RésuméLes études cliniques et expérimentales ayant recours à la méditation de Pleine Conscience (PC) ont démontré l’efficacité de cette procédure dans l’amélioration de nombreuses manifestations psychopathologiques (anxiété, dépression), ainsi que dans la prise en charge des détresses émotionnelles provoquées par les pathologies chroniques (douleur, psoriasis). Ces prises en charge ciblent prioritairement les interactions dysfonctionnelles que le sujet initie et/ou perçoit avec les évènements internes et externes qu’il rencontre, et s’inscrivent donc dans la théorie des systèmes complexes. Cette théorie s’intéresse à l’entre rapport actif ou entre accordage (Abram, 1996) qui permet l’émergence d’une spécification mutuelle (Varela, 1993) du sujet et de son monde, et qui considère que le fait de jouer modifie les règles du jeu (Gleick, 2008).L’objectif de cette thèse est d’adapter un programme MBCT (mindfulness based cognitive therapy) pour une population de patients âgés douloureux chroniques, et d’évaluer sa faisabilité et son efficacité sur l’intensité douloureuse, la fonctionnalité et la régulation émotionnelle.L’adaptation proposée est attentive à la fois aux spécificités des personnes âgées qui manifestent une diminution de leurs ressources attentionnelles, mais aussi aux déterminants singuliers de ce type de programme qui entraine l’attention et la capacité à passer d’un mode opératoire discursif-analytique à un mode opératoire sensori-perceptif.Une des originalités de l’étude est d’adopter une méthode mixte, quantitative et qualitative, pour tester « si ça marche » et « comment ça marche » selon le sujet lui-même (Masson & Hargreaves, 2001).Les résultats rapportent que 86.1 % des participants ont complété le programme de 8 semaines et continuent à s’entrainer seuls trois mois après. Les résultats quantitatifs ont démontré des améliorations au niveau de l’intensité de la douleur, de la fonctionnalité avec la douleur, et une augmentation de l’utilisation des stratégies de régulation émotionnelle internes fonctionnelles qui demandent un effort volontaire conscient, et facilitent l’accomplissement des objectifs et du bien-être. Les résultats qualitatifs distinguent différents thèmes reflétant les effets bénéfiques du programme selon les participants. Le thème principal rapporté par tous les participants est « l’attention », elle-même liée à l’« apaisement émotionnel » et aussi très souvent à un changement graduel ou radical dans la relation avec les évènements et/ou une « autre vision ».L’adaptation du programme MBCT pour des personnes âgées souffrant de douleurs chroniques est donc faisable et efficace. Un des leviers thérapeutiques semble être l’entrainement attentionnel qui permet de développer une certaine qualité de l’état attentionnel. Cette qualité de l’attention faciliterait un ajustement plus écologique, reflété par l’apaisement émotionnel. / AbstractClinical and experimental studies using Meditation Mindfulness (MM) have demonstrated its effectiveness in improving many psychopathological symptoms (anxiety, depression), and emotional distress caused by chronic diseases (pain, psoriasis).These therapeutics primarily target the dysfunctional interactions initiated and/or perceived by the subject in relationship with internal and external events he encounters. They refer to the theory of complex systems, which focuses on adjustment and on emergence of mutual specification (Varela et al., 1993) between the subject and its environment, and think that playing changes the rules of the game (Gleick, 2008).The aim of this PhD research work is to adapt a MBCT (mindfulness based cognitive therapy) program for chronic pain older adults, and evaluate its feasibility and efficacy on pain intensity, function and emotional regulation.The proposed adjustment takes into account both the age related specificities on attentional resources, but also the program’s characteristics about training of attention and training to switch from linguistic-analytical to sensory-perceptual processing.One original feature of the study is the use of an integrated methodology, quantitative and qualitative, to test "if it works" and "how it works" as described by participants themselves (Masson & Hargreaves, 2001).The overall completion rate was 86.1 % at the end of the program (8 weeks) and the majority of participants continued to meditate at 3 months after the end of the program (3-month follow-up), suggesting that this intervention was feasible and acceptable in chronic pain older adults. Based on quantitative analyses results, the program appeared to have a beneficial effect on pain intensity, physical function and the internal and functional emotional regulation strategies. These specific strategies are those who require the greatest effort, need conscious voluntary process, facilitate the accomplishment of one’s goal and promote well-being. Based on qualitative analyses results, the main process involved in therapeutic change is the core theme “attention” always coupled with an “emotional appeasement”, and very often with “radical transformation” and “other vision”.This work demonstrates that an adapted MBCT program is feasible in CP older adults. The core theme “attention” seems to be the therapeutic lever of the adapted MBCT in CP older adults. The attentional training would enable to develop an attentional quality, allowing for ecological adaptation and reflected by emotional appeasement.

