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Self-directed behaviours (SDB) were recorded as a behavioural indicator of arousal in free-ranging vervet monkeys (Chlorocebus aethiops) inhabiting the Klein Karoo of South Africa. Measurement of SDB allowed for changes in arousal to be correlated with particular social situations, potentially providing insight into how monkeys perceive their social world. The research presented here is divided into three core chapters demonstrating that 1) arousal is influenced to a greater extent by degree of association than by hierarchical rank, 2) that an individual‟s level of arousal is influenced by its neighbour‟s spatial location, and 3) that habituated animals that no longer perceive humans as a direct threat nevertheless continue to respond to their presence in other ways. Overall, SDB appears to be a useful, non-invasive, simple means of investigating social arousal and its use has elucidated several key findings regarding the perception of social space and social partners in vervet monkeys. / ix, 103 leaves ; 28 cm

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Licentiatavhandling (sammanfattning) Uppsala : Sveriges lantbruksuniversitet. / Härtill 3 uppsatser.

Orientador: Lucilene Silva Ruiz e Resende / Resumo: Pesquisaram-se 28 antígenos eritrocitários pertencentes aos sistemas de grupos sanguíneos humanos ABO, H, Rh, Kell, Duffy, Kidd, Lewis, P, MNS, Lutheran e Diego, nos eritrócitos de 9 macacos-prego (Sapajus sp) e 10 macacos bugios (Alouatta sp).A maioria dos antígenos humanos pesquisados não foi observada nos 2gêneros de macacos, correspondendo a 19/28 antígenos negativosnos Sapajus sp, e 20/28 antígenos negativosnos Alouatta sp. A fenotipagem eritrocitária foi bastante semelhante em cada grupo de animais, sendo que 5 macacos-prego diferiram dos outros 4 apenasno sistema ABO, e 3 macacos bugios diferiram dos demais 7somente no sistema MNS.Houve diferenças antigênicasentre os gênerosem apenas4 sistemas de grupos pesquisados (P, ABO, Rh, MNS). Constataram-se, nos animais, alguns antígenos eritrocitários com frequências semelhantes e outros com frequências opostas às observadas em humanos ou etnias humanas. Em comparação comestudos prévios envolvendo macacos-prego e macacos bugios, observou-se concordância quanto à presença ou ausência de alguns antígenos eritrocitários, e discordância em relação a outros.Que seja do nosso conhecimento, o presente estudo é o mais completo já realizado quanto ao número de antígenos eritrocitários pesquisados em macacos do Novo Mundo, especialmenteem macacos brasileiros. / Mestre

A busca pelo repertório genético por trás de características comportamentais e reprodutivas de espécies de primatas tem desafiado nosso grupo de pesquisa. A premissa principal nesse tipo de estudo baseia-se na hipótese de que um traço fenotípico (seja ele fisiológico, comportamental, etc) compartilhado por um grupo taxonômico inteiro deve ser determinado por um repertório genético comum a esses táxons. Considerando a complexidade de muitas dessas características, temos ampliado nossos estudos para vários genes da rede OXT – AVP – PRL, usando abordagens in silico, in vitro, e in vivo. Na presente Tese, o conjunto gênico de estudo foi selecionado por uma metodologia baseada na ontologia biológica, com critério de seleção para características como comportamento materno, amamentação e aspectos reprodutivos, tais como comportamento de acasalamento e de corte. Essa seleção resultou em 12 genes candidatos para o estudo: AVP, AVPR1A, AVPR1B, ESR1, FOS, HCRT, OXT, OXTR, PRL, PRLH, PRLR e TRH. Exploramos aqui esse conjunto gênico da rede OXT – AVP – PRL através da mineração de dados, buscando por seus ortólogos nas várias espécies de primatas e de outros mamíferos, bem como através de novos dados de sequências da região codificadora dos genes PRLR e PRLH, em um conjunto de espécies de primatas do Novo Mundo (NWM, conforme sigla em inglês). Adicionalmente, sequências das regiões codificadoras de PRLR foram também obtidos em espécies de marsupiais. Com o objetivo de elucidar os padrões evolutivos dos genes de interesse, utilizamos análises como os testes NsSites e Branch Sites do pacote PAML, assim como vários testes populacionais clássicos, para diferentes conjuntos amostrais. Além disso, foi feita a predição da estrutura secundária das proteínas-alvo, utilizando metodologia específica do programa PSIPRED, bem como o PONDER-FIT, para a caracterização de aminoácidos