Certains mammifères, dont l’Homme, ont une forte attraction pour les lipides alimentaires. Pendant longtemps, il était admis que ces nutriments étaient détectés uniquement via leurs propriétés olfactives, texturales et post-ingestives. Cependant, l’existence d’une dimension gustative a été suggérée depuis. Dans ce contexte, notre Laboratoire a démontré que la glycoprotéine CD36 exerçait une fonction de lipido-récepteur gustatif impliquée à la fois dans la préférence spontanée pour les lipides alimentaires et la phase céphalique de la digestion induite par la présence de lipides au niveau oral chez la souris. Une autre protéine, GPR120, semble également jouer un rôle dans la détection gustative des lipides alimentaires. Ces travaux de thèse avaient donc pour objectif de comprendre les rôles respectifs de ces deux protéines au sein des bourgeons du goût chez la souris. En utilisant une combinaison d'approches biochimiques, physiologiques et comportementales, nous avons pu montrer que le CD36 lingual était régulé négativement par les lipides alimentaires lors d'une exposition court terme, contrairement au GPR120. Cette régulation pourrait se traduire par une désensibilisation au cours du repas du système de lipido-réception gustatif et donc jouer un rôle dans le rassasiement sensoriel spécifique. Nos résultats suggèrent également que l'activation de GPR120 par les acides gras à longues chaînes peut jouer un rôle dans la modulation de la sensibilité gustative aux saveurs sucrées, voire aux lipides eux-mêmes. Ce phénomène est dépendant de la sécrétion de l'hormone glucagon-like peptide-1 par la papille caliciforme, indépendamment du CD36 lingual. Nous avons également mis en évidence que l'exposition des souris à un régime obésogène chronique perturbe la détection oro-sensorielle des lipides, suggérant une hyposensibilité chez la souris obèse. On peut donc penser qu'une perturbation du système de perception gustative des graisses alimentaires pourrait induire des changements de préférence alimentaire, propice à l’installation d'une obésité. De plus amples investigations sont requises pour explorer le rôle du CD36 et/ou du GPR120 dans ce phénomène. L'aboutissement de telles recherches serait l'émergence de nouvelles voies de traitement de l’obésité et des maladies associées, par des approches pharmacologiques et/ou nutritionnelles ciblées. / Some mammals including humans display a spontaneous attraction for dietary fat. For a long time, it was thought that these nutrients were detected only by olfactory, textural and post-oral cues. However, recent data have indicated that the sense of taste could also contribute to this perception in laboratory rodents. In this context, it was demonstrated by our Laboratory that the glycoprotein CD36 is likely a lingual lipid sensor, involved both in preference for long-chain fatty acids and cephalic phase of digestion secondary to an oral lipid stimulation in mice. Another protein, GPR120, seems also to play a role in the gustatory detection of lipids. The aim of this Thesis was to understand the respective roles of these putative gustatory lipid sensors in mice. Using a combination of biochemical, physiological and behavioral approaches, we showed that the lingual CD36 is negatively regulated by dietary fat during a short term exposure (i.e. during a meal), in contrast to GPR120. This regulation is reminiscent of the receptor desensitization and might play a role in the sensory-specific satiety phenomenon. Our data also suggest that GPR120 activation by long-chain fatty acids plays a role in the modulation of sweet taste sensitivity, and likely of fat taste itself. This phenomenon is dependent from the secretion of the glucagon-like peptide-1 hormone by the circumvallate papillae, independently of lingual CD36. Finally, we showed that chronic exposure of mice to an obesogenic diet disturbs the oro-sensory perception of dietary lipids, suggesting that obese mice become hyposensitive to lipids. This alteration might induce changes in feeding preferences which could lead to obesity. More investigations are required to better understand the role of CD36 and/or GPR120 in this phenomenon. This new field of research might lead to new ways of investigations for the treatment of obesity and related diseases, by using novel pharmacological and/or nutritional approaches.

