Desde os primórdios da agricultura e pecuária, o homem seleciona indivíduos com características desejáveis para reprodução e aumento da proporção de novos indivíduos com tais qualidades. Com o conhecimento da estrutura de DNA e o advento da engenharia genética, a identificação e caracterização de espécies e indivíduos conta com novas tecnologias para auxiliar no desenvolvimento de novas variedades de plantas e animais para diversos fins. Tais tecnologias envolvem procedimentos bioquímicos e físicos cada vez mais apurados que produzem medidas cada vez mais precisas, um exemplo disso são as técnicas que empregam a espectometria de massa para comparar polimorfismos de base única (SNPs). Nas plantas é comum a ocorrência de poliploidia, que consiste na presença de mais de dois cromossomos num mesmo grupo de homologia. A determinação do nível de ploidia é fundamental para a correta genotipagem e por consequência maior eficiência no estudo e aprimoramento genético de plantas. Neste trabalho caracterizamos o fenômeno da poliploidia com modelos probabilísticos de urnas e bolas, propondo um método eficiente e adequado de simulação, assim como uma técnica simples para inferir níveis de ploidia e classificar amostras bialélicas aproveitando características geométricas do problema. Análises de dados simulados e reais provenientes de um experimento de cana-de-açúcar foram realizadas com diferentes medidas de separação entre agrupamentos e diferentes condições experimentais. Para os dados reais, métodos gráficos descritivos evidenciam a corretude e coerência do método proposto, que pode ser generalizado para a genotipagem de locos multialélicos poliplóides. Encerramos o trabalho comparando nossos resultados com a abordagem SuperMASSA [Serang2012] que trouxe excelentes resultados ao problema. Todo código desenvolvido em linguagem R está disponibilizado com o texto. / Since the beginnings of agriculture and livestock, the man selects individuals with desirable characteristics to breed and increase the proportion of new individuals with such qualities. With knowledge of the DNA structure and the advent of genetic engineering, the identification and characterization of individual species can make use of new technologies to help develop new varieties of plants and animals for many purposes. These technologies involve complex biochemical and physical procedures that produce even more accurated measures, like techniques that employ mass spectrometry to compare single nucleotide polymorphisms (SNPs). In plants it is common the occurrence of polyploidy, which is the presence of more than two chromosomes in the same group of homology. The determination of polyploidy level is essential for correct SNPs genotype calling and therefore greater efficiency in the study and genetic improvement of plants. In this work we characterize the phenomenon of poliploidy with probabilistic urns and balls models, proposing an efficient and appropriate method of simulation, as well as a simple technique to infer ploydy levels and classify biallelic samples accurately taking advantage of geometrical characteristics of the problem. Analysis of simulated and real data from an experiment of sugarcane were conducted with different measures of separation between groups and different experimental conditions. For the actual data, descriptive graphical methods show the correctness and consistency of the proposed method, which can be generalized to multi-allelic loci genotyping polyploid. We end our work comparing our results with the SuperMASSA [Serang2012] approach that brought excellent results to the problem. All code developed in language R were provided with the text.