Le rein joue un rôle crucial dans de multiples processus biologiques, tels que le maintien de l’homéostasie acide-base et de la balance sodée. Le transport de chlore dans le néphron distal est un élément majeur de ces deux fonctions physiologiques. Au cours de ma thèse, j’ai travaillé sur deux projets relatifs à la physiologie et la physiopathologie du transport de chlore dans le néphron distal. Le premier travail concerne la caractérisation fonctionnelle et moléculaire d’un modèle murin dont le gène Slc4a1 codant pour l’échangeur d’anion de type 1 (AE1) a été modifié, pour introduire une mutation ponctuelle (R589H) dans la séquence protéique. Cette mutation est la plus fréquente des mutations de cette protéine responsable d’acidose tubulaire rénale distale chez l’Homme. Comme les patients, ces souris présentent une acidose tubulaire distale. Nos résultats ont montré que la diminution de l’activité d’échange Cl-/HCO3-, due à la baisse drastique de l’expression d’AE1 dans les cellules -intercalaires du canal collecteur, affecte l’expression et la distribution apicale de la pompe à protons, ce qui altère de ce fait la fonction d’acidification de l’urine. Le second travail porte sur l’étude de la régulation du transport de chlore par le complexe protéique ClC-Kb/Barttin, par phosphorylation de la Barttin. Ce travail démontre que la phosphorylation de la Barttin stimule le transport de chlore du canal ClC-Kb, en augmentant la distribution et la stabilité du complexe ClC-Kb/Barttin à la membrane. Ainsi, la phosphorylation de la Barttin pourrait représenter un mécanisme d’adaptation du transport de chlore en réponse à des variations des apports alimentaires en NaCl. / Kidney plays a major role in several biological fonctions as sodium balance or acid-base homeostasis. Chloride transport in the distal nephron is a key element of these two processes. During my thesis, i have worked on two projects related to physiology and pathophysiology of chloride transport in distal nephron. The first study is the functionnal and molecular characterization of a mouse model bearing the most common dominant dRTA mutation in human AE1, R589H, which corresponds to R607H in the mouse. R607H knock-in mice display incomplete dRTA. Our results showed that reduced basolateral anion exchange activity in type A intercalated cells inhibits trafficking and regulation of V-type ATPase, compromising luminal H+ secretion. In the second study, we investigated the role of a phosphorylation site in the regulation of chloride transport by the ClC-Kb/Barttin channels complex. Our results indicates that Barttin phosphorylation stimulates chloride transport by ClC-Kb channels by increasing the number of active channels in the membrane and hence are involved in the mechanisms of adaptation of renal chloride absorption in response to changes in dietary NaCl intake.

