Les réseaux sur puces (SoCs - Networks-on-chip) sont apparus durant la dernière décennie en tant que solution flexible et efficace pour interconnecter le nombre toujours croissant d'éléments inclus dans les systèmes sur puces (SoCs - Systems-on-chip). Les réseaux sur puces sont en mesure de répondre aux besoins grandissants en bande-passante et en scalabilité tout en respectant des contraintes fortes de performances. Cependant, ils sont habituellement caractérisés par un grand nombre de paramètres architecturaux et d'implémentation qui forment un vaste espace de conception. Dans ces conditions, trouver une architecture de NoC adaptée aux besoins d'une plateforme précise est un problème difficile. De plus, la plupart des grands choix architecturaux (topologie, routage, qualité de service) sont généralement faits au niveau architectural durant les premières étapes du flot de conception, mais mesurer les effets de ces décisions majeures sur les performances finales du système est complexe à un tel niveau d'abstraction. Les analyses statiques (méthodes non basées sur des simulations) sont apparues pour répondre à ce besoin en méthodes d'estimations des performances des SoCs fiables et disponibles rapidement dans le flot de conception. Au vu du haut niveau d'abstraction utilisé, il est irréaliste de s'attendre à une estimation précise des performances et coûts de la puce finale. L'objectif principal est alors la fidélité (caractérisation des grandes tendances d'une métrique permettant une comparaison équitable des alternatives) plutôt que la précision. Cette thèse propose une méthodologie de modélisation pour concevoir des analyses statiques des coûts des composants des NoCs. La méthode proposée est principalement orientée vers la généralité. En particulier, aucune hypothèse n'est faite ni sur le nombre de paramètres des composants ni sur la nature des dépendances de la métrique considérée sur ces mêmes paramètres. Nous sommes alors en mesure de modéliser des composants proposant des millions de possibilités de configurations (ordre de 1e+30 possibilités de configurations) et d'estimer le coût de réseaux sur puce composés d'un grand nombre de ces composants au niveau architectural. Il est complexe de modéliser ce type de composants avec des modèles analytiques expérimentaux à cause du trop grand nombre de possibilités de configurations. Nous proposons donc un flot entièrement automatisé qui peut être appliqué tel quel à n'importe quelles architectures et technologies. Le flot produit des prédicteurs de coûts des composants des réseaux sur puce capables d'estimer les différentes métriques pour n'importe quelles configurations de l'espace de conception en quelques secondes. Le flot conçoit des modèles analytiques à grains fins sur la base de résultats obtenus au niveau porte et d'une méthode d'apprentissage automatique. Il est alors capable de concevoir des modèles présentant une meilleure fidélité que les méthodes basées uniquement sur des théories mathématiques tout en conservant leurs qualités principales (basse complexité, disponibilité précoce). Nous proposons d'utiliser une méthode d'interpolation basée sur la théorie de Kriging. La théorie de Kriging permet de minimiser le nombre d'exécutions du flot d'implémentation nécessaires à la modélisation tout en caractérisant le comportement des métriques à la fois localement et globalement dans l'espace. La méthode est appliquée pour modéliser la surface logique des composants clés des réseaux sur puces. L'inclusion du trafic dans la méthode est ensuite traitée et un modèle de puissance statique et dynamique moyenne des routeurs est conçu sur cette base. / In the last decade, Networks-on-chip (NoCs) have emerged as an efficient and flexible interconnect solution to handle the increasing number of processing elements included in Systems-on-chip (SoCs). NoCs are able to handle high-bandwidth and scalability needs under tight performance constraints. However, they are usually characterized by a large number of architectural and implementation parameters, resulting in a vast design space. In these conditions, finding a suitable NoC architecture for specific platform needs is a challenging issue. Moreover, most of main design decisions (e.g. topology, routing scheme, quality of service) are usually made at architectural-level during