Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

L'alimentation séquentielle (AS), qui consiste à distribuer de manière cyclique deux aliments différents, permet de recréer partiellement les conditions d'une alimentation plus variée. L'objectif de la thèse a été de mieux comprendre comment le poulet nourri en AS adapte son ingestion, en fonction du temps et des caractéristiques énergétique et protéique des aliments. Quatre expériences ont été réalisées avec des poulets de chair mâles à croissance rapide. L'AS a été pratiquée avec des cycles de 48 h et des couples d'aliments variant par leur caractéristiques énergétique (2800 (E-) et 3200 kcal/kg (E+)) et/ou protéique (230 (P+) et 150 g/kg (P-)), et a été comparée à une alimentation complète C (3000 kcal/kg et 190 g/kg de protéines). Une première expérience indique que le poulet n'adapte pas sa consommation à la teneur énergétique de l'aliment à l'échelle de 24h et est très lent à adapter sa consommation à la teneur en protéine (plus d'une semaine). L'âge d'introduction de l'AS (10 et 18 j) n'a pas modifié ces réactions. Nous avons ensuite évalué si les variations d'ingestion sont liées à des préférences alimentaires (Exp. 2 et 3). Le poulet apprend à reconnaître l'aliment le plus énergétique qu'il préfère nettement, contrairement à l'animal naïf. Par ailleurs, il n'exprime pas clairement de préférence entre les aliments variant en protéines. Des interactions entre les propriétés nutritionnelles et sensorielles des aliments pourraient expliquer ces résultats. Enfin, nous avons observé (Exp. 4) que, même si le poulet exprime une préférence pour l'aliment le plus dur, la reconnaissance de l'aliment le plus énergétique ne repose pas uniquement sur cette caractéristique. Le poulet développe ainsi très vite une préférence pour l'énergie, acquise lors d'expositions successives. Cette préférence alimentaire guide la consommation d'un jour à l'autre, aboutissant à un équilibrage du fait de la symétrie des apports. La variation de la teneur en protéines engendre quant à elle des effets plus faibles sur l'ingestion et après une période d'exposition plus longue. Pour adapter leur ingestion, les poulets apprennent à reconnaître les aliments, en associant les caractéristiques sensorielles aux effets post-ingestifs perçus. Ces sensorialités, et notamment celles faisant intervenir la vision et le toucher, ne sont pas encore bien évaluées et nécessitent des investigations supplémentaires.

Alix est une protéine adaptatrice impliquée dans la régulation du système endolysosomal grâce à son interaction avec des protéines comme CIN85 et les endophilines, protéines participant à l'endocytose de récepteurs ou les protéines des complexes ESCRT nécessaires à la maturation des compartiments endosomaux, Alix pourrait également contrôler la mort neuronale en se fixant à la protéine ALG-2. Le but de mon projet de thèse a été de tester si Alix intervient dans la mort des motoneurones au cours du développement in vivo et de définir les mécanismes moléculaires sous-jacents. J'ai montré que l'expression d'une protéine tronquée, correspondant à la moitié C-terminale d'Alix (Alix-CT), protège les motoneurones cervicaux de la mort cellulaire programmée précoce (PCD). Cette protection dépend de la liaison d'Alix-CT à ALG-2 et à ESCRT-I mettant en évidence l'implication du complexe Alix/ALG-2 avec les protéines ESCRT dans la mort naturelle des motoneurones : Alix ferait le lien entre la voie endolysosomale et la machinerie de mort cellulaire. J'ai montré que la délétion du site de liaison à CIN85, connue pour participer à l'endocytose du récepteur au TNF, le TNFR1, dans Alix-CT, inhibe sa capacité protectrice sur la PCD. La suite de mon travail démontre qu'Alix fonctionne en aval de la signalisation du TNFR1 à la fois in vivo et in vitro. Alix/ALG-2 interagit avec le TNFR1 au niveau des endosomes et pourrait permettre la formation d'une plateforme d'activation de la caspase-8 qui serait recrutée au niveau des « endosome de mort » contenant le TNFR1.