La polymérase d'A.R.N. la protéine obligatoire (le RbpA) est l'activateur transcriptional global (mondial) de l'espèce actinomycetes qui est essentielle pour la croissance et qu'augmente la tolérance de bactéries aux antibiotiques. RbpA de la tuberculose Mycobacterium (Mtb) stimule spécifiquement la transcription par la polymérase d'A.R.N. (RNAP) contenant σA ou les sous-unités σB, mais aucune de la 11 autre alternative σ des facteurs. Il a été rapporté que le fonctionnement de RbpA est dépendant de promoteur et c'est indispensable pour le déroulement de promoteur du promoteur sigAP constitutif.Pour déchiffrer la nature de spécificité de promoteur de RbpA, nous avons utilisé des essais biochimiques, mutagensis et des approches de génomique. Nous avons identifié ce remplacement 'TG' le motif entre-14 à-17 positions (postes) dans le promoteur sauvage-type sigAP fait la transcription indépendante de RbpA. Aussi, nous avons montré que la capacité d'augmentations de RbpA de RNAP pour fondre le promoteur sigAP aux températures sous-optimales et stabilise des complexes de promoteur. Mutational l'analyse de résidus d'acide aminé H166 et E169 dans la région σB 3.0 (σR3.0) a démontré une implication de σR3.0 dans la stabilisation RbpA-servie-d'intermédiaire de complexes de promoteur RNAP. Plus loin, la substitution à RbpA au résidu d'acide aminé R79 a affecté la stabilité complexe de promoteur, tandis que les substitutions à RbpA resdiues K73, K74 a affecté l'initiation de transcription. Cependant, aucun des mutants RbpA n'a étudié l'ouverture ici affectée de l'ADN de promoteur par RNAP. Les rôles différentiels joués par ces résidus RbpA dans la stabilisation de complexe de promoteur et l'initiation de transcription ensemble avec l'effet produit par les mutations σB suggèrent l'implication de R3.0 σB dans l'action de RbpA. Ensuite, nous avons exécuté la large de génome cartographie des gènes RbpA-dépendants du σB regulon en utilisant une Analyse de Puce à ADN de Finale(d'Écoulement) in vitro (des ROMS). L'analyse ROM a montré la preuve claire de 15 augmentation de pli du nombre de gènes activés par σB-RNAP en présence de RbpA. L'analyse de bio-informatique de 140 gènes contrôlés par la paire de RbpA-σB nous a permis d'identifier la signature caractéristique dans le-10 consensus ('TANNNT') spécifique à la sous-unité σB.Notre étude sur l'impact d'échelle de génome de RbpA, ensemble avec le déchiffrement du mécanisme moléculaire d'action de RbpA, souligne une importance de l'interaction entre σR3.0 et RbpA dans la transcription Mtb. Basé sur nos résultats nous proposons que RbpA puisse jouer un rôle du remplacement(remplaçant) fonctionnel pour-10 motifs prolongés(étendus) dans l'espèce mycobacterium. / RNA polymerase binding protein A (RbpA) is global transcriptional activator from actinomycetes species which is essential for growth and which increases tolerance of bacteria to antibiotics. RbpA from Mycobacterium tuberculosis (Mtb) specifically stimulates transcription by RNA polymerase (RNAP) containing either the σA or σB subunits but none of the other 11 alternative σ factors. It has been reported that the functioning of RbpA is promoter-dependent and it is indispensible for promoter unwinding of the constitutive sigAP promoter. To decipher the nature of promoter specificity of RbpA, we used biochemical assays, mutagensis and genomics approaches. We found that placing ‘TG-motif' between -14 to -17 positions in sigAP wild-type promoter makes transcription independent of RbpA. Also, we have shown that RbpA increases ability of RNAP to melt sigAP promoter at sub-optimal temperatures and stabilises promoter complexes. Mutational analysis of amino acid residues H166 and E169 in the σB region 3.0 (σR3.0), interacting with TG-motif, demonstrated an implication of σR3.0 in RbpA-mediated stabilisation of RNAP promoter complexes. Substitution in RbpA at amino acid residue R79 affected the promoter-complex stability, while the substitutions at RbpA resdiues K73, K74 affected the transcription initiation. However, none of the RbpA mutants studied here affected opening of the promoter DNA. The differential roles played by these RbpA residues in promoter complex stabilization and transcription initiation together with the effect produced by the σB mutations suggest the implication of σR3.0 in RbpA action. Next, we performed genome-wide cartography of the RbpA-dependent genes from the σB regulon by using an in vitro RunOff Microarray Analysis (ROMA). ROMA analysis has shown clear evidence of 15 fold increase in the number of genes activated by σB-RNAP in the presence of RbpA. Bioinformatics analysis of 140 genes controlled by RbpA-σB pair allowed us to identify characteristic signature in the -10 consensus (‘TANNNT’) specific to σB subunit. Our study underlines an importance of the interplay between σR3.0 and RbpA in Mtb transcription. Based on our results we propose that RbpA may play a role of functional replacement for TG-motif of the extended -10 elements in mycobacterium species.