Oxisteróis são derivados oxigenados do colesterol que podem ser formados por autoxidação ou por atividade de enzimas específicas. Eles apresentam inúmeras atividades biológicas, incluindo inibição da proliferação celular e citotoxicidade. Dentre os oxisteróis, 7-cetocolesterol (7-KC), que difere do colesterol por apresentar um grupamento cetônico no carbono 7, é conhecido por induzir morte celular por diferentes vias. Neste projeto de pesquisa pretendemos avaliar o uso de uma emulsão lipídica contendo oxisterol (OXLE) como veículo para entrega de 7-KC a células tumorais. Os efeitos tóxicos de OXLE foram avaliados nas linhagem celulares RPMI 8226 (mieloma múltiplo) e B16F10 (melanoma). As células foram tratadas com: a) uma emulsão conhecida por atuar funcionalmente como a LDL (LDE); b) OXLE (75 uM até 225 uM de 7-KC); c) 7-KC (100 uM). As distribuições das células nas diferentes fases do ciclo de duplicação celulares foram analisadas por citometria de fluxo com iodeto de propídio. Todos os tratamentos, nestas concentrações, levaram a acúmulo das células de mieloma na fase proliferativa do ciclo celular. Para analisar a resposta apoptótica, nos utilizamos o fluorocromo JC-1, que mede o potencial transmembranar mitocondrial. Ambas a linhagens celulares, quando tratadas com OXLE, apresentaram hiperpolarização do potencial transmembranar associado com progressivo decrescimento do mesmo. Os resultados mostram que os grupos OXLE e 7-KC induziram a uma morte massiva das células de mieloma. OXLE induziu um efeito citostático nas células de melanoma, caracterizadas por alterações de morfologia, com um aumento na polimerização das fibras de actina, hiperpolarização seguida de perda do potencial transmitocondrial (apoptose associada à despolarização) , presença de vacúolos autofágicos como figuras de mielina (morte celular programada do tipo II - Autofagia); e impossibilitando as células de fazer a citocinese, determinado pelo aparecimento de uma população de células poliplóides. Nossos resultados indicam que esta nova emulsão contendo um oxisterol em sua formulação não é apenas um veículo para moléculas hidrofóbicas, mas pode atuar como agente cistotático/citotóxico. A morte mediada por OXLE possui características de apoptose e autofagia. Estes resultados são promissores e o possível use de OXLE in vivo necessita de futuras investigações. / Oxysterols are oxygenated derivatives of cholesterol that may be formed by autoxidation or by action of specific enzymes. They exhibit a number of biologic activities including inhibition of cellular proliferation and cytotoxicity. Among oxysterols, 7-ketocholesterol (7-KC), that differs form cholesterol by a functional ketone group at C7, is known to induce cell death by different ways. Herein we evaluated the use of an oxysterol-containing lipid emulsion(OXLE) as a vehicle to deliver 7-KC to tumor cells. OXLE was evaluated regarding its toxicity on RPMI 8226 (multiple myeloma) and B16F10 (melanoma) cell lines. Cells were treated with: a) an emulsion known to act functionally as LDL (LDE); b) OXLE (75 uM to 225uM of 7KC); c) 7KC (100uM). The distribution of cells in the different phases of cell cycle was analyzed by flow cytometry with propidium iodide. All treatments, according to the concentrations, led the myeloma cells to an arrest in the proliferative phases of the cell cycle. To analyze the apoptotic response, we then used a fluorochrome (JC-1), which measures the mitochondrial transmembrane potential. Both cell lines when treated with OXLE had a hyperpolarization of the transmembrane potential that decrease progressively. The results showed that exposure to either OXLE or 7-KC induced a massive death of myeloma cells. OXLE had an cytostatic effect on melanoma cells characterized by morphologic alterations as increased polymerization of actin fibers; hyperpolarization followed by a dissipation of the mitochondrial transmembrane potential (apoptosis-associated depolarization); presence of IX autophagic vacuoles as myelin figures (programmed cell death type II - Autophagy); and impaired cytokinesis, as determined by the emergence of a polyploid population. Our results indicated that this new oxysterol-containing emulsion is not only a carrier for hydrophobic molecules, but it can act itself as a cytostatic/cytotoxic agent. Cell death mediated by OXLE have both apoptosis and autophagy characteristics. These results are promising and the possible use of OxLE in vivo warrants further investigation

