Lúpus eritematoso sistêmico (LES) é uma doença multisistêmica crônica e autoimune de etiologia desconhecida. O LES é considerado um fator de risco independente para eventos cardiovasculares em qualquer faixa etária. A coexistência de fatores de risco tradicionais e não tradicionais (alto nível plasmático de homocisteína) são as causas para o risco do desenvolvimento de doenças cardiovasculares (DCV) em portadores de LES. A hiperhomocisteinemia é considerada um fator de risco independente para DCV e cerebrovasculares e tem como causas fatores nutricionais, genéticos e fisiológicos. Proteína C reativa de alta sensibilidade (hs-PCR), fator de necrose tumoral-? (TNF- ?), interferon ?, MCP-1 (Monocyte Chemoattractant Protein- 1) e leptina tem sido descritos como importantes biomarcadores para DCV. Por outro lado, adiponectina e grelina tem sido retratadas como potentes protetores contra o desenvolvimento da aterosclerose. Parâmetros antropométricos aumentados também podem estar associados ao risco de DCV como aumento da espessura da camada íntima da carótida. O processo de inflamação crônica existente no LES está diretamente associado a alterações no perfil lipídico e no metabolismo de lipoproteínas. Análises em larga escala dos perfis de expressão de proteínas estão se tornando uma importante ferramenta na investigação de várias patologias associadas a resposta autoimune. Objetivos: Descrever e comparar medidas antropométricas, ingestão alimentar e proteoma plasmático em pacientes com lúpus eritematoso sistêmico juvenil (LESJ) e controles saudáveis. Comparar metabólitos e antropometria entre dois clusters metabólicos de pacientes com LESJ (Lúpus Melhor Perfil Metabólico - LMPM e Lúpus Pior Perfil Metabólico - LPPM) e um cluster com controles saudáveis (Controle Melhor Perfil Metabólico) e, também, em dois clusters de pacientes com LESJ definidos pela dose diária de corticoide administrada. Métodos: Foram recrutadas 19 adolescentes portadoras de LESJ e 39 controles saudáveis. Foram mensurados índice de massa corporal (IMC), peso, estatura, circunferência da cintura (CC), ingestão alimentar (Recordatório de 24 horas), SLEDAI (Systemic Lupus Erythematosus Disease Activity Index), SLICC (Systemic Lupus International Collaborating Clinics/American College of Rheumatology Damage Index), níveis plasmáticos de homocisteína, vitamina B12, 6 folato, TNF-?, hs-PCR, MCP-1, adiponectina, leptina, grelina, perfil lipídico e proteoma plasmático pela técnica Shotgun proteomics com Isobaric Tag for Relative and Absolute Quantitation. Os grupos foram comparados por ANCOVA. k-cluster foi usado para separar LESJ e controles em dois clusters extremos de melhor e pior perfil metabólico de acordo com os níveis plasmáticos de homocisteína, TNF-?, hsPCR e folato para a análise da proteômica. Resultados: Pacientes com LESJ apresentaram maior IMC, CC, homocisteína, triglicérides, TNF-?, hsPCR e menor folato plasmático quando comparados ao grupo controle. Foram encontradas 10 proteínas com expressão significativamente diferente entre os clusters: Cluster Lúpus Melhor Perfil Metabólico (LMPM), Cluster Lúpus Pior Perfil Metabólico (LPPM) e Cluster Controle Melhor Perfil Metabólico (CMPM) (? -2-macroglobulina, ? -1-antitripsina, apoliproteína AI, apoliproteína E, ceruloplasmina, complemento C3, fibrinogênio de cadeia ?, haptoglobina, hemopexina e sorotransferrina). Oito proteínas foram mais expressas no LMPM e menos expressas no LPPM comparados com CMPM. As proteínas menos expressas no LPPM foram negativamente correlacionadas com maior risco para DCV. Conclusão: O presente estudo mostrou que as adolescentes com LESJ apresentaram maior IMC, circunferência da cintura, concentrações séricas de homocisteína, triglicérides, TNF-?, hs-PCR e, menor estatura e concentração de folato sérico quando comparadas com adolescentes saudáveis. Além disso, o cluster LPPM apresentou uma expressão diminuída das proteínas apolipoproteína AI, apolipoproteína E, alfa-2- macroglobulina, alfa-1-antitripsina, ceruloplasmina, complemento C3, hemopexina e sorotransferrina quando comparado aos clusters CMPM e LMPM. Sendo assim, é possível concluir que o presente estudo sinaliza possíveis complicações cardiovasculares futuras em pacientes com LESJ e, sugerem a necessidade de novos estudos, a fim de elucidar a interação do estado nutricional e das proteínas encontradas pela proteômica no contexto de sistemas biológicos em pacientes com LESJ. / Systemic lupus erythematosus (SLE) is a, autoimmune, chronic and inflammatory disease of unknown etiology. SLE is considered an independent risk factor for cardiovascular diseases at any age. Reasons for the increased risk of CVD in SLE include the co-existence of traditional cardiac risk factors and nontraditional risk factors such as high concentrations of homocysteine. Elevated homocysteine (Hcy) levels is considered an independent risk factor for CVD. Hiperhomocysteine can indicate undernourishment due to a lack of vitamins or genetic alterations. Inflammatory biomarkers have been consistently associated with the presence of CVD in multiple studies from different populations, including SLE, such as high-sensitivity C-reactive protein (hs-CRP), tumor necrosis factor - ? (TNF - ?), type I interferon (IFN), monocyte chemoattractant protein-1 (MCP-1) and leptin. On the other hand, some cytokines and hormones are related to atherosclerosis prevention, such as adiponectin and ghrelin. The existing chronic inflammation process in SLE is directly associated with changes in lipid and lipoprotein metabolism. Some comprehensive studies have been conducted at multiple biological levels including DNA (or genomics), mRNA (or transcriptomics), protein (or proteomics) and metabolites (or metabolomics). The \'omics\' platforms allow us to re-examine SLE at a greater degree of molecular resolution. Objectives: To describe and compare anthropometric measurements, food intake, metabolites and plasma proteomic analysis in child-hood onset