the first steps of the design flow, but measuring the effects of these decisions on the final implementation at such high level of abstraction is complex. Static analysis (i.e. non-simulation-based methods) has emerged to fulfill this need of reliable performance and cost estimation methods available early in the design flow. As the level of abstraction of static analysis is high, it is unrealistic to expect an accurate estimation of the performance or cost of the chip. Fidelity (i.e. characterization of the main tendencies of a metric) is thus the main objective rather than accuracy. This thesis proposes a modeling methodology to design static cost analysis of NoC components. The proposed method is mainly oriented towards generality. In particular, no assumption is made neither on the number of parameters of the components nor on the dependences of the modeled metric on these parameters. We are then able to address components with millions of configurations possibilities (order of 1e+30 configuration possibilities) and to estimate cost of complex NoCs composed of a large number of these components at architectural-level. It is difficult to model that kind of components with experimental analytical models due to the huge number of configuration possibilities. We thus propose a fully-automated modeling flow which can be applied directly to any architecture and technology. The output of the flow is a NoC component cost predictor able to estimate a metric of interest for any configuration of the design space in few seconds. The flow builds fine-grained analytical models on the basis of gate-level results and a machine-learning method. It is then able to design models with a better fidelity than purely-mathematical methods while preserving their main qualities (i.e. low complexity, early availability). Moreover, it is also able to take into account the effects of the technology on the performance. We propose to use an interpolation method based on Kriging theory. By using Kriging methodology, the number of implementation flow runs required in the modeling process is minimized and the main characteristics of the metrics in space are modeled both globally and locally. The method is applied to model logic area of key NoC components. The inclusion of traffic is then addressed and a NoC router leakage and average dynamic power model is designed on this basis.

De part leur dimension élevée, les données de puces à ADN nécessitent l’application de méthodes statistiques pour en extraire une information pertinente. Dans le cadre de l’étude des différences entre deux agonistes de PPAR (Peroxisome Proliferator-Activated Receptor), nous avons sélectionné trois méthodes de sélection de variables : T-test, Nearest Shrunken Centroids (NSC) et Support Vector Machine – Recursive Feature Elimination. Ces méthodes ont été testées sur des données simulées et sur les données réelles de l’étude PPAR. En parallèle, une nouvelle méthodologie, MetRob, a été développée afin d’améliorer la robustesse ce ces méthodes vis à vis de la variabilité technique des puces à ADN, ainsi que leur reproductibilité. Cette nouvelle méthodologie permet principalement d’améliorer la valeur prédictive positive, c’est-à-dire la confiance accordée aux résultats. La méthode NSC s’est révélée la plus robuste et ce sont donc les résultats de cette méthode, associée à MetRob, qui ont été étudiés d’un point de vue biologique. / The microarray technology provides high dimensional data that need to be statistically treated for extracting relevant information. Within the context of the study of the differences between two PPAR (Peroxisome Proliferator-Activated Receptor) agonists, we selected three feature selection methods : T-test, Nearest Shrunken Centroids (NSC) and Support Vector Machine – Recursive Feature Elimination. These methods were tested on simulated and on real data. At the same time, a new methodology, MetRob, was developed in order to improve the robustness of these methods towards the technical variability of microarrays, as well as their reproducibility. This new methodology mainly improves the positive predictive value, which means the confidence in the results. The NSC method was found to be the most robust. The results of the association of MetRob and NSC were thus studied from a biological point of view.

