Orientador: Fernando Fernandes Mendonça / Coorientador: Fausto Foresti / Banca: Diego Teruo Hasimoto / Banca: Santiago Montealegre Quijano / Banca: Jefferson Monteiro Henriques / Banca: Bruno Leite Mourato / Resumo: A crescente exploração pesqueira de diversas espécies de tubarões nas últimas décadas tem se tornado um assunto de preocupação internacional. Tal situação tem determinado a realização de levantamentos sobre o estado atual das populações, tornando urgente a disponibilização de informações que auxiliem no estabelecimento de planos de conservação. Dentre as espécies mais exploradas, o tubarão martelo Sphyrna zygaena está classificado mundialmente como Vulnerável, já tendo sido incluída na lista de restrições de comércio internacional da Comissão Internacional para o Comércio de Espécies Ameaçadas. Assim, dada a urgente necessidade da formulação de programas de controle sustentável da pesca, este estudo busca caracterizar a estrutura genética populacional da espécie S. zygaena no Oceano Atlântico utilizando marcadores moleculares do DNA mitocondrial. Neste trabalho apresentam-se os resultados sobre a estrutura genética populacional do tubarão-martelo, Sphyrna zygaena, utilizando sequências da região controladora do DNA mitocondrial de espécimes capturados em diversas regiões do Oceano Atlântico (191) e em pontos dos oceanos Índico (21) e Pacífico (39). A análise realizada em 733 nucleotídeos de 251 indivíduos resultou na identificação de nove haplótipos pela combinação de sete sítios polimórficos. Os índices de variabilidade genética da espécie, considerando a totalidade das amostras, foi de 0,00177 para diversidade nucleotídica e 0,519 para diversidade haplotípica. Na estimativa de diferenciação genética pelo método de Análise de Variância Molecular observa-se que há forte estruturação populacional (FST = 0.78149) e baixo fluxo gênico da espécie entre o Oceano Atlântico e a região do Indo-Pacífico, caracterizando estoques genéticos distintos. Entre os grupos amostrais do Atlântico, onde o maior número de amostras possibilitou análises em fina escala, não foram... / Abstract: Not available / Doutor

Orientador: Adriana C. Morales Corrêa e Castro / Banca: Lilian Castiglioni / Banca: Danísio Prado Munari / Resumo: O tamanduá bandeira (Myrmecophaga tridactyla) é uma espécie pertencente a Magma Ordem Xenarthra, a qual possui ampla distribuição ao longo da região Neotropical. Esta espécie é encontrada em todos os biomas brasileiros, no entanto, ela está classificada como vulnerável pela IUCN a nível mundial, nacional e estadual, no estado de São Paulo. Esta classificação é relacionada diretamente com a forte pressão antrópica que acomete o animal e seu habitat, como é o caso do cerrado. Este trabalho teve por objetivo verificar a diversidade genética, utilizando o marcador mitocondrial CytB, de uma amostra da população de tamanduá- bandeira pertencente a região do estado de São Paulo. As amostras de material biológico utilizadas no estudo provém de campanhas de capturas (n = 8) realizadas na Estação Ecológica de Santa Bárbara (EESB), e de parcerias estabelecidas com o Hospital Veterinário "Governador Laudo Natel", FCAV- UNESP, Câmpus de Jaboticabal (n = 11), o Hospital Veterinário 'Dr. Halim Atique', Centro Universitário de Rio Preto, UNIRP, São José do Rio Preto, SP (n = 12), e o Laboratório de Ecologia de Mamíferos (LEMA), FCAV- UNESP, Câmpus de Jaboticabal, SP (n = 1). Após os processos de extração, amplificação e sequenciamento do DNA foram inferidas análises estatísticas pertinente a genética populacional. Dentre as 34 amostras analisadas foram encontradas apenas três haplótipos, dos quais um é exclusivo da EESB. A distância genética encontrada entre as amostras foi praticamente nula, variando entre 0,000 e 0,002, enquanto, o gráfico de distribuição par-a-par apresentou uma curva do tipo unimodal, indicando que a população possivelmente vem de um evento de expansão recente. Os índices de diversidade genética foram muito baixos indicando que os indivíduos analisados são praticamente idênticos pela perspectiva da genética de... / Abstract: The giant anteater (Myrmecophaga tridactyla) is a specie that composes the Magma Order Xenarthra, which has a wide distribution along Neotropics. This specie is found in all Brazilian biomes, however, it is listed by the IUCN as vulnerable on global, national and state level (São Paulo). This classification is directly related to the strong anthropic pressure that affects the animal and its habitat, such as cerrado. This study aimed to verify the genetic diversity, using the mitochondrial marker CytB, of a population's sample of giant anteater from some regions of São Paulo. The biological material used in the study came from captures campaigns (n = 8) in Santa Bárbara Ecological Station, SP, (EESB), and from Veterinary Hospital "Governador Laudo Natel" FCAV- UNESP, Jaboticabal (n = 11), from Veterinary Hospital 'Dr. Halim Atique 'Rio Preto University Center, UNIRP, São José do Rio Preto, SP (n = 12), and from Mammalian Ecology Laboratory (LEMA), FCAV- UNESP, Jaboticabal, SP (n = 1). After extraction process, amplification and DNA sequencing were inferred relevant statistical analyzes population genetics. Among the 34 samples analyzed, were found only three haplotypes, one of which is exclusive to EESB. The genetic distance found among the samples was practically nil, ranging from 0.000 to 0.002, while the pairwise distribution showed a unimodal curve, indicating that the population possibly comes from a recent expansion event. The genetic diversity indices were very low, which indicates that the individuals analyzed are practically identical from the perspective of population genetics, and AMOVA test showed that there is not structure in this population. It was observed that the low genetic diversity associated with the biology of the animal, together with anthropogenic habitat degradation, make this specie stays in list of endangered animals. However, EESB serves as ... / Mestre

