Diss. (sammanfattning) Stockholm : Karol. inst., 2004. / Härtill 5 uppsatser.

Thesis (Ph.D.) -- University of Texas Southwestern Medical Center at Dallas, 2006. / Not embargoed. Vita. Bibliography: 181-228.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 820068 bytes, checksum: d168e3825b15e5ad2fd3ea75fc70307b (MD5) Previous issue date: 2011-07-04 / Identification of soybean cultivars in Brazil is currently based on 30 morphological descriptors. Microsatellite markers are widely used for determination of genetic diversity, paternity tests, varietal purity and genetic mapping. Some variations of the conventional technique for microsatellite genotyping have been developed in order to match the speed and automation of current techniques with quality and low cost. Among them, there is a multiplex genotyping system in semi-automatic DNA sequencers, using universal tail extended primers (UTEP). This study aimed to standardize a robust system of semi-automatic molecular genotyping based on the UTEP methodology for soybean identification, to evaluate differences between this method and the conventional genotyping system using polyacrylamide gel electrophoresis and to characterize 30 soybean cultivars with a set of selected markers, estimating their allelic frequencies. These descriptors can be used as genotypic tool for cultivar identification and provide subsidies for the protection of intellectual property, determination and testing of varietal purity. Thirty commercial soybean cultivars were evaluated with a group of 22 microsatellite markers described in the literature. Genotyping was performed in a semi-automatic sequencer (UTEP) or by polyacrylamide gel electrophoresis (conventional). Among the loci analyzed, 13 were selected because they presented good amplification profiles, with few stutter products, and a large number of alleles. The allelic profile of each cultivar was first defined by the genotyping conventional system, and then by the semi- automated sequencer. For the UTEP genotyping methodology, the total number of alleles found was 50, ranging from 2 (Satt045) to 7 (Satt005). The polymorphic information content (PIC) ranged from 0.40 (Satt045) to 0.74 (Satt005) with an average of 0.62. For the conventional method the number of alleles found was 38 with a range of 2 (Satt045, Satt070 and AF162283) to 5 (Satt005) alleles. The PIC had a range 0.39 (Satt045) to 0.67 (Satt079), with an average of 0.56. The values of probability for random identity differed between the methods being <10-5 (UTEP) and <10-4 (conventional). Despite slight differences, there was a high correlation between genetic dissimilarity matrices obtained by the two methods (0.8026), and the groups formed also showed high similarity among them and they were coherent with the phenotypic data used for varietal registration and with the genealogies of the cultivars. In addition to the high sensitivity for detection of alleles of very close sizes, the UTEP method allowed a more accurate identification of amplification artifacts. The marker selected for both methods allowed the distinction of all cultivars analyzed. The UTEP method has a low cost when compared to common techniques of fluorescence tagging, in addition, its high accuracy makes this an advantageous method for cultivar characterization and determination of genetic purity. The set of markers tested in this work can be used as a set of genotype descriptors complementary to the phenotypic descriptors already used for cultivar protection in distinctness tests. / O desenvolvimento de sistemas de identificação molecular para determinar e rastrear a identidade genética de um cultivar representa um grande desafio ao sistema de proteção utilizado no país, até então fundamentado em descritores fenotípicos. A identificação de cultivares de soja é feita atualmente no Brasil com base em 30 descritores morfológicos. Marcadores moleculares do tipo microssatélite são largamente utilizados para fins de determinação da diversidade genética, paternidade, análises