Submitted by isabela.moljf@hotmail.com (isabela.moljf@hotmail.com) on 2017-08-18T10:44:31Z No. of bitstreams: 1 aryanecamposreis.pdf: 2882567 bytes, checksum: 1a13439227f336c21faf2248369b319c (MD5) / Rejected by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br), reason: on 2017-08-18T12:29:10Z (GMT) / Submitted by isabela.moljf@hotmail.com (isabela.moljf@hotmail.com) on 2017-08-18T13:17:38Z No. of bitstreams: 1 aryanecamposreis.pdf: 2882567 bytes, checksum: 1a13439227f336c21faf2248369b319c (MD5) / Rejected by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br), reason: on 2017-08-24T11:27:59Z (GMT) / Submitted by isabela.moljf@hotmail.com (isabela.moljf@hotmail.com) on 2017-08-24T15:19:15Z No. of bitstreams: 0 / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2017-08-30T14:32:15Z (GMT) No. of bitstreams: 0 / Made available in DSpace on 2017-08-30T14:32:15Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2017-03-03 / Lippia alba (Verbenaceae), é uma espécie herbácea tropical com grande plasticidade fenotípica e genômica, amplamente utilizada na medicina popular. Recentemente, a espécie foi descrita como um novo complexo autopoliploide contendo cinco números cromossômicos (2x=30, 2x=30+8, 3x=45, 4x=60 e 6x=90), e esforços têm sido feitos a fim de entender sua origem e evolução. No presente trabalho, foram descritos perfis cariotípicos mais detalhados da espécie, por meio de mapeamento cromossômico utilizando sondas espécie-específicas e análises do comportamento meiótico e de viabilidade polínica. A partir do sequenciamento genômico de baixa cobertura (IIlumina MiSeq), foram desenvolvidos novos marcadores citogenéticos (denominados CL66 e CL98) os quais foram utilizados para o mapeamento cromossômico em acessos representando os cinco citótipos do complexo. Para a análise meiótica, seis estágios da divisão (metáfase I; anáfase I + telófase I; metáfase II; anáfase II + telófase II) foram quantificados, e aproximadamente, 100 células foram avaliadas para cada estágio. Os mesmos acessos foram avaliados quanto à viabilidade polínica (1.000 grãos de pólen foram quantificados para cada indivíduo). Os resultados da Hibridização Fluorescente in situ (FISH) revelaram que ambas as repetições satélite estão localizadas na porção terminal dos cromossomos. Em geral, a repetição CL98 mostrou um padrão uniforme nos diferentes acessos. Foram observados dois, três, quatro e seis cromossomos marcados em diploides, triploides, tetraploides e hexaploide, respectivamente, revelando que o número de cromossomos marcados variou proporcionalmente, de acordo com o nível de ploidia do acesso. Por outro lado, a repetição CL66 apresentou-se polimórfica. Variações foram observadas entre os acessos, principalmente, entre os indivíduos diploides. Com relação às análises meióticas, alto percentual de irregularidade foi observado nos citótipos poliploides. Entretanto, alguns acessos 2x também mostraram consideráveis erros durante a microsporogênese. Entre as irregularidades encontradas, destacam-se: pareamento cromossômico anormal; segregação cromossômica desigual; cromossomos perdidos; tríades e políades. Os resultados da viabilidade polínica corroboraram os dados da meiose. A partir do conjunto de dados obtidos foi possível concluir que 1) a metodologia para o desenvolvimento de marcadores cromossômicos específicos para L. alba mostrou-se eficiente; 2) as repetições satélite exibiram diferentes comportamentos (estável e dinâmico) no genoma de L. alba; 3) a ocorrência de microsporogênese irregular em diploides, associada à viabilidade polínica, sugerem que os acessos 2x sejam elementos importantes na formação do complexo poliploide e 4) a ampla variação cariotípica observada na espécie pode ser consequência de múltiplos e independentes eventos de duplicação genômica, aliado a rearranjos cromossômicos. Possivelmente, L. alba encontra-se em processo de estabilização do seu cariótipo tornando a espécie, um importante modelo para estudos de poliploides naturais nos trópicos. / Lippia alba (Verbenaceae) is a tropical aromatic shrub with