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Identificação e caracterização de RNA mensageiros candidatos a alvo das proteínas PUMILHO de Arabidopsis através do sistema triplo-híbrido de levedura / Identification and characterization of mRNA targets candidates of the Arabidopsis PUMILIO (APUM) proteins using the yeast three-hybrid systern

Carlos William Francischini 22 January 2009 (has links)
Proteínas PUF regulam a estabilidade e a tradução através da ligação a seqüências específicas nas regiões 3\' não traduzidas (3\' UTR) dos mensageiros. A ligação é mediada por um domínio de ligação conservado constituído por 8 repetições de aproximadamente 36 aminoácidos cada. Experimentos realizados no sistema triplo-híbrido de levedura mostraram que os homólogos PUF de Arabidopsis APUM-1, APUM-2 e APUM-3 são capazes de ligar especificamente à seqüência chamada de Elemento de Resposta a NANOS (NRE) reconhecida pelo homólogo PUF de Drosophila. A utilização de bibliotecas de expressão de RNA em ensaios no sistema triplo-híbrido permitiu a identificação de seqüências de ligação consenso para as três proteínas APUM. Análises computacionais identificaram elementos de ligação a APUM em regiões 3\' UTR de importantes transcritos relacionados ao controle do meristema do caule e à manutenção das células totipotentes. Nós mostramos que os homólogos APUM-l, APUM-2 e APUM-3 reconhecem elementos de ligação a APUM nas regiões 3\' UTR dos transcritos WUSCHEL, CLAVATA-1, ZWILLE e FASCIATA-2. Ensaios de RT-PCR e Western blot semiquantitativos mostraram que a quantidade dos transcritos WUSHEL e CLAVATA-1 é alterada em plantas antisenso induzíveis para APUM-l, APUM-2 e APUM-3. A relevância biológica dessas interações foi observada através de ensaios de coimunoprecipitação, confirmando, portanto, o primeiro caso de regulação traducional descrito para os mensageiros WUSCHEL e CLAVATA-1. Análises computacionais adicionais para a identificação de outros homólogos PUF em Arabidopsis encontraram vinte e cinco proteínas possuindo repetições PUF. Entre elas, os homólogos APUM-4, APUM-S e APUM-6 apresentam alta similaridade com as proteínas APUM-l, APUM-2 e APUM-3, sendo capazes de ligar especificamente à seqüência NRE e aos elementos de ligação a APUM presentes nas regiões 3\' UTR dos transcritos WUSCHEL, CLAVATA-1, ZWILLE e FASCIATA-ts resultados indicam que vários homólogos PUF podem agir como reguladores traducionais em Arabidopsis através de um mecanismo molecular conservado entre as espécies, podendo abrir uma nova área de investigação da regulação de mRNA em plantas. / PUF proteins regulate stability and translation through sequence-specific binding to 3\' untranslated regions (UTR) oftarget mRNA transcripts. Binding is mediated by a conserved PUF domain which contains 8 repeats of approximately 36 amino acids each. Through three-hybrid assays, we have found that APUM-1, APUM-2 and APUM-3 Arabidopsis PUF homologs can bind specifically to the NANOS Response Element sequence (NRE) recognized by Drosophila PUF homologo Using Arabidopsis RNA libraries in three-hybrid screenings, we were able to identify APUM binding consensus sequences. A computational analysis allowed us to identify the APUM binding element within the 3\' UTR in many Arabidopsis transcripts, even in important mRNAs related to shoot and stem cell maintenance. We show that APUM-1, APUM-2 and APUM-3 are able to bind specifically to APUM binding elements in the 3\' UTR of WUSCHEL, CLAVATA-1, ZWILLE and FASCIATA-2 transcripts. RT-PCR and Western blot semiquantitatives assays showed altered WUSHEL and CLAVATA-1 amounts in APUM-1, APUM-2 and APUM-3 antisense plants. The biologic relevance of these interactions was observed with co-immunoprecipitation assay, which confirmed the first example of translational regulation to WUSCHEL and CLA VATA-1 transcripts. Computational analysis to identify others PUF homologs in Arabidopsis found twenty five proteins presenting PUF repeats. Among them, we found that APUM-4, APUM-S and APUM-6 homologs are very similar to APUM-1, APUM2 and APUM-3 and also are able to bind specifically to the NRE sequence and to APUM binding elements in the 3\' UTR of WUSCHEL, CLAVATA-1, ZWILLE and FASCIATA-2 transcripts. Our results indicate that the APUM proteins may act as regulators in Arabidopsis through an evolutionarily conserved mechanism, which may open up a new approach to investigate mRNA regulation in plants.
