Les génomes des espèces aviaires ont des caractéristiques particulières comme la structure des chromosomes et le contenu en séquences répétées. En effet, alors que dans les génomes vertébrés, la proportion de répétitions dans le génome varie de 30 à 55 %, dans les espèces aviaires, cette proportion est plus faible et varie de 8 à 10 %. L’annotation du contenu répété est le plus souvent réalisée avec le programme RepeatMasker qui s’appuie généralement sur la banque de séquences répétées Repbase. Ce genre de méthode repose uniquement sur la séquence des éléments transposables connus. De fait, ce programme n’est pas en mesure de détecter de nouvelles séquences répétées, et la qualité de l’annotation sera donc dépendante de la banque de séquences d’éléments transposables utilisée. De plus en plus d’études montrent que les éléments transposables jouent un rôle dans le fonctionnement du génome et peuvent influer sur l’expression des gènes. Il est donc primordial que l’annotation de ces séquences soit la plus complète possible. Au cours de ma thèse a été mise en place une stratégie d’annotation des séquences répétées que nous avons élaborée et appliquée à un génome de grande taille, celui de la poule rouge de jungle. L’annotation ainsi obtenue m’a permis d’étudier l’organisation du génome de cette espèce au travers de ses séquences répétées et éléments transposables. / The genomes of avian species have special features such as the structure of chromosomes or their content in repeated sequences. Indeed, compared to vertebrate genomes in which the amount of repetitions varies from 30 to 55%, it is lower in avian species and varies from 8 to 10%. The annotation of repeated content is most often done with the RepeatMasker program that is generally use the Repbase database of repeated sequences. This kind of approach is based solely on the sequence of already known transposable elements. In fact, this program is not able to detect new repeats and in consequence produced annotations with a quality that depends on the sequences of transposable elements used. More and more studies show that transposable elements play a role in the functioning of the genome and can influence gene expression. It is therefore essential that the annotation of these sequences is as complete as possible. There are many programs using methods for detecting de novo transposable elements, either by searching for characteristic structures, or by comparing the genome against itself. However, no standard strategy of annotation for repeated sequences have been defined yet. My thesis aims to set-up a standard strategy of annotation for repeated sequences that was applied to a large genome, that of the red jungle fowl. The obtained annotation allowed me studying the genome organization in this species through its repeated sequences and transposable elements.

La réduction des apports alimentaires de phosphore (P) ainsi que l’optimisation de son utilisation par les animaux représentent des enjeux majeurs pour assurer la durabilité des filières avicole et porcine. Le développement de systèmes d’alimentation assurant une utilisation efficace du phosphore est donc crucial en particulier durant la période de finition. Ce travail de thèse a permis de redéfinir le besoin en P des animaux durant cette phase et ce en lien avec les autres constituants de la matrice alimentaire reconnus pour impacter de façon majeure sur l’utilisation globale de P (Ca, phytase microbienne). Ce travail a également permis de quantifier l’impact du Ca et de la phytase microbienne sur les flux digestifs et métaboliques de P. Les connaissances générées contribuent à développer d’une part, des modèles mécanistes simulant le devenir de P à l’échelle de l’animal et d’autre part, de nouveaux systèmes d’alimentation répondant aux enjeux de la durabilité. / The reduction of dietary phosphorus (P) and the optimisation of its utilisation by the animals represent major challenges for the sustainability of poultry and pig production. The development of new feeding strategies ensuring an efficient utilization of P appears crucial particularly during the finishing period. The present work contributed to redefine the requirement of P of the animals during this phase in conjunction with the other constituents of the feed matrix well-known to significantly impact on the overall utilisation of P (Ca, microbial phytase). Moreover, this work quantified the impact of Ca and microbial phytase on the digestive and metabolic flows of P. On one hand, generated knowledge helps developing mechanistic models simulating the fate of P in the scale of the animal and on the other hand new feeding systems to meet the challenges of sustainability.