extensive phenotypical and genomic plasticity widely used in traditional medicine. Recently, the species was described as a new natural autopolyploid complex with five distinct chromosome numbers (2x=30, 2x=30+8, 3x=45, 4x=60 and 6x=90). Strides have been done in order to understand the cytotypes origin and species evolution. In this study, a detailed karyotype of L. alba using Fluorescence in situ Hybridization (FISH) with species-specific probes was described. We also report the meiosis behavior and pollen viability in sixty accessions. Using massive parallel sequencing (IIlumina MiSeq platform) new cytogenetic landmarks (CL66 and CL98) were chosen for probing all cytotypes described for the species. For meiotic analysis, the percentage of abnormalities was quantified, evaluating around 100 cells in six stages (metaphase I; anaphase I + telophase I; metaphase II; anaphase II + telophase II). Around 1,000 pollen per accession were used to estimate pollen viability. FISH results revealed that both satDNA arrays are located preferentially on terminal sites of the chromosomes. In general, the CL98 repeat showed a uniform pattern in different accessions. We observed 2, 3, 4, and 6 marked chromosomes respectively in diploid, triploid, tetraploid and hexaploid accessions revealing that the number of depicted chromosomes varied proportionally according to the ploidy level. On the other hand, the CL66 repeat was polymorphic. Great variations were observed among the accessions mainly within the diploids. In general, the meiotic analysis revealed higher index of abnormalities in polyploid cytotypes. However, some 2x accessions also showed considerable irregularities during the microsporogenesis. Desynapsis, unequal segregation, lost chromosomes, triads and polyads were the most common irregularities observed. Pollen viability analysis corroborated the meiosis data. It was possible to conclude that 1) the development of specific landmarks for L. alba was efficient; 2) the karyotypic profiles of both satDNA revealed different behavior; 3) microsporogenesis analysis and pollen viability of 2x accessions suggest that diploids are the key point for the origin of the polyploid complex and 4) independent and multiples events of genome duplication associated to chromosome rearrangements may have generated great karyotypic variation in the species. L. alba karyotype is possibly under stabilization process making the species an important model to study natural polyploids in the tropics.

Submitted by Renata Lopes (renatasil82@gmail.com) on 2017-10-21T01:01:09Z No. of bitstreams: 1 shaianysabrinalopesgomes.pdf: 8345225 bytes, checksum: 345de5fe2a909ceb0a04bbb96016c1ff (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2017-10-21T13:13:03Z (GMT) No. of bitstreams: 1 shaianysabrinalopesgomes.pdf: 8345225 bytes, checksum: 345de5fe2a909ceb0a04bbb96016c1ff (MD5) / Made available in DSpace on 2017-10-21T13:13:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 shaianysabrinalopesgomes.pdf: 8345225 bytes, checksum: 345de5fe2a909ceb0a04bbb96016c1ff (MD5) Previous issue date: 2017-03-22 / As orquídeas do complexo "Zygopetalum maculatum" (Kunth) Garay são típicas dos campos rupestres e de altitude do leste do Brasil. Atualmente são reconhecidas seis espécies para este grupo que, por compartilharem características morfológicas diagnósticas, são reconhecidas aqui como um complexo de espécies. De forma a contribuir para entender o padrão de variação fenotípica observado entre as populações e com isso tentar esclarecer a formação deste complexo, este trabalho caracterizou do ponto de vista genético ar 22 populações de "Z. maculatum", sendo 21 provenientes do Brasil e uma da Bolívia. As análises compreenderam estimativa da quantidade de DNA nuclear, determinação do número cromossômico, comportamento meiótico e diversidade genética identificada por marcadores do tipo ISSR. O conteúdo médio de DNA revelou três níveis de ploidia no complexo, 7,36 pg, 10,52 pg e 14,09 pg de DNA, sendo estes relacionados a números cromossômicos de 2n=48; 2n=72; 2n=96, respectivamente. Tal variação ocorreu entre e dentro das populações. Dados cariotípicos (morfometria, DNAr 5S e 45S) evidenciaram similaridade entre os três níveis de ploidia. A meiose mostrou-se irregular, com