La chlororespiration a été initialement décrite chez Chlamydomonas reinhardtii. Cette voie alternative du transfert d’électrons, présente dans toutes des lignées photosynthétiques, est constituée par l’activité d’une NAD(P)H:plastoquinone oxidoreductase, et d’une plastoquinol oxydase (PTOX). Parce qu’elle utilise les plastoquinones comme transporteur d’électrons, la chlororespiration représente une voie potentiellement antagoniste au transfert photosynthétique de l’eau au CO2. Néanmoins, le faible flux autorisé par ces enzymes suggère que, au moins sous éclairement continu et en conditions stationnaires, leur contribution est limité. Je me suis donc concentré sur la rôle du PTOX pendant les transitions lumière-obscurité et vice-versa. J’ai observé qu’après une brève illumination, la relaxation redox du chloroplaste est entravée quand PTOX2, l’oxydase majeure chez Chlamydomonas, est absente. J’ai démontré la pertinence physiologique de cette observation par une étude des courbes de croissance de souches mutantes pour PTOX et de la souche sauvage: la croissance du mutant de PTOX2 est retardée en condition de la lumière intermittente – ce qui peux être expliqué par une diminution du flux d’électrons à partir du photosystème II. Je me suis également intéressé à l’impact de la chlororespiration sur le flux d’électrons cyclique en utilisant une nouvelle approche spectroscopique combinée à de la modélisation. Enfin, j’ai exploré, en collaboration avec Stefano Santabarbara, le mécanisme de redistribution de l’énergie lumineuse entre les deux photosystèmes, mécanisme gouverné par des changements d’état redox des plastoquinones. J’ai démontré que, contrairement à des récentes suggestions, un véritable transfert d’antennes se produit entre les deux photosystèmes. / Chlororespiration was initially described in Chlamydomonas reinhardtii. This electron transfer pathway, found in all photosynthetic lineages, consists of the action of a NAD(P)H:plastoquinone oxidoreductase and a plastoquinol oxidase (PTOX). Hence, because it uses plastoquinones for electron transport, chlororespiration constitutes an electron pathway potentially antagonistic to the linear photosynthetic electron flow from H2O to CO2 However, the limited flow these enzymes can sustain suggests that their relative contribution, at least in the light and in steady-state conditions, is limited. I thus focused on the involvement of PTOX in Chlamydomonas during transitions from dark to light and vice versa. I found that, following a brief illumination, the redox relaxation of the chloroplast in the dark was much affected when PTOX2, the major plastoquinol oxidase in Chlamydomonas, is lacking. Importantly, I show that this has a significant physiological relevance as the growth of a PTOX2- lacking mutant is markedly slower in intermittent light, which can be rationalized in terms of a decreased flux sustained by photosystem II. I also investigated the influence of chlororespiration on cyclic electron flow using novel experimental techniques combined with theoretical modelling. Last, I explored, in collaboration with Stefano Santabarbara, the mechanism for redistribution of light excitation energy between the two photosystems, a process triggered by changes in the redox state of plastoquinone pool. I showed that, contrarily to what has been suggested recently, this regulation mechanism corresponds to an actual transfer of light harvesting antenna between the two photosystems.