Le zinc est un élément essentiel, un métal polluant et une ressource non renouvelable. Les phytates sont identifiés comme facteur alimentaire principal qui limite la biodisponibilité du Zn chez le monogastrique. Le Zn sous forme organique (DZNO) est supposé moins interagir avec les phytates que celui de forme inorganique (DZNI). La biodisponibilité du Zn alimentaire a été étudiée en fonction des phytates chez le rat, le poulet et le porcelet pour mieux comprendre les mécanismes liés à cette interaction. Les expériences in vivo et les méta-analyses ont permis de mettre en évidence que : 1) L'absorption de DZNO est améliorée par rapport à DZNI, en présence de phytate de sodium qui suggère une protection, de DZNO contre cet antagoniste. 2) La biodisponibilité de DZNO n'est pas améliorée par rapport à DZNI chez le poulet et le porc nourri avec des aliments contenant des phytates d'origine végétale. L'antagonisme des phytates végétales agit sur le Zn natif seulement. 3) L'antagonisme des phytates végétales sur la biodisponibilité du Zn est plus prononcé chez le porc que chez le poulet. Contrairement au porc, le pH gastrique faible chez le poulet serait capable de valoriser le Zn natif, initialement lié aux phytates. 4) Pour une supplémentation optimale du Zn chez le porc, nous suggérons, en plus de la teneur en Zn native, la prise en compte d'une nouvelle variable " P phytique non hydrolysé ". Celle-ci tient compte de l'activité phytasique végétale et microbienne de l'aliment. La supplémentation en Zn peut ainsi être adaptée en fonction du potentiel antagoniste des phytates non hydrolysées. La capacité naturelle du poulet à valoriser le zinc natif limite la marge de progrès.

Broiler flocks become frequently asymptomatically contaminated by the enteric bacteria Salmonella sp. and Campylobacter sp. which are human pathogens. Among the strategies developed at farm level to reduce the incidence of these pathogens, some lactic acid bacteria have been shown to be interesting because of their antimicrobial activity and their stimulatory properties on the immune system of poultry. The aim of this thesis was to select bacteria with antagonistic activity against Salmonella or Campylobacter, and to improve their inhibitory effect by the combination with enzymes of polysaccharidase type. The first step of the thesis was an epidemiological study carried out in the Walloon region in order to determine the contamination way of broilers by Campylobacter in free range production. Results showed that the major way of contamination is the open-air range to which the animals have access during the rearing period. A preventive treatment of the open-air range and the straw litter with an antagonistic strain in combination with an enzyme seems thus to be suitable in this case. The second step of the work aimed at the selection of a xylanase for using as a dietary additive in combination with an antagonistic bacterial strain against Salmonella. Four xylanases were studied in vivo for their effect on growth performances of broiler chickens. Diet supplementation with enzyme led to an increased final body weight and daily weight gain (P < 0.05), without difference according to the bacterial or fungal origin of the xylanase. The Belfeed B1100MP xylanase, which is commercialized in he Walloon region, was selected in order to develop a probiotic-xylanase feed additive. The purpose of the third part was to select a bacterial strain with antagonistic activity against Campylobacter for applying on open-air range and broiler litter. An in vitro screening of 12 lactic acid bacteria was realised using a co-culture assay with a growth medium based on straw and dehydrated poultry excreta, supplemented with different cellulase concentrations. Lactobacillus pentosus and Enterococcus faecium showed inhibitory effect against Campylobacter without enzyme which was intensified by cellulose from 200 ppm. Finally, the effect of dietary supplementation with a L. plantarum strain combined with the Belfeed B1100MP (PE treatment) on growth performance, microflora, and faecal Salmonella Typhimurium concentrations, was studied with experimentally infected broiler chickens. The PE diet allowed to partially overcome the negative effects associated with the infection on growth performance and microflora, and to significantly reduce faecal Salmonella concentration.