ocorrência de atraso e perda cromossômica, pontes, “cromossomos aderentes”, micronúcleos e assincronia em todos os níveis de ploidia. O dendrograma baseado em marcadores ISSR revelou tendência de agrupamento de indivíduos com o mesmo nível de ploidia e originados das mesmas regiões geográficas. Os resultados sugerem que as populações possuem baixos índices de diversidade genética entre indivíduos e que a maior diversidade encontra-se entre as populações. De forma geral, os resultados indicam que eventos de poliploidização estejam relacionados à diversificação e especiação de “Z. maculatum”, sendo um processo importante para explicar as variações morfológicas observadas dentro do complexo. / The orchids of the "Zygopetalum maculatum" (Kunth) Garay complex are typical of the “campos rupestres” of the east side of Brazil. Currently, six species are recognized for this group which, due to their morphological similarity, is recognized here as a species complex. In order to understand the phenotypic pattern observed among the populations and contribute to clarify the formation of this complex, this study characterized 22 populations of “Z. maculatum”, being 21 populations from Brazil and one population from Bolivia. The study included DNA amount estimation, determination of the chromosome number, meiotic behavior and genetic diversity estimation. The average of DNA content revealed three 2C values, 7.36 pg, 10.52 pg and 14.09 pg of DNA, which were associated to 2n = 48; 2n = 72 and 2n = 96 chromosomes, respectively. The variation was observed within and among populations. Karyotypic data (morphometry, 5S and 45S rDNA) showed similarity among all ploidy levels. Meiosis behavior was not regular being observed chromosome delay and loss, bridges, micronuclei, chromosomal stickiness and asynchrony. The dendrogram based on ISSR revealed similarity regarding the ploidy level and the geographical distribution of the individuals. The data also suggested low genetic diversity within populations being most of the diversity observed among populations. In general, the results indicate that polyploidization events are probably related to the Zygopetalum diversification and speciation, being an important process to explain the morphological variations observed within the complex.

Submitted by Geandra Rodrigues (geandrar@gmail.com) on 2018-03-19T18:37:15Z No. of bitstreams: 1 viníciussacramentopacheco.pdf: 1524403 bytes, checksum: da3bc47331a9b9d21aceffe2209ed60f (MD5) / Rejected by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br), reason: Nome do autor não pode ser salvo com acento on 2018-03-19T19:36:45Z (GMT) / Submitted by Geandra Rodrigues (geandrar@gmail.com) on 2018-03-19T19:41:33Z No. of bitstreams: 1 viníciussacramentopacheco.pdf: 1524403 bytes, checksum: da3bc47331a9b9d21aceffe2209ed60f (MD5) / Rejected by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br), reason: Nome do autor tem que ser salvo sem acento on 2018-03-19T19:42:52Z (GMT) / Submitted by Geandra Rodrigues (geandrar@gmail.com) on 2018-03-19T20:19:33Z No. of bitstreams: 1 viniciussacramentopacheco.pdf: 1524403 bytes, checksum: da3bc47331a9b9d21aceffe2209ed60f (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2018-03-21T13:00:16Z (GMT) No. of bitstreams: 1 viniciussacramentopacheco.pdf: 1524403 bytes, checksum: da3bc47331a9b9d21aceffe2209ed60f (MD5) / Made available in DSpace on 2018-03-21T13:00:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 viniciussacramentopacheco.pdf: 1524403 bytes, checksum: da3bc47331a9b9d21aceffe2209ed60f (MD5) Previous issue date: 2017-08-04 / Lippia alba (Mill.) N.E. Brown (Verbenaceae) é uma das espécies medicinais mais amplamente utilizadas no Brasil. Nas últimas décadas, grande número de trabalhos vem investigando e comprovando os efeitos farmacológicos dos componentes encontradas no óleo essencial dessa planta. Estudos relacionados à genômica demonstram a ocorrência de poliploidia natural na espécie, condição que pode interferir na composição e produção dessas substâncias. Em contrapartida, fatores ambientais, como a irradiância e disponibilidade hídrica, também são importantes modeladores da biossíntese dessas moléculas, podendo interagir com o fator genético. Diante do exposto, investigou-se os efeitos de