En production avicole, S. Senftenberg connue pour être souvent associée au couvoir, est devenue très fréquente dans les élevages de volaille. L’objectif de la thèse est donc de comprendre les causes de cette persistance. Les résultats présentés suggèrent que l’existence de souches persistantes au sein du sérovar Senftenberg peut être à l’origine de l’augmentation de sa prévalence dans les élevages. Nous avons en effet identifié des souches présentant des phénotypes distincts en termes de persistance dans les caeca de poulets. Les souches persistantes ont la capacité d’induire un portage intestinal similaire à S. Enteritidis.Toutefois, les résultats in vivo ont montré qu’à la différence de S. Enteritidis, les souches de S.Senftenberg sont incapables d’induire une forte infection systémique chez le poulet et la souris,probablement due à leur faible capacité à résister aux cellules immunitaires. La comparaison entre les souches persistantes et non-persistantes n’a montré aucune différence de survie dans le contenu et le mucus caecal. Cependant, les souches persistantes ont une meilleure capacité à coloniser et persister dans les tissus d’animaux ce qui pourrait être une explication possible à l’augmentation de leur persistance. Ce caractère pourrait donc présenter un risque pour la santé humaine étant donné que ces bactéries peuvent être présentes chez les animaux avant l'abattage et la transformation des aliments. / In poultry production, S. Senftenberg was associated to the hatchery, but has recently become morefrequent in poultry farms. The aim of our study is to explain the increased persistence of this serovar. Our findings suggest that the existence of persistent strains within the serovar Senftenberg could explain its recent emergence in poultry flocks. We identified strains showing different persistence phenotypes inchicken caeca. The persistent strains are able to induce an intestinal asymptomatic carrier state in chicks similar to S. Enteritidis. However, the in vivo analysis showed that S. Senftenberg strains, contrary to S.Enteritidis are unable to induce a strong systemic infection in infected mice and chickens which could be in part related to their low capacity to resist to immune cells. The comparison between persistent and nonpersistents trains showed no difference in their ability to grow in the caecal content and mucus. However,persistent strains are more able to colonize and persist in chickens and mice tissues, which could be a possible explanation for their increased persistence. This trait might thus present a human health risk as these bacteria could be present in animals before slaughter and during food processing.

L’Influenza Aviaire Hautement Pathogène H5N1 (IAHP à H5N1) a été déclaré en Thaïlande lors de plusieurs vagues épidémiques puis lors de cas sporadiques entre 2004 et 2008, et le risque persiste encore en Thaïlande. La plupart des foyers confirmés d’IAHP à H5N1 en Thaïlande ont eu lieu dans les populations de volailles de basse-cour. Les poulets de basse-cour sont élevés pour de nombreuses raisons, y compris pour un revenu supplémentaire. Ce commerce est géré informellement par les collecteurs de volailles qui peuvent être classés en collecteur-abatteur (TS), sous-collecteur (HT) et collecteur de collecteurs (TT). Ces collecteurs se déplacent entre villages avec les mêmes véhicules et matériel non nettoyés. Nous avons mesuré leurs activités commerciales dans l'espace et le temps. Nous avons développé un modèle spatial dynamique compartimental et stochastique de la filière de poulet de basse-cour dans une province. Nos résultats indiquent que ces échanges commerciaux peuvent contribuer à la propagation d’IAHP à H5N1 grâce au chevauchement des zones de collecte et aux distances parcourues. Des variations temporelles ont été observées lors de certaines grandes fêtes rituelles tel le Nouvel An chinois. Nous avons développé un modèle SIR couplé au modèle de la filière de poulets. Nous avons supposé que la maladie peut se propager par deux moyens : localement entre villages voisins et par les échanges commerciaux. Nous avons utilisé ce modèle infectieux de base pour tester plusieurs mesures de contrôle connexes. Nos résultats suggèrent que lors d’un foyer une interdiction totale et rapide de tous les échanges de volailles devrait être mise en oeuvre ainsi qu’une campagne de désinfection. / Highly pathogenic avian influenza H5N1 (HPAI H5N1) was recognized in Thailand by multiple epidemic waves and some sporadic cases between 2004 and 2008 but the risk of disease remerging in Thailand still remains up to present. Most of HPAI H5N1 confirmed outbreaks in Thailand occurred in backyard chicken populations. Backyard chickens are reared for many purposes including for additional cash income. Backyard chicken trade is informally managed by poultry traders which can be categorized into trader–slaughterhouse (TS), household trader (HT) and trader of trader (TT). These traders roam around different villages with the same unclean vehicle and facilities. Thus, their trade patterns in space and time are necessary to be elaborately studied. In our study, we developed a spatial compartmental stochastic dynamic model of backyard chicken trade network in a province of Thailand. Our model results indicated that the structure of poultry networks may contribute to HPAI H5N1 spread through overlapped catchment areas and long distance trades. Also, temporal variations of live poultry movements were observed during some major ritual festivals especially Chinese New Year. Subsequently, we developed an SIR model upon the dynamic model of backyard chicken trade network. It was assumed in this study that the disease can spread by two means: local spread to neighboring uninfected villages and spread by poultry traders. Then, we used this baseline infectious model to test multiple related control measures. Our ultimate results suggested that a complete ban of all poultry traders should be promptly implemented with poultry area disinfection campaign once the outbreak occurs.