Dans la première partie, nous considérons une relation positive entre la qualification des travailleurs et la qualité du produit final, dans un modèle d’équilibre partiel avec un marché verticalement différencié. Nous prouvons qu’avec l’introduction du marché du travail, le résultat standard de différenciation en qualités n’est plus vérifié. Nous testons ce résultat en ouvrant l’économie à l’international. Nous considérons ensuite un modèle d’équilibre général où les individus sont potentiellement consommateurs, travailleurs et propriétaires des firmes. Nous nous intéressons à la préférence de la majorité entre le monopole et le duopole. Nous montrons que ce choix démocratique ne génère pas nécessairement moins de pauvreté sur le plan individuel et collectif. Dans la deuxième partie, nous introduisons des universités en amont du marché du travail. Dans un premier temps, nous montrons que pour un niveau d’inefficience faible de l’Etat, la privatisation partielle apparaît à l’équilibre et l’Etat est généralement largement majoritaire. Ensuite, nous nous intéressons au financement de l’éducation. Nous déterminons le niveau des frais d’inscription publics à travers un vote à la majorité, dans un système éducatif mixte. Nous prouvons que les extrêmes ou la classe moyenne sont majoritaires selon le niveau du coût marginal de la qualité privée. Finalement, nous nous intéressons au sponsoring des universités par les firmes. Moyennant un modèle d’agence commune, nous prouvons qu’il existe une relation négative entre la proportion des travailleurs qualifiés et la part des firmes dans le financement de l’éducation. / We consider, first, a positive relationship between workers’ skills and product quality, in a model of partial equilibrium with vertical preferences. We prove that the standard result of vertical differentiation no longer applies by the introduction of the labor market. We also test the robustness of our results under globalization. Then, we consider a general equilibrium model where individuals are potentially consumers, workers and shareholders. We study the majority preference between duopoly and monopoly, and we prove that the democratic choice doesn’t always generate less poverty, collectively and individually. Second, we introduce universities upstream the labor market. We prove that partial privatization of the university appears at equilibrium for a low level of public inefficiency, where the State has a broad majority. Then, we study the question of financing education. We determine the level of public tuition fees via a majority voting model, in a mixed education system. We prove that the extremes or the middle class hold the majority depending on the marginal cost structure of the private quality. And finally, we study firms’ sponsoring universities. Using a common agency approach, we prove that there is a negative relationship between the proportion of skilled workers and the share of firms in financing education.

Avec l'adoption des nouvelles directives marchés publics s'achève un cycle d'une quinzaine d'années au cours duquel l'objectif concurrentiel assigné au droit des marchés publics aura tout à la fois été renforcé par le principe de libre concurrence et concurrencé par des objectifs de politiques publiques. Doublement instrumentalisé par ces deux séries d'objectifs, le droit des marchés publics est ainsi devenu un des outils dont la puissance publique dispose pour, dans une démarche caracté1istique de la régulation instaurer un équilibre économique optimum que le marché n'est pas capable de produire par lui-même. La théorie selon laquelle les collectivités publiques seraient devenues des entités sociales banalisées s''en trouve fortement nuancée. Leur présence dans l'économie ne disparaît pas au profit. du «tout marché » mais emprunte des voies nouvelles. Dans le droit des marchés publics comme dans le droit public économique, la démarche de régulation permet ainsi le dépassement de la concurrence par sa conciliation avec d'autres objectifs d'intérêt général. Autrement dit cette démarche y est porteuse d'un intérêt général pluraliste dont la définition relève par essence du politique. C'est pourquoi, si la conciliation entre concurrence et politiques publiques dans les marchés publics nécessite pour les acheteurs et le juge du contrat l'usage de raisonnements économiques issus du droit public de la concurrence, elle appelle aussi l'instauration d'une gouvernance des marchés publics au service de la définition d'une politique d'achat. / With the adoption of the new EU Public Procurement Directives there ends a cycle of about fifteen years which have seen the competitive objective assigned to the procurement contracts law being both strengthened by the competition principle and completed by public policies objectives. Doubly instrumentalized by these two series of objectives, procurement contracts have become one of the public authorities' tools for establishing an optimal balance between competition and social or environmental objectives in the economy. A balance that the market is not itself able to produce. It follows that the deregulating public service theory is strongly discussed there. The public sector bas not disappeared for the benefit of the private market but follows new paths in order to foster a balance between competition and other objectives of general interest. And finally, finding this balance is a political issue. That is why, if the the coming together of competition and public policies in procurement contracts needs the buyers and the judge the use of economic tools rooted in competition law, it also and maybe principally calls for a new public procurement contracts govemance in order to defi.ne a public procurement policy.

