Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

La qualité de la viande englobe des critères d'importance différente suivant l'espèce animale considérée. Chez le porc, la qualité de la viande a un impact économique important et de nombreux travaux ont pu montrer que les interactions entre le type génétique (particulièrement les gènes halothane et Rendement Napole), les conditions d'élevage et les conditions d'abattage des animaux déterminent la qualité de la viande de porc. L'Europe, longtemps leader du marché mondial des produits de la viande de porc, se trouve aujourd'hui confronté à la concurrence d'autres pays, notamment le Brésil, les Etats-unis et la Chine. Ce projet de thèse s'inscrit dans le cadre d'un projet européen multidisciplinaire portant sur l'amélioration de la qualité de la viande de porc et des produits dérivés pour le consommateur. Un des modules est dédié à l'intégration des connaissances passées et celles à venir afin de construire des modèles de prédiction des qualités technologiques et sensorielles de la viande de porc à partir des données se rapportant à l'animal, ainsi qu'aux conditions d'élevage et de pré-abattage. L'objectif de la thèse est d'intégrer l'ensemble des données bibliographiques et expérimentales relatives aux principaux facteurs influençant la qualité de viande dans le cadre d'une méta-analyse, qui est une démarche statistique combinant les résultats d'une série d'études indépendantes sur un problème donné. Les résultats obtenus ont permis de préciser l'effet du gène halothane, des temps de jeûne, de transport et de repos à l'abattoir sur les principaux paramètres d'évaluation de la qualité technologique de la viande de porc. En effet, nos résultats ont pu confirmer l'effet significatif du gène halothane sur l'ensemble des paramètres de qualité étudiés. Cependant, l'effet significatif du gène halothane a été associé à celui de la race uniquement pour expliquer les variations des paramètres suivants : L* (la réflectance), b* (indice de jaune) et les pertes d'exsudat (DL). La méta-régression a permis de mettre en évidence l'effet du poids à l'abattage sur les différences de pH ultime (pHu) entre les génotypes homozygotes NN et nn. Parmi les facteurs de pré-abattage analysés, nos résultats indiquent que le temps de jeûne affecte le pHu et le DL mesurés au niveau du muscle longissimus, alors que le temps de repos à l'abattoir affecte le pHu du muscle semimembranosus. Le transport et l'interaction transport x temps de jeûne n'avaient d'effet significatif que sur les variations de DL. L'effet significatif de l'apport en vitamine E sur le processus d'oxydation des lipides pendant la conservation de la viande, et par conséquent, sur la qualité technologique de la viande a pu être démontré en utilisant un modèle de régressionméta-analytique non linéaire. D'un point de vue statistique, la comparaison des méthodes statistiques de méta-analyse par approche bayésienne et fréquentiste a permis de mettre en évidence l'avantage de la première quant à l'obtention de résultats plus probants lorsqu'il s'agit de méta-analyse sur un nombre de données relativement limité. Parallèlement à l'approche méta-analytique, une étude exploratoire par analyse multivariée a été réalisée afin d'identifier les corrélations qui existent entre un très grand nombre de variables structurées en groupes distincts. Nos résultats ont montré que les variables discriminant les cinq classes de race (Large White et Basque) x système d'élevage (conventionnel, alternatif et extensif) étaient les mêmes que celles qui discriminaient les individus entre eux, en l'occurrence les variables transcriptomiques, chimiques et technologiques. Le groupe composé des variables relatives à la réactivité à l'abattage discriminaient principalement les systèmes d'élevage, en particulier la classe des porcs basques élevés dans le système extensif. / Meat quality includes criteria of different importance depending on the animal species. Meat quality is a significant economic factor in pork production, and numerous publications have shown that it is strongly influenced by the interaction between genetic type (especially the halothane gene (Hal) and Napole yield gene (RN)), breeding conditions, and pre-slaughter and slaughter conditions of animals. The European Union, longtime leader of the globalmarket of pork and pork products, now faces increasing competition from other countries,including Brazil, the United States and China. This thesis project is part of a multidisciplinary European project on improving the quality of pork and pork products for the consumer. One of the modules of this project is dedicated to the integration of existing and upcoming data to produce a model for predicting technological and sensory pork quality, based on animal,production, and slaughter information. The objective of this thesis is to synthesize existing knowledge