systemic lupus erythematosus (c-SLE) and healthy controls. To compare metabolites and anthropometric parameters between two clusters with c-SLE (lupus cluster with the best - LCBMP and the worst metabolic profile - LCWMP) and one cluster with controls (healthy cluster with the best metabolic profile - HCBMP) and to compare metabolites and anthropometric parameters between two clusters of c-SLE patients defined by daily corticosteroid doses intake. Methods: 19 c-SLE and 39 healthy volunteers were recruited. We evaluated BMI, weight, height, waist circumference, food intake through a 24-hours recalls, SLEDAI (Systemic Lupus Erythematosus Disease Activity Index), SLICC (Systemic Lupus International Collaborating Clinics/American College of Rheumatology Damage Index), SLICC, serum levels of homocysteine, vitamin B12, 8 folate, TNF-?, hs-C reactive protein, monocyte chemoattractant protein-1, adiponectin, leptin, ghrelin, lipid profile and plasma proteomic by Shotgun proteomics with Isobaric Tag for Relative and Absolute Quantitation. The groups were compared by ANCOVA. k-cluster were used to separate SLE and control groups into two different clusters with the best and the worst metabolic profile according to homocysteine, TNF-?, hsCRP and folate plasma levels for proteomic assessment. Results: SLE patients presented higher BMI, WC, homocysteine, triglycerides, TNF-?, hsCRP levels and lower plasma folate when compared to controls. We found 10 proteins with significantly different expression between healthy cluster with the best metabolic profile (HCBMP) and lupus cluster with the best (LCBMP) and the worst metabolic profile (LCWMP) (alpha-2- macroglobulin; alpha-1-antitripsin, apoliprotein AI, apoliprotein E, ceruloplasmin, complement C3, fibrinogen ? chain, haptoglobin, hemopexin and serum transferrin). Eight proteins were higher expressed in LCBMP and lower expressed in LCWMP compared with HCBMP. Proteins less expressed in LCWMP were negatively correlated with a higher risk for cardiovascular disease. Conclusion: Our results described some previously cardiovascular risk factors in c-SLE patients and possible associations between nutritional status and cardiovascular disease risk factors. Proteomic results showed acute phase proteins and pro-inflammatory proteins more expressed in c-SLE patients compared to controls. These results might allow us to treat c-SLE with personalized diets to avoid cardiovascular complications in future. The small sample size and the cross-sectional design were the limitations of the study, but it is a rare disease in the pediatric field and, despite this fact, the present study was able to characterize two distinct nutritional and metabolic groups with uncommon proteins expressed. These results deserve further investigations to better elucidate the whole of these proteins in the context of systems biology interactions in SLE pediatric patients.

Orientador: Fábio Luís Forti / Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do ABC. Programa de Pós-Graduação em Biossistemas, 2012

A síndrome de Moebius (SM) é uma diplegia congênita rara caracterizada por paralisia total ou parcial do VI e VII nervos cranianos, que leva à ausência ou deficiência dos movimentos dos músculos envolvidos na mímica facial e ao estrabismo convergente. As características bucais descritas nesses indivíduos incluem o palato ogival, micrognatia, malformação de língua, filtro curto, falta de coaptação de lábios, e maior incidência de lesões de cárie. O objetivo deste estudo foi avaliar as características salivares quantitativas e qualitativas, incluindo o proteoma salivar, de indivíduos com SM, associá-las com a saúde bucal, e compará-las com as características salivares de um grupo controle, não afetado pela SM. Foram incluídos 15 indivíduos com SM e 15 controles. O comprometimento facial do individuos com a SM foi avaliada e graduada em scores 0,1 ou 2, uni ou bilateral, para os nervos II, III, IV, V, VI, VII e XI. Os pesquisadores determinaram o índice de cárie (ICDAS), de doença periodontal (PSR) e de placa (Silness Löe) nos dois grupos de estudo. Também realizaram coletas de saliva total não estimulada, estimulada e parotídea bilateral, sendo o fluxo salivar estabelecido em ml/min. A capacidade tampão foi avaliada na saliva total estimulada através da titulação de HCl 0,01N. A atividade de ?-amilase nas amostrasmfoi medida através da produção de maltose. Para a análise proteômica optou-se pela divisão das amostras de saliva de acordo com o fluxo em ml/min. Desta forma, para cada grupo, estudo e controle, os 4 tipos de saliva (estimulada, não estimulada, parotídea esquerda, parotídea direita) foram subdivididos de acordo com baixo fluxo (abaixo da média do grupo) ou alto fluxo (acima da média do grupo), resultando em 16 subgrupos. O proteoma foi obtido por duas metodologias distintas, a primeira a partir da cromatografia líquida espectrometria de massas e a segunda que utilizou a técnica de eletroforese em gel de poliacrilamida contendo dodecil sulfato de sódio (SDS-PAGE) associada à eletroforese em gel de poliacrilamida (native cationic). A ocorrência das lesões de cárie foi significativamente mais alta entre os participantes com SM (p>0,05) no corte 2, bem como a ocorrência de doença periodontal (p>0,05), quando comparado ao grupo controle. Não houve diferença no índice de placa entre os grupos. A análise proteômica mostrou diminuição de cistatinas B, S e SN nos indivíduos com SM. Não houve diferença no perfil proteico entre os grupos de baixo e de alto fluxo salivar, para indivíduos com SM e controle. Houve aumento na quantidade de amilase salivar em e de histatina 1,3 e 5 em indivíduos com SM. Concluímos que indivíduos com SM apresentam diminuição de fluxo salivar, de capacidade tampão e alterações proteicas que colocam esses indivíduos em situação de maior risco para cárie e para doença periodontal. / The Moebius syndrome (MS) is a rare congenital diplegia characterized by total or partial palsy of