Une analyse multiple des mutations, de l’expression des transcrits et de l’épissage alternatif a été réalisée dans des biopsies de lésions colorectales, correspondant à des stades variés de transformation, afin de rechercher des altérations qui caractériseraient la transformation de la muqueuse normale en adénome, puis en adénocarcinome. Cette analyse est basée sur l’utilisation de différentes technologies de puces à ADN. Des altérations spécifiques à chaque type de lésions colorectales ont été mises en évidence, démontrant que les adénomes et les adénocarcinomes sont des entités distinctes. Cependant, des altérations communes ont aussi été identifiées, confirmant que l’adénome est un état transitoire avant l’adénocarcinome. Une sélection clonale et des effets environnementaux sont sans doute à l’origine de la progression des adénomes en adénocarcinomes. Des voies de signalisation cellulaire caractéristiques de cette transformation ainsi qu’une classification des lésions colorectales ont été recherchées. Une signature de 40 transcrits a été identifiée, qui pourrait permettre de prédire la transformation des adénomes en adénocarcinomes. Des événements d’épissage alternatif ont aussi été détectés dans les adénomes, suggérant l’implication, à un stade précoce, de ces altérations dans le processus de cancérisation. Enfin, une puce à ADN « à façon » a été élaborée, qui s’inscrit dans une perspective d’appui à la mise en oeuvre de thérapeutiques anticancéreuses. Elle permet en effet d’analyser l’épissage alternatif des gènes codant les protéines cibles des nouvelles thérapies ciblées du cancer. / A genome-wide analysis of mutation, gene expression and alternative pre-mRNA splicing was performed in colorectal normal mucosa, adenoma and adenocarcinoma biopsy samples in order to look for some alterations that could characterize the stepwise “colorectal normal mucosa-adenoma-adenocarcinoma” transition. It was conducted through different microarray-based experiments. Alterations specific for either adenomas or adenocarcinomas were identified. Nevertheless, most deregulated genes in adenocarcinomas were shared between adenomas and adenocarcinomas, in agreement with the notion that adenomas are precursor lesions for adenocarcinomas. Adenomas may have different outcomes, depending on environment, some evolving towards cancer, while others could be prone to disappearance. Pathway enrichment in colorectal lesions and classification of colorectal lesions were investigated. A 40-gene set was identified as a gene expression signature that could help predicting patients, at time of adenoma ablation, with a risk for developing colorectal cancer. Splicing profiles were also identified in colorectal lesions, suggesting that alternative splicing may play a major role in cancer outcome. Finally, a custom microarray was designed with the aim to predict the response of patients before treatment. This custom microarray makes it possible to analyze transcript structure and levels for genes involved in the response to targeted anticancer therapies.

Le cancer du sein demeure un problème de santé publique majeure dans le monde. Afin d'améliorer les chances de survie et la qualité de vie des femmes, il est nécessaire d’effectuer le diagnostic à un stade précoce et d’appliquer le traitement. Dans ce contexte, un des objectifs de cette thèse est de développer des puces à protéines pour le diagnostic et le pronostic du cancer du sein. Parmi les nombreux marqueurs biologiques potentiels, des recherches récentes ont montré que des anticorps anti-heat shock proteins (anti-HSPs) sont associés à la genèse tumorale. Ces anticorps seraient donc de bons biomarqueurs diagnostiques et pronostiques pour le cancer du sein. Par conséquent, nous avons élaboré une puce à antigènes afin de détecter les anticorps anti-HSP dans le sérum de 50 patients atteints de cancer du sein et de 26 témoins sains. Nos résultats indiquent clairement que la la détection multiplex d’une combinaison d'anticorps anti-HSP permet de discriminer les patients atteints de cancer du sein des témoins sains avec une sensibilité de 86% et une spécificité de 100%. Ensuite, nous avons élaboré une puce à anticorps pour doser la concentration de l'activateur du plasminogène de type urokinase (uPA) et de son inhibiteur principal (PAI-1) dans 16 extraits cytosoliques de tissus tumoraux. uPA et PAI-1 