Les interactions entre génotype et environnement ont longtemps été négligées en sélection avicole, car la standardisation précoce des conditions d'élevage y limitait leur amplitude. Aujourd'hui, on assiste à une forte concentration des entreprises de sélection avicole, qui entraîne une réduction du nombre de souches disponibles et une standardisation de plus en plus poussée des conditions d'élevage en sélection. Simultanément, le développement de l'aviculture s'accompagne d'une diversification des milieux dans lesquels sont élevés les animaux, en terme de conditions d'élevage ou de climat. Ce travail avait donc pour but de répondre à plusieurs questions que se pose un sélectionneur face à la présence d'interactions: quelle souche doit-on choisir pour un milieu donné, dans quel milieu et sur quel critère doit-on retenir les candidats à la sélection ? Pour répondre à la 1ère question, nous avons comparé les performances de croissance, de qualité de carcasse, de viande et organoleptiques de poulets standard et label élevés en conditions de température tempérées ou chaudes. Les poulets labels présentaient les trois génotypes possibles pour le gène "Cou Nu". Notre étude a montré que les poulets labels résistaient mieux à la chaleur que les poulets à croissance rapide. En revanche, le gène "Cou Nu" n'apporte pas d'avantage supplémentaire pour la résistance à la chaleur de ce génotype à croissance lente. Enfin, nous avons mis en évidence plusieurs interactions triples entre génotype, température et sexe, qui montrent qu'il ne faut pas extrapoler à un sexe les résultats obtenus pour l'autre. Dans une 2ème partie, nous nous sommes placés dans le cas où le génotype était déterminé d'avance, en travaillant sur des races de poules pondeuses traditionnelles, la Gauloise Noire et la Gauloise Dorée. Ces races sont destinées à un élevage traditionnel, en conditions extérieures, où elles sont soumises à une variation naturelle de la photopériode. Dans cette partie, la question était donc de déterminer le meilleur milieu de sélection (en claustration avec un programme lumineux fixe ou en simulant une variation de photopériode naturelle). Si très peu d'interactions significatives ont pu être mises en évidence dans cette partie, le rang des pères de souche Gauloise Dorée est très variable entre milieux. Cela implique qu'ignorer les interactions conduirait à ne pas retenir les meilleurs candidats à la sélection pour beaucoup de caractères. Pour certains caractères présentant une interaction croisée, on retiendrait même les plus mauvais candidats en sélectionnant en claustration plutôt qu'en photopériode simulant le printemps. Enfin, dans une 3ème partie, nous avons étudié l'interaction entre système d'élevage chez le poulet label. Ces animaux sont sélectionnés en claustration au sol et élevés avec accès à un parcours extérieur. Les corrélations génétiques estimées entre milieux montrent la présence d'interaction entre génotype et environnement sur les caractères de croissance et de composition corporelle, mais d'amplitude suffisamment limitée pour maintenir la sélection en claustration. D'autre part, nous avons évalué les possibilités de sélection, dans ce génotype, de l'indice de consommation. La sélection directe est possible au vu de l'héritabilité de ce caractère, mais elle implique de maintenir les animaux en cage. Si l'on ignore la présence d'interactions entre génotype et environnement, le meilleur critère indirect de sélection de l'indice de consommation en cage est l'engraissement. En revanche, si l'on prend ces interactions en compte, les meilleurs critères de sélection sont les paramètres de la courbe de croissance mesurés au sol, en claustration ou avec accès à un parcours extérieur