derived from bibliographic and experimental data relating to the main factors influencing meat quality within a meta-analysis, which is a statistical approach combining the results of a series of independent studies on a given problem. The results of this work have confirmed the effect of the halothane gene, as well as fasting, transport and lairage times on most of the analyzed parameters of technological pork meat quality. Indeed, our meta-analysis confirmed the significant effect of the halothane gene on all the analyzed meat quality attributes. However, the halothane gene effect was associated with the breed effect only for the following variables: L*-value (reflectance), b*-value (yellowness) and DL (drip loss). Slaughter weight contributed significantly only to the explanation of differences in ultimate pH between homozygous genotypes: NN and nn. Regarding the preslaughter conditions, the results of our meta-analysis showed that fasting time had a significant effect on pHu and DL measured in longissimus muscle. While, lairage affected only the pHu in semimembranosusmuscle. Interestingly, we found that DL was the lonely attribute significantly affected by transport time and its interaction with fasting time. The significant effect of the vitamin E supplementation on lipid oxidation process in pork and, therefore, affect the technological meat quality, was demonstrated by using a non linear meta-analytic regression model. Statistically, the comparison between the Bayesian and frequentist meta-analytic approaches has highlighted the ability of the hierarchical Bayesian model to reduce uncertainty in parameter estimates, especially when the number of studies included in the meta-analysis is relatively limited. In addition to the meta-analytic approach, an exploratory study by multivariate analyses was performed to identify the correlations among a large number of variables structured into separate groups. Our results showed that the variables which discriminated the five classes of breed (Large White and Basque pigs) x rearing system (conventional, alternative and extensive) were the same as those discriminating individuals. Indeed, a first group composed of transcriptomic, chemical and technological variables discriminated breeds. Slaughter reactivity variables discriminated rearing systems, especially the Basque pigs reared in the extensive system.

L’objectif de cette étude est de caractériser des altérations de qualité de la viande du porc et de la dinde. Chez porc, la qualité de la viande est handicapée par une lésion de type de myopathie exsudative appelée PSE ou viandes déstructurées dans sa forme localisée. La transformation de ces viandes conduit à de faible rendements suite à une perte d’eau importante et un grave défaut de présentation du produit fini et donc à des pertes économiques importantes. Parmi les facteurs conditionnant l’apparition de la lésion, la génétique des animaux aux loci HAL et RN occupe un premier plan. Au second plan, l’environnement pre-mortem a une influence tout aussi importante et en particulier les conditions d’abattage. L’histologie comparative des muscles montre que la structure du réseau vasculaire et la typologie des fibres musculaires chez le porc des différents génotypes HAL et RN sont responsables de leur vulnérabilité. Chez la dinde, les expressions du problème PSE dans le muscle sont vraisemblablement similaires à celles observées chez le porc. Les caractéristiques de qualité de 3 souches de dinde (Hybride, Nicholas et BUT9) ont été étudiées : la chute du pH post mortem et la couleur de la viande évaluée dans le système L*a*b* nous confortent dans cette position / The objective of this study is to characterize the alteration of meat quality of the pork and the turkey. In pork, the quality of the meat is handicapped by a lesion exsudative myopathy called PSE (Pale Soft Exsudative) or localized destructured meats. The transformation of these meats leads to a reduced performance following an important water loss and a serious defect of presentation of the end product will cause massive losses in economy. Among the factors influencing the appearance of the lesion, HAL and RN genotypes occupy the first plan to limit these effects in pork. In the second plan, the pre-mortem environment has an all-important influence also and in particular the slaughter conditions. Comparative histology of muscles shows that the structure of the vascular network and the typology of muscle fibers of various genotypes HAL and RN in pork are responsible for their vulnerability. In turkey, the expressions of PSE muscle problem are probably similar to those observed in pork. Quality characteristics of 3 lines of turkey (Hybride, Nicholas and BUT9) were studied. The rate of pH fall post-mortem and the colour of the meat (which were evaluated in the L*a*b* system) have reinforced us in this position.

