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Contributions à la modélisation mathématique et numérique de problèmes issus de la biologie : applications aux Prions et à la maladie d’Alzheimer / Contributions to the mathematical and numerical modelling of biological problems : applications to Prions and Alzheimer's disease

Hingant, Erwan 17 September 2012 (has links)
L’objectif de cette thèse est d’étudier, sous divers aspects, le processus de formation d’amyloïde à partir de la polymérisation de protéines. Ces phénomènes, aussi bien in vitro que in vivo, posent des questions de modélisation mathématique. Il s’agit ensuite de conduire une analyse des modèles obtenus. Dans la première partie nous présentons des travaux effectués en collaboration avec une équipe de biologistes. Deux modèles sont introduits, basés sur la théorie en vigueur du phénomène Prions, que nous ajustons aux conditions expérimentales. Ces modèles nous permettent d’analyser les données obtenues à partir d’expériences conduites en laboratoire. Cependant celles-ci soulèvent certains phénomènes encore inexpliqués par la théorie actuelle. Nous proposons donc un autre modèle qui corrobore les données et donne une nouvelle approche de la formation d’amyloïde dans le cas du Prion. Nous terminons cette partie par l’analyse mathématique de ce système compose d’une infinité d’équations différentielles. Ce dernier consiste en un couplage entre un système de type Becker-Doring et un système de polymérisation-fragmentation discrète. La seconde partie s’attache à l’analyse d’un nouveau modèle pour la polymérisation de protéines dont la fragmentation est sujette aux variations du fluide environnant. L’idée est de décrire au plus près les conditions expérimentales mais aussi d’introduire de nouvelles quantités macroscopiques mesurables pour l’étude de la polymérisation. Le premier chapitre de cette partie présente une description stochastique du problème. On y établit les équations du mouvement des polymères et des monomères (de type Langevin) ainsi que le formalisme pour l’étude du problème limite en grand nombre. Le deuxième chapitre pose le cadre fonctionnel et l’existence de solutions pour l équation de Fokker-Planck- Smoluchowski décrivant la densité de configuration des polymères, elle-même couplée a une équation de diffusion pour les monomères. Le dernier chapitre propose une méthode numérique pour traiter ce problème. On s’intéresse dans la dernière partie à la modélisation de la maladie d’Alzheimer. On construit un modèle qui décrit d’une part la formation de plaque amyloïde in vivo, et d’autre part les interactions entre les oligomères d’Aβet la protéine prion qui induiraient la perte de mémoire. On mène l’analyse mathématique de ce modèle dans un cas particulier puis dans un cas plus général ou le taux de polymérisation est une loi de puissance / The aim of this thesis is to study, under several aspects, the formation of amyloids from proteins polymerization. The mathematical modelling of these phenomena in the case of in vitro or in vivo polymerisation remains questioned. We then propose here several models, which are also investigated from theoritical and numerical point of view. In the first part we present works done in collaboration with biologists. We propose two models based on the current theory on Prion phenomena that are designed for specific experimental conditions. These models allow us to analyse the experimental data obtained in laboratory and raise phenomena that remain unexplained by the theory. Then, from these results and biophysical considerations, we introduce a model which corroborates with data and provides a new approach on the amyloid formation in the particular case of Prion. This part is ended by the mathematical analysis of the model consisting of an infinite set of differentials equations. The system analysed is a Becker-Doring system coupled to a discrete growth-fragmentation system. The second part is dedicated to the analysis of a new model for polymerization of proteins with fragmentation subject to the surrounding variations of the fluid. Thus, we propose a model which is close to the experimental conditions and introduce new measurable macroscopic quantities to study the polymerization. The first introductory chapter states the stochastic description of the problem. We give the equations of motion for each polymers and monomers as well as a general formalism to study the limit in large number. Next, we give the mathematical framework and prove the existence of solutions to the Fokker-Planck-Smoluchowski equation for the configurational density of polymers coupled to the diffusion equation for monomers. The last chapter provides a numerical method adapted to this problem with numerical simulations In the last part, we are interested in modelling Alzheimer’s disease. We introduce a model that describes the formation of amyloids plaques in the brain and the interactions between Aβ-oligomers and Prion proteins which might be responsible of the memory impairment. We carry out the mathematical analysis of the model. Namely, for a constant polymerization rate, we provide existence and uniqueness together with stability of the equilibrium. Finally we study the existence in a more general and biological relevant case, that is when the polymerization depends on the size of the amyloid
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Dispositifs électrochromes à architecture superposée pour le camouflage adaptatif dans le visible / Electrochromic devices with stacked architecture for visible adaptive camouflage