the VI and VII cranial nerves, leading to the absence or disability of the movements of facial expression muscles and to convergent strabismus. The oral features described in these individuals include high-arched palate, micrognathia, tongue malformation, short filter, lack of lips coaptation, and higher incidence of caries lesions. The aim of this study was to evaluate the quantitative and qualitative salivary characteristics, including the salivary proteome of individuals with MS, associate them with the oral health, and compare them to the salivary characteristics of a control group, unaffected by SM. We included 15 subjects with MS and 15 controls. The facial involvement of individuals with MS was evaluated and graded on scores 0, 1 or 2, uni or bilateral to the nerves II, III, IV, V, VI, VII and XI. The researchers established the caries (ICDAS), periodontal disease (PSR) and plate (Silness Löe) indexes in both groups. We also performed unstimulated, stimulated and bilateral parotid saliva collections, and salivary flow was calculated (ml / min). The buffer capacity was measured in stimulated saliva by titration of 0.01N HCl. The ?-amylase activity was determined by maltose production. For proteomic analysis it was decided to split the saliva samples in accordance with the flow in ml/min. Thus, for each group, study and control, the 4 types of saliva (stimulated, unstimulated, left parotid, right parotid) were subdivided according to low flow (below the group average) or high flow (above average group), resulting in 16 subgroups. The proteome was obtained by two different methodologies, the first was liquid chromatography mass spectrometry and the second was sodium dodecyl sulfate-polyacrylamide gel electrophoresis (SDS-PAGE) associated with cationic PAGE. The occurrence of caries lesions, related to cut-off 2, as well as the occurrence of periodontal disease, was significantly higher (p> 0.05) in participants with MS when compared to the control group. There was no statistical difference in plaque index between groups. Proteomics analysis showed decrease of cystatin B, S and SN in individuals with MS. There was no difference in protein profile between the low and high salivary flow groups, for individuals with MS and control. There was an increase in the amylase amount and histatin 1, 3 and 5 in individuals with MS. We concluded that individuals with MS present decreased salivary flow, decreased buffer capacity and protein alterations that place these individuals at increased risk for caries and periodontal disease.

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A síndrome de Moebius (SM) é uma diplegia congênita rara caracterizada por paralisia total ou parcial do VI e VII nervos cranianos, que leva à ausência ou deficiência dos movimentos dos músculos envolvidos na mímica facial e ao estrabismo convergente. As características bucais descritas nesses indivíduos incluem o palato ogival, micrognatia, malformação de língua, filtro curto, falta de coaptação de lábios, e maior incidência de lesões de cárie. O objetivo deste estudo foi avaliar as características salivares quantitativas e qualitativas, incluindo o proteoma salivar, de indivíduos com SM, associá-las com a saúde bucal, e compará-las com as características salivares de um grupo controle, não afetado pela SM. Foram incluídos 15 indivíduos com SM e 15 controles. O comprometimento facial do individuos com a SM foi avaliada e graduada em scores 0,1 ou 2, uni ou bilateral, para os nervos II, III, IV, V, VI, VII e XI. Os pesquisadores determinaram o índice de cárie (ICDAS), de doença periodontal (PSR) e de placa (Silness Löe) nos dois grupos de estudo. Também realizaram coletas de saliva total não estimulada, estimulada e parotídea bilateral, sendo o fluxo salivar estabelecido em ml/min. A capacidade tampão foi avaliada na saliva total estimulada através da titulação de HCl 0,01N. A atividade de ?-amilase nas amostrasmfoi medida através da produção de maltose. Para a análise proteômica optou-se pela divisão das amostras de saliva de acordo com o fluxo em ml/min. Desta forma, para cada grupo, estudo e controle, os 4 tipos de saliva (estimulada, não estimulada, parotídea esquerda, parotídea direita) foram subdivididos de acordo com baixo fluxo (abaixo da média do grupo) ou alto fluxo (acima da média do grupo), resultando em 16 subgrupos. O proteoma foi obtido por duas metodologias distintas, a primeira a partir da cromatografia líquida espectrometria de massas e a segunda que utilizou a técnica de eletroforese em gel de poliacrilamida contendo dodecil sulfato de sódio (SDS-PAGE) associada à eletroforese em gel de poliacrilamida (native cationic). A ocorrência das lesões de cárie foi significativamente mais alta entre os participantes com SM (p>0,05) no corte 2, bem como a ocorrência de doença periodontal (p>0,05), quando comparado ao grupo controle. Não houve diferença no índice de placa entre os grupos. A análise proteômica mostrou diminuição de cistatinas B, S e SN nos indivíduos com SM. Não houve diferença no perfil proteico entre os grupos de baixo e de alto fluxo salivar, para indivíduos com SM e controle. Houve aumento na quantidade de amilase salivar em e de histatina 1,3 e 5 em indivíduos com SM. Concluímos que indivíduos com SM apresentam diminuição de fluxo salivar, de capacidade tampão e alterações proteicas que colocam esses indivíduos em situação de maior risco para cárie e para doença periodontal. / The Moebius syndrome (MS) is a rare congenital diplegia characterized by total or partial palsy of the VI and VII cranial nerves, leading to the absence or disability of the movements of facial expression muscles and to convergent strabismus. The oral features described in these individuals include high-arched palate, micrognathia, tongue malformation, short filter, lack of lips coaptation, and higher incidence of caries lesions. The aim of this study was to evaluate the quantitative and qualitative salivary characteristics, including the salivary proteome of individuals with MS, associate them with the oral health, and compare them to the salivary characteristics of a control group, unaffected by SM. We included 15 subjects with MS and 15 controls. The facial involvement of individuals with MS was evaluated and graded on scores 0, 1 or 2, uni or bilateral to the nerves II, III, IV, V, VI, VII and XI. The researchers established the caries (ICDAS), periodontal disease (PSR) and plate (Silness Löe) indexes in both groups. We also performed unstimulated, stimulated and bilateral parotid saliva collections, and salivary flow was calculated (ml / min). The buffer capacity was measured in stimulated saliva by titration of 0.01N HCl. The ?