Les changements pubertaires peuvent être à l'origine de multiples expériences socio-émotionnelles positives et/ou négatives que les adolescents doiven gérer. Le processus de la régulation émotionnelle (RE) va être grandement sollicité au cours de cette période. La littérature montre que la RE est une fonction psychobiologique dont le développement peut être impacté par divers facteurs environnementaux de l'enfance. Parmi ces facteurs, l'expérienc de l'attachement avec la figure d'attachement y joue un rôle primordial. Cependant, la question cruciale concernant l'impact de l'attachement sur les mécanismes comportementaux et neurophysiologiques des stratégies de RE à l'adolescence reste sous-estimée et les publications à ce sujet sont encore rares. Dans ce contexte, notre étude vise à détem1iner les paramètres oculomoteurs et neurophysiologiques pour les utiliser comme marqueurs potentiel des stratégies de régulation des émotions en fonction du style d'attachement chez les adolescents. Toutefois, la RE est difficilement évaluable avec des outils ne sollicitant que les processus cognitifs conscients des adolescents. À ce titre, il nous a paru nécessaire d'utiliser un dispositif d'eye-tracking synchronisé avec un système de mesure physiologique permet de déterminer les paran1ètres oculomoteurs et neurophysiologiques lors d'exploration des ces images. Cette étude soutient l'hypothèse que l'attachement module des paramètres oculomoteurs et neurophysiologiques des stratégies de la RE Ces résultats pourraient inciter à une nouvelle ligne de recherche afin de proposer une solution thérapeutique dans le contexte de la dysrégulation émotionnelle. / Adolescence is a time of increasing vulnerability to intemalizing and extemalizing psychopathologies associated with poor emotion regulation, including depression, anxiety and antisocial behavior. Emotion regulation is the ability to recrui processes to influence emotion generation. It is therefore important to understand how emotion regulation develops at thi time and how this relates to ongoing development in adolescence. In recent years there has been increasing interest in how attachment styles modulate emotion regulation strategies. However, few researches have addressed this question directly in adolescence. The crucial question conceming the behavioral and neurophysiological mechanisms ofregulatior strategies emotions in adolescence remains underestimated. Employing a specific, an ecologically valid paradigm, the current study determines the oculomotor and neurophysiologie patterns as a potential marker of emotion regulation strategies i.e., comfort and proximity seeking as a function ofattachment style in healthy adolescents. The Attachment Scale Interview was used to detennine attachment style (i.e., secure, fearful, enmeshed and avoidant) in eighty-one healthy adolescents. A synchronized eye-tracking and physiologie measurement device was used to determine gaze and neurophysiologie parameters, respectively, on attachment-related pictures issue from The BASP-Ado. Our results show the existence of different profiles of emotional regulation in adolescence. These results could encourage a new line of research in order to offer a therapeutic solution in the context of emotional dysregulation.