Orientador: Claudio de Oliveira / Banca: Alexandre Wagner da Silva Hilsdorf / Banca: Fernanda Simões de Almeida / Resumo: O Rio São Francisco forma uma das maiores bacias hidrográficas sulamericanas e vem sofrendo grandes impactos causados por ações antrópicas. A bacia conta com uma rica fauna de peixes, muitos de elevada importância para a pesca comercial e de subsistência. O estado de Minas Gerais apresenta uma importante indústria pesqueira e a região de Três Marias representa a zona mais produtiva na bacia do São Francisco. Nesta região, duas espécies de peixes são encontradas abundantemente: Prochilodus argenteus (curimatã-pacu), responsável por até 50% do pescado, sendo a espécie de maior porte da família Prochilodontidae com alguns indivíduos alcançando 15 kg, e Prochilodus costatus (curimatã-pioa) que possui um importante papel ecológico e para a pesca de subsistência. Estudos prévios sugerem a existência de diferentes populações de P. argenteus na região de Três Marias e de apenas uma população de P. costatus na mesma área. No entanto, os níveis de estruturação e os padrões de migração das espécies não foram testados utilizando indivíduos pertencentes aos tributários de todo o médio São Francisco. No presente estudo, duas hipóteses foram testadas: (i) os peixes que nascem nas lagoas marginais dos tributários vivem, preferencialmente nesses próprios tributários, não migrando para o leito do São Francisco; (ii) os peixes que nascem nas lagoas dos tributários migram preferencialmente para o leito do São Francisco no período de alimentação, retornando aleatoriamente ou não para os tributários durante o período de reprodução. Nove amostragens de P. argenteus com um total de 273 espécimes e cinco de P. costatus com 156 espécimes foram coletadas em todo o médio São Francisco em dois períodos, chuvoso e seco. Utilizamos seis loci microssatélites altamente polimórficos e os resultados indicaram... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The São Francisco is one of the largest South America river basin and has suffered large impacts caused by human actions. The basin has a rich fish fauna, many of great importance for commercial fishing and for subsistence. The Minas Gerais State has a strong fishery activity and the Três Marias region is the most productive fishing region in the São Francisco basin. In this region, two fish species are abundantly found: Prochilodus argenteus (curimatã-pacu), representing almost 50% of the total catch, being the largest member of the Prochilodontidae family sometimes reaching a body weight of 15 kg and P. costatus (curimatã-pioa) that has an important ecological role and for subsistence fishing. Previous studies suggest the existence of distinct populations of P. argenteus and only one population of P. costatus in the Três Marias region. However, the structuring levels and migration patterns were not tested using individuals from tributaries of the middle São Francisco. Here we tested two hypotheses: (i) fishes recruited on marginal lagoons from tributaries live preferably in these tributaries; (ii) fishes recruited on marginal lagoons from tributaries preferentially migrate downstream to the main stream of the São Francisco River in the feeding season, returning upstream randomly or not to the tributaries for reproduction. Nine populations of P. argenteus with 273 specimens and five populations of P. costatus with 156 specimens were collected throughout middle São Francisco in the rainy and dry seasons. We used six highly polymorphic microsatellite loci and the results indicated high levels of variability within populations for both species. Additionally, low values of population differentiation were detected in P. argenteus (FST = 0,008, P < 0,008) and P. costatus (FST = 0,031, P < 0,008) with high values... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Vera Nisaka Solferini / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-12T18:32:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Schwarcz_KaiserDias_M.pdf: 1400141 bytes, checksum: dd7ec0c32ab504bed6d9f8912fc65118 (MD5) Previous issue date: 2008 / Resumo: A floresta atlântica semidecídua, um dos principais tipos de formações vegetais constituintes da Mata Atlântica Brasileira, estende-se ao longo das regiões central e sudeste do interior do país. A sua destruição tem resultado na eliminação de muitas populações e, potencialmente, na erosão da diversidade genética de diversas espécies. A área originalmente coberta pela Mata Atlântica era de cerca de 15% do território nacional, indo do atual Estado do Rio Grande do Norte até o Rio Grande do Sul, estendendo-se, nas regiões sul e sudeste, do litoral brasileiro até a Argentina e o Paraguai. Desde então, a Mata Atlântica tem sido devastada principalmente devido