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Otimização das condições para a aquisição de dados de derivados e para a determinação das fases dos fatores de esttutura de cristais de proteínas por meio da difração da luz síncrotron

Nagem, Ronaldo Alves Pinto 09 September 2003 (has links)
Orientadores: Igor Polikarpov, Jose Antonio Brum / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Fisica Gleb Wataghin / Made available in DSpace on 2018-08-03T17:35:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Nagem_RonaldoAlvesPinto_D.pdf: 84837900 bytes, checksum: 8222e093b1d1050668af8bf8c256e0e2 (MD5) Previous issue date: 2003 / Resumo: Atualmente, os modelos tridimensionais de macromoléculas biológicas obtidos por meio das técnicas de difração de raios-X (cristalografia) ou de ressonância magnética nuclear constituem uma das bases principais para o desenho racional de fármacos. Nesse contexto, a área de cristalografia de proteínas é responsável por cerca de 85% de todos os modelos estruturais de macromoléculas biológicas encontrados nos bancos de dados. Este fato, por si só, tem permitido um grande avanço da área tanto em instituições de pesquisa científica quanto em empresas farmacêuticas. Desde que a linha de luz CPr do Laboratório Nacional de Luz Síncrotron (LNLS, Campinas, SP, Brasil) foi construída e aberta à comunidade científica em 1997, centenas de conjuntos de dados de difração de raios-X por cristais de macromoléculas biológicas têm sido coletados. Grande parte desses conjuntos foi usada para resolver a estrutura de proteínas pela técnica de substituição molecular; técnica esta que utiliza um modelo tridimensional já conhecido semelhante àquele que se pretende determinar. Contudo, até 1999, quando o projeto desta tese foi escrito, não mais do que duas estruturas cristalográficas inéditas haviam sido resolvidas por grupos de pesquisa no Brasil. Em vista disso, o projeto teve como objetivo principal otimizar as condições necessárias para a resolução de estruturas inéditas de proteínas usando as facilidades da linha CPr do LNLS. O processo envolveu não só a preparação das amostras para a coleta de dados, mas também o processamento e a análise dos resultados. Durante os quatro anos desta tese, inúmeros conjuntos de dados foram coletados na linha CPr. Os primeiros experimentos utilizando uma proteína teste (lisozima) foram essenciais para avaliar tanto o método de crio derivatização rápida para a preparação das amostras quanto a qualidade dos conjuntos de dados coletados. Os experimentos iniciais possibilitaram aumentar ainda mais as potencialidades do método de crio derivatização rápida e ajustá-lo às condições da linha de luz CPr. A experiência adquirida com este trabalho inicial foi aplicada, em seguida, na resolução de algumas estruturas inéditas de proteínas de organismos variados. Os resultados permitiram concluir que a aplicação do método de crio derivatização rápida para a preparação dos cristais e o uso de radiação monocromática (1,54 Å), proveniente do síncrotron brasileiro, podem aumentar, significativamente, as chances de sucesso para a determinação de estruturas inéditas de macromoléculas biológicas no país. Apesar de todo o trabalho ter sido realizado com uma fonte de radiação síncrotron (LNLS), os resultados obtidos no final desta pesquisa permitem adiantar e prever o uso de geradores convencionais de raios-X junto com o método de crio derivatização rápida para a resolução de estruturas inéditas em laboratórios de pequeno porte. Isso poderá proporcionar, sem sombra de dúvida, um grande avanço nos projetos pós-genoma em desenvolvimento no país. Palavras-chave: Cristalografia de Proteínas, Radiação Síncrotron, Método de Crio Derivatização Rápida e Estruturas Macromoleculares Inéditas / Abstract: Nowadays, three-dimensional models of macromolecules obtained by X-ray diffraction (crystallography) and nuclear magnetic resonance techniques are one of the main bases for rational drug design. The protein crystallography field is responsible for almost 85% of all macromolecule models found in databases. This fact, by itself, is responsible for great progress of the field in research institutions and pharmaceutical industries. From the time when the CPr beamline of the Brazilian National Synchrotron Light Source (LNLS, Campinas, SP, Brazil) was built and its use by the scientific community was authorized in 1997, hundreds of X-ray diffraction datasets have been collected. Most of the datasets collected at the CPr beamline were used to solve the structure of proteins by the molecular replacement method. This method involves the use of a known search model, closely similar to the investigated macromolecule. However, until 1999, when the project for this thesis was written, no more than two novel crystallographic structures had been solved in Brazil. As a result of this, the project had the main goal to optimize the conditions required to the solution of novel macromolecule structures using the CPr beamline at the LNLS. This project involved not only preparation of samples for data acquisition, but also processing and analysis of results. During four years, several X-ray diffraction datasets were collected at the CPr beamline. First experiments using a test protein (lysozyme) were essential to check the quick cryo soaking approach for sample preparation as well as the quality of datasets. These initial experiments allowed to increase the applicability of the quick cryo soaking approach and to adjust it to the CPr beamline. The experience acquired as a result of this initial work was used to solve the structure of a few novel proteins from different organisms. The main conclusion achieved after this work is that the use of the quick cryo soaking approach to prepare crystals for data collection and the use of monochromatic radiation (1,54 Å) from the Brazilian synchrotron can noticeably increase the chances of success in the determination of novel protein structures in our country. Even thought only synchrotron radiation was used in this work, results obtained at the end of this research indicate and forecast the use of conventional X-ray sources with the quick cryo soaking approach to solve the structure of novel proteins in small laboratories. This may promote, with no doubt, great advances in pos-genomic projects under development in our country. Key words: Protein Crystallography, Synchrotron Radiation, Quick Cryo Soaking Approach and Novel Macromolecule Structures / Doutorado / Física / Doutor em Ciências