L'amélioration de l'efficacité alimentaire est un enjeu économique et environnemental important pour la production porcine. L'aliment est le premier poste de dépenses en élevage porcin, et le restera vraisemblablement au vu de l'évolution du coût des matières premières. Historiquement, l'efficacité alimentaire a été améliorée en sélectionnant, avec succès, pour une diminution de l'indice de consommation (IC), qui représente l'efficacité de conversion de l'aliment en gain de poids. Dans un contexte d'évolution des objectifs de sélection, de nouvelles stratégies d'amélioration de l'efficacité alimentaire sont recherchées. Ce travail de thèse propose d'en explorer certaines en utilisant des données enregistrées en stations publiques de contrôle de performance entre 2000 et 2009 dans les quatre races porcines en sélection collective en France, deux races maternelles (Large White femelle et Landrace) et deux races paternelles (Large White mâle et Piétrain). L'approche privilégiée s'appuie sur la consommation moyenne journalière résiduelle (CMJR), qui est un critère d'efficacité alimentaire indépendant des performances des animaux, afin d'estimer ses relations génétiques avec les performances de production, ainsi qu'avec les quantités d'azote et de phosphore excrétées. Dans un premier temps, l'étude d'une population expérimentale Large White a montré que les corrélations génétiques entre sexes pour la CMJR étaient proches de 1, permettant par la suite de comparer les estimations de paramètres obtenues sur des femelles Piétrain à celles obtenues sur les mâles castrés des trois autres races. Nous montrons que ce caractère a une héritabilité (h²) comprise entre 0,21 et 0,33 selon les races, qu'il est un peu moins héritable que l'IC (h² entre 0,30 et 0,40), que ces deux caractères présentent des corrélations génétiques favorables (entre 0,52 et 0,85), et que si la CMJR est par définition phénotypiquement indépendante des caractères de croissance et de composition corporelle, elle l'est aussi au niveau génétique (corrélations inférieures à 0,16 en valeur absolue quelle que soit la race). En revanche, la CMJR, comme l'IC, a des relations génétiques antagonistes avec les caractères de qualité de la viande. Cependant, nous montrons que la CMJR, contrairement à l'IC, n'est pas affectée par le génotype halothane en ségrégation chez le Piétrain. Enfin, des corrélations génétiques très élevées avec l'IC (0,97 et plus), et plus modérées avec la CMJR (entre 0,38 et 0,86) ont été trouvées pour l'excrétion d'azote et de phosphore, suggérant la réduction attendue des rejets en réponse à la sélection sur l'efficacité alimentaire. Ces corrélations étaient globalement plus élevées dans les races paternelles que dans les races maternelles. Enfin, l'étude des cinétiques de croissance et d'ingestion des animaux en fonction de leur niveau d'efficacité alimentaire a montré qu'une sélection pour des animaux plus efficaces ne peut être réalisée qu'en adaptant la formulation des aliments, notamment leur concentration en acides aminés, de façon à permettre la pleine expression de leur potentiel génétique. / Improvement of feed efficiency is a main economic and environmental goal for pig production. Feed is the first component of cost production for pig farmers, and this will remain the case due to the evolution of feedstuffs cost. Historically, feed efficiency has been improved through selection, with success, for a decrease of feed conversion ratio (FCR) representing efficiency of feed conversion into body weight gain. In a context of evolving breeding objectives, new strategies of feed efficiency improvement are investigated. This PhD work has studied some of them using data collected in the French central test stations between 2000 and 2009 for the four main pigs breeds used in collective selection, i.e. two dam breeds (Large White dam line and Landrace) and two sire breeds (Large White sire line and Piétrain). The main approach retained here deals with residual feed intake (RFI), which is a criterion of feed efficiency independent from animal's performance level, in order to estimate its genetic relationships with usual production traits, and also with nitrogen and phosphorus quantities excreted by the animals. In a first step, a study of an experimental Large White population showed that genetic correlations between the three sexes for RFI were very close to 1 for RFI. This result allowed the comparisons of the results obtained on Piétrain females with those obtained on castrated males in the three other breeds. We showed that RFI had an heritability (h²) ranging between 0.21 and 0.33 depending on the breed, slightly less heritable than FCR (h² between 0.30 and 0.40) and with a favourable genetic correlation between them (between 0.52 and 0.85). The RFI is, by definition, phenotypically independent from growth rate and carcass composition traits, and this was also the case at the genetic level (genetic correlations lower than 0.16 in absolute values whatever the breed). However, RFI, like FCR, did not display favourable genetic correlations with meat quality traits. Contrary to FCR, RFI was shown to be unaffected by the halothane genotype segregating in the Piétrain breed. Very high genetic correlations with FCR (0.97 and higher), and more moderate genetic correlations with RFI (between 0.38 and 0.86) were found for nitrogen and phosphorus excreted quantities, which indicates that the reduction of excreted quantities is expected in response to selection for a better feed efficiency. These genetic correlations were globally higher in sire lines than in dam lines. Finally, the study of growth and feed intake curves of animals classified according to their feed efficiency level (either RFI or FCR) suggested that breeding for more efficient animals could not be conducted without an adaptation of feed formulation (e.g. for amino acids concentration), in order to allow the full expression of their genetic potential.