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Análises em larga escala de proteínas e construção de redes biológicas com foco em estudos de cromossomos B

Nakajima, Rafael Takahiro. January 2019 (has links)
Orientador: Cesar Martins / Resumo: Os cromossomos B ocorrem em cerca de 2.828 espécies de diferentes táxons, sendo basicamente heterocromáticos e compostos de DNAs repetitivos. Recentemente, análises genômicas em larga escala estão sendo utilizadas para elucidar questões acerca dos cromossomos supranumerários. Os peixes ciclídeos recebem grande interesse científico, uma vez que muitas espécies passaram por um rápido e extenso processo de radiação adaptativa. Em algumas espécies do grupo, como Astatotilapia latifasciata, foi descrita a presença de cromossomos B. Neste trabalho foi caracterizado o perfil de expressão proteico em tecidos específicos na A. latifasciata e realizada análise funcional da presença do cromossomo B nesta espécie de teleósteo, elucidando a influência que este pode acarretar em vias metabólicas específicas. Além disso, esses dados foram integrados com os resultados de RNA-Seq dessa espécie, e construídas sub redes de co-expressão e interação proteína-proteína. Também foi calculada a entropia de Shannon, a qual não apresentou diversidade na expressão dos transcritos em cada biblioteca comparada. Além disso, foi analisada a expressão diferencial de RNAm em cada tecido em relação a presença do cromossomo B e ao sexo. Dentre os transcritos diferencialmente expressos, a análise de enriquecimento funcional apresentou processos relacionados ao ciclo celular, resposta imune e resposta ao estresse. Na maioria dos casos analisados entre a expressão de proteínas, os transcritos up regulated e as sub... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The B chromosomes occur in about 2,828 species of different taxa, being heterochromatic and composed of repetitive DNA.Recently, large-scale genomic analyzes are being used to elucidate questions about supernumerary chromosomes.Cichlid fish are of great scientific interest, since many species have gone through a rapid and extensive process of adaptive radiation.In some species of the group, such as Astatotilapia latifasciata, the presence of B chromosomes was described.In this work, we characterize the profile of protein expression in specific tissues in A. latifasciata and performed a functional analysis of the presence of the B chromosome in this species of teleost, elucidating the influence that it can cause in specific metabolic pathways.In addition, we integrate these data with the RNA-Seq results of this species, and construct sub-networks of co-expression and protein-protein interaction.The Shannon entropy was also calculated, which did not show diversity in the expression of the transcripts in each library. In addition, differential expression analysis was performed on each tissue separately and the relationship between the presence of B chromosome and sex chromosome was analyzed. Among the differentially expressed transcripts, functional enrichment analysis presented processes related to the cell cycle, immune response and stress response. In relation to abundance of proteins, the up regulated transcripts and the sub-networks we identified genes like the Aurora kinas... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor
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Estudo dos genes codificadores de citocinas implicadas na modulação da leishmaniose tegumentar americana e correlação com os achados clínico-laboratoriais da doença / Study of genes encoding cytokines involved in the modulation of American cutaneous leishmaniasis and correlation with the clinical-laboratory findings of the disease

Hippolito, Daise Damaris Carnietto de 31 August 2017 (has links)
A resposta imune desencadeada em pacientes com leishmaniose tegumentar Americana (LTA) é predominantemente celular. Assim, o estudo dos mecanismos imunológicos responsáveis pela formação, progressão e cura desta infecção é de grande importância, considerando a deformação que ela pode causar em indivíduos infectados. Este estudo investigou a expressão de mRNA de IFN-?, IL-10, IL-27, TNF-?, TGF-? e IL-6 em 40 biopsias de parafina (FFPE) fixadas em formalina de pacientes com diagnóstico clínico e laboratorial para LTA. Um grupo de 10 biópsias FFPE coletadas de pacientes com diagnóstico clínico de leishmaniose mucosa (LM) foi utilizado para o controle da evolução da infecção. Inicialmente, foi padronizado a extração de RNA, a síntese de cDNA e a escolha do gene endógeno em 9 biopsias frescas e 8 FFPE. Após essas padronizações, as moléculas de RNA de fragmentos de biopsias parafinadas, foram extraídas com kit específico, tratadas com DNase, quantificadas por fluorimetria e sintetizadas para cDNA. A expressão relativa de cada citocina foi determinada (em duplicata) por PCR em tempo real. As reações foram normalizadas frente ao padrão de expressão do gene endógeno GAPDH, que foi previamente padronizado. O padrão de expressão de cada gene alvo foram determinados segundo a fórmula do \"CT comparativo\" (2-??CT), na qual calcula-se quantas vezes mais ocorre a expressão do gene alvo em relação a indivíduos normais. Também incluído nesse estudo 5 amostras de biopsia de pele de indivíduos normais (grupo IV). Os resultados foram expressos em média de quantificação relativa, a análise estatística foi realizada utilizando foi determinada por Teste t não pareado e teste F para comparação de variâncias, onde três grupos de pacientes foram formados. Grupo I, 35 pacientes com LTA, cuja expressão relativa de IFN-? foi inferior a 100. Grupo II, 5 pacientes com LTA cuja expressão relativa de IFN-? foi superior a 100. Grupo III, 10 pacientes com leishmaniose mucosa. Os níveis de expressão para IFN-? foram 33,34; 214,1 e 129,6 vezes maiores para os Grupos I, II e III, respectivamente do que as amostras do controle normal. Para o TNF-? foram 11,22; 2,37 e 4,59 vezes superiores ao normal nos Grupos I, II e III, respectivamente. Para IL-10 foram 5,14; 11,54 e 2,51 vezes superiores aos valores normais nos Grupos I, II e III, respectivamente. Para IL-27 foram 15,81; 85,29 e 17,29 vezes superiores ao normal nos Grupos I, II e III, respectivamente. Para o TGF-? foram 5,38; 4,33 e 4,72 vezes superiores ao normal nos Grupos I, II e III, respectivamente. Para a IL-6 foram 5,92; 5,69 e 2,09 vezes superiores aos valores normais nos Grupos I, II e III, respectivamente. Estes resultados foram semelhantes a resultados de estudos que analisam a expressão de citocinas já sintetizadas. No geral, os resultados de expressão gênica das citocinas estudadas sugerem que a exacerbação da resposta imune do perfil Th1 (IFN-?) poderia levar ao surgimento de lesões mais graves nos pacientes dos Grupos II e III. Os níveis elevados de mRNA de IL-10, observado nos pacientes do Grupo II podem promover baixa ativação macrofágica, colaborando com a replicação do parasita e assim culminar com a progressão da doença. A expressão de mRNA de IL-27 não interferiu na expressão de mRNA de IFN-? nas células dos pacientes com leishmaiose tegumentar ou leishmaniose mucocutânea. Em conclusão, estes resultados podem sugerir que os pacientes do Grupo II podem desenvolver formas mais graves de LTA quando comparados aos do Grupo I. / The immune response triggered in patients with American cutaneous leishmaniasis (ACL) is predominantly cellular. Thus, the study of the immunological mechanisms responsible for the formation, progression and cure of this infection is of great importance, considering the deformation that it can cause in infected individuals. This study investigated the expression of IFN-?, IL-10, IL-27, TNF-?, TGF-? and IL-6 mRNA in 40 formalin-fixed paraffin-embedded paraffin biopsies (FFPE) from patients with clinical and laboratory diagnosis for LTA. A group of 10 FFPE biopsies collected from patients with clinical diagnosis of mucosal leishmaniasis (MCL) was used to control the evolution of the infection. Initially, RNA extraction, cDNA synthesis and the choice of the endogenous gene were standardized in 9 fresh biopsies and 8 FFPE. After these standardizations, the RNA molecules of fragments of paraffin-shaped biopsies were extracted with a specific kit, treated with DNase, quantified by fluorimetry and synthesized for cDNA. The relative expression of each cytokine was determined (in duplicate) by real-time PCR. Reactions were normalized against the expression pattern of the endogenous GAPDH gene, which was previously standardized. The expression pattern results for each target gene were determined by the \"comparative CT\" (2-??CT) formula, in which it is calculated how many times more the expression of the target gene occurs in relation to normal individuals. Also included in this study 5 skin biopsy samples from normal subjects (group IV). The results were expressed as mean relative quantification, statistical analysis was performed using was determined by unpaired t test and F test for comparison of variances, where three groups of patients were formed. Group I, 35 patients with ACL, whose relative expression of IFN-? was less than 100. Group II, 5 patients with ACL whose relative expression of IFN-? was greater than 100. Group III, 10 patients with mucosal leishmaniasis. The expression levels for IFN-? were 33,34; 214,1 and 129,6 times higher for Groups I, II and III, respectively than the samples from the normal control. For TNF-? were 11,22; 2,37 and 4,59 times higher than normal in Groups I, II and III, respectively. For IL-10 were 5,14; 11,54 and 2,51 times higher than the normal values in Groups I, II and III, respectively. For IL-27, 15,81; 85,29 and 17,29 times higher than normal in Groups I, II and III, respectively. For TGF-? were 5,38; 4,33 and 4,72 times higher than normal in Groups I, II and III, respectively. For IL-6 were 5,92; 5,69 and 2,09 times higher than the normal values in Groups I, II and III, respectively. These results were similar to the results of studies that analyze the expression of cytokines already synthesized. In general, the gene expression results of the cytokines studied suggest that the exacerbation of the Th1 profile (IFN-?) immune response could lead to more serious lesions in patients in Groups II and III. Elevated levels of IL-10 mRNA observed in Group II patients may promote low macrophage activation, assisting in the replication of the parasite and thus culminating in the progression of the disease. Expression of IL-27 mRNA did not interfere in the expression of IFN-? mRNA in the cells of patients with tegumentary leishmaiosis or mucocutaneous leishmaniasis. In conclusion, these results may suggest that patients in Group II may develop more severe forms of ACL when compared to those in Group I.