de pureza varietal e mapeamento genético. Algumas variações da técnica de genotipagem convencional por microssatélite vêm sendo desenvolvidas com o objetivo de adequar a velocidade e automatização de técnicas atuais, com qualidade de análise e baixo custo. Dentre elas, destaca-se um sistema multiplex de genotipagem em sequenciador semi-automático de DNA, que utiliza primers com cauda estendida universal (PCEU). O presente trabalho teve como objetivos padronizar um sistema reprodutível de genotipagem molecular semi-automatizado baseado na metodologia PCEU para a cultura da soja, avaliar diferenças em relação ao sistema de genotipagem convencional, em gel de poliacrilamida e caracterizar com o conjunto de marcadores selecionados, 30 cultivares de soja estimando suas frequências alélicas. Estes descritores genotípicos poderão ser utilizados como ferramenta para a identificação de cultivares e fornecer subsídios para a proteção da propriedade intelectual, determinação e comprovação de pureza varietal. Foram utilizados 30 cultivares comerciais de soja avaliados com um grupo de 22 marcadores microssatélites já descritos na literatura. A genotipagem foi realizada em sequenciador semi- automático (PCEU) e em gel de poliacrilamida (convencional). Dentre os locos analisados, 13 foram selecionados por apresentarem melhor perfil de amplificação, menos produtos stutter, e maior número de alelos. O perfil alélico de cada cultivar foi definido primeiramente em sistema tradicional de genotipagem por eletroforese em gel de poliacrilamida, e depois no sequenciador semi-automatizado. Para a metodologia de genotipagem PCEU, o número total de alelos encontrados foi de 50, variando de 2 (Satt045) a 7 (Satt005). O conteúdo de informação polimórfica (PIC) variou de 0,40 (Satt045) a 0,74 (Satt005) com média de 0,62. Para a metodologia convencional o número de alelos encontrados foi de 38 com uma variação de 2 (Satt045, Satt070 e AF162283) a 5 (Satt005) alelos. O PIC apresentou uma faixa 0,39 (Satt045) a 0,67 (Satt079), com média de 0,56. Os valores de probabilidade de identidade ao acaso diferiram entre os métodos, sendo <10-5 (PCEU) e <10-4 (Convencional). Apesar de diferenças pontuais, observou-se alta correlação entre as matrizes de dissimilaridade genética entre os métodos (0,8026), e os grupos formados apresentaram também alta similaridade e foram concordantes com dados fenotípicos de registro varietal e de genealogia. Além da alta sensibilidade na detecção de alelos de tamanhos muito próximos, o método PCEU permitiu uma identificação mais criteriosa dos artefatos de amplificação. Os grupos de marcadores selecionados em ambas as metodologias permitiram distinguir todas as cultivares analisadas. O método PCEU possui baixo custo quando comparado a técnicas comuns de marcação por fluorescência, além disso, sua alta precisão faz deste um método vantajoso para a caracterização de cultivares e determinação da pureza genética. O grupo de marcadores analisados pode ser usado como um conjunto de descritores genotípicos complementar aos descritores fenotípicos obrigatórios utilizados para fim de proteção de cultivares em testes de distinguibilidade.

FundaÃÃo de Amparo à Pesquisa do Estado do Cearà / A caracterizaÃÃo do fenÃtipo acetilador e oxidativo das atividades das enzimas metabolizadoras à de fundamental relevÃncia para avaliaÃÃo da resposta farmacolÃgica aos vÃrios agentes terapÃuticos. Os estudos de fenotipagem e genotipagem tÃm como finalidade detectar e mensurar polimorfismos nestas enzimas. O estudo teve como objetivo determinar o perfil fenotÃpico da atividade metabolizadora das enzimas CYP1A2, CYP2A6, XO e NAT2 em uma amostra de oitenta voluntÃrios saudÃveis da populaÃÃo do estado do CearÃ, utilizando a cafeÃna como fÃrmaco âprobeâ. Os voluntÃrios foram avaliados atravÃs de consulta mÃdica para confirmaÃÃo do estado de higidez; as funÃÃes metabÃlicas, hepÃtica e renal foram avaliadas atravÃs de exames laboratoriais hematolÃgicos e bioquÃmicos. O protocolo clÃnico consistiu de um internamento