ZNF217, un nouveau membre de la famille krüppel-like, est un facteur de transcription qui interagit avec des co-répresseurs et des protéines modifiant les histones suggérant que ZNF217 ferait partie d'un complexe répresseur de la transcription. ZNF217 serait un oncogène mais ses fonctions sont encore mal connues à l'heure actuelle. Les objectifs de ce travail ont été d'étudier le rôle de ZNF217 dans l'échappement tumoral et sa valeur pronostique dans le cancer du sein. Ainsi, nous avons montré que de forts niveaux d'expression de ZNF217 sont associés à : (i) une augmentation de la prolifération cellulaire in vitro et de la croissance tumorale in vivo, (ii) la stimulation de l'invasion et de la migration cellulaire, (iii) l'induction de l'EMT via la voie du TGF-β. De plus, les cellules surexprimant ZNF217 sont résistantes au paclitaxel et cette résistance est associée à la dérégulation de l'expression des membres de la famille Bcl-2 et d'Aurora-A. Enfin, nous avons montré pour la première fois que des forts niveaux d'expression d'ARNm de ZNF217 représentent un nouveau marqueur de mauvais pronostic dans le cancer du sein et sont associés au développement de métastases. ZNF217 semble donc jouer un rôle important dans la cancérogénèse mammaire et des stratégies thérapeutiques ciblant directement ZNF217 ou ciblant ses médiateurs (Aurora-A ou TGF-β) pourraient être utilisées en clinique dans le traitement des tumeurs mammaires surexprimant ZNF217

Thèse d'exercice : Médecine. Médecine générale : Paris 12 : 2006. / Titre provenant de l'écran-titre. Bibliogr. f. 48-50.

Thèse de doctorat : Sciences de la vie et de la santé : Paris Est : 2008. / Titre provenant de l'écran-titre.

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Le cancer du côlon (CC) est l'un des cancers les plus fréquents et les plus mortels en France et dans le monde. Près de la moitié des patients décèdent dans les 5 ans suivant le diagnostic. La classification clinique en stade histologique et la classification moléculaire selon les formes d'instabilité du génome (l'instabilité des microsatellites (MSI), l'instabilité chromosomique (CIN) et l'hyperméthylation des promoteurs (CIMP)) ne suffisent pas à définir des entités homogènes du point de vue moléculaire et à prédire de manière efficace la récidive. Pour améliorer la prise en charge des patients, il apparaît indispensable de mieux appréhender la diversité de la maladie afin de trouver des marqueurs pronostiques et prédictifs efficaces. Mon travail de thèse a donc été d'étudier la diversité des CC à l'échelle moléculaire par l'utilisation d'approches omiques sur une large cohorte de patients. Il a abouti à l'établissement d'une classification transcriptomique robuste de ce cancer dans son ensemble, validée sur des données indépendantes, et à la caractérisation fine de chacun des sous-types. Six sous-types ont ainsi été définis présentant des caractéristiques clinico-pathologiques, des altérations moléculaires de l'ADN, des enrichissements de signatures liées aux lésions et cellules d'origines, des voies de signalisation dérégulées et des survies bien distinctes. Les résultats de ce travail ont été confortés par un travail de classification consensus mis en place avec un consortium de travail international auquel j'ai participé. Ces résultats ont permis de confirmer que le cancer colorectal n'est pas une maladie homogène. Ils ouvrent de nouvelles perspectives pour l'établissement de signatures pronostiques et la recherche de cibles pour de nouveaux traitements ainsi que pour l'évaluation de la réponse au traitement au sein d'essais cliniques. / Colon cancer (CC) is one of the most frequent and most deadly cancer in France and worldwide. Nearly half of patients die within 5 years after diagnosis. Clinical stage based on histological features and molecular classification based genomic instabilities (microsatellite instability (MSI), chromosomal instability (CIN) and hypermethylation of the promoters (ICPM)) are not sufficient to define homogeneous molecular entities and to predict recurrence effectively. To improve patient care, it is essential to better understand the diversity of the disease so that effective prognostic and predictive markers could be found. My PhD work has been focused on studying the diversity of CC at the molecular level through the use of omics approaches on a large cohort of tumor samples. It led to the establishment of a robust transcriptomic classification of these cancers, validated on independent data sets, and to a detailed characterization of each of the subtypes. Six subtypes have been defined and were associated with distinct clinicopathological characteristics and molecular alterations, specific enrichments of supervised gene expression signatures related to cell and lesions of origin, specific deregulated signaling pathways and distinct survival. The results of this work have been strengthened by a consensus classification defined by an international consortium working group in which I've been involved. These results confirm that colorectal cancer is an heterogeneous disease. They provide a renewed framework to develop prognostic signatures, discover new treatment targets, identify new therapeutic strategies and assess response to treatment in clinical trials.