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Perfil lipídico na leishmaniose visceral em hamster e expressão de mRNA de genes relacionados ao metabolismo liprotéico / Lipid profile in visceral leishmaniasis in hamster and expression of mRNA of genes related to lipoprotein metabolism

Dantas, Ive Maíra de Carvalho 30 January 2014 (has links)
Na fase ativa da leishmaniose visceral (LV) ocorrem alterações no metabolismo de lipoproteínas com redução dos níveis de HDL e aumento de triglicérides. A partir desses dados, focamos neste projeto essas alterações na progressão da infecção e apontamos alguns elementos como seus possíveis desencadeantes. Como essas alterações poderiam resultar de redução de atividade e expressão da lipoproteína lipase (LPL), do receptor alfa do proliferador ativado de peroxissoma (PPAR?) e da proteína transferidora de ésteres de colesteril (CETP), a sua expressão foi avaliada durante a progressão da LV em hamster. Em hamsteres infectados com 2 x 107 amastigotas de L. (L.) infantum observamos aumento de triglicérides nos hamsteres com 55 dias (mediana = 294,0 mg/dL) e 90 dias (303,0 mg/dL ) de infecção comparados aos controles de 55 dias (119,0 mg/dL) e de 90 dias (117,0 mg/dL) (p <= 0,05). Os níveis de colesterol total e de HDL não apresentaram diferença significante entre controles e infectados com 30, 55 e 90 dias de infecção. A expressão de mRNA de PPAR? no fígado com 55 e 90 dias de infecção apresentou tendência de redução nos infectados. Já de CETP no fígado dos hamsteres com 55 dias de infecção, a expressão relativa (CT) estava reduzida nos infectados (0,08) comparados aos controles (1,69) (p <= 0,05) e de LPL no coração dos hamsteres com 90 dias de infecção também estava reduzida (1,43) com relação aos controles (2,61) (p <= 0,05). Há dados na literatura sugerindo a importância de lipídios para o desenvolvimento de amastigotas no hospedeiro vertebrado e é possível que as alterações dos níveis de lipoproteínas contribuam na progressão da infecção. Assim, avaliamos neste estudo o efeito da droga hipolipemiante ciprofibrato no controle do parasitismo na LV em hamster, sabendo-se que ciprofibratos atuam aumentando a expressão de PPAR? e a produção e atividade de LPL. O tratamento com ciprofibrato nos hamsteres com 55 dias de infecção gerou redução de triglicérides (123,0 mg/dL) em relação aos infectados não tratados (294,0 g/dL) (p <= 0,05), além dos níveis de triglicérides nos animais infectados não tratados terem aumentado quando comparados aos controles não tratados (119,0 mg/dL) (p <= 0,05). Houve também, redução de triglicérides nos animais não infectados tratados com ciprofibrato (89,0 mg/dL) comparando-se aos infectados não tratados (p <= 0,05). Os níveis de colesterol nos hamsteres não infectados tratados com ciprofibrato reduziram (53,5 mg/dL) em comparação aos infectados não tratados (93,0 mg/dL) (p <= 0,05). Já naqueles que foram infectados e tratados com ciprofibrato, constatamos redução de colesterol (53,5 mg/dL) quando comparados aos infectados não tratados (p <= 0,05). Os níveis de HDL não aumentaram com ciprofibrato e foram similares entre os hamsteres infectados não tratados e os controles não tratados. A carga parasitária no baço e no fígado não foi reduzida com ciprofibrato. Na leishmaniose visceral em hamster ocorrem alterações do metabolismo lipídico com aumento de triglicérides e redução da expressão da mRNA de LPL e CETP. O tratamento com ciprofibrato foi eficaz no controle das alterações de níveis de lipoproteínas. / In the active phase of visceral leishmaniasis (VL) changes occur in lipoprotein me-tabolism with reduction in HDL and increase in triglyceride (TG) levels. From these data, in this project we focused these changes during the progression of the infection and we approached some elements as their underlying factors. Since these changes may result from the reduction of the activity and the expression of the lipoprotein lipase (LPL), of the peroxisome proliferator-activated receptor alpha (PPAR?) and of the cholesteryl ester transfer protein (CETP), their expression were evaluated during VL progression in hamster. In 2 x 107 L. (L.) infantum amastigote-infected hamsters we observed an increase in the triglycerides in hamsters with 55 days (median = 294.0 mg/dL) and 90 days (303.0 mg/dL) of infection compared with controls of 55 days (119.0 mg/dL) and of 90 days (117.0 mg/dL) (p <= 0.05). The total cholesterol and the HDL levels did not present significant differences between control and in-fected groups at 30, 55 and 90 days of infection. The expression of mRNA of the PPAR in the liver with 55 and 90 days of infection tended to be reduced in infected animals. However the relative expression (CT) of CETP in the liver of hamsters with 55 days of infection was signicantly reduced in infected (0.08) compared with control animals (1.69) (p <= 0.05). The relative expression (CT) of LPL in the heart of hamsters with 90 days of infection was also reduced (1.43) in relation to controls (2.61) (p <= 0.05). There are data in the literature suggesting the importance of lipids for the development of amastigotes in vertebrate host and it is possible that the changes in the lipoprotein levels contribute for the infection progression. Therefore, we evaluated in this study the effect of the lipid-lowering drug ciprofibrate in the control of parasitism in VL in the hamster, knowing that ciprofibrate acts increasing the expression of the PPAR? and of the LPL production and activity. The treatment with ciprofibrate in infected hamsters at 55 days lead to the reduction of triglyceride level (123.0 mg/dL) in relation to non-treated infected animals (294.0 g/dL) (p <= 0.05). Further the triglyceride levels in the non-treated infected animals were in-creased when compared with untreated controls (119.0 mg/dL) (p <= 0.05). There was also reduction of triglyceride in ciprofibrate treated-non infected animals (89.0 mg/dL) compared with non-treated infected animals (p <= 0.05). The cholesterol lev-els were reduced in the ciprofibrate-treated non-infected hamsters (53.5 mg/dL) in comparison to the non-treated infected ones (93.0 mg/dL) (p <= 0.05). In the ciprofibrate-treated infected ones we found a reduction of cholesterol level (53.5 mg/dL) when compared with non treated infected animals (p <= 0.05). The HDL lev-els did not increase with ciprofibrate and they were similar between the non-treated infected hamsters and non-treated controls. The parasite load in the spleen and liver were not reduced with ciprofibrate. In the visceral leishmaniasis in hamster changes occur in the lipid metabolism with increase in the triglyceride level and the reduction of expression of mRNA of LPL and CETP. The treatment with ciprofibrate was ef-fective in the control of changes in the lipoprotein levels.