sont décrits comme étant de bons biomarqueurs pronostiques et prédictifs du cancer du sein. De faibles taux de uPA (≤3 ng / mg de protéine) et PAI-1 (≤14 ng / mg de protéine) sont associés à un faible risque de récidive et pas de bénéfice d’une chimiothérapie pour les patients atteints de cancer du sein. Les résultats obtenus à partir de puces à anticorps étaient surface dépendante par rapport aux résultats obtenus sous forme ELISA. En outre, l'utilisation de nos puces à anticorps nécessite 25 fois moins de volume d'échantillon par rapport à un dosage ELISA, résolvant ainsi les principales limites de la méthode ELISA. Enfin, nous avons déterminé et optimisé les paramètres influençant les performances des puces à protéines, comme par exemple la chimie de surface, la durée expérimentale, la concentration des solutions, etc. Nous avons également étudié les conditions de stockage à la fois pour des surfaces chimiquement fonctionnalisées et pour les puces à protéines. Les résultats ont montré que les puces à protéines conservent leur activité biologique jusqu’à trois mois de stockage. / Breast cancer becomes the most common cancer among women. In order to improve women's chances of survival and life quality, to be diagnosed at an early stage and to receive correct treatment are the most promising ways. In this context, we aim at developing an antigen microarray for screening serological biomarkers to diagnose breast cancer patients as early as possible. Among numerous potential biomarkers, recent researches showed that antibodies against heat shock proteins (HSPs) are associated with tumor genesis and would be good diagnostic and prognostic biomarkers for breast cancer. Therefore, we used customized antigen microarray to screen anti-HSP antibodies in 50 breast cancer patients and 26 healthy controls. Our results indicated clearly that combining multiplex detection of anti-HSPs antibodies could discriminate breast cancer patients from healthy controls with sensitivity 86% and specificity 100%. Then, we elaborated an antibody microarray to detect the concentration of urokinase type plasminogen activator (uPA) in 16 cytosolic extracts of breast tummor tissue. uPA is good prognostic and predictive biomarker for breast cancer, low levels of uPA (≤3 ng/mg of protein) is associated with low risk of recurrence and no benefit of chemotherapy for breast cancer patients, and vice versa. Our results showed that the results obtained from our antibody microarray were surface dependent compared with the results obtained from ELISA. Furthermore, the use of our antibody microarray requires 25 times less sample volume compared with ELISA kit, thus solving the main limitations of ELISA. Finally, we determined and optimized the parameters which affected the performances of protein microarray, e.g. microarray surface chemistry, experimental duration, the concentration of solutions, etc. Furthermore, we studied the storage conditions for both chemically functionalized microarray surface as well as printed protein microarray. Results showed that our protein microarrays retain efficient biological activity for at least 3 month of storage.

5 à 10% des cancers du sein sont héréditaires mais parmi ceux-ci seulement la moitié est expliquée par une altération constitutionnelle d’un gène de prédisposition connu tels que les gènes BRCA1 et BRCA2. L’importante hétérogénéité génétique qui caractérise les famillesBRCAx rend difficile la réalisation d’études familiales groupées et ne permet pas l’identification de nouveaux gènes de prédisposition au cancer du sein selon les méthodes classiques de liaison génétique ou d’association. Les techniques de séquençage de nouvelle génération (NGS) à l’échelle de l’exome ou du génome entier, autorisent en revanche l’étude de familles individuelles à la recherche de mutations constitutionnelles privées mais le nombre considérable de variants génétiques identifiés impose leur tri sur des critères de pathogénicité ou de récurrence. Un autre critère de tri peut être représenté par l’identification de régions candidates définies en fonction de réarrangements génomiques tumoraux communs à plusieurs tumeurs au sein d’une même famille. Le génotypage tumoral par puces SNP (pour single nucleotide polymorphism) permet en effet la détection d’haplotypes conservés dans des régions récurrentes de LOH (pour loss of heterozygosity) communes