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Avaliação do teor de metais em material particulado MP2,5 E MP10 nas cidade de Goiânia - GO e Rio Claro - SP empregando a técnica de fluorescência de raios X dispersiva em energia (EDXRF) /

Dourado, Thiago de Araujo. January 2016 (has links)
Orientador: Didier Gastmans / Banca: José Silvio Govone / Banca: Eduardo de Almeida / Resumo: O objetivo principal do presente trabalho foi a caracterização química do material particulado em suspenção na atmosfera (MP2,5 e MP10) das regiões metropolitanas de Goiânia (GO) e de Rio Claro (SP), por meio da técnica de fluorescência de raios X por dispersão em energia (EDXRF) com fonte de energia de Luz Síncrotron. A amostragem foi realizada em dois períodos climáticos (inverno-seco e verão-chuvoso), utilizando um amostrador tipo staker, que permite a coleta simultânea de particulado fino (partículas com tamanho de diâmetro menor do que 2,5 µm) e grosso (partículas com diâmetro entre 2,5 e 10 µm). Foram utilizados filtros com 47 mm de diâmetro e com tamanho de poro de 0,4 e 8,0 µm, respectivamente. A quantificação de MP2,5 e MP10 no ar atmosférico foi realizada através de gravimetria. As concentrações de material particulado foram comparadas com os valores indicados por órgãos regulamentadores, nacionais e internacionais (CONAMA13/1990; CETESB/2012; WHO/2015; Directiva Europeia/2008/50). A determinação elementar dos MP2,5 e MP10, compreendeu os seguintes elementos: Si, S, K, Ti, Cr, Mn, Fe, Cu, Zn e Ca. Para a identificação das possíveis fontes de emissão, ou de formação do material particulado, foi calculado o coeficiente de correlação de Pearson associado à análise de agrupamento e a determinação dos fatores de enriquecimento. No geral, as concentrações médias de MP10 e MP2,5 em Goiânia foram maiores que em Rio Claro, assim como os teores elementares. Como esperado, os... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The main objective of this study was the chemical characterization of the particulate matter in suspension in the atmosphere (PM2.5 and PM10) in the metropolitan areas of Goiânia (GO) and Rio Claro (SP). Sampling was carried out in winter and summer seasons, using a sampler staker type which allows the simultaneous collection of fine particulate (particles smaller diameter size than 2.5 uM) and large (particle diameter between 2.5 and 10 micrometres). Using filters were 47 mm in diameter and 0.4 pore size and 8.0 micrometres respectively. Quantitation of MP10 and PM2.5 in atmospheric air was performed by gravimetry. The particulate matter concentrations were compared to the values indicated by regulators, national and international bodies (CONAMA13 / 1990; CETESB / 2012; WHO / 2015; European Directive / 2008/50). For elemental determination of PM2.5 and PM10 was used to X-ray fluorescence technique by energy dispersive (EDXRF) with power source Synchrotron Light. The elements determined in Rio Claro campaigns and Goiania are Si, S, K, Ti, Cr, Mn, Fe, Cu, Zn and Ca. To determine possible sources of emissions or formation of particulate matter was calculated the correlation coefficient Pearson, associated cluster analysis in conjunction with the enrichment factor calculations. Overall, the average concentrations of PM10 and PM2.5 in Goiania were higher than in Rio Claro, the same occurred for the elementary levels. As expected, the average elementary levels were higher in winter than in summer, for both locations. Overall it was observed over the sampling campaigns that the majority elements in both fractions were Si, Fe, Ca, and K, characteristic of natural emissions. Data analysis showed that the elemental composition is different between the fractions collected, except samples of PM2.5 regarding Rio Claro. The Pearson correlation coefficient indicated association of particulate... (Complete abstract click electronic acess below) / Mestre
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Análise multielementar pela técnica de fluorescência de raios-X de amostras de cólon de roedores com colite e tratados com prednisolona /

Silva, Káthia Takeda da. January 2014 (has links)
Orientador: Joel Mesa Hormoza / Banca: Roberto Morato Fernandez / Banca: Maria Vitória Manso Guevara / Resumo: A colite ulcerativa faz parte de um grupo de Doenças Inflamatórias Intestinais (DII) e é caracterizada por uma disfunção nas células T da mucosa, inflamação celular e produção anormal de citocinas, que resultam em um dano na mucosa do cólon. As DII acometem uma grande parcela da população mundial, tendo uma prevalência maior nos países desenvolvidos, atingindo cerca de 1,4 milhões de pessoas nos Estados Unidos e 2,2 milhões na Europa. No Brasil, devido às dificuldades diagnósticas e reduzido número de amostras, os dados disponíveis são restritos, mas pode-se afirmar que há uma tendência crescente no número de casos no país. Apesar de vários estudos na área, a causa da colite ulcerativa é ainda desconhecida. Neste sentido, a contribuição deste trabalho no esclarecimento dessa problemática está centrada no estudo da composição multielementar do tecido do cólon de animais com colite ulcerativa induzida. Neste trabalho apresentamos um estudo pelo método analítico não-destrutivo de fluorescência de raios-X por reflexão total (TXRF), utilizando radiação síncrotron, de amostras de tecidos de cólon de roedores sem e com indução de colite e submetidos ao uso de prednisolona, um dos medicamentos mais utilizados no tratamento de colite ulcerativa. As análises quantitativas foram realizadas na linha D09B - XRF no Laboratório Nacional de Luz Síncrotron - LNLS, que faz parte do Centro Nacional de Pesquisa em Energia e materiais (CNPEM), em Capinas - SP. Foi possível determinar as concentrações dos elementos P, S, Cl, K, Ca, Ti, Cr, Mn, Fe, Ni, Cu, Zn, Se, Br