Les bactéries sont en permanence confrontées à des changements d'environnements. La régulation transcriptionnelle joue alors un rôle majeur dans l'adaptation des bactéries. En particulier, la bactérie phytopathogène D. dadantii s'est récemment adaptée à l'hôte végétal. Elle produit en particulier des pectate lyases (Pel) qui dégradent la pectine, ciment des parois végétales, et jouent un rôle majeur dans le développement de la maladie. Les gènes pelD et pelE, malgré la forte divergence dans leur expression, sont issus d'un transfert horizontal suivi d'une duplication récente. La question de l'intégration de ces gènes avec les régulations préexistantes s'est alors posée.Dans un premier temps, les mécanismes moléculaires détaillés de la régulation de pelD ont été étudiés. Il a été montré que cette régulation s'appuie sur un promoteur divergent de forte affinité pour l'ARN polymérase mais de faible efficacité pour la transcription et sur un arrangement stratégique de quatre sites de fixation de répresseur FIS et deux sites de l'activateur CRP. Tous ces éléments interagissent entre eux pour produire une régulation fine de l'expression de pelD. L'origine de la divergence régulatrice entre les paralogues pelD et pelE a par la suite été explorée. De manière surprenante, la divergence entre ces deux gènes et leur sélection s'appuie presque exclusivement sur un décalage de la position du promoteur de pelE (« TSS turnover ») qui l'a transformé en initiateur de la dégradation de la pectine. Ce mécanisme très fréquent chez les eucaryotes pluricellulaires (homme, drosophile, souris…) n'avait jamais encore été décrit chez les bactéries.A travers l'étude des promoteurs pelD et pelE de D. dadantii, de nouveaux mécanismes renforçant l'importance de la régulation transcriptionnelle dans les processus adaptatifs ont ainsi été découverts / Bacteria face frequent environmental changes. Transcriptional regulation plays a major role in the adaptation to these changes. In particular, the phytopathogen bacteria Dickeya have recently adapted to vegetal hosts. They produce Pecate lyases (Pel), among others, to degrade pectin in plant cell walls, which is necessary for disease development. The pelD and pelE genes, despite the strong divergence in their expression, originate from a horizontal gene transfer followed by a recent duplication. This raises the question of their integration into the preexisting regulatory networks.Detailed molecular mechanisms of the transcriptional regulation of pelD were studied first. It was shown that this regulation relies on a high-affinity but low transcription efficiency divergent promoter and a strategic arrangement of four FIS repressor binding sites and two CRP activator binding sites. These elements interact together to fine-tune the expression of pelD. Next, the origin of the regulatory divergence between the paralogous genes pelD and pelE was explored. Surprisingly, their divergence and selection relies mostly on a TSS turnover which happened on the pelE regulatory region and transformed pelE into an initiator of pectin degradation. This widespread phenomenon in multicellular eukaryotes (human, fly, mouse…) had not yet been seen in bacteria. To conclude, through the study of D. dadantii pelD and pelE promoters, new mechanisms highlighting the relevance of transcriptional regulation in adaptation were discovered in this work

Legionella pneumophila, responsable de la maladie du légionnaire, est une bactérie aquatique parasitant les amibes, mais aussi les macrophages alvéolaires humains. Legionella alterne entre une forme infectieuse non réplicative et une forme réplicative intracellulaire, qui n'exprime pas les facteurs de virulence. Ce cycle de vie biphasique est gouverné par un système de régulation complexe permettant son adaptation dans différents hôtes. Le but de mon projet de thèse était d'étudier un des facteurs clés dans la régulation des ARNm, le régulateur post-transcriptionnel global Hfq. L'expression de Hfq est régulée au cours du cycle infectieux chez L. pneumophila: Hfq est peu exprimée en phase réplicative, mais fortement exprimée lors de la phase de transmission, ce qui suggère un rôle dans la transition entre ces deux phases. J'ai identifié un petit ARN (sRNA) que j'ai nommé Anti-hfq puisqu'il est transcrit dans l'orientation antisens à Hfq et chevauche sa région 5' non traduite (UTR). Mes recherches ont mis en évidence un mécanisme sophistiqué par lequel Anti-hfq régule l'expression de Hfq: Anti-hfq interagit avec l'ARNm du gène hfq par sa région complémentaire et ainsi contrôle la stabilité de la protéine. De plus, j'ai montré que la protéine Hfq auto-réprime sa propre traduction en facilitant l'interaction entre Anti-hfq et son propre ARNm. Finalement, Hfq régule son propre renouvellement par le recrutement de la RNase III. De plus, des tests de réplication intracellulaire ont montré que Hfq et