à plusieurs tumeurs familiales et donc l’identification de régions candidates suspectes d’abriter des mutations germinales dans des gènes de prédisposition au cancer. La combinaison de ces deux approches, génotypage tumoral puis NGS, a été appliquée à une série de 17 familles avec agrégation de cancers du sein pour lesquelles au moins deux échantillons tumoraux étaient disponibles. Aucun nouveau gène de prédisposition au cancer du sein n’a été identifié mais une mutation délétère constitutionnelle du gène ATM a ainsi été retrouvée, associée à une perte de l’allèle sauvage dans les 2 tumeurs d’une famille BRCAx. L’analyse de 17 tumeurs du sein supplémentaires provenant de 10 familles avec agrégation de cancers du sein et mutation constitutionnelle du gène ATM identifiée chez le cas index, a révélé que l’allèle sauvage d’ATM était fréquemment perdu dans ces tumeurs (>80% contre 20% attendu en situation sporadique ; p<0.001). Ce résultat plaide fortement en faveur de l’implication d’ATM dans la carcinogénèse de ces cancers du sein tel un gène suppresseur de tumeur et suggère que les mutations constitutionnelles d’ATM sont impliquées dans des formes familiales de cancer du sein. / Hereditary breast cancers (BCs) account for 5-10% of all diagnosed BCs, yet only 50% of such tumors arise in the context of a germline mutation in known tumor suppressor genes such as BRCA1 or BRCA2. The vast genetic heterogeneity which characterizes BRCAx families makes grouped studies impossible to perform. Next generation sequencing (NGS) techniques, however, allow individual families to be studied in order to identify private mutations. Single nucleotide polymorphism (SNP) arrays allow the detection of conserved haplotypes within recurrent regions of loss of heterozygosity, common to several familial tumors, therefore identifying genomic loci likely to harbor a germline mutation in cancer predisposition genes. The combination of both exome sequencing and SNP arrays for a series of 17 familial BC did not allow the identification of a novel BC predisposition gene, but revealed a germline ATM mutation associated with a loss of the wild-type allele in a BRCAx family. The analysis of 17 additional breast tumors from ten BC families in which a germline ATM mutation had been identified revealed a high frequency of wild-type allele loss in these tumors (>80% compared to the 20% expected in sporadic BC; p <0.001). This result argues strongly in favor of the involvement of ATM in the carcinogenesis of these tumors as a tumor suppressor gene and suggests that germline ATM mutations are involved in a subset of familial BC.

La régression Partial Least Squares (PLS), de part ses caractéristiques, est devenue une méthodologie statistique de choix pour le traitement de jeux de données issus d’études génomiques. La fiabilité de la régression PLS et de certaines de ses extensions repose, entre autres, sur une détermination robuste d’un hyperparamètre, le nombre de composantes. Une telle détermination reste un objectif important à ce jour, aucun critère existant ne pouvant être considéré comme globalement satisfaisant. Nous avons ainsi élaboré un nouveau critère de choix pour la sélection du nombre de composantes PLS basé sur la technique du bootstrap et caractérisé notamment par une forte stabilité. Nous avons ensuite pu l’adapter et l’utiliser à des fins de développement et d’amélioration de procédés de sélection de prédicteurs significatifs, ouvrant ainsi la voie à une identification rendue plus fiable et robuste des probe sets impliqués dans la caractéristique étudiée d’une pathologie. / The Partial Least Squares (PLS) regression, through its properties, has become a versatile statistic methodology for the analysis of genomic datasets.The reliability of the PLS regression and some of its extensions relies on a robust determination of a tuning parameter, the number of components. Such a determination is still a major aim since no existing criterion could be considered as a global benchmark one in the state-of-art literature. We developed a new bootstrap based stopping criterion in PLS components construction that guarantee a high level of stability. We then adapted and used it to develop and improve variable selection processes, allowing a more reliable and robust determination of significant probe sets related to the studied feature of a pathology.