e Rb a partir da intensidade das correspondentes linhas K, utilizando o elemento Ga como padrão interno. As correspondentes correlações de Pearson entre as concentrações dos elementos foram também determinadas. Nesta análise, apesar de as amostras apresentarem diferentes correlações entre os ... / Abstract: Ulcerative colitis is part of a group of Inflammatory Bowel Disease (IBD) and is characterized by dysfunction of mucosal T cells, abnormal cell inflammation and cytokine production that result in damage to the mucosa of the colon. IBD affects a large portion of the world population, with a higher prevalence in developed countries, affecting about 1.4 million people in the United States and 2.2 million in Europe. In Brazil, the available data are restricted due to diagnostic difficulties and the small number of samples, but it can be stated that the number of cases in the country is increasing. Although there are several studies, the cause of ulcerative colitis is until now unknown. In this sense, the contribution of this work in clarifying this issue is focused on the study of the multielemental composition of the colon tissues from animals with induced ulcerative colitis. We studied samples of rodent colon tissues in three situations: healthy tissue, tissue with induced colitis without pre-treatment and tissue with induced colitis and pre-treated with prednisolone, one of the medications most applied in ulcerative colitis treatment. For the analysis, we used the non-destructive analytical method of X-ray fluorescence by total reflection (TXRF) realized in line D09B - XRF at the Brazilian Synchrotron Light Laboratory - LNLS/CNPEM, Campinas- SP. It was possible to determine the concentrations of P, S , Cl, K, Ca , Ti , Cr, Mn, Fe , Ni , Cu, Zn, Se , Br and Rb elements from the intensity of the corresponding Kα1 lines, by using Ga as internal standard. The corresponding Pearson correlations between the concentrations of the elements were also determined. In this analysis, although the samples have different correlations between P and S, Ca and Ti elements in the different groups, there is no data in the literature to confirm this relation of this elements ... / Mestre
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Caracterização da liga amorfa Cu36Ti34Zr22Ni8 processada termomecanicamente / Characterization of Cu36Ti34Zr22Ni8 amorphous alloy thermomechanically processed

Medeiros, Bruno Bellini 31 March 2015 (has links)
Made available in DSpace on 2016-06-02T19:10:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 6810.pdf: 5030553 bytes, checksum: 9c7b90aa2e0826e986d57009336f6e6f (MD5) Previous issue date: 2015-03-31 / Financiadora de Estudos e Projetos / Glass forming ability (GFA) is one of the big issues to obtain large bulk metallic glasses, which are composed of three or more elements. Regardless of an increasing theoretical understanding of glass formation, taking a look in the vast multidimensional compositional space, the increasing number of elements is concerning. How many? How long will we take searching good-inexpensive compositions for applying in the near-net-shape processing predestined to BMGs? Here, we present the results of Cu36Ti34Zr22Ni8 alloy processed either by melt cooling or milling, which was subsequently hot compacted. After the processing by two routes was verified that the GFA of ribbons was poor and for powders and bulk samples was improved by increasing of 96 K in the crystallization temperature (Tx) After analysis by transmission electron microscopy, corrosion and syncrotron light was observed phase separation in the 3 materials. Phase separation can decrease, that can explain the ribbons behavior. However, after synchrotron data processing, including Reverse Monte Carlo (RMC) simulation was observed a GFA improvement (~10 times greater than in the ribbons) due to an increased interaction between small-large atoms. Evidently this behavior was attributed to differences in the processing. This finding indeed proffers a brand-new viewpoint of the metal's amorphous state, and has implications in the understanding of the structure as being as well a consequence of the processing. This will open a new highway toward the reuse of already developed interesting alloys, which will have the same composition but with a significant improvement in the GFA. / A tendência a formação de estrutura amorfa (TFA) é um dos grandes desafios para se obter metais amorfos de grande volume, os quais são compostos por três ou mais elementos. Independente de uma crescente compreensão teórica da formação do vidro, observando o vasto espaço multicomposicional, o aumento do número de elementos é preocupante. Quantos? Quanto tempo levaremos buscando composições boas e baratas aplicáveis ao processamento via near net shape, predestinado aos metais amorfos de grande volume (MAGV)? Nesta tese de doutorado são apresentados os resultados da liga Cu36Ti34Zr22Ni8 processada por solidificação rápida, moagem e consolidação a quente. Após os dois processamentos se verificou que a TFA das fitas foi pequena e nos pós e amostras consolidadas foi aumentada, através do aumento de 96K na temperatura de cristalização. Após análises via microscopia eletrônica de transmissão, corrosão e luz síncrotron observou-se que houve separação de fases nos 3 tipos de materiais. Separação de fase pode diminuir a TFA, o que explica o comportamento das fitas. Entretanto, após o processamento dos dados do sincrotron, inclusive aplicando simulação de Monte Carlo Reverso (MCR), constatou-se que a melhoria na TFA (que foi de aproximadamente 10 vezes maior que na fita) foi devido a um aumento na interação entre átomos pequenos e grandes. Evidentemente este comportamento foi atribuído a diferenças entre os processamentos. Esta descoberta, de fato, profere um novo ponto de vista ao estado amorfo do metal, e tem implicações na compreensão da estrutura como sendo também uma consequência do processamento. Isto abrirá um novo caminho em direção ao reaproveitamento de ligas já desenvolvidas e interessantes, que terão a mesma composição, mas com uma melhoria significativa na TFA.