onde os voluntÃrios receberam um comprimido de 200mg de cafeÃna e coletas de sangue e urina. As amostras de sangue seguiram os seguintes intervalos a partir da administraÃÃo: 0; 0:05; 0:15; 0:25; 0:35; 0:45; 1:00; 1:15; 1:30; 2; 4; 6; 8; 12 e 24 horas. A urina foi colhida em seu volume total durante as 10 horas apÃs a administraÃÃo, o volume urinÃrio total foi quantificado e uma alÃquota foi armazenada para determinaÃÃo dos metabÃlitos. O protocolo analÃtico consistiu de dosagem por HPLC das concentraÃÃes plasmÃticas de cafeÃna e das concentraÃÃes urinÃrias dos cinco principais metabÃlitos da cafeÃna: 1U â Ãcido 1-metilÃrico; 17U â Ãcido 1,7-dimetilÃrico; 1X â metilxantina; 17X â 1,7-dimetilxantina e AFMU â 5-acetilamino-6-formilamino-3-metiluracil. A partir das concentraÃÃes molares urinÃrias dos metabÃlitos foram determinadas as atividades das enzimas: CYP1A2 = (AFMU + 1X + 1U)/ 17U; CYP2A6 = 17U / (AFMU + 1X + 1U + 17X + 17U); NAT2 = AFMU/ (AFMU + 1X + 1U) e XO = 1U/ (1X + 1U). Os valores das atividades enzimÃticas foram submetidos a anÃlise por estatÃstica descritiva (histograma) nÃo apresentando distribuiÃÃo normal. Foram identificados pelo menos trÃs fenÃtipos metabolizadores para as enzimas CYP1A2, NAT2 e XO. Com base na atividade de cada enzima os voluntÃrios foram divididos em dez grupos organizados categoricamente. Os voluntÃrios dos grupos de maior e menor atividade enzimÃtica foram escolhidos para determinaÃÃo dos parÃmetros farmacocinÃticos (ASC; t1/2; ke; Vd/Kg; CL). A comparaÃÃo destes parÃmetros (teste âtâ de Student) entre os dois grupos apresentou diferenÃas significantes (p<0,05). Nossos resultados sugerem a existÃncia de polimorfismo nas enzimas estudadas de acordo com a heterogeneidade das atividades enzimÃticas na amostra da populaÃÃo de voluntÃrios saudÃveis do estado do CearÃ. / Characterization of acetylator and oxidative metabolizers phenotypes is of clinical relevance, as it has been shown that the pharmacological response of several therapeutic agents. The studies of phenotypage and genotipage have as purpose to detect and to mensurar polimorfismos in these enzymes. In this study, we assessed in vivo activities of CYP1A2, CYP2A6, Xantine Oxidase (XO) and NAT2 in sample of 82 volunteers (40 men and 42 women) from Cearà â Brazil using caffeine as probe. The volunteers were free from significant cardiac, hepatic, renal, pulmonary, gastrointestinal and hematological disease, as assessed by physical investigation, ECG and hematological and biochemical tests. The study was open, the volunteers were hospitalized, having already had a normal evening meal, and after an overnight fast they received a single 200 mg dose of caffeine tablet. Blood samples were collected in regular interview ( 0; 5min; 15min; 25min; 35min; 45min; 1h; 1,25h; 1,5h; 2h; 4h; 6h; 8h; 12h and 24 hour) after the administration of caffeine. Urine was harvested in its total volume during the 10 hours after the administration of caffeine, the total urinÃrio volume was quantified and an aliquot one was stored for determination of the metabÃlitos. The caffeine was determined in human plasma and the metabolites were determined in human urinary by HPLC using teobromina as an internal standard. The metabolites assessed were: 1U â 1-methyluric acid; 17U â 1, 7-dimethyluric acid; 1X â 1-methylxantine; 17X â 1, 7-1-dimethylxantine e AFMU â 5-acetylamino-6-formylamino-3methyluracil. The following molar ratios were calculated as an index for CYP1A2 activity [(AFMU + 1X + 1U)/ 17U]; CYP2A6 activity [17U / (AFMU + 1X + 1U + 17X + 17U)]; NAT2 activity [AFMU/ (AFMU + 1X + 1U)] and Xanthine Oxidase activity [1U/ (1X + 1U)]. The enzymatic activities were plotted in histogram. The frequency distributions of the CYP1A2, CYP2A6, XO and NAT2 were not normally distributed, showing three phenotypes. Afterwards the volunteers were classified by enzymatic activities in ten groups, and the lowest and highest metabolizers groups were chosen to determine the following pharmacokinetic parameters: AUC0-24, t1/2, ke, CL and Vd/Kg. The comparison of these parameters (test âtâ de Student) between these two groups it showed significant differences (p<0.05). Our findings may suggest that the heterogeneous population assessed (health volunteers from Cearà - Brazil) has shown polymorphism in the enzymatic activities of the CYP1A2, NAT2, XO and CYP2A6