níveis contrastantes de irradiância, a 100% (pleno sol) e 30%( à sombra), durante as épocas seca e chuvosa de cultivo, sobre as trocas gasosas e seus posteriores efeitos sobre o crescimento e a produção de óleo essencial em acessos de L. alba que possuíam três níveis de ploidia distintos (Di-; Tetra- e Hexaploide). Para a maioria dos parâmetros de trocas gasosas, as plantas cultivadas à sombra apresentaram valores menores quando comparados às plantas cultivadas a pleno sol, independentemente da época de cultivo. Em ambos os níveis de irradiância, o acesso tetraploide apresentou os menores valores para a fotossíntese liquida, bruta, fotorrespiração, condutância estomática e taxa de transporte de elétrons para carboxilação e oxigenação. Acessos cultivados à sombra apresentaram respostas tipicamente associadas a essa condição de luminosidade, com maior área foliar especifica e unitária, alocação preferencial de biomassa em parte aérea e maior conteúdo de clorofilas, bem como valores menores em biomassa de raiz, massa total e taxa assimilatória liquida. Em comparação aos cultivados a pleno sol, todos os acessos cultivados à sombra apresentaram conteúdo de óleo essencial , em média, 40% menor. Quando cultivados a pleno sol o acesso diploide apresentou o maior conteúdo de óleo essencial, que foi em média 150% maior, que o observados para os acessos tetra- e hexaploide. À sombra, o conteúdo de óleo essencial do acesso diploide foi 120% maior que os demais. Entretanto, nessa condição, este acesso apresentou a menor biomassa total. Os resultados encontrados permitem concluir que o acesso diploide, independentemente da irradiância em que foi cultivado, apresento o maior rendimento da produção de óleo essencial, sugerindo maior atividade das vias do metabolismo secundário, reduzindo o acúmulo de biomassa sob baixa irradiância. / Lippia alba (Mill.) N.E. Brown (Verbenaceae) is one of the most widely used medicinal species in Brazil. In the last decades, a great number of works have been investigating and proving the pharmacological effects of the components found in the essential oil of this plant. Studies related to genomics demonstrate the occurrence of natural polyploidy in the species, a condition that may interfere in the composition and production of these substances. In contrast, environmental factors, such as irradiance and water availability, are also important modellers of the biosynthesis of these molecules, and may interact with the genetic factor. Considering the above, the effects of contrasting levels of irradiance, at 100% (full sun) and 30% (in the shade), during the dry and rainy seasons of cultivation, on the gas exchanges and their subsequent effects on growth were investigated and the production of essential oil in L. alba accesses that had three distinct levels of ploidy (Di-, Tetra- and Hexaploid). For most gaseous exchange parameters, shade-grown plants presented lower values when compared to plants grown in full sun, regardless of the growing season. In both levels of irradiance, tetraploid access presented the lowest values for liquid photosynthesis, crude, photorespiration, stomatal conductance and electron transport rate for carboxylation and oxygenation. Shade - grown accesses presented responses typically associated to this luminosity condition, with a greater specific and unitary leaf area, preferential allocation of biomass in aerial part and higher content of chlorophylls, as well as lower values in root biomass, total mass and net assimilation rate. Compared to those grown in the full sun, all accesses cultivated in the shade had an essential oil content, on average, 40% lower. When cultivated in full sun the diploid access had the highest essential oil content, which was on average 150% higher than that observed for the tetra- and hexaploid accessions. In the shade, the essential oil content of the diploid access was 120% greater than others accessions. However, in this condition, this access presented the lowest total biomass. The results show that diploid access, irrespective of the irradiance in which it was cultivated, presents the highest yield of essential oil production, suggesting higher activity of the secondary metabolism pathways, reducing the accumulation of biomass under low irradiance.