intrinsecamente desordenados. Nossos resultados das análises in silico sugerem que os genes da família de receptores da vasopressina (AVPR1A, AVPR1B, e AVPR2) apresentam um padrão compatível com seleção positiva em mamíferos placentários. Alguns dos sítios com sinal de seleção apresentam motivos lineares (SLiMS) preditos no receptor AVPR2, que podem ter facilitado a emergência de novidades adaptativas, conforme foi sugerido para a espécie do rato-canguru Dipodomys ordii, que habita regiões áridas. As análises dos dados originais da região codificadora do gene PRLR em 17 espécies de NWM revelaram vários sítios presentes na forma longa do receptor com alta probabilidade de estarem sob seleção positiva, sendo que alguns deles (posições 507, 532 e 572) estão associados com o parto gemelar, uma característica das espécies de Callitrichidae. Adicionalmente verificamos no ramo dos Siimiformes um motivo linear de interação que reconhece domínios SH3 (Src Homology 3). Os domínios SH3 e os seus locais de ligação foram descritos para centenas de proteínas; eles fornecem à célula um meio particularmente conveniente e adaptável de interação específica proteína-proteína, que pode ser de importância funcional. Esse trabalho como um todo contribuiu para o conhecimento do repertório genético relacionado à complexa rede de mecanismos neuroendócrinos associados à emergência de traços adaptativos, tanto fisiológicos quanto comportamentais em diferentes clados de mamíferos. / The search for the genetic repertoire behind behavioral and reproductive features of Primate species has challenged our research group. The principal premise in this kind of study is based on the hypothesis that a phenotypic trait (either physiological, behavioral, etc.) shared by an entire taxonomic group should be determined by a genetic repertoire common to these taxa. Considering the complexity of many of these features, we have expanded our studies for several genes of the OXT - AVP - PRL network, using in silico, in vitro, and in vivo approaches. In the present Thesis, the set of genes for the study was selected by a methodology based on biological ontology, with features like maternal behavior, breastfeeding, and reproductive aspects, such as mating and courtship behavior. This selection resulted in 12 candidate genes for the study: AVP, AVPR1A, AVPR1B, ESR1, FOS, HCRT, OXT, OXTR, PRL, PRLH, PRLR, and TRH. We explored here this gene set of the OXT – AVP – PRL network through data mining, searching for their orthologues in many Primate species and other mammals, as well as through new sequence data from the PRLR and PRLH coding region in a set of New World Monkey (NWM) species. Additionally, sequences from the PRLR coding regions were also obtained in marsupial species. To elucidate evolutionary patterns of the genes of interest, we used the NsSites and Branch Sites tests from PAML package, as well as several classic population tests, for different sample sets. In addition, we predicted the secondary structure of target proteins, using a specific methodology of the PSIPRED program, as well as PONDER-FIT for prediction of intrinsically disordered amino acids. Our in silico results suggest that the genes of the vasopressin receptor family (AVPR1A, AVPR1B, and AVPR2) present a pattern compatible with positive selection in placental mammals. Some of the sites with selection signals have linear motifs (SLiMS) predicted in the AVPR2 receptor, which may have facilitated the emergence of adaptive novelties, as was suggested for the kangaroo rat Dipodomys ordii, which inhabits arid regions. Analyses of the original PRLR coding region data on 17 NWM species revealed several sites present in the long form of the receptor with a high probability of being under positive selection, some of them (positions 507, 532 and 572) being associated with twin births, a characteristic of Callitrichidae species. Additionally, we verified in the Siimiformes branch a linear interaction motif that recognizes SH3 domains (Src Homology 3). The SH3 domains and their ligands were described for hundreds of proteins; they provide a particularly convenient and adaptable medium of specific protein-protein interaction to the cell, which can be of functional importance. This work as a whole contributed to the knowledge of the genetic repertoire connected to the complex network of neuroendocrine mechanisms associated to the emergence of physiological and behavioral adaptive traits in different mammalian clades.