-amylase activity was determined by maltose production. For proteomic analysis it was decided to split the saliva samples in accordance with the flow in ml/min. Thus, for each group, study and control, the 4 types of saliva (stimulated, unstimulated, left parotid, right parotid) were subdivided according to low flow (below the group average) or high flow (above average group), resulting in 16 subgroups. The proteome was obtained by two different methodologies, the first was liquid chromatography mass spectrometry and the second was sodium dodecyl sulfate-polyacrylamide gel electrophoresis (SDS-PAGE) associated with cationic PAGE. The occurrence of caries lesions, related to cut-off 2, as well as the occurrence of periodontal disease, was significantly higher (p> 0.05) in participants with MS when compared to the control group. There was no statistical difference in plaque index between groups. Proteomics analysis showed decrease of cystatin B, S and SN in individuals with MS. There was no difference in protein profile between the low and high salivary flow groups, for individuals with MS and control. There was an increase in the amylase amount and histatin 1, 3 and 5 in individuals with MS. We concluded that individuals with MS present decreased salivary flow, decreased buffer capacity and protein alterations that place these individuals at increased risk for caries and periodontal disease.

Traumatic dental injuries (TDI) often happens in early childhood, the examination method is clinical and radiographic. Another methodology that has been used to aid in TDI diagnosis is molecular biology. A fluid that has been studied in molecular biology is gingival crevicular fluid (GCF), which is an appropriate fluid to evaluate the relation between periodontal tissues and pulp, and its compounds will depend on either the health or inflammation level of tissues. Therefore, this study aimed to characterize the proteins/peptides in GCF of primary tooth with different sequelae of TDI to clarify the proteins/peptides functions in order to contribute in the diagnosis of pulp and periodontal conditions. The sample was composed for 8 children with TDI, ranging 4 to 6 years. GCF samples were collected in 4 points of the gingival sulcus of both the 12 traumatized teeth and the 8 primary first molar, divided into 5 groups: Molar group (deciduous first molar), No alteration, Pulp Canal Obliteration (PCO), Repair-Related Resorption (RRR) and Pulp Necrosis (PN). GCF proteins were subjected to liquid chromatography electrospray ionization mass spectrometry for identification and characterization. 436 single proteins/peptides were found in this study. 43 (9.86%) were in No alteration group, 92 (21.10%) in PCO group, 23 (5.28%) in RRR group, 16 (3.67%) in PN group, and finaly, 114 (26.15%) in molar group. All groups revealed the following peptides/proteins functions: immune response, cell degradation and recycling, repair and maintenance, enzymatic process, cell binding, cell signaling, cell differentiation, cell migration, structural components and antioxidant activity. Proteins functions related to the specific groups: molar group played role in homeostasis process. No alteration group, I6L9F6_HUMAN, NEB2_HUMAN, Q5T0H8_HUMAN, H0YJG4_HUMAN are related to nervous tissue, and, TET1_HUMAN to odontoblast differentiation. RRR group, CALX_HUMAN, B8ZZF0_HUMAN are related to senescence, and KMT2D_HUMAN mutation is associated to skeletal deformation. PCO group, CATA_HUMAN is response to hypoxia, fibroblast transformation, and osteoblast differentiation; MTA70_HUMAN is related to stem cell differentiation; ITPR2_HUMAN releases calcium ion into cytosol. Fistula group: Q8TAS6_HUMAN development of neuronal tissue; E9PDR3_HUMAN neurotransmitter release, cell division and death; B4DT36_HUMAN play a role in conducting axon; C9JN07_HUMAN mitotic process; RSF1_HUMAN DNA repair; Q19KS2_HUMAN immune defense. Concluding, TDI of primary tooth profile undergoing different sequelae type was characterized. The proteins of molar group exhibited complete homeostasis. In no alteration group, the proteins play a role in maintaining the nervous tissue. The proteins of PCO group were involved in cell transformation and differentiation to reach canal root obliteration. The proteins of RRR group revealed a senescence process. In fistula group the proteins play a role to surround the inflammation site. / O trauma dentário (TD) geralmente ocorre na primeira infância, e os exames para tratamento e acompanhamento são majoritariamente clínico e radiográfico. Outro método auxiliar que tem sido usado para diagnóstico é a biologia molecular. Sendo, o fluido gengival crevicular (FGC) um fluido apropriado para avaliar a relação entre os tecidos periodontais e a polpa, e seus compostos dependerão do nível de saúde ou inflamação dos tecidos. Desta forma, este estudo teve como objetivo caracterizar as proteínas e peptídeos do FGC de dentes decíduos com diferentes sequelas relacionadas ao TD, a fim de auxiliar no diagnóstico da polpa e condição da periodontal. A amostra foi composta por crianças com TD, com a faixa etária entre 4 a 6 anos. As amostras de FGC foram coletadas em 4 pontos do sulco gengival dos 12 dentes traumatizados e de 8 primeiros molares decíduos, os quais foram divididos em 5 grupos: molar (primeiro molar decíduo), sem alteração, obliteração do canal pulpar (OCP), reparo relacionado à reabsorção (RRR) e necrose pulpar (NP). As proteínas do FCG foram submetidas espectrometria de massa em tandem de ionização por eletrovaporização, para identificação e caracterização. Oito crianças com 5 anos de idade, em média. 