Objetivos: Analisar a relevância dos polimorfismos da APOE, -491 e -219 e do LRP na ocorrência de doença de Alzheimer (DA) em indivíduos brasileiros. Metodologia: Realizou-se o estudo em 120 pacientes com DA provável e em 120 controles. Resultados: Houve diferença quanto à freqüência do alelo e4 da APOE, (31% dos pacientes e 10% dos controles). A presença do alelo e2 conferiu efeito protetor. Os polimorfismos das posições -219 e -491 da APOE e do gene LRP não mostraram correlação com DA. Conclusões: O alelo e4 do gene APOE mostrou-se associado a maior risco de DA e o alelo e2 conferiu efeito protetor. Não foi encontrada correlação entre DA e os outros polimorfismos / OBJETIVE: To investigate the role of polymorphisms APOE,-491 and -219 and LRP patients with Alzheimer's disease (AD) and controls in Brazilian individuals.METHODS: One hundred twenty patients and 120 controls were selected for the assessment. RESULTS: The frequency of the e4 allele was 0.31 in patients and 0.10 in controls. The presence of allele e2 was protective factor. No significant difference emerged for the polymorphisms of the localization -219 and -491 of APOE and of the LRP gene. CONCLUSION: These results confirm the relevance of the e4 allele like genetic risk factor and the protective role of the e2 allele in AD. We did not notice any difference in patients and controls for polymorphisms of the LRP and APOE promoter region polymorphism in this study

The HLA complex is the most polymorphic genetic system known in man. The frequency of the HLA class II antigens have been well studied in Caucasoids but little data is available concerning HLA antigen frequencies in Negroes. In this thesis the class II antigens, excluding HLA-DP, were studied in South African (SA) Negroes (Xhosa), Cape Coloureds ( a group of mixed racial origin) and SA Caucasoids using serological, cellular ( HTC typing) and Southern blot techniques. The results obtained for the SA Negroes were compared with those previously found in Nigerians and American Negroes. Marked differences in HLA distribution occurred between these groups, which in part may be explained by Khoisan admixture in the SA Negroes. In addition, striking frequency differences were observed between the three SA populations. For example, in the Xhosa the HLA-DR1, DR4, DR7, DRw8, DQw2, DQw3, Dw1 and Dw3 specificities were found at a significantly lower frequency, whereas HLA-DR3, DRw6 and Dw' RSH' were found at a significantly higher frequency compared with the SA Caucasoids. The frequency in the Cape Coloureds was intermediate between those of the Xhosa and Caucasoids. In the SA Negroes and Cape Coloureds, several new specificities were detected such as HLA-DRw18, DR2 LUM(CT), DRwl2x6, DRw8x14, Dw' RSH', Dw' JOH' and Dw' BME'. The HLA-DR and DQ haplotypes in significant linkage disequilibrium were similar in the three groups. However, several haplotypes with unusual DR and DQ combinations such as HLA-DRw17,DQw7; DR9, DQw2 and DR4, DQw5 were present in the SA Negroes and Cape Coloured families. Al though some of these unusual haplotypes could be explained in terms of recombination between the common haplotypes, none could be typed using a panel of well defined homozygous typing cells, suggesting that the response observed in mixed lymphocyte culture arises from separate molecular determinants. The data on HLA class II antigen frequencies presented in this thesis is essential for future studies on HLA and disease associations and for establishing population relationships. Knowledge of new HLA class II antigens in the various population groups is also important in renal transplantation as matching for HLA-DR antigens is known to improve graft survival.