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L’utilisation d’antimicrobiens chez les animaux de consommation est une source de préoccupation importante pour la santé publique à travers le monde en raison de ses impacts potentiels sur l’émergence de micro-organismes résistants aux antimicrobiens et sur la présence de résidus antimicrobiens néfastes dans la viande. Cependant, dans les pays en développement, peu de données sont disponibles sur les pratiques d’utilisation des antimicrobiens à la ferme. Par conséquent, une étude épidémiologique transversale a été menée de juin à août 2011 dans des élevages de poulets de chair situés dans le sud du Vietnam, ayant pour objectifs de décrire la prévalence d’utilisation des antimicrobiens ajoutés à l’eau de boisson ou aux aliments à la ferme, et de tester les associations entre les caractéristiques des fermes et la non-conformité avec les périodes de retrait recommandés sur l’étiquette des produits. Un échantillon d’accommodement de 70 fermes a été sélectionné. Les propriétaires des fermes ont été interrogés en personne afin de compléter un questionnaire sur les caractéristiques des fermes et les pratiques d’utilisation d’antimicrobiens. Au cours des 6 mois précédant les entrevues, il a été rapporté que la colistine, la tylosine, l’ampicilline, l’enrofloxacine, la doxycycline, l’amoxicilline, la diavéridine et la sulfadimidine ont été utilisés au moins une fois dans les fermes échantillonnées, avec une fréquence descendante (de 75.7% à 30.0%). D’après deux scénarios de risque basés sur la comparaison de la période de retrait recommandée sur l’étiquette du produit et celle pratiquée à la ferme, de 14.3% à 44.3% des propriétaires de ferme interrogés n’ont pas respecté la période de retrait recommandée sur l’étiquette au moins une fois au cours des 6 derniers mois, et ce pour au moins un antimicrobien. Les facteurs de risque associés (p<0.05) avec une non-conformité avec la période de retrait recommandée sur l’étiquette pour au moins un des deux scénarios sont les suivants : élever des oiseaux qui n’appartiennent pas tous à des races d’origine asiatique, vacciner contre la bronchite infectieuse, avoir utilisé plus de 6 différents antimicrobiens à la ferme au cours des 6 derniers mois, et utiliser un mélange d’aliments fait maison et commerciaux. Nos résultats soulignent l’importance d’utiliser les antimicrobiens de façon judicieuse et en respectant les temps de retrait officiels, afin de protéger le consommateur contre les risques pour la santé causés par une exposition à des niveaux nocifs de résidus antimicrobiens. / Antimicrobial use in food-animal husbandry is an important public health concern worldwide due to its potential impact on the emergence of drug-resistant microbes and its harmful residues in meat. However, in developing countries, few data are available on farm drug use practices. Therefore a cross-sectional epidemiological study was conducted on broiler chicken farms in Southern Vietnam from June 2011 to August 2011 with the aim of both describing prevalence of antimicrobials added to feed or water at the farm level and ascertaining any associations between farm characteristics and non-compliance of antimicrobial withdrawal times on labels. A convenient sample of 70 broiler farms was surveyed via personal interviews with farm owners using a questionnaire pertaining to farm characteristics and drug use practices. Over the 6-month period prior to the interviews, colistin, tylosin, ampicillin, enrofloxacin, doxycyclin, amoxicillin, diaveridin, and sulfadimidin were used at least once in descending frequency (from 75.7% to 30.0%) by the farms surveyed. Following two risk scenarios based on the comparison of recommended label withdrawal times with actual withdrawal times practiced during this period, between 14.3% and 44.3% of farmers did not comply with on-label withdrawal times for at least one antimicrobial. Risk factors associated (p<0.05) with non-compliance with on-label withdrawal times in at least one risk scenario were: raising birds other than Asian-indigenous bird breeds only, vaccinating against infectious bronchitis, using more than 6 different antimicrobials on a farm during the last 6 months prior to the interview, and mixing home-made and commercial feed. Our results underline the importance of using antimicrobials judiciously and respecting official withdrawal times in order to protect the consumer from the health risks caused by exposure to harmful levels of antimicrobial residues.