L’objectif de la thèse était de développer un procédé de traitement des lisiers de porc par zone humide artificielle (ZHA) adapté aux contraintes du climat méditerranéen ainsi qu’à celles des éleveurs porcins. Le lisier de porc présentant des teneurs en ammonium (NH4+) toxiques pour les espèces végétales, il a été nécessaire de prétraiter le lisier. Des expérimentations sur le prétraitement du lisier de porc par aération continue (30 jours) à petite (12 litres) et moyenne échelles (300 litres) ont donc été conduites, et ont permis une diminution des concentrations en NH4+ en dessous des seuils de tolérance végétale. Cependant, la volatilisation de l’ammoniac semble avoir été le processus majoritairement à l’origine des abattements observés (phénomène d'ihnibition). Afin d’améliorer la diminution du NH4+, des produits d’ensemencement microbiens commerciaux ont été utilisés sans que leur effet n'ait pu être mis en évidence. Lors des expérimentations à moyenne échelle, le lisier prétraité a été amendé en ZHA (mésocosmes constitués d’un filtre à écoulement vertical suivi d’un filtre à écoulement horizontal). La forte variabilité phénotypique en système expérimental des macrophytes sélectionnés et prélevés dans le milieu naturel environnant (Carex hispida, Typha latifolia, Carex cuprina, Iris pseudacorus, Alisma lanceolatum et Juncus effusus), a été illustrée. Lors des apports en lisier dans la ZHA, les espèces végétales ont répondu différement, soulignant l’intérêt des cortèges multi-spécifiques. Les premiers résultats épuratoires ont été probants. Cependant l’étude des processus épuratoires a mis en lumière la problématique de leur durabilité. / The aim of the thesis was to develop a treatment process of pig manure by constructed wetland (CW) and designed in order to be adapted to the Mediterranean climate constraints and those of pig farmers. However hog manure has concentrations above 2 g.l-1 of ammonium (NH4+), toxic to the plants. It is therefore necessary to establish a slurry pre-treatment step. The thesis has included experiments including pre-treatment of pig slurry by continuous aeration (30 days) to small (12 liters) and medium scale (300 liters). Commercial products for microbial seeding were also used. The results showed that the aeration of pig manure did allow lower concentrations of NH4+ below plant tolerance threshold. However, the ammonia volatilization process appears to be the leading cause behind the observed reductions (inhibition phenomenom). No effect could be demonstrated for microbial treatments. During meso-scale experiments, the CW was amended with the pre-treated slurry (mesocosms made of a vertical flow filter followed by a horizontal flow filter). As a first step, the high phenotypic variability of macrophytes (taken from the natural environment) in experimental system was illustrated and discussed. After manure application, the selected plant species (Carex hispida, Typha latifolia, Carex cuprina Iris pseudacorus, Alisma lanceolatum and Juncus effusus) have presented different responses, emphasizing the importance of multi-species selection for the CW. Finally, the first purifying results were conclusive. However the study of the underlying purifying processes has highlighted the issue of sustainability of these phenomena.