A hepatite auto-imune (HAI) é uma doença inflamatória crônica do fígado, de etiologia desconhecida, que acomete preferencialmente mulheres, com destruição progressiva do parênquima hepático e que, sem tratamento imunossupressor, evolui freqüentemente para cirrose. É uma doença rara na infância, com menos de 10% dos pacientes com doença hepática crônica, porém de alta mortalidade. Caracteriza-se pela presença de hipergamaglobulinemia, auto-anticorpos não órgãos-específicos e infiltrado inflamatório portal linfoplasmocitário. Cerca da metade dos pacientes atendidos no Instituto da Criança, apresenta também níveis elevados de IgE, sem causas aparentes como parasitoses ou atopia. A suscetibilidade genética à doença está principalmente associada a genes que codificam as moléculas de histocompatibilidade (HLA). A presença do HLA-DR é importante, mas não suficiente para o desenvolvimento dessa doença rara, fazendo inclusive supor um forte componente externo/ambiental no desencadeamento da doença. Genes recém descritos, localizados na região de classe III do Complexo Principal de Histocompatibilidade (CPH) e ligados ao controle da resposta imune, em especial, alguns próximos à junção com a região de classe I, têm sido investigados como \"loci\" secundários para o desenvolvimento de doenças auto-imunes. A forte associação da HAI com genes na região do MHC, bastante comuns na população, aliada a incidência muito baixa da doença, leva à questão da presença de genes adicionais de suscetibilidade, que, junto com o HLA-DR, seriam responsáveis pela suscetibilidade genética observada. Dessa forma, o HLADRB1* 13, além de um fator por si, também pode ser um marcador da região cromossômica, ou seja, de um haplótipo específico e que, portanto, carrega mais de um gene de suscetibilidade. Estudamos polimorfismos, tipo SNP, de xx genes próximos ao HLA-DRB1, como TNFA, LTA, NFKBIL1 e BAT1, buscando haplótipos de susceptibilidade à doença, em pacientes HAI-1 (n=105) e controles sadios (n=227). O haplótipo ancestral 8.1 que inclui HLA-DRB1*03 e o alelo raro na posição -308 do gene TNFA estava aumentado (p=0.0005). Já o alelo HLA-DRB1*13, presente na maioria dos pacientes, não mostrou haplótipo específico associado. Também avaliamos genes de citocinas envolvidas na produção de IgE, elevado em parte dos pacientes HAI-1. Na comparação com controles, a freqüência dos SNPs IL- 4+33 e IL13+110, localizados em genes vizinhos, apresentou aumento estatisticamente significante nos pacientes, sugerindo haver um grupo gênico adicional no cromossomo 5q31 envolvido na susceptibilidade à HAI / Autoimmune hepatitis (AIH) is an inflammatory chronic liver disease of unknown etiology found predominantly in females, leading when untreated, to cirrhosis. It is a rare disease in the childhood, corresponding to about 10% of patients with chronic hepatitis, but exhibits high mortality. It is characterized by hipergammaglobulinemia, organ nonspecific circulating autoantibodies, and an inflammatory liver-infiltrating lymphocytes and plasma cells. Almost half of patients investigated at Instituto da Criança had increased plasma IgE levels, without any apparent cause such as parasite infestation or atopy. Genetic predisposition to AIH has been mainly linked to genes coding for HLA class II molecules. HLA-DR is important but not sufficient to explain this rare disease, suggesting there is an external/environmental component triggering the disease. Recently, several genes in the class III region of MHC, linked to immune responses, especially near the junction with the MHC class I region have been investigated as secondary loci for autoimmune disease susceptibility. The strong association of AIH with genes in the MHC region, common in the population, but a disease with