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Estudo da contaminação ambiental atmosferica e de aguas superficiais, empregando a fluorescencia de raios X dispersiva em energia (EDXRF) e reflexão total (TXRF)

Matsumoto, Edson 01 October 2001 (has links)
Orientador: Silvana Moreira Simabuco / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia Civil / Made available in DSpace on 2018-07-28T06:44:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Matsumoto_Edson_D.pdf: 6614027 bytes, checksum: 09b2ba763f671974e818cae1fbd662c5 (MD5) Previous issue date: 2001 / Resumo: A poluição ambiental é um problema já existente, e não solucionado, nos grandes centros urbanos e que vem se estendendo para outros centros em expansão populacional e industrial. Este crescimento tem criado regiões metropolitanas fora das grandes capitais estaduais. Um desses centros é a cidade de Campinas, SP, onde este estudo foi realizado. Para se obter algumas informações relacionadas com o nível da poluição ambiental de Campinas, foram analisadas amostras de particulado atmosférico e de águas superficiais (chuva e rio). Foi utilizada a técnica analítica da fluorescência de raios X, nas duas variantes, dispersiva em energia (EDXRF), com tubo de raios X, para a análise de água de rio e, reflexão total (TXRF), com radiação síncrotron, para a análise de particulado atmosférico e água de chuva. A análise gravimétrica do material particulado inalável depositado nos filtros, para um período de 24 h de amostragem, mostrou que o limite estabelecido pelo Conselho Nacional do Meio Ambiente (CONAMA), que é de 150 Jlglm3, foi ultrapassado somente em duas ocasiões nas amostras coletadas no posto da região central da cidade de Campinas. Após um tratamento químico adequado, as amostras foram analisadas utilizando a TXRF, sendo detectados 24 elementos. Através da análise de componentes principais (ACP) foram identificados os mesmos tipos de fontes emissoras para as amostras coletadas nos postos da região central da cidade de Campinas e do campus da Universidade Estadual de Campinas - UNlCAMP, distrito de Barão Geraldo. De maneira geral, a fonte de ressuspensão de solo contribuiu com 22% e 29% do material particulado fino (MPF), no outono/inverno e verão, respectivamente, enquanto que a emissão industrial foi responsável por 26% e 23% do MPF. O fator de emissão veicular respondeu por 22% e 20% do MPF e a fonte de sulfatos, com 23% e 20%. A fonte de sulfatos tem como origens as queimadas nas plantações de cana-de-açúcar, prática comum que antecede a colheita. Para o material particulado grosso (MPG), duas fontes emissoras foram identificadas. O fator de ressuspensão de solo contribuiu com 77% e 78% do MPG, no outono/inverno e verão, respectivamente, e, a emissão industrial, com 18% e 16%. Nas amostras de água de chuva, analisadas por TXRF, foram detectados 27 elementos. Os resultados obtidos mostram, basicamente, os mesmos elementos detectados nos diferentes postos de coleta. Foram identificados os mesmos tipos de fontes nos quatro postos analisados: ressuspensão de solo, emissão industrial e cloretos. Na análise de água de rio, realizada após uma pré-concentração com ditiocarbamato de pirrolidina de amônio (APDC) e utilizando a EDXRF, foram detectados 8 elementos. Os valores máximos para os elementos Fe, Co, Ni e Cu estabelecidos pelo CONAMA, para rios de classe 2, foram ultrapassados em algumas amostras do rio Atibaia. Em algumas amostras do rio Capivari, os valores de Fe e Ni excederam o limite estabelecido pelo CONAMA, enquanto que no ribeirão Pinheiros, isto ocorreu apenas para o elemento F e. Este estudo mostra que o nível de concentração de particulados na atmosfera é satisfatório, enquanto que os rios apresentam indícios de contaminação por alguns elementos / Abstract: The environmental pollution is an existing problem to be solved in large urban centers. And it has been spreading to other population centers in fast industrial expansion. Such growth has created metropolitan centers in the outskirts of large capitals without proper planning to minimize the emission of pollutants. Campinas, a city in the state of São Paulo, Brazil, where the study described herein was conducted, is a typical center. To obtain some information related to the level of environmental pollution in Campinas, samples of atmospheric particulate matter, rain and river water were analyzed. The analytical technique of X-ray fluorescence, in the two variants, energy dispersive (EDXRF), with X-ray tube, for river water analysis and, total reflection (TXRF), with synchrotron radiation, for atmospheric particulate and rain water analysis, were used. The gravimetric analysis of the inhalable particulate matter deposited on the filters, over a 24 hour-period sampling, has shown that the limit established by Environment National Council (CONAMA), which is 150 Ilglm3, was exceeded in two occasions only in the samples collected at the downtown Campinas city. Through the principal components analysis (PCA) it was identified the same types of issuing sources for the samples collected at the downtown Campinas city and at the Campinas State University (UNICAMP) sites. In general, the soil dust source contributed with 22% and 29% of the Fine Particulate Matter (FPM), in the autumn/winter and summer periods, respectively, whereas the