Les muscles se forment au cours du développement embryonnaire, principalement grâce aux capacités de prolifération et différenciation des cellules souches musculaires, néanmoins ces capacités sont insuffisantes pour le développement correct des muscles. La formation des muscles est aussi régulée par des signaux provenant de tissus adjacents, parmi lesquels le tissu conjonctif (TC). Plusieurs facteurs de transcription spécifiquement exprimés dans le TC ont été identifiés comme étant impliqués dans la myogenèse caractérisant ainsi le TC comme une source importante de signaux dans le mécanisme de morphogénèse musculaire. Ces observations soulignent l’importance du rôle du TC dans la formation des muscles, cependant la nature moléculaire des mécanismes médiés par le TC reste à ce jour inconnue. L’objectif de ce travail de thèse a été d’établir le rôle des chimiokines CXCL12 et CXCL14 dans l’intéraction entre le TC et le développement musculaire, en utilisant l’embryon de poulet comme modèle. Dans un premier temps, nous avons défini le patron d’expression de CXCL12 et CXCL14 au cours du développement embryonnaire, et avons mis en évidence une corrélation entre la localisation de ces chimiokines et l’expression de gènes spécifiques à différentes sous populations du TC. Afin d’évaluer le rôle potentiel de ces chimiokines dans la différentiation du TC nous avons utilisé des approches de gain de fonction in vitro et in vivo et avons montré que CXCL12 et CXCL14 activent les facteurs de transcription spécifiques à différentes sous population du TC, démontrant ainsi que CXCL12 et CXCL14 régulent la différentiation du TC au cours du développement du membre. De plus, nous avons établit que la voie de signalisation BMP et les forces mécaniques régulent négativement l’expression des chimiokines CXCL12 et CXCL14. Ces résultats caractérisent pour la première fois l’implication de CXCL12 et CXCL14 dans la différentiation du TC.La deuxième partie de ce travail de thèse a visé à caractériser le rôle paracrine de CXCL12 et CXCL14 sur le développement musculaire. Nous avons pu observé que l’un des récepteur de CXCL12, CXCR7, est exprimé dans les cellules musculaires souches et différenciées, dans les ailes d’embryons de poulets. En utilisant des approches de gains et pertes de fonctions, d’une part in vitro dans des cultures primaires de myoblastes de poulets, nous avons montrés que CXCR7 favorise la myogénèse, notamment en régulant la myogénèse, tandis que CXCL12 n’a pas d’impact sur la différentiation musculaire in vitro. De plus nous avons pu constater que CXCL14 inhibe la myogénèse in vitro. Finalement, in vivo, nous avons observé que la surexpression des chimiokines entraîne un développement anormal des muscles tandis que l’expression du récepteur CXCR7 tronqué favorise le développement musculaire, soulignant l’importance de la signalisation CXCL12/14 dans le processus de morphogénèse musculaire medié par le TC. Ces résultats constituent la première démonstration d’une fonction paracrine du TC dans la morphogénèse musculaire via les chimiokines CXCL12 et CXCL14. / Skeletal muscle development mostly relies on intrinsic capacities of muscle progenitors to proliferate and differentiate. However, extrinsic signals arising from non-myogenic cells also contribute to the establishment of functional skeletal muscles. The aim of this PhD project was to investigate the role of connective-tissue (CT) on the development of skeletal muscle, using the chick embryonic limb as a model. We particularly investigated the influence of the two chemokines CXCL12 and CXCL14, which have been previously shown as expressed in limb mesenchyme giving rise to the different types of CTs during development. The involvement of CXCL12 and CXCL14 in limb CT differentiation was studied, as well as the role of these chemokines in skeletal muscle development mediated by CT. We first showed that CXCL12 and CXCL14 display distinct restricted expression patterns in limb CT of chick embryos and demonstrated that CXCL12 promotes the expression of OSR1, OSR2 and COL3A1 genes, three markers of irregular CT, while CXCL14 enhances the expression of a regular CT gene, SCX. In addition, the expression of CXCL12, CXCL14 and their putative CT target genes were all negatively regulated