Ernest, Clément 19 December 2017 (has links)
L’objet de cette thèse sera de réaliser et d’évaluer un démonstrateur électrochrome dont l’architecture repose sur l’empilement des trois pixels primaires (C) (M) et (J). Chaque pixel est contrôlé indépendamment en imposant une faible tension entre l’électrode frontale (sur laquelle repose le polymère électrochrome) et une contre-électrode. Lors des commutations, le polymère passe d’un état coloré à un état transparent et ce de manière réversible lorsque la tension est inversée aux bornes du dispositif. Plusieurs architectures de la brique pourront être envisagées. Enfin parmi les architectures retenues, les caractéristiques du dispositif seront évaluées essentiellement en terme de coordonnées colorimétriques (CIE L*a*b*), et de contrastes entre deux états optiques. D’autres aspect techniques tels que la tenue au cyclage, le vieillissement, la tenue d’un état optique en circuit ouvert… seront également évalués au cours de projet. / The purpose of this thesis is to implement and evaluate an electrochromic demonstrator whose architecture is based on the stacking of three primary pixels (C) (M) and (J). Each pixel is controlled independently by imposing a low voltage between the front electrode (where the electrochromic polymer is) and the counter-electrode. During switching, the polymer changes from a colored state to a transparent state and reversibly when the voltage is reversed. Several architectures of the brick could be considered. Finally, among the chosen architectures, device characteristics will be primarily evaluated in terms of color coordinates (CIE L * a * b *), and contrasts between the two optical states. Other technical aspects such as cycling, aging and holding an constant optical state in open circuit, will also be evaluated during the project.
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Cardanol : a bio-based building block for new sustainable and functional materials / Cardanol : un intermédiaire chimique bio-sourcé pour l'éléboration de nouveaux matériaux durables et fonctionnels