Anti-hfq sont nécessaires pour la multiplication intracellulaire de L. pneumophila, ce qui a mis en évidence un rôle important de Hfq et Anti-hfq dans la virulence de cette bactérie. / Legionella pneumophila, the causative agent of the pneumonia-like Legionnaires’ disease, is commonly found in aquatic habitats worldwide where it multiplies within protozoa. To adapt between intra- and extracellular environments, L. pneumophila evolved a biphasic lifecycle wherein it alternates between an infectious and non replicative form and an intracellular form, which does not express the virulent phenotypes. This biphasic life cycle is governed by a complex regulatory network that comprises transcriptional and post-transcriptional regulatory elements, enabling the bacteria to adapt in diverse hosts. During my Ph.D., I focused my attention of the post-transcriptional regulator Hfq, a hexameric, RNA-binding protein and chaperon of small RNAs (sRNA). The expression of this fascinated protein is life cycle regulated: poorly expressed during the replicative phase of growth, whereas significantly upregulated upon entry into the transmissive phase of growth. Moreover, my research research lead to the identification of a sRNA transcribed antisense to the hfq gene overlapping its 5’UTR region. This antisense RNA, named Anti-hfq, was found to regulate hfq expression by base-pairing complementarity, describing a sophisticated mechanism of regulation. In addition, the Hfq protein controls its own translation by facilitating the interaction between Anti-hfq and its own mRNA. Thus, Hfq regulates its turnover, recruiting the endoribonuclease RNaseIII. Furthermore, infection assays revealed that Hfq and Anti-hfq are necessary for efficient replication of L. pneumophila in amoeba revealing an important role of both in bacterial virulence.

La réduction des liaisons azo (N=N) et des fonctions nitro (NO2) chez les bactéries est liée aux azoréductases et nitroréductases, enzymes catalysant ces réactions. Leur répartition homogène permet de les utiliser pour détecter les bactéries. Cette étude vise à confirmer leur intérêt comme marqueurs métaboliques, à optimiser les réactions enzymatiques pour la détection bactérienne et à approfondir la compréhension du lien entre l’activité nitroréductase et la résistance aux nitrofuranes.L’activité enzymatique est dépendante de la quantité d’enzyme, l’hypothèse d’une augmentation de la quantité de protéines pour accroitre l’activité et optimiser la détection des microorganismes a été testée. Le suivi de la transcription de gènes d’intérêt a permis d’observer une induction de leur transcription par des composés activateurs des mécanismes de régulation et certains substrats. L’ajout d’un inducteur transcriptionnel permet donc d’optimiser l’activité envers certains substrats et par conséquent la détection des bactéries. Ces études ont aussi contribué à identifier des liens entre structure moléculaire des substrats et capacité d’induction.La création et la caractérisation de différents mutants ayant des activités nitro- ou azoréductases altérées a permis de cribler de nouveaux substrats synthétiques en vue de leur utilisation dans des applications de diagnostic. Enfin, l’obtention et l’analyse génomique de souches obtenues par mutations aléatoire et ayant une résistance accrue à la nitrofurantoïne a mis en évidence un nouveau mécanisme de résistance, mécanisme qui apparaît également dans des isolats cliniques / Azo bond (N=N) and nitro reduction in bacteria is linked to the catalytic activities of azoreductase and nitoreductase enzymes, respectively. Their ubiquitous distribution enables their use for bacterial detection. This study aims to confirm their potential as metabolic markers, to optimize the enzymatic activities for improved detection and to generally enhance our understanding of azoreductase and nitroreductase activity . Enzymatic activity relies in part on protein quantity, increasing protein amount was tested as a solution for increased activity and improved bacterial detection. For that, the transcription of selected genes was followed in the presence of regulation system activators and substrates. Some of these compounds promoted an overexpression of selected enzymes and led to a better activity toward some substrates. Consequently, increasing the enzyme amount, through over transcription, can enable a better detection of bacteria. This study also contributed to the determination of structural elements required for induction by the substrate.Mutants with lowered azo or nitro reductase activity were constructed and used to screen new synthetic substrates which could be of use for in vitro diagnostic tests. Finally, strains with a high resistance to nitrofurantoin were obtained by random mutagenesis. Their genome analysis provided evidence for a new resistance mechanism, which can also be detected in clinical isolates