pied flycatchers are better able to tolerate harsh environmental conditions. This trade-off between competitive ability and resilience in the face of harsh conditions facilitates a regional coexistence between the species. Coexistence is furthermore favoured by competition-mediated divergence in breeding habitat choice, timing of breeding and male breeding plumage colouration. Due to interspecific competition, male pied flycatchers are forced to breed in a more mixed forest type with a later peak in food abundance, which is accompanied by a divergence in breeding time between the two species. In areas shared with collared flycatchers, male pied flycatchers with brown plumage coloration, most divergent from that of collared flycatchers, are favoured by selection. In addition to facilitating coexistence, the observed shift in habitat occupancy increases reproductive isolation between the two species. By using cross-fostering experiments I demonstrate that natal habitat imprinting has the potential to additionally speed up habitat segregation. Finally I show that hybrid nestlings express an intermediate response to harsh environments, indicating that another aspect of ecological-based selection may be important in reproductive isolation between the species. In summary, my results show that adaptations during historic allopatry are important both in facilitating coexistence as well as in providing a foundation for further ecological divergence at secondary contact. This is of relevance today as many species are shifting their distributions in response to habitat disturbance and global warming.

Ce travail de thèse étudie l'effet des caractéristiques spécifiques des semelles de chaussures de course à pied minimalistes sur le patron de course. La première partie de ce travail tente de déterminer les condition expérimentales idéales et préconise l'utilisation de la course sur piste plutôt que sur tapis ainsi qu'un temps de 5 à 7 minutes de course nécessaires à la stabilisation du patron de course lors d'une session de course en chaussures minimalistes. Contrairement à l'épaisseur globale de la semelle, l'augmentation du drop a une influence sur le patron de pose du pied augmentant la flexion dorsale et diminuant la force de réaction du sol à l'impact. Le port de chaussures minimalistes ne présenterait pas d'avantage d'un point de vue de la prévention des blessures. Les études futures devront se concentrer sur les évolutions à long terme du patron de course lors de l'utilisation de chaussures minimalistes. / This thesis work study the specific features of the minimalist shoe sole on running pattern. The first part of this work tried to determine ideal experimental conditions and preconize utilisation of overgound running rather than treadmill running. An adaptation duration of 5 to 7 minutes is also required to the running pattern stabilisation when running in minimalist shoes. Opposite to the sole thickness, increasing the drop affect de foot strike pattern increasing dorsiflexion and decreasing ground reaction force at impact. Running in minimalist shoe would not be advantageous concerning injury risk. Future studies should focus on the long-term evolution of the running pattern when using minimalist shoes.