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Transcriptoma do abomaso de ovinos e poss?veis mecanismos de resposta a Haemonchus contortus / Sheep abomasal transcriptome and possible mechanisms of host response to Haemonchus contortus

Silva, Iasmim Santos Mangabeira e 31 July 2017 (has links)
Submitted by Automa??o e Estat?stica (sst@bczm.ufrn.br) on 2017-10-04T23:03:13Z No. of bitstreams: 1 IasmimSantosMangabeiraESilva_DISSERT.pdf: 2613750 bytes, checksum: 2033efb9279dea1592d2eee5ce08363a (MD5) / Approved for entry into archive by Arlan Eloi Leite Silva (eloihistoriador@yahoo.com.br) on 2017-10-16T19:14:53Z (GMT) No. of bitstreams: 1 IasmimSantosMangabeiraESilva_DISSERT.pdf: 2613750 bytes, checksum: 2033efb9279dea1592d2eee5ce08363a (MD5) / Made available in DSpace on 2017-10-16T19:14:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 IasmimSantosMangabeiraESilva_DISSERT.pdf: 2613750 bytes, checksum: 2033efb9279dea1592d2eee5ce08363a (MD5) Previous issue date: 2017-07-31 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior (CAPES) / O objetivo deste estudo foi compreender os mecanismos moleculares associados ? resist?ncia de ovinos ?s infec??es por nematoides gastrintestinais. Foi comparado o transcriptoma da mucosa do abomaso de 17 ovinos mesti?os ? Santa In?s e ? Dorper, previamente classificados como infectados (resistentes e suscept?veis) e n?o infectados, distribu?dos em dois sistemas de alimenta??o (ad libitum e alimenta??o restrita) em resposta a infec??o por Haemonchus sp., utilizando a tecnologia RNA-Seq. A prepara??o das bibliotecas, o sequenciamento do genoma e a an?lise de dados foram realizadas no Laborat?rio de Biotecnologia Animal - ESALQ, Piracicaba, Brasil. A m?dia de sequ?ncias por amostra antes e depois da filtragem foi de 12.522.573 e 9.626.457, respectivamente, e a m?dia da taxa de mapeamento das leituras filtradas contra o genoma de refer?ncia do ovino Oar_v4.0 foi de 79,66%. Foram identificados como diferencilamente expressos (DE) 421 e 1123 genes quando comparado os animais infectados e n?o infectados, dentro do grupo de alimenta??o restrita e ad libitum, respectivamente. Quando avaliados os infectados inseridos na alimenta??o ad libitum versus alimenta??o restrita, 13 genes foram DE. Quando avaliados os animais resistentes e suscept?veis com efeito fixo de alimenta??o, apenas 36 genes foram DE. E por fim, comparando-se os animais infectados versus os controles tendo a alimenta??o como efeito fixo, foram identificados 881 genes DE. A an?lise de enriquecimento funcional mostrou que alguns termos do Gene Ontology foram significativamente enriquecidos (valor p ajustado<0,05). Nossos achados sugerem que al?m dos genes que participam diretamente do sistema imunol?gico, genes que participam de outras vias biol?gicas como o metabolismo do ?cido araquid?nico, via de sinaliza??o e sistema de complemento s?o essenciais na resposta do hospedeiro a Haemonchus contortus. Al?m disso, a alimenta??o n?o apresentou um efeito significativo no perfil de express?o g?nica dos animais infectados e n?o infectados, mostrando que a diferen?a entre a express?o dos genes foi devido ? infec??o por H. contortus. / The aim of this study was to understand molecular mechanisms underlying host resistance. We compared the abomasal mucosal transcriptome of 17 crossbred ? Santa In?s and ? Dorper lambs, previously classified as infected (resistant and susceptible) and uninfected distributed in two feeding system (ad libitum and restrict feed) in response to Haemonchus sp. infection using RNA-Seq technology. The libraries preparation, genome sequencing and sequence analyses were performed at the Laboratory of Animal Biotechnology - ESALQ, Piracicaba, Brazil. The average of reads per sample before and after filtering was 12.522.573 and 9.626.457, respectively, and the average of mapping rate of filtered reads against to Ovis aries Oar_v4.0 reference genome assembly was 79.66%. 421 and 1123 differentially expressed (DE) genes were identified when compared to infected and uninfected animals, within the restricted and ad libitum feed groups, respectively. When evaluated the infected animals inserted in the ad libitum feed versus restricted feeding, 13 genes were DE. When evaluated the resistant and susceptible animals with fixed feeding effect, only 36 genes were DE. Finally, by comparing infected versus control animals with feed as a fixed effect, 881 DE genes were identified. Functional enrichment analysis showed that some Gene Ontology terms were significantly enriched (adjusted p-value <0.05). Our findings suggest that in addition to genes that participate directly in the immune system, genes that participate in other biological pathways such as arachidonic acid metabolism, signaling pathway and complement system, for example, are essential in the host's response to Haemonchus contortus, generating a greater sheep resistance. In addition, feeding did not have a significant effect on the gene expression profile, showing that the difference between gene expressions was due to H. contortus infection.