436 proteínas/peptídeos únicos foram encontrados neste estudo. 43 (9,86%) estavam no grupo Sem alteração, 92 (21,10%) no grupo OCP, 23 (5,28%) no grupo RRR, 16 (3,67%) no grupo NP, 114 (26,15%) no grupo molar. Todos os grupos revelaram as seguintes funções peptídeos / proteínas: resposta imune / degradação celular e reciclagem / reparo e manutenção / processo enzimático / ligação celular / sinalização celular / diferenciação celular / migração celular / componentes estruturais / atividade antioxidante. Funções proteicas relacionadas aos grupos: grupo molar desempenhou papel no processo de homeostase. As proteínas do grupo sem alteração: I6L9F6_HUMAN, NEB2_HUMAN, Q5T0H8_HUMAN, H0YJG4_HUMAN estão relacionadas ao tecido nervoso; e, TET1_HUMAN à diferenciação odontoblástica. As proteínas do grupo RRR: CALX_HUMAN, B8ZZF0_HUMAN estão relacionadas à senescência; e a mutação de KMT2D_HUMAN está associada à deformação esquelética. As proteínas do grupo PCO: CATA_HUMAN está associada à resposta de hipóxia, transformação de fibroblastos e diferenciação de osteoblastos; MTA70_HUMAN diferenciação de célulastronco; ITPR2_HUMAN libera íon de cálcio no citosol. As proteínas do grupo da fístula: Q8TAS6_HUMAN está relacionada ao desenvolvimento do tecido neuronal; E9PDR3_HUMAN à liberação de neurotransmissores, divisão e morte celular; B4DT36_HUMAN desempenha um papel na condução do axônio; C9JN07_HUMAN relaciona-se ao processo mitótico; RSF1_HUMAN ao reparo de DNA; Q19KS2_HUMAN à defesa imunológica. Concluindo, o perfil dos dentes decíduos que sofreram trauma e tiveram diferentes tipos de sequelas foi caracterizado por diferentes proteínas. O grupo molar exibiu homeostase. Grupo sem alteração, as proteínas desempenharam um papel na manutenção do tecido nervoso. As proteínas do grupo PCO estavam envolvidas na transformação e diferenciação celular para atingir a obliteração do canal radicular. As proteínas do grupo RRR revelaram um processo de senescência. No grupo de fístula, as proteínas parecem desempenhar um papel para cercar o local da inflamação.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:09Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-08-01Bitstream added on 2014-06-13T18:54:08Z : No. of bitstreams: 1 tezza_rid_me_jabo.pdf: 2155126 bytes, checksum: 33a07381689b0811f980f19b4c0fc487 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Com o seqüenciamento completo do genoma do fitopatógeno Xanthomonas axonopodis pv. citri (Xac), em 2002, inúmeras possibilidades de estudo foram viabilizadas, dando margem à busca de novas formas de controle do cancro cítrico, baseadas em alvos moleculares. Estudos dessa natureza têm mostrado a existência de genes que somente são expressos quando a bactéria está se desenvolvendo in planta. Sabe-se que essa regulação é dependente da região promotora e sua identificação pode possibilitar avanços significativos na busca do controle dessa doença. Apesar do crescente avanço das técnicas experimentais in vitro em biologia molecular, identificar um número significante de promotores ainda é uma tarefa difícil e dispendiosa. Os métodos computacionais existentes enfrentam a falta de um número adequado de promotores conhecidos para identificar padrões conservados entre as espécies. Logo, um método para predizê-Ios em qualquer organismo procariótico ainda é um desafio. O Modelo Oculto de Markov é um modelo estatístico aplicável a muitas tarefas em biologia molecular. Entre elas, predição e mapeamento de seqüências promotoras no genoma de um procarioto. Neste trabalho, estudou-se o mapeamento in silico de promotores gênicos de todo o genoma da Xac e em 68% dos genes a localização de um promotor foi indicada. A análise comparativa com dados experimentais de proteômica mostrou que 72% das proteínas expressas identificaram-se com elementos desta lista de promotores, o que corresponde a 27% do total de genes do genoma. À partir destes dados foi possível levantar um rol de informações sobre estes candidatos a promotores incitando a novos estudos moleculares. / With the complete genome sequencing of the phytopathogen Xanthomonas axonopodis pv. Citri (Xac), in 2002, several study possibilities were made practical and then creating the search of new citrus canker control ways, based in molecular aims. This kind of studies has shown the genes existences that are only expressed when the bacteria are developing itself in plant. It has been known that this regulation is promoter region dependent and its identification can allow significant advances in the search of this disease control. Although increasing advance of in vitro experimental techniques in molecular biology, identifying a meaningful number of promoters is still a hard and expensive task. The existents computer science methods face the need of a proper number of known promoters to identify conserved patterns among the species. Therefore, a method to predict them in any prokaryote organism is still a challenge. The Hidden Markov Model (HMM) is a statistic model applicable in many tasks in molecular biology. Among them, prediction and mapping of the promoters sequences in prokaryotic genome. In this work, which has studied the genic promoters in silico mapping of the whole Xac genome, in 68% of the genes the promoter localization was indicated. The proteomic experimental data comparative analysis showed that 72% of the expressed proteins identified with elements from the promoters list, which corresponds 27% of the genome genes total. According to these data it was possible to generate an information roll about these promoters candidates inciting new molecular studies.