à exploração predatória dos recursos florestais, causando sua redução a 7,3% de sua área original, distribuídos de forma fragmentada pelo território brasileiro. No estado de São Paulo a Mata Atlântica está reduzida a menos de 5% de sua área original e em Campinas, ocupa apenas 2,42% da área municipal. O agravamento da fragmentação florestal causado pela ação humana podem alterar os fluxos de vento, radiação e água ao longo da paisagem, bem como os padrões de migração e dispersão de animais, pólen e sementes. Uma vez que a maior parte da Mata Atlântica se apresenta hoje distribuída em fragmentos descontínuos, é fundamental estudar os efeitos desta nova situação ecológica sobre os atributos genéticos das populações vegetais. Neste trabalho, foi estudada a variabilidade e estruturação genéticas de Metrodorea nigra e Astronium graveolens com síndrome de dispersão autocórica e anemocárica, respectivamente. Foram coletados 47 indivíduos adultos e 113 jovens de M. Nigra e 28 adultos e 84 jovens de A. graveolens em dois fragmentos de mata atlântica localizados na Área de Proteção Ambiental de Souzas e Joaquim Egídeo no município de Campinas, São Paulo. Os indivíduos adultos, devido ao seu longo tempo de vida, refletem um evento reprodutivo menos influenciados pelos processos de fragmentação, quando em comparação com os indivíduos jovens. Através da comparação entre jovens e adultos, esperava-se verificar o efeito da fragmentação sobre a variabilidade de espécies com síndromes de dispersão distintas. Ambas as espécies apresentaram deficiência de heterozigottos. M. nigra apresentou coeficiente de endogamia (f) médio de 0,64 ; enquanto A. graveolens apresentou f de 0,21. O alto valor de f para M. nigra é uma conseqüência da síndrome de dispersão autocórica e do comportamento de forrageio dos polinizadores preferenciais desta espécie. O grupo de indivíduos jovens de A. graveolens apresentaram heterozigozidade (HO) maior que os adultos, indicando uma redução na incidência de acasalamentos entre indivíduos aparentados. Esta redução provavelmente está relacionada à maior eficiência da dispersão anemocórica desta espécie após a degradação ambiental dos fragmentos. Em A. graveolens a estruturação genética entre os grupos de jovens foi maior que entre os grupos de adultos; indicando uma menor eficiência na dispersão de pólen após a fragmentação. Os resultados indicam que a fragmentação, acompanhada da degradação ambiental dentro dos fragmentos, pode reduzir o número de cruzamentos endogâmicos em espécies com sementes dispersas pelo vento. Já em espécies com dispersão autocórica de sementes, a fragmentação tem efeitos menos evidentes sobre os atributos genéticos. Entretanto, o fluxo de pólen pode ser reduzido pelo dificultamento do vôo de insetos entre os fragmentos. Para uma maior compreensão do atual estado genético das populações arbóreas da Mata Atlântica, são necessários novos estudos envolvendo maior número de fragmentos florestais, espécies arbóreas com diferentes características biológicas; assim como o estudo dos efeitos da fragmentação sobre as espécies polinizadoras. / Abstract: The Semideciduous Forest is one of the major formations of the Brazilian Atlantic Forest. It extends along the central and southeast regions of the country's interior. Its destruction has resulted in the elimination of many populations and the erosion of genetic diversity in different species. The Atlantic Forest originally covered about 15% of the national territory, ranging from the current state of Rio Grande do Norte to Rio Grande do Sul, and from the brazilian coast to Argentina and Paraguay. Since then, the Atlantic Forest has been devastated mainly due to the predatory exploitation of forest resources, causing a reduction to 7.3% of its original area, distributed in fragmented remnants through brazilian territory. In the state of São Paulo, the Atlantic Forest is reduced to less than 5% of its original area. In Campinas, occupies only 2.42% of the municipal area. The forest fragmentation increase caused by human action can change the flow of the wind, the solar irradiation and the water along the landscape, as well as patterns of migration and dispersal of animals, pollen and seeds. As most of the Atlantic Forest is today distributed in discontinued fragments, it is essential to study the effects of this new ecological situation on the genetic attributes of plant populations. In this work, we studied the genetic structure and variability of Metrodorea nigra and Astronium graveolens wich have explosive dehiscence and wind-mediated seed dispersion mechanisms, respectively. Forty seven adults and 113 young individuals of M. nigra were collected; while for A. graveolens this number were of 28 adults and 84 young. The field studies were conducted in two diferent remnants of Atlantic Forest in the reserve of Souzas and Joaquim Egídeo (Área de Proteção Ambiental de Souzas e Joaquim Egídeo) in Campinas, São Paulo. We also made a comparison between young and adult specimens of each species. The adults, due to their long lifetime, preserves information of a reproductive event less influenced by fragmentation processes compared to young individuals. Trougth this comparison, it was expected to detect differential fragmentation influences on the diversity of species with distinct seeds dispersion mechanisms. The two species showed heterozigosity deficience