Puchot, Laura 14 December 2016 (has links)
Récemment, la chimie des ressources renouvelables et les matériaux qui en découlent ont suscités un intérêt considérable dans le but de limiter l’utilisation des ressources fossiles. La présente thèse intitulée « Cardanol : a bio-based building block for new sustainable and functional materials » traite de la modification chimique du cardanol et de son utilisation dans diverses applications. Le cardanol est un dérivé phénolique naturel extrait de l’huile de coque de noix de cajou. Sa structure chimique est intéressante : il est substitué d’une chaîne alkyle en C15, partiellement insaturée, et il est porteur d’une fonction phénol, permettant d’envisager de nombreuses réactions chimiques.La première partie de cette étude traite de la synthèse et de la caractérisation de trois surfactants ammoniums issus du cardanol se différenciant par le degré de substitution de leurs amines. Leur capacité à favoriser l’exfoliation d’une argile lamellaire dans une matrice de type époxy a été étudiée dans le but de concevoir des matériaux composites.Le second chapitre décrit une nouvelle méthode de synthèse de monomères benzoxazines bio-basés et l’élaboration de réseaux polybenzoxazines à partir du cardanol. Une nouvelle génération de monomères benzoxazine, issus du cardanol ou de dérivés de la lignine tels que la vanilline, a récemment été développée. Cependant l’essentiel des benzoxazines bio-basées synthétisées jusqu’à présent sont monofonctionnelles ou présentent des températures de fusion trop élevées. Elles ne permettent donc pas l’élaboration de matériaux autosupportés valorisables. Afin de pallier ce problème, une synthèse originale de monomères benzoxazines asymétriques, reposant sur la combinaison de cardanol et de dérivés de la lignine, est décrite. Les matériaux autosupportés résultants présentent des propriétés améliorées par rapport à celles que ne pourraient atteindre les monomères symétriques issus de ces phénols bio-sourcés.Finalement, le troisième chapitre concerne l’utilisation d’un pré-polymère époxy issu du cardanol pour l’élaboration de matériaux époxy bio-basés. Cependant, en raison de la chaîne alkyle du cardanol, ce nouveau matériau présente une faible Tg et une forte prise en eau. Afin de renforcer ses propriétés thermo-mécaniques et de diminuer sa prise en eau, une modification chimique a été réalisé à l’échelle macromoléculaire par l’élaboration de réseaux interpénétrés de polymères à base de réseaux polybenzoxazines.Ces différents travaux ont permis de mettre en avant la modification aisée et versatile du cardanol, pouvant ainsi résulter en une large variété de synthons bio-basés et des matériaux qui en découlent. Ces travaux ouvrent la voie vers d’autres structures et architectures moléculaires aux applications nombreuses. / Recently, considerable interest of the chemistry of renewable ressources and their resulting materials has grown with a view to reduce the use of finite petroleum-based resources. The present thesis entitled « Cardanol: a bio-based building block for new sustainable and functional materials » is dealing with the chemical modification of cardanol and its use for various applications. Cardanol is a naturally occurring phenolic compound issued from cashew nutshell liquid. Its chemical structure is interesting because cardanol is bearing a phenolic hydroxyl function and an unsaturated alkyl chain in meta. Numerous chemical reactions can thus be considered for its chemical modification.The first part of this study is dealing with the synthesis and the characterization of three cardanol-based ammonium surfactants differing by their amine functionalities content. Their effectiveness on the exfoliation of silicate clay within an epoxy matrix was investigated with the aim to elaborate composit materials.The second chapter is describing a novel method for the synthesis of bio-based benzoxazine monomers and the elaboration of polybenzoxazine networks issued from cardanol. A new generation of benzoxazine monomers issued from cardanol or from lignin derivatives such as vanillin were recently developed. However, up to now, the majority of the synthetised benzoxazine monomers are mainly mono-functionnal or display too high melting temperatures. The elaboration of valuable self-standing materials is thus strongly impeded. To solve this problem, an innovative synthesis of asymmetric benzoxazine monomers by combination of cardanol and lignin derivatives is described. The resulting self-standing materials display improved properties in comparison to materials issued from symmetric bio-based monomers.Finally, the third chapter realtes to the use of a cardanol-based epoxy pre-polymer for the elaboration of bio-based epoxy materials. Nevertheless, this new material displays low Tg and high water uptake due to the alkyle side chain of cardanol. In order to reinforce the thermo-mechanical properties of the material and to reduce its water uptake, a chemical modification was achieved at the macromolecular scale by the elaboration of interpenetrating polymer networks with polybenzoxazine networks.These various studies allowed to highlight the easy and versatile modification of cardanol, resulting thus in a diversity of bio-based synthons and their resulting materials. This work paves the way to the elaboration of other chemical structures and molecular architectures for various applications.
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Développement d’un traitement de préservation pour la protection du bois en usage extérieur / Development of a preservative treatment for the protection of wood exposed outdoors