Submitted by Automa??o e Estat?stica (sst@bczm.ufrn.br) on 2017-03-23T18:50:16Z No. of bitstreams: 1 GracianaCleciaDantas_TESE.pdf: 5111296 bytes, checksum: b36fdda3c626c34a46d304ad7884c2d2 (MD5) / Approved for entry into archive by Monica Paiva (monicalpaiva@hotmail.com) on 2017-03-23T18:58:12Z (GMT) No. of bitstreams: 1 GracianaCleciaDantas_TESE.pdf: 5111296 bytes, checksum: b36fdda3c626c34a46d304ad7884c2d2 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-23T18:58:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 GracianaCleciaDantas_TESE.pdf: 5111296 bytes, checksum: b36fdda3c626c34a46d304ad7884c2d2 (MD5) Previous issue date: 2015-05-29 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior (CAPES) / O uso de agrot?xicos em cultivo agr?cola ? cada vez maior. Os inseticidas qu?micos usados na agroind?stria causam grandes preocupa??es como a contamina??o ambiental e a falta de seletividade aos organismos. Uma alternativa para esse problema ? a utiliza??o de bioinseticidas. Os bioinseticidas s?o mais seguros que os agrot?xicos comuns e apresentam vantagens como menor toxicidade e alta especificidade. Ademais, podem ser utilizados em menor quantidade, decomp?em-se mais r?pido e sua utiliza??o associada com os inseticidas sint?ticos faz com que o uso de agrot?xicos seja menor, causando baixo impacto ambiental. Em particular, bioinseticidas do tipo baculov?rus t?m sido apontados como uma op??o de substitui??o a estes inseticidas qu?micos na agricultura. Neste trabalho, foi realizada a produ??o in vitro do baculov?rus Spodoptera frugiperda nucleopolyhedrovirus e o estudo do seu perfil eletrofor?tico com base nas prote?nas virais presentes nos v?rus extracelulares deste baculov?rus. As part?culas de v?rus extracelulares obtidas durante a passagem seriada do baculov?rus foram analisadas por eletroforese em gel desnaturante e, como esperado, a poliedrina - prote?na respons?vel pela forma??o do corpo de oclus?o - com aproximadamente 30 kDa foi destaque em todas as passagens analisadas. Prote?nas na regi?o entre 14,4 e 97 kDa tamb?m foram detectadas. A an?lise do efeito da adi??o do horm?nio ?-ecdisona extra?do do Ginseng brasileiro e do horm?nio ecdisona sint?tico na produ??o do baculov?rus Spodoptera foi realizada na terceira e quarta passagens em c?lulas Sf21, momento em que a forma??o dos corpos de oclus?o foi reduzida. Os resultados mostraram que o horm?nio ecdisona n?o influenciou na produ??o dos corpos de oclus?o na terceira passagem. Por?m, na quarta passagem ao se adicionar o horm?nio ecdisona, tanto o sint?tico como o extra?do do Ginseng brasileiro, houve um aumento aproximado de duas vezes na forma??o dos corpos de oclus?o quando comparados ? produ??o sem adi??o de ecdisona. Utilizando este processo de infec??o, foi realizada uma modelagem e simula??o matem?tica que representasse o mecanismo de produ??o do bioinseticida. / O uso de agrot?xicos em cultivo agr?cola ? cada vez maior. Os inseticidas qu?micos usados na agroind?stria causam grandes preocupa??es como a contamina??o ambiental e a falta de seletividade aos organismos. Uma alternativa para esse problema ? a utiliza??o de bioinseticidas. Os bioinseticidas s?o mais seguros que os agrot?xicos comuns e apresentam vantagens como menor toxicidade e alta especificidade. Ademais, podem ser utilizados em menor quantidade, decomp?em-se mais r?pido e sua utiliza??o associada com os inseticidas sint?ticos faz com que o uso de agrot?xicos seja menor, causando baixo impacto ambiental. Em particular, bioinseticidas do tipo baculov?rus t?m sido apontados como uma op??o de substitui??o a estes inseticidas qu?micos na agricultura. Neste trabalho, foi realizada a produ??o in vitro do baculov?rus Spodoptera frugiperda nucleopolyhedrovirus e o estudo do seu perfil eletrofor?tico com base nas prote?nas virais presentes nos v?rus extracelulares deste baculov?rus. As part?culas de v?rus extracelulares obtidas durante a passagem seriada do baculov?rus foram analisadas por eletroforese em gel desnaturante e, como esperado, a poliedrina - prote?na respons?vel pela forma??o do corpo de oclus?o - com aproximadamente 30 kDa foi destaque em todas as passagens analisadas. Prote?nas na regi?o entre 14,4 e 97 kDa tamb?m foram detectadas. A an?lise do efeito da adi??o do horm?nio ?-ecdisona extra?do do Ginseng brasileiro e do horm?nio ecdisona sint?tico na produ??o do baculov?rus Spodoptera foi realizada na terceira e quarta passagens em c?lulas Sf21, momento em que a forma??o dos corpos de oclus?o foi reduzida. Os resultados mostraram que o horm?nio ecdisona n?o influenciou na produ??o dos corpos de oclus?o na terceira passagem. Por?m, na quarta passagem ao se adicionar o horm?nio ecdisona, tanto o sint?tico como o extra?do do Ginseng brasileiro, houve um aumento aproximado de duas vezes na forma??o dos corpos de oclus?o quando comparados ? produ??o sem adi??o de ecdisona. Utilizando este processo de infec??o, foi realizada uma modelagem e simula??o matem?tica que representasse o mecanismo de produ??o do bioinseticida.

