Orientador: Luzia Helena Queiroz da Silva / Banca: Wagner André Pedro / Banca: Wilson Uieda / Resumo: A riqueza de espécies da fauna de morcegos e a ocorrência de vírus rábico foram avaliadas em área urbana (municípios da região de Araçatuba) e florestal (fragmento localizado no município de Valparaíso-SP), ambos localizados na região noroeste do Estado de São Paulo. Os morcegos da área urbana foram recebidos diretamente no laboratório de diagnóstico de raiva da UNESP - Campus de Araçatuba no período de 2006 a 2007. Morcegos da área florestal foram capturados mensalmente, no período de um ano de coletas em 2007, resultando em uma baixa diversidade de espécies. As amostras das duas áreas foram submetidas ao exame de diagnóstico de raiva, por meio das técnicas de imunofluorescência direta (IDF) e inoculação intracerebral em camundongos. Foram analisados 968 morcegos pertencentes a quatro famílias, Phyllostomidae, Noctilionidae, Molossidae e Vespertilionidae. Os morcegos observados em ambas as áreas no período de 2007 resultaram em uma similaridade na composição das espécies representada pela família Phyllostomidae. Morcegos da família Molossidae foram registrados na sua maioria em áreas urbanas, observando-se somente uma espécie no fragmento Florestal. A taxa de positividade na área urbana no período de 2006 a 2007 foi de 0,72%, inferior à média registrada em estudos anteriores, sendo os casos positivos em morcegos de hábito alimentar frugívoro e insetívoro. Todos os morcegos da área florestal foram negativos para o diagnóstico da raiva. O estudo pode contribuir para o conhecimento da diversidade de morcegos e a epidemiologia da raiva na região. / Abstract: The species richness of bat fauna and the ocurrence of rabies virus were studied in urban (municipal districts from Araçatuba region) and natural (forest fragment in Valparaiso town) environments, both located in the Northwestern Sao Paulo State. Bats from the natural forest were collected with mist nets in four different areas: forest, boarding areas, natural clearings in the woods and areas close to water and food sources. Urban samples were composed by bats, sent to UNESP Rabies Laboratory, for rabies virus research by fluorescent antibody test (FAT) and mouse inoculation test (MIT). A total of 968 bats belonging to four families, Phyllostomidae, Noctilionidae, Molossidae e Vespertilionidae, were analyzed. The results obtained from both areas showed a closed similarity in the composition of species and some particularities in the distribution of species according to trophic guilds in bats from Phyllostomidae family. Most of bats from the Molossidade family were recorded in urban areas, with only one species in the forest fragment. Considering all samples, 0,72% was rabies positive, a lower index compared to the mean index registered in the last years. All the positive cases occurred in frugivorous and insectivorous bats. This study was important to improve the knowlegment of bat diversity and rabies epidemiology in this specific region. / Mestre

CAPES / A demanda dos consumidores, incentiva o desenvolvimento de novos produtos pelas organizações, incluindo elevação dos níveis de qualidade, preço e prazo compatíveis com o mercado. Buscando desenvolver um hidrofóbico funcional, de fácil produção e aplicação, elaborou-se uma composição polimérica capaz de gerar um filme transparente utilizando o polímero poli (cloreto de vinila), cera de parafina e nitrobenzeno. O comportamento do produto desenvolvido é comparado com produtos comerciais de maior aceitação e vendas no mercado nacional, segundo reportagem de junho de 2010, da revista Quatro Rodas, sendo eles: Water off e Waterlux. O produto que apresentou maior ângulo de contato entre o líquido e o substrato foi o desenvolvido: 102º, seguido pelo Water off: 84º e depois o Waterlux:65º. Para iniciar o rolamento da gota, o vidro com produto desenvolvido necessita ser inclinado 7º, o Water off: 6º e o Waterlux:10º. Através da caracterização por microscopia de força atômica (FEG-SEM) observou-se a formação de irregularidades nas microestruturas, sendo que, o material desenvolvido apresentou um maior número delas, justificando assim a redução na molhabilidade das gotas e eficiência no deslizamento das mesmas. Constatou-se que o filme produzido manteve a espessura uniforme durante toda extenção aplicada do vidro, e sua efetiva adesão ao substrato contribuiu para a durabilidade do filme sobre o substrato. A composição do material desenvolvido contendo apenas materiais apolares impede a solubilização do filme pelas gotas de água polares garantindo a eficiência e durabilidade da aplicação. / Consumer demand, encourages the development of new products by organizations, including elevated levels of quality, price and time compatible with the market. Seeking to develop a functional water-repellent, easy production and application, we elaborated a polymer composition capable of generating a transparent film using poly (vinyl chloride), paraffin wax and nitrobenzene. The developed product behavior is compared to commercial products of greater acceptance and sales in the domestic market, according to a report of June 2010, the magazine Quatro Rodas, as follows: Water off and Waterlux. The product with the highest contact angle between the liquid and the substrate was developed: 102º, followed by Water off: 84º and then the Waterlux: 65º. To start rolling drop, the glass product developed needs to be tilted 7º, the Water off: 6º and the Waterlux: 10º. Through the characterization by atomic force microscopic (FEG-SEM) observed the formation of irregularities in the microstructures, and the material developed had a greater number of them, thus justifying the reduction in wetting drops and efficiency in sliding of the same. It was found that the film produced remained uniform thickness throughout extension applied glass, and its effective adhesion to the substrate contributed to the durability of the film on the substrate. The composition of the developed material nonpolar materials containing only prevents the solubilization of the film by water droplets polar ensuring efficiency and durability application.