industrial emission was responsible for 26% and 23% of the FPM. The rate for motor vehic1e emissions corresponded to 22% and 20% of the FPM and the sulfate source to 23% and 20%. The sulfates are emitted main1y for the sugar cane burning. For the Coarse Particulate Matter (CPM), two issuing sources were identified. The soil dust factor has contributed with 77% and 78% of the CPM in the autumn/winter and summer periods, respectively, and the industrial emission with 18% and 16%. In the rainwater samples, analyzed by TXRF with synchrotron radiation, 27 elements were detected. The results obtained show basically the same elements detected at different collection sites. The same types of sources at the four stations analyzed were identified: soil dust, industrial emission and chloride. In the river water analysis, 8 elements were detected, after preconcentration with APDC and using the EDXRF with X-ray tube. The maximum values for the elements Fe, Co, Ni and Cu established by CONAMA, for the c1ass 2 rivers, were exceeded in some samples from Atibaia River. The same fact occurred for Capivari River, the values for Fe and Ni exceeded the limit established, whereas at Pinheiros River on1y the element Fe. This study has shown that the particulate concentration level in the atmosphere is satisfactory, whereas that the rivers exhibit contamination for some elements as described above / Doutorado / Recursos Hidricos / Doutor em Engenharia Civil
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Estudos espectroscópicos em átomos e moléculas : cálculos de forças de osciladores e tempos de vida para íons de Si, medidas de momento de recuo de íons em átomos de Cs resfriados a laser e medidas de multicoincidência em moléculas de N2 e O2

Coutinho, Lucia Helena 25 September 2003 (has links)
Orientador: Arnaldo Naves de Brito / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Fisica Gleb Wataghin / Made available in DSpace on 2018-08-03T17:45:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Coutinho_LuciaHelena_D.pdf: 12958301 bytes, checksum: d03d95db8e1450f541121cc8a86cdd39 (MD5) Previous issue date: 2003 / Resumo: Este trabalho apresenta estudos em física atômica e molecular, tanto teóricos quanto experimentais. Foram realizados cálculos de forças de osciladores ponderadas para os seguintes íons de silício: Si I, Si XI, Si XII e Si XIII. Estes cálculos são realizados em uma aproximação relativística multiconfiguracional Hartree-Fock. Os parâmetros eletrostáticos foram otimizados por um procedimento de mínimos quadrados, para um melhor ajuste com dados experimentais de níveis energéticos e comprimentos de onda de transições. Um outro trabalho na área de física atômica foi a construção de um novo espectrômetro de massa por tempo de vôo para medidas de momento de recuo de íons em átomos resfriados com laser, após fotoionização por radiação síncrotron. Este é um trabalho pioneiro que abre uma nova linha de pesquisa. Com este equipamento foram realizadas medidas de momento de recuo em íons Cs + , e foi possível também a obtenção do parâmetro de assimetria b para as energias estudadas, entre 13 e 40 eV. Os estudos em física molecular compreenderam medidas de multicoincidência elétron-íon (PEPICO ¿ PhotoElectron-PhotoIon COincidence) e elétron-íon-íon (PEPIPICO ¿ PhotoElectron-PhotoIon-PhotoIon COincidence) em N2 e O2 próximas aos limiares de ionização N 1s e O 1s, respectivamente. Espectros de produção total de íons também foram obtidos para estas moléculas. Foram realizadas também medidas de coincidência elétron-íon (PEPICO) para alguns aminoácidos em sua forma gasosa pela primeira vez / Abstract: This thesis comprises atomic and molecular physics studies, both theoretical and experimental. Weighted oscillator strengths and lifetimes were calculated for the following silicon ions: Si I, Si XI, Si XII and Si XIII. The calculations were carried out in a multiconfiguration Hartree-Fock relativistic aproach. The eletrostatic parameters were optimized by a least-squares procedure in order to improve the adjustment to experimental energy levels and transitions wavelengths. Another work in the atomic physics area was the construction of a new time-of-flight spectrometer to measure ion recoil momentum in laser-cooled atoms, after photoionization by synchrotron radiation. This is a pioneering work that opens up a new research area. With this equipment ion recoil momentum were measured for the Cs + ion, and it was possible to determine the b assymetry parameter in the energy range studied, 13 to 40 eV. The molecular physics studies comprised multicoincidence measurements (PEPICO and PEPIPICO) in N2 and O2 near the ionization thresholds N 1s and O 1s, respectively. Total Ion Yield (TIY) spectra were also obtained for these molecules. Coincidence spectra (PEPICO) for some aminoacids in their gas phase were also taken for the first time / Doutorado / Física / Doutor em Ciências
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Projeto ótico de linha de luz de raios-X duros para cristalografia de proteínas / Optical design of a hard X-ray beamline to protein crystallography

Grizolli, Walan Cesar 16 August 2018 (has links)