L'objectif de cette thèse est d'explorer l'inflammation et l'infection au niveau du transcriptome, à l'aide de la technologie des puces à ADN. Pour cela, nous avons dans un premier temps travaillé sur des données publiques. Nous avons construit une base de données de signatures transcriptionnelles annotées, et développé un logiciel modulaire d'analyse. Ce logiciel permet d'explorer aisément les données publiques en effectuant des recherches par nom de gène ou par mots-clés. Nous avons ensuite exploré la modulation temporelle de l'expression des gènes du parenchyme pulmonaire dans un modèle murin d'inflammation aiguë par injection d'acide oléique. Dans un second modèle murin d'infection par Coxiella burnetii, nous avons analysé le rôle du sexe dans la modulation de la réponse transcriptionnelle hépatique, et identifié des voies métaboliques impliquées dans le contrôle de l'infection. Dans un troisième modèle in-vitro d'infection par différentes souches du virus de la grippe, nous avons identifié une signature transcriptionnelle commune de réponse à l'infection. Par une approche bio-informatique originale, cette signature a conduit à l'identification de nouveaux anti-viraux à large spectre, dont l'efficacité a été démontrée in-vitro sur les souches utilisées pour l'analyse, et sur la souche H1N1, responsable de la dernière pandémie grippale. Enfin, nous avons analysé les modulations du transcriptome lors de pneumonies associées à la ventilation mécanique compliquant l'évolution de sujets traumatisés graves admis en réanimation. / The goal of this PhD is to explore inflammation and infection at the transcriptome level, using DNA microarrays. In order to do so, we first analyzed public data. We built a database with annotated transcriptional signatures and developed a modular analysis software to query this database. This software allows to easily explore public data with requests based on gene names or annotation keywords. We then explored the temporal modulation of lung gene expression following oleic acid injection in a murine model. In a second murine model of infection with Coxiella burnetii, we analyzed the influence of sex-related modulation in the hepatic transcriptional response after infection and identified several pathways implicated in the control of infection. In a third model of in-vitro infection with various Influenza virus strains, we identified a shared transcriptional signature in response to cell infection. Using an original in-silico methodology, this signature allowed us to identify new broad-spectrum antivirals. Efficacy of these molecules was demonstrated in-vitro against the strains used to define the signature, and also against the new pandemic H1N1 SOIV strain. Finally, we analyzed the transcriptional modulation occurring in whole blood samples from trauma patients hospitalized in intensive care unit, and whose evolution was complicated with ventilator-associated pneumonia.

La recherche dans le domaine de la génomique génère de données colossales dont la dimension ne cesse de s'accroître avec la technologie. Pour traiter cette masse d'information, la statistique est devenue un outil indispensable. Ce nouveau type de données représente un véritable challenge dans la mesure où ces données sont de très grande dimension, qu'elles sont très "bruitées" et qu'il n'existe généralement pas de "golden standard" permettant de valider les résultats. Au cours de cette thèse, nous nous sommes intéressés à l'analyse statistique de trois types de données : les puces à ADN, les ChIP-chip et les ChIP-Seq. Pour chacune d'entres elles, une nouvelle approche a été mise au point. Dans le cas des données de puces à ADN, la méthode GAGG permet de détecter les gènes différentiellement exprimés et de les grouper par type de profils. Pour ce faire, un Algorithme Génétique est utilisé de manière à optimiser deux critères liés à des méthodes voisines de l'ACP et des k-means. Pour les données de ChIP-chip, la méthode POTChIPS a été réalisée. Elle permet de repérer sur le génome, les sites de fixation d'une protéine d'intérêt (ex : un facteur de transcription). Dans cette méthode, une extraction des pics du signal est réalisée puis un seuil de significativité est déterminé à partir d'une modélisation POT. Enfin, pour ce qui est des données de ChIP-Seq, l'objectif est le même que pour les ChIP-chip, à savoir, repérer les sites de fixation d'une protéine sur l'ADN. La méthode POTSeq, mise au point au cours de cette thèse, est une adaptation de POTChIPS aux données de ChIP-Seq. / Research in Genomics produces very huge data which still increase with technology. Statistics is becoming essential to treat this amount of information. These new kind of data represent a great challenge in data analysis because of the great dimensions, the important background and the absence of "golden standard" which could allow to validate the obtained results. During this PhD thesis, we focused on statistical analysis for three kinds of data: DNA microarray, ChIP-chip and ChIP-Seq. For each one, a new approach have been proposed. For DNA microarrays, the GAGG method allows to detect differentially expressed genes and to cluster them by profile types. To do so, a Genetic Algorithm is used in order to optimize two criteria related to two nearby methods of PCA and $k$-means. In the case of ChIP-chip data, the POTChIPS method have been proposed. It allows to detect the binding sites of a protein of interest (a transcription factor e.g.) along the genome. In this method a peak extraction i realized then a significant threshold is obtained from a POT modelization. Finally, for ChIP-Seq data, the goal is the same that the one of chIP-chip, i.e., to find on DNA the binding sites of a protein of interest. The POTSeq method is an adaptation of POTChIPS for ChIP-Seq.La méthode POTSeq, mise au point au cours de cette thèse, est une adaptation de POTChIPS aux données de ChIP-Seq.