Des études précédentes ont montré qu’une carence en vitamine E prédispose à la myopathie du poulet de chair. L’effet d’un ajout de vitamine E dans la diète commerciale sur la dégénérescence des fibres musculaires de la poitrine et de la cuisse a été étudié chez les poulets de chair. Des poulets mâles ROSS 308 (n = 1100) ont été assignés de façon aléatoire à deux traitements alimentaires (aliment commercial + 25 à 50 mg de vitamine E surajouté par kg vs aliment commercial + 0 mg de vitamine E supplémentaire). Les poulets ont été répartis sur 10 parquets (cinq répétitions par traitement). Le poids corporel et la consommation d’aliment ont été mesurés hebdomadairement. Aux jours j28, j35, j42 et j49, du sang a été prélevé pour mesurer le niveau de vitamine E et l’activité de la créatine kinase (CK). Les muscles Pectoralis superficialis et Adductor magnus ont été prélevés pour des analyses histologiques aux jours j28, j42 et j49; les fibres dégénérées ont été dénombrées sur chaque muscle prélevé. La concentration plasmatique de vitamine E était plus élevée dans le groupe supplémenté (P = 0.001). L’activité de la CK n’était pas différente dans les deux groupes (P = 0.20) mais très élevée, et n’était pas toujours en relation avec les dommages musculaires, à cause de grandes fluctuations de la CK entre les individus du même groupe. Le nombre de fibres endommagées était plus élevé dans le muscle Pectoralis superficialis (poitrine) que dans le muscle Adductor magnus (cuisse) dans les deux groupes; il y avait aussi moins de fibres dégénérées à j28 dans la poitrine des poulets qui ont reçus la diète supplémentée. Ces résultats suggèrent que l’ajout de vitamine E à la diète conventionnelle augmente le niveau de vitamine E dans le plasma et dans les tissus, diminue le nombre de fibres dégénérées dans la poitrine des jeunes poulets sans pour autant modifier la conversion alimentaire. La mesure de l’activité plasmatique de la CK ne saurait suffire à elle seule pour détecter précocement la myopathie nutritionnelle dans les élevages de poulets de chair. / Previous studies have shown that vitamin E deficiency could lead to nutritional myopathy in broiler chickens. Vitamin E was added to a conventional commercial diet to evaluate its effect on breast and thigh muscle fibers degeneration in broiler chickens. Male chickens ROSS 308 (n = 1100) were randomly assigned to two dietary treatments (a commercial diet with 25 to 50 mg of extra vitamin E per kg of commercial diet and a commercial diet without extra vitamin E). Chickens were randomly divided into 10 pens (five replicates per treatment). Body weight and feed intake were monitored weekly. At d28, d35, d42 and d49 blood from chickens were sampled and assayed for level of vitamin E and creatine kinase (CK) activity. Both Pectoralis superficialis and Adductor magnus muscles from chickens were sampled for histological examination at d28, d42 and d49, and degenerated fibers were numbered. Plasma levels of vitamin E were higher in the supplemented group (P = 0.001), whereas activity of CK was high in both groups, but not significantly different (P = 0.20) due to strong fluctuations in CK activities within groups of these fast growing chickens. Pectoralis superficialis muscle had more damaged fibers than adductor’s in both groups. There were less degenerated fibers in pectoral muscle from d28 chickens receiving the supplemented diet. These results suggested that adding vitamin E into conventional diet increases plasma vitamin E and decreases the number of degenerated muscle fibers within pectoral muscle of young chickens. Measuring the CK activity in plasma is not sufficient for early detection of nutritional myopathy in broiler chicken’s farms.