La maîtrise des agents de zoonoses alimentaires passe par la mise en œuvre de l'inspection sanitaire en abattoir par les pouvoirs publics. L'avènement du concept d'évaluation scientifique des risques conduit à interroger la pertinence des mesures de maîtrise engagées. La viande de porc étant la première viande consommée en France, la filière porcine constitue un objet d'étude intéressant. Nous avons développé une méthodologie de hiérarchisation des dangers, basée sur le calcul de notes de risque, qui a permis d'identifier les dangers responsables des cas de zoonoses alimentaires les plus fréquent et les plus graves. Ces dangers sont caractérisés par leur faible détectabilité lors d'un examen macroscopique des carcasses de porc à l'abattoir. L'étude de la bibliographie et une étude terrain menée au sein d'un échantillon d'élevages porcins nous ont permis de caractériser le statut de contamination des porcs au niveau de la production primaire et d'identifier des facteurs de risque de présence des dangers. Le suivi longitudinal de lots de porcs de l'élevage à l'abattoir nous a permis de mettre en évidence de fortes disparités de statuts de contamination des carcasses en fonction des outils d'abattage, ainsi que de quantifier le transfert des contaminations de l'animal à la carcasse. La très faible valeur prédictive d'indicateurs post mortem quant au statut de contamination des carcasses a été confirmée. L'ensemble de ces données a permis de modéliser la transmission des dangers de l'élevage à la carcasse et de proposer un schéma de maîtrise fondé sur l'établissement et la combinaison des profils de risque des élevages et des abattoirs.

Le mélanome est une tumeur originaire des mélanocytes; c'est la forme la plus agressive des cancers cutanés. Son incidence s'accroît régulièrement. De plus sa résistance aux traitements actuels (chimiothérapie, radiothérapie et immunothérapie) ne laisse qu'une faible espérance de survie aux patients présentant un stade avancé de la maladie. Aujourd'hui il est nécessaire de développer de nouveaux traitements ciblés sur la cellule tumorale. Une stratégie originale consisterait à étudier le phénomène naturel de régression spontanée des mélanomes. Malheureusement chez l'homme la régression n'est que partielle et l'extrême rareté des cas de régression totale à un stade avancé de la maladie rend impossible son étude. Cependant le modèle porcin de mélanome cutané (MeLiM) présente une opportunité unique d'étudier ces mécanismes complexes de régression spontanée. En effet, les minis porcs MeLiM developpent des mélanomes héréditaires qui régressent totalement et spontanément, indépendamment de tous facteurs externes. Actuellement, les mécanismes responsables de cette régression spontanée sont peu ou mal connus. C'est pourquoi l'objectif principal de cette thèse a été l'étude des mécanismes de la régression spontanée du mélanome dans ce modèle animal. Dans un premier temps, grace à la technique d'hybridation suppressive soustractive (HSS) nous avons comparé le transcriptome d'une tumeur en croissance et d'une tumeur en tout début de régression. Dans le but de distinguer les signaux provenant du microenvironnement tumoral de ceux propres à la cellule tumorale, nous avons également réalisé une HSS à partir des cellules isolées d'une tumeur en progression et d'une tumeur au début de la régression. Nous avons trouvé très peu de gènes en commun entre les deux HSS. Nous avons donc focalisé notre étude sur les résultats issus de la HSS à partir des tumeurs. Des gènes surexprimés chez le porc pendant la phase de proliferation tumorale sont également retrouvés dans les études d'expression conduites dans le mélanome chez l'homme (TYR, MITF, MLANA, SDCBP, SILV, TYRP and ZFP106). Au tout début du phénomène de régression, on observe une surexpression des gènes impliqués dans les fonctions de la differentiation, le système immunitaire, l'arrêt du cycle cellulaire et la suppression des tumeurs. Deux gènes CD9 et RARRES1 montrent une très forte surexpression pendant la régression tant au niveau transcriptomique que protéique. Le CD9 est lié à la motilité cellulaire et RARRES1 est un gène potentiel suppresseur de tumeur. Dans un second temps, la dynamique du processus de régression a été étudiée grâce à la technologie des puces à ADN qui a permis d'établir un profil cinétique de l'expression génique. Ainsi, pour chacun des stades de la régression une corrélation entre