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Perfil lipídico na leishmaniose visceral em hamster e expressão de mRNA de genes relacionados ao metabolismo liprotéico / Lipid profile in visceral leishmaniasis in hamster and expression of mRNA of genes related to lipoprotein metabolism

Ive Maíra de Carvalho Dantas 30 January 2014 (has links)
Na fase ativa da leishmaniose visceral (LV) ocorrem alterações no metabolismo de lipoproteínas com redução dos níveis de HDL e aumento de triglicérides. A partir desses dados, focamos neste projeto essas alterações na progressão da infecção e apontamos alguns elementos como seus possíveis desencadeantes. Como essas alterações poderiam resultar de redução de atividade e expressão da lipoproteína lipase (LPL), do receptor alfa do proliferador ativado de peroxissoma (PPAR?) e da proteína transferidora de ésteres de colesteril (CETP), a sua expressão foi avaliada durante a progressão da LV em hamster. Em hamsteres infectados com 2 x 107 amastigotas de L. (L.) infantum observamos aumento de triglicérides nos hamsteres com 55 dias (mediana = 294,0 mg/dL) e 90 dias (303,0 mg/dL ) de infecção comparados aos controles de 55 dias (119,0 mg/dL) e de 90 dias (117,0 mg/dL) (p <= 0,05). Os níveis de colesterol total e de HDL não apresentaram diferença significante entre controles e infectados com 30, 55 e 90 dias de infecção. A expressão de mRNA de PPAR? no fígado com 55 e 90 dias de infecção apresentou tendência de redução nos infectados. Já de CETP no fígado dos hamsteres com 55 dias de infecção, a expressão relativa (CT) estava reduzida nos infectados (0,08) comparados aos controles (1,69) (p <= 0,05) e de LPL no coração dos hamsteres com 90 dias de infecção também estava reduzida (1,43) com relação aos controles (2,61) (p <= 0,05). Há dados na literatura sugerindo a importância de lipídios para o desenvolvimento de amastigotas no hospedeiro vertebrado e é possível que as alterações dos níveis de lipoproteínas contribuam na progressão da infecção. Assim, avaliamos neste estudo o efeito da droga hipolipemiante ciprofibrato no controle do parasitismo na LV em hamster, sabendo-se que ciprofibratos atuam aumentando a expressão de PPAR? e a produção e atividade de LPL. O tratamento com ciprofibrato nos hamsteres com 55 dias de infecção gerou redução de triglicérides (123,0 mg/dL) em relação aos infectados não tratados (294,0 g/dL) (p <= 0,05), além dos níveis de triglicérides nos animais infectados não tratados terem aumentado quando comparados aos controles não tratados (119,0 mg/dL) (p <= 0,05). Houve também, redução de triglicérides nos animais não infectados tratados com ciprofibrato (89,0 mg/dL) comparando-se aos infectados não tratados (p <= 0,05). Os níveis de colesterol nos hamsteres não infectados tratados com ciprofibrato reduziram (53,5 mg/dL) em comparação aos infectados não tratados (93,0 mg/dL) (p <= 0,05). Já naqueles que foram infectados e tratados com ciprofibrato, constatamos redução de colesterol (53,5 mg/dL) quando comparados aos infectados não tratados (p <= 0,05). Os níveis de HDL não aumentaram com ciprofibrato e foram similares entre os hamsteres infectados não tratados e os controles não tratados. A carga parasitária no baço e no fígado não foi reduzida com ciprofibrato. Na leishmaniose visceral em hamster ocorrem alterações do metabolismo lipídico com aumento de triglicérides e redução da expressão da mRNA de LPL e CETP. O tratamento com ciprofibrato foi eficaz no controle das alterações de níveis de lipoproteínas. / In the active phase of visceral leishmaniasis (VL) changes occur in lipoprotein me-tabolism with reduction in HDL and increase in triglyceride (TG) levels. From these data, in this project we focused these changes during the progression of the infection and we approached some elements as their underlying factors. Since these changes may result from the reduction of the activity and the expression of the lipoprotein lipase (LPL), of the peroxisome proliferator-activated receptor alpha (PPAR?) and of the cholesteryl ester transfer protein (CETP), their expression were evaluated during VL progression in hamster. In 2 x 107 L. (L.) infantum amastigote-infected hamsters we observed an increase in the triglycerides in hamsters with 55 days (median = 294.0 mg/dL) and 90 days (303.0 mg/dL) of infection compared with controls of 55 days (119.0 mg/dL) and of 90 days (117.0 mg/dL) (p <= 0.05). The total cholesterol and the HDL levels did not present significant differences between control and in-fected groups at 30, 55 and 90 days of infection. The expression of mRNA of the PPAR in the liver with 55 and 90 days of infection tended to be reduced in infected animals. However the relative expression (CT) of CETP in the liver of hamsters with 55 days of infection was signicantly reduced in infected (0.08) compared with control animals (1.69) (p <= 0.05). The relative expression (CT) of LPL in the heart of hamsters with 90 days of infection was also reduced (1.43) in relation to controls (2.61) (p <= 0.05). There are data in the literature suggesting the importance of lipids for the development of amastigotes in vertebrate host and it is possible that the changes in the lipoprotein levels contribute for the infection progression. Therefore, we evaluated in this study the effect of the lipid-lowering drug ciprofibrate in the control of parasitism in VL in the hamster, knowing that ciprofibrate acts increasing the expression of the PPAR? and of the LPL production and activity. The treatment with ciprofibrate in infected hamsters at 55 days lead to the reduction of triglyceride level (123.0 mg/dL) in relation to non-treated infected animals (294.0 g/dL) (p <= 0.05). Further the triglyceride levels in the non-treated infected animals were in-creased when compared with untreated controls (119.0 mg/dL) (p <= 0.05). There was also reduction of triglyceride in ciprofibrate treated-non infected animals (89.0 mg/dL) compared with non-treated infected animals (p <= 0.05). The cholesterol lev-els were reduced in the ciprofibrate-treated non-infected hamsters (53.5 mg/dL) in comparison to the non-treated infected ones (93.0 mg/dL) (p <= 0.05). In the ciprofibrate-treated infected ones we found a reduction of cholesterol level (53.5 mg/dL) when compared with non treated infected animals (p <= 0.05). The HDL lev-els did not increase with ciprofibrate and they were similar between the non-treated infected hamsters and non-treated controls. The parasite load in the spleen and liver were not reduced with ciprofibrate. In the visceral leishmaniasis in hamster changes occur in the lipid metabolism with increase in the triglyceride level and the reduction of expression of mRNA of LPL and CETP. The treatment with ciprofibrate was ef-fective in the control of changes in the lipoprotein levels.