Lhumeau, Fanny 27 November 2015 (has links)
Lorsque le bois est utilisé en extérieur avec des expositions répétées ou permanentes aux humidifications, les risques d’altération par des agents de dégradations biologiques au cours du temps sont élevés. Par conséquent, il est indispensable de recourir à des systèmes de protection afin de garantir une durée de vie optimale. Les produits traditionnels utilisés pendant des décennies et reconnus comme étant les plus efficaces font actuellement l’objet de fortes restrictions en raison de leur toxicité, entraînant leur disparition progressive du marché européen. Le projet FUI TIMBIRDE a eu pour objectif de développer des formulations permettant de greffer chimiquement des polymères sur les hydroxyles du bois afin de réduire son hygroscopie et limiter le relargage du traitement dans l’environnement. De plus, ces traitements ont pour but de diminuer la porosité du bois en la remplissant par la matrice polymère. Pour ce faire, les fonctions chimiques capables de réagir avec les hydroxyles du bois ont été identifiées en utilisant la cellulose comme composé modèle. Ensuite, des polymères hydrophobes ont été fonctionnalisés par ces fonctions d’accroche en vue de leur greffage sur les groupements hydroxyles du bois par la technique du « graft to ». Dans le cadre de cette étude, les formulations retenues ont été appliquées en profondeur dans le bois par imprégnation en autoclave sous vide/pression. Les systèmes imprégnés dans le bois sous forme de latex ont ainsi permis de diminuer la reprise en eau des bois traités (jusqu’à 50%) par rapport au témoin non traité. / When wood is used outdoors with repeated or continuous exposures to moisture, degradation by biotic factors is high. Consequently, resorting to systems of protection is essential to ensure an optimal service life. However, some of the traditional wood preservatives, used for decades for wood protection and regarded as the most effective, are currently subjected to severe restrictions in Europe because of their toxicity. The FUI TIMBIRDE project aimed to develop formulations allowing the grafting of non-biocidal polymers on the natural components of wood to limit water uptake and enhance dimensional stability. The grafting of compounds on wood will limit their potential release into the environment and reduce the wood porosity by filling the wood matrix with polymers. In a first step, identification and optimization of grafting functions was performed on cellulose as model compound of wood. Then, hydrophobic polymers were functionalized with these specific functions in order to graft polymers on wood. In this study, wood specimens were treated with selected formulations by vacuum/pressure impregnation in lab autoclave. Thus, a reduction up to 50% of water uptake was observed for wood treated with polymer latex compared to untreated wood.
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Recherche de nouveaux solvants éco-compatibles de substitution dans le cadre de REACH / New eco-friendly solvents for REACH substitution

Sandjong Kuigwa, Lyonnelle 11 October 2013 (has links)
Notre étude est axée sur la recherche de nouveaux solvants éco-compatibles de substitution dans le cadre de la directive européenne REACH. Plus particulièrement, le but du projet est de substituer les solvants toxiques tels que la N-méthylpyrrolidone (NMP), le crésol et le phénol utilisés dans l'industrie des vernis d'émaillage par des solvants de moindre toxicité qui permettent de synthétiser ces vernis dans ces solvants tout en conservant les mêmes propriétés. Pour la synthèse de leur vernis d'émaillage qui est par exemple utilisé pour le revêtement des fils de cuivre, l'entreprise IVA utilise en grande quantité la NMP (CMR-18), le phénol et le crésol (toxique, irritant, corrosif..). Lors du processus de revêtement, les solvants contenus dans le vernis sont brûlés. Pour substituer ces solvants, nous allons dans un premier temps, étudier le mécanisme de polymérisation et ainsi comprendre le rôle des solvants impliqués. Ensuite, nous allons procéder à la caractérisation des polymères constituants les vernis (les polyesterimides et les polyamide-imides) en synthétisant des « authentiques » qui ont été caractérisés -entre autre- par analyse infrarouge. En fin, nous effectuerons un criblage de différents solvants « moins toxiques » afin de réaliser la synthèse des polymères dans ce(s) nouveau(x) solvant(s). Les solvants utilisés seront soit commerciaux, soit synthétisés à partir de la biomasse. Lorsque les vernis d'émaillage non toxiques seront obtenus dans un ou plusieurs nouveaux solvants de moindre toxicité, nous évaluerons leurs propriétés d'application / Our study is focused on the search of new solvents eco-compatible alternative development in the framework of the European directive REACH. More particularly, the aim of the project is to substitute the toxic solvents such as N-methyl pyrrolidone (NMP), the cresol and phenol used in the industry of the varnishes of enamelling by solvents of lesser toxicity which enable you to synthesize these varnishes in these solvents while maintaining the same properties. For the synthesis of their varnish of enameling which for example is used for the coating of the copper wires, company IVA uses in great quantity NMP (CMR-1B), phenol and cresol (toxic, irritant, corrossive….). During the process of coating, the solvents contained in varnish are flaring. To substitute these solvents, we will in a first time, study the mechanism of polymerization and thus understand the role of solvents involved. Then, we will proceed to the characterization of the polymer constituents the varnish (the poly (esterimide) s and the polyamide-imides) by synthesizing "authentic" which were characterized ideally by infrared analysis. Finally, we will conduct a screening of different solvents "less toxic" in order to achieve the synthesis of polymers in this/these new solvent(s). The solvents used will be either commercial, or synthesized from biomass. When the varnish of enameling non toxic will be obtained in one or several new solvents of lesser toxicity, we will assess their application properties
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Propriétés physiques de nanofils de polymères conducteurs préparés par la méthode template