La gustation est une composante essentielle de la détection oro-sensorielle des lipides alimentaires. La liaison des AGLC sur le récepteur CD36 joue un rôle prépondérant dans cette lipido-détection orale chez la souris et très probablement chez l’Homme. En effet, elle intervient dans le choix alimentaire (sensibilité aux lipides) ainsi que dans la préparation de l’organisme à l’arrivée de lipides. Ce « sensing » oral des lipides est fortement régulé. Comme l’obésité semble être responsable d’une altération de la détection des saveurs primaires, l’objectif de cette thèse a été d’explorer si l’obésité peut également être à l’origine de perturbations de la détection orale des lipides à la fois chez l’Homme et chez la souris. Nos résultats chez l’Homme indiquent qu’il existe une altération de la lipido-détection orale chez certains sujets obèses. Nous avons montré que ces derniers présentaient une consommation accrue en lipides. De plus, la sécrétion précoce de triglycérides plasmatiques induite par une stimulation orale observée chez les sujets minces n’est plus reproduite chez les sujets obèses. Chez la souris, il a été montré que l’obésité provoque une diminution de la sensibilité gustative aux lipides alimentaires. Ce phénomène est la conséquence d’une dérégulation de la signalisation calcique CD36-dépendante au niveau des cellules gustatives. Chez ces animaux, la stimulation orale lipidique entraîne, comme chez l’Homme, une augmentation transitoire de la triglycéridémie qui pourrait être responsable d’une réduction de la taille du repas (rassasiement). En conclusion, l’obésité affecte la lipido-détection orale chez l’Homme et la souris. Le défaut de détection des lipides alimentaires associé à l’abolition de la sécrétion précoce de triglycérides plasmatiques chez les sujets obèses pourrait être à l’origine d’une perturbation de la régulation de la prise alimentaire, entraînant une surconsommation d’aliments riches en lipides et renforçant ainsi l’obésité / Gustation is an essential parameter in the oro-sensory detection of dietary lipids. In mice and most likely in humans, the binding of long-chain fatty acids to the CD36 receptor plays a major role in this oral fat detection. Gustation is involved in the food choice (fat sensitivity) as well as in the preparation of the body to the fat inflow. This oral lipid sensing is highly regulated. As obesity seems to be responsible for an alteration of the basic tastes detection, the aim of this thesis was to investigate whether obesity can impair the oral lipid detection in both mice and humans. In humans, our data show that there is an alteration of the oral fat detection in some obese subjects who have a higher lipid consumption than the other subjects. Besides, an early secretion of plasma triglycerides induced by an oral fat stimulation was observed in lean subjects but not in obese ones. In mice, a decrease in the dietary lipids taste sensitivity was shown to be caused by obesity. This is the consequence of a deregulation of the CD36-dependent calcium signalling in taste cells. In these mice, as in humans, the oral fat stimulation leads to a temporary increase in the blood triglyceride level which might be responsible for a reduced meal size (satiety). To conclude, obesity impairs oral lipid detection in both mice and humans. An altered dietary fat detection associated with an abolition of the early secretion of plasma triglycerides in obese people might induce an impaired regulation of the food intake, leading to an overconsumption of lipid-rich foods, and so a reinforcement of obesity

L'épithélium pigmentaire rétinien (EPR) est une monocouche de cellules épithéliales pigmentées situés entre la rétine neurale et la membrane de Bruch et joue un rôle important dans le maintien et la survie des photorécepteurs. Des malformations, le dysfonctionnement ou bien la mort de l'EPR provoque la mort des photorécepteurs. Orthodenticle homéoboîte 2 (Otx2) est un facteur de transcription exprimé par l’EPR chez l’animal adulte joue un rôle important dans l’EPR puisque son inactivation chez les souris [CreERT2 : Otx2flox] provoque la dégénérescence des photorécepteurs. En outre, les patients présentant des mutations dans le gène OTX2 souffrent de microphtalmie ou d'anophtalmie et développent généralement des maladies oculaires comme la rétinopathie pigmentaire (RP) ou l’amaurose congénitale de Leber. La délivrance par un vecteur AAV d’OTX2 dans des cellules primaires de l’EPR de porc mais aussi de cellules pluripotentes humaines différenciés en EPR nous a permis d’identifier de nouveaux gènes régulés par OTX2 et un variant d’épissage connu OTX2L. Nous avons par ailleurs identifié un nouveau variant d’épissage OTX2S par analyse bioinformatique de banques d'ADNc