L’utilisation d’antimicrobiens chez les animaux de consommation est une source de préoccupation importante pour la santé publique à travers le monde en raison de ses impacts potentiels sur l’émergence de micro-organismes résistants aux antimicrobiens et sur la présence de résidus antimicrobiens néfastes dans la viande. Cependant, dans les pays en développement, peu de données sont disponibles sur les pratiques d’utilisation des antimicrobiens à la ferme. Par conséquent, une étude épidémiologique transversale a été menée de juin à août 2011 dans des élevages de poulets de chair situés dans le sud du Vietnam, ayant pour objectifs de décrire la prévalence d’utilisation des antimicrobiens ajoutés à l’eau de boisson ou aux aliments à la ferme, et de tester les associations entre les caractéristiques des fermes et la non-conformité avec les périodes de retrait recommandés sur l’étiquette des produits. Un échantillon d’accommodement de 70 fermes a été sélectionné. Les propriétaires des fermes ont été interrogés en personne afin de compléter un questionnaire sur les caractéristiques des fermes et les pratiques d’utilisation d’antimicrobiens. Au cours des 6 mois précédant les entrevues, il a été rapporté que la colistine, la tylosine, l’ampicilline, l’enrofloxacine, la doxycycline, l’amoxicilline, la diavéridine et la sulfadimidine ont été utilisés au moins une fois dans les fermes échantillonnées, avec une fréquence descendante (de 75.7% à 30.0%). D’après deux scénarios de risque basés sur la comparaison de la période de retrait recommandée sur l’étiquette du produit et celle pratiquée à la ferme, de 14.3% à 44.3% des propriétaires de ferme interrogés n’ont pas respecté la période de retrait recommandée sur l’étiquette au moins une fois au cours des 6 derniers mois, et ce pour au moins un antimicrobien. Les facteurs de risque associés (p<0.05) avec une non-conformité avec la période de retrait recommandée sur l’étiquette pour au moins un des deux scénarios sont les suivants : élever des oiseaux qui n’appartiennent pas tous à des races d’origine asiatique, vacciner contre la bronchite infectieuse, avoir utilisé plus de 6 différents antimicrobiens à la ferme au cours des 6 derniers mois, et utiliser un mélange d’aliments fait maison et commerciaux. Nos résultats soulignent l’importance d’utiliser les antimicrobiens de façon judicieuse et en respectant les temps de retrait officiels, afin de protéger le consommateur contre les risques pour la santé causés par une exposition à des niveaux nocifs de résidus antimicrobiens. / Antimicrobial use in food-animal husbandry is an important public health concern worldwide due to its potential impact on the emergence of drug-resistant microbes and its harmful residues in meat. However, in developing countries, few data are available on farm drug use practices. Therefore a cross-sectional epidemiological study was conducted on broiler chicken farms in Southern Vietnam from June 2011 to August 2011 with the aim of both describing prevalence of antimicrobials added to feed or water at the farm level and ascertaining any associations between farm characteristics and non-compliance of antimicrobial withdrawal times on labels. A convenient sample of 70 broiler farms was surveyed via personal interviews with farm owners using a questionnaire pertaining to farm characteristics and drug use practices. Over the 6-month period prior to the interviews, colistin, tylosin, ampicillin, enrofloxacin, doxycyclin, amoxicillin, diaveridin, and sulfadimidin were used at least once in descending frequency (from 75.7% to 30.0%) by the farms surveyed. Following two risk scenarios based on the comparison of recommended label withdrawal times with actual withdrawal times practiced during this period, between 14.3% and 44.3% of farmers did not comply with on-label withdrawal times for at least one antimicrobial. Risk factors associated (p<0.05) with non-compliance with on-label withdrawal times in at least one risk scenario were: raising birds other than Asian-indigenous bird breeds only, vaccinating against infectious bronchitis, using more than 6 different antimicrobials on a farm during the last 6 months prior to the interview, and mixing home-made and commercial feed. Our results underline the importance of using antimicrobials judiciously and respecting official withdrawal times in order to protect the consumer from the health risks caused by exposure to harmful levels of antimicrobial residues.