Submitted by Adaize Pereira da Silva null (adaizebtu@yahoo.com.br) on 2017-07-27T13:16:38Z No. of bitstreams: 1 Dissertação Adaize Pereira da Silva 2017.pdf: 4597216 bytes, checksum: 9b1d24ba6fa08e7d6ad4c1c97960e1e8 (MD5) / Approved for entry into archive by LUIZA DE MENEZES ROMANETTO (luizamenezes@reitoria.unesp.br) on 2017-07-31T18:44:06Z (GMT) No. of bitstreams: 1 silva_ap_me_bot.pdf: 4597216 bytes, checksum: 9b1d24ba6fa08e7d6ad4c1c97960e1e8 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-07-31T18:44:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 silva_ap_me_bot.pdf: 4597216 bytes, checksum: 9b1d24ba6fa08e7d6ad4c1c97960e1e8 (MD5) Previous issue date: 2017-06-29 / Pesquisaram-se 28 antígenos eritrocitários pertencentes aos sistemas de grupos sanguíneos humanos ABO, H, Rh, Kell, Duffy, Kidd, Lewis, P, MNS, Lutheran e Diego, nos eritrócitos de 9 macacos-prego (Sapajus sp) e 10 macacos bugios (Alouatta sp).A maioria dos antígenos humanos pesquisados não foi observada nos 2gêneros de macacos, correspondendo a 19/28 antígenos negativosnos Sapajus sp, e 20/28 antígenos negativosnos Alouatta sp. A fenotipagem eritrocitária foi bastante semelhante em cada grupo de animais, sendo que 5 macacos-prego diferiram dos outros 4 apenasno sistema ABO, e 3 macacos bugios diferiram dos demais 7somente no sistema MNS.Houve diferenças antigênicasentre os gênerosem apenas4 sistemas de grupos pesquisados (P, ABO, Rh, MNS). Constataram-se, nos animais, alguns antígenos eritrocitários com frequências semelhantes e outros com frequências opostas às observadas em humanos ou etnias humanas. Em comparação comestudos prévios envolvendo macacos-prego e macacos bugios, observou-se concordância quanto à presença ou ausência de alguns antígenos eritrocitários, e discordância em relação a outros.Que seja do nosso conhecimento, o presente estudo é o mais completo já realizado quanto ao número de antígenos eritrocitários pesquisados em macacos do Novo Mundo, especialmenteem macacos brasileiros. / The aim of this study was to evaluate the presence of 28 erythrocyte antigens of 11 human blood groups systems (ABO, H, Rh, Kell, Duffy, Kidd, Lewis, P, MNS, Lutheran and Diego) on erythrocytes of 9 nail monkeys (Sapajus sp) and 10 howler monkeys (Alouatta sp). Most of the human erythrocyte antigens were not observed in the 2 generaof monkeys, corresponding to 19/28 negative antigens in Sapajus sp, and 20/28 negative antigens in Alouatta sp. Erythrocyte phenotyping was very similar in each group, being that 5 nail monkeys differed from the other 4 only for the ABO system, and 3 howler monkeys differed from the other 7 only for the MNS system.Antigenic differences between the 2 generawere observed only for 4 blood groups systems (P, ABO, Rh, MNS). This study revealed that some monkey erythrocyte antigens were similar in frequency, and others werein opposite frequency from those observed in human or human ethnicities.When this study is compared with previous similar studies some concordance and some disagreement of findings are found, but as far as we known our study is the most complete in relation to the number of investigated erythrocyte antigens in New World monkeys, specially in the Brazilian ones.