normalisées de RPE de rat. OTX2S présente une délétion d’une partie de l’homéodomaine. Nous avons étudié l'expression de ce variant dans la rétine et étudié ses propriétés transcriptionnelles en utilisant le promoteur du gène de la tyrosinase couplé à un gène rapporteur dans les cellules HEK293 et les cellules de l’EPR primaires de porcs. OTX2S exerce un effet transdominant négatif uniquement dans les cellules de l’EPR. Son rôle physiologique doit encore être précisé car il semble participer à la transition épithélio-mésenchymateuses qui survient après décollement de la rétine, une pathologie rétinienne fréquente. L’analyse par immunoprécipitation de la chromatine sur des cellules de l'EPR de porc montre que la plupart de ces gènes sont des cibles directes d’OTX2.Notre laboratoire a identifié un facteur neuroprotecteur sécrétée par photorécepteurs à bâtonnets, Rod-derived Cone Viability Factor (RdCVF) qui est une stratégie prometteuse pour le traitement de RP lorsque les patients portent des mutations dans les gènes exprimés sélectivement photorécepteurs à bâtonnets, ce qui est le plus fréquemment rencontré. Cette stratégie thérapeutique ne s’appliquera pas aux RP causés par les mutations de gènes spécifiquement exprimés par l’EPR, comme le gène MERTK. Afin d'étudier le bénéfice potentiel du gène Otx2, nous avons utilisé un rongeur modèle de RP avec une mutation dans le gène Mertk, les rats RCS. Nous montrons que la transplantation d'EPR génétiquement modifié pour sur-exprimer Otx2, améliore la protection des photorécepteurs et la vision de l’animal. Une augmentation de la réponse électrophysiologique (ERG) des photorécepteurs (ERG) et la protection de la couche nucléaire externe représentant les photorécepteurs a pu être mise en évidence, cette dernière par tomographie par cohérence optique (OCT). Nos résultats indiquent que cette approche pourrait être applicable pour le traitement des maladies de la rétine avec le dysfonctionnement de l'EPR comme la RP ou la dégénérescence maculaire liée à l'âge. / Retinal pigment epithelium (RPE) is a monolayer of pigmented epithelial cells located between the neural retina and Bruch’s membrane and has an important function in the maintenance and survival of photoreceptor cells. Abnormalities, dysfunction and/or death of the RPE ultimately lead to death of retinal photoreceptors. Orthodenticle homeobox 2 (Otx2) is expressed in adult RPE and known to have an important role in RPE function since loss of function in Otx2flox/CreERT2 mice, leads to rapid photoreceptor degeneration. Furthermore, patients having mutations in this gene suffer from microphthalmia or anophthalmia and usually develop eye diseases as retinitis pigmentosa (RP) and Leber congenital amaurosis.Using ectopic expression involving AAV-mediated gene transfer in primary pig RPE cells and human induced pluripotent RPE derived cells, we have identified novel gene targets of Otx2 and Otx2L. The physiological role of Otx2S still needs to be addressed since it potentially participates in the epithelial to mesenchymal transition that occurs after retinal detachment, a frequent retinal pathology. Chromatin immunoprecipitation analysis using pig RPE cells shows that most of these genes are direct targets of OTX2.Our lab has previously identified a neuroprotective factor secreted by rod photoreceptors, Rod-derived Cone Viability Factor (RdCVF) which is a promising strategy for treatment of RP for patients with mutations in photoreceptor cells. This therapeutic strategy will not cover RP caused in genes specifically expressed by RPE, as for example MERTK gene.In order to study the potential benefit of Otx2 for gene-cell therapy, we used an animal model of RP with a mutation in the rdy (Mertk) gene, the RCS rats. Transplantation of genetically engineered RPE cells expressing Otx2, enhances the protection of photoreceptors and vision in this model. We demonstrate an improvement in electroretinograph (ERG) recordings and thickness of outer nuclear layer as measured in optical coherence tomography (OCT). Our findings indicate that this approach might be applicable treatment for retinal diseases with RPE dysfunction like RP and/or age related macular degeneration. Furthermore, using bioinformatic tools and gene screening of normalized cDNA libraries from rat RPE we identified Otx2S, a novel-splicing variant of Otx2 that lacks a part of a homeodomain. Otx2L, another splice variant of Otx2 with an insertion was also studied. We have shown the expression of this variant in NR and RPE and studied its transcriptional properties using gene reporter assay in HEK293 cells and pig primary RPE cells. In addition, we have found that Otx2S exerts a transdominant negative effect on tyrosinase promoter only in primary RPE cells.