Au Vietnam, les informations sur la contamination de la viande de volaille par les salmonelles sont presque limitées. L’étude cherche à comparer la prévalence des salmonelles entre les marchés traditionnels et les supermarchés ainsi qu’entre les carcasses fraîches et congelées en plus de mesurer la température interne au moment de l’achat. Deux cent quarante-cinq carcasses de poulets entiers ont été achetées des marchés et des supermarchés dans sept arrondissements de la ville de Hanoi au Vietnam de juin à juillet 2011. L’échantillonnage a inclu 110 carcasses fraîches de marchés traditionnels (F/M), 109 carcasses fraîches des supermarchés (F/SM) et 26 carcasses congelées des supermarchés (FZ/SM). La température intérieure des carcasses a été évalué au moment de l’achat des carcasses. Salmonella a été isolé à partir de rinçage de carcasses et les isolats ont été sérotypés. La prévalence de carcasses positives pour Salmonella était de 66,5% (163/245) et variait entre les trois catégories : 84,55% (93/110) de F/M, 59,63% (65/109) de F/SM et 19,23% (5/26) de FZ/SM (P<0.05). Pour un total de 25 sérovars détectés, le sérovar principal fut Agona (24,78%) suivi de Albany (20,43%) et enfin Corvallis (10%). Deux des sérovars repérés se retrouvaient sur les mêmes carcasses pour 66 échantillons (26,9%). La température interne des carcasses des marchés traditionnels et des supermarchés était associé une différence significative (P < 0.05) avec une température moyenne de 27,3°C et 15,8°C respectivement. Cette étude dévoile une prévalence élevée de Salmonellaspp.des carcasses de poulets à Hanoi et démontre une difficulté partagée par tous les types de marchés à maintenir une température adéquate des carcasses. / In Vietnam, the data on the prevalence of Salmonella contamination in retail chicken meat is limited. We wanted to compare that prevalence at traditional and modern supermarkets, as well as in fresh versus frozen carcasses, and to verify the inner carcass temperatures at time of purchase. A collection of 245 whole chicken carcasses were purchased from traditional markets and supermarkets, in seven urban district areas of Hanoi in June and July, 2011. Sampling plan included 110 fresh chickens from traditional markets (F/M), 109 fresh chickens from supermarkets (F/SM) and 26 frozen chickens from supermarkets (FZ/SM). The inner carcass temperature was measured at the time of purchase. Salmonella was isolated from carcass rinses and isolates were serotyped. The overall prevalence of Salmonella-positive carcasses was 66.5% (163/245). The Salmonella prevalence in the three types of chickens varied significantly, 84.55% (93/110) from F/M, 59.63% (65/109) from F/SM and 19.23% (5/26) from FZ/SM (P< 0.05). A total of 25 serovars were recovered. The predominant serovars were Agona (24.78%), Albany (20.43%) and Corvallis (10%). Two different serovars were isolated and coexisted on the same carcass in 66 samples (26.9%). The inner carcass temperatures of fresh samples from traditional markets and supermarkets were significantly different (P <0.05) with a mean inner carcass temperature of 27.3oC and 15.8oC respectively. This study revealed a high prevalence of Salmonella sp. from retail chickens in Hanoi and uncovered the difficulty encountered by all market types to store broiler chicken carcasses at a safe temperature.

L’optimisation de l’utilisation de phosphore reste un enjeu majeur pour assurer la durabilité de nos filières avicoles et porcines. Aujourd’hui, l’utilisation de coproduits, relativement riches en fibres alimentaires, est grandissante. Or, les fibres alimentaires sont reconnues pour moduler les processus de digestion et la digestibilité des nutriments. Ce travail de thèse a permis de progresser sur les mécanismes digestifs engendrés par l’apport de coproduits riches en fibres alimentaires et leurs effets sur la digestion des minéraux, en lien avec la phytase microbienne, spécifiquement chez le porc et le poulet. Leurs conséquences métaboliques en terme de balance minérale et d’équilibre acidobasique ont également été mises en évidence Les connaissances acquises vont contribuer à l’amélioration de l’apport en minéraux, notamment de phosphore et de calcium, dans des formules diversifiées chez le porc et le poulet. A terme, ceci permettra de mieux adapter nos systèmes d’alimentations au regard des enjeux de durabilité. / The optimisation of the use of phosphorus remains a major challenge to ensure the sustainability of poultry and pig industry. Today, the use of co-product, relatively rich in dietary fibre, is increasing. However, dietary fibre is known to modulate digestion processes and digestibility of nutrients. This work contributed to progress on the digestive mechanisms generated by the intake of dietary fibre from coproducts and their effects on the digestion of minerals, in relation with microbial phytase, specifically in pigs and chickens. Their metabolic consequences in terms of mineral and acid-base balance have also been demonstrated. The knowledge gained will contribute to the improvement of the intake of minerals, in particular phosphorus and calcium, in diversified formulas in pigs and the chicken. Finally, this will allow us to better adapt our feeding systems to the challenges of sustainability.