by the anti-fibrotic BMP signalling, but also in the absence of musculoskeletal mechanical forces. These results show for the first time the involvement of CXCL12 and CXCL14 chemokines in the differentiation of CTs. The putative role of both chemokines on CT-mediated myogenesis was then analysed. We observed that CXCR7, one CXCL12 receptor, was expressed both in muscle progenitors and differentiated muscle cells in embryonic chick limbs. Using gain- and loss-of-function approaches in primary cultures of chick limb myoblasts, we revealed that CXCR7 promoted myogenesis by regulating muscle cell fusion, while CXCL12 did not influence muscle differentiation. CXCL14 dramatically inhibits in vitro myogenesis. Functional assays performed in chick embryonic forelimbs in vivo demonstrate that overexpression of CXCL12, CXCR7 or a dominant-negative form of CXCR7 all resulted in abnormal and mispatterned muscles in chick limbs. Similarly, CXCL14 overexpression in chick limb in vivo led to profound anomalies in muscle differentiation. All together, our results demonstrate an essential contribution of CXCL12 and CXCL14 chemokines in CT differentiation and in CTmediated muscle development in embryonic limb. / Die Entwicklung der Skelettmuskulatur beruht auf den Fähigkeiten von myogenen Progenitorzellen. Im Laufe der Entwicklung proliferieren diese, differenzieren zu Myoblasten, die schließlich zu Muskelfasern fusionieren. Zur Bildung der embryonalen Muskulatur werden jedoch darüber hinaus extrinsische Signale von nicht-myogenen Zellen, vor allem Zellen des Bindegewebes, benötigt. Das Ziel dieser Arbeit war, die Rolle des Bindegewebes in der embryonalen Muskelentwicklung der Extremitäten des Hühnerembryos als Modell genauer zu untersuchen. Speziell wurde hier der Einfluss zweier Chemokine untersucht, CXCL12 und CXCL14, von denen bereits vorher gezeigt wurde, dass sie im Mesenchym der sich entwickelnden Extremität exprimiert sind. In dieser Arbeit wurde die Rolle dieser Chemokine sowohl für die Differenzierung des Bindegewebes selbst, wie auch deren Einfluss auf die Muskeldifferenzierung analysiert. Es konnte gezeigt werden, dass sowohl CXCL12 als auch CXCL14 distinkte regionale Expressionsmuster im Bindegewebe der Extremität aufweisen. Funktionell erhöht CXCL12 die Expression von OSR1, OSR2 und COL3A1, dreier Marker für irreguläres Bindegewebe, während CXCL14 die Expression eines Schlüsselmarkers für reguläres Bindegewebe (Sehne), SCX, erhöht. Die Expression von CXCL12 und CXCL14 selbst, wie auch die Expression ihrer putativen Zielgene, wurden demgegenüber durch Stimulation des antifibrotisch wirkenden BMP Signalweges negativ reguliert. Zudem bewirkte eine experimentell induzierte Muskelparalyse im Hühnerembryo eine Herunterregulation von CXCL12 und CXCL14, was bedeutet, dass die Expression beider Gene abhängig von mechanischen Signalen ist. Diese Ergebnisse involvieren zu ersten Mal die Chemokine CXCL12 und CXCL14 in die Differenzierung des Bindegewebes. Im Folgenden wurde die mögliche Rolle beider Chemokine in der Muskelentwicklung analysiert. Es wurde zunächst gezeigt, dass CXCR7, ein Rezeptor für CXCL12, in Muskelvorläufern wie auch differenzierten Muskelzellen in der Extremität des Hühnerembryos exprimiert wird. Durch Funktionsgewinn und –verlust Versuche in primären Myoblasten aus Hühnerembryos konnte gezeigt werden, dass CXCR7 die Muskelbildung durch die Beeinflussung der Zellfusion fördert, während CXCL12 keinen Einfluss hatte. Demgegenüber zeigte CXCL14 eine starke Inhibition des Myogenese in vitro. Die Misexpression von CXCL12, CXCR7 sowie dominant-negative Versionen von CXCR7 in vivo bewirkten eine abnormale Musterbildung der Extremitäten-Muskulatur. Genauso bewirkte die Misexpression von CXCL14 deutliche Veränderungen der Muskeldifferenzierung. Zusammenfassend konnte eine Funktion der Chemokine CXCL12 und CXCL14 in der Differenzierung des Bindegewebes sowie im nicht-Zell autonomen Einfluss des Bindegewebes auf die Muskelentwicklung gezeigt werden.