La mondialisation des échanges, générant un accroissement des volumes de transactions financières, a été accompagnée par une mondialisation des activités criminelles. Les techniques de blanchiment se sont adaptées à cette réalité économique. La lutte anti-blanchiment est intrinsèquement un sujet complexe qui a mobilisé une volonté d’architecture ouverte entre les acteurs publics et une interdépendance entre les régulateurs et les institutions financières. Son objectif est de viser l’action des organisations criminelles transnationales qui ont su tirer profit de la congruence entre la sophistication financière et l’ère du numérique. La réglementation de ces dernières années, concernant la lutte anti-blanchiment d’argent et lutte contre le financement du terrorisme, a mis en relief l’émergence du droit souple avec, parallèlement, un changement paradigmatique pour les institutions financières qui se retrouvent désormais à appliquer des normes restrictives émanant du législateur et d’appliquer des normes de contrainte, ou incitatives, provenant de différentes autorités de régulation, générant parfois une perception de superposition réglementaire. Insérées dans le dispositif mondial de lutte anti blanchiment, les institutions financières doivent s’adapter cette inflation réglementaire qui persiste depuis plusieurs années. Ce changement de texture normative se caractérise par une combinaison de ces différents droits dont le mouvement ne cesse de se prolonger avec le droit de la régulation bancaire et financière. Ce droit de la régulation bancaire et financière invite les institutions financières à adopter une certaine élasticité dans la mise en place des dispositifs de conformité permettant la mise en oeuvre d’outils systémiques face à une complexité endémique de la délinquance financière. La mondialisation de la criminalité financière appelle à la nécessité de la mondialisation du droit via un système de contrôle adapté de la part des acteurs de la finance. Dans ce contexte, le juriste en conformité voit ses prérogatives revisitées et sa perception bouleversée par ce mouvement de plaque tectonique réglementaire. / Globalization of trade and financial transactions have been followed by globalization of financial crime.Money laundering techniques have converged in light of this economic reality. Anti-Money laundering is considered like a complex topic wich includes interaction between regulator bodies and financial institutions. It aims to counter international criminal transactions taking advantage of financial innovation and digital evolution. The anti-money laundering regulation of recents years highlights soft law wich results new normative paradigm producing regulatory overlay.Inserted in anti-money laundering worldwide program, financial institutions have to deal with regulatory inflation that has lasted for several years. This normative mutation is defined by different laws combination whose movement continues to grow with banking and financial regulatory. This banking and financial regulatory requires financial institutions to put in place a flexibility compliance program with systemic tools to cope with white-collar complexity environment. Financial crime globalization needs globalization law and regulation wich uses financial institutions monitoring system. In this context, the compliance lawyer must adapt his perception and mission with respect to tectonic plate regulation movement.

Cette thèse traite des effets des modes de régulation faisant appel à des intermédiaires pour promouvoir des cadres souples d’organisation. Ces effets sont analysés à travers un cas d’intermédiation dans le champ sanitaire français : la participation de l’Agence nationale d’appui à la performance des établissements de santé et médico-sociaux (ANAP) à l’axe virage ambulatoire du Plan triennal 2015-2017 de transformation du système de santé. Ce cas est abordé à travers une approche en régimes de gouvernementalité fondée sur les travaux de Michel Foucault. L’application de cette approche au cours d’une recherche-intervention de trois ans en partenariat avec l’ANAP permet de dévoiler de manière inductive les caractéristiques spécifiques du Plan triennal en tant que régime de régulation, ainsi que le fonctionnement de ce régime à l’échelle nationale, régionale et des établissements de santé. Cette approche amène également à dépasser la seule mesure de l’efficacité de l’intermédiation pour s’intéresser à l’explication de cette efficacité et s’interroger sur son utilité par rapport aux besoins des différentes parties prenantes du système de santé. Dans son ensemble, ce travail doctoral a des implications d’ordre méthodologique, théorique et pratique. Sur le plan méthodologique, il est proposé une démarche d’évaluation des effets des dispositifs de régulation reposant sur le changement organisationnel. Sur le plan théorique, sont identifiés trois effets de l’intermédiation – de capacitation contingente, de conjonction des véridictions et d’apprentissage alèthurgique – qui complètent les modèles existants de cette activité organisationnelle en développement. Enfin, sur le plan pratique, cette thèse suggère qu’un usage constructif de l’appareillage conceptuel foucaldien est possible en sciences de gestion et illustre cet emploi en formulant six préconisations à l’attention des acteurs de la régulation sanitaire en France, ainsi que cinq pistes de recherche pour les chercheurs qui souhaiteraient accompagner ces acteurs à l’avenir. / This dissertation addresses the effects of modes of regulation relying on intermediaries in order to promote soft organizational frameworks. For that purpose, I analyze a case of intermediation taking place in the French healthcare field : the participation of the National Agency for the Performance of Healthcare Facilities (NAPHF) in the outpatient shift programmed by the 2015-2017 Transformation Plan of the healthcare system. My approach, which draws on the work of Michel Foucault, consists in examining the regime of governmentality that has been implemented in that case. Having used that inductive approach during a three-year research intervention in partnership with the NAPHF, I unveil the specific features that have enabled the regulatory regime of the Transformation Plan to operate at the national, regional and intra-hospital levels. Furthermore, that approach leads beyond measuring the efficacy of intermediation to explaining its effectiveness and to questioning its usefulness for answering the needs of the different stakeholders of the healthcare system. As a whole, this doctoral thesis bears methodological, theoretical, and practical implications. On the methodological side, I propose a method for evaluating the effects of regulatory tools aimed at fostering organizational change. On the theoretical side, I supplement existing models for understanding intermediation by identifying three effects of that organizational activity, which is currently expanding. Those effect are namely: contingent capacity-building, conjoined truth-telling, and alethurgic learning. On the practical side, my work suggests that management scholars may use the conceptual apparatus inherited from Michel Foucault in a constructive manner. I illustrate the potential benefits of that constructive stance by providing six recommendations for improving the regulation of the French healthcare system as well as five possible orientations for researchers who are seeking to help the actors of that system in the future.