Cette thèse présente une méthode de pronostic basée sur des règles symboliques extraites par fouille de données. Une application de cette méthode au cas du grippage de pompes à vide est aussi détaillée. Plus précisément, à partir d'un historique de données vibratoires, nous modélisons le comportement des pompes par extraction d'un type particulier de règles d'épisode appelé « First Local Maximum episode rules » (FLM-règles). L'algorithme utilisé pour extraire ces FLM-règles extrait aussi de manière automatique leur fenêtre optimale respective, i.e. la fenêtre dans laquelle la probabilité d'observer la prémisse et la conclusion de la règle est maximale. Un sous-ensemble de ces FLM-règles est ensuite sélectionné pour prédire les grippages à partir d'un flux de données vibratoires. Notre contribution porte sur la sélection des FLM-règles les plus fiables, la recherche de ces FLM-règles dans un flux continu de données vibratoires et la construction d'un intervalle de pronostic de grippage à partir des fenêtres optimales des FLM-règles retrouvées. / This thesis presents a symbolic rule-based method that addresses system prognosis. It also details a successful application to complex vacuum pumping systems. More precisely, using historical vibratory data, we first model the behavior of the pumps by extracting a given type of episode rules, namely the First Local Maximum episode rules (FLM-rules). The algorithm that extracts FLM-rules also determines automatically their respective optimal temporal window, i.e. the temporal window in which the probability of observing the premiss and the conclusion of a rule is maximum. A subset of the extracted FLM-rules is then selected in order to further predict pumping system failures in a vibratory data stream context. Our contribution consists in selecting the most reliable FLM-rules, continuously matching them in a data stream of vibratory data and building a forecast time interval using the optimal temporal windows of the FLM-rules that have been matched.

La leucémie lymphoïde chronique (LLC) est le cancer hématologique le plus fréquent du monde occidental et est caractérisée par une évolution clinique hétérogène :certains patients vivent plusieurs décennies sans symptôme alors que pour d'autres le besoin de traitements est rapide et voient leur survie globale raccourcie. Il est dès lors primordial de savoir à quel type d’évolution le patient sera confronté afin d’adapter au mieux le suivi de la maladie et la précocité ou non du traitement. Ces dernières années, la génétique a mis en évidence des aberrations chromosomiques et des mutations spécifiques récurrentes dans cette maladie mais le domaine de l'épigénétque est encore peu étudié.L'épigénétique étudie les processus induisant des modifications réversibles et héritables de l’ADN sans altérer la séquence en acides nucléiques. La méthylation de l'ADN, les modifications post-traductionnelles des histones, l'interférence par ARN et l'hydroxyméthylation de l'ADN sont les mécanismes qui induisent ces modifications et ont un impact sur l'expression génique. Dans ce travail, nous traitons des histones désacétylases et des gènes TET et IDH impliqués dans l'hydroxyméthylation de l'ADN.Au cours de ce travail, nous avons dressé le profil d'expression des 18 isoenzymes HDAC dans des lymphocytes B de patients atteints de LLC. Nous avons observé une surexpression globale de celles-ci par rapport à des cellules B saines. Nous avons également démontré que HDAC3, 6, SIRT2, 3 et 6 sont corrélés avec le pronostic pour la survie sans traitement ou la survie globale. Quelques isoenzymes sélectionnées par des analyses multivariées (HDAC6, 7, 10 et SIRT3, 5 et 6) ont été combinées pour générer un score HDAC qui s'est avéré être un facteur pronostic puissant divisant significativement notre cohorte (P<0,0001).L'activité enzymatique globale des HDAC fut par la suite étudiée. Elle fut très significativement corrélée avec les deux types de survie et particulièrement avec la survie sans traitement où elle s'impose comme un facteur indépendant. Les patients avec une haute activité présentent une survie globale médiane de 137 mois alors qu'elle est supérieure à 376 mois pour une faible activité (P<0,0001). De fait elle nous permet de raffiner le pronostic en mettant en évidence des sous-groupes au sein de patients catégorisés par des facteurs pronostiques classiques.Enfin, nous nous sommes penchés sur