in both populations. M. nigra had a mean endogamy coefficiente (f) of 0,64; while A. graveolens had 0,21. The high value of f in M. nigra is an consequence of its autocoric seed dispersion machanism and also of its polinators behavior. The group of young individuals of A. graveolens showed heterozigosity (HO) higher than the adults; suggesting a lower incidence of endogamy after the fragmentation. This could be probabily ralated to the better eficience os wind-mediated seed dispersion of this species after the enviromental degradation in those remnants. Also in A. graveolens the genetic structure between the two young groups was higher than between the adults, suggesting a lower eficience in the pollen dispersion after fragmentation. The results sugests that the fragmentation, accompanied by environmental degradation in the fragments, may reduce inbreding in wind dispersed species. In autochoric dispersed species, fragmentation has a lighter effect on the genetic attributes. However, the flow of pollen can be reduced by hindering the flight of insects between the fragments. To better understand the current genetic status of tropical tree populations, new studies involving more forest fragments are required, as well as tree species with different biological characteristics and the study of the effects of fragmentation on the pollinating species. / Mestrado / Genetica Vegetal e Melhoramento / Mestre em Genética e Biologia Molecular

Orientadores: Shirley Maria Recco Pimentel, Anete Pereira de Souza / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-14T04:15:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Conte_Monica_D.pdf: 2562572 bytes, checksum: 5809c698460cf03316a75fff9039a861 (MD5) Previous issue date: 2009 / Resumo: Muitas espécies de anfíbios estão entre as mais ameaçados de extinção, e no entanto, informações sobre a variabilidade genética e a estruturação genética das suas populações são ainda limitadas. No presente trabalho, a variabilidade genética de populações da espécie Physalaemus cuvieri foi analisada utilizando microssatélites como marcadores moleculares. Considerando-se sua ampla distribuição geográfica, variação morfológica interpopulacional e variação intra- e interpopulacional em algumas características citogenéticas, espécimes de dez populações de P. cuvieri foram amostradas, em São Pedro da Água Branca (MA), Urbana Santo (MA), Porto Nacional (TO), Uberlândia (MG), Vitória Brasil (SP), Palestina (SP), Nova Itapirema (SP), Chapada dos Guimarães (MT), Vitória da Conquista (BA) e Passo Fundo (RS). Dez locos de microssatélites de P. cuvieri foram isolados a partir de uma biblioteca enriquecida em repetições (CA)8 e (GT)8. A amplificação desses locos em 160 indivíduos de P. cuvieri revelou uma média de 5,7 alelos por loco e uma heterozigosidade esperada variando de 0,30 a 0,85. Embora a maior parte da variação genética esteja dentro das populações, o valor global do FST encontrado indica uma alta diferenciação entre essas populações. O baixo fluxo gênico encontrado sugere baixa capacidade dispersiva, no padrão de escala geográfica usado neste trabalho, e condiz com o comportamento filopátrico atribuído aos anuros. Nesse estudo foi ainda verificado que não existe correlação entre distância geográfica e distância genética das populações amostradas, sugerindo uma alta fidelidade dessa espécie aos seus locais de desova. Os resultados indicam que a distância geográfica sozinha não explica a variabilidade genética dessas populações. Duas populações, São Pedro da Água Branca (MA) e Nova Itapirema (SP), possivelmente passaram por efeito de gargalo populacional (bottleneck), que pode ser resultado, entre outros fatores, da destruição de habitat levando à fragmentação da população. Dos dez locos de microssatélites desenvolvidos para P. cuvieri, nove foram utilizados para verificar a possibilidade de amplificação e sua aplicabilidade no estudo da estrutura genética de duas outras espécies do grupo cuvieri muito proximamente relacionadas à P. cuvieri. Essas espécies são: P. ephippifer (15 indivíduos) e P. albonotatus (11). As duas populações estudadas ficaram isoladas das cinco de P. cuvieri, mostrando um alto grau de diferenciação genética, e indicando claramente sua condição de espécie distinta de P. cuvieri. A população de Crateús - CE agrupou com Urbano Santos - MA (ambas P. cuvieri). Este resultado corrobora os resultados de estudos citogenéticos. As populações de Porto Nacional (TO) e Passo Fundo (RS) formaram dois grupos de indivíduos cada uma. Parte dos indivíduos de Porto Nacional agrupou com a população de Uberlândia (MG) de P. cuvieri, e o restante dos indivíduos não mostrou nenhum agrupamento com qualquer outra população e espécies analisadas neste trabalho. Resultados semelhantes foram obtidos com a população de Passo Fundo, que não mostrou agrupamento com nenhuma outra população analisada. Estudos adicionais dessas populações serão necessários para melhor compreender esses dados. O conhecimento do padrão de dispersão da variabilidade genética de P. cuvieri, avaliada por microssatélites, somado ao conhecimento acumulado, obtido por meio de outras metodologias, poderá contribuir para a definição de estratégias de conservação e contribuir para o delineamento entre as fronteiras taxonômicas dessa espécie. / Abstract: Even though many amphibian species are among the most endangered animals, the