L'établissement de crédit, acteur majeur de l'économie mondiale, est source de préoccupations suite aux nombreuses crises subies depuis près d'un siècle. La répétition des évènements démontre que les solutions adoptées n'ont pas permis de prévenir efficacement les crises suivantes. À la globalisation des activités de l'établissement, au développement de systèmes parallèles, à la technicité grandissante des activités ou à l'innovation permanente, la régulation tente d'apporter une réponse, souvent en décalage temporel, technique ou géographique, mais devant pour autant répondre à la nécessité impérieuse d'efficacité que l'ensemble des parties attendent. L'inflation législative et l'accroissement du nombre d'autorités de contrôle apparaissent comme les fruits d'un long processus de régulation débuté il y a maintenant plusieurs années en Europe. Cette réponse constante construit un droit de la régulation fondé sur une Loi bancaire inadaptée, ne reposant pas sur un mécanisme équilibré de régulation censé permettre aux différentes normes constituantes, de gagner en efficacité. Cette dernière tient à la pérennité de la norme, sa souplesse, sa prévisibilité, son accessibilité et une inclinaison volontaire à son application par les acteurs. On le voit, d'un marché commun, censé développer les secteurs économiques, nous sommes arrivés aujourd'hui à un marché unique destiné à mieux réguler la sphère bancaire. Perçu comme un écosystème, le secteur bancaire paraît en réalité être une biosphère, dans laquelle la régulation des établissements de crédit, constituée de normes vivantes de droit, doit évoluer pour s'adapter. À chaque temps de la régulation, une réponse différente apparaît possible et souhaitable. À notre sens, l'efficacité de la régulation viendra d'une complémentarité des acteurs privés, nouveaux régulateurs et sources de normes, ainsi que des autorités publiques de régulation. La régulation des établissements de crédit doit s'appliquer selon le rythme de l'entreprise, distinguant les temps importants, en conjuguant les impératifs de chacune des parties, au moyen de processus corégulateurs tout en gardant comme base de réflexion l'éthique, garantie d'équilibre et d'efficacité. / Analyze efficiency and performance of the bank regulation through a study of french and EU laws and rules. Propose the creation of a new banking regulation system founded on ethic and coregulation.

Les espèces du genre Colletotrichum sont majoritairement des agents pathogènes de nombreuses plantes et provoquent des dégâts importants aux cultures partout dans le monde. Colletotrichum higginsianum est un champignon phytopathogène hémibiotrophe capable d’infecter de nombreuses Brassicaceae dont la plante modèle Arabidopsis thaliana. L’intérêt du pathosystème C. higginsianum – A. thaliana réside dans la possibilité de manipuler génétiquement les deux partenaires. Par ailleurs, la disponibilité de très nombreuses lignées transgéniques et d’outils génétiques aide à disséquer les mécanismes de résistance et de sensibilité de la plante. Nous avons re-séquencé (technologie PacBio) le génome de C. higginsianum afin d’obtenir les séquences complètes des 12 chromosomes. L’analyse détaillée de cette seconde version du génome a permis de mettre en évidence l’un des plus grands arsenaux fongiques de gènes du MS et de résoudre les problèmes de fragmentation de la première version du génome. Afin d’identifier les métabolites secondaires que C. higginsianum produit au cours de l’infection de la plante, nous avons supprimé des répresseurs du MS qui modifient l’état de la chromatine (Kmt1, Kmt6, Hep1, CclA) et sur-exprimé des inducteurs du MS (LaeA, Sge1) décrits chez d’autres mycètes. Grâce à des analyses de transcriptomique (RNA-Seq), des gènes du MS différentiellement exprimés dans ces mutants ont pu être identifiés. Ensuite, par des analyses de chimie analytique nous avons pu identifier et caractériser deux familles de métabolites secondaires. Enfin, nous avons mis en évidence des activités inédites pour ces deux familles de composés. Ces résultats ouvrent de nouvelles perspectives pour aborder le déterminisme du pouvoir pathogène de C. higginsianum. / Colletotrichum spp. are major plant pathogens of numerous crops worldwide. Colletotrichum higginsianum uses a hemibiotrophic lifestyle to infect many members of the Brassicaceae including the model plant Arabidopsis thaliana. The C. higginsianum – A. thaliana pathosystem facilitates dissection of the mechanisms of plant resistance and susceptibility and the traits underlying fungal pathogenicity. Both partners can be genetically manipulated and powerful genetic tools and transgenic lines are available on the plant side. With a view to obtain a more complete inventory of C. higginsianum secondary metabolism (SM) genes, we re-sequenced the genome de novo using PacBio technology, providing 12 complete chromosome sequences. The in-depth analysis of this second version of the genome revealed one of the largest SM repertoires described to date for any ascomycete and solved numerous fragmentation problems in the first genome assembly. In order to identify secondary metabolites produced by C. higginsianum during plant infection, we deleted negative SM regulators that modify chromatin status (Kmt1, Kmt6, Hep1, CclA), and over-expressed positive SM regulators (LaeA, Sge1), all of which were well-described in other fungi. Using transcriptomics (RNASeq), we identified SM genes differentially expressed in these mutants. Using metabolite profiling, we also identified and characterised two families of secondary metabolites. Finally we describe novel biological activities for these compound families. These results provide new insights into the molecular basis of pathogenicity in C. higginsianum.