l'hydroxyméthylation de l'ADN et les gènes associés à ce phénomène (TET et IDH) qui, pour certains, voient leur expression dérégulée dans les cellules leucémiques. TET2 et IDH1 prédisent significativement la survie sans traitement, les patients présentant une haute expression de ces gènes ayant une médiane de survie sans traitement plus grande (111 mois) que les autres (78 mois). De plus, l'expression de TET1 est diminuée alors que celle de TET3 et IDH2 est augmentée dans les lymphocytes B de patients lorsque ceux-ci sont cultivés en présence de cellules stromales mésenchymateuses, des acteurs du microenvironnement. Cependant, ces dérégulations d'expression ne sont pas associées à une modification du taux globale d'hydroxyméthylation de l'ADN.Ce travail met en avant une association évidente entre les gènes HDAC, TET et IDH et le pronostic des patients relevant dès lors la pertinence des changements épigénétiques dans la progression de la LLC. / Doctorat en Sciences biomédicales et pharmaceutiques (Médecine) / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Pour de nombreuses pathologies chroniques,l’amélioration de la prise en charge des patients passe par une meilleure compréhension de la progression de la pathologie et par la capacité à pronostiquer précocement la survenue d’événements délétères.L’évolution de l’état de santé des patients peut être appréciée à travers des mesures répétées d’un marqueur longitudinal, comme la créatinine sérique en transplantation rénale.Ce travail de thèse en Epidémiologie et Biostatistique appliqué à la transplantation rénale s’intéresse aux modèles conjoints pour données longitudinales et de temps d’évènement. Ces derniers présentent de nombreux avantages mais ils restent encore peu utilisés en pratique. Dans une première partie du travail, nous proposons d’utiliser cette méthodologie afin d’étudier le rôle spécifique des déterminants de santé sur l’évolution du sérum de créatinine et/ou sur le risque d’échec de greffe. Cette modélisation apporte une vision épidémiologique très riche et met en évidence certains facteurs qui pourraient être intéressants à intégrer dans la prise en charge des patients puisqu’ils semblent associés au risque d’échec de greffe sans reflet préalable sur le marqueur de suivi, la créatinine sérique.Dans une seconde partie, nous nous sommes intéressés aux prédictions dynamiques. Calculables à partir d’un modèle conjoint, les prédictions sont dites dynamiques car elles se mettent à jour tout au long du suivi en fonction de l’information longitudinale récoltée jusqu’au temps de prédiction. L’utilité clinique de ce type de score dynamique doit être évaluée et repose en partie sur des performances adéquates en termes de calibration et de discrimination. Des outils d’évaluation,tels que le Brier Score ou la courbe ROC, ont déjà été développés. En complément de ces indicateurs, nous proposons le développement d’un indicateur de type R² afin de pallier certaines de leurs limites / For many chronic diseases, the monitoring of patients can be improved by a better understanding of disease growth and the ability to predict the occurrence of major events. Health status evolution can be measured by repeated measurements of a longitudinal marker, as serumcreatinine in renal transplantation.This thesis work in epidemiology and biostatistics applied to renal transplantation focuses on jointmodels for longitudinal and time-to-event data.These models have various benefits but their use is still uncommon in practice. In a first part, we use this methodology to identify the specific role of risk factors on serum creatinine evolution and/or graftfailure risk. We give a rich epidemiological overview and highlights some features which deserve additional attention as they seemassociated with graft failure risk without previousmodification of the longitudinal marker, the serumcreatinine. In a second part, we focus on dynamic predictions, which can be estimated from a jointmodel. They are called dynamic because of an update performed at each new measurement of the longitudinal marker. The clinical usefulness of this type of predictions has to be evaluated and should be based on good accuracy in terms of discrimination and calibration. To assess the prognostic capacities, the Brier Score or the ROCcurve have already been developed. To complete them, we propose an R² type indicator in order to complement some limitations of previous tools.