CAPES / A demanda dos consumidores, incentiva o desenvolvimento de novos produtos pelas organizações, incluindo elevação dos níveis de qualidade, preço e prazo compatíveis com o mercado. Buscando desenvolver um hidrofóbico funcional, de fácil produção e aplicação, elaborou-se uma composição polimérica capaz de gerar um filme transparente utilizando o polímero poli (cloreto de vinila), cera de parafina e nitrobenzeno. O comportamento do produto desenvolvido é comparado com produtos comerciais de maior aceitação e vendas no mercado nacional, segundo reportagem de junho de 2010, da revista Quatro Rodas, sendo eles: Water off e Waterlux. O produto que apresentou maior ângulo de contato entre o líquido e o substrato foi o desenvolvido: 102º, seguido pelo Water off: 84º e depois o Waterlux:65º. Para iniciar o rolamento da gota, o vidro com produto desenvolvido necessita ser inclinado 7º, o Water off: 6º e o Waterlux:10º. Através da caracterização por microscopia de força atômica (FEG-SEM) observou-se a formação de irregularidades nas microestruturas, sendo que, o material desenvolvido apresentou um maior número delas, justificando assim a redução na molhabilidade das gotas e eficiência no deslizamento das mesmas. Constatou-se que o filme produzido manteve a espessura uniforme durante toda extenção aplicada do vidro, e sua efetiva adesão ao substrato contribuiu para a durabilidade do filme sobre o substrato. A composição do material desenvolvido contendo apenas materiais apolares impede a solubilização do filme pelas gotas de água polares garantindo a eficiência e durabilidade da aplicação. / Consumer demand, encourages the development of new products by organizations, including elevated levels of quality, price and time compatible with the market. Seeking to develop a functional water-repellent, easy production and application, we elaborated a polymer composition capable of generating a transparent film using poly (vinyl chloride), paraffin wax and nitrobenzene. The developed product behavior is compared to commercial products of greater acceptance and sales in the domestic market, according to a report of June 2010, the magazine Quatro Rodas, as follows: Water off and Waterlux. The product with the highest contact angle between the liquid and the substrate was developed: 102º, followed by Water off: 84º and then the Waterlux: 65º. To start rolling drop, the glass product developed needs to be tilted 7º, the Water off: 6º and the Waterlux: 10º. Through the characterization by atomic force microscopic (FEG-SEM) observed the formation of irregularities in the microstructures, and the material developed had a greater number of them, thus justifying the reduction in wetting drops and efficiency in sliding of the same. It was found that the film produced remained uniform thickness throughout extension applied glass, and its effective adhesion to the substrate contributed to the durability of the film on the substrate. The composition of the developed material nonpolar materials containing only prevents the solubilization of the film by water droplets polar ensuring efficiency and durability application.