the very low incidence, suggests additional genes linked with HLA-DR could add to the disease susceptibility. So, HLA-DR*13 besides being a factor by itself, could also be a chromosomal region marker, taking part of a specific haplotype carrying more than one susceptibility gene. We studied single nucleotide polymorphisms (SNP) in genes near HLA-DRB1, like TNFA, LTA, NFKBIL1 and BAT1 searching for disease susceptibility haplotypes, in HAI-1 patients (n=105) compared to healthy controls (n=227). The ancestral haplotype 8.1, which includes HLA-DRB1*03 and the rare TNFA allele at position -308 was increased (p=0.0005). However, HLA-DRB1*13, though present in the majority of the patients, did not show any specific haplotype associated to it. xxii We also analyzed cytokine genes involved in IgE production, which is increased in a part of the AIH type 1 patients. In comparison with controls, the frequency of the SNPs IL-4+33 and IL13+110 was significantly increased, suggesting the existence of an additional gene cluster in chromosome 5q31 involved in the susceptibility to AIH

A hepatite auto-imune (HAI) é uma doença inflamatória crônica do fígado, de etiologia desconhecida, que acomete preferencialmente mulheres, com destruição progressiva do parênquima hepático e que, sem tratamento imunossupressor, evolui freqüentemente para cirrose. É uma doença rara na infância, com menos de 10% dos pacientes com doença hepática crônica, porém de alta mortalidade. Caracteriza-se pela presença de hipergamaglobulinemia, auto-anticorpos não órgãos-específicos e infiltrado inflamatório portal linfoplasmocitário. Cerca da metade dos pacientes atendidos no Instituto da Criança, apresenta também níveis elevados de IgE, sem causas aparentes como parasitoses ou atopia. A suscetibilidade genética à doença está principalmente associada a genes que codificam as moléculas de histocompatibilidade (HLA). A presença do HLA-DR é importante, mas não suficiente para o desenvolvimento dessa doença rara, fazendo inclusive supor um forte componente externo/ambiental no desencadeamento da doença. Genes recém descritos, localizados na região de classe III do Complexo Principal de Histocompatibilidade (CPH) e ligados ao controle da resposta imune, em especial, alguns próximos à junção com a região de classe I, têm sido investigados como \"loci\" secundários para o desenvolvimento de doenças auto-imunes. A forte associação da HAI com genes na região do MHC, bastante comuns na população, aliada a incidência muito baixa da doença, leva à questão da presença de genes adicionais de suscetibilidade, que, junto com o HLA-DR, seriam responsáveis pela suscetibilidade genética observada. Dessa forma, o HLADRB1* 13, além de um fator por si, também pode ser um marcador da região cromossômica, ou seja, de um haplótipo específico e que, portanto, carrega mais de um gene de suscetibilidade. Estudamos polimorfismos, tipo SNP, de xx genes próximos ao HLA-DRB1, como TNFA, LTA, NFKBIL1 e BAT1, buscando haplótipos de susceptibilidade à doença, em pacientes HAI-1 (n=105) e controles sadios (n=227). O haplótipo ancestral 8.1 que inclui HLA-DRB1*03 e o alelo raro na posição -308 do gene TNFA estava aumentado (p=0.0005). Já o alelo HLA-DRB1*13, presente na maioria dos pacientes, não mostrou haplótipo específico associado. Também avaliamos genes de citocinas envolvidas na produção de IgE, elevado em parte dos pacientes HAI-1. Na comparação com controles, a freqüência dos SNPs IL- 4+33 e IL13+110, localizados em genes vizinhos, apresentou aumento estatisticamente significante nos pacientes, sugerindo haver um grupo gênico adicional no cromossomo 5q31 envolvido na susceptibilidade à HAI / Autoimmune hepatitis (AIH) is an inflammatory chronic liver disease of unknown etiology found