Le myélome multiple (MM) est une néoplasie B caractérisée par l’accumulation d’un clone plasmocytaire dans la moelle osseuse. Des études ont démontré que les modifications épigénétiques comme la méthylation de l’ADN jouent un rôle dans la régulation d’expression de différents gènes associés au cancer. Dans une étude récente, nous avons pu décrire un score génique de méthylation de l’ADN permettant de prédire la sensibilité des cellules de MM aux inhibiteurs de DNMT (DNA methyltranfexrase) (Moreaux, et al 2012). Parmi les gènes dont l’expression est inhibée par les inhibiteurs de DNMT et associés avec un pronostic péjoratif chez les patients atteints de MM, nous avons identifié RECQ1. RECQ1 est une hélicase de la famille RECQ qui s’associe aux origines de réplication durant la phase S du cycle cellulaire et joue un rôle important dans l’élongation des fourches de réplication. RECQ1 est fortement exprimé dans différents types de tumeurs solides et l’inhibition de RECQ1 conduit à la catastrophe mitotique et inhibe la croissance de tumeurs solides. Le but de notre projet a été de caractériser la fonction de RECQ1 dans la physiopathologie du MM et les mécanismes de résistance aux traitements. Afin d’étudier le rôle biologique de RECQ1 dans les plasmocytes tumoraux, nous avons utilisé des vecteurs lentiviraux pour induire de façon inductible la surexpression ou l'inhibition de RECQ1. La déplétion de RECQ1 dans les cellules de MM entraîne une inhibition de la croissance, une induction significative d’apoptose et la formation de foyers 53BP1 indiquant la présence de cassures d’ADN double brin. Une forte expression de RECQ1 étant associée à un mauvais pronostic et la déplétion de RECQ1 conduisant à une induction de cassures d’ADN double brin, nous nous sommes demandé si l’inhibition de l’expression de RECQ1 pourrait sensibiliser les cellules de MM aux agents génotoxiques utilisés dans le traitement du MM. La déplétion de RECQ1 sensibilise, de façon significative, les cellules de MM au melphalan suggérant que l’association d’un inhibiteur de DNMT pour cibler RECQ1 et du melphalan pourrait avoir un effet synergique chez les patients RECQ1++. La surexpression de RECQ1 protège les lignées cellulaires de myélome contra l'apoptose induite par melphalan et bortézomib. De plus, l'épuisement RECQ1 sensibilise les cellules de myélome de traitement est démontré que RECQ1 interagit avec des protéines impliquées dans différentes voies de réparation des dommages de l’ADN : PARP1 (NHEJ/BER), RAD51 (HR), MSH2 et MSH6 (Mismatch repair). RECQ1 interagit avec PARP1 dans la fraction chromatinienne des cellules de MM mais pas avec RAD51 ni MSH2. Cette interaction est significativement induite en présence de melphalan. Des inhibiteurs de PARP sont actuellement en développement préclinique ou en essai clinique. De façon intéressante, la déplétion de RECQ1 sensibilise significativement les cellules de MM à un inhibiteur de PARP in vitro suggérant que l’association d’un inhibiteur de DNMT pour cibler RECQ1 et d’un inhibiteur de PARP pourrait avoir un intérêt thérapeutique dans le MM. Nous avons également confirmé que des doses sous-létales d’inhibiteur de DNMT sensibilisent les cellules de MM au melphalan in vitro. / Multiple myeloma (MM) is a plasma cell cancer with poor survival, characterized by the clonal expansion of multiple myeloma cells (MMCs), primarily in the bone marrow. Using a microarray-based genome-wide screen for genes responding to DNA methyltransferases (DNMT) inhibition in MM cells, we identified RECQ1 among the genes downregulated by DNMT inhibitor. RECQ helicase are DNA unwinding enzymes involved in the maintenance of chromosome stability. RECQ1 silencing in cancer cells results in mitotic catastrophe and prevents tumor growth in murine models. RECQ1 is significantly overexpressed in primary myeloma cells compared to normal plasma cells and in myeloma cell lines compared to primary myeloma cells of patients. High RECQ1 expression is associated with a poor prognosis in two independent cohorts of patients. RECQ1 knock down inhibits growth of myeloma cells and induces apoptosis. Given the known role of RECQ1 in replication and DNA repair activation, the effect of RECQ1 depletion in DNA damage response was investigated. RECQ1 depletion induced spontaneous accumulation of DNA double strand breaks (DSBs) evidenced by the phosphorylation of ATM and H2AX histone and detection of 53BP1 foci. Using an alkaline comet assay, a significant increase in DNA strand breaks was confirmed in RECQ1 depleted cell lines compared to