O comportamento biológico de uma amostra de vírus recém-isolada de eqüino (M82-02), procedente de uma região próxima de São Paulo, foi estudado em camundongos, inoculados pelas vias intracerebral e intramuscular, avaliando-se as características relacionadas com a infectividade, patogenicidade, período de incubação, período do curso clínico e capacidade invasiva do vírus para outros tecidos não-nervosos. A amostra, com uma passagem em cérebro de camundongos, foi tipificada antigenicamente, utilizando um conjunto de anticorpos monoclonais (MABs), desenvolvido pela \"Canadian Food and Inspection Agency\", de Ottawa, Canadá, correspondendo ao perfil de morcego hematófago Desmodus rotundus. Após ser submetida à extração do material genético, a amostra foi caracterizada geneticamente no \"National Institute of Infectious Diseases\", de Tóquio, Japão, confirmando pertencer ao genótipo 1 do gênero Lyssavirus, com característica próxima a do \"Vampire -bat related virus-VRRV\", comuns entre as amostras brasileiras isoladas de herbívoros e morcegos hematófagos. As sucessivas passagens da amostra em camundongos, por via intracerebral e intramuscular, provocaram ligeiro aumento no título do vírus e estabilização do período de incubação, quando então foi utilizado como antígeno para a prova de soroneutralização, para avaliar o comportamento deste vírus frente aos soros de eqüinos vacinados com uma vacina comercial de vírus PV inativado. Os soros de eqüinos vacinados foram titulados em paralelo com o antígeno viral constituído de vírus CVS. Com o uso da amostra M82-02 como antígeno para a prova de soroneutralização não foi possível demonstrar diferença significativa, quando comparado com o antígeno fixo de vírus CVS, no entanto, alguns soros de eqüinos vacinados foram encontrados com níveis de anticorpos acima de 0,5UI/mL. Pela prova de imunofluorescência direta (IFD), a presença do antígeno do vírus da raiva foi evidenciada no pulmão e nos rins de animais inoculados por via IM, notadamente nos materiais de passagem mais elevada. No teste de avaliação da vacina comercial, pelo método do CDC de Atlanta, o resultado do desafio com a amostra M82-02 foi inferior ao do vírus fixo CVS, no entanto, este método ainda necessita ser melhorado para sua utilização na rotina. / The biologic behavior of a rabies virus recently isolated from an equine raised at a region neighbor to São Paulo, Southeast Brazil, the isolate M82-02, was studied in mice by inoculating through intracerebral and intramuscular route, for evaluation of characteristics related to its infectivity, pathogenicity, incubation period and course of clinical illness and also the virus capacity to invade other non-nervous tissues. The first intracerebrally passaged mouse brain was submitted for antigenic typing by using a set of monoclonal antibodies (MABs) prepared at the Canadian Food and Inspection Agency, Ottawa, Canada, and it was found to be a variant of vampire-bat related rabies virus. After extraction of genetic material, the sample was characterized genetically at the National Institute of Infectious Diseases, Tokyo, Japan, ant the isolate belonged to genotype 1 of the Lyssavirus gene, closely related to the Vampire-bat related virus group-VRRV, common among the Brazilian rabies virus isolates from herbivores and vampire bat Desmodus rotundus. The successive intracerebral and intramuscular passages in mice provoked a slight increase in the virus titer, and the stabilization of the incubation period. In its 10th passage, the isolate was used as the antigen in mouse serum neutralization test, for the assessment of equine sera which had been vaccinated with a commercial PV rabies inactivated virus vaccine, the equine sera were tested in parallel with the CVS strain and some sera were found with neutralizing titer >0.5 IU/mL. Using the isolate M82-02 of rabies virus as an antigen in the neutralization test, no significant difference could be detected, when the results were compared to that of the CVS strain. By means of direct fluorescent antibody (dFA) test, the presence of rabies virus antigen was detected in tissues of brain, lung and kidneys of mice inoculated by intramuscular route, especially in serially passaged materials. The CDC-potency test for evaluation of a commercial vaccine using the field isolate M82-02 as a challenge virus showed a poorer result than the challenge with the fixed CVS strain, however, this method needs further modifications for the routine use.