knowledge about their genetic variability and population genetic structure is still limited. In the present work, natural populations of the barker frog Physalaemus cuvieri were analyzed for genetic variability and differentiation using microsatellites, considering its wide geographic distribution, interpopulational morphological variation and cytogenetic intra- and interpopulational variation. Analyzes comprised specimens from ten P. cuvieri populations sampled in the following regions of Brazil: São Pedro da Água Branca (MA), Urbano Santo (MA), Porto Nacional (TO), Uberlândia (MG), Vitória Brasil (SP), Palestina (SP), Nova Itapirema (SP), Chapada dos Guimarães (MT), Vitória da Conquista (BA) and Passo Fundo (RS). Ten microsatellite loci were isolated for P. cuvieri from a library enriched in (CA)8 and (GT)8 repeats. In 160 P. cuvieri individuals, the average number of alleles per locus was 5.7 and the expected heterozygosity ranged from 0.30 to 0.85. Although most of the genetic variation was found within populations, the overall FST value indicated high genetic differentiation among the populations. The low gene flow among populations suggested low dispersion capability within the geographic scale pattern used in this work, which is compatible with the anuran philopatric behavior. In addition, there was no correlation between geographic and genetic distances of these populations, suggesting fidelity of P. cuvieri populations to their spawning place. These results indicated that the geographic distance alone does not explain the genetic variability observed among these populations. The data also indicated that the populations from São Pedro da Água Branca (MA) and Nova Itapirema (SP), respectively in the Northeast and Southeast regions of Brazil, have likely gone through a recent population bottleneck effect. Destruction of natural habitats leading to population fragmentation could be a major cause of this suggested bottleneck effect. Of the ten microsatellite loci developed for P. cuvieri, nine were used to investigate cross-amplification and suitability for population genetic structure studies in two other species of the cuvieri group closely related to P. cuvieri. These species are: P. ephippifer (15 specimens) and P. albonotatus (11 specimens). These two populations remained isolated from all populations of P. cuvieri, demonstrating its high genetic differentiation, pointing that these two species are distinct from P. cuvieri. The Crateús (CE) population was grouped with Urbano Santos (MA) population (both P. cuvieri). This result corroborated previous cytogenetic results. The Porto Nacional (TO) and Passo Fundo (RS) populations were divided in two sets of individuals each one. Part of Porto Nacional individuals were clustering with P. cuvieri from Uberlândia (MG), and the remaining did not show any grouping with none of other analyzed species. Similar results were found to Passo Fundo population, which also did not show any group with the analyzed species. The knowledge of the dispersion pattern of the P. cuvieri genetic variability evaluated by microsatellites, in addition to the genetic variability data obtained using other methodologies, will contribute for the development of future ecological and conservation strategies and to improve the taxonomy of this species. / Doutorado / Biologia Celular / Doutor em Biologia Celular e Estrutural

Orientador: Hildete Prisco Pinheiro / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Matematica, Estatistica e Computação Cientifica / Made available in DSpace on 2018-08-08T04:40:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Taglianetti_TatianaBurattoBordin_M.pdf: 5877530 bytes, checksum: 8766580b60704d96ff1ae1a0288803fb (MD5) Previous issue date: 2007 / Resumo: Neste trabalho, o principal interesse é estudar as medidas de distância genética para loci de microsatélites baseadas nos desvios absolutos e quadráticos sob o modelo de mutação ¿stepwise¿. Os estudos em microsatélites têm sido cada vez mais freqüentes devido a sua importância na aplicação em mapeamento genético. Desta forma, surgeriu-se um modelo para explicar a mutação nas seqüências de repetições nos loci de microsatélites, que é conhecido por modelo de mutação ¿stepwise¿. Nesse modelo supõe-se que a cada geração,cada alelo pode sofrer mutação para outra classe alélica. Na sua forma mais simples,que é o modelo mutacional de um passo o alelo pode sofrer mutação, aumentando ou diminuindo em um estado com probabilidade B. Vamos assumir o modelo de mutação¿stepwise¿ de um passo para desenvolver as medidas de distância baseadas nos desvios absolutos e quadráticos. Propõe-se dois testes de homogeneidade, um baseado na medida de distância dos desvios quadráticos e outro na dos devios absolutos. Suas distribuições assintóticas são estudadas utilizando-se a teoria de Estatística U. Para verificar os resultados analíticos com respeito a distribuição assintótica, um modelo de simulação foi aplicado baseado no modelo de mutação ¿stepwise¿ de um passo e na teoria de coalescência. Os testes de homogeneidade são aplicados a dados reais com o interesse de verificar se existe ou não diferença na variação do número de repetições para os grupos definidos pela etnia e o índice de alcolismo (ALDX1) em um determinado locus / Abstract: In this work, the main interest is to study the measures of genetic distance for microsatelliteloci