Orientador: Antônio Rubens Britto de Castro / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Fisica Gleb Wataghin / Made available in DSpace on 2018-08-16T08:21:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Grizolli_WalanCesar_M.pdf: 22164883 bytes, checksum: 87cb39dcd42129ec1d9a3f9ec6fcba09 (MD5) Previous issue date: 2010 / Resumo: Diversas áreas da ciência moderna têm sido beneficiadas pelo uso da radiação síncrotron. As técnicas disponveis em laboratórios deste tipo abrangem pesquisas em ciências básicas como Física, Química e Biologia bem como em áreas como engenharia de materiais e farmacologia. Em particular, o uso do espectro de raios-x duros (8-20keV) das fontes síncrotron atuais e crucial para técnicas estruturais como difração e cristalografia. Estas técnicas estão disponíveis para a comunidade científica brasileira no Laboratório Nacional de Luz Síncrotron (LNLS), cujas linhas de luz estão abertas a usuários externos desde 1997. As instalações do LNLS vem sendo constantemente aperfeiçoadas, permitindo o estudo de novos casos científicos como consequência destas melhorias. Neste trabalho estudamos as propriedades da fonte de radiação síncrotron do LNLS e realizamos um projeto óptico para uma linha de luz direcionada a cristalografia de proteínas. Com uso de simulações computacionais propomos opções para melhoria do fluxo de flotons nas linhas de cristalografia de proteínas já existentes. Nossos estudos apontam para a viabilidade de construção de uma linha lateral a linha de luz MX2, utilizando a mesma fonte Wiggler já instalada, com fluxo proporcional à linha central. / Abstract: Distinct research fields in modern science have taken advantage of synchrotron radiation. The techniques that are available in such laboratories have a very broad scope, ranging from basic sciences such as Physics, Chemistry and Biology, to applied fields as engineering and pharmacology. In particular, the use of hard x-ray spectrum (8-20keV) from modern synchrotron sources is crucial for structural techniques such as diffraction and crystallography. These techniques have been available to the Brazilian scientific community since 1997, when the Brazilian Synchrotron Light Laboratory (LNLS) facilities were opened to external users. The LNLS beamlines have constantly evolved , allowing the users to perform novel experiments as a consequence of instrumental improvements. In this work we study the properties of the LNLS sources and propose solutions for the optics of a beamline dedicated to protein crystallography. By using computer simulations we propose options to enhance the photon flux in the pre-existing protein crystallography beamlines. Our results point out to the feasibility of a lateral beamline using the MX2 wiggler source, with similar flux to the central beamline. / Mestrado / Física / Mestre em Física
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Avaliação da qualidade do ar na cidade de Limeira (SP) empregando a fluorescência de raios X por reflexão total com radiação síncrotron / Evaluation of air quality in Limeira city using synchrontron radiation total reflection X-ray fluorescence analysis

Canteras, Felippe Benavente, 1987- 16 August 2018 (has links)
Orientador: Silvana Moreira / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia Civil, Arquitetura e Urbanismo / Made available in DSpace on 2018-08-16T21:53:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Canteras_FelippeBenavente_M.pdf: 4483858 bytes, checksum: c8bae0da36f2300a37ff6b82e1d78926 (MD5) Previous issue date: 2010 / Resumo: A preocupação de políticos, cientistas e da comunidade em geral com a qualidade do ar vem crescendo muito nos últimos anos. Isso se deve ao fato da qualidade do ar estar intimamente ligada com a qualidade de vida e a saúde da população. Os poluentes do ar estão relacionados ainda com diversos problemas ambientais, como o efeito estufa, chuvas ácidas, smog, etc. Dentre os poluentes ambientais, o material particulado se apresenta como um dos mais significativos e importantes, pois pode ser emitido por diversas fontes, sejam elas de origem antrópica ou natural, e ainda devido a não uniformidade na sua composição. O município de Limeira se apresenta atualmente como um pólo de significativo desenvolvimento e crescimento populacional. O presente trabalho teve como objetivo principal avaliar de forma quantitativa o material particulado, em suas duas frações, grossa e fina, coletado no município de Limeira. Para isso, foi instalado na estação meteorológica do CESET/UNICAMP (Centro Superior de Educação Tecnológica) um sistema de amostragem conhecido como filtração seqüencial, denominado amostrador de material particulado fino e grosso (AFG). Esse sistema foi desenvolvido pela Faculdade de Engenharia Civil, Arquitetura e Urbanismo da UNICAMP (FEC) Com este sistema pode-se obter as frações, grossa e fina, que correspondem às frações inaláveis superior e inferior, respectivamente. A técnica analítica empregada foi a Fluorescência de Raios X por Reflexão Total com Radiação Sínctrotron (SR-TXR). No período analisado, não foram registrados valores que ultrapassassem os limites previstos na legislação brasileira com relação à massa total de material particulado. Foram detectados e quantificados 16 elementos (S, K, Ca, Ti, V, Cr, Mn, Fe, Ni, Cu, Zn, Br, Rb, Sr, Ba e Pb). Foram empregadas análises estatísticas multivariadas (análise dos componentes principais e análise de cluster) para agrupar os elementos de acordo com