Com o controle da raiva nos cães do Estado de São Paulo nos últimos 20 anos, a raiva em animais silvestres, sobretudo nos quirópteros, assume crescente importância, visto que, atualmente, estes são os principais reservatórios para a raiva neste Estado. Apesar dos morcegos manterem ciclos epidemiológicos da raiva há centenas de anos, somente a partir da década de 50 a raiva em morcegos insetívoros foi reconhecida como um problema de saúde publica. Desde então foram feitos muitos avanços na compreensão da raiva nestes animais. Atualmente, o vírus da raiva (RABV) já foi detectado em 37 espécies de morcegos brasileiros, tendo sido determinadas quatro linhagens genéticas específicas associadas a quatros gênero/espécies destes morcegos, três destas exclusivas de morcegos insetívoros. Entretanto, apesar da importância da raiva em morcegos insetívoros, estudos voltados a um conhecimento mais amplo das implicações da diversidade de amostras de RABV detectadas nos mesmos aplicados à Epidemiologia Molecular são escassos. Assim, a presente investigação teve por objetivos estabelecer genealogias para amostras de RABV isoladas de diversas espécies de morcegos insetívoros do Estado de São Paulo a partir de seqüências parciais dos genes N (40 amostras) e G (45 amostras), avaliar a existência de linhagens gênero-específicas do RABV e determinar os marcadores moleculares para sua diferenciação. Foram encontradas linhagens específicas de RABV para os gêneros Myotis, Epitesicus e Nyctinomops e três prováveis linhagens circulantes nos gêneros Tadarida, Histiotus e Lasiurus. Além disso, esta pesquisa revelou marcadores moleculares de aminoácidos específicos para os gêneros Myotis, Eptesicus e Nyctinomops, contribuindo para um melhor entendimento da epidemiologia molecular da Raiva e da relação entre o RABV e gêneros diversos de quirópteros. / As a result of the control of canine rabies in São Paulo State in the last 20 years, rabies in wild animals, mainly in bats, has assumed an increasing importance as the last are currently the most important rabies reservoirs in this State. Despite the fact that bats have maintained epidemiological cycles of rabies for centuries, only in the 50s rabies in insectivorous bats was recognized as a threat for Public Health and several advances have been achieved since then for the comprehension of rabies in these animals. Rabies virus (RABV) has already been detected in 37 species of Brazilian bats and four specific genetic lineages associated to four genera/ species of bats have been determined, three of these exclusive to insectivorous bats. Nonetheless, despite the importance of insectivorous bats rabies, studies on a more comprehensive knowledge on the implications of the diversity of RABV strains detected on these are scarce. Thus, the present investigation aimed to establish genealogies for RABV strains isolated from diverse species from insectivorous bats from São Paulo State based on partial N (40 strains) and G (45 strains ) genes, assess the existence of genus-specific lineages of RABV and to determine molecular markers for its differentiation. Specific RABV lineages where found for the genera Myotis, Epitesicus and Nyctinomops and three other probable lineages circulating in the genera Tadarida, Histiotus and Lasiurus where found as well. Furthermore, this investigation revealed amino acids molecular markers for the genera Myotis, Eptesicus and Nyctinomops, contributing to a better understanding of rabies molecular epidemiology and the relationship amongst RABV and diverse genera of bats.

A raiva é uma zoonose que afeta o sistema nervoso central, de evolução aguda e fatal, mantida em mamíferos e conhecida há milênios. Presente na América, Europa, África e Ásia, tem como agente etiológico o vírus da raiva (RABV), um vírus RNA neurotrópico, pertencente à ordem Mononegavirales, família Rhabdoviridae, gênero Lyssavirus., o qual é composto por quatorze espécies. Entre os Lyssavirus, o RABV é o mais amplamente distribuído mundialmente e tem maior importância epidemiológica dada sua associação com um maior número de casos de encefalite por Lyssavirus em humanos em relação às outras espécies. São admitidos dois ciclos de transmissão para a raiva, o ciclo urbano e o ciclo silvestre. O ciclo urbano ou terrestre tem o cão como principal reservatório e transmissor do vírus para outros cães, outros animais domésticos e para o homem, enquanto o ciclo silvestre ou aéreo é mantido por diferentes mamíferos silvestres e quirópteros. A origem comum dos dois ciclos do RABV á partir de um RABV ou Lyssavirus ancestral e a divergência adaptativa ocorrida desde então, causada pela adaptação de tal vírus em paisagens adaptativas tão variadas e distintas representadas pelas ordens Carnivora e Chiroptera, levaram ao surgimento das diversas linhagens encontradas nos ciclos terrestre e aéreo. Sendo assim, com o objetivo de se estudar as diferenças geradas nos RABV dos ciclos aéreo e terrestres devido a sua evolução em paralelo nestas duas ordens foram analisadas 159 sequências genômicas do RABV (59 do ciclo terrestre e 100 do ciclo aéreo), sendo que 21 destas sequências foram obtidas neste estudo e representam oito linhagens de RABV existentes no Brasil e cinco destas linhagens de RABV tiveram seus genomas sequenciados pela primeira vez. Foram analisados aspectos como as diferentes taxas de substituição de nucleotídeos por sítios (heterotaquia) entre os mesmos genes do RABV mantidos no ciclo aéreo e terrestre, análise do melhor gene para a realização de estudo filogenéticos confiáveis para o RABV, tempo de divergência entre os ciclos, padrões de variabilidade genética e vieses quanto ao uso preferencial de códons em cada ciclo. Como resultado, concluí-se que a divergência adaptativa ocorrida entre os dois ciclos do RABV fez com que alguns aspectos evolutivos de seu genoma apresentem padrões diferentes de acordo com o ciclo do RABV analisado. / Rabies is a zoonosis that affects the central nervous system, showing an acute and fatal evolution, occurring in mammals and known for millennia. Present in America, Europe, Africa and Asia, its etiological agent