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Estudo dos genes codificadores de citocinas implicadas na modulação da leishmaniose tegumentar americana e correlação com os achados clínico-laboratoriais da doença / Study of genes encoding cytokines involved in the modulation of American cutaneous leishmaniasis and correlation with the clinical-laboratory findings of the disease

Daise Damaris Carnietto de Hippolito 31 August 2017 (has links)
A resposta imune desencadeada em pacientes com leishmaniose tegumentar Americana (LTA) é predominantemente celular. Assim, o estudo dos mecanismos imunológicos responsáveis pela formação, progressão e cura desta infecção é de grande importância, considerando a deformação que ela pode causar em indivíduos infectados. Este estudo investigou a expressão de mRNA de IFN-?, IL-10, IL-27, TNF-?, TGF-? e IL-6 em 40 biopsias de parafina (FFPE) fixadas em formalina de pacientes com diagnóstico clínico e laboratorial para LTA. Um grupo de 10 biópsias FFPE coletadas de pacientes com diagnóstico clínico de leishmaniose mucosa (LM) foi utilizado para o controle da evolução da infecção. Inicialmente, foi padronizado a extração de RNA, a síntese de cDNA e a escolha do gene endógeno em 9 biopsias frescas e 8 FFPE. Após essas padronizações, as moléculas de RNA de fragmentos de biopsias parafinadas, foram extraídas com kit específico, tratadas com DNase, quantificadas por fluorimetria e sintetizadas para cDNA. A expressão relativa de cada citocina foi determinada (em duplicata) por PCR em tempo real. As reações foram normalizadas frente ao padrão de expressão do gene endógeno GAPDH, que foi previamente padronizado. O padrão de expressão de cada gene alvo foram determinados segundo a fórmula do \"CT comparativo\" (2-??CT), na qual calcula-se quantas vezes mais ocorre a expressão do gene alvo em relação a indivíduos normais. Também incluído nesse estudo 5 amostras de biopsia de pele de indivíduos normais (grupo IV). Os resultados foram expressos em média de quantificação relativa, a análise estatística foi realizada utilizando foi determinada por Teste t não pareado e teste F para comparação de variâncias, onde três grupos de pacientes foram formados. Grupo I, 35 pacientes com LTA, cuja expressão relativa de IFN-? foi inferior a 100. Grupo II, 5 pacientes com LTA cuja expressão relativa de IFN-? foi superior a 100. Grupo III, 10 pacientes com leishmaniose mucosa. Os níveis de expressão para IFN-? foram 33,34; 214,1 e 129,6 vezes maiores para os Grupos I, II e III, respectivamente do que as amostras do controle normal. Para o TNF-? foram 11,22; 2,37 e 4,59 vezes superiores ao normal nos Grupos I, II e III, respectivamente. Para IL-10 foram 5,14; 11,54 e 2,51 vezes superiores aos valores normais nos Grupos I, II e III, respectivamente. Para IL-27 foram 15,81; 85,29 e 17,29 vezes superiores ao normal nos Grupos I, II e III, respectivamente. Para o TGF-? foram 5,38; 4,33 e 4,72 vezes superiores ao normal nos Grupos I, II e III, respectivamente. Para a IL-6 foram 5,92; 5,69 e 2,09 vezes superiores aos valores normais nos Grupos I, II e III, respectivamente. Estes resultados foram semelhantes a resultados de estudos que analisam a expressão de citocinas já sintetizadas. No geral, os resultados de expressão gênica das citocinas estudadas sugerem que a exacerbação da resposta imune do perfil Th1 (IFN-?) poderia levar ao surgimento de lesões mais graves nos pacientes dos Grupos II e III. Os níveis elevados de mRNA de IL-10, observado nos pacientes do Grupo II podem promover baixa ativação macrofágica, colaborando com a replicação do parasita e assim culminar com a progressão da doença. A expressão de mRNA de IL-27 não interferiu na expressão de mRNA de IFN-? nas células dos pacientes com leishmaiose tegumentar ou leishmaniose mucocutânea. Em conclusão, estes resultados podem sugerir que os pacientes do Grupo II podem desenvolver formas mais graves de LTA quando comparados aos do Grupo I. / The immune response triggered in patients with American cutaneous leishmaniasis (ACL) is predominantly cellular. Thus, the study of the immunological mechanisms responsible for the formation, progression and cure of this infection is of great importance, considering the deformation that it can cause in infected individuals. This study investigated the expression of IFN-?, IL-10, IL-27, TNF-?, TGF-? and IL-6 mRNA in 40 formalin-fixed paraffin-embedded paraffin biopsies (FFPE) from patients with clinical and laboratory diagnosis for LTA. A group of 10 FFPE biopsies collected from patients with clinical diagnosis of mucosal leishmaniasis (MCL) was used to control the evolution of the infection. Initially, RNA extraction, cDNA synthesis and the choice of the endogenous gene were standardized in 9 fresh biopsies and 8 FFPE. After these standardizations, the RNA molecules of fragments of paraffin-shaped biopsies were extracted with a specific kit, treated with DNase, quantified by fluorimetry and synthesized for cDNA. The relative expression of each cytokine was determined (in duplicate) by real-time PCR. Reactions were normalized against the expression pattern of the endogenous GAPDH gene, which was previously standardized. The expression pattern results for each target gene were determined by the \"comparative CT\" (2-??CT) formula, in which it is calculated how many times more the expression of the target gene occurs in relation to normal individuals. Also included in this study 5 skin biopsy samples from normal subjects (group IV). The results were expressed as mean relative quantification, statistical analysis was performed using was determined by unpaired t test and F test for comparison of variances, where three groups of patients were formed. Group I, 35 patients with ACL, whose relative expression of IFN-? was less than 100. Group II, 5 patients with ACL whose relative expression of IFN-? was greater than 