Fundação de Amparo a Pesquisa do Estado de Minas Gerais / The royal jelly (RJ), a secretion produced by the hipopharingeal and mandibular glands of the nurse honeybees, have a variety of pharmacological activities, aside of being necessary for the castes differentiation and the queen Apis mellifera longevity. To identify the N-glycoproteins of two samples of RJ provinient from distinct origin and conditions, we used the concanavalin A affinity chromatography (ConA) associated to the mass spectrometry. The investigated samples of RJ were the brazilian RJ (GRB), produced experimentally in local apiary, and the Chinese RJ (GRC), mattered from China and commercially available. The protein profile in SDS-PAGE 1D was characteristic for GRB and GRC. The N-glycoproteins fractions eluted from the ConA column had presented nine polypeptides for GRB and 12 for GRC, with relative molecular mass (Mr) varying between 130 and 15 kDa. It was observed that the immediately aftercollects freezing of the GRB did not inhibited the appearance of bands with Mr lesser than 49 kDa. A total of 21 bands was excised from gel and digested with tripisin for analysis in MALDI-TOF MS. The bioinformatic analysis revealed that all the 16 proteins identified in the GRB and GRC samples belong to the A. mellifera apalbumins family (Apa-1, Apa-2 and Apa-3). The Apa-2 was the protein that had greater prevalence between the N-glycoproteins of the RJ, presenting Mr varying between 110 and 25 kDa. The fact that the Apa-2 had been identified with distinct Mrs can be related to glycosilation, oligomerization or degradation of this apalbumin. Therefore, the ConA affinity chromatography associated with the proteomic analysis made possible the identification of three members of the family of RJ main proteins (Apa-1, Apa-2 and Apa-3). Moreover, the comparative study of the GRB and GRC glycoprotein composition suggests similar standard between these samples and can be useful in future studies that evaluate the biological functions of the apalbumins pos-translational modifications. / A geléia real (GR), uma secreção produzida pelas glândulas hipofaringeal e mandibular das abelhas operárias, possui uma variedade de atividades farmacológicas, além de ser fundamental para a diferenciação das castas e longevidade da rainha de Apis mellifera. Com o objetivo de identificar alguns dos componentes bioativos deste produto da colméia, utilizou-se a cromatografia de afinidade de concanavalina A (ConA) associada à espectrometria de massa para identificar as N-glicoproteínas de duas amostras de GR obtidas de origem e condições distintas. As amostras de GR investigadas foram a GR brasileira (GRB), produzida experimentalmente em apiário local, e a GR chinesa (GRC), importada da China e disponível comercialmente. O perfil de proteínas em SDSPAGE 1D foi característico para GRB e GRC, com um maior número de polipeptídeos para GRC. As frações das N-glicoproteínas eluídas da coluna de ConA apresentaram nove polipeptídeos para GRB e 12 para GRC, com massa molecular variando entre 130 e 15 kDa. Observou-se que o congelamento imediatamente pós-coleta da GRB não impediu o aparecimento de polipeptídeos com Mr menor que 49 kDa. Um total de 21 bandas foi excisado do gel e digerido por tripsina para análise em MALDI-TOF MS. Para cada perfil de massa dos peptídeos (PMF) obtido, realizou-se a busca em banco de dados utilizando-se o software Mascot. Esta análise revelou que as 16 proteínas identificadas nas amostras de GRB e GRC pertencem à família das apalbuminas (Apa-1, Apa-2 e Apa-3) da abelha A. mellifera. A Apa-2 foi a proteína que teve maior prevalência entre as N-glicoproteínas da GR, apresentando Mr variando entre 110 e 25 kDa. O fato da Apa-2 ter sido identificada com Mrs distintas pode estar relacionado a fenômenos de glicosilação, oligomerização ou degradação desta apalbumina. Portanto, a cromatografia de afinidade de ConA associada a análise proteômica possibilitou a identificação de três membros da família das principais proteínas da GR (Apa-1, -2 e -3). Além disso, o estudo comparativo da composição de glicoproteínas da GRB e GRC sugere padrão similar entre estas amostras e pode ser útil em estudos futuros que avaliem as funções biológicas das modificações pós-traducionais das apalbuminas. / Mestre em Genética e Bioquímica

Carrapatos da espécie Rhipicephalus (Boophilus) microplus causam enormes prejuízos à saúde e à produção animal. Sendo um ectoparasita hematófago, o carrapato espolia seu hospedeiro e transmite doenças. Seu parasitismo é mediado por sua saliva, que inibe as reações homeostáticas do hospedeiro à injúria local causada por sua picada. Seus hospedeiros montam respostas imunes contra esse parasita, incluindo a resposta imune mediada por anticorpos, indicando que o controle imunobiológico é possível. Contudo, o complexo farmacológico da saliva do parasita é composto por proteínas solúveis que são sabidamente pouco ou nada imunogênicos se não forem introduzidos no hospedeiro com adjuvante ou na foram agregada. Assim, dificilmente induziriam imunidade nos hospedeiros. Bovinos apresentam fenótipos contrastantes e herdáveis quanto à intensidade de infestações com carrapatos. Carrapatos alimentados em bovinos resistentes não completam a refeição