is Rabies virus (RABV), a neurotropic RNA virus in the order Mononegavirales, family Rhabdoviridae, genus Lyssavirus, composed by fourteen species. Amongst the lyssaviruses, RABV is the most widely spread worldwide and has a higher epidemiological importance due to its association to a higher number of cases of encephalitis. Two cycles are accepted for rabies transmission, the urban and the wild ones. In the urban (or terrestrial) cycle, dogs are the main reservoirs and transmitters of the virus to other dogs, other domestic animals and to humans, while in the wild (or aerial) cycle bats are the reservoirs. The common origin of both cycles from an ancestor RABV or lyssavirus and the adaptive divergence that occurred since then, caused by the adaptation of this ancestor virus to a wide range of adaptive landscapes represented by the orders Carnivora and Chiroptera led to the emergence of diverse RABV lineages currently found in the aerial and terrestrial cycles. Thus, aiming to study differences found in RABV lineages from the aerial and terrestrial cycles due to their parallel evolution in these two orders, 159 genomic sequences of RABV (59 from the terrestrial and 100 from the aerial cycles) were analyzed, being 21 of these sequences referent to eight lineages of RABV found in Brazil sequenced in this study and five of these eight lineages of RABV had their genomes sequenced for the first time The study included the per site nucleotide substitution rate differences (heterotachy) between the same genes RABV maintained in the aerial and terrestrial, survey of the most suitable gene for phylogenetic analysis, time of divergence between the two cycles, patterns of genetic variability and codon usage bias. As a conclusion, the adaptive divergence occurred between the two cycles caused some evolutionary aspects of RABV genome to show an intricate cycle-specific evolutionary pattern.

Morcegos vêm recebendo crescente importância em Saúde Pública, pois são os principais reservatórios para a raiva em diversas partes do mundo. Estudos filogenéticos baseados no gene N demonstraram que os vírus da raiva (RABV) encontrados em morcegos frugívoros Artibeus spp. são próximos àqueles associados ao morcego hematófago Desmodus rotundus, mas pouco se conhece sobre a diversidade genética do RABV nestes morcegos. Este estudo teve como objetivos avaliar a filogenia de linhagens do RABV variante três (AgV3) relacionadas a morcegos Artibeus spp. e D. rotundus, com base em sequências do gene N e do gene G, e a possibilidade de distinção entre isolados de vírus da raiva detectadas em Artibeus spp. e D. rotundus para a epidemiologia molecular da raiva. Vinte amostras do RABV isoladas de Artibeus spp. e 15 obtidas de bovinos e relacionadas ao D. rotundus, todos do Estado de São Paulo, Brasil, foram submetidas a RT -PCRs, e os amplicons gerados submetidos ao sequenciamento de DNA, e as sequências alinhadas com sequências homólogas obtidas do GenBank para a construção de árvores Neighbor-Joining de nucleotídeos (modelo MCL) e aminoácidos (modelo Poisson), utilizando European bat lyssavirus 1 (EBLV1) como outgroup. A árvore filogenética gerada para o gene N demonstrou a formação de três grupos apoiados em bootstraps de no mínimo 60%. Estes grupos foram denominados como grupo D, exclusivamente com isolados relacionadas ao D. rotundus e A1 e A2 principalmente com isolados de Artibeus spp., enquanto que para o gene G, segregaram em duas linhagens, ou seja, relacionadas ao D. rotundus (grupo D) e relacionadas ao Artibeus spp. (grupo A). Para todos os grupos as identidades de aminoácidos foram superiores às de nucleotídeos, uma indicação da predominância de substituições sinônimas. Concluindo, padrões gênero-específicos para isolados do RABV AgV3 foram detectados em D. rotundus e Artibeus spp., com uma topologia concordante para linhagens fixas em cada um destes quirópteros. Estes resultados mostram uma intrincada relação com o hospedeiro na história evolutiva do RABV, sob o ponto de vista básico, como também a determinação das fontes de infecções na epidemiologia molecular da raiva. / Bats have been assigned an increasing importance in Public Health as these are the main rabies reservoirs in many parts of the world. Phylogenetic studies based on the N gene have shown that rabies virus (RABV) strains from Artibeus spp. frugivorous bats are closely associated to those from the vampire bat Desmodus rotudus, but little is known about the genetic diversity of RABV in these bats. This study aimed to assess the phylogeny of RABV strains from the antigenic variant 3 (AgV3) from these bats based on N and G sequences and to evaluate the possibility of distinction between RABV lineages of these for the molecular epidemiology of rabies. Twenty RABV strains isolated from Artibeus spp. bats and 15 obtained from cattle and related to D. rotundus, all from Sao Paulo State, Brazil, were submitted to RT-PCRs to the N and G genes amplifications and the amplicons were submitted to cycle sequencing; the sequences were aligned with homologous sequences retrieved from the Genbank for the construction of Neighbor-Joining trees for nucleotides (MCL model) and amino acids (Poisson model) with European bat lyssavirus 1 (EBLV1) as outgroup. N gene tree showed three major clusters with bootstraps 60% and named as clusters D, exclusively with strains related to D. rotundus and A1 and A2, chiefly with Artibeus spp. strains while for the G gene only two lineages, i.e., D. rotundus related (cluster D) and Artibeus-related (cluster A) were formed. For all the groups the amino acids identities were superior to the nucleotides identities, an indication of the predominance of synonymous substitutions. As a conclusion, genus specific lineages of AgV3 RABV have been detected in D. rotundus and Artibeus spp. bats with a concordant topology for fixed strains for each of these two bat genus. These results not only show an intricate host-relationship of RABV evolutionary history on the basic point of view, but have an invaluable application for the determination of sources of infections in rabies molecular epidemiology.