La crête neurale (CN) est une structure multipotente transitoire de l'embryon de vertébrés. La CN céphalique (CNC), mais pas la CN troncale (CNT), fournit des tissus mésenchymateux (squelette, derme et tissus adipeux de la face). Cette capacité de la CNC est liée à l'absence d'expression des gènes de type Hox. Cependant, les cellules de la CNT possèdent des potentialités mésenchymateuses à l'état dormant, qui peuvent s'exprimer en culture. Les mécanismes moléculaires qui régulent les potentialités mésenchymateuses de la CN le long de l'axe antéro-postérieur restent incompris. Chez l'embryon d'oiseau, nous avons étudié l'influence des facteurs de transcription Hox et Six sur la formation du mésenchyme par la CN. D'une part, nos analyses in vivo et in vitro montrent que Six1 est présent dans des cellules mésenchymateuses de la CN et du mésoderme, suggérant un rôle dans le développement musculo-squelettique de la tête. D'autre part, nous avons testé l'hypothèse d'un rôle inhibiteur des facteurs Hox. Nos résultats montrent que l'expression ectopique de Hoxa2 dans les cellules de CNC en culture inhibe la production d'ostéoblastes, sans affecter celle des cellules nerveuses et mélanocytaires. Dans la CNT, nous avons trouvé que la différentiation osseuse, cartilagineuse et adipocytaire, est fortement réduite après la surexpression de Hoxa2, sans effet sur les autres phénotypes dérivés de la CN. Ces résultats suggèrent que les potentialités mésenchymateuses de la CN sont régulées, au moins en partie, par un mécanisme commun aux cellules de CNC et CNT, mettant en jeu une inhibition de l'activité du gène Hoxa2. / The neural crest (NC) is a transitory multipotent structure of the vertebrate embryo. The cephalic NC (CNC), not the trunk NC (TNC), gives rise to mesenchymal cell types (contributing to craniofacial skeleton, dermis and adipose tissue). This capacity of the CNC has been linked to the absence of Hox gene expression in the most rostral region of the embryo. However, TNC cells do have mesenchymal potentialities, although in a dormant state in vivo, but which can be disclosed after NC in vitro culture. The molecular mechanisms that regulate mesenchymal potentials of the NC cells along the rostral-caudal axis are still elusive. Here, we have used the avian embryo model to investigate the possible influence on NC mesenchymal fate, of Hox and Six transcription factor genes. On the one hand, in vivo and in vitro culture analyses show that Six1 gene is expressed in mesenchymal cell populations derived from both cranial NC and mesoderm, suggesting a role for Six1 in muscle-skeletal development in the head. On the other hand, we have tested the hypothesis of an inhibitory action of Hox genes on NC cell mesenchymal differentiation using NC in vitro cultures. In CNC cells, we found that ectopic expression of Hoxa2 strongly reduces the production of osteoblasts, while neural and melanocytic phenotypes are unaffected. In the cultured CNT cells, overexpression of Hoxa2 results in largely impaired differentiation into bone cells, chondrocytes and adipocytes, whereas other NC derivatives are unchanged. These results suggest that mesenchymal potentials of the CNC and TNC are controlled, at least in part, via a common mechanism that involves inhibition of Hoxa2 gene activity.

Contrôler les bactéries altérantes des aliments, notamment les produits carnés crus, est un enjeu majeur pour les industries agroalimentaires. Les conditions de stockage de la viande sous différentes atmosphères exercent une pression de sélection et modifient le comportement et le développement des communautés bactériennes initialement présentes. Des méthodes de séquençage à haut débit, utilisées pour caractériser différents écosystèmes microbiens, ont été appliquées pour étudier la dynamique des communautés bactériennes de la viande de poulet au cours du stockage.Nous avons développé une méthode pour constituer des écosystèmes microbiens standards dont la composition a été déterminée par pyroséquençage du gène de l’ARNr 16S. La présence de Brochothrix thermosphacta et de Pseudomonas parmi les espèces dominantes a été confirmée et nous avons mis en évidence que Shewanella et Carnobacterium étaient sous dominantes. Nous avons sélectionné deux écosystèmes pour effectuer des challenges tests reproductibles sur de la viande de poulet conservée sous 3 atmosphères couramment utilisées. Une analyse métatranscriptomique et métagénomique a été réalisée afin de savoir “Quelles bactéries étaient présentes ?”, “Qu’étaient-elles capables de faire?” et “Qu’exprimaient-elles?” suivant les conditions.Nous avons ainsi pu évaluer l’impact des mélanges gazeux sur la dynamique bactérienne et les fonctions exprimées par les bactéries suivant les contaminants initiaux. Cela nous donne des pistes pour fournir des indications afin d’optimiser la conservation de la viande en contrôlant les écosystèmes microbiens / Controlling spoilage microorganisms, especially in raw meat products, is challenging for the food industry.Storage conditions such as modified atmosphere packaging (MAP) have selective effects on the microbiota dynamics. Thanks to the recent developmentof next generation sequencing methods widely used for characterizing microbes in different ecosystems, we studied bacterial community dynamics during chickenmeat storage.We developed a method to constitute a standard meat microbial ecosystem hosting known bacterial species previously described by 16S rRNA sequencing. Our results confirmed the presence of Brochothrix thermosphacta and Pseudomonas and we also showed the presence of subdominant species as Shewanella and Carnobacterium. We selected 2 bacterial communities enabling reproducible challenge tests on meat during 9 days of storage at 4°C under 3 different atmospheres currently used in the industry.Metatranscriptomic and metagenomic analyses were performed to know “Who is there?”, “What can they do?” and “What are they expressing?” depending on the gaseous mixtures and on the initial microbiota.Consequently, we could evaluate the impact of storage atmosphere on the microbiotas dynamics and on the functions the bacteria expressed, depending on the storage condition and on the nature of the bacterial communities present. This led to indications of optimized storage conditions of poultry meat by managing their ecosystems.