La régulation de la photosynthèse est cruciale pour les organismes photoautotrophes et est habituellement opérée par la modulation de l'absorption de la lumière ou par la réorientation des électrons vers des puits alternatifs afin de redistribuer l'énergie entre plusieurs voies métaboliques. Parmi les différents mécanismes décrits, le remodelage de l'appareil photosynthétique est crucial dans des conditions de carences nutritives ou de fluctuations de la lumière. Il est bien connu que l'oxyde nitrique (NO) joue un rôle de signalisation dans de nombreuses réponses au stress abiotique, agissant comme second messager et / ou modifiant les protéines cibles par des modifications post-traductionnelles redox. Sa participation a été récemment décrite au cours de la carence en azote chez Chlamydomonas reinhardtii. Ce travail se concentre sur le remodelage de l'appareil photosynthétique lors de la carence en soufre et lors des fluctuations de lumineuses chez Chlamydomonas reinhardtii, avec un intérêt particulier pour la voie de signalisation impliquée dans ces réponses. Tout d'abord, nous avons caractérisé la carence en soufre en conditions d’hétérotrophie ou de photo-autotrophie. En faible lumière ou à l’obscurité, l'inactivation photosynthétique est obtenue grâce à la dégradation spécifique de la Rubisco et du cytochrome b6f et ne se produit qu'en présence de carbone réduit dans le milieu. Nous avons également montré une forte production de NO après le début de la carence, avec des sondes fluorescentes sensibles au NO visualisées par microscopie confocale. Nous fournissons des preuves pharmacologiques que la production de NO intracellulaire régit cette voie de dégradation. En outre, ici, nous fournissons des preuves claires de l’existence d’un circuit régulateur qui contrôle la traduction cytosolique du LHCII en réponse à des changements de quantité de lumière. Ce circuit nécessite la protéine de liaison à l'ARN cytosolique NAB1 pour réprimer la traduction de certains ARNm de LHCII. La nitrosylation spécifique de la Cys-226 diminue l'activité de NAB1 et a été démontrée in vitro et in vivo. La forme moins active et nitrosylée de NAB1 se trouve dans les cellules acclimatées à un apport de lumière limité, ce qui permet l'accumulation de protéines des antennes et la capture efficace de la lumière. En revanche, une intensité lumineuse plus élevée provoque la dénitrosylation de NAB1, activant ainsi la répression de la synthèse des protéines LHCII et diminuant ainsi la pression de la lumière au niveau du PSII. La dénitrosylation de NAB1 est efficacement réalisée par le système thiorédoxine cytosolique in vitro. À notre connaissance, NAB1 est le premier exemple de dénitrosylation induite par un stimulus dans le contexte de l'acclimatation photosynthétique. Dans l’ensemble, nos données suggèrent un rôle pivot pour la signalisation NO dans le contrôle des réponses au stress environnemental. / The regulation of photosynthesis is crucial for photoautotrophic organisms and is usually operated by the modulation of light absorption or by redirection of electrons towards alternative sinks, in order to redistribute energy among several metabolic pathways. Between different mechanisms described, the remodeling of the photosynthetic apparatus is crucial under conditions of nutrient starvation or light fluctuations. It is well known that nitric oxide (NO) plays a signaling role in many abiotic stress responses, acting as a second messenger and/or modifying target proteins through redox post translational modifications. Its involvement has been recently described during nitrogen starvation in Chlamydomonas reinhardtii. This work focuses on the remodeling of the photosynthetic apparatus upon sulfur starvation and light fluctuations in Chlamydomonas reinhardtii, with particular interest for the signaling pathway involved in the responses. First we characterized sulfur starvation under heterotrophy and photo-autotrophy. Photosynthetic inactivation under low light and darkness is achieved through specific degradation of Rubisco and cytochrome b₆f and occurs only in the presence of reduced carbon in the medium. We have also shown a strong NO production after the onset of starvation, with NO-sensitive fluorescence probes visualized by confocal microscopy. We provide pharmacological evidence that intracellular NO production governs this degradation pathway using NO scavengers, NO synthesis inhibitors and NO donors. Furthermore, here, we provide clear evidence for a regulatory circuit that controls cytosolic LHCII translation in response to light quantity changes. This