Retho, Patrice 03 October 2003 (has links) (PDF)
Les nanomatériaux organiques peuvent présenter des propriétés physiques originales pour deux raisons : une longueur physique caractéristique comparable à la taille de l'objet, une modification de la structure. Nous avons synthétisé électrochimiquement des nanofils de poly(3,4-éthylènedioxythiophène) par la méthode Template. L'étude des propriétés électriques de ces nanofils jusqu'à 1.5 K montre des comportements variant fortement avec le diamètre. Ainsi le PEDOT, dans le régime critique pour le film, devient de plus en plus isolant quand le diamètre des nanofils diminue. Une étude de diffusion Raman résonant a été réalisée sur film et sur fil isolé. Nous interprétons les changements en terme de structure électronique et moléculaire de nos systèmes. Les résultats de nos études spectroscopiques (Absorption optique, Raman, XPS, RPE) montrent clairement une compétition entre le niveau de dopage, la longueur de conjugaison, la nature des charges et la structure du polymère.
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Simulation numérique de l'indentation et de la rayure des verres organniques

Bucaille, Jean-Luc 09 November 2001 (has links) (PDF)
L'interprétation mécanique des essais d'indentation et de rayure est très complexe. La compréhension est encore plus délicate lorsque les essais sont réalisés d'une part sur des polymères, matériaux dont le comportement est complexe, et d'autre part, à l'échelle du micromètre pour caractériser des couches minces (vernis). La simulation numérique des essais permet de mieux les analyser et d'avoir accès à des informations impossibles par d'autres moyens d'essais (traction, compression,....). Notre étude porte sur des polymères thermoplastiques et thermodurcissables renforcés (vernis) ou non par des nanoparticules. La composante élastique est modifiée par le modèle d'Young, la viscosité par une loi de G'Sell Jonas, avec un écrouissage exponentiel. Les paramètres de cette loi sont déterminés par une méthode d'analyse inverse basée sur les courbes force pénétration obtenues par les essais de nano-indentation avec deux indenteurs et des simulations avec Forge 2®. Les thermodurcissables se différencient des thermoplastiques par des coefficients d'écrouissage élevés. Les simulations avec Forge3® de la rayure sur ces polymères avec deux indenteurs montrent des comportements semblables aux comportements expérimentaux : labourage avec une composante de déformation élastique importante pour les thermodurcissables, conduisant à la formation de dépression au contact de l'indenteur. Nous avons mis en évidence qu'un matériau avec un fort écrouissage a une dureté très élevée et des endommagements très faibles, ce qui est vérifié expérimentalement et explique les performances de résistance à la rayure des vernis.
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Etudes structurales et dynamiques par diffusion de neutrons aux petits angles de polymères cristaux liquides