A raiva é uma zoonose que afeta todos os mamíferos e causa cerca de 55.000 mortes humanas por ano, causada pelo vírus da raiva. O vírus da raiva pertence à Ordem Mononegavirales, Família Rhabdoviridae e o Gênero Lyssavirus. Ultimamente, o Protocolo de Milwaukee é a base do tratamento humano, com indução do paciente ao coma e uso de massiva terapia antiviral. O protocolo, embora tenha sido utilizado duas vezes com sucesso, inclusive em um caso brasileiro, ainda requer aperfeiçoamentos. Neste sentido, a interferência por RNA (RNAi) é uma nova abordagem para terapia de doenças virais. O objetivo deste trabalho foi avaliar a inibição da replicação do vírus da raiva in vitro e in vivo utilizando RNAi. Para este fim, foram utilizados três siRNAs (siRNA 360, siRNA 652, siRNA 649) com a fita antisenso complementar ao mRNA da fosfoproteína (P) e três siRNAs (Le 1, Le 2, Le 3) contra o RNA líder do vírus da raiva. Para o ensaio in vitro foram utilizadas as amostras PV e 4005 (AgV3) do vírus da raiva e as células de BHK-21 (Baby hamster kidney). As monocamadas celulares foram infectadas com as amostras PV ou 4005 e depois de 2 horas de incubação transfectadas com cada um dos siRNAs em combinação com Lipofectamine 2000TM. Depois de 24 e 48 horas as placas teste e controle foram submetidas à imunofluorescência direta (IFD) com conjugado globulina de coelho anti-ribonucleocapsídeo do vírus da raiva/isotiocianato de fluoresceína (Instituto Pasteur de São Paulo). Os resultados revelaram que os siRNAs contra o RNA líder do vírus não foram capazes de inibir a replicação do vírus. A utilização dos siRNAs contra mRNA P resultaram em títulos de 3,625logTCID50/ml, 3,875logTCID50/ml e 4,125logTCID50/ml para os siRNAs 360, 649 e 652, respectivamente, enquanto que, para a placa controle, o título foi 4,0logTCID50/ml nas placas infectadas com PV e período de incubação de 24h. Nas placas infectadas com a amostra 4005 e tratadas com siRNAs, a maior queda de título viral foi na placa tratada com siRNA 360, de 1,0 log, comparando-se com a placa controle de incubação de 24 para a amostra 4005. Nas placas tratadas com siRNA 649 e siRNA 652, também houve a diminuição de título viral, mas em uma escala menor (0,25log e 0,125log, respectivamente) comparando-se com o controle. Nas placas infectadas com PV e incubadas durante 48h, os títulos apresentados foram de 5,625logTCID50/ml, 4,625logTCID50/ml e 4,75logTCID50%/ml para os siRNAs 360, 649 e 652, respectivamente, enquanto que na placa controle o título foi 6,0logTCID50C%/ml. A placa com período de incubação de 48h com a amostra 4005 e tratada com siRNA 360 apresentou a maior queda de título viral entre os três siRNAs, o que resultou em 1,125log de diferença. Nas monocamadas onde foram administrados siRNA 649 e siRNA 652, observou-se também uma pequena queda de título viral igual a 0,875log e 0,295log, respectivamente, comparando-se com a placa não tratada. Para o ensaio in vivo, foram usados camundongos albino suíços de 21 dias com peso entre 11 e 14g, infectados com a cepa PV e AgV3 em 10DL50% via intracerebral. Duas horas depois da infecção, foi inoculada por via intracerebral uma solução do siRNA 360 com Lipofectamine 2000TM. Os animais com paralisia foram eutanasiados e aqueles sobreviventes foram observados até completar 30 dias de observação quando foram, então, eutanasiados. O sistema nervoso central de todos os animas foi recolhido e submetido a IFD. A utilização do siRNA 360 em camundongos resultou em 30% de animais sobreviventes frente amostra 4005, enquanto que a mortalidade nos animais não tratados foi de 90%. Nos animais inoculados com a amostra PV e tratados com este siRNA, a sobrevivência foi de 40%, enquanto que no grupo controle a mortalidade foi de 100%. O resultado do ensaio in vitro demonstra que os siRNAs utilizados são capazes de inibir a replicação do vírus da raiva, com eficiência mais pronunciada para o siRNA 360. In vivo, este siRNA foi capaz de induzir a proteção parcial dos animais inoculados com as duas variantes virais. Estes resultados, ainda que indiquem a necessidade de mais estudos, permitem concluir que a RNAi é uma tecnologia promissora como antiviral contra a raiva / Rabies is a zoonotic disease that affects all mammals and causes more than 55.000 human deaths every year, caused by rabies virus (RABV) a virus of the Mononegavirales order, Family Rhabdoviridae and the Lyssavirus genus. After the onset of the