Le bacille de la peste, Yersinia pestis, a une vie parasitaire au cours de laquelle il oscille le plus souvent d’un hôte mammifère à l’autre par l’intermédiaire des puces, et plus rarement par voie aéroportée. Comme tel, Yersinia pestis doit rapidement ressentir et répondre aux variations brutales de son environnement afin se maintenir dans la nature. C’est pourquoi, nous avons étudié le rôle des systèmes de régulation à deux composants dans la peste compte tenu que ces systèmes sont connus pour avoir un rôle clef dans l’adaptation des bactéries aux changements environnementaux. En plus du système PhoP-PhoQ dont l’importance chez le mammifère et la puce a été précédemment révélée, nous avons découvert que quatre systèmes sont requis pour le cycle de la peste. Plus particulièrement, l'un d'entre eux permet une colonisation optimale du tube digestif de la puce alors que les 3 autres systèmes sont impliqués dans la production de biofilm, un processus indispensable à une transmission optimale du bacille par les puces. Nous avons aussi découvert que le système OmpR-EnvZ est l’unique système, en plus du système PhoP-PhoQ, requis pour la production de la peste bubonique, septicémique et pulmonaire. Nos travaux, menés in vitro, ex-vivo et in vivo suggèrent que le rôle du système OmpR-EnvZ serait de protéger la bactérie contre les effecteurs toxiques sécrétés par les polynucléaires neutrophiles dans les tissus et, ceci tout au long du processus infectieux. / Plague bacillus, Yersinia pestis has a parasitic lifestyle in which it is mainly transmitted between mammilian hosts through the bite of infected fleas, and in rare cases through infected droplets. Thus, Yersinia pestis must rapidly sense and respond to wide and brutal changes of its environment in order to survive. We aimed at decipher the role of two component regulatory systems in plague, as they are known to be key players in bacterial adaptation to the environment. In addition to the already described PhoP-PhoQ system, we found out that four systems are required for plague cycle. We showed that one of these systems is important for an optimal colonization of the flea's digestive tract, while the three others are required for biofilm production, an essential step in the bacillus transmission by the fleas. We also found out that OmpR-EnvZ, in addition to PhoP-PhoQ, is the only one to be important to produce bubonic, septicemic and pulmonary plague. Our in vitro, ex-vivo and in vivo works suggest that the OmpR-EnvZ system would be to protect bacterial against toxic effectors that are produced by polymorphonuclear leukocytes all along the infectious process.

La choroïde ou uvée, située entre la rétine et la sclérotique, est une membrane vasculaire qui tapisse la paroi de l’œil, son rôle est d’assurer l’apport en nutriment de la rétine et de l’iris. Ce tissu peut être le siège de nombreuses tumeurs, bénignes ou malignes. Le mélanome de la choroïde est la tumeur intra-oculaire la plus fréquente de l’adulte mais les facteurs de risque sont mal connus: l’exposition aux ultraviolets n’est pas clairement établi dans la genèse de la tumeur, de même que l’âge ou le sexe.L’énucléation a longtemps été considérée comme la seule option thérapeutique, mais depuis de nombreuses années, des techniques dites conservatrices de l’œil se sont développées. Des études ont montré qu’il n’y a pas de différence significative de survie entre les patients ayant subis une énucléation et les patients traités avec des méthodes conservatrices. De plus, à ce jour, aucune thérapie adjuvante n’a montré son efficacité après le traitement du mélanome oculaire primaire. En effet, malgré un traitement initial bien adapté, la moitié des patients va récidiver sur le mode métastatique. Environ 30\% des patients récidivent dans les 5 ans, ce chiffre augmente jusqu’à 50\% à 15 ans.L’œil étant dépourvu de structures lymphatiques, la diffusion métastatique du melanome uvéal se fait par voie hématogène. Le foie est le site privilégié de développement de métastases, faisant toute la gravité du pronostic. La médiane de survie après apparition de métastases est de 2 à 6 mois en l’absence de traitement. Il peut exister de façon plus anecdotique des métastases pulmonaires, ganglionnaires, osseuses ou cutanées.Sur un plan génétique, les critères les plus fréquemment détectés pour le mélanome uvéal sont la perte du chromosome 3 et le gain du 8q. Plusieurs études montrent dans beaucoup de cas des aberrations