Brûlet, Annie 12 May 2004 (has links) (PDF)
Nous avons déterminé, par diffusion de neutrons aux petits angles, la conformation et la dynamique de polymères cristaux liquides dans la phase nématique ou isotrope. En phase isotrope les polymères, linéaires ou en peigne adoptent une conformation gaussienne. En phase nématique les polymères linéaires ou greffés en haltère sont confinés dans de très longs cylindres. Pour les linéaires cela implique les repliements en épingle à cheveux prévus par P.G. de Gennes. La conformation des polymères en peigne est faiblement anisotrope. L'étude de la dynamique à l'état fondu de ces polymères non enchevêtrés a révélé l'existence d'amas dus à des interactions temporaires entre les mésogènes. La taille de ces amas est supérieure aux dimensions d'une chaîne mais inférieure à celle de l'échantillon. La relaxation de la conformation est décrite en détail.
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L'émission gazeuse des polymères aliphatiques sous irradiation : effet du pouvoir d'arrêt électronique

Picq, Virginie 04 July 2000 (has links) (PDF)
Cette thèse est un apport à la compréhension des mécanismes d'endommagement des polymères irradiés aux ions lourds. L'étude se consacre ici exclusivement à l'influence du pouvoir d'arrêt électronique, (dE/dx)e, sur l'émission moléculaire induite par l'irradiation. Les polymères étudiés sont principalement le polyéthylène, le polypropylène et le polybutène. Les particules incidentes utilisées vont des électrons, (dE/dx)e"3,5´10-3 MeV.mg-1.cm2, aux ions 58Ni, (dE/dx)e"39 MeV.mg-1.cm2. Deux approches expérimentales différentes ont permis d'identifier la nature des gaz émis : la spectrométrie de masse et la spectroscopie infrarouge. La première technique est couramment employée pour ce genre d'étude ; elle est non sélective et permet donc la détection de H2 et des molécules lourdes. La spectrométrie de masse fournit également des informations quant aux cinétiques de diffusion des molécules produites. L'analyse des gaz émis par spectroscopie infrarouge est une nouvelle méthode développée au laboratoire. A l'aide de cette technique, nous avons identifié sans ambiguïté des molécules ayant jusqu'à trois atomes de carbone. L'analyse des spectres expérimentaux a été réalisée à partir de spectres de référence de gaz purs, réalisés au laboratoire ; nous avons ainsi pu quantifier précisément chaque gaz identifié. Nous avons suivi l'évolution des rendements gazeux avec l'augmentation du (dE/dx)e. A partir de l'ensemble de ces observations, nous avons déterminé, à différents (dE/dx)e, les rôles respectifs des différents mécanismes de formation des molécules gazeuses, comme par exemple le départ du groupe latéral et la fragmentation, à fort (dE/dx)e, de la chaîne principale due à une multi?ionisation de la macromolécule.
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Etude du vieillissement de cellules solaires photovoltaïques plastiques

Chambon, Sylvain 13 December 2006 (has links) (PDF)
Ce travail porte sur la dégradation sous vieillissement photochimique et thermique du MDMO-PPV et du PCBM en présence et en absence d'oxygène. En photo-oxydation, le processus de dégradation du MDMO-PPV provoque la déconjugaison du polymère. Les résultats obtenus nous ont permis de proposer un mécanisme de dégradation dont l'amorçage a été attribué à l'anion superoxyde. En absence d'oxygène, l'éclairement provoque aussi la saturation des doubles liaisons mais avec une vitesse beaucoup plus faible (facteur 1000 environ). Concernant le mélange MDMO-PPV : PCBM, les deux constituants se dégradent simultanément. La présence de PCBM dans la couche active contribue à l'amélioration de la stabilité du polymère principalement grâce à ses propriétés " piège à radicaux". En photo-oxydation la dégradation du polymère est ralentie d'un facteur 15 et en photolyse les modifications de structure chimique restent minimes après 3700 heures de vieillissement artificiel accéléré

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