suas similaridades, e a partir disso, definir as possíveis fontes emissoras de poluentes. Na fração fina do material particulado a principal fonte de emissão foi a poeira do solo, responsável por 79% da formação do material particulado. As emissões veiculares contribuíram com 13% e, as emissões industriais representaram 8%. Para a fração grossa a fonte principal de emissão foi a ressuspensão do solo contribuindo com 57% na formação do material particulado, seguida da emissão veicular, com 30% e finalmente a industrial, com apenas 13%. Os perfis das assinaturas das fontes de emissão veicular, queima de óleo combustível e da poeira do solo foram comparadas com perfis apresentados por outros autores e de forma geral apresentaram uma boa concordância / Abstract: The concern of politicians, scientists and the wider community with the air quality has been increasing in recent years. This is because air quality is closely linked with the quality of life and health of the population. Air pollutants are associated with various environmental issues like global warming, acid rain, smog, etc. Among environmental pollutants, particulate matter is presented as one of the most significant and important since it is emitted through several sources whether anthropogenic or natural, and also due to the non-uniformity in its composition therefore it is important to quantify and verify composition. The city of Limeira is presented today as a center of significant development and population growth. This study mainly aims at assessing quantitatively the particulate material collected in the city of Limeira in its two fractions, coarse and fine. Assessment was performed using the sampling system known as Sequential Filtration installed at the CESET (Center of Technology Education- UNICAMP) weather station. This system was developed by the Engineering Civil, Architecture and Urbanism College (FEC) with the support of Synchrotron Light Source Laboratory (LNLS), named fine and coarse particles sampler (AFG). With this system you can obtain the coarse and fine fractions, corresponding to the inhalable fraction top and bottom, respectively. The analytical technique employed was Synchrotron Radiation Total Reflection X-ray Fluorescence. In the studied period was not observed values higher than the limits established by Brazilian legislation concerns to total mass of particulate matter. In this work 16 elements were detected and quantified (S, K, Ca, Ti, V, Cr, Mn, Fe, Ni, Cu, Zn, Br, Rb, Sr, Ba and Pb). Statistical analysis as principal component analysis and cluster analysis were employed to group elements according their similarities in order to define the emission sources of pollutants. In the fine fraction the main emission source was soil dust responsible by 79% in the particulate matter. The vehicular emissions contributed with 13% and, industrial emissions represent 8%. The main emission source for coarse fraction was soil dust contributing with 57%, follow by vehicular emission with 30% and finally the industrial emissions with just 13%. The signature profiles of vehicular emission, burning of fuel oil and soil dust were compared with the profiles presented by other authors and in a general way show a good agreement / Mestrado / Saneamento e Ambiente / Mestre em Engenharia Civil
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Estudo de propriedades estruturais e magnéticas de filmes epitaxiais de MnAs sobre GaAs (001) / Study of the structural and magnetic properties of epitaxial MnAs films on GaAs(001)

Adriano, Cris, 1980- 09 September 2004 (has links)
Orientadores: Carlos Manuel Giles Antunez de Mayolo, Fernando Iikawa / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Fisica Gleb Wataghin / Made available in DSpace on 2018-08-04T20:37:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Adriano_Cris_M.pdf: 2377701 bytes, checksum: 09034068780831dd7a4b137752559fc2 (MD5) Previous issue date: 2004 / Resumo: Neste trabalho foram estudados filmes finos de MoAs crescidos por epitaxia de feixe molecular em substratos de GaAs (001). As propriedades magnéticas destas hetero-estruturas (filme magnético sobre um substrato semicondutor) são fortemente dependentes das propriedades estruturais do filme de MoAs que foram estudadas detalhadamente utilizando técnicas de difração de raios-x no Laboratório Nacional de Luz Síncrotron. Dentre os principais resultados estão a identificação de uma temperatura de ordenamento magnético maior do que os valores para o MnAs massivo, em filmes com acomodações cristalinas onde o eixo-c está inclinado em relação ao plano (001) do substrato. Também foi realizado um estudo detalhado da variação do parâmetro de rede com a temperatura em torno da transição de fase magnética. Este estudo permitiu determinar a evolução das tensões elásticas presentes no filme de MoAs durante a transição onde em um intervalo em torno de 30°C acontece uma coexistência de fases cristalinas pela formação de faixas periódicas com regiões alternadas de a -MnAs (hexagonal) e ,b -MnAs (ortorrômbico). Também se encontrou que os parâmetros de rede contidos no plano do filme se comportam de forma bem diferente. Enquanto que o parâmetro que corresponde ao eixo-c hexagonal não varia muito durante a transição o outro parâmetro de rede contido no filme aumenta fortemente com a