100. Group III, 10 patients with mucosal leishmaniasis. The expression levels for IFN-? were 33,34; 214,1 and 129,6 times higher for Groups I, II and III, respectively than the samples from the normal control. For TNF-? were 11,22; 2,37 and 4,59 times higher than normal in Groups I, II and III, respectively. For IL-10 were 5,14; 11,54 and 2,51 times higher than the normal values in Groups I, II and III, respectively. For IL-27, 15,81; 85,29 and 17,29 times higher than normal in Groups I, II and III, respectively. For TGF-? were 5,38; 4,33 and 4,72 times higher than normal in Groups I, II and III, respectively. For IL-6 were 5,92; 5,69 and 2,09 times higher than the normal values in Groups I, II and III, respectively. These results were similar to the results of studies that analyze the expression of cytokines already synthesized. In general, the gene expression results of the cytokines studied suggest that the exacerbation of the Th1 profile (IFN-?) immune response could lead to more serious lesions in patients in Groups II and III. Elevated levels of IL-10 mRNA observed in Group II patients may promote low macrophage activation, assisting in the replication of the parasite and thus culminating in the progression of the disease. Expression of IL-27 mRNA did not interfere in the expression of IFN-? mRNA in the cells of patients with tegumentary leishmaiosis or mucocutaneous leishmaniasis. In conclusion, these results may suggest that patients in Group II may develop more severe forms of ACL when compared to those in Group I.
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Análise transcricional do operon pst de Escherichia coli. / Transcriptional analisys of pst operon Escherichia coli.

Aguena, Meire 27 November 2007 (has links)
O operon pst de Escherichia coli é formado pelos genes pstS, pstC, pstA, pstB e phoU. Os quatro primeiros genes codificam proteínas que compõem um sistema de transporte do tipo ABC denominado Pst. O sistema Pst, junto com a proteína PhoU participa da repressão dos genes do regulon PHO. A transcrição dos genes do operon pst é induzida pela carência de fosfato inorgânico (Pi). Neste trabalho, o padrão de transcrição do operon pst foi analisado. A existência de um transcrito primário instável foi comprovada através de uma nova técnica de RT-PCR. O papel da RNase E na degradação do mRNA de pst foi demonstrado. A análise das seqüências intergênicas do operon revelou a importância da seqüência REP (Repetitive Extragenic Palindrome) localizada na região intergênica entre pstS e pstC na estabilização da mensagem de pstS. As seqüências localizadas a 5\' dos genes pstC, pstB e phoU também foram analisadas e demonstraram uma atividade promotora fraca, que resulta na síntese de transcritos dos genes distais de pst. / The pst operon of Escherichia coli consists of the genes pstS, pstC, pstA, pstB and phoU. The four proximal genes of the operon encode the proteins of the ABC-type Pi phosphate (Pi) transporter Pst.The Pst system, together with the PhoU protein, also acts as a negative regulator of the PHO regulon. Transcription of the pst genes is induced by Pi starvation. The present study describes the transcription pattern of the pst operon. The existence of an unstable primary transcript was confirmed by using an improved RT-PCR protocol. The role of RNase E in pst transcript decay was demonstrated.Analysis of the operon intergenic regions revealed the role of a REP sequence (Repetitive Extragenic Palindrome) located between pstS and pstC in pst mRNA stability. The regions upstream of pstC, pstB and phoU displayed promoter activity. Transcription from these internal promoters resulted in a small amount of mRNAs corresponding to the pst distal genes.
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Expressão de mRNA e autofosforilação do receptor de IGF-I (insulin-like growth factor I) em miométrio e mioma humano

Chaves, Eunice Beatriz Martin January 2002 (has links)
Resumo não disponível.
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Estudo da expressão de mRNA, síntese e liberação de GIP e GLP-1 no jejuno de indivíduos obesos grau III, diabéticos e não diabéticos, sua modulação por ácidos graxos monoinsaturados e envolvimento de marcadores inflamatórios

Rohden, Francieli January 2015 (has links)
A obesidade juntamente com suas comorbidades vem aumentando em números assustadores. A cirurgia bariátrica associada com a qualidade dos alimentos consumidos é a mais eficaz opção para o tratamento da obesidade e as suas complicações, especialmente o diabetes tipo 2. O excesso de tecido adiposo pode desencadear uma inflamação crônica e sistêmica, ocasionando disfunção dos tecidos, entre eles o mesentérico, responsável por alojar diversas células secretoras de fatores que influenciam no metabolismo da glicose. Objetivos: O objetivo deste estudo foi investigar a expressão do RNA mensageiro (mRNA) de proglucagon, peptídeo insulinotrófico dependente de glicose (GIP), prohormônio convertase 1/3 (PC1/3), e dipeptidil peptidase-IV (DPP-IV) em células jejuno de obesos mórbidos (OB) não diabéticos do tipo 2 diabetes (NDM2) e diabéticos tipo 2 (DM2), para determinar a base molecular da secreção das incretinas após a cirurgia bariátrica. Além disso, objetivamos avaliar os efeitos in vitro de MUFAs sobre a expressão do mRNA, imunoconteúdo e secreção de incretinas, bem como a relação entre a expressão de PPAR-γ e NF-kB em células intestinais de pacientes obesos submetidos a cirurgia bariátrica. E com objetivo de identificar um biomarcador para DM2, dosamos níveis de S100B sanguíneo em indivíduos não obesos (NOB) NDM2 ou DM2, OB NDM2 ou DM2. Métodos: As amostras de mucosa do jejuno foram obtidas dos pacientes OB submetidos à cirurgia bariátrica. Pacientes NDM2: retirada de uma secção do jejuno a 60 centímetros distais ao ligamento de Treitz; e DM2: remoção de uma secção do jejuno a cerca de 100 cm distais ao ligamento de Treitz. A mucosa do jejuno foi analisada com ou sem tratamento com ácidos graxos oléico, elaidico ou vaccenico (50 μM). O RNA total foi extraído usando Trizol. Foi realizada a quantificação por PCR em tempo real (RT-qPCR). As amostras foram sequenciadas para PC1/3 pela ACTGene Análises Moleculares Ltda. O imunoconteúdo de GIP e de peptídeo semelhante a glucagon-1 (GLP-1) foi quantificado em microscópio de fluorescência. A secreção de GIP, GLP-1 e S100B foi quantificada pela técnica de ELISA, utilizando KIT específico. Resultados: DM2 apresentaram diminuição na expressão PC1 / 3 mRNA (primer a, p = 0,014; primer b, p = 0,048). 