based on the absolute and the quadratic diferences under the it stepwise mutation model. The study in microsatellite has become the mainstay due to its importance to developgenetic map. Therefore, one suggests a model to explain the mutation that occurs inthe repeated sequence (microsatellite loci), called ¿stepwise¿ mutation model. The modelassumes that in each generation, each allele can mutate to another allelic class. In thesimplest case, which we call the ¿one-step model¿, ones assumes that the allele can increaseor decrease by one unit with probability B. We assume the one-step model to develop themeasures of genetic distance based on absolute and quadratic differences. We suggest two types of homogeneity tests, one based in the measure of quadraticdistance and the other based in the absolute distance. Its asymptotic distributions aregoing to be study using U-statistics theory. In order to certify the analytical results about the asymptotic distribution, a simulation study based on one-step mutation model and coalescence theory was employed. An application using real microsatellite data was performed in order to verify if there are differences in the distribution in the repeat sequence among groups de_ned by ethnicity and alcoholism index (ALDX1) in a determined locus using the homogeneity tests / Mestrado / Bioestatistica / Mestre em Estatística

Submitted by Cássia Santos (cassia.bcufg@gmail.com) on 2016-10-18T14:14:08Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Kelly da Silva e Souza - 2016.pdf: 2710469 bytes, checksum: cbe461f0d7a743f38a8a7043c982acf0 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Jaqueline Silva (jtas29@gmail.com) on 2016-10-18T16:44:37Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Kelly da Silva e Souza - 2016.pdf: 2710469 bytes, checksum: cbe461f0d7a743f38a8a7043c982acf0 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-18T16:44:37Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Kelly da Silva e Souza - 2016.pdf: 2710469 bytes, checksum: cbe461f0d7a743f38a8a7043c982acf0 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2016-04-25 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / To understand how landscape features spatially affect the genetic structure of a population , we propose the creation of resistance surfaces using an approach Pattern Oriented Modeling of genetic divergence (FST parwise) among baru populations (Dipteryx alata). To compose the resistance surface, we employed land use layers in an area of 25 baru populations, generating 10000 resistance surfaces with randomized cost values between 0 and 100. We use these surfaces to calculate matrices pairwise effective resistance to the circuitscap. Mantel test and its variations revealed a correlation of FST parwise with geographical distance of 0.48. The correlation between FST pairwise and the resistance matrices ranged between r = -0.2019 and r= 0.6736. We used multiple regression matrices to select the best (most satisfactory) models through Akaike (AIC). Three models were selected to contain the parameters that best explain the genetic divergence with ΔAIC below three. The ΔAIC values were used to calculate the AIC-weight (WI) and evaluate the individual contribution of each parameter in the selected surfaces. The selected models suggest that the areas with lower resistance are characterized as Savanna Arboreo Dense and Savanna Grassy Woody. Roads, big rivers, and agricultural lands cause higher resistance. / Para entendermos como as características da paisagem afetam espacialmente a estrutura genética populacional, propomos a criação de superfícies de resistência utilizando uma abordagem de Modelagem Orientada pelo Padrão da divergência genética (FST) entre as populações de baru (Dipteryx alata), uma árvore amplamente distribuída na região do Cerrado do Brasil Central. Para compor as superfícies de resistência, utilizamos camadas de uso da terra na área em que as 25 populações de baru em estudo estão inseridas. Geramos 10 mil superfícies de resistência com valores de custo aleatorizados entre 0 e 100 em intervalos de 1. Usamos essas superfícies para calcular matrizes de resistência efetiva par-a-par com o circuitscape, um programa que calcula os valores de resistência fazendo uma analogia entre a conectividade elétrica e os dados genéticos da espécie em estudo. Calculamos testes de Mantel e suas variações entre o FST e cada uma das matrizes de resistências. A correlação do FST par-a-par com a distância geográfica, foi de 0,48. Para a correlação entre FST par a par e as matrizes de resistência, os testes de Mantel resultaram em coeficientes de correlação variando entre r = -0,2019 e r = 0,6736. Usamos a regressão múltipla de matrizes para seleção dos melhores modelos pelo critério de Akaike (AIC). Três modelos foram selecionados como sendo os que contém os parâmetros que melhor explicam a divergência genética pelo critério de Akaike com ΔAIC menor que 3. Os valores ΔAIC foram usados para calcular o peso do AIC em cada modelo (wi) e foram utilizados para avaliar a contribuição individual de cada parâmetro nas superfícies selecionadas. Modelos selecionados sugerem que as áreas com menor resistência são as caracterizadas por Cerrado de Savana Arbóreo Densa (cerradão) e Savana Gramíneo Lenhosa (campo limpo). As estradas, grandes rios e áreas agrícolas do Cerrado causam maior resistência.