la signature génique et son expression phénotypique a pu être établie. La signature de la régression comprend entre autres, des gènes impliqués dans la réponse immunitaire, le cycle cellulaire et la différentiation ainsi que la pigmentation des mélanocytes. Ce travail révèle que la régression des mélanomes semblerait être lié à une sous régulation précoce du cycle cellulaire. De plus le système immunitaire semble jouer un rôle majeur dans l'éradication des cellules tumorales. Par immunohistologie et cytometrie en flux, nous avons caracterisé le phenotype des cellules infiltrant les tumeurs : les cellules de l'immunité innée et acquise. On observe deux phases pendant le processus de la régression : une phase précoce consistant principalement à une infiltration par des cellules presentatrice d'antigènes (SWC3+) puis une phase d'infiltration tardive par des lymphocytes cytotoxiques (CD8+). La régression s'accompagne également de la présence de grosses cellules hyperpigmentées que nous avons commencés à caracteriser. Ce travail a permis de montrer qu'il existe des similarités entre le transcriptome du mélanome chez le porc et chez l'homme en plus de celles déjà observées au niveau clinique et génétique ce qui permet de confirmer l'utilité de ce modèle pour l'étude du mélanome chez l'homme. Il a surtout permis de disséquer le processus de régression au niveau cellulaire et moléculaire. Ainsi on a observé un signal précoce d'arrêt en mitose des cellules tumorales, phénomene inconnue jusqu'alors, puis une implication du système immunitaire. Il reste à demontrer si ce dernier est le réel inducteur de la régression. D'ores et déjà, ce travail apporte des cibles à utiliser pour développer des traitements contre le mélanome chez l'homme.

Selon la législation européenne relative au contrôle des salmonelles et autres agents zoonotiques, des mesures effectives doivent être prises pour détecter et combattre ces agents à tous les stades de la chaîne de production alimentaire. Une des sources de salmonelloses humaines est la viande de porc contaminée. Afin de mieux lutter efficacement contre Salmonella dans la viande porc, une appréciation quantitative des risques a été développée représentant lensemble de la filière de production. Pour atteindre cet objectif, plusieurs étapes préliminaires ont été nécessaires. La première tâche était un recensement des données à toutes les étapes de la chaîne de production auprès des autorités publiques et des opérateurs privés. Une base de données a ensuite été développée reprenant les méthodes de travail dans les différentes entreprises étudiées mais également les résultats danalyses microbiologiques réalisées sur lensemble de la filière. Le but était détudier les sources de contamination de la viande de porc à partir de labattoir jusquà la préparation au domicile du consommateur, Sur base des données disponibles, un modèle dappréciation quantitative des risques a pu être construit en tenant compte du flux de production schématisé. Lobjectif final du modèle est de donner les options concrètes pour réduire efficacement le risque de salmonellose chez l'homme suite à la consommation de viande hachée de porc. Les scénarios ont été élaborés sur base de la situation internationale et de la littérature pour simuler des possibilités concrètes et réalistes damélioration de la qualité microbiologique de la viande de porc. Les niveaux de contamination ainsi que les facteurs de risque potentiels de contamination liés aux paramètres de production, aux installations techniques et aux méthodes de nettoyage/désinfection ont été évalués au niveau des dix plus grands abattoirs en Belgique. Les résultats ont révélé une variabilité élevée concernant la contamination par Salmonella parmi les abattoirs, avec une prévalence variant de 2,6 à 34,3%. Les résultats des régressions linéaires et logistiques ont révélé que certaines pratiques de travail telles que l'échaudage par vapeur, un second flambage après la flagelleuse et le nettoyage/désinfection de la fendeuse plusieurs fois par jour sont bénéfiques pour la réduction de la contamination par Salmonella. Ces données ont été à la base de la modélisation de létape dabattage des porcs en Belgique. Les étapes de production après labattoir ont également été étudiées. Les résultats des analyses bactériologiques de sept ateliers de découpe, de quatre ateliers de viande hachée et des quatre plus grands détaillants belges ont