de sangue, apresentando menor eficiência reprodutiva. É possível que esse desfecho seja devido à capacidade do hospedeiro resistente, mas não do suscetível, de produzir anticorpos que neutralizam componentes salivares do carrapato cruciais para realize a hematofagia. É necessário, portanto, examinar essa possibilidade. Os resultados obtidos também podem ajudar a identificar antígenos úteis para formular uma vacina anti-carrapato. Para estabelecer quais componentes salivares são reconhecidos pelos dois fenótipos de hospedeiros empregamos uma soroteca composta por soros obtidos de bovinos resistentes e suscetíveis ao carrapato em diferentes estágios do ciclo do parasito (larva, ninfa e adulto) e após uma, duas ou três ciclos de infestações. Os soros foram empregados individualmente e em forma de pools para imunodetecção por western blot de proteínas presentes em extrato de larvas não-alimentadas, saliva e glândulas salivares de fêmeas de R. microplus e separadas em uma e duas dimensões. Os resultados obtidos nos western blots 1D de saliva e de extrato de larvas não alimentadas mostraram que houve um reconhecimento diferencial dos antígenos parasitários pelos soros dos animais resistentes e suscetíveis. Os soros dos animais resistentes quando ainda eram livres de infestações (i.e., naïve) ou quando infestados com a forma larval reconheceram com maior freqüência e/ou exclusivamente certas bandas de proteínas. Resultados semelhantes foram vistos nos western blots de géis 2D de saliva e glândulas salivares de fêmeas, onde os soros dos animais resistentes ainda não infestados (i.e., naïve) reconheceram vários spots presentes nessas amostras e soros de animais resistentes infestados reconhecerem spots de forma exclusiva. Também foi observado que, apesar dos hospedeiros suscetíveis estarem expostos a grande quantidade de saliva, os soros desses animais não reconhecem um número maior de spots que os hospedeiros infestados resistentes. Por outro lado, a maioria das proteínas salivares não é reconhecida pelos hospedeiros infestados, sejam resistentes ou suscetíveis. Esses resultados indicam que os hospedeiros bovinos resistentes reconhecem de forma mais precoce que os bovinos suscetíveis certos componentes parasitários. Essa capacidade pode estar relacionada ao fenótipo de resistência ao carrapato / The cattle tick, Rhipicephalus (Boophilus) microplus, causes enormous losses to animal health and production. Since it is a hematophagous parasite the tick expoliates its hosts and transmits diseases. Parasitism by the tick is mediated by its saliva, which inhibits the hosts local homeostatic reactions to its bite. Hosts mount immune responses against this parasite, including antibody-mediated responses, indicating that the immunobiological control of ticks is possible. However, the pharmacological complex of saliva is composed of soluble proteins, which are known to be incapable of eliciting antibody responses if they are not introduced into the host with adjuvant or in aggregated form. Thus, salivary proteins may not be able to induce immunity in hosts. Bovines present contrasting, heritable phenotypes for tick infestations. Ticks fed on resistant hosts are unable to complete a blood meal and present a decrease in reproductive immunity. It is possible that this outcome is caused by an ability of the resistant host to produce antibodies that neutralize salivary components that are crucial to blood feeding. It is necessary, therefore, to examine this possibility. The results will also assist in the identification of protective antigens to formulate an anti-tick vaccine. In order to establish which salivary components are recognized by the two types of host phenotypes, a collection of sera derived from resistant and susceptible bovines infested one, two and three times with different developmental stages of the parasite (larvae, nymphs and adults) was employed to detect which proteins were recognized in western blots of saliva and extracts of salivary glands and unfed larvae. Western blots of tick proteins (saliva and extracts of unfed larvae) separated in one dimension showed that antigens were differentially recognized by resistant and susceptible bovines. Sera from resistant bovines still naïve or infested with larvae recognized certain protein bands exclusively or more frequently than similar sera from susceptible bovines. Similar results were seen in western blots of proteins from saliva and extracts of salivary glands separated in two dimensions, where sera from naïve, resistant bovines recognized several spots and sera from infested, resistant bovines recognized several spots exclusively. In spite of the fac that susceptible hosts are exposed to greater amounts of tick saliva, sera from these animals did not recognize a greater amount of spots than those from resistant bovines. On the other hand, the great majority of spots is not recognized by any of the different sera, be they from resistant or susceptible hosts. These results indicate that resistant bovines are able to recognize parasitic proteins earlier than susceptible bovines. This ability may, in turn, affect expression of salivary components that are crucial for the tick and may explain the phenotypes of tick infestations in bovines.