Made available in DSpace on 2014-12-17T14:05:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 IngridVA_TESE_Parcial.pdf: 1546645 bytes, checksum: 082397e35198d8c6624ddff83583508c (MD5) Previous issue date: 2013-03-25 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Cient?fico e Tecnol?gico / without practical results so far. Protocols used in biotechnological cultured aquatic organisms aimed at increasing growth rates and disease resistance, have been studied and perfected. Among the available techniques, the application of chromosomal manipulation, although still nascent, is presented as a tool aimed at mitigating ecological and economical issues in shrimp farming. The polyploidization artificial method already employed in fish and shellfish, has been widely researched for use in farmed shrimp. Some limitations of this method of expansion in shrimp refer to a better knowledge of cytogenetic aspects, the level of sexual dimorphism and performance in growing conditions. To contribute on some of these issues, the present study aimed to characterize cytogenetic species Litopenaeus vannamei (Decapoda) and Artemia franciscana (Anostraca), analyze the effectiveness of methods for detection of ploidy, through the use of flow cytometry in processes of induction polyploidy cold thermal shock at different stages of development of newly fertilized eggs. Additionally, aimed also the qualitative and quantitative comparison of larval development between diploid and polyploid organisms, besides the identification of sexual dimorphism in L. vannamei, through geometric morphometrics. The results provide information relevant to the improvement and widespread use of biotechnological methods applied toward national productivity in shrimp farming / A melhoria gen?tica de planteis reprodutores, baseada no melhoramento cl?ssico tem sido tentada, mas sem resultados pr?ticos, at? o momento. Protocolos biotecnol?gicos utilizados em organismos aqu?ticos cultivados que visam aumentar as taxas de crescimento e resist?ncia a doen?as, v?m sendo estudados e aperfei?oados. Entre as t?cnicas dispon?veis, a aplica??o de manipula??o cromoss?mica, embora ainda incipiente, se apresenta como ferramenta voltada a mitigar quest?es ecol?gicas e econ?micas na carcinicultura. A poliploidiza??o artificial, m?todo j? empregado em peixes e moluscos, vem sendo largamente pesquisado para o uso em camar?es cultivados. Algumas limita??es da expans?o deste m?todo em camar?es se referem a um melhor conhecimento de aspectos citogen?ticos, do n?vel de dimorfismo sexual e performance em condi??es de cultivo. Visando contribuir sobre algumas destas quest?es, realizou-se ? caracteriza??o citogen?tica das esp?cies Litopenaeus vannamei (Decapoda) e Artemia franciscana (Anostraca), foi analisada tamb?m a efic?cia do uso da citometria de fluxo como m?todo de detec??o da ploidia em processos de indu??o artificial por choque t?rmico ? frio, em diferentes fases do desenvolvimento de ovos rec?m-fertilizados de Litopenaeus vannamei. Adicionalmente, visou-se, ainda, a compara??o qualitativa e quantitativa do desenvolvimento larval entre organismos diploides e poliploides, al?m da identifica??o do dimorfismo sexual em L. vannamei, por meio da morfometria geom?trica. Os resultados obtidos propiciam informa??es que contribuem para o aprimoramento e difus?o do uso aplicado de m?todos biotecnol?gicos voltados ao incremento da produtividade na carcinicultura nacional / 2020-01-01

Submitted by Irene Nascimento (irene.kessia@ufpe.br) on 2016-08-12T19:39:07Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Tese_versão_final_biblioteca_português.pdf: 2265965 bytes, checksum: 707851ccf48e28513fc34178bca7c739 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-12T19:39:07Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Tese_versão_final_biblioteca_português.pdf: 2265965 bytes, checksum: 707851ccf48e28513fc34178bca7c739 (MD5) Previous issue date: 2016-03-04 / Capes / Cromossomos holocêntricos apresentam atividade cinetocórica difusa e essa organização favorece, em teoria, rápidas variações cromossômicas numéricas e o acúmulo de DNA satélite (DNAsat) predominantemente nas regiões terminais dos cromossomos. O gênero de plantas Rhynchospora (Cyperaceae), um dos diversos grupos