temperatura. Estes estudos complementaram medidas magnéticas com efeito Kerr magnéto-óptico simultâneas às medidas estruturais, assim como às medidas por difração de raios-x com aplicação de campo magnéticos de até 3 kOe / Abstract: Thin films ofMnAs grown by molecular beam epitaxy on GaAs (001) were studied by X-ray diffraction. The magnetic properties of a thin film of MnAs are strongly affected by the elastic tensions ofthe film accomodation over the semiconductor substrate and were studied by X-ray diffraction techniques at the Brazilian National Synchrotron Laboratory .It was found that the Curie temperature for the MnAs film is dependent on the type of crystal accomodation over the substrate. In particular for a MnAs accomodation with a tilted hexagonal c-axis with respect to the GaAs (00 1) plane, the transition temperature becomes higher than the value for MnAs bulk. A detailed analysis ofthe evolution ofthe lattice parameters through the transition temperature was performed. These results contribute to the understanding of the phase coexistence in the film through more than 30°C where periodic stripes of a -MnAs (hexagonal) and b-MnAs (orthorhombic) are formed to reduce the elastic tension of the film during this first order magnetic transition. It was found that while the hexagonal c-axis lattice parameter almost does not change during the phase transition, the in-plane lattice parameter perpendicular to the c-axis strongly increases with increasing temperature. These structural results complement magnetization measurements using an in situ magneto-optical Kerr effect setup and also structural measurements under applied magnetic fields up to 3 kOe / Mestrado / Física da Matéria Condensada / Mestre em Física
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Monitoramento e avaliação da emissão de dutos e fontes estacionarias de industrias ceramicas por meio de metodo potenciometrico e fluorescencia de raios X / Monitoring and evaluation of ducts and stationary source emissions from ceramic industries by potntiometry and X-ray fluorescence methods

Fonseca, Roney Jose da 31 August 2007 (has links)
Orientador: Silvana Moreira / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia Civil, Arquitetura e Urbanismo / Made available in DSpace on 2018-08-11T08:53:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Fonseca_RoneyJoseda_M.pdf: 1481408 bytes, checksum: 7f9822fbb599c31623b7b04f50171593 (MD5) Previous issue date: 2007 / Resumo: O objetivo deste trabalho foi monitorar e avaliar a emissão de fluoreto e de metais de dutos e fontes estacionárias de indústrias cerâmicas da região do Pólo Cerâmico de Santa Gertrudes (SP). Nos últimos anos houve um crescimento das empresas neste setor, causando reflexos ambientais nesta região responsável por 60% da produção de pisos esmaltados. O principal causador destes danos é o flúor na forma de fluoreto gasoso e ácido fluorídrico, comumente encontrado no solo e na argila utilizada na fabricação de pisos e artefatos cerâmicos. No período de 2004 a 2007 foram coletadas amostras dos gases emitidos por diversas indústrias cerâmicas desta região. Os compostos a base de flúor foram analisados por potenciometria e alguns metais pela técnica de fluorescência de raios X por reflexão total com radiação síncrotron. Altas concentrações de elementos como Cromo, Níquel e Chumbo foram observadas nas amostras analisadas e, em valores superiores aos permitidos pela legislação. No que se refere à emissão de fluoreto total foi verificado que 61,5% das empresas monitoradas apresentaram valores de emissão acima do permitido (5,0 mg/Nm3). Foi verificado ainda que o fluoreto foi emitido principalmente na forma de fluoreto gasoso. Desta forma a problemática ambiental na região de Santa Gertrudes não está associada apenas à emissão de flúor, mas também está relacionada à presença de metais pesados presentes em altas concentrações nas emissões atmosféricas provenientes do setor cerâmico / Abstract: The purpose of this work was monitoring and evaluation the emissions of fluoride and metals of ducts and stationary sources from ceramics industries of Santa Gertrudes region (SP). In recent years there had been a growth of companies in this sector, causing environmental repercussions in this region responsible for 60% of the production of porcelain tiles. The main cause of these damages is fluorine as fluoride gaseous and fluoridric acid, commonly found in soil and clay used in the manufacture of ceramic artifacts. During 2004 until 2007 gaseous samples were collected in different industries. The fluorine compounds were analyzed by potentiometry method and some metals by X-ray fluorescence analysis. High concentrations of Chromium, Nickel and Lead were observed in the samples and the values were higher than the permitted by the Brazilian legislation. In relation to fluoride emission 61,5% of the industries monitored showed values above the established by the legislation (5.0 mg/Nm3). In this way the environmental pollution in Santa Gertrudes region was not associated just to fluorine emission but also with the heavy metals present in high concentrations in the atmospheric emissions from stationary sources of ceramic industries / Mestrado / Saneamento e Ambiente / Mestre em Engenharia Civil

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