symptoms, the illness has a fast progression and the patients feel intense physical suffering. Currently, human rabies treatment has been based on the Milwaukee Protocol which consists on the induction of coma and massive antiviral therapy. Despite this protocol has been successful in two cases, including a Brazilian one, more studies on antivirals for human rabies treatment are required. RNA interference is a new antiviral approach, which gives hope to the possibility of rabies antiviral treatment. The aim of this study was to assess the decrease in titres of rabies virus in vitro and in vivo using short-interfering RNAs. To this end, three siRNAs (siRNA 360, siRNA 652, and siRNA 649) were used with antisense strands complementary to rabies virus phosphoprotein (P) mRNA and three other (Le 1, Le 2, Le 3) to the leader RNA. Pasteur virus strain (PV) and strain 4005 (AgV3) of rabies virus and BHK-21 cells were used, and the monolayers were transfected with each of the RNAs with Lipofectamine-2000 TM. After 22 hours, the siRNA-treated and the control plates were tested by direct fluorescent antibody test (DFAT) with anti-rabies virus nucleocapsid antibody conjugate with fluorescein isothiocianate (Pasteur Insitutte, Brazil). The plates transfected with siRNA against phosphoprotein mRNA were also incubated for 48 hours and subjected to IFD assay. Virus titres were calculated by the Spearman-Karber method. The results showed that siRNAs against virus leader RNA were not able to inhibit the replication of the virus. The use of siRNAs against P mRNA resulting titres of 3.625logTCID50/ml 3.875logTCID50/ml and 4.125logTCID50/ml for siRNAs 360, 649 and 652, respectively, while, for the control plate, the titre was 4.0logTCID50/ml in plates with PV and 24h incubation period. In plates with strain 4005 and treated with siRNAs, the highest viral titre decrease was obtained with siRNA 360, with a 1.0 log difference compared to the control plate of strain 4005 incubated for 24h. The plates treated with siRNA 649 and siRNA 652 have was also shown a decrease in viral titres, but on a smaller scale (0.25log and 0.125log, respectively) compared to the control. The plates infected with PV and incubated for 48 hours showed titre of 5.625logTCID50/ml, 4.625logTCID50/ml and 4.75logTCID50%/ml for siRNAs 360, 649 and 652, respectively, while for the control plate the titre was 6.0logTCID50C%/ml. The plate with strain 4005 and then treated with siRNA360 and incubated for a total of 48h had the highest viral titre decrease among the three siRNAs, which resulted in a 1.125log difference compared to the control plate. In monolayers treated with siRNA649 and siRNA652 there was also a discrete drop in viral titres (0.875log and 0.295log, respectively) compared to the control plate. For the in vivo assay, 21-day old Swiss albino mice weighing between 11 and 14g were intracerebrally inoculated with PV or 4005 strains (10DL50%). Two hours after inoculation, a solution of siRNA360 with Lipofectamine 2000 TM was also intracerebrally injected. Mice presenting paralysis and those that survived the 30 days of observation were euthanized. The central nervous system of all animals was collected and submitted to IFD. The use of siRNA360 in mice resulted in survival of 30% of animals in the group inoculated with strain 4005, whereas 90% mortality was observed in the control group. In animals inoculated with the PV strain, and treated with siRNA360, the survival rate was 40% and in the control group the mortality was 100%. The results of the in vitro assay demonstrate that the siRNAs used are effective in inhibiting the replication of rabies virus with a more intense inhibition regarding siRNA 360. In vivo, this siRNA was able to induce partial protection of animals infected with both viral variants. These results also indicate that, despite the need for further studies, RNAi is a promising technology as antiviral against rabies