été recueillis grâce aux données de surveillances officielles et d'auto-surveillance. La prévalence de Salmonella dans les ateliers de découpe et de viande hachée varie de 0% à 50%. La prévalence de Salmonella dans la viande hachée au niveau de la vente au détail varie de 0,3% à 4,3%. Les concentrations en salmonelles ont été estimées à partir de données semi-quantitatives relatives aux carcasses, aux morceaux de viande et aux viandes hachées à respectivement -3,40 ± 2,04 log UFC/cm ², -2,64 ± 1,76 log UFC/g et -2,35 ± 1,09 log UFC/g. Ces données ont servi de base pour la construction du modèle pour les étapes de découpe, de hachage, de stockage et de distribution de viande hachée de porc en Belgique. Le modèle dAQR a été ensuite développé sur base des données collectées. Après validation du modèle, des scénarios datténuation du risque y ont été implantés. Le nombre de salmonelloses humaines suite à la consommation de viande de porc en Belgique a été estimé à 15.376 cas par an. Les résultats ont montré que le risque de salmonellose chez l'homme pourrait être réduit de manière significative avec des efforts déployés tout au long de la chaîne de production de viande de porc, mais aussi par les consommateurs. Selon le modèle, une réduction de 25% de la prévalence des carcasses à labattoir diminuerait de 45,7% le nombre de cas de salmonelloses humaines en Belgique. Les consommateurs doivent également être conscients des bonnes pratiques d'hygiène durant la préparation de la viande à domicile afin déviter les contaminations croisées entre les aliments. Selon le modèle, les contaminations croisées avec des aliments crus durant la préparation du repas provoqueraient chaque année plus de 14.693 cas de salmonelloses tandis que le manque de cuisson engendrerait 683 cas. Le nombre de cas de salmonelloses humaines pourrait être réduits en améliorant les habitudes de préparation des aliments dans les cuisines afin déviter les contaminations croisées. Les résultats de ces analyses de scénarios et les recommandations issus de ces recherches sont utiles pour les industriels et les responsables de la santé publique impliqués dans la chaîne de production de viande de porc. Les études et le modèle dAQR développé ont permis dobtenir un état des lieux de la situation en Belgique mais également démettre des recommandations de gestion le long de la chaîne de production de viande de porc. Cependant, ces résultats sont à nuancer car, à lheure actuelle, lapplication de lAQR à lindustrie de la viande sest heurtée à un problème récurrent de manque de données à certaines étapes clés. Les Etats et les entreprises doivent entreprendre des études complémentaires et offrir ainsi une meilleure évaluation de la situation de la chaîne alimentaire « de la fourche à la fourchette ».

En France, le virus de l'hépatite E (VHE) est responsable de cas d'hépatites aigües sporadiques dont les origines et les modes de transmission sont incertains. Or, le VHE est le seul virus des hépatites à infecter d'autres espèces animales que l'homme. Les objectifs de cette thèse ont été d'évaluer le risque de transmission zoonotique du VHE porcin pour l'Homme. Une première étude d'épidémiologie moléculaire a montré une circulation active du VHE entre les populations porcines et humaines, préférablement par voie alimentaire. Une deuxième étude par séquençage haut-débit a montré l'adaptation totale du génome consensus et de la quasiespèce du VHE lors de la transmission inter-espèce. Une troisième étude de trois nouveaux génomes complets porcins comparé aux génomes VHE humains déjà disponibles n'a pas révélé de déterminants majeurs de restriction d'hôte au sein du génotype 3. Par contre cette étude a mis en avant le besoin de revoir la classification en sous-types du VHE au vu des nouvelles séquences disponibles. Enfin, un système de génétique inverse a été mis en place afin de permettre l'étude phénotypique de nouvelles souches humaines et porcines du VHE dans des lignées hépatocytaires. Ces travaux ont permis de montrer le risque zoonotique du VHE du porc consommé en France et son adaptation génomique complète à ses deux espèces hôtes. Le VHE est un virus zoonotique à ARN particulier dont la variabilité génétique dépend de son épidémiologie singulière, qui inclue la possibilité de transmissions alimentaires à partir d'un réservoir animal domestique. Ce travail permet enfin de poser les perspectives d'études phénotypiques du VHE