A busca pelo repertório genético por trás de características comportamentais e reprodutivas de espécies de primatas tem desafiado nosso grupo de pesquisa. A premissa principal nesse tipo de estudo baseia-se na hipótese de que um traço fenotípico (seja ele fisiológico, comportamental, etc) compartilhado por um grupo taxonômico inteiro deve ser determinado por um repertório genético comum a esses táxons. Considerando a complexidade de muitas dessas características, temos ampliado nossos estudos para vários genes da rede OXT – AVP – PRL, usando abordagens in silico, in vitro, e in vivo. Na presente Tese, o conjunto gênico de estudo foi selecionado por uma metodologia baseada na ontologia biológica, com critério de seleção para características como comportamento materno, amamentação e aspectos reprodutivos, tais como comportamento de acasalamento e de corte. Essa seleção resultou em 12 genes candidatos para o estudo: AVP, AVPR1A, AVPR1B, ESR1, FOS, HCRT, OXT, OXTR, PRL, PRLH, PRLR e TRH. Exploramos aqui esse conjunto gênico da rede OXT – AVP – PRL através da mineração de dados, buscando por seus ortólogos nas várias espécies de primatas e de outros mamíferos, bem como através de novos dados de sequências da região codificadora dos genes PRLR e PRLH, em um conjunto de espécies de primatas do Novo Mundo (NWM, conforme sigla em inglês). Adicionalmente, sequências das regiões codificadoras de PRLR foram também obtidos em espécies de marsupiais. Com o objetivo de elucidar os padrões evolutivos dos genes de interesse, utilizamos análises como os testes NsSites e Branch Sites do pacote PAML, assim como vários testes populacionais clássicos, para diferentes conjuntos amostrais. Além disso, foi feita a predição da estrutura secundária das proteínas-alvo, utilizando metodologia específica do programa PSIPRED, bem como o PONDER-FIT, para a caracterização de aminoácidos intrinsecamente desordenados. Nossos resultados das análises in silico sugerem que os genes da família de receptores da vasopressina (AVPR1A, AVPR1B, e AVPR2) apresentam um padrão compatível com seleção positiva em mamíferos placentários. Alguns dos sítios com sinal de seleção apresentam motivos lineares (SLiMS) preditos no receptor AVPR2, que podem ter facilitado a emergência de novidades adaptativas, conforme foi sugerido para a espécie do rato-canguru Dipodomys ordii, que habita regiões áridas. As análises dos dados originais da região codificadora do gene PRLR em 17 espécies de NWM revelaram vários sítios presentes na forma longa do receptor com alta probabilidade de estarem sob seleção positiva, sendo que alguns deles (posições 507, 532 e 572) estão associados com o parto gemelar, uma característica das espécies de Callitrichidae. Adicionalmente verificamos no ramo dos Siimiformes um motivo linear de interação que reconhece domínios SH3 (Src Homology 3). Os domínios SH3 e os seus locais de ligação foram descritos para centenas de proteínas; eles fornecem à célula um meio particularmente conveniente e adaptável de interação específica proteína-proteína, que pode ser de importância funcional. Esse trabalho como um todo contribuiu para o conhecimento do repertório genético relacionado à complexa rede de mecanismos neuroendócrinos associados à emergência de traços adaptativos, tanto fisiológicos quanto comportamentais em diferentes clados de mamíferos. / The search for the genetic repertoire behind behavioral and reproductive features of Primate species has challenged our research group. The principal premise in this kind of study is based on the hypothesis that a phenotypic trait (either physiological, behavioral, etc.) shared by an entire taxonomic group should be determined by a genetic repertoire common to these taxa. Considering the complexity of many of these features, we have expanded our studies for several genes of the OXT - AVP - PRL network, using in silico, in vitro, and in vivo approaches. In the present Thesis, the set of genes for the study was selected by a methodology based on biological ontology, with features like maternal behavior, breastfeeding, and reproductive aspects, such as mating and courtship behavior. This selection resulted in 12 candidate genes for the study: AVP, AVPR1A, AVPR1B, ESR1, FOS, HCRT, OXT, OXTR, PRL, PRLH, PRLR, and TRH. We explored here this gene set of the OXT – AVP – PRL network through data mining, searching for their orthologues in many Primate species and other mammals, as well as through