36,5% não transcreveram o mRNA de PC1/3. NDM2 e indivíduos DM2 não mostraram significativa diferença na expressão do mRNA de proglucagon, GIP e DPP-IV. O imunoconteúdo de GLP-1 e GIP se encontraram diminuído em DM2, mas incubação com alta concentração de glicose estimulou esses depósitos. Nas incubações, ácido vaccênico estimulou a expressão de mRNA de GIP e proglucagon no jejuno de obesos NDM2 (p = 0,041; p= 0,041 respectivamente) e proglucagon em DM2 (p = 0,02). O ácido oléico regulou negativamente a expressão de mRNA de DPP-IV em obesos NDM2 (p = 0,045). Vaccênico aumentou significativamente o imuno conteúdo de GLP-1, mas não aumentou a sua secreção. Expressão basal de mRNA do PPAR-γ foi baixa no jejuno dos OB DM2 e não foi modulada após tratamento com os ácidos graxos. DM2 apresentou aumento da relação de NF-kB/ PPAR-γ no jejuno. S100B se mostrou elevada nos pacientes NOB e OB DM2, comparando com os outros grupos. Conclusões: Os resultados sugerem que a bioativação de pro-GIP e proglucagon poderia estar prejudicada pela baixa expressão do mRNA de PC1/3 em células do jejuno de pacientes OB DM2. No entanto, após a cirurgia, altas concentrações de glicose nesta região do jejuno podem ativar este sistema. Os DM2 apresentaram um estado próinflamatório no jejuno indicado pelo aumento da razão NF-kB/ PPAR-γ. Este efeito foi aumentado após tratamento com ácido vaccênico. Também este ácido graxo aumentou a quantidade intracelular de GLP-1, mas não estimulou a sua secreção. Diante dos resultados, sugerimos que a S100B seja mais investigada como um biomarcador para DM2. / Obesity along with its comorbidities is increasing in alarming numbers. Bariatric surgery associated with the quality of food consumed is the most effective option for the treatment of obesity and complications thereof, especially diabetes type 2. Excess adipose tissue may trigger a chronic and systemic inflammation, causing dysfunction of tissues, including they mesenteric, responsible for housing various cells secreting factors that influence the metabolism of glucose. Objectives: The aim of this study was to investigate the expression of messenger RNA (mRNA) of proglucagon, glucose-dependent insulinotrófico peptide (GIP), prohormone convertase 1/3 (PC1/3), and dipeptidyl peptidase-IV (DPP-IV) in jejunal cells morbidly obese (OB) non-diabetic type 2 (NDM2) and type 2 diabetes (DM2), to determine the molecular basis of secretion of incretins after bariatric surgery. Furthermore, we aimed to assess the in vitro effects of MUFA of mRNA expression, and secretion of incretins immunocontent as well as the relationship between the expression of PPAR-γ and NF-kB in intestinal cells of obese patients undergoing bariatric surgery. And in order to identify a biomarker for DM2, dosamos blood levels of S100B in non-obese individuals (NOB) NDM2 or DM2, OB NDM2 or DM2. Methods: The mucosa of the jejunum samples were obtained from patients undergoing bariatric surgery OB. Patients NDM2: removal of a section of the jejunum 60 cm distal to the ligament of Treitz; and DM2: removing a section of the jejunum approximately 100 cm distal to the ligament of Treitz. The jejunum was examined with or without treatment with fatty acids oleic, elaidic and vaccenic (50 mM). Total RNA was extracted using Trizol. Quantification by real time PCR was carried out (RT-qPCR). The samples were sequenced for PC1/3 by ACTGene Analysis Molecular Ltda. The immunocontent GIP and glucagon-like peptide-1 (GLP-1) was quantified with a fluorescence microscope. The secretion of GIP, GLP-1 and S100B was quantified by ELISA using specific KIT. Results: DM2 showed a decrease in PC1/3 mRNA expression (primer a, p = 0.014; primer b, p = 0.048). 36.5% did not transcribed mRNA PC1/3. NDM2 and DM2 subjects showed no significant difference in the expression of proglucagon mRNA, GIP and DPP-IV. The immunocontent GLP-1 and GIP met decreased in DM2, but incubation with high glucose stimulated these deposits. All incubations vaccenic acid stimulated GIP and proglucagon mRNA expression in jejunum NDM2 obese (p = 0.041; p = 0.041 respectively) in proglucagon and DM2 (p = 0.02). Oleic acid negatively regulated DPP-IV expression of mRNA in obese NDM2 (p = 0.045). Vaccenic significantly increased immune content of GLP-1, but did not increase secretion. Basal expression of PPAR-γ mRNA was low in the jejunum of B DM2 and is not modulated after treatment with fatty acids. DM2 presented an increase in NF-kB / PPAR-γ in the jejunum. S100B showed high NOB and OB DM2 patient compared to the other groups. Conclusions: The results suggest that the bioactivation of proproglucagon and GIP could be hampered by the low mRNA expression of PC1/3 cells in the jejunum of ob T2DM patients. However, after surgery, glucose concentrations this high jejunal region can activate this system. The DM2 showed a pro-inflammatory state in the jejunum indicated by increased reason NF-kB/PPAR-γ. This effect was increased after treatment with vaccenic acid. Also this fatty acid increased the intracellular amount of GLP-1, but did not stimulate secretion. Therefore, the results suggest that S100B is further investigated as a biomarker for DM2.

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