chromosomiques non aléatoires sur les chromosomes 1, 3, 6 et 8 et que la perte du chromosome 3 et le gain du 8q sont associés significativement à une survie réduite et au développement de métastase. Plusieurs rapports suggèrent deux entités distinctes de mélanome uvéal (avec et sans monosomie du chromosome 3) qui ne peuvent pas être différenciées du fait de leur aspect clinico-pathologique similaire.Afin d’améliorer le diagnostic et le traitement du mélanome de la choroïde, nous proposons d’effectuer des analyses d’expression et du nombre de copie d’ADN de ce mélanome particulier, avec pour objectifs : l’identification des gènes liés à l’apparition de métastase pour classer les patients à haut risque afin qu’ils puissent bénéficier d’une immunothérapie adjuvante spécifique, la caractérisation de ces gènes au niveau moléculaire, et l’étude du potentiel de ces gènes en tant que cibles thérapeutiques.Dans ce manuscrit je décrirai en détail le lignage mélanocytaire afin de comprendre les particularités du mélanome de la choroïde par rapport au mélanome cutané, puis j'aborderai l'importance des approches haut débit dans l'étude des cancers et les techniques d'analyse bioinformatiques utilisées. Je présenterai ensuite les différents résultats obtenus comme la mise en évidence d'une phosphatase, PTP4A3, qui semble avoir de l'importance dans le développement métastatique du mélanome de la choroïde. / The choroid is a layer of highly vascularised tissue surrounding the eye. Choroidal blood nourishes the retinal pigment epithelium and the photoreceptors on the outer layer of the retina. Uveal melanoma occurs to the detriment of uveal melanocytes (located in the iris, ciliary body and choroid) and is the most common intraocular malignancy in adults. The etiological factors involved in the process of malignant transformation are poorly understood. There is a doubtful role of environmental factors such exposure to sunlight, age or sexe in the emergence of uveal melanoma.The management of uveal melanomas has greatly evolved, moving towards more focused and conservative treatments (such as observation, photocoagulation, thermotherapy, radiotherapy). According to literature, there is no significant difference in survival between patients treated with enucleation and those treated with conservative methods. To date, no adjuvant therapy has proven effective following the initial treatment of ocular melanoma. The metastatic pattern for uveal melanoma differs from that of skin melanoma and is usually located in the liver. About 50\% of patients will develop metastases after a median time of three years, and will ultimately die of their disease. Once the disease becomes metastatic, median survival ranges from two to six months, and only 15\% of the patients survive more than one year. Surgical resection of metastases is feasible only if occurring in limited areas. Genetic differences may be the origin of the various types of melanoma and their different features. Multivariate analyses of genomic imbalances, showed that cutaneous and uveal melanomas presnted different copy number changes. The most frequently detected imbalances in uveal melanoma is the loss of chromosome 3 and gain of 8q. Further studies revealed that most cases show non-random chromosomal aberrations of chromosomes 1, 3, 6 and 8 and that the loss of chromosome 3 and gain of 8q were significantly associated with overall survival and the development of metastases. Some reports suggested two distinct entities of uveal melanoma (with or without chromosome 3 monosomy) previously unrecognized because of their similar clinicopathological features. In order to improve diagnosis and treatment of uveal melanoma, we propose to perform transcriptome and DNA copy number analysis with following objectives : identify genes linked to metastasis behaviour to identify high risk patients who could take advantage of specific adjuvant therapy ; characterize these genes at molecular level ; study if these genes could be powerful therapeutic target.In this thesis, I will describe the melanocyte lineage in order to understand differences observed between cutaneous and uveal melanoma, then I will discuss the importance of high-throughput approaches in the study of cancer and bioinformatics analysis techniques used. I will finally present the different results as the significance of a phosphatase, PTP4A3, which seems to be relevant in metastatic behaviour in uveal melanoma.