circuit requires the cytosolic RNA-binding protein NAB1 to repress translation of certain LHCII mRNAs. Specific nitrosylation of Cys-226 decreases NAB1 activity and could be demonstrated in vitro and in vivo. The less active, nitrosylated form of NAB1 is found in cells acclimated to limiting light supply, which permits accumulation of light harvesting proteins and efficient light capture. In contrast, elevated light supply causes NAB1 denitrosylation, thereby activating the repression of light-harvesting protein synthesis and decreasing the light pressure at the level of PSII. Denitrosylation of NAB1 is efficiently performed by the cytosolic thioredoxin system in vitro. To our knowledge, NAB1 is the first example of stimulus-induced denitrosylation in the context of photosynthetic acclimation. Taken together, our data suggest a pivotal role for NO-signaling in the control of environmental stress responses.

Les cellules souches embryonnaires (cellules ES) constituent un excellent système modèle pour étudier les mécanismes épigénétiques contrôlant la transcription du génome mammifère. Un nombre important de membres de la famille des facteurs de remodelage de chromatine ATP-dépendants ont une fonction essentielle pour l’auto-renouvellement des cellules ES, ou au cours de la différentiation. On pense que ces facteurs exercent ces rôles essentiels en régulant l’accessibilité de la chromatine au niveau des éléments régulateurs de la transcription, en modulant la stabilité et le positionnement des nucléosome.Dans ce projet, nous avons conduit une étude génomique à grande échelle du rôle d’une dizaine des remodeleurs (Chd1, Chd2, Chd4, Chd6, Chd8, Chd9, Ep400, Brg1, Smarca3, Smarcad1, Smarca5, ATRX et Chd1l) dans les cellules ES. Une double stratégie expérimentale a été utilisée : Des expériences d’immunoprécipitation de la chromatine suivi par un séquençage à haute-débit (ChIP-seq) sur des cellules ES étiquetées pour les différents remodeleurs, pour étudier leur distribution sur le génome, et un approche transcriptomique sur des cellules déplétées de chaque remodeleur par traitement avec des vecteurs shRNA (knockdown). Nous avons établi les profils de liaison des remodeleurs sur des éléments régulateurs (promoteurs, enhancers et sites CTCF) sur le génome, et montré que ces facteurs occupent toutes les catégories d’éléments régulateurs du génome. La corrélation entre les données ChIP-seq et les données transcriptomiques nous a permis d’analyser le rôle des remodeleurs dans les réseaux de transcription essentiels des cellules ES. Nous avons notamment démontré l’importance particulière de certains remodeleurs comme Brg1, Chd4, Ep400 et Smarcad1 dans la régulation de la transcription chez les cellules ES. / The characteristics of embryonic stem cells (ES cells) make them one of the best models to study the epigenetic regulation exerted by different actors in order to control the transcription of the mammalian genome. Members of the Snf2 family of ATP-dependent chromatin remodeling factors were shown to be of specific importance for ES cell self-renewal and during differentiation. These factors are believed to play essential roles in modifying the chromatin landscape through their capacity to position nucleosomes and determine their occupancy throughout the genome, making the chromatin more or less accessible to DNA binding factors.In this project, a genome-wide analysis of the function of a number of ATP-dependent chromatin remodelers (Chd1, Chd2, Chd4, Chd6, Chd8, Chd9, Brg1, Ep400, ATRX, Smarca3, Smarca5, Smarcad1 and Alc1) in mouse embryonic stem (ES) cells was conducted. This was done using a double experimental strategy. First, a ChIP-seq (Chromatin Immunoprecipitation followed by deep sequencing) strategy was done on ES cells tagged for each factor in the goal of revealing the genomic binding profiles of the remodeling factors. Second, loss-of-function studies followed by transcriptome analysis in ES cells were performed in order to understand the functional role of remodelers. Data from both studies were correlated to acquire a better understanding of the role of remodelers in the transcriptional network of ES cells. Specific binding profiles of remodelers on promoters, enhancers and CTCF binding sites were revealed by our study. Transcriptomic data analysis of the deregulated genes upon remodeler factor knockdown, revealed the essential role of Chd4, Ep400, Smarcad1 and Brg1 in the control of transcription of ES cell genes. Altogether, our data highlight how the distinct chromatin remodeling factors cooperate to control the ES cell state.