predominantly in females, leading when untreated, to cirrhosis. It is a rare disease in the childhood, corresponding to about 10% of patients with chronic hepatitis, but exhibits high mortality. It is characterized by hipergammaglobulinemia, organ nonspecific circulating autoantibodies, and an inflammatory liver-infiltrating lymphocytes and plasma cells. Almost half of patients investigated at Instituto da Criança had increased plasma IgE levels, without any apparent cause such as parasite infestation or atopy. Genetic predisposition to AIH has been mainly linked to genes coding for HLA class II molecules. HLA-DR is important but not sufficient to explain this rare disease, suggesting there is an external/environmental component triggering the disease. Recently, several genes in the class III region of MHC, linked to immune responses, especially near the junction with the MHC class I region have been investigated as secondary loci for autoimmune disease susceptibility. The strong association of AIH with genes in the MHC region, common in the population, but a disease with the very low incidence, suggests additional genes linked with HLA-DR could add to the disease susceptibility. So, HLA-DR*13 besides being a factor by itself, could also be a chromosomal region marker, taking part of a specific haplotype carrying more than one susceptibility gene. We studied single nucleotide polymorphisms (SNP) in genes near HLA-DRB1, like TNFA, LTA, NFKBIL1 and BAT1 searching for disease susceptibility haplotypes, in HAI-1 patients (n=105) compared to healthy controls (n=227). The ancestral haplotype 8.1, which includes HLA-DRB1*03 and the rare TNFA allele at position -308 was increased (p=0.0005). However, HLA-DRB1*13, though present in the majority of the patients, did not show any specific haplotype associated to it. xxii We also analyzed cytokine genes involved in IgE production, which is increased in a part of the AIH type 1 patients. In comparison with controls, the frequency of the SNPs IL-4+33 and IL13+110 was significantly increased, suggesting the existence of an additional gene cluster in chromosome 5q31 involved in the susceptibility to AIH

Diss. (sammanfattning) Stockholm : Karol. inst., 2003. / Härtill 5 uppsatser.

Citocinas são moléculas que controlam e modulam a atividade de numerosas células por se ligarem a seus receptores específicos. As diferenças observadas na produção de citocinas entre indivíduos podem ser, pelo menos em parte, explicadas pelos polimorfismos genéticos como o polimorfismo de um único nucleotídeo (SNP). Em 181 indivíduos saudáveis não-aparentados da cidade do Rio de Janeiro (região Sudeste - Brasil), nós analisamos os polimorfismos de citocinas em genes que codificam para Fator de Necrose Tumoral-alfa (TNF-a), Fator de Crescimento Transformante-beta (TGF-b), Interleucina-10, Interleucina-6 e Interferon-gama (IFN-g). Reação em cadeia da polimerase utilizando-se iniciadores sequencia-específicos foi realizada com auxílio do kit comercial CytGen (One Lambda Inc. Canoga Park, CA, USA). Ao todo, 8 polimorfismos foram analisados: TNF-a (-308G/A); TGF-b (códon 10C/T, códon 25C/G); IL-10 (-1082A/G, -819T/C, -592A/C); IL-6 (-174C/G) e IFN-g (+874T/A). Os dados observados foram comparados a três grupos de população de diferentes regiões do Brasil (São Paulo, Paraná e Bahia) e a três populações de outros continentes (Itália, Eslováquia e Negros Norte-Americanos). O teste qui-quadrado foi utilizado para as comparações. Nossa análise da população do Rio de Janeiro mostrou que os as freqüências alélicas em IL-10, IL-6 e IFN-g são desigualmente distribuídos entre Brancos, Mulatos e Negros (p<0,05). A comparação com populações de outras regiões do Brasil revelou que Rio de Janeiro e Bahia possuem