Orientador: Maria do Carmo Estanislau do Amaral / Dissertação (mestrado) - Universidade EStadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-20T01:02:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Trad_RafaelaJorge_M.pdf: 22525547 bytes, checksum: ab1b354e662d2efdfd89ddde29c10f86 (MD5) Previous issue date: 2012 / Resumo: O cerrado, uma formacao vegetal tipica do Brasil central, e um dos biomas com maior biodiversidade de especies, sendo classificado como um "hotspot". Atualmente, a acao antropogenica no cerrado tem causado muito desmatamento, ameacando a existencia de muitas especies. Kielmeyera Mart. & Zucc. (Clusiaceae s.l./Calophyllaceae) e um genero com aproximadamente 50 especies, das quais varias ocorrem no cerrado. Morfologicamente o genero e caracterizado por apresentar flores vistosas com corola contorta e numerosos estames, ovario trilocular e capsulas lenhosas com numerosas sementes aladas. Um dos elementos mais conspicuos do cerrado e Kielmeyera coriacea Mart. & Zucc., uma especie altamente variavel morfologicamente. A especie apresenta a maior amplitude ecologica para o genero e sua distribuicao geografica coincide, em maior parte, com a distribuicao do cerrado. K. coriacea e facilmente reconhecida por apresentar suber espesso, folhas verdes caducas e aglomeradas nos apices dos ramos, padrao de venacao caracteristico e flores alvas e odoriferas. Na ultima revisao realizada para o genero Kielmeyera (Saddi 1982), a circunscricao de K. coriacea foi alterada, mas permaneceu problematica. Visando organizar a variacao, o autor propoe o reconhecimento de duas subespecies e sete variedades, formando o que e conhecido atualmente como "complexo K. coriacea". Faz parte desse complexo tambem a especie K. grandiflora (Wawra) Saddi, considerada antes uma variedade de K. coriacea. Para estudar o complexo o presente trabalho utilizou abordagens taxonomicas convencionais, a anatomica e a genetica. Foram realizadas observacoes de material de herbario e cortes das regioes marginais e medianas de folhas adultas de cinco populacoes, sendo: duas de K. coriacea subsp. coriacea, duas de K. coriacea subsp. tomentosa e uma de K. grandiflora, constituidas por dois individuos cada populacao. Para estudos de genetica populacional foram utilizados 12 pares de primers previamente desenvolvidos a partir de uma biblioteca enriquecida de microssatelites. Os marcadores foram amplificados em 27 populacoes com 20-30 individuos cada. A anatomia estrutural apresentou dois padroes claramente distintos e a genetica populacional indicou grande semelhanca entre os taxons pertencentes ao complexo. Os resultados nao corroboram a proposta de Saddi para taxonomia da espécie / Abstract: The Cerrado, a savanna-like vegetation typical of Central-Brazil, is one of the most species rich biomes of the world. It was classified as a "Biodiversity Hotspot". It is suffering strong anthropogenic pressures of different sources, and quite a number of species is seriously threatened. Kielmeyera Mart. & Zucc. (Clusiaceae s.l./ Calophyllaceae) is a genus of nearly 50 spp., several of which occur in the cerrado. Morphologically, the genus is characterized by large flowers with a contorted corolla and numerous stamens, a 3- locular ovary, and septicidal woody capsules with numerous winged seeds. One of the most common elements of the cerrado is Kielmeyera coriacea Mart. & Zucc., a morphologically highly variable species. It shows the widest ecological amplitude within the genus and its geographical distribution largely coincides with the cerrado biome. This species can be easily recognized by the thick corky bark, green coriaceous caducous leaves crown-like condensed at the end the branches, a characteristic venation and odoriferous, white flowers. In the last revision of the genus Kielmeyera (Nagib Saddi, 1982), the circumscription of K. coriacea remained problematic. To cope with a high variability, Saddi proposed two subspecies and seven varieties. The species is taxonomically so problematic that it is usually referred to as the "K. coriacea complex", to which also belongs K. grandiflora (Wawra) Saddi, formerly included as a variety in K. coriacea. To help with the taxonomic study of this complex, the study was done with taxonomy work, population genetics and structural anatomy of the leaves. For anatomy, two populations from each subspecies of K. coriacea and one population of K. grandiflora, consisting of 2 plants, were sampled. For genetics studies twelve primers pairs were selected between the ones previously developed from an enriched library of K. coriacea . Two patterns were found according to the structural anatomy and taxonomy observations suggest that there are two or more species in the complex. According to genetics, the banding pattern varies from one to eight bands per individual. K. grandiflora showed a similar banding pattern. For our study we treated each subspecies of K. coriacea as one group and Kielmeyera grandiflora as a third. We sampled at least 5 populations for each group and 20-30 plants to represent each population. The results show how genetically similar individuals of K. coriacea are. They do not corroborate most of Saddi's ideas for a subdivision of the K. coriacea complex, but suggest that K. grandiflora and K. coriacea are distinct species (as proposed by Saddi) and that possibly the two subspecies of K. coriacea actually represent two distinct species / Mestrado / Biologia Vegetal / Mestre em Biologia Vegetal