There are two rabies virus biotypes recognized in southern Africa namely; the canid and mongoose rabies virus biotypes. The host vectors of canid rabies biotype in South Africa are domestic dogs, black-backed jackals and bat-eared foxes, whereas the mongoose rabies biotype is maintained by the yellow mongoose. The canid rabies virus was introduced into southern Africa from Angola (1940s) and spread within the subcontinent, firmly establishing itself in the domestic dog population in Zimbabwe (1950s) and South Africa (1960s). Canine rabies became established in the coastal regions of South Africa (KwaZulu Natal) in 1976 where it has been problematic ever since. Historical data demonstrate that canine rabies has spread from KwaZulu Natal into the north-eastern corner of Lesotho in 1982, spreading throughout the country and reaching the western border of Lesotho and South Africa (FS province) in the mid-1980s without penetrating into this region of South Africa. In contrast, the historical evidence suggests that mongoose rabies virus existed in southern Africa in the early 1800s. Mongoose rabies was confirmed in 1928 in South Africa and since then was consistently diagnosed in the yellow mongoose with apparent spill over into domestic animals on the central plateau of South Africa. The FS province was mainly associated with mongoose rabies; however, recent studies utilizing antigenic characterization have suggested an increase of the canid rabies biotype of RABV since the late 1990s, peaking in 2002. The aim of this investigation was to better understand the molecular epidemiology of canine rabies in the FS province by establishing genetic relationships between rabies viruses obtained from FS province and Lesotho, with the purpose of determining the origin of canine rabies into the province and the radiation of mongoose rabies biotype of RABV into dog host. The coding region of cytoplasmic domain of glycoprotein gene and G-L intergenic region of 113 rabies viruses from FS province and Lesotho was amplified and sequenced. It was found that canid rabies virus isolates from the FS province and those from Lesotho were very closely related demonstrating a mean nucleotide sequence homology of 99%. This result indicated a single overlapping epidemiological rabies cycle between the two regions. The results also confirmed that the spill over of mongoose rabies virus into dog host does not establish dog to dog transmission and therefore leads to dead end infection. Therefore parenteral vaccination of domestic dogs and cats remains an important priority in any effort to control rabies in these regions. / Dissertation (MSc)--University of Pretoria, 2011. / Microbiology and Plant Pathology / unrestricted

Lagos bat virus (LBV) belongs to genotype (gt) 2 of the lyssavirus genus in the family Rhabdoviridae, order Mononegavirales. This virus causes fatal rabies encephalitis in vertebrate animals and has only been reported from the African continent except for an imported case from African origin identified in France. The prototype lyssavirus is in fact rabies virus (gt 1) for which a variety of different vaccines are commercially available. These vaccines, however, do not provide protection against the gt 2 viruses. Genotype 2 viruses have not been well studied to date and the true risk for humans and animals is uncertain. The aim of this study was to investigate the epidemiology and pathogenicity of this uniquely African virus. In this project, our surveillance in South Africa reported six new LBV cases after this virus was not reported for the previous 12 years prior to this study. These results indicated that the incidence of this virus is greatly underestimated due to lack or absence of surveillance or ineffective diagnostic abilities of laboratories in Africa. Molecular epidemiological analysis of previously identified and new gt 2 isolates from this study indicated a high intragenotypic nucleotide and amino acid sequence diversity with respect to the Nucleo-, Phospho-, Matrix- and Glycoprotein genes. Based on these analyses, it has been proposed that two virus isolates that were previously reported as gt 2 LBV, may in fact constitute a new lyssavirus genotype. These findings emphasize the need to investigate different criteria for lyssavirus classification. As more lyssaviruses are discovered and with rapid progress in full genome sequencing, diversity becomes accentuated and challenges the criteria upon which lyssavirus taxonomy is based. As a compliment to these genetic findings, our study of viral pathogenicity in a murine model, identified that the pathogenicity of phylogroup II viruses has previously been underestimated. LBV poses a potential risk to humans and animals and future vaccine strategies should ideally include protection against phylogroup II viruses. / Thesis (PhD)--University of Pretoria, 2011. / Microbiology and Plant Pathology / unrestricted