La myogenèse fœtale repose sur les cellules progénitrices musculaires PAX7+ qui assurent la croissance musculaire au cours du développement et qui sont à l’origine des cellules satellites. Nous avons cherché à interpréter les signaux régulant la myogenèse fœtale et leur lien avec le cycle cellulaire. Nous avons effectué une analyse exhaustive du cycle cellulaire des cellules myogéniques au cours de la myogenèse fœtale. Nous avons aussi identifié que les cellules PAX7+ progressant dans le cycle cellulaire (phases S, G2, et M) sont régionalisées aux extrémités des muscles. Les voies de signalisation BMP et NOTCH régulent positivement le nombre de cellules PAX7+ pendant le développement fœtal mais ont un effet différent sur la différenciation musculaire. Nous avons montré que les voies de signalisation BMP ou NOTCH augmentent le nombre de cellules PAX7+ de manière indépendante. Nous avons aussi identifié des interactions antagonistes entre ces deux voies lors de la différenciation musculaire. Nous avons testé l'importance de la contraction musculaire pendant la myogenèse fœtale chez l’embryon de poulet. Le blocage des contractions musculaires mime un phénotype de perte de fonction NOTCH, à savoir une diminution du nombre de cellules progénitrices musculaires avec une tendance à la différenciation musculaire. Nous avons aussi montré que les forces mécaniques produites par les contractions musculaires sont détectées par le co-activateur transcriptionnel YAP1 qui régule l'expression d’un ligand de NOTCH au sein des fibres musculaires, qui à son tour va maintenir le pool de cellules progénitrices musculaires fœtaux. / Foetal myogenesis relies on PAX7+ muscle progenitors that provide the source of cells for muscle growth during development and for the generation of the satellite cell pool. We aimed to decipher the signals that regulate the balance between myogenic differentiation and proliferation. We performed an exhaustive analysis of the cell cycle phases of myogenic cells during foetal myogenesis. I defined that PAX7+ cells in the S/G2/M phases were enriched at the contact points to the tendons. BMP and NOTCH signals increase the number of PAX7+ cells during foetal development, but affect differentiation in a positive and negative manner, respectively. I revealed that BMP and NOTCH increase the number of PAX7+ cells independently of each other. However, they act antagonistically during differentiation. Thus, the interplay between NOTCH and BMP signalling differs in proliferation and differentiation. Because muscle is a mechanical tissue, we tested the importance of muscle contraction for foetal myogenesis in chick embryos. I found that the block of muscle contraction during foetal myogenesis mimicked a NOTCH loss-of-function, i.e. decreased the number of foetal muscle progenitors and shifted the balance between proliferation and differentiation towards a differentiation fate. Mechanical forces provided by muscle contractions are sensed in myonuclei by the transcriptional co-activator YAP1 that regulates expression of the NOTCH ligand JAGGED2 in muscle fibres. This JAGGED2 signal keeps the muscle progenitors in an undifferentiated state and suppresses differentiation.