freqüências alélicas e genotípicas de TGF-b (códon 25) estatisticamente diferentes (p=0,004 e p=0,002, respectivamente). Ainda, a freqüência alélica na população do Rio de Janeiro é significativamente diferente quando comparada à população da Itália [IL-6 (-174), p=0,0092; e IFN-g (+874) p=0,0418)]; Eslováquia [IL-10(-1082), p=0,006; IL-6(-174), p=0,0002; e IFN-g(+874), p=0,0335]; e Afro-Americanos [IL-10(-819), p=0,0446; IL-6(-174), p<0,0001; e IFN-g(+874), p<0,0001]. Adicionalmente, observamos que a diferença na distribuição dos haplótipos em IL-10 (-1082/-819/-592) na população do Rio de Janeiro em comparação com a da Itália (p=0,0293) e Afro-Americanos (p=0,0025) é significativa. Portanto, concluímos que os polimorfismos em IL-10, IL-6 e IFN-g estão distribuídos de acordo com a etnia na população do Rio de Janeiro. A população do Rio de Janeiro possui freqüências de polimorfismos diferentes das populações de Bahia, Itália, Eslováquia e Afro-Americanos, mas semelhantes à população de São Paulo/Paraná. Nossas observações poderão ser úteis para futuros estudos e associação entre polimorfismos genéticos de citocinas e doenças na população do Rio de Janeiro. / Cytokines are molecules that control and modulate the activities of numerous target cells via binding to specific receptors. The observed differences in the cytokine production among individuals can be, at least, explained by genetic polymorphisms like single nucleotide polymorphism (SNP). In 181 unrelated healthy Brazilian individuals from Rio de Janeiro City, we investigated the polymorphisms of cytokine genes encoding Tumor Necrosis Factor-alpha (TNFA), Transforming Growth Factorbeta (TGFB), Interleukin (IL)-10, IL-6, and Interferon-gamma (IFNG). Polymerase chain reaction using sequence-specific primers genotyping was performed for these gene cytokines using the avaiable comercial kit CytGen (One Lambda Inc., CA, USA). Eight polymorphisms were tested: TNF-a (-308G/A); TGF-b (códon 10C/T, códon 25C/G); IL-10 (-1082A/G, -819T/C, -592A/C); IL-6 (-174G/C) and IFN-g (+874T/A). Chi-square test was used for comparisons. Observed data were compared to three other populations from different regions of Brazil (São Paulo, Paraná and Bahia) and three populations of other countries (Italy, Slovakia and North American Blacks). Our analysis from Rio de Janeiro population showed that the alleles frequencies in IL-10, IL-6 and IFN-g are unevenly distributed among Whites, Blacks and Mulatos (p<0.05). The comparison with populations from other regions of Brazil showed that Rio de Janeiro and Bahia have genotypic and allelic frequencies of TGF-b (códon 25) statistically different (p=0,004 and p=0,002, respectively). Also, the allelic frequency in the population of Rio de Janeiro is significantly different when compared to the population of Italy [IL-6 (-174), p=0.0092, and IFN-g (+874), p=0.0418] ; Slovak [IL-10 (-1082), p=0006; IL-6 (-174), p=0.0002, and IFN-g (+874), p=0.0335] and Afro-Americans [IL-10 (-819), p=0.0446, IL-6 (-174), p<0.0001, and IFN-g (+874), p<0.0001]. Additionally, we observed that the distribution of haplotypes in IL-10 (-1082/-819/-592) in the population of Rio de Janeiro in comparison with that of Italy (p = 0.0293) and Afro-Americans (p =0,0025) is statistically different. Therefore, we conclude that the polymorphisms in IL-10, IL-6 and IFN-g are distributed according to ethnicity in the population of Rio de Janeiro. The population of Rio de Janeiro have different frequencies of polymorphisms of the population of Bahia, Italy, Slovak and Afro-American, but similar to the population of São Paulo/Paraná. Our observations may be useful for future studies in association between genetic polymorphisms of cytokines and disease in the Rio de Janeiro population.