new sequence data from the PRLR and PRLH coding region in a set of New World Monkey (NWM) species. Additionally, sequences from the PRLR coding regions were also obtained in marsupial species. To elucidate evolutionary patterns of the genes of interest, we used the NsSites and Branch Sites tests from PAML package, as well as several classic population tests, for different sample sets. In addition, we predicted the secondary structure of target proteins, using a specific methodology of the PSIPRED program, as well as PONDER-FIT for prediction of intrinsically disordered amino acids. Our in silico results suggest that the genes of the vasopressin receptor family (AVPR1A, AVPR1B, and AVPR2) present a pattern compatible with positive selection in placental mammals. Some of the sites with selection signals have linear motifs (SLiMS) predicted in the AVPR2 receptor, which may have facilitated the emergence of adaptive novelties, as was suggested for the kangaroo rat Dipodomys ordii, which inhabits arid regions. Analyses of the original PRLR coding region data on 17 NWM species revealed several sites present in the long form of the receptor with a high probability of being under positive selection, some of them (positions 507, 532 and 572) being associated with twin births, a characteristic of Callitrichidae species. Additionally, we verified in the Siimiformes branch a linear interaction motif that recognizes SH3 domains (Src Homology 3). The SH3 domains and their ligands were described for hundreds of proteins; they provide a particularly convenient and adaptable medium of specific protein-protein interaction to the cell, which can be of functional importance. This work as a whole contributed to the knowledge of the genetic repertoire connected to the complex network of neuroendocrine mechanisms associated to the emergence of physiological and behavioral adaptive traits in different mammalian clades.

Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2018-08-28T11:09:57Z No. of bitstreams: 2 Tese - Flávia de Figueiredo Machado - 2018.pdf: 3861358 bytes, checksum: d1d99c2f2391b7000da1d2f269179035 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2018-08-28T11:16:05Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Tese - Flávia de Figueiredo Machado - 2018.pdf: 3861358 bytes, checksum: d1d99c2f2391b7000da1d2f269179035 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-08-28T11:16:05Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese - Flávia de Figueiredo Machado - 2018.pdf: 3861358 bytes, checksum: d1d99c2f2391b7000da1d2f269179035 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2018-05-28 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / (Sem resumo em outra língua) / Nesta tese tive o objetivo de investigar os fatores relacionados ao risco de extinção em primatas, assim como as tendências e vieses nos esforços de pesquisas voltadas para a conservação do grupo. No primeiro capítulo, por meio de uma cienciometria, mostrei quais são os temas, abordagens e espécies mais estudadas, bem como as instituições e locais que mais realizam esses estudos. Demonstrei que os esforços de pesquisa com conservação de primatas não têm sido motivados pelo status de conservação das espécies e tamanho da sua distribuição, e sim pelo peso corporal e idade (tempo desde a sua descrição). No segundo capítulo, testei se a dieta de primatas pode predizer o risco de extinção das espécies, mensurando dieta de diferentes maneiras: amplitude de dieta, diversidade de dieta, tipo de dieta e disparidade de itens. Concluí que a dieta prediz o risco de extinção, mas apenas pela métrica de disparidade de itens, sendo que espécies capazes de consumir itens mais diferentes entre si estarão menos propensas à extinção. No terceiro e último capítulo, avaliei os padrões de risco de extinção em primatas. Incluí variáveis intrínsecas e extrínsecas em modelos que particionam a variância em componentes espaciais, filogenéticas e independentes. Mostrei que espécies próximas na filogenia e no espaço tendem a apresentar status de ameaça semelhantes. Além disso, encontrei que a região Madagascar é a pior para os primatas e que o tempo de desmame, tamanho da distribuição geográfica e fatores como “human footprint” e pobreza humana influenciam no risco de extinção das espécies. Por fim, demonstrei que o espaço possui grande influência no risco de extinção de primatas, não devendo ser ignorado nesse tipo de análise.