La transcription est la première étape de l’expression des gènes. Chez les eucaryotes, la transcription par l’ARN polymérase II (Pol II) est un processus hautement régulé. Elle commence par la fixation d’activateurs spécifiques sur des régions régulatrices. Cela permet le recrutement de co-activateurs suivi des facteurs généraux de la transcription (GTFs) et de l’ARN polymérase II pour former le complexe de préinitiation (PIC). Le Médiateur est un complexe co-activateur essentiel à ce processus. Chez la levure Saccharomyces cerevisiae, il est composé de 25 sous-unités dont 10 sont essentielles à la viabilité. Son rôle principal est d’intégrer les signaux de régulation pour les transmettre aux composants du PIC. On connait aujourd’hui un certain nombre de fonctions du Médiateur. Néanmoins, sa complexité et la présence de sous-unités essentielles compliquent la compréhension détaillée de son mécanisme de fonctionnement in vivo. Au cours de ma thèse, je me suis intéressé aux sous-unités essentielles Med10 et Med7, toutes deux appartenant au module du milieu du Médiateur, peu étudié jusqu’à présent. Nous avons construit une collection de mutants thermosensibles de ces deux sous-unités chez la levure S. cerevisiae. Nous avons caractérisés ces mutants par différentes approches de biologie moléculaire, biochimie et génomique fonctionnelle. L’étude de la sous-unité Med10 nous a permis de mettre en évidence in vivo un lien fonctionnel entre le Médiateur et TFIIB, un GTF essentiel au recrutement de la Pol II. Nous avons ainsi identifié les sous-unités Med14 et Med10 qui sont en contact avec TFIIB. Nos analyses de ChIP-seq montrent que le module du milieu et Med10, en particulier, est requis pour la formation correcte du PIC sur l’ensemble du génome. Ces données nous ont également permis de montrer que le Médiateur influence la formation du PIC en relation avec l’architecture des promoteurs en termes de présence de boîtes TATA, d’occupation des nucléosomes et leur dynamique. Ce travail nous a permis une meilleure compréhension du rôle du Médiateur dans l’activation de la transcription et donné des informations mécanistiques sur la façon dont l’interaction entre le Médiateur et TFIIB (et les autres GTFs) ainsi que l’architecture des promoteurs mènent à une régulation gène-spécifique. / Transcription is the first step of gene expression. In eukaryotes, messenger RNA (mRNA) transcription is a highly regulated process. Transcription begins with the binding of a specific transcription factor on a DNA regulatory sequence. This enable the recruitment of co-activators, followed by general transcription factors (GTFs) and RNA polymerase II (Pol II) to form preinitiation complex (PIC). Mediator is a co-activator complex which is essential in this process. In yeast Saccharomyces cerevisiae, Mediator is composed of 25 subunits, among which 10 are essential for cell viability, organized into four distinct modules. The main role of this complex is to transmit regulatory signal to PIC components. Although Mediator has been the subject of a large numbers of studies, its complexity prevents the detailed understanding of how it acts in vivo. During my PhD, I focused my work on the study of the two essential subunits Med7 and Med10. Both of these subunits belong to the middle module, poorly studied so far. We obtained a collection of temperature-sensitive mutants of Med7 and Med10 in yeast S. cerevisiae. We used different molecular biology and functional genomics to characterize these mutants. The work on Med10 subunit enabled us to highlight in vivo a functional link between Mediator and TFIIB, one of the GTFs. Notably, we have shown a new contact between Med14 subunit and TFIIB. Our ChIP-seq analysis shows that Mediator middle module, and in particular Med10 subunits, is crucial for PIC assembly genome-wide. These data also permit us to show that Mediator influence PIC formation in relation to promoter architecture. Taken together, these results indicates that Mediator in crucial to orchestrate the incorporation of the different proteins into the PIC. This work permit us to improve our understanding of how functional interplay between Mediator, TFIIB, other GTFs, and the promoter architecture leads to gene-specific transcription.