com esse tipo cromossômico, apresenta espécies com cariótipos entre 2n = 4 e 2n = 58, cuja variação é atribuída à poliploidia e a eventos de quebra/fusão, levando a disploidias. Quanto à distribuição de DNAsat, o único relato até o momento revelou uma baixa proporção dessas sequências, com o único repeat identificado (Tyba) associado aos holocentrômeros. Com o intuito de entender como a estrutura centromérica difusa interfere na organização de sequências ao longo do cromossomo e na evolução do cariótipo como um todo, foram realizadas uma análise de reconstrução dos números cromossômicos ancestrais de Rhynchospora em um contexto filogenético e a caracterização de DNAsats em três espécies do gênero. O complemento cromossômico 2n = 10 foi indicado como o mais provável para o ancestral do gênero, tendo sido mantido em diferentes taxa. A maioria dos clados mostrou números estáveis e a homoplasia de cariótipos foi observada em uma frequência relativamente baixa. Os genomas de R. ciliata/R. globosa e R. tenuis apresentaram duas e uma família(s) de DNAsat, respectivamente, com um padrão de condensação típico (blocos condensados em intérfase). Uma localização preferencial nos terminais cromossômicos foi observada apenas para os DNAsat de R. globosa. Três tipos de cromatina foram revelados pela distribuição dessas sequências: (1) associadas à heterocromatina e presente na forma de cromocentros em intérfase e blocos nos cromossomos metafásicos (R. ciliata e R. globosa); (2) compactados em interfase mas parcialmente descondensados em metáfase e não diretamente associados à heterocromatina (R. ciliata e R. tenuis); ou (3) associados aos holocentrômeros (R. ciliata e R. tenuis). De forma geral em Rhynchospora, os eventos de fusão e fissão parecem atuar localmente no remodelamento dos cariótipos e as sequências satélites não mostram uma tendência única de distribuição. A estrutura centromérica difusa, portanto, não determina em larga escala a dinâmica evolutiva dos cromossomos do gênero. / Holocentric chromosomes show diffuse kinetochore activity, what would lead to fast evolution of chromosome numbers and a biased distribution of satellite repeats. The plant genus Rhynchospora (Cyperaceae) possesses holocentric chromosomes and shows a large chromosome number variation (2n = 4 to 2n = 58) attributed to polyploidy and frequent fusion/fission events, leading to dysploidy. Regarding satellite repeats (satDNA), the only investigated species showed a low proportion of these sequences, with the single family identified associated to the holocentromeres. In the present work, aiming to better understand how the diffuse centromere organisation could interfere with the distribution of satellite repeats along the chromosomes and with the karyotype evolution as a whole, we combined a reconstruction of Rhynchospora chromosome numbers in a phylogenetic framework and the characterisation of satellite repeats in three selected species. The karyotype with 2n = 10 was suggested as the ancestral state and was maintained in different lineages. Most of the clades showed stable chromosome number and recurrent karyotypes changes (leading to homoplasies) were detected in low frequency. All Rhynchospora species analysed (R. ciliata, R. globosa and R. tenuis) showed a higher diversity of satellite repeats than R. pubera, with most of the repeats showing a typical condensation profile (clustered in interphase). A preferential terminal location on chromosomes was only observed for R. globosa satDNAs. These sequences, however, might represent different chromatin types, organized in distinct ways: (1) associated to the heterochromatin and clustered in interphase and metaphase (identified in R. ciliata and R. globosa only); (2) clustered in interphase but partially decondensed in metaphase and not associated to heterochromatin domains (R. ciliata e R. tenuis); (3) associated to the holocentromeres (R. ciliata e R. tenuis). Taken together, at least for Rhynchospora, fusion/fission events may not act in a broader way in the reshuffling of karyotypes and satellite repeats distribution do not appeared to be biased towards the chromosome termini. A non-localized centromere, therefore, must not constrain, in a large scale, the chromosome evolution of the genus.