control. RECQ1 depletion was associated with CHK1 and CHK2 phosphorylation in MM cells. Since RECQ1 depletion is associated with DNA damage response activation and DNA strand breaks formation, a link between RECQ1 expression and drug sensitivity was hypothesized. RECQ1 overexpression significantly protects myeloma cell lines from melphalan and bortezomib-induced apoptosis. Furthermore, RECQ1 depletion sensitizes myeloma cells to treatment. Using immunoprecipitation, RECQ1 was shown to interact with PARP1 but not RAD51 or MSH2. An increased association of the two proteins was found upon DNA damages induced by melphalan. In agreement, RECQ1 depletion sensitizes myeloma cell lines to PARP inhibitor. We identified RECQ1 as a miR-203 target. Interestingly, aberrant methylation of miR-203 was reported in MM cells and treatment with 5-aza-2’-deoxycitidine led to promoter demethylation and miR-203 re-expression. Furthermore, anti-miR-203 treatment induced a significant increase of RECQ1 mRNA level in MM cells.In conclusion, RECQ1 represent a biomarker of drug resistance in MM, which is targeted by DNMT inhibitors. This suggests association of alkylating agents and/or PARP inhibitors with DNMT inhibitor may represent a therapeutic approach in RECQ1high patients associated with a poor prognosis.

Le lymphome folliculaire (LF) représente le 2ème lymphome par ordre de fréquence et reste considéré à l’heure actuelle comme incurable. De nombreuses questions sur le processus de lymphomagénèse sont encore non résolues et il n’existe aucun marqueur génomique ou moléculaire unanimement reconnu permettant de prédire l’évolution des patients. Nos travaux de recherche s’inscrivent dans l’objectif de mieux comprendre l’impact des altérations moléculaires identifiées dans ces tumeurs, grâce à une approche intégrative visant à combiner des données génomiques, transcriptomiques et mutationnelles. Ce travail a permis de construire un score, basé sur l’expression d’un panel de gènes, prédictif du risque de progression de la maladie. Ce score a été confirmé sur une seconde cohorte de patients, validant son utilité potentielle en pratique clinique. Par ailleurs, nos résultats suggèrent que les cellules tumorales peuvent acquérir des propriétés évocatrices d’un profil de cellules souches et associées à un pronostic particulièrement défavorable. Une 2ème partie de notre travail a porté sur les altérations touchant le gène EZH2, muté chez 25% des patients. Nous avons démontré qu’un gain génomique au niveau du locus EZH2 pouvait également avoir des conséquences sur le profil transcriptomique et un impact pronostique, soulignant l’importance de prendre en compte l’ensemble des anomalies touchant ce gène. Enfin, nous rapportons qu’un polymorphisme constitutionnel situé dans ce gène est associé au risque de progression des patients traités par un anticorps anti-CD20. L’ensemble de ces résultats apporte un éclairage nouveau sur la biologie du LF et peut contribuer à améliorer la prise en charge des patients / Follicular Lymphoma (FL) is the 2nd most frequent lymphoma subtype and is usually considered incurable with current strategies. Several questions regarding the lymphomagenesis process are still pending, and no molecular or genomic marker has been unanimously recognized yet to predict outcome. We performed an integrative analysis combining genomic, transcriptomic and mutational data in the view to bringing new highlights in the molecular alterations acting in FL. Based on gene-expression profiling data we developed a model able to predict progression-free survival in FL patients. We confirmed its predictive value in another cohort of patients, thereby allowing its potential use in clinical practice. Furthermore, our results highlight that some tumors show a stem-cell-like gene-expression profile that was associated with highly unfavorable outcome. In the second part of our work, we focused on alterations of the gene EZH2. Although mutations have been reported in 25% of FL patients, we questioned whether genomic gains at EZH2 locus could also contribute to lymphomagenesis. We showed that such gain may impact the transcriptional profile and have a prognostic significance, thus highlighting the crucial interest of determining both kinds of alterations. Finally, we report that a germ-line polyporphism in the EZH2 gene was significantly associated with progression-free survival in patients treated by anti-CD20 therapy. Taken together, these results bring new highlights on FL biology and may help to improve the clinical management of FL patients