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La diversité des espèces cultivées résulte d’une série d’évènements de domestication, de flux de gènes entre compartiments sauvages et cultivés, d’effets de la sélection adaptative naturelle et aussi de la sélection humaine et des dynamiques de diffusion à de larges échelles, souvent sur de longues périodes. L’impact de ces processus sur la diversité dépend non seulement de la biologie de l’espèce, mais elle est aussi fortement liée au contexte social et aux pratiques humaines. Cette thèse contribue à la compréhension de l’influence de l’Homme sur la dynamique de la diversité de l’amandier in situ. La démarche suivie fait appel à la génétique des populations et à l’anthropologie pour étudier la structuration de la diversité génétique de cette espèce fruitière pérenne allogame, cultivée au Liban. Cette étude comprend trois parties:Dans la première partie, nous avons cherché à comprendre les processus de diversification continue de l’amandier cultivée en se basant sur des évidences tirées de l'archéologie, de l'histoire et de la biologie évolutive de l’amandier dans le Bassin Méditerranéen. Nous avons utilisé une approche de génétique des populations avec de nombreux individus représentant chaque cultivar collecté auLiban. L'échantillonnage intensif de cultivars libanais a été comparé à un grand nombre d’arbres cultivés in situ provenant de différentes régions méditerranéennes. Les résultats nous ont permis de distinguer l’impact des différents périodes de diffusion sur la structure de la diversité génétique.La deuxième partie, a permis d’évaluer l’importance culturelle de l’amandier cultivé au Liban, et d’identifier sa diversité intra-spécifique telle qu’elle est perçue par les informateurs. Nos résultats montrent une hétérogénéité des connaissances des informateurs qui a mené à une taxonomie locale flexible. La flexibilité de la taxonomie locale est révélée par la présence de catégories englobantes et par la complexité du système de nomenclature.Dans la troisième partie, nous avons évalué l’effet du changement de pratiques de propagation sur la structuration et dynamique de la diversité génétique entre les variétés et à l’intérieur de chacune des deux variétés étudiées. Nos résultats montrent que le cultivar traditionnel, multiplié par semis, est structuré géographiquement. L’introduction du mode de propagation clonal par greffage a été adoptée graduellement. Au début, les agriculteurs ont maintenu une certaine diversité génétique par la multiplication sexuée occasionnelle du cultivar introduit. Par contre, l’introduction après l’adoption du greffage a réduit la diversité génétique intra-variétale dans les vergers récents.Cette thèse montre comment les connaissances et les décisions de l’Homme à différents échelles spatiales et temporelles influencent la structure et la dynamique de la diversité de cette espèce. / The diversity of cultivated species results from a series of domestication events, gene flow between wild and cultivated compartments, effects of natural adaptive selection and also on human selection and diffusion dynamics at large scales, often over long periods. The impact of these processes on diversity depends not only on the biology of the species but is also strongly related to social context and human practices. This thesis contributes to the understanding of the influence of human on the dynamics of almond diversity in situ. The approach followed uses population genetics and anthropology to study the structuring of the genetic diversity of this allogamous perennial fruit species, grown in Lebanon. This study consists of three parts:In the first part, we sought to understand the processes of continuous diversification of cultivated almond trees based on evidence from archeology, history and evolutionary biology of almond trees in the Mediterranean Basin. We used a population genetics approach with many individuals representing each cultivar collected in Lebanon. Intensive sampling of Lebanese cultivars was compared to a large number of in situ grown trees from different Mediterranean regions. The results allowed us to distinguish the impact of different diffusion periods on the structure of genetic diversity.The second part assessed the cultural importance of the almond tree grown in Lebanon and identified its intraspecific diversity as perceived by the informants. Our results show heterogeneity of informants' knowledge that led to a flexible local taxonomy. The flexibility of local taxonomy is revealed by the presence of inclusive categories and the complexity of the nomenclature system.In the third part, we assessed the effect of the change in propagation practices on the structuration and dynamics of genetic diversity between two varieties and within each of the varieties studied.Our results show that the traditional cultivar, sexually propagated, is geographically structured. The introduction of clonal propagation mode by grafting was gradually adopted. At first, farmers maintained some genetic diversity through occasional sexual multiplication of the introduced cultivar. In contrast, introduction after grafting has reduced intra-varietal genetic diversity in recent orchards.This thesis shows how human knowledge and decisions at different spatial and temporal scales influence the structure and dynamics of the diversity of this species.